PLoS ONE: Prekomjerna ekspresija E2F mRNA povezana s rakom želuca progresiju prepoznati po transkripcijski faktor i Mirna koregulacijskog Network Analysis

Sažetak pregled

Genska ekspresija regulira na transkripciju i translaciju razinama; Dakle, obje su faktori transkripcije (TFS) i mikroRNA (Mirna) igraju ulogu u regulaciji ekspresije gena. Ova studija profilirani različito izražene mRNA i miRNAs u želučanim tkiva raka konstruirati TF i Mirna koregulacijskog mreže kako bi se utvrdili promijenjena gena u želučanog raka progresije. Ukupno 70 slučajeva raka želuca i upareni susjedna normalna tkiva su podvrgnuti cDNA i analizira Mirna mikropostrojima. Dobili smo 887 regulira prema gore i 93 dolje regulirani geni i 41 dolje regulirano i 4 up-regulirana miRNAs u želučanog tkiva raka. Korištenje transkripcijski regulatorni element baze podataka, dobili smo 105 gena koji su regulirani od strane E2F obitelji gena i koriste Targetscan, Miranda, miRDB i miRWalk alata, predvidio je da potencijalne gene ciljanja tih 45 miRNAs. Zatim smo izgradili E2F-vezane TF i Mirna koregulacijskog gena mreže i identificirati 9 glavčine gene. Nadalje, utvrdili smo da su razine E2F1, 2, 3, 4, 5 i 7 mRNA povezane s želučanog kapaciteta invazije stanica raka, te je povezana s diferencijacijom tumora. Ovi podaci su pokazali hiperekspresija E2F mRNA povezanih s želučanom progresijom raka pregled

Izvor. Zhang X, Ni Z, Duan Z, Xin Z, Wang H, Tan J, et al. (2015) Prekomjerna ekspresija E2F mRNA povezana s rakom želuca progresiju prepoznati po transkripcijski faktor i Mirna koregulacijskog Network Analysis. PLoS ONE 10 (2): e0116979. doi: 10,1371 /journal.pone.0116979 pregled

Primljeno: 30. rujna 2014.; Prihvaćeno: 17. prosinca 2014. Objavljeno: 3 veljača 2015 pregled

Copyright: © 2015 Zhang i sur. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteke. Podaci su pohranjeni na GEO baze podataka, pod pristupnim brojem GSE63089 pregled

Financiranje:. Ovaj rad je podržan u sklopu koje potporama iz Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (̭20108025 i̮72662), Zaklade Jilin provincije Odjel Tehnologija Znanost i (É30522013JH iÉ40414048GH) i Norman Bethune program Sveučilišta Jilin (É2219). Autori su također zahvaliti Medjaden bioznanosti Limited (Hong Kong, Kina) za uređivanje i lektura ovog rukopisa. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je i dalje jedan od najznačajnijih zdravstvenih problema u zemljama u razvoju, kao u Kini, iako je njegova učestalost se postupno smanjuje u zapadnim zemljama. Sve u svemu, raka želuca je račune za četvrtinu učestalosti i drugi od stope smrtnosti među svim karcinomima u svijetu [1-3]. Želučani čimbenici rizika raka uključuju Helicobacter pylori infekcije, česte konzumacije pušili hranu, slanu ribu i meso, i ukiseljeno povrće, duhanski dim, pretilost, ili kronični gastritis. Ti čimbenici rizika mogu koordinirati manipulirati ekspresiju gena ili mutaciju ili Epigenetske promjene i na kraju dovesti do razvoja raka želuca. Do danas, veliki korpus znanja se nakupila u vezi molekularnih promjena povezanih s rakom želuca, kao što su ARID1A, TP53 [4], PTGER4, PRKAA1, ZBTB20 [5] i PLCE1 [6]. Međutim, temeljni mehanizam različitih gena posredovane želuca karcinogeneze i dalje treba definirati. Dakle, bitno je da se dodatno istražiti molekularne patogenezu karcinoma želuca pomoću sustavno biologije pristup, kao što je izgradnja različito izražene gene-regulatorne mreže za prepoznavanje važne gena put ili signalizaciju tijekom razvoja želučanog karcinoma ili napredovanje. Pregled

