Stomach Health > želudac Zdravlje >  > Gastric Cancer > Rak želuca

PLoS ONE: klinički potencijal DNA metilacije u rak želuca: A Meta-Analysis

Sažetak Netlogu

Pozadina pregled

Prikupljeni dokazi ukazuju nenormalna DNA metilacije je uključen u želučanom tumourigenesis, što ukazuje na to može biti koristan klinički biomarkera za bolest. Cilj ovog istraživanja bio je utvrditi i prikazati objavljenih podataka o potencijalu metilacije u raka želuca (GC) predviđanje rizika, predznak i predviđanje odgovora na liječenje. Pregled

Metode pregled

identificirane su relevantne studije od PubMed korištenja sustavnog pristupa pretraživanja. Rezultati su sažeti meta-analize. Mantel-Haenszel omjeri su izračunati za svaku metilacije događaju uz pretpostavku modela slučajnih efekata. Pregled

Rezultati

Pregled 589 pronađenih publikacija prepoznaje 415 relevantnih članaka, uključujući i 143 case-control studija o genu metilacije 142 pojedinačnih gena u GC kliničkim uzorcima. Ukupno 77 gena značajno su različito metilira između tumora i normalnog želučanog tkiva iz GC predmeta, od kojih su podaci o 62 je izvedena iz pojedinačnih studija. Metilacija 15, 4 i 7 gena u normalnom želučanog tkiva, plazme i seruma, odnosno bio je znatno drugačija u frekvenciji između GC i non-raka subjekata. Prognostički značaj je prijavio 18 gena i prediktivni značaj bio prijavljen za p16 pregled metilacije, iako je opaženo mnogi nisu u skladu otkrića. Ne pristranost s obzirom na testu, korištenje fiksne tkiva ili CpG stranicama analizirana je otkriven, međutim uočeno je blago naginjanje prema objave pozitivnih nalaza. Pregled

Zaključci

DNA metilacije je obećavajuće biomarker za GC predviđanje rizika i predznak. Daljnje fokusiran validacija kandidata metilacije markera u nezavisnim skupinama je potrebno razvijati svoju klinički potencijal pregled

Izvor:. Sapari NS, Loh M, Vaithilingam A, Soong R (2012) klinički potencijal DNA metilacije na želučani Rak: Meta-analiza. PLoS ONE 7 (4): e36275. doi: 10,1371 /journal.pone.0036275 pregled

Urednik: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu ', Italija pregled

Primljeno: 29. rujna 2011; Prihvaćeno: 31. ožujka 2012; Objavljeno: 27. travanj 2012 pregled

Copyright: © 2012 Sapari et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ovo djelo je podržan od strane grant od National Medical Research Council (NMRC /TCR /001/2007). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca (GC) i dalje je glavni klinički izazov u svijetu zbog svoje visoke učestalosti, lošom prognozom i ograničenih mogućnosti liječenja [1]. Iako je incidencija GC je pao tijekom godina, ona i dalje biti drugi vodeći uzrok smrti od raka, a četvrti najčešći zloćudni tumor u svijetu. Manje od 25% GC slučajeva se dijagnosticira u ranoj fazi, a stopa preživljavanja od 5 godina je samo 24% u SAD-u i Europi. [2] Međutim, stopa preživljavanja od GC poboljšava na preko 60%, ako se otkrije u ranoj fazi, [2], s naglaskom na važnost ranog otkrivanja u ovoj vrsti raka. Pregled

