Stomach Health > gyomor egészség >  > Gastric Cancer > gyomorrák

PLoS One: Az Egyesület a DNS kópiaszám Aberrációk kromoszóma 5q22 és Gyomor- Cancer

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

A gyomorrák gyakori rák. Felfedezni új genetikai biomarkerek segíthetnek azonosítani a magas kockázatú egyének. Kópiaszám variáció (CNV) a közelmúltban kimutatták, hogy befolyásolják a kockázat több rák. A cél a jelenlegi tanulmány arra törekedett, hogy teszteljék a szövetség között kópiaszám egy variáns régió és a GC. Katalógusa

Módszerek katalógusa

Az összesen 110 gyomorrákos betegek és 325 egészséges önkéntest vontak be ezt tanulmány. Kerestünk egy CNV és talált egy CNV (Változás 7468), amely része a APC katalógusa gén, a SRP19 katalógusa gén és a REEP5 katalógusa gént. Azért választottuk a négy szondát célzás APC-intron8 katalógusa, APC-exon9 katalógusa, SRP19 katalógusa és REEP5 katalógusa kihallgatni ezt CNV. Specifikus Taqman jelölt próbák különböző riporter fluorofor vontunk be egy valós idejű PCR-platform megszerezni kópiaszám. Mind az eredeti, nem egész adatokat és átalakult egész adatok kópiaszám használtak az elemzéshez. Katalógusa

Eredmények katalógusa

A gyomor caner betegekben ritkábban nem egész kópiaszám mint a kontrollok a APC-exon9 katalógusa szonda (Átalakított p = 0,026) és a SRP19 katalógusa szonda (Átalakított p = 0,002). Az elemzés egész kópiaszám hozott hasonló mintát, bár kevésbé jelentős (Átalakított p = 0,07 APC-exon9 katalógusa szonda és Korrigált p = 0,02 SRP19 katalógusa szonda). Katalógusa

Következtetések katalógusa

a veszteségek egy CNV a 5q22, különösen a DNS-régiót körülvevő APC-exon 9 katalógusa, összefüggésben lehet nagyobb a kockázata a gyomorrák. katalógusa

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) A Szövetség a DNS kópiaszám Aberrációk kromoszóma 5q22 és a gyomorrák. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10,1371 /journal.pone.0106624 katalógusa

Szerkesztő: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: április 29, 2014; Elfogadva: július 30, 2014; Megjelent: szeptember 11, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Tsai és mtsai. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Az adatok elérhetősége: A szerzők megerősítik, hogy az összes adatot a megállapításokat alátámasztó teljes mértékben hozzáférhető, korlátozás nélkül. Minden lényeges adat a papír és az azt támogató információs fájlokat. Katalógusa

Forrás: Ezt a munkát támogatták a Kaohsiung Medical University Hospital (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Excellence for Cancer Research Center Grant finanszírozása révén a Department of Health, ügyvezető Yuan, Tajvan, kínai Köztársaság (MOHW103-TD-B-111-05), valamint a Nemzeti Tudományos Tanács a kínai Köztársaság (NSC 99-2320-B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Az alapítók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák (GC) a negyedik leggyakoribb rák és a harmadik vezető oka a rákos halálesetek világszerte férfiak; az ötödik leggyakoribb rák és az ötödik vezető daganatos halálok a nők [1]. A Nemzetközi Ügynökség Rákkutató (IARC), Japán, Kína és Korea magasabb előfordulási aránya GC [2]. A tajvani GC volt a hatodik fő oka a rák okozta halál 2010-ben (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; hozzáférni 2011 júniusában). A gyomorrák nagyon összetett és mutat heterogenitás klinikai, biológiai és genetikai szempontból. Ismert környezeti tényezők, amelyek befolyásolják a GC egy Helicobacter pylori (H. pylori) hotelben fertőzés, táplálkozási szokások, dohányzás, családi anamnézis, és a szex (a magasabb férfi-nő arány) [3]. Míg a család történetét az egyik legfontosabb kockázati tényező a GC, a legutóbbi vizsgálatok középpontjában a genetikai tényezők, amelyek szerepet játszanak a GC. Számos kutató dokumentálta a genetikai változások, amelyek részt vesznek a fejlesztési GC [4]. Katalógusa

