perfiles de número de copias de ADN del precursor de cáncer gástrico lesions

perfiles de número de copias de ADN de lesiones precursoras del cáncer gástrico
Resumen Antecedentes

inestabilidad cromosómica (CIN) es el tipo más frecuente de inestabilidad genómica en tumores gástricos, pero su papel en la transformación maligna de la mucosa gástrica es todavía oscuros. En el presente estudio, nos propusimos estudiar si dos categorías morfológicamente distintos de lesiones precursoras de cáncer gástrico, es decir, de tipo intestinal y adenomas de glándulas pilórica, llevarían a diferentes patrones de cambios de número de copias de ADN, lo que posiblemente refleja vías genéticas distintas de la carcinogénesis gástrica en estos dos tipos adenoma.
resultados
medio de una plataforma CGH array 5K BAC, que mostraron que las aberraciones más comunes compartidos por los 11 de tipo intestinal y 10 pilórico adenomas de las glándulas eran las ganancias de los cromosomas 9 (29%), 11q ( 29%) y 20 (33%), y las pérdidas de los cromosomas 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) y 10 (33%). Las aberraciones más frecuentes en el tipo intestinal adenoma gástrico eran ganancias en 11q, 9Q y 8, y las pérdidas en los cromosomas 5q, 6, 10 y 13, mientras que en los adenomas gástricos glándula pilórica éstas eran las ganancias en el cromosoma 20 y pérdidas en 5q y 6. sin embargo, no se observaron diferencias significativas entre los dos tipos de adenomas.
Conclusión
los resultados sugieren que las ganancias en los cromosomas 8, 9Q, 11q y 20, y las pérdidas en los cromosomas 5q, 6, 10 y 13, probablemente representan temprana acontecimientos en la carcinogénesis gástrica. Las entidades fenotípicas, de tipo intestinal y adenomas de glándulas pilórico, sin embargo, no difieren significativamente (P = 0,8) en el nivel de los cambios de número de copias de ADN.
Antecedentes
El cáncer gástrico es la segunda neoplasia maligna más frecuente en todo el mundo y la pronóstico de esta patología sigue siendo muy pobre [1]. las tasas de incidencia y mortalidad por cáncer gástrico difieren entre los distintos países de la Unión Europea [2]. En los Países Bajos que ocupa el quinto lugar como causa de muerte por cáncer, con aproximadamente 2.200 casos nuevos cada año [3]. La cirugía con intención curativa es el tratamiento de elección en los casos avanzados de cáncer gástrico, mientras que la mucosectomía endoscópica local puede ser curativa en el cáncer gástrico precoz. La detección y eliminación de las neoplasias gástricas en un estado temprano o incluso premaligna contribuirán a reducir las muertes por cáncer de estómago. Para lograr este objetivo, se necesitan mejores pruebas para la detección temprana del cáncer gástrico, y una mejor comprensión de la biología de la progresión del cáncer gástrico es crucial a este respecto.
De acuerdo con el modelo de Correa, patogenia de tipo intestinal adenocarcinoma gástrico sigue una vía de gastritis crónica activa debido a Helicobacter pylori
infección, que conduce a la atrofia de la mucosa, metaplasia intestinal seguido de neoplasia intraepitelial y adenocarcinoma finalmente invasiva [4]. Caracterización genética de las muestras de tejido en fase de neoplasia intraepitelial contribuirían en gran parte a nuestra comprensión de la patogénesis molecular del cáncer gástrico. Sin embargo, estas lesiones se detectaron sólo en raras ocasiones, posiblemente debido a la rápida progresión a través de esta etapa hacia el cáncer, y están normalmente presentes sólo en partes de las muestras de biopsia, lo que dificulta el análisis genómico de estas lesiones. Análisis de lesiones precursoras alternativa podría, por lo tanto, al menos en parte, ser un sustituto. Desarrollo de cáncer gástrico a través de una etapa de adenoma, aunque menos común, es tal ruta alternativa. Estos adenomas se detectan ocasionalmente durante la gastroscopia y se presentan como lesiones de gran tamaño que muestran histológicamente neoplasia intraepitelial, lo que hace que sean adecuadas para el análisis genómico. adenomas gástricos tienen un potencial maligno directa y representan aproximadamente el 20% de todos los pólipos epiteliales [5, 6]. adenomas gástricos pueden tener un tubular clásico, tubulovelloso o morfología de las vellosidades con un tipo intestinal epitelio predominantemente, pero también puede aparecer como adenomas de glándulas pilórico [6]. adenomas de glándulas pilórica surgen de glándulas mucoides profundas en el estómago y son fuertemente positivas para mucina 6 [7, 8]. Un número considerable de los adenomas gástricos ya muestran la progresión a adenocarcinoma. En primer diagnóstico en torno a un 30-40% de todos los adenomas de glándulas pilórico ya muestran un foco de carcinoma de [9, 10]. Por tipo intestinal adenomas este número es inferior y varía de 28,5% en los adenomas vellosos y el 29,4% de los adenomas de tipo túbulo a sólo el 5,4% de los adenomas tubulares [11]. Tanto los adenocarcinomas, los adenomas de tipo intestinal y ex adenomas de glándulas pilórico, ex muestran estructuras glandulares, en contraste con cáncer gástrico difuso tipo.
