PLoS ONE: visoke propusnost sekvenciranje i kopiranje Broj Inačica za detekciju pomoću formalina Fiksni tkiva uklopljenog u metastatskim rakom želuca

Sažetak pregled

U doba ciljane terapije, mutacija profiliranje raka je ključni aspekt donošenje odluka o liječenju. Karakterizirati raka na molekularnoj razini, korištenje u parafin uklopljenih tkiva formalinom fiksiranih je važno. Testirali smo Panel v2 Ion AmpliSeq Rak žarišne i test nCounter Kopiraj broj varijacija u 89 formalinom fiksne parafin uklopljenih uzoraka raka želuca kako bi se utvrdilo da li su primjenjivi u arhivskim kliničkih uzoraka za personalizirane ciljane terapije. ovjeren smo rezultate sa Sanger sekvenciranje, real-time kvantitativnog PCR, fluorescentne in situ hibridizacije i imunohistokemijski. Često otkrivena somatske mutacije uključena TP53 pregled (28.17%), APC pregled (10,1%), PIK3CA pregled (5,6%), KRAS pregled (4.5 %), SMO pregled (3,4%), STK11 pregled (3,4%), lokusu CDKN2A pregled (3,4%) i SMAD4 pregled (3.4%) , Pojačanja iz HER2 pregled, CCNE1 pregled, myc pregled, KRAS pregled i EGFR pregled, geni su kod 8 (8,9%) 4 (4,5%), 2 (2,2%), 1 (1,1%) i 1 (1.1%) slučajeva, respektivno. U slučajevima s pojačanjem fluorescencije u situ hibridizacija za HER2 pregled potvrđena genskom amplifikacijom i imunohistokemijski na HER2, EGFR i CCNE1 provjereno povećane ekspresije proteina u stanicama tumora. U zaključku, uspješno izvedena poluvodiča bazi sekvenciranje i nCounter broj kopija varijacije analize u parafin uklopljenih uzoraka raka želuca formalinom fiksna. Visoke propusnosti screeninga u arhivskim kliničkim uzorcima omogućuje brži, točniji i isplativ otkrivanje hotspot mutacija ili pojačanja u genima pregled

Izvor:. Kim, Lee J, Hong mene, ne IG, Kang Sy, HA SY, et al. (2014) visoke Propusnost sekvenciranje i kopiranje Broj Inačica za detekciju pomoću formalina Fiksni tkiva uklopljenog u metastatskim rakom želuca. PLoS ONE 9 (11): e111693. doi: 10,1371 /journal.pone.0111693 pregled

Urednik: Hiromu Suzuki, Sapporo Medicinski fakultet, Japan pregled

Primljeno: 28. travnja 2014.; Prihvaćeno: 29. rujna 2014; Objavljeno: 5. studenog 2014 pregled

Copyright: © 2014 Kim et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Data Dostupnost:. The autori potvrđuju da su svi podaci na kojima se temelji nalaze u potpunosti na raspolaganju bez ograničenja. Svi relevantni podaci u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled

Financiranje:. Ova studija je podržan od strane grant od Koreji Healthcare Technology R &D Projekta, Ministarstvo za zdravstvo & Socijalne poslove, Republika Koreja (A101130) i grant Samsung Biomedical Research Institute (# SBRI-SP1B20112). Ova studija je također podržan od strane Samsung Medical Center unutar škole potpore, 20 x 20 projekta (# GFO1140111). Koautori Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, U-Gu Dolu, tako mlada Kang, Sang Yun ha, Seung Tae Kim Se Hoon Park, osvojio Ki Kang, min-GEW Choi, Jun Ho Lee Tae Sung Sohn , Jae Moon Bae, Sung Kim i Kyoung-Mee Kim zaposleni Samsung Medical Center. Koautor Duk-Hwan Kim je zaposlen Samsung Biomedical Research Institute. Samsung Biomedical Research Institute i Samsung Medical Center pruža podršku u obliku plaće za autore Seokhwi Kim, JL, meh, IGD, sik, SYH, STK, SHP, WKK, MGC, JHL, TSS, JMB, Sung Kim KMK i DHK ali nije imao nikakvu dodatnu ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, odluku da objavi, ili pripremu rukopisa. Specifični uloge tih autora su artikulirani u odjeljku "Autor doprinosa" pregled

