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PLOS ONE: Importance clinique de MLH1 méthylation et de l'île CpG Methylator Phénotype comme marqueurs pronostiques chez les patients atteints de cancer gastrique

Résumé

Contexte

Pour améliorer les résultats des patients souffrant de cancer de l'estomac, une meilleure compréhension des événements génétiques et épigénétiques sous-jacents de cette tumeur maligne est nécessaire. Bien que CpG île methylator phénotype (PSEC) et l'instabilité des microsatellites (MSI) ont été montré à jouer un rôle essentiel dans la pathogenèse du cancer gastrique, la signification clinique de ces événements sur les résultats de survie chez les patients atteints de cancer gastrique reste inconnue.

Méthodes

Cette étude comprenait une cohorte de patients atteints de cancer gastrique pathologiquement confirmé qui avait résections chirurgicales. Une cohorte de 68 cancers gastriques a été analysée. PSEC et MSI statuts ont été déterminées en analysant promoteur CpG statut île de méthylation de 28 gènes /loci, et l'instabilité génomique à 10 marqueurs microsatellites, respectivement. modèle à risques proportionnels de A Cox a été réalisée pour l'analyse multivariée, y compris l'âge, le stade, la différenciation de la tumeur, l'état de mutation, et combiné PSEC de KRAS / le statut de méthylation de MLH1 par rapport à la survie globale (OS).

Résultats

en analyse multivariée, plus OS était significativement corrélée avec étage inférieur anatomopathologique ( P
= 0,0088), la différenciation de la tumeur mieux ( P
= 0,0267) et CIMP-haut et état méthylé MLH1 3 '
( P
= 0,0312). Stratification du statut CIMP en ce qui concerne le statut de méthylation de MLH1 autre prédiction permis de pronostic du cancer gastrique.

PSEC
Conclusions et /ou statut de méthylation
MLH1 peut avoir un potentiel d'être des biomarqueurs pronostiques pour les patients atteints de cancer gastrique

Citation:. Shigeyasu K, Nagasaka T, Mori Y, Yokomichi N, Kawai T, Fuji T, et al. (2015) Importance clinique de MLH1 méthylation et de l'île CpG Methylator Phénotype comme marqueurs pronostiques chez les patients atteints de cancer gastrique. PLoS ONE 10 (6): e0130409. doi: 10.1371 /journal.pone.0130409

Editeur: Hassan Ashktorab, Howard University, ÉTATS-UNIS

Reçu le 18 Février 2015; Accepté: 20 mai 2015; Publié le 29 Juin, 2015

Droit d'auteur: © 2015 Shigeyasu et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, pourvu que l'auteur et la source originelle sont crédités

Disponibilité des données: Toutes les données pertinentes sont dans le ses fichiers de renseignements à l'appui du papier et

financement:. Ce travail a été soutenu par des subventions KAKENHI 19390351 et 20590572 à TN, et par des subventions R01 CA72851 et 181572 de l'Institut national du cancer, national Institutes of Health, et des fonds de l'Institut de recherche Baylor à AG

intérêts concurrents:. les auteurs ont déclaré qu'il n'y a pas des intérêts divergents existent

le cancer gastrique introduction est la deuxième cause de cancer. décès, avec la PI environ 700.000 mortalités confirmées chaque année dans le monde, bien que l'incidence a progressivement diminué [1-3]. Le cancer gastrique est généralement diagnostiqué à un stade avancé, qui est la principale cause de son mauvais pronostic [4]. Pour améliorer les résultats du cancer de l'estomac, l'identification des événements génétiques ou épigénétiques dans la progression du cancer de l'estomac est nécessaire. L'événement le plus important épigénétique dans la progression du cancer est la méthylation du promoteur de régions CpG de gènes clés suppresseurs de tumeur. les îlots CpG sont longues séquences presque 1 kb d'ADN à haute teneur en guanine-cytosine dans les régions promotrices des gènes [5]. Contrairement aux cellules normales, des îlots CpG au sein de gènes suppresseurs de tumeur dans les cellules cancéreuses sont souvent hyperméthylé, conduisant à un îlot CpG methylator phénotype (PSEC) [6,7]. silençage épigénétique des gènes liés à la tumeur en raison d'îlots CpG méthylation a été récemment rapporté dans le cancer gastrique. Aberrant CpG île méthylation de > 100 gènes de croissance réglementaires dans le cancer gastrique a jusqu'ici été rapporté [8-24], cependant, la signification clinique de PSEC dans le cancer gastrique reste inexplorée et mal compris