DNA metilacije je epigenetičko mehanizam regulaciji transkripcije, uz zahvaćcna kod raka pripisati neodgovarajućim odsutnost gena za suzbijanje tumora ili gubitak onkogena potiskivanja [3]. Od prvog članak Fang i sur.
1996. opisuje DNA hypomethylation c-myc i c-ha-ras u GC [4], više od 550 studija objavljeni su na sudjelovanje abcrantnog DNA metilacije u razvoju GC. Kao rezultat toga, prisustvo i funkcionalne posljedice nenormalnom metilacije DNA više od 100 gena u GC je prijavljen [5] - [17]. Dokaz o vezama između abcrantnog DNA metilacije na H. pylori pregled infekcije [1], [18] - [22], a njegov angažman u prekanceroznih želučanog epitela lezija i GC progresije [18], [19], [21], [23] - [25] također se sve više dokumentirana. Uzeti zajedno, ovi rezultati pokazuju nenormalna DNA metilacije ima značajnu ulogu u želučanom razvoj i progresiju raka. Pregled

uzorak tumora metilacije DNA može biti koristan za predviđanje screening rizik od raka, predznak i liječenja [3], [ ,,,0],26] - [30]. U odnosu na somatske mutacije DNA metilacije ima veći broj neprirodnih promjena po stanica raka [31]. Štoviše, nenormalna DNA metilacije javlja rano u tumourigenesis mnogih vrsta raka [28], što je posebno korisno za predviđanje rizika. Tehnički atrakcija metilacije DNA je da je kemijski stabilan i može se otkriti s vrlo visokom osjetljivošću do 1:1000 molekula [19]. Nekoliko izvješća su također pokazala da je rak-specifične, metilnog DNA može se naći u biološkim tekućinama, što upućuje na to bi mogao biti koristan marker za ne-invazivnu dijagnostiku [28], [32], [33]. Pregled

važnost ranog otkrivanja poboljšanja ishoda GC preživljavanja te obećava dokaze metilacije DNA kao biomarkera je motivacija za ovu studiju. Unatoč sve većem dokaza o kliničkoj potencijal DNA metilacije, mnogi su proturječne rezultate može se promatrati kroz studije. Dakle, ova studija je provedena za konsolidaciju podataka o kliničkim potencijalom metilacije u GC pomoću meta-analize, a predložiti koji kandidat metilacije događaji zaslužuju daljnju evaluaciju kao klinički relevantnim biomarkera za bolesti. Pregled

Materijali i metode pregled

Identifikacija i prihvatljivosti studije pregled

sustavno traženje književnost u PubMed članke objavljene do 27. listopada 2011. godine provedena je pomoću ' "rak želuca" i "metilacije"' kao pretraživanja Uvjeti. Nema ograničenja su korišteni prilikom pretresa u PubMed, a nastale su studije ručno kustos prema njihovoj relevantnosti za GC metilacije DNA. To uključuje studije GC u području Hipermetilacija i hypomethylation /metilne skupine iz globalnih i ciljanim regijama. Naslov i sažetak radova utvrđenih u početno istraživanje se testiraju prema prikladnosti s ciljevima ovog rada. Svi potencijalno relevantne članke, kada se razvijaju u detalje i dodatne, relevantne studije su identificirani iz citata unutar tih članaka. Budući da je fokus ovog rada bio je na ljudsku genske metilacije, studije koje analiziraju metilacije H. pylori pregled i Epstein-Barr pregled virus (EBV) genomi u GC progresije nisu uzeti u obzir. pregled

Izbor studija i podataka primjedba pregled

Meta-analize pružajući sažetak frekvencije u tumor i normalno želuca tkiva su ograničeni na podatke iz studije slučaja kontrole koje su izvijestile o učestalosti metilacije pojedinih gena u pojedinim skupinama. Podaci iz recenzije i meta-analize istih studija nisu uzeti u obzir. Informacije o prvom autoru, godina izdanja, gen (e) analizira, veličina ispitivane populacije, učestalost metilnim slučajeva i kontrole, metode rada metilacije DNA analize i tipu uzorka su bili upisani za svaku studiju (tablica S1, S2). Ostale relevantne detalje kao što su vrsta lezija, h. pylori pregled, status, Lauren klasifikacija i CpG otok methylator fenotip status (CIMP) također je zabilježeno gdje je to moguće. Klinički slučajevi su grupirani u osam kategorija, a to su (1) normalne sluznice od subjekata bez raka (2) odgovara normalnoj sluznici od slučajeva s tumorom, (3) kronični gastritis, (4) intestinalne metaplazije, (5) displastični adenom, ( 6) adenokarcinom, (7), rano GC i (8) napredni GC. Zbog malog broja studija raspoložive, klinički slučajevi nisu bili dodatno klasificirana u H. pylori pregled pozitivni /negativni slučajevi ili crijevni /difuzni tip GC i non-raka subjekti nisu bili klasificirani u dvije jednake /neodgovarajući kontrole. Iz istog razloga, podskupina analiza temeljena na različitim stupnjevima prekanceroznih do kancerogenih lezija nije proveden. Zbog konzistentnosti, jedno ime gen temelju HUGO nomenklaturi dodijeljena gena s više oznaka. Pregled

