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PLOS ONE: L'association entre l'ADN du nombre de copies Aberrations à Chromosome 5q22 et gastrique Cancer

Résumé

Contexte

Le cancer gastrique est un cancer commun. Découverte de biomarqueurs génétiques nouvelles pourrait aider à identifier les personnes à risque élevé. Le nombre de copies variation (CNV) a récemment été montré à influencer le risque pour plusieurs cancers. Le but de la présente étude a cherché à tester l'association entre le nombre de copies à une région variante et GC.

Méthodes

Un total de 110 patients atteints de cancer gastrique et 325 volontaires sains ont été inclus dans cette étude. Nous avons cherché un CNV et a trouvé un CNV (Variation 7468) contenant une partie du APC
gène, SRP19
gène et la REEP5
gène. Nous avons choisi quatre sondes de ciblage à APC-intron8, APC-exon9
, SRP19
et REEP5 Comment faire pour interroger ce CNV. Les sondes Taqman spécifiques marquées par des fluorophores différents rapporteurs ont été utilisés dans une plate-forme de PCR en temps réel afin d'obtenir un nombre de copies. Tant les données non entiers d'origine et les données entières transformées sur le nombre de copies ont été utilisées pour les analyses.

Résultats

patients caner gastriques avaient un non entier nombre de copies inférieur à celui des contrôles pour le la sonde d'APC-exon9 (p ajusté = 0,026) et la sonde SRP19 de (p ajusté = 0,002). L'analyse du nombre de copies entier a abouti à un schéma similaire, bien que moins significative (p = 0,07 ajusté pour la sonde d'APC-exon9 et p ajusté = 0,02 pour la sonde SRP19 de).

pertes de conclusions d'une CNV à 5q22, en particulier dans la région d'ADN entourant APC-exon 9
, peut être associée à un risque plus élevé de cancer de l'estomac.

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, CJ Ma, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) L'association entre l'ADN du nombre de copies Aberrations à Chromosome 5q22 et le cancer gastrique. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10.1371 /journal.pone.0106624

Editeur: Qing Yi-Wei, Institut Duke Cancer, États-Unis d'Amérique

Reçu: 29 Avril 2014; Accepté 30 Juillet 2014; Publié: 11 Septembre 2014

Droit d'auteur: © 2014 Tsai et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités

Disponibilité des données:. La auteurs confirment que toutes les données sous-jacentes les résultats sont entièrement disponibles sans restriction. Toutes les données pertinentes sont dans le ses fichiers de renseignements à l'appui du papier et

Financement:. Ce travail a été soutenu par des subventions de l'hôpital de Kaohsiung University Medical (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), l'excellence pour le cancer Centre de recherche Grant grâce au financement du ministère de la Santé, Yuan exécutif, Taiwan, République de Chine (MOHW103-TD-B-111-05), et le Conseil national des sciences de la République de Chine (NSC 99-2320-B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Les fondateurs ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

le cancer gastrique (GC) est le quatrième cancer le plus fréquent et la troisième principale cause de décès par cancer chez les hommes dans le monde entier; le cinquième cancer le plus fréquent et la cinquième cause de décès par cancer chez les femmes [1]. Selon l'Agence Internationale pour la Recherche sur le Cancer (CIRC), le Japon, la Chine et la Corée ont un plus haut taux de GC [2] d'incidence. A Taiwan, GC était la sixième cause majeure de décès liés au cancer en 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm, consulté en Juin 2011). Le cancer gastrique est très complexe et présente une hétérogénéité dans les aspects cliniques, biologiques et génétiques. facteurs environnementaux connus qui influent sur GC comprennent Helicobacter pylori (H. pylori)
infection, les habitudes alimentaires, le tabagisme, les antécédents familiaux, et le sexe (un ratio supérieur mâle-femelle) [3]. Comme l'histoire de la famille est un facteur de risque majeur pour GC, des études récentes ont mis l'accent sur les facteurs génétiques qui jouent un rôle dans la GC. Plusieurs chercheurs ont documenté les altérations génétiques qui sont impliqués dans le développement du GC [4].

