PLoS ONE: o pridruživanju između DNK broj kopija aberacija na kromosomu 5q22 i rak želuca

Sažetak pregled

Pozadina pregled

Rak želuca je čest rak. Otkrivanje nove genetske biomarkera može pomoći u prepoznavanju rizičnih pojedinaca. Broj kopija varijacija (CNV) Nedavno je pokazano da utječe na rizik od nekoliko vrsta raka. Cilj ovog istraživanja nastojalo se ispitati povezanost između broja kopija na varijantu regiji i GC. Pregled

Metode pregled

Ukupno 110 pacijenata oboljelih od raka želuca i 325 zdravih dobrovoljaca sudjelovalo je u to studija. Tražili smo za CNV i našao CNV (varijacija 7468) koji sadrži dio APC
gena, SRP19 pregled gena i REEP5 pregled gena. Mi smo izabrali četiri sonde ciljaju na APC-intron8
, APC-exon9 Netlogu, SRP19 pregled i REEP5 pregled ispitati ovu CNV. Posebni TaqMan probe obilježene različitim reporter fluorofora su se u realnom vremenu PCR platforma za dobivanje broja kopija. Obje su korišteni izvorni ne-cjelobrojne podatke i transformirane cjelobrojne podatke o broju kopija za analize. Pregled

Rezultati

Želučani Caner bolesnici imali su manji broj kopiranja realnih brojeva nego kontrola za APC-exon9 pregled sondom (Prilagođen p = 0,026) i SRP19 pregled sondom (Prilagođen p = 0,002). Analiza broja broj kopija dala sličan uzorak iako manje značajne (korigirani p = 0,07 za APC-exon9 pregled sondom i prilagođen p = 0,02 za SRP19 pregled sonde). Pregled

Zaključci

Gubici u CNV na 5q22, posebno u DNA okolice APC-eksona 9 pregled, može biti povezano s većim rizikom od raka želuca.

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) o pridruživanju između DNK broj kopija aberacija na kromosomu 5q22 i rak želuca. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10,1371 /journal.pone.0106624 pregled

Urednik: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Sjedinjene Američke Države Netlogu

Primljeno: 29. travnja 2014; Prihvaćeno: 30. srpnja 2014; Objavljeno: 11. rujna 2014 pregled

Copyright: © 2014 Tsai i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Data Dostupnost:. The autori potvrđuju da su svi podaci na kojima se temelji nalaze u potpunosti na raspolaganju bez ograničenja. Svi relevantni podaci u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled

Financiranje:. Ovaj rad je podržan od strane potpore iz sveučilišnu bolnicu Kaohsiung (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), izvrsnosti za rak Centar za istraživanje Grant kroz financiranje iz Ministarstva zdravstva, izvršni Yuan, Tajvan, Republika Kina (MOHW103-TD-B-111-05) i Nacionalno vijeće za znanost Republike Kine (NSC 99-2320-B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Osnivači nije imao ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca (GC) je četvrti najčešći oblik raka i treći vodeći uzrok smrti od raka u svijetu u muškaraca; peti najčešći rak i peti vodeći uzrok smrti od raka u žena [1]. Prema Međunarodnoj agenciji za istraživanje raka (IARC), Japan, Kina i Koreja imaju veću učestalost stope GC [2]. U Tajvanu, GC je bio šesti glavni uzrok raka povezanih smrti u 2010. godini (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm, pristupiti u lipnju 2011.). Rak želuca je vrlo složen i pokazuje heterogenost u kliničkim, bioloških i genetičkih aspekata. Poznati okolišni čimbenici koji utječu na GC su Helicobacter pylori (H. pylori) pregled, infekcije, prehrambene navike, pušenje, obiteljska povijest i spolu (viša od muškarca ženski omjer) [3]. Kao što je obiteljska povijest je glavni faktor rizika za GC, nedavna istraživanja su usmjerena na genetskih faktora koji igraju ulogu u GC. Neka istraživanja dokumentirao genetičkih promjena koje su uključene u razvoj GC [4]. Pregled