Meta-analiza pregled

Meta-analize su provedena pomoću pregled Manager 5 (Cochrane kolaboracija, Kopenhagen, Danska). Mantel-Haenszel omjeri vjerojatnosti (OR) su izračunate za svaki gen primjenom modela slučajnih pojava. Homogenost među studija za isti gen procijenjena je na temelju χ 2 test pomoću statistike Cochran Q. Statistika I 2, koji mjeri stupanj neslaganja između studija, također je ocijenjena. 95% intervala pouzdanosti za omjer vjerojatnosti se koristi za procjenu razlika između grupa. Ako su intervali pouzdanosti nisu preklapaju, dvije omjeri bili značajno različiti na razini od 10% (od 1- (0,95 * 0,95) ≈0.9). Tokovima parcele kao i Begg-a koristili su se testovi za provjeru za objavljivanje pristranosti [34]. pristranost Publikacija je smatrana značajnom kada je p-vrijednost je. < 0,1 [35] pregled

Rezultati

Karakteristike studija

Proces odabira je korišten u ovom istraživanju je sažeti u Slika 1. ukupno 559 studija su identificirani iz PubMed, a dodatnih 30 studije dodatno su identificirani iz citata početnih pronađenih publikacija. Na temelju prikladnosti naslov i sažetak na ciljeve istraživanja, 415 Radovi su odabrani za daljnju detaljnu procjenu. Od tog broja, 190 non studije slučaja kontrole, 22 mišljenja, 4 komentari i jedna meta-analize su isključeni iz case-control meta-analize. Druge studije slučaja za kontrolu su također isključeni, kao što su bili istraživanja gena koji kodiraju non-protein (npr metilacije mikro-RNA gena), predstavljanje podataka nije bila pogodna (npr podataka o pojedinačnim CpG sučelja, a demetilacija ili hypomethylation jedini) ili učestalosti je nedostajalo. Ukupno, 143 case-control studije izvještavaju Metilacija učestalost 142 pojedinačnih gena su uzeti u obzir za meta-analize. Podaci iz neke studije je bio korišten u više od jednog meta-analize, kao što su sadržavale podatke o višestruke usporedbe tipa uzorka smatraju u ovoj studiji. Pregled

Geni različito metilirani između tumora i normalnog želučanog tkiva iz želuca ispitanika s karcinomom

a ukupno 106 case-control studije izvještavaju o učestalosti metilacije na 122 gena u tumoru i uzorcima normalnih tkiva iz GC predmeta su identificirani za meta-analizu (Tablica S1). Metilacija 77 od 122 gena bila značajno različita između uzoraka (tablica 1), od kojih se podaci za 62 koji su izvedeni iz samo jednog studije. Metilacija bila je značajno veća u tumoru u 70 gena, te u normalnom tkivu u 7 gena. Pregled