Una característica clave en la patogénesis de la mayoría de los cánceres gástricos, como en muchos otros cánceres sólidos, es la inestabilidad cromosómica , lo que resulta en ganancias y pérdidas de piezas o cromosomas enteros, incluso [12]. Estos cambios cromosómicos se pueden analizar mediante hibridación genómica comparada (CGH). Varios estudios anteriores han detectado alteraciones genéticas en los adenomas gástricos usando esta técnica, siendo las ganancias en el cromosoma 7q, 8q, 13q, 20q, y las pérdidas en el cromosoma 4p, 5q, 17p 9p y 18q [13-16]. Aunque es poco común y sólo se observa en los adenomas con neoplasia intraepitelial de alto grado, amplificaciones de alto nivel se han detectado en los cromosomas 7q, 8p, 13q, 17q y 20q [13-16]. En adenocarcinomas gástricos, aberraciones cromosómicas son descritos consistentemente ganancias en el cromosoma 3q, 7p, 7q, 8q, 13q, 17q y 20q y pérdidas en el cromosoma 4q, 5q, 6q, 9p, 17p y 18q. amplificaciones de alto nivel se han detectado repetidamente en 7q, 8p, 8q, 17q, 19q y 20q [14, 17-23]. Sin embargo, las aberraciones cromosómicas, o el número de copias de ADN cambia, no son uniformes en el cáncer gástrico [24]. Subgrupos con diferentes patrones de alteraciones en el número de copias de ADN pueden ser reconocidos, que se han demostrado estar asociados con el resultado clínico, así [25].
En el presente estudio, nos propusimos estudiar si dos categorías morfológicamente distintos de cáncer gástrico lesiones precursoras, es decir, de tipo intestinal y adenomas de glándulas pilórica, llevarían a diferentes patrones de cambios de número de copias de ADN, lo que posiblemente refleja vías genéticas distintas de la carcinogénesis gástrica en los dos tipos de adenomas.
se observaron Resultados
cambios de número de copias de ADN en 10 de los 11 adenomas de tipo intestinal y 9 de cada 10 adenomas de glándulas pilórico. El número medio de eventos cromosómicas, que se define como ganancias y pérdidas, por tumoral fue de 6,0 (rango 0-18), incluyendo 2,9 (0-14) Rango de ganancias y 3.0 (0-7) Rango de pérdidas. En los adenomas de tipo intestinal, el número medio de eventos cromosómicas por tumor fue de 6,5 (rango 0-18), de los cuales 3,4 (rango 0-14) ganancias y 3.1 (0-7) Rango de pérdidas, y en la glándula pilórica los adenomas de la media números fueron 5,4 (rango 0-9), 2,4 (rango 0-7) y 3,0 (rango 0-7), respectivamente. Hoteles en los adenomas gástricos de tipo intestinal, las aberraciones más comunes observados fueron las ganancias en los cromosomas 8, 9Q y 11q, y pérdidas en los cromosomas 5q, 6, 10 y 13. En cuatro adenomas (36,4%), se observó una ganancia del cromosoma 11q23.3 con una región común de solapamiento de 2,6 Mb. se observó ganancia de 9Q cromosoma en cuatro adenomas (36,4%) con un 12,6 Mb región de recubrimiento común localizado en el cromosoma 9q33.1-q34.13. se observó ganancia del cromosoma 8 en tres adenomas (31%), dos de las cuales los adenomas ganancia mostró de todo el cromosoma 8, y el tercero adenoma mostró una ganancia del cromosoma 8p-q22.3 con un 28,7 ganancia adicional Mb en el cromosoma 8q24.11 -qter. Además, se observaron aumentos en los cromosomas 1, 3, 6 p, 7, 11 p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 y 22q. No hay amplificaciones se observaron en los adenomas de tipo intestinal. Se observaron
Las deleciones en el cromosoma 13 en siete adenomas de tipo intestinal (64%). De ellos, cinco mostraron una Mb supresión del cromosoma 13q21.2-21.33 con un 11,9 7,7 Mb supresión adicional en el cromosoma 13q31.1-31.3. Los otros dos adenomas mostraron una deleción 16.6 Mb de 13q14.3-31. Se observó una deleción en el cromosoma 6 en seis adenomas (55%), con una zona de solapamiento de 68,9 Mb situados en 6cen-q22.1. Se observó una deleción de cromosoma 5q en cuatro adenomas (36%) con una región de recubrimiento común localizado en el cromosoma 5q22.1-q23.2. Además, se observó una deleción de todo el cromosoma 10 en cuatro adenomas (36%). Otras pérdidas observadas en los adenomas de tipo intestinal se encuentran en los cromosomas 8q, 9p, 10, 12q, 20q y 21. Una visión general de todas las aberraciones del número de copias de ADN de los adenomas de tipo intestinal se muestra en la Tabla 1 1.Table general del ADN número de copias cambios en 11 adenomas de tipo intestinal