En revanche. , mismatch repair (MMR) carence dans le cancer gastrique est aussi un événement génétique importante. l'instabilité génomique dans le nombre de répétitions de microsatellites (ou microsatellites) est appelée instabilité des microsatellites (MSI). MSI est une caractéristique causée par un système ADN MMR défectueux. inactivation fonctionnelle des gènes MMR, tels que MLH1
ou MSH2
, par méthylation du promoteur est responsable du phénotype MSI-haut (MSI-H) dans le cancer gastrique. Dans une précédente étude, le cancer gastrique avec MSI-H a montré une fréquence plus élevée de l'emplacement antrale, sous-type intestinal, plus faible incidence de métastase ganglionnaire, et une amélioration de la survie, par rapport à stable microsatellite (MSS) ou MSI-L cancers gastriques [17,25 -30]. Cependant, la signification clinique de la déficience MMR dans le cancer gastrique reste inconnue.

Compte tenu de cette lacune dans la connaissance, dans cette étude, nous avons exploré l'importance de la carence PSEC et MMR dans le cancer gastrique et déterminé leur contribution comme pronostique marqueurs chez les patients atteints de cancer gastrique.

les échantillons de tissus de Matériels et méthodes

Cette étude a inclus une cohorte de patients atteints de cancer gastrique pathologiquement confirmé qui avaient subi une résection chirurgicale à l'Université Okayama Hôpital (Okayama, Japon) de 1998 à 2004. Un total de 68 tissus de cancer de l'estomac et de leur muqueuse gastrique normale appariés ont été analysés. Tous les tissus de la muqueuse gastrique normale ont été obtenus à partir de sites adjacents, mais au moins 5 cm de la tumeur d'origine. Tous les patients ont donné par écrit leur consentement éclairé et l'étude a été approuvé par le comité d'éthique de l'hôpital universitaire Okayama. Tous les patients ont fourni un consentement éclairé écrit pour l'utilisation de leurs données pour les analyses futures. Tous les cancers gastriques et de la muqueuse gastrique normale étaient des échantillons de tissus frais congelés, à partir duquel l'ADN a été extrait en utilisant un kit QIAamp DNA Mini (Qiagen).

MSI analyse
analyse

MSI a été réalisée par l'examen de 2 répétitions mononucléotidiques (BAT25 et BAT26), les répétitions 12 dinucléotides (D17S250, D18S35, D18S58, D18S69, D2S123, D4S1559, D4S2381, D4S470, D5S107, D5S346 et D8S87, TP53) et on répète tétranucléotidiques, MYCL, comme décrit précédemment [ ,,,0],31]. Tumeurs montrant des changements alléliques dans ≥5 de 15 marqueurs ont été classés comme MSI-H (ci-après appelée la «MSI»), et le reste ont été classés comme stable microsatellite (MSS).