Geni različito metilirani u normalnom želučanog tkiva iz GC i non-raka subjekata

Dvadeset case-control studije usporedbe učestalost metilacije u 34 gena između uzoraka normalnog tkiva iz GC i non-raka ispitanika su identificirani za meta-analizu (Tablica S2). Od tih, metilacija 15 gena bila značajno različita, u kojima se podaci od 11 gena su izvedeni iz jedne studije samo (Tablica 2). Za svih 15 gena, metilacije bila je viša u normalnom tkivu GC u odnosu na ispitanike koji nisu raka. S obzirom metilaciju događaja ispitati u više od jedne studije, 4 ( p16 pregled, CDH1
, DAPK pregled, CHFR pregled) Utvrđeno je da su značajno različiti . pregled

geni različito metilirani u uzorcima koji nisu tkiva iz GC i non-raka subjekata pregled

ukupno 26 studija izvještavanje o metilacije u 29 gena u kliničkim uzorcima, osim želuca tkiva, uključujući pune krvi , plazma, serum, želučanih pere, identificirani su peritonealnoj tekućini i uzorci fecesa iz GC subjekata. Od tog broja, 13 studije koje su ispitivale metilacije ukupno 14 gena u oba seruma, feces ili plazma Uzorci su od case-control dizajn i stoga pogodna za meta-analizu (Tablica S2). Bitno različite metilacije frekvencije su kod 4 gena u uzorku plazme, 7 gena u uzorcima seruma i 0 u fecesu (tablica 2). P15 pregled je bio čest gen identificiran u studijama plazmi i serumu, što je 10 jedinstvenih gena uopce bitno različite frekvencije metilacije u uzorcima krvi. Metilacija u samo dva gena ( CDH1, p16 pregled) ispitan je u više od jedne studije, a obje su bile značajno različite frekvencije u uzorcima iz GC i non-raka subjekata u meta-analizi. Pregled

Metilacija kao prognostički i prediktivni biljeg za GC Netlogu

identificirano je ukupno 28 studija koje istražuju genske metilacije u 40 gena u odnosu na ishod preživljavanja GC ispitanika (Tablica 3). Od 40 gena studirao, samo 5 ispitani su u više studija. Meta-analiza nije mogla biti izvedena na ovaj niz studija zbog nepravilnog prijavljivanja stope rizika. Značajna povezanost s opstanak bio prijavljen za metilacije u 18 od 40 (45%) gena, mada je primijetio nedosljednost u nalazu značajne razlike za sve gen ispitan u više studija. Pregled

Pet studije izvijestili o povezanosti opstanak u GC ispitanika prima određeni tretman kemoterapijom i metilacije 10 gena uključujući i TMS1
, DAPK
, LOX
, Upravljanje telef Netlogu i CHFR pregled [36] - [40]. U svih 5 studija, ispitanici s metilacije imali lošije preživljenje od onih bez metilacije. Jedna studija ispituje razlike preživljavanja između ispitanika liječenih i bez kemoterapije prema P16 pregled metilacije [41]. U ovom istraživanju, ispitanici bez p16
metilacije koji su primili kemoterapiju imali su bolje preživljavanje od onih koji nisu, dok je za bolesnika s p16 pregled metilacije, nije bilo značajne razlike prema statusu liječenja. pregled

Utjecaj analitičke varijabilnost i objavljivanje pristranosti pregled

Tijekom napomena studija, značajna heterogenost zabilježeno je u mnogim studijskim parametara, uključujući i testove koji se koriste, CPG stranice ispitivali, stadiji bolesti ispituje, a vrste uzoraka koji se koriste (npr svježe, smrznuto ili parafin-ugrađen tkiva). Dvanaest različitih testovi su korišteni za procjenu metiliranjem, uz metilaciju specifične PCR (MSP) se najčešće. Ispitati utjecaj metilacije testa na rezultate studije, podaci metilacije-specifičnog PCR i kvantitativne PCR (npr Methylight) analizu metilacije specifične su u odnosu na gen najčešće ispituje u studijama uspoređujući metilacije između želuca tumora i normalnog tkiva ( MLH1 pregled, 13 case-control studija). Nije bilo statistički značajne razlike ( P izvoznici < 0,05) u 95% intervala pouzdanosti za metilacije frekvencija izvijestio pomoću dva testa (Slika S1). Nema značajne razlike prema tipu uzorka (smrznuto vs parafinske ugrađen tkiva), stadiju bolesti, ili CpG stranice ispitivali su također promatrana u ovim istraživanjima (rezultati nisu prikazani).