karcinoma želuca često pokazuje kasno kliničku sliku, a to se obično dijagnosticira u poodmakloj fazi i nosi lošu prognozu. Rano otkrivanje GC je presudno za poboljšanje terapeutske učinkovitosti i smanjenja smrtnosti, dakle, identificiranje relevantnih genetske biomarkera može pomoći u ranom otkrivanju GC. Veliki broj povezanosti strukturnih genomskih promjena i bolesti osjetljivosti su rasplesti [5], [6]. Nekoliko specifičnih genetskih promjena, uključujući umnožavanje i mutacije su sumnja ili je dokazano da se odnose na GC progresije [7]. DNA kopija broj varijacija (CNVs) su uobičajeni u nekoliko vrsta raka i drugih bolesti krajnje točke. Varijacije u broju kopija DNK može biti pokazatelj visokog rizika GC u pojedinaca. Pomoću komparativne genomske hibridizacije (CHG) /array-CGH (aCGH) analiza, nekoliko genomske regije su pronađeni u GC stanicama ili GC pacijenata dobici od DNA regije, uključujući 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12 i 20q11-13 i gubici DNA regije, uključujući 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13 i 18q22 [8] - [13]. Ovi rezultati pokazuju da su obrasci kromosomske nestabilnosti se mogu korelirati s Klinici-patološke karakteristike GC. Pregled

Prethodne studije su dokumentirani abnormalnosti u adenomatozna polipoza ( APC pregled) gena na kromosomu 5q22 na rezultat u obiteljskom adenomatoznom polipozom (FAP), nasljedni non-polipoza debelog crijeva i drugih vrsta raka [14] - [16]. Najčešće gubici broju kopija u 5q22 u GC bolesnika razlike rasne sažeti su u tablici S1 u datoteku S1 [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Studije su izvijestili da 15,4% u japanskom, [10], 35% na korejskom [21], a 21% u Turk [20] GC bolesnici imali genske mutacije na 5q14-22. Gubici broju kopija na kromosomu 5q22 je utvrđeno da je značajno povezana s histološkom tipu [13], [18], [19], limfni čvor status [12] i metastaze [12] u GC pacijenata. Osim odnosa s rakom želuca, gubitak 5q također često sudjeluje u premalignog fazi [17], [22]. Ove studije su pokazala da je APC pregled gen može igrati značajnu ulogu u GC. Dakle, u ovom istraživanju, testirali smo društvo broju kopija na 5q22 sa GC u tajvanskom stanovništva. Pregled

Metode pregled

stanovništvo Studija pregled

Ukupno 110 GC bolesnika i 325 zdravih upisano od Kaohsiung sveučilišnu bolnicu u Tajvanu. Svi pacijenti su bili ili Tajvanski ili kopno kineski. Prisutnost GC je i patološki potvrđena. Histološkim grade se klasificira prema kriterijima Lauren [23]. Uprizorenje tumor je bio u skladu sa Zajedničkom odboru američkog o rak (AJCC) staging sustava [24]. Ispitanici s bilo kojim drugim malignih bolesti bili su isključeni iz studije. Kontrolne Ispitanici su bili zdravi dobrovoljci koji su sudjelovali u redovitim zdravstvenim pregledima u istoj bolnici. Nijedna od kontrola ima osobna povijest raka ili bilo koje druge dijagnosticiranih značajne želučanih poremećaja u vrijeme upisa. Studija protokoli i metode su odobreni od strane Institutional Review Board of Kaohsiung sveučilišnu bolnicu. Svi sudionici pod uvjetom pismeni informirani pristanak prije početka studija. Pregled