Genska ekspresija regulira na transkripciju i translaciju razinama. Na razini transkripcije, gen transkripcijski faktori (TFS) igraju važnu ulogu u regulaciji ekspresije ljudskog gena, dok je Mirna mogao na razini nakon transkripcije regulira mRNA prijevod i poluživot. Konkretno, TFS su proteini koji se vežu na specifične DNA sekvence i na taj način kontroliraju transkripciju gena. Mirna je klasa prirodno male nekodirajuće RNA sa 18 do 22 nukleotida u dužini i funkcionalno, Mirna mogu postavljati-transkripcijski izraz tišina proteina obvezujuća za komplementarne ciljne genskih transkripata, čime se degradira ta messenger RNA ili ih inhibira od prevođenja u proteine. Dakle, i TFS i miRNAs može regulirati gena u različitim fazama ekspresije gena i mogu formirati povratne petlje i kompliciranu regulatorne mreže na čvrsto kontroliraju ekspresiju gena. U tom smislu, istraživanje ovog gena regulatorne mreže mogu nam pomoći da razumijemo stanica homeostaze i fiziološki proces, biološku funkciju, a mehanizam bolesti. Do danas, brojne studije su pokazale regulaciju gena TFS i Mirna kod raka želuca, kao što je nuklearna faktor kappa B [7], FoxM1 [8], faktor hipoksije-induktivni 1 [9] i Mir-7 [10] , mir-375 [11], mir-125b, mir-199A, mir-100 [12]. Doista, netipična Mirna ili TF ekspresije doprinosi ljudskoj karcinogeneze [13]. Dakle, u ovoj studiji, istražili smo ulogu kombiniranih Mirne i transkripcijskih faktora u regulaciji ekspresije gena kod raka želuca za pridruživanje želučanog raka progresije. Mi smo prvi put otkriven diferencijalne ekspresije gena i miRNAs u uzorcima želučane raka tkiva i analizirati ih bioinformatically formirati TF-Mirna regulatornu mrežu za odnose izraz E2F obitelji mRNA kod raka želuca. Zatim smo potvrdili E2F izraz za pridruživanje želučanog raka progresije. pregled

Materijali i metode

Pacijenti i tkiva primjerci pregled

Ova studija je odobren od strane Etičkog povjerenstva iz School of Basic Medical znanosti Sveučilišta Jilin i svaki pacijent je pristao u pisanom obrazac informiranog pristanka. Nakon toga upisao se 70 pacijenata s rakom želuca sa Sveučilišta Jilin (Changchun, Kina) između travnja 2012. i listopada 2014. Svi su bolesnici primili nikakvu unaprijed zahvatima, kao što kemo ili radioterapijom. Tumorskih i udaljeni normalna tkiva dobiveni su od operacije sobe i pohranjene u tekući dušik u roku od 10 minuta. Pregled

Izolacija RNA i Mirni priprema pregled

ukupna stanična RNA je izolirana iz uzorcima tkiva pomoću Trizol reagensa (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), a zatim je dalje pročišćena rabeći RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Njemačka). Koncentracija RNA se tada određuje korištenjem epoha više jedinica spektrofotometar sustava (BioTek, Vermont, USA). Nakon toga, Mirna je izolirana iz uzoraka RNA pomoću izolacije Kit mirVana Mirna (Ambion, Austin, TX, USA).

