pylorigenotypes Helicobacter identifiés dans les échantillons de biopsie gastrique chez des patients jordaniens

Helicobacter pylori
génotypes identifiés dans les échantillons de biopsie gastrique de patients jordaniens
Résumé de l'arrière-plan
La diversité génétique de Helicobacter pylori
peut être analysé à deux niveaux différents: la variation génomique entre les souches provenant de différentes individus, et la variation dans les populations bactériennes dans un hôte individuel. Nous avons signalé pour la première fois les génotypes de H. pylori chez les patients souffrant de maladies gastro-intestinales jordaniennes.
Méthodes
endoscopie Haute a été réalisée sur 250 patients présentant des symptômes de maladies gastro-intestinales. Plusieurs échantillons de biopsie gastrique ont été prélevés dans l'antre. Résultats Tous les biopsies ont été testées par PCR pour les gènes de virulence de H. pylori vacA
, cagA
et iceA
, et 151 ont été testés par l'histologie.
Les biopsies positives pour H. pylori
par PCR étaient 110/250 (44%), et par histologie 117/151 (77,5%), et ces résultats ont été fortement associés (P
< 0,02). Les analyses des gènes de virulence ont révélé que iceA2
(73,6%) est le génotype prédominant, l'allèle du vacA
était plus fréquemment identifiée que l'allèle du vacA
, alors que le génotype de l'cagA était faible (26,4 %). La présence de certains génotypes peut être associée à une autre, mais la présence de certains génotypes n'a pas été significativement associée à l'âge ou le sexe du patient.

Conclusion Les résultats illustrent la nature géographique de la diversité génétique des H. pylori
, comme les génotypes identifiés sont similaires à ceux rapportés dans les pays voisins. Cette étude fournit des données de base de H. pylori
génotypes identifiés dans les échantillons de biopsie gastrique de Jordanie, servant d'outil épidémiologique puissant pour des enquêtes prospectives afin de mieux comprendre la diversité génétique de ce pathogène.
Fond
Helicobacter pylori
est un agent pathogène gastrique qui infecte chroniquement plus de la moitié de toutes les personnes dans le monde entier. Dans les pays en développement, 70-90% de la population porte H. pylori
; la quasi-totalité de ces acquérir l'infection avant l'âge de 10 ans [1]. Dans les pays développés, la prévalence est plus faible, allant de 25 à 50% (8) [1], en raison des conditions socio-économiques améliorées au cours des dernières décennies [2]. Par conséquent l'infection de H. pylori dans les pays en développement peut contribuer à la malnutrition infantile et d'augmenter le risque ou la gravité de l'infection par d'autres agents pathogènes gastro-intestinaux tels que Vibrio cholerae
[3]. La plupart des personnes infectées sont asymptomatiques ou présentent une gastrite chronique [1, 4]. Les différences dans les résultats de la maladie peut être le résultat d'un certain nombre de facteurs qui comprennent; facteurs de l'hôte, les facteurs environnementaux, et les différences dans la prévalence ou l'expression de facteurs de virulence bactériens [4, 5]. La diversité génétique de H. pylori
peut être analysé à deux niveaux différents: la variation génomique entre les souches provenant de différents individus, et la variation dans les populations bactériennes dans un hôte individuel [6]. Amplifié à l'aide d'au hasard polymorphique-PCR de l'ADN et de l'empreinte génétique, il a été montré que les souches provenant de patients infectés non apparentés ont les empreintes digitales uniques, alors que les souches isolées à partir de membres de la famille ont très semblables mais non identiques des motifs [7]. Ces résultats impliquent que les différences observées entre les souches infectant membres de la famille ont eu lieu après la primo-infection. Cette diversité génétique peut être observée chez H. pylori de gènes de virulence; cagA
, vacA
et iceA
.
A cytotoxine vacuolante qui blesse les cellules épithéliales est codée par vacA de gène [8, 9], qui contient au moins deux parties variables [10] . la région des vacas (qui code pour le peptide signal) existe en tant que types alléliques S1 ou S2, parmi les souches de type s1, les sous-types S1a, S1b, et S1C ont été identifiés [11]. Le m région (milieu) se produit comme eux1 ou le type allélique m2, entre le type m2, deux sous-types ont été identifiés, désignés m2a et M2B. En général, le type s1 m1 et souches s1 de m2 de type produisent des niveaux élevés et modérés de la toxine, respectivement, tandis que les souches m2 s2 montrent une activité de toxine peu ou novacuolating [10].