Sodium modification bisulfite et PSEC analyses

Parce que hypermethylation fréquente de plusieurs gènes est l'un des traits caractéristiques des tumeurs avec PSEC, nous avons étudié l'état de méthylation du 28 promoteur CpG loci liés île ( APC
, CACNA1G
, CHFR
, COX2
, DAPK
, DCC
, hpp1
, MGMT-Mp région
, MGMT-Eh région
, mint1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3 ', p14
, p16
, RASSF1A
, RASSF2A-région1
, RASSF2A-région2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, SFRP2-région1
, SFRP2-
région2, UNC5C, 3OST2
, FOXL2
), et les séquences d'amorces correspondantes sont répertoriées dans le tableau S1. L'ADN génomique a été bisulfite modifié pour convertir tous les résidus de cytosine non méthylés à uraciles. En bref, 0,5-2,0 pg d'ADN ont été dénaturés dans NaOH, traitée avec du bisulfite de sodium, et purifié en utilisant le système ADN Wizard Clean-up (Promega). L'état de méthylation de chaque locus PSEC liée a été évaluée par analyse de restriction au bisulfite combinée (COBRA). la réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour COBRA a été effectuée sur une matrice d'ADN au bisulfite modifié dans un mélange de PCR de 25 ul contenant 12,5 pi de kit HotStarTaq Master Mix (Qiagen), 0,5 pmol /L de chaque amorce de PCR, et d'environ 25 ng d' ADN modifié par du bisulfite. Les produits de PCR ont été digérés par addition de l'enzyme de restriction à 37 ° C pendant 12 heures. L'ADN digéré a été séparé sur 3% des gels d'agarose à 1 x tampon de Tris-acétate-EDTA et coloré avec du bromure d'éthidium. ADN humain colique normale traitée avec SssI méthylase (New England Biolabs) a été utilisé comme témoin positif pour les alleles méthylés et de l'ADN à partir de lymphocytes normaux a été utilisé comme témoin pour les alleles non méthylés. L'eau a été utilisée comme témoin négatif PCR pour surveiller la contamination par PCR. PSEC haute a été définie comme au moins 10 de la méthylation de ces loci.

analyses KRAS de la mutation

Le séquençage direct a été réalisée pour identifier les KRAS
exon 2 (codon 12/13) des mutations. PCR pour gène Kras a été réalisée dans un mélange de PCR de 25 ul contenant 12,5 pi de HotStarTaq Kit Master Mix avec des amorces. Le kit de purification QIAquick PCR a été utilisée pour purifier les produits de PCR, et ils ont été directement séquence sur un séquenceur d'ADN ABI 310 [32].

Analyses statistiques

logiciel JMP (ver 10.0, SAS Institute Inc .) a été utilisé pour effectuer des analyses statistiques. test t de Student a été utilisé pour comparer les variables continues et le test exact de Fisher a été utilisé pour analyser les variables catégorielles. La survie globale (OS) a été mesurée à partir de la date de l'opération à la date du décès. La méthode de Kaplan-Meier et log-rank statistiques pour les différences entre les différents facteurs pronostiques ont été utilisés pour estimer les distributions du système d'exploitation. Cox modèles de risques proportionnels ont été utilisés pour calculer le ratio de risque (HR) avec un intervalle de confiance de 95% (IC) correspondant. Une analyse de régression logistique à variables multiples ou univariée a été réalisée pour déterminer les différences dans les RH entre chaque groupe. Tous les P
valeurs rapportées sont des deux côtés, et P
< 0,05 a été considérée pour indiquer la signification statistique.

Résultats

Population
Étude

Dans cette étude, nous avons étudié 68 patients atteints de cancer gastrique. Dans les CpG du promoteur de la MLH1 de gène, la propagation de la méthylation CpG au sein de sa région 3 a été déterminée à être un critique pour l'expression MLH1 [33]. Une description de la cohorte de patients et de diverses caractéristiques clinico fondées sur le sexe, l'âge, le stade, la différenciation de la tumeur, le statut MSI, KRAS de la mutation, et méthylation MLH1 3 '
est représenté dans le tableau 1. Ces statuts ont été comparés entre les groupes CIMP-haut et CIMP-bas. Parmi ces paramètres, le statut MSI et MLH1 3 '
état de méthylation ont montré des différences notables entre les 2 groupes (tableau 1).

statut de méthylation

28 CpG loci dont APC
, CACNA1G
, CHFR
, COX2
, DAPK
, DCC
, hpp1
, MGMT-Mp région
, MGMT-Eh région
, mint1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p14
, p16
, RASSF1A
, RASSF2A-région1
, RASSF2A-région2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, SFRP2 -region1
, SFRP2-région2
, UNC5C, 3OST2
et FOXL2
ont été analysés pour déterminer l'état de chaque PSEC cancer gastrique . spectre de ces loci de méthylation est représenté sur la carte de tuile (Fig 1a). Dans ces loci, CACNA1G
, CHFR
, DCC
, hpp1
, mint1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p16
, RASSF2A-région1
, RASSF2A-région2
, RUNX3
, SFRP2-région2
, UNC5C, 3OST2
et FOXL2
étaient significativement méthylé dans le groupe PSEC-haut (tableau 2).