Odabir kandidata CNV GC vezane Netlogu

Kandidat CNVs obuhvaća APC pregled gena na kromosomu 5q22 su preuzete iz javne baze podataka (baza podataka genomskih varijanti, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~HEAD=pobj~~number=plural). Do studenog 2010. godine, baza podataka navedene fizičke pozicije za 66,741 CNVs nalazi u 15,963 zajedničkim CNV regijama. Među njima je bio CNV (Varijacija 7468) na 5q22 koji obuhvaća 127,5 kb (kromosom Lokacija: 112138707 na 112,266,194, na temelju NCBI izgraditi 36 /hg18 verzija) obuhvaća dio APC
gena i SRP19 pregled gena na prednjem DNK i REEP5
gen u obrnutom DNK. Na temelju CGH podataka polja iz 50 zdravih francuskih muškaraca, učestalost dobiti i gubitka primjeraka na ovim prostorima bili 2% i 2%, respektivno [25]. Literatura pokazuje šest mutacije u alternativno-cijepa regiji eksona 9 od APC
gena koji se povezan s FAP [26] i raka debelog crijeva [27], ali nitko nije bio slučaj u odnosu na GC.

odlučili smo dvije susjedne proba ispitivao intron8 i exon9 od APC pregled gena, odnosno, jedna sonda za SRP19 pregled gena, a jedna sonda za REEP5
gen za otkrivanje broja kopija ovog CNV dok ih <> RPPH1 pregled se koristi kao referentna gena. Te sonde su komercijalno dostupni od TaqMan (Biosystcms Inc (ABI), CA, USA) i njihove detaljne informacije o genomima (graditi 36 /hg18) prikazan je u tablici S2 File S1 i slici S1 u File S1. Pregled

Genska priprema DNA i real-time PCR za detekciju primjerak broj pregled

izolacija DNA je provedena pomoću komercijalno dostupnih za izolaciju DNA kitova (QIAamp DNK mini kit, Qiagen, Hamburg, Njemačka). RNA-ze A (Qiagen) se koriste za digestiju jednolančanih RNK ​​za izolaciju RNA bez DNA. Genomska DNA je ekstrahirana iz leukocita periferne krvi. DNA se kvantificira prvi UV apsorpcijom (Beckman DU 640 Spectrophotometer; Beckman Coulter, Brea, CA, USA), a zatim pojačan real-time PCR. koncentracija DNA se podesi na 10 ng /ul prije genotipizaciju. Real-Time PCR 'provedena je primjenom Taqman sondi u ABI 7900HT Real-Time PCR instrumentu (ABI). Komercijalno dostupni FAM dye-označene sonde su dizajnirani da pojača APC pregled, SRP19 pregled i REEP5 pregled. VIC obojenom oznakom ribonukleaze P RNA komponenta H1 (RPPH1) pregled je bio korišten kao endogeni kontrole, jer RPPH1 pregled ima točno dvije kopije po diploidne ljudskog genoma, koji se nalazi na kromosomu 14q11.2 [ ,,,0],28]. Primeri i probe su napravljeni od genomske sekvence (graditi 36 /hg18) upotrebom ABI vlasnički softver. Broj TaqMan kopija testa sadržavao 1 ul APC, SRP19 ili REEP5 pregled sondom (20x, FAM označen), 1 ul RPPH1 pregled sondom mix (20x, VIC označen), 10 ul TaqMan Univerzalni PCR master Mix (2x), 1.5 ul genomska DNA i 6.5 ul vode. Amplifikacije protokol korišten za reakciju je 95 ° C 10 min, a zatim 95 ° C tijekom 15 sekundi i 60 ° C kroz 1 min, 40 ciklusa. Prag za upotrebu prag ciklusa (CT) od 0,2 i automatski osnovica su korišteni za otkrivanje količinu predloška ciljnih gena i RPPH1 pregled gena od strane softver za detekciju sekvenci (ABI, verzija 2.4). Za svaki uzorak, četiri sonde ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
i REEP5 pregled) su izvedena zajedno s internom kontrolom. Ciljane sonde i unutarnje kontrole su nanesene na istoj jažici, a svaki se reakcija izvodi u kvadruplikatima. CopyCaller softver (ABI, verzija 1.0) se koristi za izračunavanje broja cijeli primjerak svakog uzorka koji se temelji na PCR podataka u stvarnom vremenu. Mi izračunati srednju vrijednost i standardnu ​​devijaciju (SD) od kvadruplikatima od ΔCt za svaki predmet. Za kontrolu kvalitete podataka, podaci se filtrira pomoću tri koraka. Samo ispitanici koji su položili sva tri koraka kontrole kvalitete podataka korišteni su u kasnijim analizama. Pregled