Las aberraciones cromosómicas

flanqueando clones


tumor ID
ganancias
pérdidas
tamaño
segmento (Mb)

Principal de
End
1 | 1p-p36.11
26.68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-q23 0.2
55.26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13.78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52.05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17.32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4,80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-Q31.3
39.63
RP11-200F15
RP11-62D23
2 1p -1p33
46.90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14.12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54.91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105.67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28.65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13,63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31.69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-q14 0.1
10,57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18.24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12.49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-q21
57.26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 0.1
5,97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22.46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81,24
GS1-68F18
RP11-567O16 página 19
61.01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5,09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12 qter
19.60
RP1-138B7
CTB81F12 página 3 -
- página 4
6p21.1
3,32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76.38
RP11-79G12
RP11-59D10 página 7
156.89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9,69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-q34 .13
12,58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3,04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17.05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-Q31.3
11.68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-P24 0.3
8,92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53.40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31 qter
8,06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33.72
XX-P8708
CTB-99K24 página 5
12q24.31 qter
11.75
RP11-322N7
RP11-1K22 página 6 página 3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88.49
RP11-91E17
RP11-86O4 página 7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12 página 8
144.26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11,86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-Q31.3
9,62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1,41
RP11-212M6
RP4-586J11 página 7
5q21.1-qter
80.52
CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132.19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8,76
RP11-209P2
RP11 -470M1 página 8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74.37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-PTER
31.18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133.18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-Q31.3
39.71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77.65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63.31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60.87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31.25
XX -bac32
CTA-722E9 página 9
5q14.3-q23.2
33.06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8,44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88.89
RP11-7h16
RP11-368P1 página 8
145.95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13.60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133.18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3.16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58.59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12,93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134.52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18.03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-Q31.3
8.99
RP11-533P8
RP11 -505P2 página 11 -
- Francia El aberración más frecuente observada en los adenomas de glándulas pilórico se fueron vistos ganancias en el cromosoma 20 y las pérdidas en los cromosomas 5q y 6. Las ganancias en el cromosoma 20 en cuatro adenomas (40 %). Tres adenomas mostraron una ganancia de 9,8 Mb del cromosoma 20q13.12-q13.33, y se observó ganancia de todo el cromosoma 20 en el otro adenoma. Además, los beneficios se observaron en los cromosomas 1, 3q, 5q, 7, 9Q, 11q, 12q, 13q, 15q, 22q y 17. Un adenoma de la glándula pilórica mostró amplificaciones, situado en 12q13.2-q21.1 y 20q13.3-q13.33.
Cinco adenomas de glándulas pilórico (50%) mostraron pérdida de cromosoma 5q, dos de los cuales habían perdido un cromosoma entero brazo, mientras que dos adenomas mostró una Mb supresión de 5q11.2-q13.3 y un adenoma una deleción 40.3 Mb de 5q21.1-q31.2 22.4. se observó pérdida del cromosoma 6 en cuatro adenomas de glándulas pilórica (40%), tres de los cuales mostraron una pérdida completa de 6q y un adenoma mostraron una Mb supresión de 6p21.1-q16.3 51.2. No se observaron otras pérdidas cromosómicas en los cromosomas 1p, 2Q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20q, y 21. Una visión general de las aberraciones número de copias de ADN de los adenomas de glándulas pilórico se muestra en la Tabla 2.Table 2 Perspectiva general del número de copias de ADN cambia en 10 adenomas de glándulas pilórico