egzona microarray analiza pregled

U ovoj studiji, prvo profilirani genske ekspresije između 45 rakom želuca i uparenih susjednih uzoraka normalnog tkiva koriste Affymatrix genski čip eksona polja 1.0 ST (Affymatrix, CA, USA). Naime, 1 ug uzorak RNA obrnuto prepisana u cDNA i ti uzorci cDNA su zatim probavlja u cDNA fragmente s endonukleaze i označen sa označavanje DNA pomoću DNA Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA). Obilježene cDNA kalupi su korištene kao probe za hibridizaciju za Affymatrix genski čip eksona nizovi 1.0 ST u uvjetima 45 ° C i inkubacije rotacije na 60 rpm tijekom 17 h. Nakon toga, nizovi su oprane i skenira pomoću genski čip Scanner 3000 sa genski čip operativni sustav (GCOS). Pregled

Mirna microarray analiza pregled

Također smo profilirali su različito izražene miRNAs u 15 karcinoma želuca i u paru susjedne primjerci normalnog tkiva koriste Affymatrix Gene Chip mikrornk niz. Slično eksperimenata microarray cDNA, Mirne sonde koriste RNK Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA) su hibridizirana Affymatrix Gene Chip mikrornk niz na 45 ° C i okretati na 60 okretaja u minuti tijekom 17 sati. Nakon toga, nizovi su skenirani pomoću GCOS. Pregled

Microarray analiza podataka pregled

Sirovi podaci microarray su analizirani pomoću Limma algoritam za identifikaciju različito izražene gene i miRNAs i zatim se analizira pomoću linearne modele i empirijska Bayesova metoda. t pregled -test i Bonferronijeva korekcija se koristi za procjenu statističke značajnosti svakog diferencijalne ekspresije. Razmatrane su Geni i Mirna se značajno različito izražena, ako p pregled -values ​​< 0.05 i ekspresije gena pokazala je najmanje 1,5 puta promjene između raka i njihovih normalnih tkiva. Program QUBIC (Kvalitativna BI-Grupiranje), čime je klaster-analiza različito izražene gene. Osnovna ideja algoritma je pronaći sve podskupine gena sa sličnim izrazom uzoraka među nekim podskupinama tkiva raka, a time i gena koji su uključeni u svaki takav uzorak može eventualno poslužiti kao potpise za rak sub-tipkanja ili inscenacije. Za naš bi-klaster analize, koristili smo sljedeće parametre: r = 1, q = 0,06, c = 0,95, o = 100, f = 1 [14,15]. Baza podataka za napomenu, Vizualizacija i integriranog Discovery (David) i Kyoto Enciklopedija gena i genoma (KEGG) alati su korišteni za funkcionalnu analizu i putevima razvrstavanju tih različitih gena. Pregled

QRT-PCR pregled

Ukupna stanična RNA iz kancerozne i normalnih želučanog tkiva su okrenute prepisana u cDNA pomoću 1 ^{st lanca cDNA Synthsis Kit (Takara, Dalian, Kina) u skladu s preporukama proizvođača. Izraz E2F1, E2F2 i E2F4) mRNA se analizira u 10 karcinoma želuca i uparena susjedna normalne uzorke tkiva Q-PCR pomoću SYBR mješavina na Ex Taq (Takara) i p-aktin korištena je kao interna kontrola. Primeri su navedeni u tablici 1. Podaci o qPCR su za kvantitativno pomoću 2 ΔΔCt metode. Pregled}

Izgradnja TF-Mirna koregulacijskog mreže Netlogu

Nakon analize mikropostrojima podataka, dobili smo TFS i latentne ciljnih gena koji su regulirani od strane obitelji E2F kroz traženje transkripcijskih regulacijskih elemenata baze podataka (TRED). Štoviše, miRNAs ciljanje E2F obitelji utvrđeno je ispitivao četiri ciljne predviđanja baze podataka, tj Targetscan, Miranda, miRDB i miRWalk baze podataka [16-18]. Zatim smo u kombinaciji tih diferencijalnih izrazio gena i miRNAs konstruirati ovaj TF-Mirna koregulacijskog mreže vezan uz obitelj E2F pomoću Cytoscape softver. U TF-Mirna ko-regulatorne mreže, definirali smo čvor kao gen čvorišta ili Mirna, kada je izravno povezan s više od dva ukupnih čvorova u mreži. Pregled