suprotstavljenih interesa. Autori imaju sljedeće interesa: Ovo istraživanje je financirala djelomično Samsung Biomedical Research Institute i Samsung Medical Center. Koautori Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, U-Gu Dolu, tako mlada Kang, Sang Yun ha, Seung Tae Kim Se Hoon Park, osvojio Ki Kang, min-GEW Choi, Jun Ho Lee Tae Sung Sohn , Jae Moon Bae, Sung Kim i Kyoung-Mee Kim zaposleni Samsung Medical Center. Koautor Duk-Hwan Kim je zaposlen Samsung Biomedical Research Institute. Nema patenti, proizvodi u razvoju ili proizvode na tržištu da se proglasi. To ništa ne mijenja pridržavanje autorovih svim PLoS ONE politika na razmjenu podataka i materijala. Pregled

Uvod pregled

Dok je rak želuca je četvrti najčešći rak u svijetu, to je drugo vodeći uzrok smrti. [1] Njegova pojava je znatno veća u azijskim zemljama, uključujući i Koreji, gdje je drugi najčešći rak. [2] U zadnje vrijeme, nekoliko ciljanih terapeutika za rak želuca su otkriveni, koji pružaju dodatne mogućnosti za liječnike i pacijente [3] - [5] pregled

U doba ciljane terapije, mutacija profiliranje raka uzročnog. je presudno za terapijske odluke. Pokušaji da se profil mutacije su načinjene pomoću uobičajenog Sanger sekvenciranje; Međutim, to nije optimalna metoda u kliničkim uvjetima zbog troškova, vremena i rada potrebnih. Štoviše, Sanger sekvenciranje zahtijeva znatne količine DNA; ocjenjivanje manje količine uzorka za nekoliko gena u isto vrijeme nije moguće. Uvođenje sljedeću generaciju sekvencioniranje (NGS) metoda je riješen ovaj problem multipleks, visoke propusnosti sekvenciranje mnogih uzoraka za više gena istovremeno. [6], [7] Jedna od NGS platformi, Ion Torrent AmpliSeq Rak ploča, oslanja se na ne-optičke detekcije vodikovih iona u uređaju poluvodiča, [8], te je u mogućnosti to otkriti 2,855 onkogene mutacije u 50 najčešće mutiranih gena (Tablica S1). To je superioran u odnosu na druge masena spektroskopija temelji na metodama sekvencioniranja, pružajući sekvencioniranje rezultate brže i po nižoj cijeni. [8] To se odnosi na formalinom fiksne parafin uklopljenih jedinki (FFPE) tkiva s malim količinama DNA. Zato što osigurava visoku osjetljivost pri probira poznat onkogenih mutacija, [9], [10] Ion Torrent AmpliSeq Rak ploča je izbor od 5 glavnih centara raka u SAD-u za molekularne dijagnostike u ciljanoj terapiji [11]. Pregled

Pojačanje onkogena je glavni mehanizam za gensku prekomjernom ekspresijom i doprinosi razvoju tumora. [12] Primjeri uključuju pojačanje HER2 Netlogu, MET
, FGFR2 Netlogu i Kraš pregled geni u želučanog karcinoma. [13], [14] U otkrivanju broj kopija varijacije (CNVs) u kliničkim uzorcima, fluorescentna in situ hibridizacija (FISH) i /ili imunohistokemijske (IHH) je naširoko koristi. Međutim, visoki troškovi i male veličine uzoraka biopsije materijala ograničiti primjenu tih metoda, a još uvijek postoji potreba za daljnjim visoko protočnim tehnologiji s laka dostupnost, visoke osjetljivosti i niske troškove. nCounter CNV CodeSets (Nanostring tehnologije, Life Sciences, Seattle, WA) pružaju vrhunsku točnost i reproducibilnost za studije svih veličina i proizvoditi bolje i brže rezultate uz znatno manje truda nego u realnom vremenu kvantitativni lančanom reakcijom polimeraze (qPCR) ili CNV polja [ ,,,0],15]. pregled

bolji mjeri liječenje raka može poboljšati ishod pacijenata. Pacijent uzorci tumora će biti potrebna kako bi se karakterizirala rak na molekularnoj razini i identificirali bolesti podgrupe koje bi trebali primati različite tretmane. Korištenje FFPE tkiva je važno za omogućavanje takvih studija. [16] Ovdje smo testirali AmpliSeq i nCounter prilagođene CNV panela u FFPE uzoraka karcinoma želuca kako bi se utvrdilo jesu li primjenjiva u arhivskim kliničkim uzorcima za personalizirane ciljane terapije. Pregled