las aberraciones cromosómicas

clones de acompañamiento


tumor ID
Ganancias
pérdidas
tamaño del segmento gratis (Mb ) guía empresas Start
Fin
12
1q21.3-q23.3
9.95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-q43
14,07
RP11-375H24
RP11-80B9
3q
111.59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-q35 0.3
9.11
RP11-20O22
RP11-451H23
6q
115.76
RP11-524H19
RP5-1086L22 página 7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77.48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63,47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 -
- página 14
4 de 191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128.59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89.71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10,84
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CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16.81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
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RP11-567M21
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22q
32.53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13.57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110.28
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RP11-567M21
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10,84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-PTER
35.59
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RP11-204L3
1p33-qter
203,62
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RP11-551G24
2q31.1-qter
66.00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40.27
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5q31.3-qter
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CTD-2323H12
RP11-451H23
6q
113.61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134.52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
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20q13.2-qter
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RP11-15M15
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RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-Q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19 página 19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-q13 0.3
24.64
RP4-592P18
CTD-2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
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15q12-q26 0.3
77.21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-q23
31.31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10,02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9p-q13
66.57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-q21 0,1 (amplificación)
19.50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55.56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-q23
23.28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (amplificación)
14.62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43.15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130.26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62.57
CTB-62I11
RP11-506N21
6q
106.73
RP11-767J14
RP5-1086L22
Las aberraciones más comunes compartidos por tanto de tipo intestinal y pilórico adenomas de las glándulas eran ganancia de 9Q cromosoma (29%), 11q (29%), y 20q (33%) y la pérdida del cromosoma 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) y 13q (48%). Mediante la comparación de tipo intestinal y adenomas de glándulas pilórico, CGH multiarray reveló ocho clones ser significativamente diferentes, seis de los cuales fueron localizados en el cromosoma 6q14-q21 (p = 0,02 a 0,05) y dos clones en el cromosoma 9p22-p23 (p = 0,02 y 0,04, respectivamente) (Figura 1). No hay genes localizados en las regiones cubiertas por estos clones han sido conocidos por estar involucrados en procesos biológicos relacionados con el cáncer. Sin embargo, CGH multiarray Region, después de la corrección para la multiplicidad, produjo una tasa de falso descubrimiento (FDR) de 1 para todas estas regiones, lo que indica diferencias significativas entre los dos tipos diferentes de adenomas a nivel cromosómico. análisis de agrupamiento jerárquico no supervisado dio 2 grupos. No se encontraron asociaciones significativas aquí (p = 0,8). Figura 1 Comparación de copias de ADN alteraciones en el número de adenomas gástricos tipo glándula intestinal y pilórico. Un valor de p (eje Y) se calculó para cada clon, sobre la base de una prueba de Wilcoxon con lazos, y se representa con el fin cromosómica del cromosoma 1 a 22 (eje X). Ocho clones alcanzaron el nivel de significación (p < 0,05)., Pero no pudieron mantener una tasa de falso descubrimiento significativamente baja después de la corrección para comparaciones múltiples
Discusión
Dado el fenotipo heterogéneo de cáncer gástrico, el presente estudio dirigido principalmente para comparar los cambios de número de copias entre los adenomas de tipo intestinal y adenomas de glándulas pilórica, a fin de encontrar conduce hacia vías genéticas implicadas en la patogénesis del cáncer gástrico. Adenoma-a-carcinoma se observa progresión en el 30-40% de los adenomas de glándulas pilórico y en aproximadamente el 5-30% de los adenomas de tipo intestinal (que varía de aproximadamente 5% en adenomas tubulares a casi 30% para adenomas tubulovellosos y velloso) [9-11], lo que indica el potencial maligno directa de estos dos tipos de adenoma gástrico y haciendo adenomas un modelo adecuado para la detección temprana en la carcinogénesis gástrica.