A gyomorrák gyakran mutatja késői klinikai megjelenésének, és ez általában diagnosztizáltak az előrehaladott szakaszában, és hordozza a rossz prognózissal. Korai felismerése GC elengedhetetlen a terápiás hatékonyság javítására és csökkenti a mortalitást, ezért azonosítása lényeges genetikai biomarkerek segíthet a korai kimutatására GC. Számos összefüggést szerkezeti genom változások és betegségek érzékenység már felderítettek [5], [6]. Számos specifikus genetikai változások, például a párhuzamos és a mutáció már gyanúsított vagy bizonyítottan kapcsolatban GC progresszió [7]. DNS kópiaszám eltérések (CNV) gyakoriak a különböző rákos és egyéb betegségek végpontok. Variációk a kópiaszám indikátora lehet a magas kockázatú GC egyénekben. Komparatív genomiális hibridizáció (CGH) /array-CGH (aCGH) során számos genomi régiót találtak GC sejtekben vagy GC betegek számára nyereséget DNS szakaszok, beleértve 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12 és 20q11-13 és veszteségek DNS szakaszok, beleértve 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13 és 18q22 [8] - [13]. Ezek az eredmények azt jelzik, hogy a mintákat a kromoszomális instabilitás korrelál a klinika-patológiai jellemzői a GC.

Korábbi tanulmányok már dokumentálták rendellenességek a adenomás polyposis coli ( APC
) gén kromoszóma 5q22, hogy eredményt örökletes adenomás polyposis (FAP), örökletes nempolipózus vastagbél rák és egyéb rákok [14] - [16]. Leggyakoribb veszteség a kópiaszám a 5q22 GC betegek különbség faji táblázatban foglaljuk össze S1 Fájl S1 [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Vizsgálatok szerint 15,4% japán [10], 35% koreai [21], és 21% -a török ​​[20] A GC beteg gén mutációk 5q14-22. Veszteségek kópiaszám kromoszóma 5q22 találtunk szignifikáns összefüggést a szövettani típusa [13], [18], [19], nyirokcsomó status [12], valamint az áttétek [12] GC betegeknél. Amellett, hogy a kapcsolat a gyomorrák, 5q veszteség is gyakran részt vesznek premalignus szakaszban [17], [22]. Ezek a vizsgálatok azt mutatták, hogy a APC katalógusa gén játszhat jelentős szerepet GC. Ezért ebben a tanulmányban megvizsgáltuk a szövetség kópiaszám 5q22 GC a tajvani lakosság. Katalógusa

Módszerek katalógusa

Study lakosság katalógusa

Az összesen 110 GC betegek és 325 egészséges kontroll vontunk Kaohsiung Medical University Hospital Tajvanon. Minden beteg vagy tajvani vagy szárazföldi kínai. A jelenléte GC is kórosan megerősítette. A szövettani grade sorolták kritériumok szerint Lauren [23]. A stádium volt összhangban American Joint Committee on Cancer (AJCC) staging rendszer [24]. Témák más rosszindulatú kizártuk a vizsgálatból. A kontroll alanyok egészséges önkéntesek, akik részt vettek a rendszeres egészségügyi szűrések ugyanabban a kórházban. Egyik A kontrollok személyes történetét a rák vagy bármely más diagnosztizált jelentős gyomor-rendellenességek idején beiratkozás. A vizsgálatok és a módszereket jóváhagyta az Institutional Review Board Kaohsiung Medical University Hospital. Minden résztvevő írásos beleegyezését adta megkezdése előtt a tanulmány. Katalógusa