Kvaliteta kopiranja kontrolni broj

Za kontrolu kvalitete podataka, broj kopija svake sonde iz realne Vremenski PCR je filtrirana od strane tri koraka. U prvom koraku, ispitani su podaci pojedinačne realnom vremenu PCR radi. Sljedeći kriteriji se primjenjuju za isključenje za analizu: 1) VIC Ct > 32, vjerojatno zbog neuspjeha da se umnožili interne RPPH1 pregled signal, 2) bilo koja sonda sa ΔCt > 4,0 ili 3) FAM Ct > 40 , Podaci koji se susreli s posljednja dva kriterija predložio neuspjeh pojačanje ciljanih sondi, pa su se podaci smatraju nepouzdanim. Nakon prvog koraka, izračunali smo srednju ΔCt za svaki studijski predmet. Pregled

Drugi korak je bio da se isključi odskoke srednje ΔCt pomoću ± 3 SDS kao odrezanim trapericama. Nakon prvog i drugog koraka, kopija broj svake probe za svakog pojedinca je izračunata prema formuli 2 ^{-ΔΔCt × 2. Prema tome, broj kopija ne može biti cijeli broj. S obzirom da je broj kopija je teoretski cijeli broj, mi i dalje slijedili smjernice CopyCaller softvera za procjenu broj od svakog broja kopija pomoću automatskog Metoda maksimalne vjerodostojnosti analize, na temelju raspodjele gustoće vjerojatnosti u svim uzorcima. Pregled}

Na kraju prema raspodjeli broja broj kopija, standardizirani z rezultat i vrijednost povjerenje izračunate su. Viša apsolutna vrijednost za standardiziranom z rezultat i niža vrijednost povjerenje implicira veću varijaciju. Kao što je predložen od strane korisnika smjernicama CopyCaller softvera (ABI, verzija 1.0), treći korak za kontrolu kvalitete podataka je isključiti sve uzorke koje zadovoljavaju s oba sljedeća kriterija: 1) apsolutna vrijednost z score > 2,65 i 2) vrijednost povjerenje < 0,9. Samo sudionici koji su položili sva tri koraka kontrole kvalitete podataka korišteni su u kasnijim analizama. Pregled

Statistička analiza pregled

Budući da su samo neki od sudionika imao je broj kopija veći od 3 ili manji od jedan, broj kopija kategorizirani u tri skupine (≤1, = 2, ili ≥3). Za testiranje za povezanost kategoriji broja kopija za svaku sondu i bolesti status, koristili smo logističke regresije s prilagodbe za dob i spol. izračunati su omjeri vjerojatnosti (OR) i njihovi interval pouzdanosti 95% (CIS). Također smo izračunali stopu podudarnost broj kopija kategoriji preko četiri sonde. Trend testa Cochran-Armitage je korišten kako bi pronašli linearni odnos između broja kopija ciljne sondi i rizika GC. Studentov t i Mann-Whitney U (ako ne i normalno distribuirane) su korišteni za usporedbu broja kopija svake sonde između GC bolesnika i zdravih kontrola. Dva repom vrijednost p < 0.05 se smatra statistički signifikantnim. Statističke analize provedene su JMP software verzija 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA). Pregled