Le cancer gastrique présente souvent la présentation clinique tardive, et il est généralement diagnostiqué à un stade avancé et porte un mauvais pronostic. La détection précoce du GC est crucial pour l'amélioration de l'efficacité thérapeutique, et réduire la mortalité, par conséquent, l'identification de biomarqueurs génétiques pertinents pourraient aider à la détection précoce du GC. Un grand nombre d'associations entre les changements de génomique structurale et les maladies susceptibilité ont été éclaircis [5], [6]. Plusieurs modifications génétiques spécifiques, y compris la duplication et la mutation ont été suspectée ou avérée être liée à la progression de la GC [7]. ADN copie variations numériques (CNV) sont communs dans plusieurs cancers et d'autres effets de la maladie. Les variations dans le nombre de copies d'ADN pourraient être un indicateur de risque élevé de GC chez les individus. En utilisant l'hybridation génomique comparative (CGH) /CGH-array (aCGH) analyse, plusieurs régions génomiques ont été trouvés dans les cellules du GC ou les patients du GC d'avoir des gains de régions d'ADN comprenant 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, et 20q11-13 et des pertes de régions d'ADN, y compris 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13 et 18q22 [8] - [13]. Ces résultats indiquent que les motifs de l'instabilité chromosomique peuvent en corrélation avec les caractéristiques de la clinique-pathologique de GC.

Des études antérieures ont documenté des anomalies dans la polypose adénomateuse coli ( APC
) gène sur le chromosome 5q22 à résultat dans la polypose adénomateuse familiale (FAP), sans polypose cancer du côlon héréditaire et d'autres cancers [14] - [16]. La plupart des pertes fréquentes du nombre de copies à 5q22 chez les patients du GC de la différence raciale sont résumés dans le tableau S1 dans le dossier S1 [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Des études a rapporté que 15,4% en japonais [10], 35% en Corée [21], et 21% en turc [20] de GC patients présentaient des mutations de gènes à 5q14-22. Les pertes de nombre de copies au chromosome 5q22 a été trouvé pour être associé de manière significative avec le type histologique [13], [18], [19], le statut ganglionnaire [12] et les métastases [12] chez les patients du GC. En plus de la relation avec le cancer gastrique, perte de 5q a également été souvent impliqué dans le stade précancéreux [17], [22]. Ces études ont indiqué que le APC
gène peut jouer un rôle important dans la GC. Par conséquent, dans cette étude, nous avons testé l'association du nombre de copies à 5q22 avec GC dans la population taïwanaise.

Méthodes

Population
Étude

Un total de 110 patients du GC et 325 contrôles sains ont été recrutés à partir de Kaohsiung Medical University Hospital à Taiwan. Tous les patients étaient soit taïwanais ou chinois continentale. La présence de GC a également été pathologiquement confirmée. Le grade histologique a été classé selon les critères de Lauren [23]. La mise en scène de la tumeur était conforme à l'American Joint Committee sur le système Cancer (AJCC) de mise en scène [24]. Les sujets ayant d'autres tumeurs malignes ont été exclues de l'étude. Les sujets témoins étaient des volontaires en bonne santé qui ont participé à des bilans de santé réguliers dans le même hôpital. Aucun des contrôles avait des antécédents personnels de cancer ou d'autres troubles gastriques importants diagnostiqués au moment de l'inscription. Les protocoles et méthodes étude ont été approuvés par le Conseil de Kaohsiung Medical University Hospital Institutional Review. Tous les participants ont donné leur consentement éclairé écrit avant le début de l'étude.

Sélectionner candidat CNV
liés GC-

Le candidat CNV englobant le APC
gène sur le chromosome 5q22 ont été récupérés à partir d'une base de données publique (base de données des variantes génomiques, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~number=plural). Jusqu'en Novembre 2010, la base de données la liste des positions physiques pour 66,741 CNV situés dans des régions communes 15,963 CNV. Parmi eux se trouvait un CNV (Variation 7468) à 5q22 qui couvrent 127,5 kb (localisation chromosomique: 112.138.707 à 112.266.194, sur la base de NCBI construire 36 /version hg18) couvrant une partie de la APC
gène et SRP19
gène au brin d'ADN avant et le REEP5
gène au brin d'ADN inverse. Sur la base des tableaux de données CGH de 50 hommes français en bonne santé, la fréquence de gain et de perte de copies à cette région était de 2% et 2%, respectivement [25]. La littérature montre six mutations dans la région alternativement-épissage de l'exon 9 de la APC
gène à être associé à FAP [26] et le cancer du côlon [27], mais aucun n'a été signalé par rapport à GC.

