Le microbiome humain fait référence à l'ensemble complet des microbes qui peuplent le corps humain, tant à l'extérieur qu'à l'intérieur. Cela représente environ 100 billions de bactéries, virus, champignons et autres micro-organismes qui habitent le corps humain de leur hôte. Le composant principal, de loin, est constitué de bactéries, appartenant à plusieurs centaines d'espèces et de familles. Cependant, la composition du microbiome est en constante évolution.
Les changements dans le microbiome pulmonaire peuvent aider à prédire dans quelle mesure les patients gravement malades réagiront aux soins, selon une nouvelle recherche publiée en ligne dans l'American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine de l'American Thoracic Society. Crédit d'image:Médecine du Michigan
La même équipe a découvert plus tôt que les patients qui développent un syndrome de détresse respiratoire aiguë, ou SDRA, qui est une maladie grave associée à une inflammation pulmonaire souvent mortelle et à un excès de liquide, ont une fonction immunitaire très variable. Ils ont également découvert que le déplacement des bactéries intestinales dans les poumons peut contribuer à son développement. Une autre étude a montré qu'une étude du microbiome pulmonaire chez les patients atteints de fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) est également utile pour prédire les résultats cliniques.
Auparavant, les gens considéraient les poumons comme un environnement stérile, mais des techniques avancées pour rechercher des bactéries dans les poumons basées sur la détection d'ADN ont prouvé qu'il existe des communautés bactériennes en constante évolution et adaptation de nombreux types différents dans les poumons.
Lorsque la personne est très malade, la composition bactérienne pulmonaire change à nouveau, en raison de l'altération des défenses immunitaires pulmonaires. C'est une connaissance déjà établie.
Les chercheurs ont examiné les types de bactéries pulmonaires chez 91 patients gravement malades, pour évaluer leur relation avec le résultat éventuel des soins. Ils ont mesuré le niveau de bactéries, les types de bactéries dans les poumons, et l'emplacement typique de ces bactéries. Ils ont également compté le nombre de jours sans ventilateur.
L'étude montre qu'il existe une forte association entre le microbiome pulmonaire en termes de niveau de bactéries et la présence de bactéries intestinales dans les poumons, avec le nombre de jours que le patient passe hors du ventilateur.
En particulier, plus le nombre de bactéries dans les poumons est élevé le lendemain de l'admission en unité de soins intensifs (USI), le plus bas est le nombre de jours sans ventilateur. Ce résultat est resté solide et n'a pas changé après ajustement en fonction de la gravité de la maladie ou du fait que le patient souffrait ou non d'une pneumonie. Ceci en dépit du fait que la pneumonie implique automatiquement un plus grand nombre de bactéries dans les poumons.
En outre, lorsque les types de bactéries dans le poumon ont également été identifiés, cela a aidé à offrir un pronostic plus précis des résultats après les soins du patient en soins intensifs. Si deux bactéries plus communément trouvées dans l'intestin, à savoir, Lachnospiracées et Entérobactéries , ont été trouvés dans les poumons en culture, le résultat était généralement pire.
Troisièmement, si Entérobactéries étaient présents dans les poumons, le patient était susceptible d'avoir un SDRA.
Robert Dickson, l'auteur principal de l'étude, explique, « Ce que l'étude actuelle nous dit, c'est que cette perturbation du microbiote pulmonaire est cliniquement significative. Chez des patients par ailleurs similaires, les différences dans les bactéries pulmonaires aident à expliquer qui guérit et qui ne guérit pas.
L'étude du microbiome pulmonaire chez cet ensemble de patients pourrait ainsi identifier un nouvel axe de prévention et de traitement des maladies graves. En effet, le microbiome pulmonaire peut potentiellement être modifié par une intervention médicale, alors que de nombreux autres facteurs dans le cas des patients gravement malades ne le peuvent pas, tels que leur potentiel génétique ou le type de maladies sous-jacentes qu'ils ont déjà.
Dickson explique, « Il est important de prévoir les résultats des soins intensifs, mais ce que nous voulons vraiment, c'est une cible pour la thérapie. Nous devons déterminer si le microbiome pulmonaire est quelque chose que nous pouvons modifier, soit pour prévenir les lésions pulmonaires, soit pour les aider à se résoudre plus rapidement.
Et dans le cas de l'ARDS, disent les enquêteurs, l'étude établit que différents patients ont des résultats très différents. Selon l'auteur principal Lieuwe Bos, « Savoir que la fonction immunitaire et le microbiome diffèrent chez ces patients peut non seulement nous aider à prédire les résultats de nos patients, mais aussi à les changer pour le mieux. »
Les chercheurs reconnaissent que des recherches supplémentaires sont nécessaires pour valider les résultats, car ils ne contrôlaient pas certains facteurs de confusion tels que l'utilisation antérieure d'antibiotiques avant l'admission en soins intensifs. De plus, ils ne pouvaient pas dire avec certitude si les bactéries associées à l'intestin dans les poumons de certains de ces patients provenaient réellement de l'intestin et avaient migré vers les poumons, ou s'ils y sont arrivés à cause d'une aspiration par le patient (le mouvement accidentel de nourriture, liquide ou contenu de l'estomac dans les voies respiratoires), ce qui est également un phénomène courant chez les patients très malades.
Les scientifiques veulent essayer de modifier les microbiomes pulmonaires et observer si cela produit un effet sur les résultats de ces patients. Ils doivent effectuer à la fois des essais prospectifs sur l'homme et des études animales pour modéliser des sujets gravement malades chez lesquels des manipulations du microbiote pulmonaire doivent être effectuées.
Le spécialiste pulmonaire James Kiley appelle l'étude un peu plus dans la pile croissante de preuves que le microbiome pulmonaire est intimement lié aux maladies pulmonaires. Il termine, « Il est important que nous continuions à explorer le microbiome et d'autres facteurs qui contribuent aux maladies pulmonaires et aux résultats cliniques. »
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