Rezultati

Ispitanici pregled

Sve 110 GC bolesnika i 325 kontrolnih ispitanika imao broj kopija informacija za barem jednu od četiri sondi na 5q22. Raspodjela broja kopija vrijednosti za svaku sondu prikazan je na slici 1. pacijenata GC bili su značajno stariji od zdravih ispitanika (dob; srednja vrijednost ± SD: GC pacijenata = 66.5 ± 13.8, Kontrole = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Muškarci čine veći udio (61,8%) od GC pacijenata, ali oni čine samo 46,4% od zdravih ispitanika (p = 0,005). Među pacijentima GC, 55 je imao H. pylori pregled infekcija, 28 nisu bile zaražene H. pylori, pregled i 27 nisu imali takve informacije. 37 GC bolesnika imalo je histološki Lauren klasifikacija (19 difuzna, 16 u tankom crijevu, i 2 miješane podtipova); 34 je imao diferencijacije stupnja (3 dobro diferencirana, 9 umjereno diferencirani i 22 slabo diferencirane); 45 je imao AJCC stadij tumora (12 Faza I, 7, faza II, 13, faza III, a 13 Faza IV). Pregled

pridruživanju između CNV i raka želuca pregled

Kao što se očekivalo, većina sudionika studija je imao 2 primjerka obližnjem CNV segmenta: u rasponu od 78,2 do 92,6% među 4 sonde u kontrolama i od 87,3 do 93,6% u bolesnika GC. Saglasan stopa za broj kopija preko 4 sonde u rasponu od 80,5 do 93,1% (Tablica S3 u File S1). Ovaj broj kopija je često varijabla u većem dijelu poznate funkcionalne APC pregled i SRP19 pregled. Stoga, varijacije moglo objasniti duljinu daljinu i funkcionalne razlike (Tablica S3 u File S1). Za sonde APC-exon9 pregled, 9,1% pacijenata GC pripadao kopirati broj Klasa 3, dok je 17,5% u kontrolnoj skupini bilo u kategoriji 3 (OR = 0,48, 95% CI: 0.22-0.93; sirovi p = 0,04, dob /spol prilagođen p = 0,07, tablica 1). Isto tako, manje GC su pacijenti u kategoriju 3 u usporedbi s kontrolnim ispitanicima za ostale tri sonde, no te razlike nisu značajne (Tablica 1). Nadalje, u odnosu na dozu ovisna je zabilježeno između GC i broju kopija sonde za APC-exon9
(Tablica 1). To znači da su kontrole obično imaju veći udio dobiti od brojeva kopija od slučajeva s trendom p vrijednosti 0,026 (dob /sex prilagoditi p = 0.067 za test trend). Pregled

Budući da je broj kopija je procijeniti iz PCR podataka u stvarnom vremenu, originalni primjerak broj nije bio cijeli broj, a ne normalno distribuirani. Zbog toga smo također testirali neparametarskog povezanost između podataka koji ne pripadaju integer o broju kopija i status bolesti. U medijani i interquartile rasponima (IQRs) od broja kopija svake sonde ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
i REEP5 pregled) uspoređene su između GC bolesnika i zdravih kontrola ( tablica 1). Slično rezultatima iz broja broj kopija, GC pacijenti su imali značajno niži broj kopija u usporedbi s kontrolama za APC-exon9 pregled (sirovi p za t test = 0,006, p sirove za Mann-Whitney U test = 0,013, spol /dob prilagođen p = 0,026) i SRP19 pregled (sirovi p za t test = 0,0004, sirovi p za Mann-Whitney U test = 0,017, spol /dob prilagođen p = 0,002) sonde (Slika 1B i Slika 1C). Nije bilo značajne razlike za druge dvije CNV sondi ( APC-intron8 pregled i REEP5 pregled) (Slika 1A i Slika 1D). Daljnja analiza korelacija između broja kopija GC kliničkih patološke klasifikacije, rezultati su pokazali da nema značajne broj kopija razlika u eksona-9 APC pregled gena, bez obzira na histološkom, diferencijaciji ocjenama ili TNM fazi, koja bi mogla zbog do male veličine uzoraka (tablica 2). pregled

