PLoS One: túltermelése E2F mRNS társult gyomor rák kifejlődésének azonosított transzkripciós faktor és miRNS társszabályozási Network Analysis

absztrakt

génexpresszió szabályozása a transzkripció és a transzláció szintjén; Így mind transzkripciós faktorok (TFS) és mikroRNS (miRNS) szerepet játszanak a génexpresszió szabályozásában. Ez a tanulmány profilos differenciáltan expresszálódó mRNS és miRNS gyomorrákban szövetekben építésére TF és miRNS társszabályozási hálózat azonosítása érdekében megváltozott gének gyomorrák progresszió. Összesen 70 esetben gyomorrák és párosítva szomszédos normál szöveteket vetettük alá cDNS-t és miRNS microarray elemzések. Kaptunk 887 up-szabályozott és 93 le-gének és 41 leszabályozott, és 4db szabályozott miRNS gyomorrákban szövetekben. A transzkripciós szabályozó elem Database, kaptunk 105 géneket, amelyek szabályozzák az E2F család gének és használata Targetscan, Miranda, miRDB és miRWalk eszközök, mi megjósolt potenciális célzó gének ezen 45 miRNS. Ezután felépített E2F kapcsolatos TF és miRNS co-szabályozó gén hálózat és azonosított 9 hub-géneket. Továbbá azt találtuk, hogy szintje E2F1, 2, 3, 4, 5 és 7 mRNS társított gyomor rákos sejtek invázióját kapacitás, és összefügg a tumor differenciálás. Ezek az adatok azt mutatták, fokozott expressziója E2F mRNS társított gyomorrákos progresszió.

bevezető hivatkozás: Zhang X, Ni Z, Duan Z, Xin Z, Wang, H Tan J, et al. (2015) túltermelése E2F mRNS társult gyomor rák kifejlődésének azonosított transzkripciós faktor és miRNS társszabályozási Network Analysis. PLoS ONE 10 (2): e0116979. doi: 10,1371 /journal.pone.0116979 katalógusa

Beérkezett: szeptember 30, 2014; Elfogadva: december 17, 2014; Megjelent: február 3, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Zhang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden lényeges adatot belül a papír és az azt támogató információs fájlokat. Az adatok letétbe a GEO adatbázis hozzáférési szám alatt GSE63089. Katalógusa

Forrás: Ezt a munkát részben támogatta támogatásokkal Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (̭20108025 és̮72662), Alapítvány a Jilin tartomány Tudományos és Technológiai Minisztérium (É30522013JH ésÉ40414048GH) és a Norman Bethune Program Jilin University (É2219). A szerzők azt is köszönöm a Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kína) szerkesztési és lektorálás ez a kézirat. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák még mindig az egyik legjelentősebb egészségügyi problémák a fejlődő országokban, mint Kína, bár előfordulása fokozatosan csökken a nyugati országokban. Összességében a gyomorrák számlák a negyedik előfordulása és a második halálozási arányok az összes daganatos megbetegedés a világon [1-3]. A gyomorrák kockázati tényezők közé tartozik a Helicobacter pylori fertőzés, gyakori fogyasztása a füstölt élelmiszerek, sózott hal és hús, és savanyúság, dohányfüst, az elhízás, vagy krónikus gyomorhurut. Ezek a kockázati tényezők koordináta manipulálni génexpressziós vagy mutáció vagy epigenetikai változások és végül eredményezheti gyomorrák fejlődését. A mai napig, egy nagy tudást halmozódott kapcsolatos molekuláris változást társított gyomorrák, mint például ARID1A, TP53 [4], PTGER4, PRKAA1, ZBTB20 [5] és PLCE1 [6]. Azonban a mögöttes mechanizmus különböző gének által közvetített gyomor karcinogenezis még meg kell határozni. Így nagyon fontos, hogy a további vizsgálatok molekuláris patogenezisének gyomorrák a rendszeres biológiai megközelítés, mint az építési differenciáltan expresszálódó gének szabályozási hálózat azonosítása fontos gén útvonal vagy jelző alatt a gyomorrák kialakulását vagy előrehaladását. Katalógusa