Le gène ICEA
, codant pour une restriction putative enzyme, qui semble être induit lorsque H. pylori
rencontre des cellules épithéliales montre la variation allélique selon la mutation ponctuelle, ce qui entraîne deux types alléliques, le iceA1
et iceA2
[6]. Une étude de l'infection de H. pylori chez les patients soumis à une endoscopie digestive haute en Jordanie a rapporté une prévalence élevée [12], et a confirmé que sa présence était significativement associée à la gastrite et de l'ulcère gastro-duodénal. Les rapports d'étude en cours pour la première fois en Jordanie, le H. pylori
génotypes identifiés dans les échantillons de biopsie gastrique
. Méthodes
Patients
Un total de 250 patients consécutifs qui ont visité l'hôpital Roi Abdullah, et la Princesse Basma Hôpital entre Juillet 2003 et mai 2004, pour l'endoscopie supérieure ont été inclus dans l'étude. Ces deux hôpitaux universitaires sont affiliés à l'Université jordanienne des sciences et de la technologie, où l'étude a été menée. Les biopsies ont été prélevés dans l'antre. L'étude a été approuvée par le Comité d'éthique de l'Université. Chaque patient a signé un consentement éclairé avant la collecte de spécimens, et tous les échantillons cliniques ont été testés Undercode de données
Les informations fournies dans les rapports de pathologie ou les dossiers des patients a été enregistré pour chaque patient, qui comprend:. Le numéro de l'hôpital du patient , l'âge, le sexe, les antécédents, le diagnostic clinique basé sur l'histologie, l'endoscopie et le traitement précédent (par exemple, anti-H pylori
., trois avaient des inhibiteurs de la pompe à protons ou des antiacides). Les symptômes rapportés par les patients qui ont subi une endoscopie digestive haute ont des douleurs abdominales, des douleurs épigastriques, des vomissements ou des brûlures d'estomac.
Examens histologiques
L'examen histologique a été réalisée sur 151 (60,4%) des échantillons de biopsie antraux. Cinq échantillons de la muqueuse antrale ont été prises avec une pince de taille moyenne. Deux spécimens ont été inclus dans la paraffine et les sections de paraffine ont été colorées en utilisant l'hématoxyline-éosine et les méthodes Giemsa. Les échantillons ont été évalués histologiquement muqueux selon la classification de Sydney. diapositives Coded ont été examinés au microscope par un seul pathologiste en utilisant une puissance élevée (grossissement, × 400), et au moins cinq champs de forte puissance ont été examinés. génotypage par PCR
de trois gènes de virulence
Tous les 250 biopsies testées par PCR ont été stockés à -80 ° C dans 70% d'éthanol dans des tubes eppendorf jusqu'à sa transformation. Ces biopsies comprenaient les 151 biopsies qui ont été testés par l'histologie.
Les échantillons de biopsie ont été homogénéisés avec un micro pilon stérile, et l'ADN a été extrait en utilisant un kit de purification Assistant ADN génomique (Promega, Madison, WI, USA), en suivant les instructions du fabricant pour la purification d'ADN à partir de tissus d'origine animale. La présence de H. pylori
a été détectée par PCR distincts visant à la cagA
, ont été déterminées vacA
s et m régions et l'ICEA
génotypes par séparés iceA1
- et iceA2
PCR spécifique de la manière décrite précédemment [13, 14]. Cinq espèces-spécifiques ensembles d'amorces (ADN alpha, Montréal, Canada) ont été utilisées pour amplifier des régions hautement conservées dans les gènes indiqués.
Analyse statistique
L'association entre histologie et résultats de la PCR, et l'association entre les génotypes ont été analysées à l'aide logiciel statistique exacte et les tests chi carré de Fisher pour les sciences sociales (SPSS Inc. Chicago, Illinois). La différence d'âge moyen entre les hommes et les femmes a été calculé par l'échantillon de l'indépendance t-test.
Résultats de Diagnostic de H. pylori
était basée sur l'histologie et PCR méthode.