Select jelölt CNV GC kapcsolatos katalógusa

A jelölt CNV felölelő APC katalógusa gén kromoszómán 5q22 nyertük vissza nyilvános adatbázis (adatbázis genomi változatok DGV, http://projects.tcag.ca/variation). Egészen 2010 novemberében az adatbázisban szereplő fizikai pozíciók 66741 CNV található 15.963 közös CNV régiókban. Köztük volt egy CNV (Változás 7468) a 5q22 hogy befogják 127,5 kb (kromoszóma helyen: 112138707 a 112266194 alapján NCBI építeni 36 /hg18 változat), amely része a APC katalógusa gén és SRP19
gént a DNS-szál előre, és a REEP5 katalógusa gént a fordított DNS-szál. Alapján a tömb CGH adatok 50 egészséges francia férfi, gyakoriságát nyereség és veszteség a másolatok ebben a régióban 2% és 2% -kal [25]. Szakirodalom azt mutatja, hat mutációk a Alternatívaként-lapolva régiójának exon 9. A APC
gén társítható FAP [26] és a vastagbél rák [27], de egyik sem számoltak kapcsolatban GC.

Azért választottuk a két szomszédos szondák lekérdező intron8 és exon9 a APC katalógusa gén, illetve az egyik szonda a SRP19 katalógusa gén, és az egyik szonda a REEP5
gén kimutatására a kópiaszám ennek CNV mivel a RPPH1
használtuk, mint a referencia gén. Ezek a szondák a kereskedelemben beszerezhetők a TaqMan (Applied Biosystems Inc. (ABI), CA, USA), és azok részletes információt a genom (épít 36 /hg18) táblázat mutatja be az S2 Fájl S1 és ábra S1 Fájl S1.

genomiális DNS-készítmény és a valós idejű PCR-kópiaszám kimutatására

DNS izolálását végeztük kereskedelmi forgalomban kapható DNS izolálás kitek (QIAamp DNS mini kit, Qiagen, Hamburg, Németország). RN-áz A (Qiagen) használtunk megemészteni egyszálú RNS izolálásához RNS-mentes DNS-t. A genomiális DNS-t extraháltunk perifériás vér leukociták. DNS-t mennyiségileg első UV abszorpció (Beckman DU 640 spektrofotométerrel; Beckman Coulter, Brea, CA, USA), majd amplifikáljuk Real-Time PCR-rel. DNS koncentrációját beállítjuk 10 ng /ul előtt genotipizálás. Real-Time PCR-t a TaqMan próbákat egy ABI 7900HT Real-Time PCR-eszköz (ABI). A kereskedelmi forgalomban kapható FAM festékkel jelölt próbákat erősítésére tervezték, a APC katalógusa, SRP19 katalógusa és REEP5 katalógusa. VIC festékkel jelzett ribonukleáz P RNS komponens H1 (RPPH1) hotelben alkalmaztunk az endogén kontroll miatt RPPH1 katalógusa pontosan két kópia diploid humán genom, amely kromoszómán található 14q11.2 [ ,,,0],28]. A primereket és próbákat terveztünk genomiális szekvencia (épít 36 /hg18) az ABI védett szoftver. A TaqMan kópiaszám assay 1 pl APC, SRP19 vagy REEP5 katalógusa szonda (20x, FAM jelölt), 1 ul RPPH1 katalógusa szonda mix (20x, VIC jelölt), 10 ul TaqMan Universal PCR master Mix (2x), 1,5 ul genomi DNS-t és 6,5 pl vízben. Az amplifikációs használt protokoll a reakció 95 ° C-on 10 percen keresztül, majd 95 ° C-on 15 másodpercig és 60 ° C-on 1 percig, 40 cikluson keresztül. A kézi küszöb ciklus küszöbérték (Ct) 0,2 és automatikus alapvonal kimutatására használták a sablon mennyisége target gének és RPPH1 katalógusa gén szekvencia kimutatási rendszer szoftver (ABI, version 2.4). Minden egyes minta esetében négy szondát ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, katalógusa, és REEP5 katalógusa) végeztük, valamint egy belső ellenőrzés. A célpont szondák és a belső kontroll vittük ugyanabban az is, és minden egyes reakciót végeztük négyszeresen. CopyCaller szoftver (ABI, 1.0 verzió) használtunk kiszámításához egész kópiaszáma mindegyik próba alapján valós idejű PCR adatokat. Kiszámoltuk az átlag és szórás (SD) a négyszeresen a ΔCt minden alanynál. Ellenőrzésére vonatkozó adatok minőségét, az adatok szűrése három lépést. Csak az alanyok, akik át mindhárom lépést az adatok minőségének ellenőrzésére használtuk a későbbi elemzések. Katalógusa