génexpressziót szabályozzák a transzkripció és a transzláció szinten. A transzkripció szintjén, gén transzkripciós faktorok (TFS) fontos szerepet játszanak a szabályozásában humán gén expressziójának, míg miRNS lehetne a poszt-transzkripciós szintű szabályozására mRNS transzlációs és felezési idő. Pontosabban a TFS olyan fehérjék, amelyek kötődnek specifikus DNS-szekvenciák és ezáltal szabályozzuk a gén transzkripcióját. MiRNS egy osztálya a természetben előforduló kis nem kódoló RNS-ek 18-22 nukleotid hosszúságú, és funkcionálisan, miRNS küldhet-transzkripció csend fehérje expresszióját kötődés komplementer cél gén átiratok, ezáltal lebontó ezek messenger RNS-ek vagy gátlására őket fordítása a fehérjéket. Így mind TFs és miRNS-ek is szabályozni gének különböző szakaszaiban a génexpresszió és a képezhet egy visszacsatolási hurkot, és egy bonyolult szabályozási hálózatot, hogy szorosan vezérelni génexpressziót. Ebben a tekintetben a tanulmány ezen gén szabályozó hálózat segíthet megérteni sejt homeosztázis és élettani folyamat, biológiai funkciója, és mechanizmusa betegségek. A mai napig, számos tanulmány kimutatta, génszabályozó TFS és miRNS gyomorrákban, mint például a nukleáris faktor kappa B [7], FoxM1 [8], a hipoxia-indukálható faktor-1 [9], és miR-7 [10] miR-375 [11], miR-125b, miR-199a, miR-100 [12]. Valóban, aberráns miRNS vagy TF-expresszió hozzájárul az emberi karcinogenezis [13]. Ezért ebben a tanulmányban vizsgáltuk a szerepe a kombinált miRNS és transzkripciós faktorok szabályozása génexpresszió gyomorrák való társulásra gyomorrák progresszió. Először észlelt eltérés a gének kifejeződését és miRNS gyomorrákban szövetminták és elemezzük őket bioinformatically alkotnak a TF-miRNS szabályozó hálózat kapcsolódik kifejezése E2F család mRNS gyomorrákban. Ezután megerősítette E2F kifejezés való társulásra gyomorrák progresszió. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

A betegek és szövetminták katalógusa

Ez a tanulmány által jóváhagyott Etikai Bizottsága School of Basic Medical Kar, Jilin Egyetem és mindegyik beteg hozzájárult egy írásos beleegyező nyilatkozatot. Ezt követően, beiratkozott 70 gyomorrákos betegek Jilin University (Changchun, Kína) között 2012. április 2014. október Az összes beteg nem kap semmilyen műtét előtti kezelésére, mint például a kemo- vagy sugárterápia. Mind tumor, mind a távoli normál szövetekben kaptuk a műtőben, és folyékony nitrogénben tároljuk 10 percen belül.

RNS-izolálás és miRNS készítmény

Az összes celluláris RNS-t izoláltunk szövetmintákban a Trizol reagens (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), majd tovább tisztítottuk egy RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Németország). RNS-koncentrációt ezután alkalmazásával határoztuk meg az Epoch Multi-térfogat spektrofotométer rendszer (BioTek, Vermont, USA). Ezt követően, a miRNS-t izoláltunk ezekből a RNS-mintákat a Mirvana miRNS izolációs készlet (Ambion, Austin, TX, USA).