pilórica adenomas de glándulas constituyen una entidad reconocida recientemente [8, 26]. A lo mejor de nuestro conocimiento, este tipo de adenomas nunca ha sido analizado por CGH array antes. El número medio de eventos en este tipo de adenoma fue de 5,4 (0-9), con 2,4 (0-7) ganancias y 3 (0-7) pérdidas. Esto es comparable con el número medio de aberraciones en los adenomas de tipo intestinal (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) y 3,1 (0-7) respectivamente). En los adenomas de glándulas pilórico, eventos frecuentes fueron el aumento en el cromosoma 20 y las pérdidas en los cromosomas 5q y 6, mientras que los adenomas de tipo intestinal mostraron principalmente el aumento en los cromosomas 8, 9Q, y 11q, y las pérdidas en los cromosomas 5q, 6, 10 y 13. En el presente estudio, la ganancia del cromosoma 7 era menos común que se encuentra anteriormente [16]. A pesar de estas regiones alteradas con frecuencia difieren entre los dos tipos de adenomas, los análisis de agrupamiento jerárquico no separó los grupos. Además, CGH multiarray Región no reveló diferencias significativas después de la corrección para comparaciones múltiples. Esta falta de diferencias estadísticamente significativas podría ser debido al tamaño limitado de la muestra se combina con el hecho de que, en general, adenomas muestran pequeñas aberraciones cromosómicas. Por otro lado, podría ser simplemente que estos morfológicamente diferentes entidades no difieren en términos de ganancias y pérdidas cromosómicas. Al no encontrar diferencias significativas en el nivel cromosómico no excluye otras diferencias genéticas y biológicas tales como la mutación o estado de metilación del promotor de genes específicos.
Aberraciones ya detectados en los adenomas pueden ser los primeros eventos en el proceso gradual de acumulación de cambios que pueden causar la progresión de adenoma a carcinoma. Como se esperaba, el número medio de eventos cromosómicas fue menor en comparación con los adenomas carcinomas [13, 14, 27]. Por otra parte, las amplificaciones de alto nivel son poco comunes en los adenomas, mientras que los carcinomas muestran con frecuencia amplificaciones de alto nivel [13, 16]. México La aberraciones que se encuentran en ambos de tipo intestinal y adenomas de glándulas pilórico, tales como pérdidas en el cromosoma 5q, también se detectan con frecuencia en carcinomas gástricos [15, 19, 28]. Anterior CGH mostraron un número significativamente mayor de las pérdidas del cromosoma 5q en el carcinoma de tipo intestinal en comparación a difundir el tipo de carcinoma [29]. Cromosoma 6, también perdió en ambos tipos de adenomas, con frecuencia se elimina en carcinomas gástricos tal como se determina por estudios de LOH [30, 31]. Por otra parte, se ha informado de deleción del cromosoma 6q de participar en una etapa temprana de la carcinogénesis gástrica, ya que las deleciones del cromosoma 6q se detectan con frecuencia en el cáncer gástrico precoz y también en metaplasia intestinal [31, 32]. Las pérdidas de los cromosomas 10 y 13 han sido previamente observado en los adenomas en las frecuencias más bajas. En los carcinomas gástricos, las ganancias y las pérdidas de los cromosomas 10 y 13 han sido observados por CGH estudios anteriores [15, 19, 21, 33]. El cromosoma 10 puertos del oncogén FGFR2
(10q26) y genes supresores de tumores PTEN /MMAC1 gratis (10q23) y DMBT1 gratis (10q25-q26), ambos implicados en la carcinogénesis, lo que podría explicar la observación de las ganancias y las pérdidas de los cromosomas 10 en carcinomas gástricos [34-36]. De hecho el cromosoma 13 puertos genes supresores de tumores tales como BRCA2 gratis (13q12.3) y el gen del retinoblastoma (RB1
) (13q14). Por el contrario, el aumento de cromosoma 13q se ha correlacionado con la progresión colorrectal-adenoma a carcinoma, y ​​la amplificación del cromosoma 13 se ha observado en adenomas gástricos con neoplasia intraepitelial graves [14, 37]. Por lo tanto, se mantiene la función precisa del cromosoma 13 aberración en cáncer gástrico por resolver. No se observaron
copia más frecuentes ganancias numéricas en los cromosomas 8, 9Q, 11Q y 20. Especialmente las ganancias de los cromosomas 8 y 20 son consistentes con los anteriores (matriz) CGH estudios, tanto en los adenomas gástricos y carcinomas gástricos [13-16, 19, 25], lo que implica esto como eventos tempranos en la génesis tumoral. Aunque la ganancia de cromosoma 11q no se ha descrito como un evento frecuente en adenomas, carcinomas en la ganancia o amplificación en el cromosoma 11q es común [13-16]. En el presente estudio el aumento de cromosoma 11q se observa con frecuencia en los adenomas, lo que implica el potencial maligno de estos tumores.
Conclusión
Estos datos indican que las ganancias en los cromosomas 8, 9Q, 11q y 20 y las pérdidas en los cromosomas 5q, 6, 10 y 13 son los primeros eventos en la carcinogénesis gástrica. A pesar de las diferencias fenotípicas, de tipo intestinal y adenoma de la glándula del píloro no difieren significativamente en el nivel de cambios de número de copia de ADN.
Métodos
material
Veintiún adenomas gástricos incluidos en parafina, 11 intestinal-tipo y 10 adenomas de glándulas pilórica, se incluyeron en este estudio (Figura 2A y 2B). los datos del tumor y los pacientes se presentan en la Tabla 3. Para cada caso, un área de tumor que consiste por lo menos 70% de las células tumorales fue demarcada en una hematoxilina y eosina 4 micras sección de tejido manchado. Adyacentes 10-15 secciones de tejido seriadas de 10 micras se tiñeron con hematoxilina y el área del tumor correspondiente se microdissected usando una cuchilla quirúrgica. En la última sección 4 micras "sandwich" se hizo y se tiñeron con hematoxilina y eosina, para comparar con la primera diapositiva como control. Después de la desparafinación, el ADN se extrajo mediante un método basado en columnas (QIAamp DNA Mini Kit; Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .Tabla 3 del tumor y la información del paciente
tumor ID
tipo adenoma
grado de displasia
Género