Analiza E2F obitelji mRNA za pridruživanje klinici patološkim osobinama od pacijenata s rakom želuca

Korištenje prijemnik karakteristične (RH) krivulje, analizirali smo različito izražena gena koji su regulirani od strane E2F mRNA između karcinoma želuca i upareni susjedna normalna tkiva gena. Zatim smo odabrali i odlikuje najbolje podudaraju gene za pridruživanje klinici patološkim osobinama pomoću binarnog logističke regresijske analize. Pregled

Statistička analiza pregled

ROC krivulje i binarna logistička regresija korištena su za diferencijalno izraženih gena koji su regulirani su E2F mRNA između karcinoma želuca i uparenih susjedna normalna tkiva. Jednosmjerna ANOVA je korištena za povezivanje između obitelji E2F i stupnju invazije tumorskih stanica. GraphPadPrism 6 softver je provedeno da bi se dobio ROC krivulje i izračun osjetljivosti, specifičnosti i površine ispod krivulje (AUC). SPSS 18.0 software je korišten za one-way ANOVA i binarne logističke regresijske analize. Vrijednost p < 0,05 smatra se statistički značajna pregled

Rezultati

Detekcija različito izraženim genima i miRNAs između karcinoma želuca i njihove odgovarajuće normalna tkiva pregled

praizveden. Affymatrix egzona Nizovi analiza za detekciju različito izražene gene između karcinoma želuca i upareni susjedna normalnom tkivu u 45 bolesnika (podaci pacijenata prikazani su u tablici S1). Geo skupovima podataka NCBI pristupni broj ovog istraživanja bio GSE63089. Koristeći > 1,5 presavijanja promjene kao cut-off vrijednosti, identificirali smo 887 regulira prema gore i 93 dolje regulira gene (S2 tablicu). Funkcionalna analiza pokazala da su ovi geni diferencijalne uglavnom oblikovan gena putova, kao što su stanična ciklička kontrola, p53 signalnog puta, rak puta, interakcije izvanstaničnog matriksa receptora, adheziju stanica, glikolize /glukoneogeneze i interakcije citokin receptora (Sl. 1). Članovi obitelji E2F igraju važnu ulogu u staničnog ciklusa G1 /S prijelaza u stanicama i ekspresiju gena u E2F1, 2, 3, 4, 5, i 7 su sve nađeno je da prekomjerna ekspresija (p < 0.01) u raka želuca u ovom studija. pregled

Nakon toga, mi također obavlja analizu Affymatrix Gene Chip mikrornk array u 15 slučajeva raka želuca i uparenih susjedna normalna tkiva (podaci pacijenata prikazani su u tablici S1). Geo skupovima podataka NCBI pristupni broj ovog istraživanja bio GSE63121. Pronašli smo 41 dolje regulira i 4 regulira prema gore miRNAs (S3 tablicu). Sl. 2 ilustrirana Bi klastera klaster analizu tih 45 diferencijalne miRNAs kod raka želuca u odnosu na normalno tkivo. Funkcionalno, te diferencijalno izražene miRNAs može regulirati različitih gena putova, kao što je aktivator transkripcije aktivnost, DNA vezanje, aktivnost faktora transkripcije, nakon regulaciji transkripcije gena i G1 /S tranziciju mitoze staničnog ciklusa. Pregled

Building gore i analize E2F obiteljske odnose na TF-Mirna koregulacijskog mreže Netlogu

kako bi se prikazali E2F obiteljski vezane TF-Mirna ko-regulatorni mrežu, iskoristiti ćemo TRED raspitati TF i latentna ciljnih gena reguliranih by E2F obitelji, a zatim odabran različito izražena TFS i latentne ciljnih gena u želučanim tkiva raka. Pronašli smo ukupno 105 TFS i latentnih ciljnih gena koji bi mogli biti potencijalno reguliralo E2F obitelji u raka želuca (5 dolje regulirano i 100 up-regulirani geni, vidi S4 stol), koji bi se oblikovao 105 gena mrežu nakon bi- klastera klaster analiza (Sl. 3) DAVID analiza je pokazala ova 105 gena su većina gena staničnog ciklusa povezanih (sl. 4). pregled