Nous avons choisi deux sondes voisines interrogeant intron8 et exon9 du APC
gène, respectivement, une sonde pour l'em> gène , et une sonde pour la REEP5
gène pour détecter le nombre de copies de cette NVC RPPH1
a été utilisé comme gène de référence. Ces sondes sont disponibles dans le commerce à partir de TaqMan (Applied Biosystems Inc (ABI), CA, USA) et leurs informations détaillées sur les génomes (build 36 /hg18) est indiqué dans le tableau S2 dans le dossier S1 et la figure S1 dans S1 Fichier.

préparation de l'ADN génomique et PCR en temps réel pour la copie de détection de nombre

isolement de l'ADN a été réalisée en utilisant des kits disponibles dans le commerce d'isolement d'ADN (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Hambourg, Allemagne). La RNase A (Qiagen) a été utilisée pour digérer les ARN simple brin pour l'isolement de l'ADN exempt d'ARN. L'ADN génomique a été extrait à partir des leucocytes du sang périphérique. L'ADN a été quantifiée d'abord par absorption UV (Beckman DU 640 spectrophotomètre; Beckman Coulter, Brea, CA, USA) et ensuite amplifié par PCR en temps réel. Les concentrations d'ADN ont été ajustées à 10 ng /ul avant de génotypage. PCR en temps réel a été réalisée en utilisant les sondes Taqman dans un instrument ABI 7900HT PCR en temps réel (ABI). Commercialement sondes marquées par un colorant disponible FAM ont été conçus pour amplifier le APC
, SRP19
et REEP5
. VIC marqué par un colorant ribonucléase P ARN composante H1 (RPPH1)
a été utilisé comme contrôle endogène parce que RPPH1
a exactement deux copies par génome diploïde humain, qui est situé sur le chromosome 14q11.2 [ ,,,0],28]. Amorces et sondes ont été conçues de la séquence génomique (build 36 /hg18) en utilisant le logiciel propriétaire ABI. Le dosage du nombre de copies de TaqMan contenait 1 pl APC, SRP19 ou REEP5 de la sonde (20x, FAM marqué), 1 pl sonde mix de RPPH1 (20x, VIC marqués), 10 pl TaqMan PCR Universal master Mix (2x), 1,5 pl d'ADN génomique et 6,5 ul d'eau. Le protocole d'amplification utilisé pour la réaction est de 95 ° C pendant 10 min, puis 95 ° C pendant 15 s et 60 ° C pendant 1 min pendant 40 cycles. Un seuil de cycle seuil manuel (Ct) de 0,2 et une valeur de référence automatique ont été utilisés pour détecter la quantité de matrice de gènes cibles et RPPH1
gène par un logiciel de système de détection de séquence ABI (version 2.4). Pour chaque échantillon, quatre sondes ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
et REEP5
) ont été réalisées avec un contrôle interne. Les sondes cibles et de contrôle interne ont été chargés dans le même puits et chaque réaction a été réalisée en quatre exemplaires. Logiciel de CopyCaller ABI (version 1.0) a été utilisé pour calculer le nombre de copies entier de chaque sonde sur la base des données de PCR en temps réel. Nous avons calculé la moyenne et l'écart-type (SD) de quatre exemplaires de ACt pour chaque sujet. Pour contrôler la qualité des données, les données ont été filtré à l'aide de trois étapes. Seuls les sujets qui ont passé les trois étapes de contrôle de la qualité des données ont été utilisées dans les analyses ultérieures.

Copie contrôle
qualité de numéro

Pour le contrôle de la qualité des données, le nombre de copies de chaque sonde de réelle -time PCR a été filtré par trois étapes. Dans la première étape, les données provenant des tronçons individuels de PCR en temps réel ont été examinés. Les critères suivants ont été appliqués pour exclure de l'analyse: 1) VIC Ct > 32, probablement en raison d'un échec pour amplifier le signal interne RPPH1
, 2) toute sonde avec ACt > 4.0 ou 3) FAM Ct > 40 . Les données qui ont rencontré les deux derniers critères ont suggéré l'échec de l'amplification des sondes cibles, et donc les données ont été considérées comme peu fiables. Après la première étape, nous avons calculé la ACt moyenne pour chaque sujet d'étude
.

La deuxième étape était d'exclure la valeur aberrante de la moyenne ACt utilisant ± 3 SDs comme seuils. Une fois que les première et deuxième étapes, le nombre de copies de chaque sonde pour chaque personne a été calculé par la formule 2 -ΔΔCt × 2. Par conséquent, le nombre de copies ne peut pas être un nombre entier. Étant donné que le nombre de copies est théoriquement un nombre entier, nous avons encore suivi les instructions du logiciel CopyCaller pour estimer le nombre entier de chaque numéro de copie en utilisant la méthode d'analyse de vraisemblance maximale automatique basée sur la distribution de densité de probabilité pour tous les échantillons.