résultats de survie chez les patients basés sur MLH1 3 '
méthylation et le statut CIMP dans les cancers gastriques

le chevauchement relation entre PSEC et statut de méthylation de MLH1 3 '
a été analysé. 10 patients étaient dans le PSEC haute / MLH1 3 '
méthylé, 1 patient était dans le CIMP-bas / MLH1 3'
méthylé, 20 patients étaient dans le PSEC haute / MLH1 3 '
non-méthylé et 37 patients étaient dans le CIMP-bas / MLH1 3'
groupes non méthylés (figure 1b). Les courbes de survie de Kaplan-Meier ont été générés en fonction de la statut MLH1 3 'de méthylation. Les taux d'OS 5 ans ont été déterminées pour les groupes méthylés et non méthylés MLH1 3 '
. Les taux d'OS 5 ans étaient significativement plus élevés dans le groupe
méthylé MLH1 3 'par rapport au groupe non-méthylé. (Log-rank P
= 0,0257; Fig 1c)

de même, les taux d'OS 5 ans ont été analysées pour les groupes CIMP-haut et CIMP-bas, et le taux était légèrement plus élevé dans le groupe PSEC haut que dans le CIMP-bas groupe, mais la différence n'a pas été significative ( log-rank P
= 0,0688;. la figure 1d)

Contribution de la carence en réparation des appariements et le statut CIMP à taux de survie

Les taux de survie à 5 ans ont été analysées et comparées parmi ces groupes; PSEC haute / MLH1 3 '
méthylé, PSEC-bas / MLH1 3'
méthylé, PSEC haute / MLH1 3 '
non-méthylé et CIMP-bas / groupes non méthylés MLH1 3 '
. Nous avons constaté que les taux de survie globale étaient plus élevés dans le combiné PSEC haute / MLH1 3 '
groupe méthylé, par rapport aux autres groupes où les différences ne sont pas statistiquement significatives (log-rank P
= 0,0706;. la figure 1E)

relation entre MLH1 de la méthylation et MSI

La relation de chevauchement entre les MLH1 5 '
méthylation et 3 '
statut de méthylation a été analysée. 10 patients ont été classés comme MLH1 5 '
méthylé / 3'
méthylé, 8 patients comme MLH1 5 '
méthylé / 3'
non méthylé, 1 patient comme MLH1 5 '
non méthylé / 3'
méthylés, et 49 patients comme 5 '
non-méthylé / 3'
non méthylés (figure 2a). Dans le groupe méthylé MLH1 3 '
, plus de 80% des patients ont montré MSI. En revanche, dans le groupe non méthylé MLH1 3 '
, presque tous les cas ont montré MSS (Fig 2b). Les courbes de survie de Kaplan-Meier ont été générés en fonction de statut MLH1 5 'de méthylation. Les taux de survie à 5 ans ont été analysées pour les MLH1 5 '
groupes méthylés et non méthylés, et le taux était légèrement plus élevé dans le MLH1 5'
groupe méthylé que dans le non groupe méthylé, mais les différences ne sont pas significatives (log-rank P
= 0,1009; la figure 2c). Les courbes de survie de Kaplan-Meier ont été générées en fonction du statut MSI. Les taux de survie à 5 ans ont été analysées pour les groupes MSI et SMS, et le taux était légèrement plus élevé dans le groupe MSI que dans le groupe MSS, mais les différences ne sont pas significatives (log-rank P
= 0,1316; Fig 2d).

l'analyse multivariée des prédicteurs de résultats de survie

A Cox modèle des risques proportionnels, y compris l'âge, le stade, la différenciation, l'état de mutation de KRAS et PSEC /
statut de méthylation MLH1 3 'par rapport à OS a été utilisé pour effectuer une analyse multivariée (tableau 3). Seulement étape ( P
= 0,0088), la différenciation ( P
= 0,0267), et PSEC / le statut de méthylation de MLH1 ( P
= 0.0312) étaient prédicteurs statistiquement significatifs de l'OS. Le risque relatif était significativement plus faible dans le PSEC haute / groupe méthylé MLH1 3 '
.