kópiaszám minőségellenőrzési katalógusa

A minőség-ellenőrzés az adatok, a kópiaszám minden próba a valós -time PCR szűrjük három lépésből áll. Az első lépésben, az adatok az egyes valós idejű PCR-fut vizsgáltunk. A következő kritériumokat alkalmaztuk kivéve az elemzéshez: 1) VIC Ct > 32, esetleg meghibásodás miatt, hogy megerősítsék a belső RPPH1 katalógusa jel, 2) a szonda ΔCt > 4,0 vagy 3) FAM Ct > 40 . Az adatok, amely megfelelt az utóbbi két kritériumnak javasolt a hiba az amplifikációs target szondák, ezért az adatokat tekintettük megbízhatatlan. Az első lépés, kiszámoltuk az átlagos ΔCt az egyes tanulmányok tárgya. Katalógusa

A második lépés az volt, hogy kizárja a kiugró átlag ΔCt használatával ± 3 SDS mint cutoffs. Miután az első és a második lépést, a kópiaszám minden egyes szonda minden egyes úgy számítottuk ki, a 2 általános képletű -ΔΔCt × 2. Ennek megfelelően a kópiaszám nem lehet egy egész szám. Tekintettel arra, hogy a kópiaszám elméletileg egész szám, akkor a további követte az iránymutatások CopyCaller szoftver becslésére értéke minden kópiaszám automata legnagyobb valószínűség elemzési módszer, amely a valószínűség-sűrűség eloszlás valamennyi minta. Katalógusa

Végül szerint az eloszlása ​​egész kópiaszám, standardizált z pontszám és a megbízhatósági értékét számoltuk. A nagyobb abszolút érték a standardizált z pontszám, és egy alsó bizalom indokolt értéknél nagyobb különbségeket. Mint azt a felhasználó iránymutatásai CopyCaller szoftver (ABI, 1.0 verzió), a harmadik lépés az adatok minőségének ellenőrzésére, hogy kizárják a mintákat, hogy találkozott a következő két feltétel: 1) az abszolút értéke z pontszám > 2,65 és 2) a megbízhatóság érték < 0,9. Csak a résztvevők, akik át mindhárom lépést az adatok minőségének ellenőrzésére használtuk a későbbi elemzések. Katalógusa

Statisztikai elemzés katalógusa

Mivel csak néhány a résztvevők kópiaszáma nagyobb, mint 3 vagy kevesebb, mint egy, a kópiaszám-ben három csoportra oszthatók (≤1, = 2, vagy ≥3). Annak tesztelésére, az egyesület közötti kategóriában kópiaszám minden próba és a betegség állapota, szoktuk logisztikai regresszió korrekciós kora és neme. Esélyhányadosok (OR) és a 95% -os megbízhatósági intervallum (CI) számoltunk. Azt is számított a megfelelési arány kópiaszám kategóriában a négy próbák. A Cochran-Armitage trend tesztet használtuk, hogy megtalálják a lineáris összefüggés kópiaszám cél szondák és GC kockázatot. Student-féle t és Mann-Whitney U (ha nem normál eloszlású) használtunk, hogy összehasonlítsuk a kópiaszám minden egyes szonda között GC betegek és az egészséges kontrollok. A kétfarkú p érték < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Statisztikai elemzéseket végeztünk a JMP szoftverek 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA). Katalógusa