Materijali i metode

Uzorci

postotak tumorske stanice sa više od 75% je izrezana pod mikroskopom od 4 mm neobojene sekcijama usporedbom s H &E obojani klizanje i genomska DNA je ekstrahiran korištenjem Qiagen DNA FFPE tkiva Kit (Qiagen, Hilden, Njemačka) u skladu s uputama proizvođača od 96 bolesnika s uznapredovalim karcinomom želuca. Nakon ekstrakcije, izmjerili smo koncentracije kao 260/280 i 260/230 nm omjer spektrofotometrom (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Svaki uzorak je zatim kvantificirana sa Qubit fluorometra (Life Technologies, Carlsbad, Kalifornija). Genomska DNA s > 10 ng mjerena fluorometrom Qubit se podvrgne pripremu biblioteke i sedam uzoraka nije konstruirati knjižnice i bili su isključeni iz ove studije. Na kraju, 89 slučajeva konačno su analizirani i uključuju 31 žena i 58 muških pacijenata. Tablica 1 prikazuje kliničke i patološke značajke pacijenata u ovoj studiji. Ponavljanje ili metastaza razvijen u 11 bolesnika s medijanom praćenja razdoblje od 76 mjeseci (raspon 5,5 do 149,3). Istraživanje je odobreno od strane institucionalni pregled odbor (IRB) na Samsung Medical Center. Sve kliničko ispitivanje je provedeno u skladu s načelima izraženim u Deklaraciji iz Helsinkija. Pisani pristanak je odustati od IRB zbog retrospektivne analize i anonimnih podataka. Uzorci su prikupljeni u sklopu rutinskog medicinskog postupka i sakupljaju se autori za ovu studiju. Uzorci iz preminulih pacijenata ili živih pacijenata su sve de-identificirani, uključujući i uklanjanje bilo koje i sve demografske podatke, prije analize i obrazac informiranog pristanka je odustati od IRB. Pregled

Ion AmpliSeq rak ploča v2 pregled

koristili smo Ion AmpliSeq Cancer ploča v2 (Ion Torrent) za otkrivanje česte somatske mutacije koje su odabrane na temelju literature. Ona ispituje 2855 mutacije u 50 najčešće mutiranih onkogena i tumor supresor gena (Tablica S1). Prvo, 10 ng DNA iz svakog od 89 FFPE tumorskog tkiva su podvrgnuti jednog-cijev, multipleksne PCR amplifikacije pomoću Ion AmpliSeqCancer Primer bazen i ionski AmpliSeqKit reagensa (Life Technologies). Obrada dobivenih amplikona s fupa reagensa djelomično probavljena primera i fosforilira produkta. Fosforilirani umnošci su legirani da ionskih adapteri i pročišćena. Za barcoded pripreme knjižnice, supstituirani smo bar kodom i adaptere iz Ionski Xpress Barkod adaptera 1-96 Kit za ne-bar kodom mix adapter u Ion AmpliSeq knjižnice Kit. Ligirani DNA prošao nadimak prevođenje i pojačanje za dovršetak vezu između adaptera i amplikonima i generirati dovoljno materijala za nizvodno pripremu predloška. Dva kruga Agencourt AMPure XP Reagens se vežu na 0.6 i 1.2 mb-na-uzorka s volumnim odnosima uklonjeni unosa DNA i samostalna primera iz produkta. Konačni knjižnice su se molekule 125~300 bp u veličini. Zatim smo prebacili knjižnice na ion ONETOUCH sustava za automatiziranu pripremu predloška. Sekvencioniranje je izvršeno na Ion PGM sekvencer prema uputama proizvođača. Koristili smo IonTorrent Softver za automatsko analizu podataka. Pregled

Za mjerenje osjetljivost i specifičnost ploči raka Ion AmpliSeq, korišteni su cijeli exome sekvenciranja rezultati iz 4 uzorka s poznatom stanju mutacije rak želuca [17]. Pregled

nCounter Kopiraj broj varijacija CodeSets pregled

Za otkrivanje CNV, nCounter Kopiraj broj varijacija CodeSets su se sa 300 ng pročišćenog genomske DNA izoliranu od 2-3 dijelova 4-um-debela FFPE predstavnik tumora blokova pomoću QIAamp DNA FFPE tkiva Kit (Qiagen, Hilden, Njemačka). DNA je fragmentirani preko Alui probavu i denaturirana pri 95 ° C. Fragmentirane DNA hibridizira se s codeset 86 gena u nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) u trajanju od 18 sati na 65 ° C i obrađeni u skladu s uputama proizvođača. NCounter Digital Analyzer broje i tabelarno signale reporter sondi i Prosječni broj brojeva > 3 pozvani i potvrđeni IHC, ribu ili realnom vremenu PCR pregled