Discussion

méthylation de l'ADN dans les cellules cancéreuses est devenu un sujet d'intenses recherches. L'inactivation de gènes suppresseurs de tumeurs par méthylation CpG des régions de promoteur accélère la carcinogenèse en raison de la régulation du cycle cellulaire et la prolifération aberrante [15]. Certains candidats aberrantly gènes méthylés dans le cancer gastrique ont été rapportés. RASSF1A
, p14ARF
et MGMT
[34-38]; CHRNA3
, DOK1
et GNMT
[39]; p16
, hMLH1
, mint1
, MINT2
, MINT12
, MINT25
, et MINT31
[40]; APC
, CDH1
, MHL1
, CDKN2A
, CDKN2B
et RUNX3
[17 ]; CDH1
[41]; DKK3
[42]; PTEN
[43]; MGMT
[44]; TFPI2
[22]; CACNA2D3
[45]; PCDH10
[46]; SOX2
[47]; LTA
[48]; et COX2
[49] ont déjà été signalés à hyperméthylé dans le cancer gastrique. Méthylation de p16
promoteur îlots CpG est un marqueur potentiel malin de la dysplasie dans l'estomac [50]. Méthylation de MGMT
est associée à un stade avancé et de mauvais pronostic [44]. Aberrant méthylation de l'ADN dans ces gènes peut favoriser le développement du cancer gastrique. Toutefois, les gènes cibles précises de hypermethylation pour cancérogenèse restent inconnus [51,52].

Concurrent méthylation CpG dans de multiples gènes a été définie comme PSEC dans le cancer colorectal (CRC) et le cancer gastrique [15,40,53- 57], et on a montré une corrélation avec une hyperméthylation de gènes suppresseurs de tumeur. Cependant, les preuves de PSEC dans le cancer gastrique est pas aussi convaincante que dans le cas des CRC [58,59]. Dans le cancer gastrique, PSEC haute a été décrite dans 41% [40] et 31% [54] tumeurs. Les patients atteints de cancer gastrique PSEC élevé ont survie significativement plus courts que ceux avec PSEC-bas cancer gastrique [54,60]. Un autre rapport a montré que le PSEC a été associé à une meilleure survie dans le cancer gastrique [54]. La méta-analyse récente a mis l'accent sur la forte relation de PSEC avec H. pylori, EBV, et MSI, mais PSEC ne pouvait pas montrer un potentiel pronostique pour le cancer gastrique [61].

En revanche, l'instabilité au microsatellites répétitions au sein de divers gènes de croissance réglementaire est défini comme MSI. Un panneau standard, tel que le panneau NCI, il est recommandé, y compris mononucléotide (BAT26 et BAT25) et dinucléotide (D2S123, D5S346 et D17S250) répète [62]. Trois niveaux de MSI peuvent être identifiés: haut niveau MSI (MSI-H), bas niveau MSI (MSI-L), et MSS. Le phénotype MSI-H dans le cancer gastrique a été rapportée pour tenir compte de 5% -50% des tumeurs positives MSI [17]. MSI est une caractéristique causée par un système ADN MMR défectueux. inactivation fonctionnelle des gènes MMR, tels que MLH1
ou MSH2
, par mutationnelle inactivation et la méthylation du promoteur est responsable du phénotype MSI-H dans le cancer gastrique. En particulier, semblable à CRC, la méthylation de MLH1
est associé avec le phénotype MSI-H [15,40,63,64] parce que MLH1 de la méthylation précède la perte d'expression de la protéine. Leite M et al. rapporté que promoteur de hypermethylation de MLH1 a été observée chez 78,7% (70/89) des cas analysés MSI [65]. La méthylation de la région 3 'de la MLH1 de promoteur, qui est proche de son site d'initiation de la transcription (TSS), est nécessaire pour le silençage génique. L'extrémité 5 'du promoteur est également sujette à une méthylation, mais il est important de ne pas fonctionnellement à moins que la méthylation se prolonge à la critique région 3' [66,67]. le statut MSI est responsable de la mutation des gènes régulant le cycle cellulaire et la signalisation apoptotique, y compris TGFβRII
, IGFIIR
, TCF4
, RIZ
, BAX
, CASPASE5
, FAS
, BCL10
et APAF1
[17,25] et gènes maintien de l'intégrité génomique , y compris MSH6
, MSH3
, MED1
, RAD50
, BLM, ATR
, et MRE11
[17,68]. cancers gastriques avec MSI-H montrent une fréquence plus élevée de l'emplacement antrale, sous-type intestinal, plus faible incidence de métastase ganglionnaire, et une amélioration de la survie par rapport à ceux du cancer gastrique avec MSS ou MSI-L [17,25-30].