Enfin , selon la répartition du nombre de copies de nombre entier, z un score normalisé et la valeur de confiance ont été calculées. Une valeur supérieure absolue pour le z standardisé score et une valeur inférieure de confiance implicite plus grande variation. Comme suggéré par les lignes directrices de l'utilisateur du logiciel CopyCaller (ABI, version 1.0), la troisième étape pour le contrôle de la qualité des données est d'exclure tous les échantillons qui ont rencontré les deux critères suivants: 1) la valeur absolue du score z > 2,65 et 2) la valeur de confiance < 0,9. Seuls les participants qui ont passé les trois étapes du contrôle de la qualité des données ont été utilisées dans les analyses ultérieures.

Analyse statistique

Parce que seuls quelques-uns des participants avaient un nombre de copies supérieur à 3 ou moins d'un, le nombre de copies a été classé en trois groupes (≤1, = 2, ou ≥3). Pour tester l'association entre la catégorie du nombre de copies pour chaque état de la sonde et de la maladie, nous avons utilisé la régression logistique avec des ajustements pour l'âge et le sexe. Les odds ratios (RUP) et leurs intervalles de confiance à 95% (IC) ont été calculés. Nous avons également calculé le taux de la catégorie du nombre de copies à travers les quatre sondes de concordance. Le test de tendance Cochran-Armitage a été utilisé pour trouver la relation linéaire entre le nombre de copies de sondes cibles et le risque de GC. t de Student et de Mann-Whitney U (si pas normalement distribué) ont été utilisés pour comparer le nombre de copies de chaque sonde entre les patients du GC et des contrôles sains. Une valeur de p à deux queues < 0,05 a été considérée comme statistiquement significative. Les analyses statistiques ont été effectuées par la version du logiciel JMP 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA).

Les sujets de

Résultats

Tous les 110 patients du GC et 325 sujets témoins avaient copier les informations de numéro pour au moins l'une des quatre sondes à 5q22. La distribution des valeurs du nombre de copies pour chaque sonde est représentée sur la figure 1. les patients du GC étaient significativement plus âgés que les témoins en bonne santé (âge, moyenne ± écart-type: patients GC = 66,5 ± 13,8, Controls = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Les hommes représentaient une plus grande proportion (61,8%) des patients du GC, mais ils ne représentaient que 46,4% des témoins sains (p = 0,005). Parmi les patients du GC, 55 avaient H. pylori de l'infection, 28 n'a pas été infecté par H. pylori,
et 27 avaient pas de telles informations. 37 des patients du GC avaient la classification histologique Lauren (19 diffuse, 16 intestinale, et 2 sous-types mixtes); 34 avaient année de différenciation (3 bien différencié, 9 modérément différencié et 22 mal différencié); 45 avaient stade AJCC de la tumeur (12 stade I, 7 stade II, 13 stades III et 13 stades IV).

Association entre CNV et le cancer gastrique

Comme prévu, la plupart des participants l'étude avait 2 copies du segment CNV à proximité: allant de 78,2 à 92,6% parmi les 4 sondes dans les contrôles et de 87,3 à 93,6% chez les patients du GC. Le taux concordant pour le nombre de copies à travers les 4 sondes variait de 80,5 à 93,1% (tableau S3 dans le dossier S1). Ce nombre de copies était souvent variable dans une région plus vaste de connu fonctionnelle APC
et SRP19
. Par conséquent, les variations peuvent tenir compte de la longueur de la distance et des variations fonctionnelles (tableau S3 dans le fichier S1). Pour la sonde de APC-exon9
, 9,1% des patients du GC appartenait à copier le numéro de la catégorie 3, alors que 17,5% des contrôles étaient dans la catégorie 3 (OR = 0,48, IC à 95%: 0,22 à 0,93; brut p = 0,04, âge /sexe ajusté p = 0,07, tableau 1). De même, le nombre de patients GC étaient dans la catégorie 3 par rapport aux sujets témoins pour les trois autres sondes, mais les différences ne sont pas significatives (Tableau 1). En outre, une relation dose-dépendante a été observée entre le CPG et le nombre de copies de la sonde pour APC exon9
(tableau 1). Cela implique que les contrôles ont tendance à avoir une proportion plus élevée de gain de nombres de copies que les cas avec une valeur p tendance de 0,026 (âge /sexe ajusté p = 0,067 pour le test de tendance).