Rasprava pregled

Ova studija koristi 4 sonde istražiti povezanost između broja kopija varijacije na kromosomu 5q22 i GC. Ova regija obuhvaća tri gena: 3 'kraj APC
gena, cijeli SRP19
gena i 3' u REEP5
gena. Za sonde APC-exon9 pregled, kontrola je imao veći broj vrijednosti kopiranja od GC bolesnika u sve tri analize (tj kopirati broj kategoriju, ispitivanje trend, a broj kopija ne-cijeli broj). Sonda za SRP19 pregled također je znatno veći broj kopija (na temelju kopija kategoriji broj i ne-cijeli broj analiza) u kontrolama nego u GC pacijenata. Za APC-intron8 Netlogu i REEP5 pregled sonde, broj vrijednosti copy nisu bile značajno različite između GC bolesnika i kontrolne skupine u bilo kojem od tri analize. Rezultati ovog istraživanja pokazuju da je smanjen broj kopija u regiji ove CNV može biti povezana s većim rizikom od raka želuca. Pregled

APC pregled gen koji sadrži 15 eksona nalazi se na kromosomu 5q21-22. Većina mutacije APC pregled gena su kod eksona 15 u FAP bolesnika [26] i GC bolesnika [29]. Šest mutacije alternativno-cijepa području eksona 9 dokumentirano da su povezani s FAP [26] i rak debelog crijeva [27], ali ti mutacije nisu da je to povezano s GC. Ova studija je prva prijaviti povezanost između broja kopija na APC-exon9 Netlogu i GC. Mogući Wnt /β katenina /TCF signalni transdukcijski put povezan s APC je prijavljena za GC [30]. Jedna glavna funkcija APC Smatra se regulirati slobodne ß katenina i tako gubitak funkcije APC može dovesti do nestabilnosti P katenina kompleksa i stanične akumulacije P katenina. Nakon translokacije u jezgru, β katenina služi kao aktivatora T-staničnog faktora ovisan transkripciju, što dovodi do povećane ekspresije nekoliko specifičnih ciljnih gena koji mogu biti uključeni u pojavu želučanih lezija u rasponu od kroničnog gastritis, atrofija, intestinalne metaplazije displazija konačno želučanog adenokarcinoma [31]. pregled

CGH platforma je naširoko koristi za studije raka, a probe ove platforme često pokrivaju DNK regiju duže od 1 kb DNA regije. Stoga je CHG pristup je ograničen na ističući CNV segmente kada su promjene manje od 1 kb. U ovom istraživanju koristili smo određene TaqMan probe obilježene različitim reporter fluorofora (VIC i FAM) u jednoj reakciji. Ovaj pristup nam je omogućilo da otkriju više suptilnu promjenu DNA. PCR amplifikacija za svakog testiranog uzorka koji se temelji na ABI TaqMan su ocijenili da je gotovo 100% učinkovit [32]. Nedavno, ova metoda se široko koristi za druge bolesti, kao što su makularna degeneracija i alergijsku astmu [33], [34]. Prije broj kopija genotipa, naši genomske DNA koncentracije su strogo kvantificirane i kontrolirati pomoću dvije neovisne metode: UV apsorbancije (racionalan odnos niz OD 260/280: 1,8 ± 0,2) i PCR amplifikaciju RPPH1
(racionalno Ct rasponu od VIC: 25-27). Pojačanje RPPH1 pregled provedena je na istom kao i sonde za zaštitu od umjetnih varijacija (kao što su razlike u DNA utovar ili pogrešne detekcije nulte genotipa). Prema tome, naša metoda se može smatrati da su pouzdani za kvantitativnu karakterizaciju fragmental CNV. Na temelju prethodnih CGH pokusa, studije su izvijestili da je 2% gubitka primjeraka i 2% dobitak primjeraka na 5q22 u zdravih francuskih muškaraca [25]. Koristili smo TaqMan sonde, koje imaju veću rezoluciju za otkrivanje manju regiju broj kopija varijacije, i utvrdili da je postotak gubitka primjeraka u 4 sonde u rasponu od 0 do 2,7% u zdravih Tajvanca. Međutim, veći dio dobitak primjeraka u rasponu od 2,7% ( REEP5 pregled) na 14,1% ( APC-exon9 pregled), promatrana su u zdravih muškaraca. Slično podacima za muških sudionika, frekvencija dobitak kopija APC-exon9 pregled je također visoka ženskih sudionika (20,2% od dobitak primjeraka). Međutim, druga studija istražuje japanskoj populaciji je također izvijestio veći udio (20,6%) od broja kopija dobitak na 5q u kojoj se nalazi naša istragom CNV [9]. Pregled