Résultats histologiques
l'examen histologique des biopsies 151 a révélé que 117 (77,5%) patients étaient positifs pour H. pylori
donc ont été effectivement infectées, et 34 (22,5%) étaient négatifs.
facteurs de virulence
la présence de la cagA
, vacA
s et m régions et le iceA1
- et les gènes ont été étudiés de iceA2 dans tous les 250 biopsies. Les biopsies qui étaient positifs par PCR pour un ou plusieurs des gènes était de 110 (44%) et 140 (56%) étaient négatifs pour tous les gènes
le mâle. Femelle proportion de la population de patients était de 58/110 (52,7 %) mâles: 52/110 (47,3%) femmes; (Âge moyen 42.03 + 15,135 années; plage, 17 - 67 ans)
H. pylori génotypes
Les résultats de génotypage dans 110 biopsies sont présentées dans le tableau 1.Table 1 Prévalence de Helicobacter pylori
génotypes détectés. dans 110 biopsies
Prévalence de génotype
(en%)
vacA
s1
34 (45,3)
vacA
s2
41 (54,7)
vacA
m1
23 (48,9)
vacA
m2
24 (51,1)
vacA
s1m1
12 (46,2 )
12 (46,2)
vacA
s1m2
2 (7.7)
vacA
S2M1
0 (0,0)
cagA
vacA de la S2M2
29 (26,4)
iceA1
0 (0,0)
iceA2
81 génotypes (73,6)
vacA
les tailles des produits amplifiés pour vacA de s1 et de s2 vacA sont 259 pb et 286 pb, respectivement. Les intensités des produits variés entre les échantillons. région
s Le vacA a été amplifié dans 75/110 (68,2%) biopsies. La variante s1 a été détectée dans 34/75 (45,3%), soit 34/110 (30,9%), par rapport à la variante s2, qui a été détectée dans 41/75 (54,7%), soit 41/110 (37,3%) de les biopsies. VacA m région a été détectée dans 47/110 (42,7%) biopsies. La variante m1 a été détectée dans 23/47 (48,9%), soit 23/110 (20,9%), par rapport à la variante m2 détectée dans 24/47 (51%), soit 24/110 (21,8%). Le plus Combinaison des s du Vaca, et m régions a été détectée dans 26/110 (23,6%) des biopsies. Deux vacA s s1m1 et les vacA de S2M2 ont été détectées dans des quantités approximativement égales à 26/12 (46,2%), du SM vacA génotype ou 12/110 (10,9%), alors que vacA
s1m2 a été détecté dans seulement 2/26 (7,7%) de la vacA de sm génotype ou 2/110 (1,8%). Aucun des biopsies ont montré vacA de génotype S2M1 ou plusieurs génotypes.
CagA génotype The taille du cagA s produit amplifié était de 349 pb. Le génotype de la cagA a été détecté dans 29/110 (26,4%), et 81 (73,6%) étaient négatifs.
L'association entre les génotypes cagA et vacAs1
le génotype de l'cagA a été détecté dans 8 /17 (47,1%) du génotype de l'vacA
, comparativement à seulement 20/02 (10%) du iceA génotype de l'vacA
s2 génotype.
Aucun des 110 biopsies ont montré la iceA
1 génotype, tandis que 81 (73,6%) ont montré l'iceA2
génotype. Le iceA2
amplification a abouti à la fois les fragments de 229 pb et 334 pb, cette différence de la taille du fragment est due à la présence d'un 105 pb - cadre amplicon présent dans le fragment de 334 pb qui est absent dans le fragment de 229 pb [ ,,,0],15].
l'association entre les génotypes et le sexe
Bien que certains génotypes ont été détectés plus un sexe que l'autre, leur présence n'a pas été significativement associée à l'âge ou le sexe du patient. Les génotypes qui ont été détectés plus chez les hommes que les femmes étaient les vacA
s1 9/17 (53%), cagA
16/29 (55,2%), iceA2
45/81 (55,5%), vacA
s1m1 7/12 (58,3%), et s1 cagA
les génotypes de la vacA combinée 6/8 (75%). Les génotypes qui ont été détectés plus chez les femmes ont été les vacA
s2 11/19 (65%), vacA de la m2 15/20 (75%), S2M2 8/11 (72,7%) de vacA, et s2 cagA
les génotypes de la vacA combinée 2/2 (100%). La m1 du vacA, et les génotypes s1m2 de vacA ont été détectés en quantité à peu près égale dans les deux sexes Analyse statistique
Les résultats globaux de PCR positifs ont été fortement associée (P
< 0,02). avec résultats histologiques. L'analyse des données a montré une association significative entre la détection simultanée des deux cagA
et les génotypes de vacA
(P = 0,026
), la combinaison des deux m1
le vacA
s1 et vacA génotypes (P
< 0,0001), et la combinaison de s2 à la fois le vacA et vacA de m2 de génotypes (P
< 0,0001). D'autre part, aucune association n'a été observée entre la détection des deux s2 du vacA et cagA de génotypes (P = 0,102
), la détection de plus d'un génotype à l'âge ou le sexe (P
> 0,05), la combinaison des deux vacA
s1 et vacA des génotypes du m2 (P
> 0,05), et la combinaison des deux vacA
s2 et vacA les rapports d'étude présents sur le vacA
, cagA
et iceA
génotypes de H. pylori
; br> génotypes m1 (0,05 P
>). qui ont été identifiés dans les biopsies gastriques. Bien que toutes les souches portent une copie du gène Vaca, soit avec le s1 ou s2 séquences signal, la région
s vacA a été amplifié dans 75/110 (68,2%) biopsies. Des résultats similaires ont été rapportés par d'autres études indiquant que subfamilias supplémentaires de s et m génotypes à côté de ceux connus peuvent exister [16].