Eredmények katalógusa

Vizsgálati alanyok katalógusa

Minden 110 GC betegek és 325 kontroll alanyok kópiaszám információ legalább egyike a négy mérőelektródot 5q22. Az elosztási kópiaszám értékek minden egyes próba az 1. ábrán látható GC betegek szignifikánsan idősebbek voltak, mint az egészséges kontrollokban (életkor; átlag ± SD: GC betegek = 66,5 ± 13,8, Controls = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Men elszámolni nagyobb arányban (61,8%) a GC beteg, de amely csak 46,4% -a az egészséges kontrollok (p = 0,005). Között a GC betegek 55 volt H. pylori fertőzés katalógusa, 28 nem fertőzött H. pylori katalógusa 27 nem volt ilyen információ. 37. GC betegek szövettani Lauren besorolás (19 diffúz 16 intesztinális és 2 vegyes altípus); 34 volt differenciálás fokozatú (3 jól differenciált, 9 közepesen differenciált, 22 gyengén differenciált); 45 volt AJCC tumorstádium (12 I. stádiumú, 7 színpad II, 13. szakasz III és 13 színpadi IV). Katalógusa

közötti társulás CNV és a gyomorrák katalógusa

Ahogy az várható volt, a legtöbb résztvevő a tanulmány volt 2 példányban a közeli CNV szegmensben terjedő 78,2-92,6% között, a 4 szondák a kontrollmintákban és 87,3-93,6% a GC betegeknél. Az egybehangzó arány a kópiaszám egész 4 szonda mozgott 80,5-93,1% (táblázat S3 Fájl S1). Ez kópiaszám gyakran változó egy nagyobb régió ismert funkcionális APC katalógusa és SRP19 katalógusa. Ezért a variációk tudható be ez a távolság hossza és funkcionális eltérések (táblázat S3 Fájl S1). A szonda a APC-exon9 katalógusa, 9,1% a GC beteg a kópiaszám a 3. kategóriába, míg 17,5% a kontrollok a 3. kategóriába (OR = 0,48, 95% CI: 0,22-0,93; nyers p = 0,04, az életkor /nem korrigált p = 0,07, 1. táblázat). Hasonlóképpen, kevesebb GC beteg a 3. kategóriába, mint a kontroll, a többi három próbát, de a különbség nem volt szignifikáns (1. táblázat). Továbbá, egy dózisfüggő kapcsolat volt megfigyelhető között GC és a kópiaszám a szonda számára APC-exon9 katalógusa (1. táblázat). Ez azt jelenti, hogy az ellenőrzések jellemzően magasabb arányban nyereség kópiaszám mint esetekben a trend p értéke 0,026 (életkor /nem korrigált p = 0,067 a trend teszt). Katalógusa

Mivel a kópiaszám megbecsülhető a real-time PCR-adatok, az eredeti kópiaszám volt nem egész szám, és nem normális eloszlású. Ezért is teszteli a parametrikus közötti összefüggés nem egész adatokat a kópiaszám és a betegség állapotát. A medián értékek és interkvartilis tartományok (IQRs) a kópiaszám minden próba ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, katalógusa, és REEP5 katalógusa) összehasonlították a GC betegek és egészséges kontrollok ( Asztal 1). Eredményeihez hasonlóan a integer kópiaszám, a GC betegek szignifikánsan alacsonyabb volt, kópiaszám a kontrollhoz képest a APC-exon9 katalógusa (nyers p t próba = 0,006, nyers p Mann-Whitney U test = 0,013, szex /életkorral korrigált p = 0,026) és a SRP19 katalógusa (nyers p t próba = 0,0004, nyers p Mann-Whitney U teszt = 0,017, szex /életkorral korrigált p = 0,002) szondák (1B és 1C). Nem volt szignifikáns különbség a két másik CNV szondák ( APC-intron8 katalógusa és REEP5 katalógusa) (1A és 1D ábra). További elemzés közötti összefüggések kópiaszám és GC klinikai patológiai osztályozás, az eredmények azt mutatták, hogy nincs szignifikáns különbség kópiaszám exon-9 APC katalógusa gén tekintet szövettani differenciálás fokozat vagy TNM, amelyek miatt a kis esetszám (2. táblázat). katalógusa