Exon microarray

Ebben a vizsgálatban először profilozott génexpresszió közötti 45 gyomorrák és párosítva szomszédos normál szöveti mintákat használva a Affymatrix Gene Chip Exon tömbök 1.0 ST (Affymatrix, CA, USA). Pontosabban, 1 ng RNS-mintát reverz transzkripcióval cDNS-be, és ezek a cDNS-mintákat ezután emésztettük cDNS fragmenseket endonukleázokkal, és jelölt DNS-jelölő reagenst használva DNS jelölő kit (Affymatrix, CA, USA). A jelzett cDNS-templátot használtunk próbaként hibridizálnak a Affymatrix Gene Chip Exon tömbök 1.0 ST állapotban 45 ° C-on végzett inkubálás és a forgás 60 rpm-en 17 órán át. Ezt követően, a tömbök mostuk és szkennelése Gene Chip Scanner 3000 Gene Chip operációs szoftverrel (GCOS). Katalógusa

A miRNS microarray katalógusa

Azt is felmértük az eltérően expresszált miRNS 15 gyomorrák és párosított szomszédos normál szövetben mintadarabokká Affymatrix Gene Chip mikroRNS tömb. Hasonló a cDNS microarray kísérletekben a miRNS szondák alkalmazásával RNS Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA) hibridizáltuk Affymatrix Gene Chip microRNS tömb 45 ° C-on és forgattuk 60 fordulat 17 órán át. Ezután a tömböket arra szkennelése GCOS.

microarray adatok elemzése

A nyers microarray adatok segítségével elemeztük Limma algoritmus azonosítani a differenciáltan expresszált gének és miRNS-ek, majd analizáltuk a lineáris modellek és empirikus Bayes módszer. A t katalógusa tesztben és Bonferroni korrekciót értékelésére használt statisztikai jelentőségét minden eltérés kifejezése. Gének és miRNS tekintették jelentősen eltérő expressziót, ha p katalógusa -értékei < 0,05 és génexpressziós megmutatta legalább 1,5-szeres között változik a rák és a rendes szövetekben. Kockás (Minőségi BI-Klaszterek) programot használtunk a klaszteralapú elemezni differenciáltan expresszálódó géneket. Az alapötlet az algoritmus, hogy megtalálja minden alcsoportban gének hasonló expressziós mintázatának egyes részhalmazai rákos szövetekben, és ezáltal részt vevő gének minden ilyen mintázat lehet esetleg használni aláírásokat rák al-meghatározás vagy megállóhelyeken. A mi bi-klaszteranalízis, már használják a következő paraméterekkel: r = 1, q = 0,06, c = 0,95, o = 100, f = 1 [14,15]. Adatbázis Jegyzet, megjelenítése és integrált Discovery (DAVID) és a Kiotói enciklopédiája Gének és Genomes (Kegg) eszközöket használtak funkcionális elemzés és útvonal osztályozása a különböző gének. Katalógusa

qRT-PCR katalógusa

teljes celluláris RNS rákos és a normális gyomor- szöveteket reverz transzkripcióval cDNS-be, eluálószerként 1 ^{ST cDNS-szál Synthsis Kit (Takara, Dalian, Kína), a gyártó ajánlásainak megfelelően. Expression of E2F1, E2F2, és E2F4) mRNS-t analizáltuk 10 gyomorrák és párosítva szomszédos normál szövetben mintákban Q-PCR SYBR Premix Ex Taq (Takara) és β-aktin használtunk belső kontrollként. A primereket az 1. táblázatban felsorolt ​​A qPCR adatokat a mennyiségileg lépésben 2 ΔΔCt módszerekkel. Katalógusa}

Építése a TF-miRNS társszabályozó hálózat katalógusa

Miután microarray adatok elemzése, megkaptuk TF és a látens cél gének szabályozzák a E2F család a keresését transzkripciós szabályozó elem Database (TRED). Sőt, a miRNS célzás E2F család határoztuk lekérdező négy target predikciós adatbázisok, azaz Targetscan, Miranda, miRDB és miRWalk adatbázis [16-18]. Ezután együttes ezen eltérés expresszálódó gének és miRNS építésére ezt TF-miRNS társszabályozó hálózat kapcsolódik E2F család segítségével Cytoscape szoftver. A TF-miRNS társszabályozói hálózat, definiáltuk csomópont, mint egy hub gén vagy miRNS ha közvetlenül kapcsolódnak a több mint két teljes csomópont a hálózatban. Katalógusa

elemzése E2F család mRNS való társulásra klinika patológiai jellemzői re gyomorrákos betegek

a vevő működési karakterisztika (ROC) görbék, elemeztük differenciáltan expresszálódó gének szabályozzák az E2F mRNS között gyomorrák és párosítva szomszédos normál szövetben gént. Ezután a kiválasztott és megkülönböztetni a legjobb illesztett gének kapcsolata klinika patológiai jellemzői a bináris logisztikus regresszió. Katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