Zatim smo iskoristili online alata Targetscan, Miranda, miRDB i miRWalk baze podataka za predviđanje potencijalni geni ciljanja tih 45 Mirna i onda spojio te gene ciljanje s ovim 105 različito izraženim genima. Pronašli smo 7 regulirati na dolje i 2 gore-regulirana miRNAs (S3 tablicu). Nakon toga, izgradili smo do E2F-vezane TF-Mirna regulatorne mreže (Sl. 5). Pregled

Nakon toga smo analizirali ovu E2F-vezane TF-Mirna regulatorne mreže i otkrio da E2F1, E2F2 i E2F4 u E2F obitelj igraju važnu ulogu u ovom TF i Mirna ko-regulatorne mreže. Tri nad-regulirane mRNA (E2F1, E2F2 i E2F4) iz različito izraženi mRNA su provjereni u realnom vremenu PCR (RT-PCR). Rezultati su pokazali da E2F1, E2F2 i E2F4 su overregulated u uzorcima raka želuca u usporedbi s normalnim uzoraka. Rezultati RT-PCR i microarray podaci odgovaraju (p < 0.05, Sl. 6). Osim toga, utvrdili smo 9 glavčine gene E2F vezane TF-Mirna regulatorne mreže, što može biti co-regulirano TFS (Sl. 7). David analiza tih 9 hub gena i funkcije prikazan je u tablici 2. pregled

Udruga E2F razini obiteljska mRNA s klinike patološka obilježja od pacijenata s rakom želuca

Nadalje analiziranom izražavanja E2F mRNA i zatim ih povezuje s klinike patološkim osobinama od pacijenata s rakom želuca. Krivulje Analiza ROC pokazala je da E2F1, 2, 3, 4, 5, i 7 može biti latentna meta razlikovati rak želuca tkiva i normalne one (Sl. 8). Kombinacija nekoliko E2F obitelji mRNA može dodatno poboljšati specifičnost i osjetljivost njihovog razlikovanja raka želuca i normalnog tkiva nakon regresije binarne logističke analize (Sl. 8). Štoviše, našli smo razine E2F1, 2, 3, 4, 5, i 7 mRNA povezan s dubinom želučane invazije raka (Sl. 9). Također smo otkrili da E2F ekspresija povezana s tumorom diferencijacije (Sl. 10). Pregled

Rasprava pregled

U ovoj studiji korištena smo cut-off vrijednosti od 1,5 puta promijeniti profiliranih različito izraženi mRNA i miRNAs u želučanim tkiva raka, što je u skladu s većinom od prethodne studije cDNA ili Mirna microarrays [19]. Te različito izražene mRNA i miRNAs u želučanom tkivu raka su uglavnom odnosi na napredovanje staničnog ciklusa, a posebno E2F obitelji. Do danas, članovi E2F proteina uključuju E2F1- E2F8, a među njima, E2F1, 2, 3, 4, 5 i 7 proteini su svi bili značajno povećana kod raka želuca u studiji. Dakle, predvidio smo da E2F obitelj ima važne regulatorne funkcije u raka želuca. Dakle, konstruirali smo tu E2F-vezane TF-Mirna ko-regulatorni mrežu za rak želuca, na temelju naših mikropostrojima profiliranja podataka. Ova mreža ima 105 TFS i njihove regulirane latentne ciljnih gena (5 dolje uređena i 100 up-regulirana gene) koji se odnose na obitelj E2F i 9 diferencijalne miRNAs (7 dolje regulirano i 2 regulira prema gore miRNAs) (Sl. 5) , Drugim riječima, E2F porodica gena mogla djelovati na ove 105 gena i 9 miRNAs za regulaciju staničnog ciklusa napredovanje raka želuca. Doista, otkrili smo da je ciljni geni regulirani E2F1 i E2F4 pojavio količine diferencijalne ekspresije kod raka želuca, što ukazuje da E2F1 i E2F4 vrlo vjerojatno da zauzme važnu udio u rastu raka želuca. Nadalje, miRNAs različito izraženo kod raka želuca su mogli regulira ekspresiju E2F1, E2F2, E2F5 i E2F7, što znači da miRNAs-promijenjen izraz E2Fs proteina važnih čimbenika u razvoju želučanog karcinoma ili napredovanje. Pregled

