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¿Qué nos pueden decir las heces antiguas sobre la evolución del microbioma intestinal humano?

La información de la microbiota antigua representa un recurso vital para estudiar la evolución bacteriana y explorar la propagación biológica de enfermedades crónicas a lo largo de la historia.

Un equipo internacional de investigadores analizó el ADN microbiano encontrado en paleofeces humanos indígenas (excrementos desecados) de cuevas secas en el norte de México y Utah. Descubrieron que el antiguo microbioma intestinal humano es similar al de las personas modernas de poblaciones no industrializadas.

El estudio, publicado en la revista Naturaleza, es el primero en revelar nuevas especies de microbios en los especímenes.

Estudio:Reconstrucción de genomas microbianos antiguos del intestino humano. Haber de imagen:Design_Cells / Shutterstock

Microbioma antiguo

El cuerpo está lleno de colonias de bacterias inofensivas, hongos y virus llamados microbioma. Estas especies son beneficiosas para el organismo, ayudando a los procesos naturales del cuerpo. Hay más de 400 especies de bacterias que componen el microbioma intestinal, ayudando a digerir la comida, protegerse de patógenos dañinos, y sintetizar vitaminas.

Estudios anteriores han señalado que el microbioma intestinal ha estado presente incluso en personas de la antigüedad. Esto significa que explorar el contenido de las bacterias intestinales de los pueblos antiguos puede ofrecer nuevos conocimientos no solo sobre su dieta, sino también sobre cómo evitaron las enfermedades.

Los expertos en salud también han comparado el microbioma intestinal de personas de regiones industrializadas y no industrializadas.

Estudios previos de niños en Rusia y Finlandia mostraron que aquellos en regiones industrializadas tenían más probabilidades de desarrollar diabetes tipo 1 en comparación con aquellos en áreas no industrializadas.

Estos dos grupos de niños tenían un microbioma intestinal muy diverso, destacando que quienes viven en zonas industrializadas, los niños corren un mayor riesgo de desarrollar no solo diabetes tipo 1, sino otras enfermedades autoinmunes y alérgicas.

Reconstruyendo el antiguo microbioma intestinal humano

El equipo reconstruyó genomas microbianos antiguos utilizando un conjunto de ocho paleofeces de 1, 000 años a 2, 000 años descubierto en el suroeste de Estados Unidos y México. Desde allí, compararon los antiguos microbios intestinales con muestras modernas de poblaciones industrializadas y no industrializadas.

En total, los investigadores reconstruyeron 498 genomas microbianos y concluyeron que 818 eran de individuos antiguos. De estos, El 39 por ciento no se había encontrado previamente en las otras muestras.

Los análisis fueron posibles gracias a la extraordinaria conservación de las paleofeces, el uso de métodos antiguos de extracción de ácido desoxirribonucleico (ADNa) para heces antiguas, alta profundidad de secuenciación, y los avances en la metodología de reconstrucción del genoma de novo.

En comparación con 789 muestras de microbioma intestinal humano actuales de ocho países, las muestras de paleofeces eran más similares a los microbiomas intestinales humanos no industrializados que a los industrializados.

Algunas de las piezas de comida encontradas en las muestras confirmaron que la dieta de los pueblos antiguos incluía frijoles y maíz, que es típico de los primeros agricultores de América del Norte. En el sitio de Utah, el equipo encontró una más ecléctica, dieta de hambre rica en fibra, incluyendo pasto de arroz, pera, y saltamontes en los trozos de comida de la muestra.

Después de la elaboración de perfiles funcionales, el equipo encontró una abundancia significativamente menor de genes resistentes a los antibióticos y que degradan la mucina, incluido el enriquecimiento de elementos genéticos móviles en relación con los microbiomas intestinales industriales. Más, las muestras antiguas eran más diversas, incluidas docenas de especies previamente desconocidas.

Este estudio facilita el descubrimiento y caracterización de microorganismos intestinales no descritos previamente de microbiomas antiguos y la investigación de la historia evolutiva de la microbiota intestinal humana a través de la reconstrucción del genoma a partir de paleofeces. ”, Señalaron los investigadores en el estudio.

El estudio también estableció que los paleofeces con ADN bien conservado son fuentes abundantes de genomas microbianos. Las especies microbianas no descritas anteriormente en las heces antiguas pueden arrojar luz sobre las historias evolutivas de los microbiomas humanos.

Se necesitan estudios futuros para obtener una mejor comprensión del microbioma humano, lo que puede ayudar a descubrir nuevos tratamientos para enfermedades como la diabetes tipo 1 y otras afecciones autoinmunes. Los estudios también pueden ayudar a desarrollar enfoques para restaurar el microbioma intestinal actual a su estado ancestral.

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