Parce que le nombre de copies était estimé à partir des données de PCR en temps réel, le nombre de copies initial était pas un entier et normalement pas distribué. Par conséquent, nous testons également l'association nonparametric entre les données non entières sur le nombre de copies et le statut de la maladie. Les médianes et interquartiles (IQRs) du nombre de copies de chaque sonde ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
et REEP5
) ont été comparés entre les patients du GC et des contrôles sains ( Tableau 1). Comme pour les résultats du nombre de copies du nombre entier, les patients du GC avaient un nombre de copies sensiblement inférieur par rapport aux témoins pour le APC-exon9
(brut p pour le test t = 0,006, p brut pour Mann-Whitney U test = 0,013, sexe /âge ajusté p = 0,026) et SRP19
(brut p pour le test t = 0,0004, p brut pour le test de Mann-Whitney U = 0,017, sexe /âge ajusté p = 0,002) sondes (Figure 1B et 1C Figure). Il n'y avait pas de différence significative pour les deux autres sondes CNV ( APC-intron8
et REEP5
) (figure 1A et la figure 1D). Une analyse plus poussée des corrélations entre le nombre de copies et GC classifications pathologiques cliniques, les résultats ont montré que pas de différence de nombre de copies significatif à exon-9 de APC
gène quel que soit histologique, les qualités de différenciation ou de stade TNM, qui pourrait en raison de petite taille des échantillons (tableau 2).

Discussion

Cette étude a utilisé 4 sondes pour étudier l'association entre nombre de copies variation sur le chromosome 5q22 et GC. Cette région couvre trois gènes: «fin de la APC
gène, l'ensemble SRP19
gène, et 3 '3 de la REEP5
gène. Pour la sonde de APC-exon9
, le contrôle a eu copie des valeurs numériques plus élevées que les patients du GC dans les trois analyses (par exemple, copier catégorie de numéro, test de tendance, et non entier nombre de copies). La sonde de SRP19
a également eu un nombre de copies sensiblement plus élevé (basé sur la copie catégorie de nombre et non entier analyses) dans les contrôles que chez les patients du GC. Pour le APC-intron8
et Les sondes REEP5 de, les valeurs du nombre de copies n'étaient pas significativement différente entre les patients du GC et le groupe témoin dans l'une des trois analyses. Les résultats de cette étude indiquent que le nombre de copies réduites dans la région de ce CNV peut être associée à un risque plus élevé de cancer de l'estomac.

Le APC
gène contenant 15 exons est situé sur le chromosome 5q21-22. La plupart des mutations de la APC
gène ont été observées dans l'exon 15 chez les patients FAP [26] et les patients du GC [29]. Six mutations dans la région alternativement épissée de l'exon 9 a été documenté pour être associé à FAP [26] et le cancer du côlon [27], mais ces mutations n'a pas été rapporté d'être associé à CG. Cette étude est la première à signaler l'association entre le nombre de copies à APC-exon9
et GC. A Wnt possible /β-caténine /Tcf signalisation voie de transduction associée à APC a été rapportée pour GC [30]. Une fonction principale de l'APC est supposé réguler β-caténine de connexion et ainsi la perte de la fonction APC peut entraîner l'instabilité du complexe β-caténine et de l'accumulation cellulaire de β-caténine. Lors de la translocation vers le noyau, caténine β sert un activateur de lymphocytes T dépendante du facteur de transcription, conduisant à une augmentation de l'expression de plusieurs gènes cibles spécifiques qui peuvent être impliqués dans la survenue de lésions gastriques allant de gastrite chronique, l'atrophie gastrique, métaplasie intestinale , dysplasie enfin adénocarcinome gastrique [31].