Vita katalógusa

Ez a tanulmány használt 4 szonda, hogy vizsgálja meg az összefüggést a kópiaszám variáció kromoszóma 5q22 és GC. Ez a régió magában három gének: a 3 'végén a APC
gén, a teljes SRP19
gén, és a 3', a REEP5
gént. A szonda a APC-exon9 katalógusa, az irányítás magasabb kópiaszámban értékeket, mint a GC betegek mindhárom elemzés (azaz, a másolatok száma létesítmény, trend teszt, és nem egész kópiaszám). A szonda a SRP19
is szignifikánsan magasabb volt a kópiaszámot (alapuló kópiaszám stílusú és nem egész elemzések) a kontroll, mint a GC betegeknél. A APC-intron8 katalógusa és REEP5 katalógusa próbák, a kópiaszám értékek szignifikánsan nem különbözött GC betegek és a kontroll csoport között bármelyik három elemzés. A vizsgálat eredményei azt mutatják, hogy a csökkentett kópiaszám a régióban ez a CNV járhat együtt nagyobb a kockázata a gyomorrák. Katalógusa

A APC katalógusa gént tartalmazó 15 exon található kromoszóma 5q21-22. A legtöbb mutáció az APC katalógusa gén észleltek exon 15 FAP betegeknél [26] és a GC betegeknél [29]. Hat mutációk a Alternatívaként-lapolva régió exon-9 is dokumentálták, hogy társítható FAP [26] és a vastagbél rák [27], de ezek a mutációk nem számoltak be, hogy kapcsolatban GC. Ez a tanulmány az első jelentést az összefüggést a kópiaszám APC-exon9 katalógusa és GC. Egy lehetséges Wnt /β katenin /Tcf jelátviteli transzdukciós reakcióút társított APC számoltak GC [30]. Az egyik fő funkciója a APC gondolják, hogy szabályozza szabad β catenin és így veszteség APC funkció vezethet az instabilitás a β catenin komplex és a celluláris felhalmozódása β catenin. Upon transzlokációját a sejtmagba, β katenin szolgál aktivátor a T-sejt-faktor-függő transzkripció, ami a fokozott expressziója számos specifikus célgének amelyeket be lehet vonni az előfordulása gyomorsérülés kezdve krónikus gyomorhurut, gyomor atrophia, intesztinális metaplázia , diszplázia, hogy végre gyomor adenokarcinóma [31].

a CGH platform már széles körben használják a rák tanulmányok, és a próbákat a platform gyakran kiterjed egy olyan DNS-régió hosszabb, mint 1 kb-os DNS régióban. Ezért a CGH megközelítés korlátozott beazonosítását CNV szegmensekben a változtatások kevesebb, mint 1 kb. Ebben a tanulmányban használt specifikus TaqMan jelölt próbák különböző riporter fluorofor (VIC és FAM) egy reakció. Ez a megközelítés lehetővé tette számunkra, hogy észleli a finomabb DNS változás. PCR-amplifikáció minden egyes vizsgált próba alapján ABI TaqMan már értékelt, hogy közel 100% -os hatékonyságú [32]. Az utóbbi időben ez a módszer széles körben használják más betegségek, mint például az időskori makuladegeneráció és az allergiás asztma [33], [34]. Mielőtt kópiaszám genotípus a genomi DNS-koncentrációkat szigorúan számszerűsített és vezérelhető két független módszerrel: UV abszorbancia (racionális arányban körű OD 260/280: 1,8 ± 0,2) és a PCR amplifikáció a RPPH1 katalógusa (racionális Ct tartomány a VIC: 25-27). Erősítés a RPPH1 katalógusa végeztük ugyanabban valamint a szonda elleni mesterséges változatok (például különbségek DNS be- vagy téves felismerés a null genotípus). Ezért a módszer lehet tekinteni, hogy megbízható kvantitatív jellemzésére töredékes CNV. Alapján az előző CGH kísérletek, vizsgálatok arról számoltak be, hogy a 2% veszteség példányban és 2% nyereség másolatok 5q22 egészséges francia férfi. [25] Mi használt TaqMan, amelyek nagyobb felbontású felismerni egy kisebb régió kópiaszám variáció, és megállapította, hogy a százalékos veszteség példányban 4 szonda mozgott 0-2,7% az egészséges tajvani. Azonban nagyobb arányban nyereség példányban kezdve 2,7% ( REEP5 katalógusa) 14,1% -ra ( APC-exon9 katalógusa) figyelhető meg a férfiak egészséges. Hasonló az adatokhoz a férfi résztvevők, a frekvencia erősítés példányban APC-exon9 katalógusa is magas volt a női résztvevők (20,2% nyereség példányban). Ugyanakkor egy másik vizsgálatban, a japán lakosság is beszámolt, nagyobb arányban (20,6%) a nyereség kópiaszám 5q ahol a vizsgált CNV található. [9] katalógusa