Comme décrit ci-dessus, le PSEC et le statut MMR-déficit sont des caractéristiques clés de cancer de l'estomac et peuvent refléter des différences de survie chez les patients souffrant de cette affection maligne. Une corrélation significative entre PSEC et MSI a été rapporté dans le GC [61]. Toutefois, les données concernant les effets synergiques de ces paramètres sont rares, et une analyse multivariée de ces paramètres génétiques et épigénétiques est requis. Dans notre étude, CACNA1G
, CHFR
, DCC
, hpp1
, mint1
, MINT2
, MINT31
, MLH1 5 '
, MLH1 3'
, p16
, RASSF2A-région1
, RASSF2A-région2
, RUNX3
, SFRP2-région2
, UNC5C, 3OST2
et FOXL2
étaient significativement méthylé dans le groupe PSEC haute. En particulier, nous avons rapporté la méthylation du promoteur de FOXL2
dans le cancer gastrique. FOXL2
est un gène codant pour un facteur de transcription forkhead et est essentiel pour la fonction ovarienne [69]. FOXL2
régule le cycle cellulaire en induisant G1 arrestation et protège les cellules contre les dommages oxydatifs en favorisant oxydé réparation de l'ADN et en augmentant la quantité de l'agent glutathion anti-oxydant [69]. FOXL2
supprime la prolifération, l'invasion et favorise l'apoptose des cellules de cancer du col [70]. La méthylation du promoteur de FOXL2
peut avoir un rôle important dans la tumorigenèse dans le cancer gastrique. En revanche, méthylation MLH1 3 'était nécessaire pour la déficience MMR et montré MSI. Le MLH1 3 '
groupe de méthylation avait une tendance à un bon pronostic dans l'estimation de survie de Kaplan-Meier.

Cependant, PSEC et le déficit MMR sont dépendants les uns des autres. MSI-associés CRC sporadiques se produisent à travers un processus qui implique PSEC [66,71]; Par conséquent, l'analyse statistique intégrée du déficit PSEC et ROR doit être effectuée. Par exemple, dans les adénocarcinomes duodénaux, PSEC / l'état de méthylation de MLH1 a montré une valeur pronostique significative dans les deux OS et le délai de récurrence (TTR) en analyse multivariée [72]. Les patients atteints de PSEC haute / tumeurs -unmethylated de MLH1 avaient le pire OS et TTR [72]. Dans notre analyse multivariée des patients atteints de cancer gastrique, seul le groupe méthylé PSEC haute /MLH1 3 '
avait un bon pronostic. La raison de bon pronostic dans le PSEC haute / groupe méthylé MLH1 3 '
reste inconnue. Ce phénomène peut être dû à l'inactivation synergique des gènes vitaux en raison de la mutation et la méthylation du promoteur. Pour confirmer davantage nos résultats, nous avons effectué une validation indépendante de nos résultats à partir des données des patients soumis à la base de données Cancer Genome Atlas (TCGA). [73-75] PSEC haute / Le groupe hyper-méthylé de MLH1 montré plus fréquentes métastases ganglionnaires lymphatiques (p = 0,0009), le stade avancé de la maladie (p = 0,0078; S1 fichier), et légèrement meilleure survie sans maladie (fichier S2). D'autre part, le statut CIMP /MSI ne peut pas montrer la valeur significative comme marqueur pronostique (tableau S2). Ce résultat montre que MLH1
a le rôle le plus important parmi les gènes MMR dans la carcinogenèse du GC. Une enquête plus poussée est nécessaire pour élucider la relation entre le statut CIMP et le déficit MMR. Cette approche conduira à une nouvelle stratégie pour le traitement du cancer gastrique.