Le génotype prédominant dans les 110 biopsies positifs pour H. pylori
par PCR, était le iceA2
(73,6%), suivie par le génotype des Vacas (68,2%); 34 (45,3%) de ceux-ci sont l'allèle du vacA
et 41 (54,7%) étaient l'allèle du vacA
, alors que le génotype de l'cagA a été amplifié que dans 29/110 (26,4%) de les biopsies. Nos résultats sont en accord avec d'autres études menées sur les enfants israéliens [13], et les patients égyptiens [15], où le génotype de l'cagA a été signalée dans 28% et 36% respectivement. La similitude des génotypes identifiés dans les trois études pourrait être expliqué par une influence géographique primaire importante dans l'adaptation de l'organisme à l'environnement et les conditions climatiques [13], malgré les différences d'accueil évidentes dans le style de vie dans deux pays voisins. La ressemblance des souches dans les pays voisins ont également été signalés au Bangladesh et Calcutta, en Inde [3, 17], ce qui est assez probable compte tenu de la proximité des deux pays, les environnements physiologiques similaires, et les styles de vie de l'hôte.
prévalence plus élevée (67% ou plus) du génotype de l'cagA chez H. pylori
a été signalé en Europe, Amérique centrale et Amérique du Sud et Asie de l'Est [15]. Le vacA s2 l'allèle a été détecté dans moins de 30% dans la population étudiée dans la plupart de ces pays. taux de ce génotype similaire à l'étude (54,7%) de prévalence ont été signalées en Égypte (50%) [15], tandis que des taux plus élevés (65%) ont été signalés dans l'étude israélienne [11]. Une étude au Koweït a indiqué que les types S1 et S2 de vacA ont été détectés chez environ un nombre égal dans les biopsies provenant de patients d'origine du Moyen-Orient, alors que les Arabes africains étaient principalement infectés par le type de s2 [18]. Une étude des génotypes dans quatre pays différents a rapporté que le cagA
et iceA1 s1ml de vacA
génotypes étaient prédominantes au Japon et en Corée [14], et l'cagA
, vacA
s1m1 , iceA2 de génotypes ont été fréquemment identifiés aux États-Unis, tandis que le cagA
, vacA de la s1m1, iceA2 de génotypes étaient prédominantes en Colombie. La même étude a indiqué une prévalence plus élevée de s1 du vacA que le génotype de l'vacA
, et une forte prévalence du génotype de l'cagA; Cependant, la prévalence de l'iceA1
et iceA2 de génotypes variaient entre ces pays. Une étude menée en Angleterre a rapporté que le vacA de génotype s1m1 a été jugée moins courante en Angleterre [19], tandis que la prédominance des iceA1 de allèles, cagA
, et la présence de vacA de la m1 allèles ont été observés. souches turques examinées principalement possédaient le cagA
, vacA de la s1m1, ou m2 génotypes de Vaca, qui étaient les génotypes typiques dans les souches des pays occidentaux [20]. La prédominance des sl /m1 la combinaison allélique du vacA, et une prévalence élevée du gène de la cagA (87%) ont également été signalés en Estonie H. pylori
souches [21].