IHC za HER2, EGFR (HER1) i CCNE1. pregled

za validaciju CNV rezultata dobivenih nCounter, proveli smo IHC za HER2 u svim slučajevima, a EGFR i CCNE1 u odabranim slučajevima. Nakon deparaffinization i rehidracije, 4 mm sekcije na silan obložena stakalca su imunološki HER2. HercepTest (Dako, Glostrup, Denmark) korišten je u skladu s uputama proizvođača, kao što je prethodno opisano. [18] Za EGFR smo koristili anti-NCL-L-EGFR-384 mišje monoklonsko primarnog protutijela (1:100 razrjeđivanje, Novocastra /Vizija Biosystems, Newcastle, Velika Britanija), a za CCNE1 smo se protiv CCNE1 /Ciklin E1 antitijela (klon HE12; 1:200 razrjeđivanje; Thermo Fisher Scientific, MA). Ventana Benchmark XT sustav automatiziran slide-obrada se koriste u skladu s uputama proizvođača. Stručnjak patolog (KMK) ocijenilo je rezultate pregled

RIBE za HER2 pregled

Riba je izvedena pomoću dual-color sonde DNA specifičan iz PathVision ™ (Abbott /Vysis:. LSI HER2 SpectrumOrange ™ i CEP 17 SpectrumGreen ™) kako je prethodno opisano u slučajevima dvosmislen ekspresiju HER2. [19] Mi smo računali hibridizaciji signale u 20 jezgara po uzorku pod fluorescentnim mikroskopom (Zeiss Axioskop) pomoću filtara koje preporučuje Vysis (DAPI /Spectrum Orange dual pojasni, DAPI /Spectrum Green dual pojasni). Svi preklapaju jezgre su isključeni, a procijenjeni su samo jezgre s izrazitom nuklearnog granice. HER2 pregled, gen se smatra pojačan kad je riba signal omjer HER2 /CEP17 pregled je veća od ili jednaka do 2.0 [20]. Pregled

Real-time PCR za Kraš i MET pojačanje pregled

Mi smo koristili DNA dobivene iz FFPE želuca tumor karcinom tkiva. Reakcijska smjesa sadržavala 2 ul genomska DNA uzorak, 10 ul Taqman univerzalni PCR glavne smjese (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA) i 0.2 uM svakog primera. Za točnu detekciju KN promjena, analizirali smo tri različita područja na Kraš pregled gena: područje unutar introna 1 (TaqMan broj kopija za pokus Hs06943812_cn), područje unutar introna 2 (Hs002534878_cn), a područje unutar eksona 6 (Hs02739788_cn). . Met pregled gena, koristili smo primere kao što je prethodno opisano [21] pregled

Izmjerili smo broj kopija dobiti pomoću sljedeće profila: 2 min na 50 ° C, denaturacije na 95 ° C 10 min, a zatim 40 ciklusa od 95 ° C za 15 s i 60 ° C kroz 1 min. Odredili smo relativnu kvantifikaciju pomoću brze realnom vremenu PCR sustav 7900 HT četiri puta. RNaseP assay kit (Applied Biosystems) je korišten kao kontrola. Nakon pojačavanja, uvezena smo rezultate eksperimenta koji sadrže vrijednosti praga ciklusa za broj kopija i referentnim testom u CopyCaller Software (Applied Biosystems) za post-PCR analize podataka kao što je prethodno opisano. [22] dodijeljena smo steći status CN i broj Kraš pregled kopija na temelju podudarnost između rezultata u najmanje dvije od tri sonde. Pregled