Naime, E2F članovi obitelji igraju važnu ulogu tijekom staničnog ciklusa G1 /s tranziciju u stanicama i njihova promijenjena ekspresija pridonio niz ljudskih bolesti, uključujući rak [20]. Na primjer, tijekom želučanog rasta i napredovanja raka, stanice raka pospješuju proliferaciju stanica tumora, a inhibiraju apoptozu. Na razini gena, transkripcijski faktor E2F obitelj gena igra značajnu ulogu u reguliranju procesa staničnog ciklusa promicanjem pravovremeno ekspresiju gena potrebnih za sintezu DNK u G1 /S faze tranzicije. E2F aktivnost sama kontrolira retinoblastom proteina (RB) i džepni proteina p107 i p130. Do danas, članovi u E2F proteina su E2F1-E2F8, uključujući i transkripcija aktivirane čimbenike E2F1-3a, koji se uglavnom reguliraju prijelaz staničnog ciklusa od G0 u S fazu, i transkripcija inhibirana faktora E2F3b-E2F8, koji su izraženi u mirnim ili diferenciranih stanica i spriječiti progresiju staničnog ciklusa [21]. Prethodna istraživanja pokazala su da je promijenjena ekspresija E2F obitelji gena usko je povezan s rastom od raka dojke [22], rak jajnika [23], raka mokraćnog mjehura [24], raka debelog crijeva i raka gušterače [25]. U karcinomu želuca, ranije studije su pokazale da E2F abnormalno eksprimiran i E2F ekspresije reguliran miRNAs bio povezan s napredovanja staničnog ciklusa i apoptoze represiju u stanicama raka želuca potisnuti TGF-beta tumora supresora [26]. E2F genske mutacije je također jedan od uzroka ranog nastanka želučanog karcinoma [27]. Naš trenutni podaci su podržani ovaj nalaz. Pregled

Međutim, osim obitelji E2F, TP53, BRCA1 i STAT3 također igraju važnu ulogu u tom TF i Mirna koregulacijskog mreže (Sl. 5). Na primjer, TP53is jedan od najčešće studirao gena, a igra ulogu u regulaciji apoptoze, genomske stabilnosti i angiogeneze [28]. Prethodna studija pokazala je da P53 pregled mutacija izravno povezan s razvojem raka želuca [4], a druga studija pokazala je da obnova p53 aktivnosti inducirane osjetljivost raka želuca kemoterapije [29]. BRCA1 je gen osjetljivost od raka dojke i regulira stanične apoptoze i popravke DNK oštećenje. BRCA1 igra ulogu u popravak aktivnosti regulacije DNA i BRCA1 pregled mutacije doprinijeli razvoju raka dojke, raka jajnika [30], rak gušterače [31], i rakom želuca [32]. Izgubljena izraz BRCA1 proteina povezana s lošim stopu preživljavanja kod pacijenata oboljelih od raka želuca [33]. Naše je istraživanje pokazalo je da BRCA1 mRNA je povezan s želučanim diferencijacije karcinoma. Štoviše, STAT3 je transkripcijski faktor koji aktivira kao odgovor na faktore rasta i citokina, te pridonosi regulaciji stanične proliferacije, apoptoze i pokretljivost u stanicama. Prethodne studije su pokazale da STAT3 bio je ključni regulatorni faktor [34] u razvoju raka želuca i da aktivacija STAT3 promovira preživljavanje tumorskih stanica i migraciju [35]. Prethodna studija koristi inhibitor STAT3 u liječenju raka želuca i pokazao učinkovitost [36]. Pregled