A ROC görbe és logisztikus regresszió analízist hasznosítású differenciáltan expresszálódó gének hogy szabályozza az E2F mRNS-ek között a gyomorrák és párosítva szomszédos normál szövetekben. Egyutas ANOVA-t használunk társítani között E2F család és mértéke a tumorsejtek invázióját. GraphPad Prism 6 szoftver végeztünk megszerezni ROC-görbe és kiszámítása érzékenység, a specificitás és a görbe alatti terület (AUC). SPSS 18.0 szoftvert használtuk egyutas ANOVA és bináris logisztikus regresszió. A p-érték < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Katalógusa

Eredmények katalógusa

kimutatása differenciáltan expresszálódó gének és miRNS között gyomorrák és a megfelelő normális szövetek katalógusa

ősbemutatója a Affymatrix Exon Arrays elemzés kimutatására differenciáltan expresszálódó gének között a gyomorrák és párosítva szomszédos normál szövetben 45 beteg (a betegek adatait mutatjuk be S1 táblázat). A GEO adatkészletek NCBI száma ebben a vizsgálatban GSE63089. A > 1,5-szeres változást a cut-off érték azonosítottunk 887 up-szabályozott és 93 le-gének (S2 táblázat). A funkcionális elemzés azt mutatta, hogy ezek a differenciális gének főként képződött gén utak, például a sejtciklus-szabályozás, a p53 jelátviteli, rák útvonal, extracelluláris mátrix-receptor kölcsönhatás, sejtadhézió, glikolízis /glükoneogenezist, és a citokin-receptor kölcsönhatás (ábra. 1). E2F család tagjai jelentős szerepet játszanak a sejtciklus G1 /S átmenetet a sejtekben és a gén expresszióját E2F1, 2, 3, 4, 5, és 7. példában minden találtuk overexpressziója (p < 0,01) gyomorrák ebben tanulmány.

továbbá, mi is elvégeztük a Affymatrix Gene Chip mikroRNS tömb elemzése 15 esetben gyomorrák és párosítva szomszédos normál szövetben (a betegek adatait mutatja S1 táblázat). A GEO adatkészletek NCBI száma ebben a vizsgálatban GSE63121. Találtunk 41 leszabályozott, és 4-ig szabályozott miRNS (S3 táblázat). Ábra. 2 illusztrálta bi-klaszterek klaszteranalízis e 45 eltérés miRNS gyomorrákban vs. normál szövetekben. Funkcionálisan ezeket eltérően expresszált miRNS lehetne szabályozni különböző gén utak, mint például transzkripciós aktivátor aktivitás, DNS-kötő transzkripciós faktor aktivitás, poszt transzkripciós szabályozása a génexpresszió, és a G1 /S átmenetet mitotikus sejtciklus.

Building követése és elemzése az E2F családdal kapcsolatos TF-miRNS társszabályozó hálózat katalógusa

ahhoz, hogy megjelenjen az E2F családdal kapcsolatos TF-miRNS társszabályozói hálózat, azt hasznosítják TRED érdeklődni TF és látens cél szabályozott gének az E2F család, majd a kiválasztott eltérően expresszált TF és látens célgénjeit gyomorrákban szövetekben. Találtunk egy összesen 105 TF és látens célgénjeit lehetne potenciálisan szabályozni E2F család gyomorrák (5 leszabályozott, és 100-gének, lásd S4 táblázat), ami alkotnak 105 gén hálózat után a bi- klaszterek klaszter analízis (3.) Az elemzés azt mutatta, DAVID ezek 105 gén leginkább sejtciklus kapcsolatos gének (ábra. 4). katalógusa