Basé sur la présence d'une combinaison des vacA
s et m allèles, l'vacA de s1 l'allèle était significativement associée à vacA de la m1 (P
< 0,0001), et de la même association a été observée entre s2 du vacA m2 et de l'vacA
(P < 0,0001) allèles. Cependant, la détection de et vacA
allèles m2 s1 de deux vacA était indépendante de l'autre (P
> 0,05). VacA de génotype s1m2 n'a été détectée que dans 2/26 (7,7%) du vacA de la combinaison sm. En outre, il n'y avait pas d'association significative entre le s2 du vacA et vacA de la m1, ce qui signifie que la détection de chaque allèle était indépendante de l'autre (P
> 0,05). Cette constatation pourrait expliquer l'absence du génotype m1 /s2 combiné à partir des isolats à l'étude qui a été rapporté précédemment [22, 23]. Cependant, le premier cas de S2M1 de H. pylori vacA
isolat a été rapporté chez un patient de l'ulcère duodénal d'Afrique du Sud [24].
L'association significative entre le vacA
l'allèle et cagA
génotype (47,1%) dans notre étude a également été signalé dans 50% des isolats israéliens et égyptiens [13, 14]. Une association de plus de 85% des isolats a été signalé dans d'autres pays [15, 22], ce qui confirme que les deux marqueurs sont étroitement liés. Notre étude a montré aucune association significative dans la détection de deux génotypes dans le même isolat tel que le cagA
avec le iceA
2, vacA m2 de l'allèle avec le génotype 2 iceA
et le vacA
s2, des alleles m2 avec la iceA
2 indique que la détection d'un gène est indépendant de l'autre. En outre, la détection de l's1 m1
vacA combinée, et iceA
2 génotypes dans quelques biopsies était insignifiante (P
> 0,05), ce qui indique que la détection de iceA
2 était indépendant de la vacA
génotypes. Les mêmes résultats ont été rapportés par une étude précédente [22]. Aucune des souches avait vac multiple
A génotypes qui ont été rapportés dans d'autres pays tels que le nord de l'Amérique du Sud [15]
. Les femmes étaient plus souvent portant le s2 du vacA, et le m2 du vacA génotypes (65% et 75%, respectivement) par rapport à (42% et 25%) chez les mâles. Le iceA2
(55,5%), cagA
(55,2%), et vacA de s1 (53%) génotypes ont été détectés plus chez les hommes que chez les femmes. Le sexe du patient et de la détection de certains génotypes ou la combinaison de génotypes n'a pas été associée de façon significative. En outre, le H. pylori
génotypes (P
> 0,05)., Et la détection de plus d'un génotype avait pas d'association significative avec l'âge ou le sexe du patient
Les résultats globaux de PCR positifs étaient fortement associée (P
< 0,02) avec des résultats histologiques. Les différences dans l'histologie, et les résultats de PCR pourrait être due à la distribution inégale de la H. pylori
dans l'estomac. En outre, les faux négatifs peuvent être un problème dans le génotypage à partir de biopsies puisque certaines biopsies ont été trouvés contenir des composés inhibiteurs de la PCR [25]. En outre, les tests plus biopsies multiples par histologie par rapport à un par PCR a augmenté la possibilité de trouver la bactérie, et explique les résultats plus positifs obtenus par histologie (77,5%), par rapport à la PCR (44%). Les traitements des patients avec les inhibiteurs de la pompe à protons, des antiacides, ou anti-H. La thérapie pylori de peut avoir conduit à des résultats négatifs dans les tests effectués chez ces patients [26].
Conclusion
souches jordaniennes examinés principalement en possession du iceA2
allèle, l'allèle du vacA
était détecter plus vacA de l'allèle s1, alors que le génotype de l'cagA était faible. La détection de certains génotypes peut être associée à l'autre. Les résultats illustrent la nature géographique de la diversité génétique de H. pylori
, les génotypes identifiés sont similaires à ceux rapportés dans les pays voisins.
Cette étude fournit un cadre de référence de H. pylori
génotypes identifiés dans biopsies gastriques, agissant comme un outil épidémiologique puissant pour des enquêtes prospectives afin de mieux comprendre la diversité génétique de ce pathogène. Déclarations
Remerciements
les auteurs remercient les gastroentérologues et les infirmières dans le département de l'endoscopie au roi Abdallah et hôpitaux Princesse Basma, qui ont contribué à la collecte de l'échantillon. L'étude a été financée par la subvention/04 du Décanat de la recherche à l'Université jordanienne des sciences & Technologie.
Intérêts concurrents
L'auteur (s) déclarent avoir aucun conflit d'intérêts.

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