analitičkih metoda pregled

Mi smo isključeni sve sinonim promjene nakon automatizirani algoritam mutacija-zove se koristi za otkrivanje trebalo mutacije. Povratan pozivi u više od 10 od 89 uzoraka smatra se lažno pozitivnih i bili su isključeni. Koristili smo granična vrijednost veću od 6% u varijanti učestalosti i više od X100 pokrivenosti otkriti prave mutacije promjene u skladu s prethodnim istraživanjima i vlastitog iskustva. [9], [10] Mi filtrirane single-polimorfizama nakon ručnog pregleda svakog polimorfizma u Katalogu somatske mutacije u Raku (Cosmic, http://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic~~HEAD=pobj) ( slika 1). Za dobro poznatim genima mutiranim u želučanim karcinoma ( TP53 pregled, APC pregled, PIK3CA pregled, STK11 pregled, lokusu CDKN2A pregled, KRAS pregled, HRAS pregled, BRAF pregled i CTNNB1 pregled), ručni pregled automatskih pozivaju rezultata provedena je uhvatiti štetne mutacije s nešto nižoj i varijanta frekvencija. pregled

Results pregled

rezultati Ion AmpliSeq ploče rak Netlogu

koncentracije DNA, njihova koncentracija presavijanja, prosječna pokrivenost uzoraka, s ukupnim brojem baza, > Q20 baze, čitanja, znači čitati duljinu, mapirati čita, na meti stopa (%), prosječna dubina i ujednačenost rezultata su opisani u tablici S2. Ukupno dobili smo 8178 varijanta pozive od 89 uzoraka, a među njima 3554 pozivi su bez sinonim promjene. Nakon filtriranja kako ponavljaju pozive, < 6% varijantom-alel frekvencija, < 100X obuhvata i one u introna regiji, izabran je 65 varijanti pozivi. Osim toga, pregledali smo automatske pozive poznatih mutacija kao što su BRAF pregled, KRAS pregled i PIK3CA pregled i mogao spasiti dvije varijante pozive, koje su izuzete tijekom filtriranja procesi. Trideset i devet od 89 uzoraka (43,8%), gajio barem jednu mutaciju (slika 1). Dva slučaja pokazala je 22 i 5 mutacije, respektivno. Posljednji slučaj gajili MLH1 pregled mutaciji [Missense mutacija u eksona 20: c.1147A > (G-p.M383 V)] i MLH1 pregled promotor Hipermetilacija s MLH1 proteina gubitke po IHC pomoću prethodno opisani postupci, [23] upućuje hypermutated tumor. Međutim, iako su mutacije koje se nalaze u prvom slučaju prošlo varijanti učestalosti i pokrivenost cut off, ti mutacije nisu potvrđeni Sanger sekvencioniranje, sugerirajući lažno pozitivan u ovom slučaju, zbog loše kvalitete DNK. Dakle, ovaj slučaj je isključen iz konačne analize rezultata. Često otkrivena somatske mutacije uključena TP53 pregled (24 slučajeva, 27,0%), APC pregled (9 slučajeva, 10,1%), PIK3CA pregled (5 slučajeva, 5,6%), %), Kraš pregled (3 slučaja, 3,4%), SMO pregled (4 slučaja, 4,5%), STK11 pregled (3 slučaja, 3,4%), lokusu CDKN2A pregled (3 slučaja, 3,4%), i SMAD4 pregled (3 slučaja, 3.4%) kao što je prikazano u tablici 2. Tablica 2 također sažeti promjene aminokiseline u često mutiranih gena. identificirali smo 19 bolesnika (21,3%) s dva ili više jedinstvenih i pratećim somatske mutacije. pregled

U četiri uzorka s poznatim frekvencijama mutacije koje odredi cijeli exome sekvenciranje i potvrdio Sanger sekvenciranje rak želuca, identificirali smo somatske mutacije u TP53 pregled, erbB4 pregled i CTNNB1 pregled bez lažno pozitivnih poziva u drugim genima (Tablica S3). pregled

pojačanje nCounter i vrednovanja na temelju IHC, FISH ili real-time PCR pregled

pojačanja u HER2
, CCNE1
, myc
, KRAS
i EGFR
geni su kod 8 (8,9%), 4 (4,5%), 2 (2,2%), 1 (1,1%) i 1 (1,1%) slučajeva, odnosno (Tablica 3). Nismo promatrati pojačanje MET Netlogu, FGFR2 Netlogu, CDK4 Netlogu i CDK6 u bilo kojem od slučajeva. U slučajevima pojačavanja IHC za HER2, EGFR i CCNE1 pokazali ekspresiju proteina u tumorskim stanicama (slika 2a, B i C). U jednom slučaju s HER2 2+ strane HercepTest, FISH pokazala heterogenu pojačanje HER2 pregled gena (Slika 2D). Pregled