En conclusion, nos données suggèrent que la stratification des patients atteints de PSEC basé sur le statut de méthylation de MLH1 peut permettre la prédiction du cancer gastrique pronostic. Le PSEC haute / groupe méthylé MLH1 3 '
avait bon pronostic, mais d'autres groupes peuvent nécessiter un traitement intensif pour l'amélioration de la survie, qui doit être validée dans les études futures.

Informations complémentaires
S1 fichier. Relation entre PSEC et MLH1 de la méthylation chez les patients atteints de cancer gastrique dans la base de données TCGA.
Nous avons étudié l'état de méthylation du 17 promoteur CpG loci liés île ( APC
, CACNA1G
, CHFR
, DAPK
, DCC
, MGMT
, MINT
, MLH1
, p16
, RASSF1
, RASSF2
, RASSF3
, RASSF5
, RASSF6
, RUNX3
, SFRP2
, et
UNC5C) dans la base de données TCGA (TCGA provisoire). Upper 25% de chaque locus a été déterminée comme hyper-méthylés. PSEC haute a été définie comme au moins 5 de l'hyper-méthylation de ces loci (figure A). La relation de chevauchement entre PSEC et le statut de méthylation de MLH1 a été analysée. 55 patients étaient dans le PSEC haute / méthylés, 29 patients de MLH1 étaient dans le CIMP-bas / méthylés, 77 patients de MLH1 étaient dans le PSEC haute / MLH1
non méthylé et 177 patients étaient dans le CIMP-bas / groupes non méthylés de MLH1 (figure B). Corrélation entre la profondeur de la tumeur, métastase ganglionnaire, métastases à distance, Stade et PSEC / le statut de méthylation de MLH1 ont été analysées en utilisant le test exact de Fisher. Positive métastase ganglionnaire (p = 0,0009) et l'étage supérieur (p = 0,0078) étaient positivement corrélés avec PSEC haute / groupe méthylé de MLH1 (Figure C)
doi:. 10.1371 /journal.pone. 0130409.s001
(DOCX)
S2 fichier. la survie sans maladie chez les patients atteints de cancer gastrique dans la base de données TCGA.
courbes de survie de Kaplan-Meier ont été générés en fonction de la MLH1
état de méthylation. Les taux de survie sans maladie ont été déterminées pour les groupes méthylés et non méthylés du MLH1. Maladie des taux de survie sans étaient légèrement plus élevés dans le groupe méthylé de MLH1 par rapport au groupe non-méthylé, mais la différence n'a pas été significative (log-rank P
= 0,1173) (figure A). Maladie taux de survie libres ont été analysés pour les groupes CIMP-haut et CIMP-bas, et le taux était légèrement plus élevé dans le groupe PSEC haut que dans le CIMP-bas groupe, mais la différence n'a pas été significative (log-rank P
= 0,1847) (figure B). Maladie taux de survie libres ont été analysés et comparés entre PSEC haute / groupes méthylés et autres
MLH1. Nous avons constaté que les maladies gratuitement les taux de survie étaient légèrement plus élevés dans le combiné PSEC haute / groupe méthylé de MLH1, par rapport aux autres groupes où les différences ne sont pas statistiquement significatives (log-rank P = 0,1073) (Figure . C)
doi: 10.1371 /journal.pone.0130409.s002
(DOCX)
S1 Table. Les séquences des amorces
doi: 10.1371. /journal.pone.0130409.s003
(DOCX)
S2 Table. L'analyse multivariée des facteurs prédictifs des résultats basés sur le statut CIMP /MSI
doi:. 10.1371 /journal.pone.0130409.s004
(DOCX)

Remerciements

Les auteurs souhaitent Merci M. Toru Nakai, Mme Tae Yamanishi, et M. Akihiro Nyuya pour l'assistance technique.

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