La plate-forme CGH a été largement utilisé pour les études sur le cancer, et les sondes de cette plate-forme couvrent souvent une région d'ADN de la région d'ADN de plus de 1 kb. Par conséquent, l'approche CGH est limitée dans l'identification des segments CNV lorsque les changements sont moins de 1 kb. Dans cette étude, nous avons utilisé des sondes TaqMan spécifiques marquées par des fluorophores différents rapporteurs (VIC et FAM) en une seule réaction. Cette approche nous a permis de détecter un changement d'ADN plus subtile. L'amplification par PCR pour chaque sonde testée sur la base ABI TaqMan ont été évalués pour être près de 100% d'efficacité [32]. Récemment, cette méthode a été largement utilisée pour d'autres maladies, telles que liées à l'âge et la dégénérescence maculaire asthme allergique [33], [34]. Avant nombre de copies génotypage, nos concentrations d'ADN génomique ont été rigoureusement quantifiés et contrôlés à l'aide de deux méthodes indépendantes: absorbance UV (rationnelle de plage de rapport de DO 260/280: 1,8 ± 0,2) et l'amplification par PCR de RPPH1
(gamme Ct rationnelle VIC: 25-27). Amplification de RPPH1
a été réalisée à la même ainsi que la sonde pour protéger contre les variations artificielles (telles que les différences dans le chargement de l'ADN ou de détection erronée du génotype null). Par conséquent, notre méthode peut être considérée comme fiable pour la caractérisation quantitative de la CNV fragmental. Sur la base des expériences précédentes CGH, des études ont rapporté que 2% de perte de copies et 2% des copies de gain au 5q22 chez les hommes français en bonne santé [25]. Nous avons utilisé des sondes TaqMan, qui ont une plus haute résolution pour détecter une région plus petite de la variation du nombre de copies, et a constaté que le pourcentage de perte de copies dans les 4 sondes variait de 0 à 2,7% dans les Taiwanais en bonne santé. Toutefois, une proportion plus élevée de copies de gain allant de 2,7% ( REEP5
) à 14,1% ( APC-exon9
), ont été observés chez les hommes en bonne santé. Comme pour les données pour les participants de sexe masculin, la fréquence de gain de copies de APC-exon9
était également élevé pour les participants de sexe féminin (20,2% des copies de gain). Cependant, une autre étude portant sur la population japonaise a également fait état d'une proportion plus élevée (20,6%) du gain nombre de copies à 5q où notre CNV enquête est situé [9].

Comme prévu, la plupart des participants avaient 2 copies de la CNV le segment entre les quatre sondes dans toutes les matières. Seul un taux concordant de 80% a été observée entre le nombre de copies mesurées par la sonde du APC-exon9 et le la sonde SRP19 de (Tableau S3 S1 Fichier). Ceci est en fait le plus faible taux de concordance de tous les taux appariées entre les sondes, cependant, les deux sondes ont été significativement associés à la GC. Il est possible que la variation 7468 est pas une CNV continue, mais il est considéré parce qu'il a été identifié en utilisant CGH, une technique avec une résolution plus faible que celles qui sont actuellement disponibles (par exemple, elle peut consister en plusieurs régions plus courtes avec des nombres de copies variables) . Par conséquent, la limite variable du gène pourrait être réduit de APC-exon9 à SRP19
. En ce qui concerne l'avant de APC-exon9
est concerné, si d'autres régions variables associées à GC existent nécessite une exploration plus poussée. Dans cette étude, il n'y avait aucune différence significative dans le nombre de copies entre les patients du GC et les contrôles dans APC-intron8
et même APC-intron7 (données non présentées).

Comme cela est le cas avec la plupart des efforts de recherche, notre étude a des limites. La taille de l'échantillon utilisé dans cette étude pourrait ne pas avoir été suffisante pour détecter une CNV avec un petit effet. informations En outre, nous avons limité sur la clinique des caractéristiques pathologiques (comme H. infection pylori
, le grade histologique, le grade de différenciation et le stade de la tumeur qui rend difficile pour les tests interaction de CNV et ces paramètres. Plus de sujets ont été nécessaires pour confirmer ce résultat à l'avenir. en conclusion, les pertes d'une CNV à 5q22 (Variation 7468), en particulier dans la région d'ADN entourant APC-exon 9, peut être associée à un risque plus élevé de cancer de l'estomac. une perte de ce CNV peut servir un nouveau biomarqueur pour identifier les individus à haut risque. Néanmoins, une grande association d'étude est justifiée pour confirmer l'utilité de ce biomarqueur et le mécanisme détaillé reste à clarifier.

Informations complémentaires
Fichier S1.
combiné de soutien dossier d'information. Tableau S1 dans S1 fichier. anomalie génétique sur le chromosome 5q22 dans les études de GC. Tableau S2 S1 fichier. Informations quatre sondes sur le chromosome 5q22 et sonde interne sur le chromosome 14q11. Tableau S3 S1 fichier. La concordance du nombre de copies entre chaque sonde adjacente (110 patients du GC et 325 témoins sains). Figure S1 dans S1 Fichier. Les emplacements des quatre sondes au CNV contenant APC /SRP19 /REEP5
gènes
doi:. 10.1371 /journal.pone.0106624.s001
(DOCX)

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