U realnom vremenu PCR za KRAS
, jednom slučaju pojačanja pokazala povećan broj kopija (36, 37 i 49); u slučajevima koji su bili negativni na Kraš pregled pojačanje, nije bilo povećanja broja kopija (0,9 do 2,4, znači 1.4). pregled

Met pregled gena, ne nalazimo pozitivan slučaj zbog svoje rijetkosti [21]. Dakle, koristili smo dodatnih deset (pet međusobno pojačavaju i ne-pojačani) uzoraka raka želuca i MET
pojačan želučanog raka stanične linije (MKN45 i SNU5) s poznatim brojem kopija i mRNA iznosi. CNVs otkriven nCounter dobro korelira s brojem kopija otkrivene u realnom vremenu PCR (Tablica S4) i mRNA razinama susreo pregled gena (Pearsonov koeficijent korelacije testa; r = 0,874, p = 0,001). (Slika S2)

Rasprava pregled

pomoću Ion AmpliSeq v2 smo otkrili da 39 od 89 naprednih uzorci želučane adenokarcinoma sadržane somatske mutacije, što pokazuje da je ova platforma je lako primjenjiv u uzorcima arhivskim FFPE tkiva. TP53 pregled se najčešće naći mutaciju, a nakon toga APC
, PIK3CA Netlogu i Kraš Netlogu. Osim toga, naš običaj CNV panel uspješno je otkrivena CN raste od HER2
, CCNE1
, myc
, EGFR
i Kraš Netlogu geni, koji smo potvrđene IHC i real-time PCR pregled

Mutacijske frekvencije u kozmičkom baze podataka otkrivaju značajne sličnosti s podacima smo dobili iz ove studije. TP53 pregled (32%), PIK3CA pregled (10%), KRAS pregled (6%), APC pregled (6%), CTNNB1 pregled (5%), lokusu CDKN2A pregled (5%), FBXW7 pregled (5%), SMO pregled (4%), erbB2 pregled (2%) i STK11
(2%). Nedavni cijeli exome sekvenciranja studije o želučanog adenokarcinoma pokazali nešto veću učestalost TP53 pregled (36% i 73%) i PIK3CA
(14% i 20%), mutacije u usporedbi s našim rezultatima. [24], [25] Iako su naši mutacija frekvencije bile niže u odnosu na exome rezultate sekvenciranja, došlo je do značajnog povećanja u odnosu na našim prethodnim podacima o masenom spektrometrijom bazi OncoMap v4. [26] I AmpliSeq i OncoMap otkrivanje mutacija u hotspot regija koje objašnjavaju rezultate manje česte mutacije kod nekih onkogena i tumor supresor gena. Slika S1 uspoređuje AmpliSeq v2 i OncoMap v4 u mjerljivim mutacijskim profila. Prethodna OncoMap testovi u 237 želučanog adenokarcinoma otkrila da je PIK3CA pregled, mutacije su česte u poodmaklim fazama bolesti (5,1% u stadiju IV, 6.4% u fazi II /III, 2,4% u stadiju IB). [26] U ovom istraživanju smo opazili tri PIK3CA pregled mutacije u bolesnika s stadiju III i dva u II, podržava njihovu biološku ulogu u progresiji tumora. Također smo uočili HER2 pregled ( erbB2 pregled) c.2524G > A (V842I) mutacije u slučaju raka želuca. U pretkliničkim ispitivanjima, stanične linije koje nose na V842I mutacije su otporni na trastuzumab, ali su bili osjetljivi na ireverzibilnog inhibitora HER2, neratinib [27]. Pregled

Semiconductor bazi sekvencioniranje ima temeljne razlike u istraživanja i prijenos signala u odnosu na masenom spektrometrijom based sekvenciranje. Umjesto korištenja optičke metode za otkrivanje promjena nukleotida, tehnika poluvodič na bazi osjeti promjene pH od otpuštanja protona (H ^{+) kada nukleotida integrirati u rastući DNK. [8] Prema tome, postoji značajno smanjenje troškova, a vrijeme potrebno za obradu podataka u odnosu na druge NGS platforme. Pružanje brze i točne informacije o mutacijama na nisku cijenu od presudne je važnosti za bolesnike s vrlo agresivne vrste raka, uključujući rak želuca. Pregled}