A következő alkalmaztunk, online eszközök Targetscan, Miranda, miRDB és miRWalk adatbázis megjósolni potenciális célzó gének ilyen 45 miRNS majd egyesült a célzási gének ezekkel 105 differenciáltan expresszálódó géneket. Találtunk 7 leszabályozott, és 2-ig szabályozott miRNS (S3 táblázat). Ezt követően, felépítettük az E2F kapcsolatos TF-miRNS szabályozó hálózat (ábra. 5). Katalógusa

Ezt követően megvizsgáltuk, hogy ez E2F kapcsolatos TF-miRNS szabályozó hálózat és megállapította, hogy E2F1, E2F2 és E2F4 a E2F család fontos szerepet játszanak ebben a TF és miRNS társszabályozási hálózat. Három túlszabályozott mRNS (E2F1, E2F2 és E2F4) a differenciáltan expresszálódó mRNS hagyta jóvá a real-time PCR (RT-PCR). Az eredmények azt mutatják, hogy a E2F1, E2F2 és E2F4 volt túlszabályozott a gyomorrák mintákat összehasonlítva a hagyományos minták. Az RT-PCR eredmények és microarray adatok konzisztensek (p < 0,05, Fig. 6). Ezen kívül, mi azonosított 9 kerékagy-gének E2F kapcsolatos TF-miRNS szabályozó hálózat, amely lehet együtt szabályozott TFS (ábra. 7). A DAVID elemzés ezen 9 hub gének és funkciók 2. táblázat mutatja katalógusa

Szövetsége E2F család mRNS szintek klinika patológiai tulajdonságokkal gyomorrákos betegek katalógusa

tovább elemeztük kifejezése E2F mRNS és akkor jár nekik klinika patológiai tulajdonságokkal gyomorrákos betegek. A ROC görbék elemzése azt mutatta, hogy E2F1, 2, 3, 4, 5, és 7. lehet a látens célokat megkülönböztetni gyomorrák szövetek és a normál is (ábra. 8). Kombináció több E2F család mRNS tovább javíthatja a specificitását és érzékenységét azok megkülönböztető között a gyomorrák és a normális szövetek után a regressziós bináris logisztikus analízis (ábra. 8). Sőt, azt találtuk, szintje E2F1, 2, 3, 4, 5 és 7 mRNS társított mélysége gyomorrák invázió (ábra. 9). Azt is megállapították, hogy az E2F expresszió összefügg a tumor differenciálás (ábra. 10). Katalógusa

Vita katalógusa

Ebben a tanulmányban felhasznált a cut-off érték 1,5-szeres változást profilos differenciáltan expresszálódó mRNS és miRNS gyomorkarcinómában szövetekben, ami összhangban van a legtöbb korábbi tanulmány cDNS vagy miRNS microarray [19]. Ezek differenciáltan expresszálódó mRNS és miRNS gyomorrákban szöveteket leginkább a sejtciklus előrehaladását, különösen E2F család. A mai napig a tagjai E2F fehérjék közé tartoznak E2F1- E2F8 és közöttük azok, E2F1, 2, 3, 4, 5 és 7 fehérjéket minden szignifikánsan túltermelõdik gyomorrák a jelenlegi vizsgálatban. Így azt jósolták, hogy az E2F család fontos szabályozói feladatait gyomorrák. Így épített ezt E2F kapcsolatos TF-miRNS társszabályozó hálózat gyomorrák alapulnak microarray profilalkotás adatokat. Ez a hálózat tartalmaz 105 TF és szabályozott látens célgének (5 leszabályozott, és 100-gének), amelyek kapcsolódnak a E2F család és 9 eltérés miRNS (7 leszabályozott, és 2-ig szabályozott miRNS) (ábra. 5) . Más szóval, az E2F család gének működhetne a következő 105 gén és 9-miRNS-ek, hogy szabályozzák a sejtciklus előrehaladását a gyomorrák. Sőt, azt találtuk, hogy célgének által szabályozott E2F1 és E2F4 megjelent mennyiségben a differenciális expressziót gyomorrák, ami azt jelzi, hogy az E2F1 és E2F4 nagyon valószínű, hogy fontos szerepet töltenek be részesedése a növekedés a gyomorrák. Továbbá miRNS eltérően expresszált gyomorkarcinómában képesek voltak expressziójának szabályozása E2F1, E2F2, E2F5 és E2F7, jelezve, hogy miRNS-megváltozott expressziója E2Fs fehérjék fontos tényezők a gyomorrák fejlődés vagy progresszió.