Kao što se očekivalo, većina sudionika je imao 2 primjerka CNV segment među četiri sonde u svim predmetima. Samo 80% saglasan stopa zabilježena je između kopirati brojeve mjerene APC-exon9 pregled sondom i SRP19 pregled sondom (Tablica S3 u File S1). To je zapravo najniža stopa podudarnost svih parovima stopama između sondi, ipak, obje sonde su značajno povezane s GC. Moguće je da je varijacija 7468 nije kontinuirani CNV, ali se smatra da zato što je identificiran pomoću array CGH, tehniku ​​s nižom rezolucijom od onih dostupan danas (tj, moglo bi se sastojati od nekoliko kraćih regijama s promjenjivim brojem kopija) , Dakle, varijabla granica gena može se suziti iz APC-exon9 da SRP19 pregled. Što se tiče prednje APC-exon9 pregled je u pitanju, da li postoje druge varijabilne regije povezane s GC zahtjeva daljnje istraživanje. U ovoj studiji nije bilo značajnih razlika u broju kopija između GC bolesnika i kontrola u APC-intron8 pregled, pa čak i APC-intron7 pregled (podaci nisu prikazani). Pregled

Kao što je slučaj s većinom istraživačkih napora, naša studija imala ograničenja. Veličina uzorka korišten u ovom istraživanju ne bi bilo dovoljno da se otkriju CNV s malim učinkom. Osim toga, mi smo ograničeni podaci o klinici patološkim osobinama (kao što su H. Pylori pregled infekcija, histološki stupanj diferencijacije razreda i tumor pozornici, čineći ga teško za testiranje interakcije CNV i ovim parametrima. Bilo je potrebno više predmeta za potvrdu ovaj rezultat u budućnosti. u zaključku, gubici u CNV na 5q22 (varijacija 7468), posebno u DNA okolice APC-ekson 9, može biti povezano s većim rizikom od raka želuca. gubitak ovog CNV može poslužiti kao roman biomarker za prepoznavanje rizičnih pojedinaca. Ipak, velika udruga-studija zajamčeno potvrdili korisnost ovog biomarkera i detaljan mehanizam ostaje da se razjasni. pregled

popratne podatke
File S1.
Kombinirani popratne podatke datoteke. Tablica S1 u File S1. genetska abnormalnost na kromosomu 5q22 u GC studija. Tablica S2 u File S1. Informacije iz četiri sonde na kromosomu 5q22 i unutarnje sonde na kromosomu 14q11. Tablica S3 u File S1. podudarnost od kopiranja broj svakim uzastopnim proba (110 GC bolesnika i 325 zdravih). Slika S1 File S1. Položaji četiri sonde na CNV sadrže APC /SRP19 /REEP5
gene pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0106624.s001 pregled (docx) pregled

• PLoS ONE. Kirurški rezultati i prognostički čimbenici T4 rak želuca bolesnika bez Distant Metastasis
• PLoS ONE: heat shock protein 60 Prekomjerna ekspresija povezana s napredovanjem i prognozu u želučanom Cancer