Za testiranje za objavljivanje pristranosti, podatke iz istih 13 studija o MLH1 pregled metilacije gore navedeno je također ispitan. Trend pozitivnog izvještavanja zabilježeno je u dimnjak parceli (Slika S2) i Begg analize testa. Međutim, ove rezultate treba tumačiti s oprezom kao i većina studija su male veličine uzorka, a najmanje 20 studija obično se preporučuje za pouzdanu analizu izdanja pristranosti [42]. Pregled

Rasprava pregled

brojne studije su upleteni neprirodni DNA metilacije na brojnim gena u različitim uzorcima i modelima želučane tumourigenesis [1], [5] - [10], [12] - [14], [16], [18] - [22] [24], [43]. Ova implikacija je pak dovelo do ideje da metilacije mogao biti koristan biomarker za poboljšanje kliničke upravljanje GC [11], [15], [32], [44], [45]. Do danas, međutim, taj potencijal nije realizirana, vjerojatno zbog nedostatka relevantnih dokaza koji podupiru testiranje metilacije u klinici. Pregled

U ovoj studiji, sveobuhvatan pregled svih publikacija o frekvencijama i udruge metilacije u raka želuca kliničkih uzoraka izvedena za konsolidaciju podataka na terenu. Meta-analize su provedene u kojoj je moguće dobiti objektivnu suglasnost puta istraženih događaja. Iz analize, popisi su generirani od gena značajno različito metiliranih između tumora i normalnog uzorka tkiva iz GC ispitanika (Tablica 1), kao i normalnog tkiva i /ili krvi iz GC i predmeta bez raka (tablica 2), svaki sa metilacije događajima označeni za njihove snage udruživanja i učestalost analiza. Nalazi iz istraživanja o prognostički i prediktivni značaj metilacije događaja također su pregledani (tablica 3). Ovi popisi i dodatni dodatni podaci (tablica S1, S2) treba dati korisne informacije iz kojih se bolje procijeniti klinički potencijal pojedinih događaja, a prioritet doraditi. Pregled

Sastoji se od 77% (101/132) od slučaja kontrole mogu analize (slika 1), najveća skupina studija pregledani su bili oni uspoređuju učestalost metilacije u tumora i normalnog želučanog tkiva iz GC subjekata. Pregled identificirati 77 značajne genske metilacije događaje, potvrđujući tako meta-analize u isto vrijeme na bitno drugačiji metilacije brojnih gena obično uključen u tumourigenesis, uključujući i MLH1 pregled, p16 pregled i CHFR pregled i RUNX3 pregled (Tablica 1). Ovi događaji predstavljaju korisne alate za bolje razumijevanje želučane tumourigenesis i potencijalno identificiranje novih terapeutskih strategija [3], [28]. Iz perspektive rizika markera Međutim, ovi događaji mogu se smatrati samo prvi bazen kandidata za testiranje dalje u klinički relevantnim analizama, kako su događaji na vlastitu samo prepoznati želučanog uzoraka tumora koji su već histološki dijagnosticirati. Pregled

iz istraživanja koja uspoređuju razine za metilaciju u normalnom tkivu, plazme i seruma iz GC i non-raka subjekata, 15, 4 i 7 (Tablica 2) značajno redom su identificirani različiti gen metilacije događaja. Geni s obje utvrđenim ulogama (kao što su p16 pregled, CDH1 pregled, DAPK pregled, RUNX3 pregled, P15 pregled) i manje -known uloge (kao što su BX161496 pregled, SULF1 pregled, RPRM pregled) u tumourigenesis su identificirani. Niz događaja su zajedničko između studija o normalnom tkivu i krvi, kao što su metilacije na P16
, CDH1 Netlogu, DAPK pregled. Ovi događaji su klinički obećavajući, jer oni pokazuju diskriminativne sposobnosti za procjenu GC rizik od uzoraka koji se mogu dobiti u tekućoj rutinskoj praksi, kao što je tijekom endoskopskog pregleda (tkiva), ili stanovništvo ili kliničkog pregleda (krv). Pregled

