Los desafíos de encontrar el gen responsable de una, autosómica dominante susceptibilidad al cáncer gástrico rara syndrome

los desafíos de encontrar el gen responsable de una enfermedad rara, autosómica síndrome de susceptibilidad al cáncer gástrico dominante
adenocarcinoma gástrico proximal y poliposis del estómago (GAPPS) es una recién descrito, síndrome autosómico dominante poco frecuente, caracterizado por poliposis glándula fúndica con hiperplásico ocasional y pólipos adenomatosos. Se diagnosticaron GAPPS en una australiana grande (Familia 1) y dos familias más pequeñas de América del Norte (Familia 2 y 3). Las mutaciones en APC
, MUTYH
, CDH1
, SMAD4
, BMPR1A
, STK11 Opiniones y PTEN
fueron excluidos en todas las familias por análisis de secuencias de los exones y regiones que flanquean, así como por ensayos para la supresión o la duplicación de los exones. Hemos mapeado el gen GAPPS en Familia 1 por análisis de ligamiento (LD puntuación de 4,21) a una región de 20 Mb que contiene alrededor de 60 genes. Short de repetición en tándem de genotipos mostró que los miembros afectados de la familia 2 comparten un haplotipo en esta región 20Mb, pero el análisis de Affymetrix SNP 6.0 datos de tres miembros afectados de la familia 2 mostraron que también compartían varias otras regiones del genoma. Sin embargo, tanto la familia de 2 y 3 son demasiado pequeños para el análisis de ligamiento definitiva.
Hemos llevado a cabo la secuenciación del exoma completo para tres individuos afectados en la familia 1 (y con objetivos secuenciación de la región vinculado en otro individuo), y de tres miembros afectados de la familia 2. no se encontró ningún tipo de codificación raras o sitio de empalme variantes en la región vinculada que fueron compartidos por todos los miembros afectados de la familia 1; ni ninguna de la misma región en ambos miembros afectados de la familia 2. exones de codificación y All genes miR en la región vinculado se han secuenciado por lo menos 30X en cada base, o mediante secuenciación de Sanger, a excepción de siete exones para los que la secuenciación de Sanger es todavía ser completado. También vamos a utilizar la secuenciación de Sanger para mejorar la cobertura de los exones de la región vinculados en la familia 2.
Sin embargo, nuestra hipótesis actual es que las mutaciones no codificantes de la región vinculados son responsables del síndrome GAPPS en ambas familias 1 y 2 y por lo que todo análisis de la secuencia del genoma de dos miembros afectados de la familia 1 se ha realizado y el análisis está en marcha.

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