Valóban, E2F családtagok jelentős szerepet játszanak a sejtciklus G1 /S átmenetet a sejtekben és azok megváltozott expressziója hozzájárult számos humán betegség, köztük a rákos [20]. Például, a gyomorrák növekedéséhez és progressziójához, rákos sejtek elősegíti a tumorsejtek proliferációját, de gátolja az apoptózist. A gén szinten, transzkripciós faktor az E2F család gének jelentős szerepet játszik a sejtciklus szabályozására folyamat elősegítése révén időben gének expresszióját DNS-szintézishez szükséges a G1 /S fázis átmenet. E2F aktivitás maga által vezérelt retinoblasztóma fehérje (RB) és a zseb fehérjék P107 és P130. A mai napig a tagok E2F fehérjék E2F1-E2F8, beleértve a transzkripciós-aktivált faktorok E2F1-3a, amely elsősorban szabályozza a sejtciklus átmenet a G0 S fázis, és transzkripciós gátolta faktorok E2F3b-E2F8, melyek kifejezett nyugalmi vagy differenciálódott sejtek és megakadályozzák a sejtciklus progresszióját [21]. Korábbi tanulmányok kimutatták, hogy a megváltozott expressziója E2F géncsalád szorosan kapcsolódó növekedés a mellrák [22], petefészekrák [23], hólyagrák [24], a kolorektális rák és hasnyálmirigyrák [25]. A gyomorrák, a korábbi tanulmányok azt mutatták, hogy az E2F rendellenesen kifejezni és E2F kifejezés szabályozza miRNS járt sejtciklus progresszióját és az apoptózis elnyomás gyomorrák sejtek elnyomják TGF tumor szupresszor útvonal [26]. E2F génmutáció is az egyik oka a korai gyomorrák előfordulása [27]. A jelenlegi adatok támogatja ezt a megállapítást. Katalógusa

mellett azonban E2F család, TP53, BRCA1 és STAT3 is fontos szerepet játszanak ebben a TF és miRNS társszabályozási hálózat (ábra. 5). Például TP53is egyik legszélesebb körben tanulmányozott gének és szerepet játszik a apoptózis szabályozásában, genomiális stabilitás, és az angiogenezis [28]. Egy korábbi tanulmány kimutatta, hogy p53
mutáció közvetlenül kapcsolódik a fejlesztési gyomorrák [4] és egy másik tanulmány azt mutatta, hogy p53 aktivitás által indukált érzékenysége gyomorrák kemoterápiára [29]. BRCA1 a fogékonyság gén az emlőrák és szabályozza a sejtek apoptózis és a javításokat DNS-károsodás. BRCA1 szerepet játszik a szabályozás DNS-javító aktivitást és a BRCA1
mutáció hozzájárultak a fejlődéshez a mellrák, petefészekrák [30], hasnyálmirigyrák [31], és a gyomorrák [32]. Elveszett expresszióját BRCA1 fehérje társult szegény túlélési arány a gyomor rákos betegeknél [33]. A jelenlegi tanulmány kimutatta, hogy a BRCA1 mRNS járt gyomorrák differenciálás. Sőt, a STAT3 egy transzkripciós faktor, amely akkor aktiválódik, válaszul a növekedési faktorok és citokinek, és hozzájárul a szabályozás a sejtproliferáció, az apoptózis, és motilitás a sejtekben. Korábbi tanulmányok azt mutatták, hogy a STAT3 volt a legfontosabb szabályozó tényező [34] a gyomorrák fejlesztés és STAT3 aktiváció mozdítani a tumorsejtek túlélését és migrációját [35]. Egy korábbi vizsgálatban használt STAT3 inhibitor kezelésére gyomorrák és hatékonyságot mutattak. [36] katalógusa