hipoteza da utišavanje gena po metilacije također može odrediti težinu bolesti [27] također je zatraženo brojne istrage gen metilacije udruga s preživljavanje u GC. U ovom pregledu, 28 studije izvještavaju o organizaciji opstanak GC predmeta i metilacije na 40 gena također su identificirani. U prilog hipotezi, brojne značajne povezanosti između metilacije i lošeg preživljavanja zabilježena su, prije svega na tumor supresorski geni (Tablica 3). Povezanosti metilacije i bolje preživljavanje također su prijavili četiri gena ( PTGS2 pregled, MINT31 pregled, MLH1 pregled, MAL pregled), vjerojatno će odražavati tu potiskivanje onkogenog djelovanja pomoću genske metilacije također može pojaviti. Međutim, značajan nedostatak nezavisnih studija i replikaciju udruga za većinu gena studirao (Tablica 3) naglašava potrebu za daljnja istraživanja u ovom aspektu metilacije u GC. Pregled

Podaci iz pet studija na pacijentima koji primaju kemoterapiju također je predložio da DNA metilacije na CHFR
, DAPK Netlogu, TMS1 pregled mogu biti korisni prediktori odgovora na kemoterapiju [36] - [40]. Međutim, od oblikovanja ovih analiza, teško je utvrditi da li su razlike preživljavanja su zbog inherentne prognostičke razlike ili su bili u funkciji interakcije liječenja, ili oboje. U jednoj studiji o drugačijem dizajnu, Mitsuno i sur. Pregled, izvijestio je da pacijenti s p16 metilacije stekao prednost preživljavanja od kemoterapije, dok one bez metilacije ne [41] učinio. Ovaj rezultat sugerira da p16 metilacije može biti koristan marker za predviđanje odgovora na kemoterapiju, te pruža dokaze o interakciji liječenja. Međutim, ova studija ispituje samo 56 subjekata u retrospektivnoj analizi i mnogo dalje je rad potreban za potvrdu ovih nalaza. Pregled

Rezultati istraživanja istaknuli obećavajući potencijal za metilacije DNA u predviđanju GC rizik, predznak i predviđanje od odgovora na liječenje. Međutim, mnoga pitanja od značaja za kliničku provedbu ostati nezamijećeno od strane studija. Metodološki, studije nedovoljno definiranje optimalne pristupe za analizu, zbog njihovog velikog varijabilnosti u testovima, PCR početnica i proba, PCR uvjetima, te pragovi za pozitivnost koristi. Većina studija (102/143, 71%) su na temelju metilacije specifičan PCR-om, za koje ne-kvantitativna priroda analize predstavlja poteškoće za kontrolu kvalitete i standardizaciju. Uz metilacije dinamičan događaj, protokoli za uzorkovanje su u potrebi za pojašnjenje, kako s obzirom na regiju ili mjesto uzorkovanja i vrijeme uzimanja uzoraka. Udaljenost od normalnog tkiva tumora [46], i vrijeme uzimanja uzoraka [21], [22] sve su dokumentirali da značajno utječe na razinu metilaciju. Pregled

Velika varijabilnost gena i genskih panela ispituje između studija , u kombinaciji s nedostatkom provjere valjanosti u nezavisne serije i karakterizacije svojstava testa performansi, i čini ga teško definirati klinički relevantan test. Varijacija u ispitivanju često funkcionalno različitim CpG mjestima [47] - [49] između studija isti gen pruža dodatne komplikacije. Osim toga, svi gen metilacije događaji ispitan u više studija i značajan povezana s GC (uključujući i P16
, DAPK Netlogu, CHFR pregled, MLH1 pregled, RUNX3 pregled) su uključeni kao rizičnih markera mnoge druge vrste raka [26], [27], [50], podizanje pitanja o interpretaciji njihove detekcije u asimptomatskih pojedinaca. pregled