Ahogy az várható volt, a legtöbb résztvevő volt 2 példányban a CNV szegmensben a négy próbák minden témában. Csak 80% az egyezés mértéke között figyelték kópiaszám mérve APC-exon9 katalógusa szonda és a SRP19 katalógusa szonda (táblázat S3 Fájl S1). Ez tulajdonképpen a legalacsonyabb egyezési arány az összes páros aránya a két szonda, mégis, mindkét szonda szignifikáns összefüggést mutattak a GC. Lehetséges, hogy a variáció 7468 nem folyamatos CNV, de ez tekinthető úgy, mert alkalmazásával azonosítottuk array CGH, a technika alacsonyabb felbontású, mint azok a ma elérhető (azaz, hogy állhat több rövidebb régiók változó kópiaszámú) . Ezért a változó határ a gén lehet szűkíteni le APC-exon9 hogy SRP19 katalógusa. Amennyire az első APC-exon9 katalógusa illeti, hogy más variábilis régiók kapcsolódó GC meglétét további feltárását. Ebben a vizsgálatban nem volt szignifikáns különbség a kópiaszám között GC betegek és kontrollok APC-intron8 katalógusa sőt APC-intron7 katalógusa (nem közölt adatok). Katalógusa

Mint ahogy az a legtöbb kutatási erőfeszítéseket, a tanulmány volt korlátai. A minta mérete ebben a vizsgálatban használt talán nem lett volna elegendő ahhoz, hogy a CNV egy kis hatása. Ezenkívül már csak korlátozott információt klinika patológiai jellemzők (például az H. Pylori fertőzés katalógusa, a szövettani grade, differenciálás minőségű és tumorstádium ami megnehezíti a tesztelés kölcsönhatásának CNV és ezek a paraméterek. További alanyokat megerősítéséhez szükségesek ez az eredmény a jövőben. Összefoglalva, a veszteségek egy CNV a 5q22 (Variation 7468), különösen a DNS-régió környező APC-exon 9, összefüggésben lehet nagyobb a kockázata a gyomorrák. a veszteség ezen CNV szolgálhat új biomarker azonosítása magas kockázatú személyek. ennek ellenére, egy nagy egyesület tanulmányi indokolt megerősíteni a hasznosságát biomarker és részletes mechanizmus még nem tisztázott. katalógusa

Támogató információ
Fájl S1.
Kombinált alátámasztó információk fájlt. táblázat S1 fájl S1. genetikai rendellenesség kromoszóma 5q22 GC vizsgálatokban. táblázat S2 fájl S1. tájékoztatója a négy szondát kromoszóma 5q22 és belső szonda kromoszóma 14q11. táblázat S3 fájl S1. Az egyezés a kópiaszám egyes szomszédos szonda (110 GC betegek és 325 egészséges kontroll). Ábra S1 File S1. A helyszínen a négy szondát a CNV tartalmazó APC /SRP19 /REEP5 katalógusa géneket.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0106624.s001 katalógusa (DOCX) hotelben

Other Languages