Edad
tumor ID
tipo adenoma
Grado de dysplasie
Sexo Edad

1
intestinal
Moderado
Hombre
75 página 12
glándula pilórica
Moderado
Hombre
78
2 intestinal
Moderado
Hombre
45 página 13
pilórica glándula
leve
masculina
50 página 3
intestinal
Moderado
masculina
80 página 14
pilórica glándula
grave
Mujer
76
4 de intestinal
Moderado
Hombre
79
15
glándula pilórica
Moderado
Mujer
85 página 5
intestinal
Moderado
Hombre
76
16
pilórica glándula
Moderado
Hombre
63
6
intestinal
Moderado
Hombre
75
17
glándula pilórica
leve
Mujer
86 página 7
intestinal
leve
Hombre
57
18
pilórica glándula
Moderado
Mujer
59 página 8
intestinal
Moderado
Hombre
64 página 19
pilórica glándula
Moderado
Hombre
69 página 9
intestinal leve

Hombre
63
20
pilórica glándula
Moderado
Mujer
78
10
intestinal leve

Hombre
75
21
glándula pilórica
Moderado
Hombre
? página 11
intestinal
Moderado
Mujer
45
Figura 2 hematoxilina y eosina (aumento original × 400) de tipo intestinal (A) y la glándula del píloro ( B) Los adenomas gástricos. A. de tipo intestinal adenoma del estómago compuesto por glándulas dispuestas irregularmente formados por epitelio de tipo intestinal con citoplasma eosinófilo y núcleos grandes. B. pilórica adenoma de la glándula del estómago compuesto de alta densidad espalda con espalda glándulas envasados ​​que consiste en células con citoplasma pálido y pequeños núcleos hipercromáticos redondas.
ADN genómico obtenido a partir de sangre periférica de diez individuos normales se agruparon (ya sean diez hembras o machos diez , en función del sexo del paciente del que se obtuvo el adenoma) y se utiliza como referencia de ADN control.
matriz CGH
matriz CGH se realizó esencialmente como se describe anteriormente [39]. Brevemente, 300 ADN tumorales ng y de referencia, el sexo-desajuste como control experimental, se marcaron por cebado aleatorio (Sistema Bioprime DNA Labelling, Invitrogen, Breda, NL), cada uno en un volumen de 50 l. nucleótidos no incorporados se eliminaron utilizando ProbeQuant G-50 microcolumnas (Amersham Biosciences). Cy3 marcado de ADN genómico de prueba y Cy5 etiquetado referencia ADN se combinaron y se co-precipita con 100μg de humano Cot-1 DNA (Invitrogen, Breda, Países Bajos) mediante la adición de 0,1 volúmenes de acetato sódico 3 M (pH 5,2) y 2,5 volúmenes de hielo frío etanol al 100%. El precipitado se recogió por centrifugación a 14.000 rpm durante 30 minutos a 4 ° C, y se disolvió en 130 l mezcla de hibridación que contiene 50% de formamida, 2 × SCC y SDS al 4%. La solución de hibridación se calentó durante 10 minutos a 73 ° C para desnaturalizar el ADN, seguido de 60-120 minutos de incubación a 37 ° C para permitir que el ADN Cot-1 para bloquear las secuencias repetitivas. La mezcla se hibrida en una matriz que contiene aproximadamente 5000 clones manchados por triplicado y se extienden a lo largo de todo el genoma con una resolución media de 1.0 Mb. Los clones se componen del clon Sanger BAC establecido con una resolución media a lo largo de todo el genoma de 1,0 Mb [40], el OncoBac establece [41], y los clones de interés, obtenidas del Hospital Oakland Research Institute