Nadalje, miRNAs (Mir-125a-5p, Mir-331-3p, Mir-17, Mir-150, Mir-155 , mir-27b, mir-31, mir-92a i mir-509-5p), koji različito izraženo kod raka želuca, pronađeno je da regulira ekspresiju E2F1, E2F2, E2F5 i E2F7 u ovoj studiji (S3 tablici). Prethodne studije su pokazale da je ekspresija Mir-125a-5p bio povezan s želučanim karcinogeneze ciljanjem E2F3 [37]. Mirna-331-3p izravno cilja E2F1 i potaknulo zaustavljanje rasta stanica ljudskog želučanog raka [38]. Štoviše, izraz Mir-155 može blokirati TGF-β1-posredovanu aktivaciju RB i zauzvrat smanjiti obilje inhibitorne pRB-E2F1 složen i žičara G0 /G1 uhićenja [39]. Mir-17 obiteljskih klasteri nastaju kao ključni modulatora TGF-βtumor supresorski signalizaciju u rak želuca, kroz regulaciju p21, E2F1-3 i E2F5 ciljnih gena izraza [40-42]. Osim toga, Mir-150, Mir-31, a Mir-92a i prikazani su usko povezani s rakom želuca [43-46]. Iako su bez izvijestio o Mir-509-5p odnose na rak želuca, Mir-509-5p pridružio MDM2 /p53 povratne petlje i regulira rast stanica raka [47]. Ove studije su u skladu s našim trenutnim rezultatima.

Osim toga, regulatorni odnos između TF-gena i Mirna-TF može imati sinergistički učinak. Na temelju našeg novoosnovanog E2F vezane TF-Mirna ko-regulatorne mreže, identificirali smo 9 glavčine gene koji uglavnom uključuju se u staničnom ciklusu i kromosoma organizacije (Sl. 7). Uzeti su svi podaci zajedno, naša trenutna istraživanja pokazuju da želuca razvoja i napredovanja raka su uključeni više gena i daljnja istraživanja će se fokusirati na tim genima kao nove mete za kontrolu raka želuca. Pregled

Međutim, naše je istraživanje samo daje jedan preliminarni podaci i daljnja istraživanja potvrde potrebno je da potvrdite svoje podatke u ex vivo i in vitro. To sustavno pristup može nam pomoći da istražite raka patogenezu i pružiti teoretsku osnovu za traženje novu strategiju za liječenje karcinoma želuca u budućnosti. Pregled

popratne podatke
S1 tablicu. Karakteristike bolesnika pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0116979.s001 pregled (DOC) pregled S2 stol. . Sažetak od 980 različito izražene gena u želučanog tkiva raka u odnosu na dalekim normalnim tkivima
razine ekspresije gena u želučanog tkiva raka vs dalekih normalna tkiva su barem 1,5 puta drugačiji s p-vrijednost. ≪ 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s002 pregled (XLSX) pregled S3 stol. . Sažetak 45 različito izražene miRNAs u želučanog tkiva raka u odnosu na dalekim normalnim tkivima
Razine Mirna izražavanja u želučanim tkiva raka vs dalekih normalna tkiva su barem 1,5 puta drugačiji s p-vrijednost 0,05. pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s003 pregled (XLSX) pregled S4 stol. Sažetak 105 različito izražene gene u TFS-regulatorne mreže u želučanom tkivu raka pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0116979.s004 pregled (docx) pregled

Izvori pregled

zahvaljujemo Medjaden bioznanosti Limited (Hong Kong, Kina) za uređivanje i lektura ovog rukopisa. pregled

• PLoS ONE: mokraćnog razina N-nitrozo spojeva u odnosu na rizik od raka želuca: Nalazi iz Šangaja iste skupine Study
• PLoS ONE: Kirurški Ishodi 2041 uzastopnih laparoskopske gastrektomije procedura za rak želuca: velika slučaja kontrola Study