od Sledeće su ko-variates analize koje će se analizirati s metilacije. Metilacija je povezana s mnogim demografskim, kliničke i molekularne značajke, uključujući dob, spol, pušenje, intestinalne metaplazije, domaćina genetike i H. pylori pregled i Epstein Barrov virus status [1], [24]. Osim izravnih udruga, mnoge studije su također izvijestili mijenjanja interakcije između mnogih od tih značajki i metilacije na GC rizika [51]. Sami metilacije događaji mogu biti povezani i komunicirati sa svaki ostali [50], što predstavlja izazov definirati optimalnu panel metilacije markera kao dobro. CPG otok methylator fenotip (CIMP), koji se sastoji od različitih podtipova GC s koordiniranih metilacije uzorcima, opisano je [52] - [55], iako su dokazi za CIMP u GC nije tako uvjerljiva kao za rak debelog crijeva [56 ], [57]. pregled

na kraju, rezultati ovog istraživanja sažeti obećavajuću vrijednost za DNA metilacije na predviđanja rizika, predznak i predviđanju odgovora na kemoterapiju GC. Međutim, značajne metodološke i validacije pitanja ostaju na adresu pružiti podatke koji će omogućiti ove informacije kako bi se uzeo u obzir za kliniku. To uključuje analizu veći neovisna uzorka serije, primjenom standardiziranih metoda, prilagodbom za co-variates u multivarijatne analize, bolje definiranje ishoda krajnje točke i podešavanja za učinak intervencije liječenja. Ostvarenje potencijala metilacije DNA GC kliničko upravljanje čeka njihovo rješavanje.

popratne podatke Slika S1. pregled šuma zemljište od metilnog studija usporedbe MLH1 pregled metilacije između tumora i normalnog tkiva iz GC predmeta prema korištenju metilacije specifičan PCR i kvantitativne metilacije specifičan PCR. pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s001 pregled (TIF) pregled Slika S2.
toka parceli od svih 13 studija o MLH1 pregled metilacije u tkivu tumora te normalnog želučanog tkiva iz GC subjekata za procjenu objavljivanje pristranost. Okomita crta pokazuje skupna procjena ukupne OR i kosim linijama predstavljaju interval pouzdanosti od 95%
doi:. 10,1371 /journal.pone.0036275.s002 pregled (TIF)
tablica S1. pregled Popis metilnim gena i njihovih sastavnih studija za uspoređivanje razlika između tumora i normalnog želučanog tkiva iz želuca ispitanika oboljelih od raka. Meta-analiza ak omjeri (OR) i 95% interval pouzdanosti izračunate su za sve metilnog genima analizirani. Crvena i bold slova su korišteni za označavanje značajnih razlika između grupa. BS-SSCP: bisulfit jednolančana konformacija polimorfizam; Bseq: bisulfit sekvenciranje; COBRA: kombinirani bisulfita restrikcijske analize; DPHLC: denaturiranje tekućinske kromatografije visokog učinka; FFPE: formalinom fiksiranih uklopljeni u parafin; HRM: visoka tališta rezolucije; MSP: lančana reakcija polimeraze metilacije specifičan; PCR: lančana reakcija polimerazom, QMSP. Kvantitativna lančana reakcija polimeraze metilacije specifičan pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s003 pregled (XLS) pregled Tablica S2. pregled Popis metilnim gena i njihovih sastavnih studija za usporedbu razlika u normalnom tkivu, plazmi i serumu između karcinoma želuca i subjekata koji nisu raka. Meta-analiza ak omjeri (OR) i 95% interval pouzdanosti izračunate su za sve metilnog genima analizirani. Crvena i bold slova su korišteni za označavanje značajnih razlika između grupa. COBRA: kombinirani bisulfita restrikcijske analize; MSP: lančana reakcija polimeraze metilacije specifičan; QMSP. Kvantitativna lančana reakcija polimeraze metilacije specifičan pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s004 pregled (XLS) pregled

Izvori pregled

Zahvaljujemo Barry Iacopetta i Chee- Seng Ku za njihov doprinos u sastavljanju rukopisa. pregled

Other Languages