U ovoj studiji smo ručno pregledao automatske pozive na dobro poznate mutacije nakon nanošenja granična vrijednosti frekvencije a pokrivenost, naknadnim dodavanjem dva poziva s niskim varijanta pokrivenost. Iako su njihova pokrivenost vrijednosti nisu postigli naše početne kriterije, njihove frekvencije premašila naša prva postavka (6%) i kvaliteta podataka je dobro. To naglašava važnost ručnog pregleda nakon automatizirani screening. Nedavno objavljeni rezultati koriste AmpliSeq kao za analizu platforma također naglašavaju naknadu podataka probira s ručnim pregled [9], [10]. Pregled

Personalizirana ciljana terapija za uznapredovalog raka prvenstveno oslanja na koncept "onkogena ovisnosti", u koji više genetske abnormalnosti su ovisnici o jednom ili nekoliko gena za održavanje stanica tumora i preživljavanja. [28] Otvorena naljepnice, međunarodni, faza 3, randomiziranih kontroliranih togu (trastuzumab za rak želuca) ispitivanje pokazuje da trastuzumab u kombinaciji s kemoterapijom je novi standard opcija za pacijente s HER2-pozitivnim napredne želuca ili gastro-ezofagealni karcinom čvora. [29] predkliničke ispitivanje pokazalo je da je podskup od želučanog karcinoma s EGFR Netlogu ili Met pregled, pojačanje i prekomjernom ekspresijom odgovoriti na cetuksimab ili MET receptora tirozin kinaze inhibitora terapiju. [30] Nadalje, povećavanje staničnog ciklusa medijatora CCNE1 pregled ukazuju na potencijal za terapeutsku inhibicije ciklin-ovisnih kinaza u želučanom raka. [31] Screening pojačani gene za ciljanu terapiju s visoko protočnim tehnologije je vrlo važno. Tradicionalne metode kao što su ribe i polja komparativne genomske hibridizacije pate od niske rezolucije genomskih regija, visokih troškova i labor- i dugotrajan. [32] U ovoj prvoj studiji o nCounter CNV analize, otkrili smo da je ova tehnologija se primjenjuje u FFPE kliničkim uzorcima, a mi potvrđene rezultate po IHC, ribe i real-time PCR. Iako nismo provjeriti sve gene koji se koriste u prilagođenim primera, rezultati validacije u nekoliko odabranih gena bile izvanredne. Pregled

Ukratko, uspješno izvedena poluvodič na bazi sekvenciranje i nCounter CNV analizira primjercima FFPE tkiva od 89 želuca adenokarcinomi. Visoke propusnosti sekvenciranje i CNV screening u arhivskim kliničkim uzorcima omogućuje brže, preciznije i isplativ otkrivanje hotspot mutacija i CNV u genima. U doba personalizirane genomske medicine, planiramo koristiti ove alate za probir bolesnika s rakom želuca, koji bi mogli imati koristi od ciljane terapije. Pregled

popratne podatke
Slika S1. pregled Usporedba pokrivenosti Ion AmpliSeq v2 raka ploče u odnosu na Oncomap v4 pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s001 pregled (TIF) pregled Slika S2. pregled Zemljišta korelacije između susreo pregled CNVs otkriven nCounter i mRNA razinama susreo pregled gena u realnom vremenu PCR pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s002 pregled (TIF) pregled Tablica S1. pregled gena Lista za Ion Torrent AmpliSeq Cancer ploči pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s003 pregled (XLS) pregled Tablica S2. pregled Koncentracije DNA, njihova koncentracija puta, prosječna pokrivenost uzoraka, s ukupnim brojem baza, > Q20 baza, navodi se, znači čitati duljinu, mapirati čita, na meti stopa (%), znači dubinu i ujednačenost. pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s004 pregled (XLS) pregled Tablica S3. pregled somatske mutacije u TP53
, erbB4 Netlogu i CTNNB1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s005 pregled (XLS) pregled Tablica S4. pregled CNVs otkriven nCounter dobro korelira s brojem kopija otkrivene u realnom vremenu PCR pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s006 pregled (XLSX) pregled

• PLoS ONE: Rano je oralno hranjenje nakon rak želuca kirurgija izvedivo? Sustavni pregled i meta-analiza randomiziranih kontroliranih Trials
• PLoS ONE: Usporedba operativnih ishoda i učenje krivulja između laparoskopske i robotsko gastrektomije za želučani Cancer