Továbbá miRNS (miR-125a-5p, miR-331-3p, miR-17, miR-150, miR-155 miR-27b, miR-31, miR-92a és miR-509-5p), amely eltérően expresszált a gyomorrák, talált expressziójának szabályozása E2F1, E2F2, E2F5 és E2F7 ebben a vizsgálatban (S3 táblázat). Korábbi tanulmányok azt mutatták, hogy a miR-125a-5p kifejezés társult gyomor karcinogenezis megcélozva az E2F3 [37]. Mirna-331-3p közvetlenül célozza E2F1 és indukált növekedési gátlás humán gyomorrák sejtek [38]. Sőt, expressziója miR-155 képes volt blokkolni TGF-β1-közvetített aktiválását a Rb és viszont, hogy csökkentse a bőség a gátló pRB-E2F1 komplex és felvonó G0 /G1 leállást [39]. MiR-17 család klaszterek jelennek kulcsfontosságú modulátorok TGF-βtumor szupresszor jelátviteli gyomorrák szabályozás révén a p21, E2F1-3 és E2F5 génexpresszió [40-42]. Ezen túlmenően, a miR-150, miR-31, miR-92a és azt is kimutatták, hogy szoros kapcsolatban gyomorrák [43-46]. Bár már nem számoltak be arról, miR-509-5p kapcsolatos gyomorrák, miR-509-5p csatlakozott az mdm2 /p53 visszacsatolás és szabályozza a rákos sejtek növekedését [47]. Ezek a vizsgálatok összhangban voltak a jelenlegi eredmények.

Ezen túlmenően a szabályozó közötti kapcsolat TF-gének és miRNS-TF lehet a szinergikus hatásokat. Ezek alapján az újonnan létrehozott E2F kapcsolatos TF-miRNS társszabályozói hálózat, amely 9 hub-gének legnagyobb része olyan sejtciklus és kromoszóma szervezet (7.). Venni minden adatot együtt, a jelenlegi tanulmány azt mutatja, hogy a gyomorrák kialakulásában és előrehaladásában van szó, több gén és további vizsgálatokra lesz szükség a gének, mint az új célok ellenőrzése gyomorrák. Katalógusa

Ugyanakkor a jelenlegi vizsgálatban csak biztosított előzetes adatok és a további megerősítő vizsgálat szükséges, hogy ellenőrizze, adataink ex vivo és in vitro. Ez szisztematikus megközelítés segíthet bennünket, hogy vizsgálja a daganatok patogenezisében, és az elméleti alapot keres, hogy új stratégiát kezelésére gyomorrák a jövőben. Katalógusa

alátámasztó információk
S1 táblázat. Betegek jellemzői. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s001 katalógusa (DOC) hotelben S2 táblázat. Összefoglalása 980 differenciáltan expresszálódó gének gyomorrák szövetekben, mint a távoli normális szövetekben.
Génexpresszió szintek gyomorrák szövetekben vs. a távoli normális szövetek voltak legalább 1,5-szeres más a p-érték < 0,05.
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s002 katalógusa (XLSX-) hotelben S3 táblázat. Összefoglalás 45 differenciálisán expresszált miRNS gyomorkarcinómában szövetekben, mint a távoli normális szövetekben.
Szintje miRNS expresszió gyomorrák szövetekben vs. a távoli normális szövetek voltak legalább 1,5-szeres más a p-érték < 0,05.
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s003 katalógusa (XLSX-) hotelben S4 táblázat. Összefoglaló 105 differenciáltan expresszálódó gének a TFS-szabályozó hálózat gyomorrákban szövetekben. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s004 katalógusa (DOCX) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

köszönjük a Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kína) szerkesztési és lektorálás ez a kézirat. katalógusa

• PLoS One: Urológiai szintje N-Nitrozovegyületek viszonyított kockázati Gyomorrák: Eredmények a Shanghai Cohort Study
• PLoS One: Sebészeti eredményei 2041 Egymást követő laparoszkópos gastrectomián eljárásai gyomorrák: egy nagyszabású Case vezérlés Study