de la Infancia (CHORI) seleccionado. Los clones seleccionados comprenden una colección de clones BAC en el cromosoma 6 rellenando los huecos de más de 1 Mb, y contigs de cobertura completa en regiones específicas en los cromosomas 8, 13 y 20. La hibridación se realizó en una en una estación de hibridación (Hybstation12 - Perkin Elmer Ciencias de la vida, Zaventem, BE) y se incubaron durante 38 horas a 37 ° C. Después de la hibridación, los portaobjetos se lavaron en una solución que contiene 50% de formamida, 2 × SCC, pH 7 durante 3 minutos a 45 ° C, seguido por pasos de lavado 1 hora a temperatura ambiente con tampón de PN (PN: 0.1 M de fosfato sódico, 0,1% de Nonidet P40, pH 8), 0,2 x SSC, 0,1 x SCC y 0,01 × SCC. adquisición imagen editorial y análisis de datos
las imágenes de las matrices se adquirieron por escaneo (Agilent Technologies Agilent DNA microarrays, escáner, Palo Alto, EE.UU. ) y la cuantificación de las intensidades de señal y fondo para cada punto de los dos canales de Cy3 y Cy5 se realizó por Imagene de software 5.6 (Biodescubrimiento Ltd, Marina del Rey, CA, EE.UU.). fondo local se resta de la señal se calcularon mediana intensidad y tumores de hacer referencia a las proporciones. Las relaciones se normalizaron contra el modo de las proporciones de todos los autosomas. Los clones con mala calidad de uno de los triplicados y la hibridación con una desviación estándar (SD) ≤ 0,22 y los clones con > 50% en los valores de todos los adenomas desaparecidos fueron excluidos, dejando a 4648 clones para su posterior análisis. Todos los análisis posteriores se realizaron teniendo en cuenta la posición clon de la congelación de la UCSC May2004 de la trayectoria de oro humano.
Array CGH liso [42, 43], se utilizó para la detección automática de puntos de interrupción para determinar las ganancias y pérdidas de número de copias. Desde variación en la calidad se observa en el ADN obtenido a partir de tejidos gástricos embebidos en parafina fijados con formalina, se aplicaron diferentes parámetros de suavizado, dependiendo de la calidad de la hibridación. Para los perfiles de CGH array con una desviación estándar menor o igual a 0,15, 0,15 y 0,20 entre o entre 0,20 y 0,22, al aplicar parámetros de suavizado para determinar las ganancias y las pérdidas fueron de 0,10, 0,15 y 0,20, respectivamente. Log 2 tumor para hacer referencia a la relación por encima de 1 fue considerado como la amplificación.
Análisis estadístico
análisis de agrupamiento jerárquico no supervisado se realizó para analizar las distribuciones de los perfiles genómicos de todos los adenomas utilizando software TMEV 3.0.3 [44] . Sobre la base de registro de suavizado normalizado 2 relaciones de tumor a normales de intensidad de fluorescencia, un árbol jerárquico se construyó utilizando los parámetros de enlace completa y la distancia euclídea. Pearson se utilizó la prueba de Chi-cuadrado para analizar las correlaciones entre la pertenencia al clúster y el tipo de adenoma (SPSS 11.5.0 para Windows, SPSS Inc, Chicago, IL, EE.UU.).

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