Stomach Health > gyomor egészség >  > Gastric Cancer > gyomorrák

PLoS One: Nagy teljesítményű szekvenálás és kópiaszám érzékelése formalin Fix ágyazott szövet metasztatikus gyomorkarcinóma

absztrakt katalógusa

A célzott terápiák új korszaka, mutáció profilalkotás rák egyik legfontosabb része az, hogy a terápiás döntéseket. Jellemzésére rák molekuláris szinten, a használata formalin-fixált, paraffinba ágyazott szövet fontos. Megvizsgáltuk a Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 és nCounter kópiaszám variáció Analitika 89 formalin-fixált, paraffinba ágyazott gyomorrák mintákat annak megállapítására, hogy ezek alkalmazandók levéltári klinikai minták személyre célzott terápiák. Mi érvényesített az eredményeket Sanger szekvenálás, valós idejű, kvantitatív PCR, fluoreszcens in situ hibridizáció és immunhisztokémia. Gyakran észlelt szomatikus mutációk közé TP53 katalógusa (28,17%), APC katalógusa (10,1%), PIK3CA katalógusa (5,6%), KRAS katalógusa (4,5 %), SMO katalógusa (3,4%), STK11 katalógusa (3,4%), CDKN2A katalógusa (3,4%) és a Smad4 katalógusa (3,4%) . Amplifikálásokban a HER2 katalógusa, CCNE1 katalógusa, MYC katalógusa, KRAS katalógusa és EGFR katalógusa gének észleltek 8 (8.9%) , 4 (4,5%), 2 (2,2%), 1 (1,1%) és az 1 (1,1%) esetben volt. Azokban az esetekben, amplifikációs, fluoreszcencia in situ hibridizáció számára HER2
ellenőrzött gén amplifikációja és immunhisztokémiai HER2, EGFR és CCNE1 ellenőrizte a overexpressziója fehérjék a tumorsejtekben. Összefoglalva, sikeresen teljesített a félvezető alapú szekvenálás és nCounter kópiaszám variáció elemzések formalin-fixált, paraffinba ágyazott gyomorrák mintákat. Nagy áteresztőképességű szűrés archív klinikai mintákban gyorsabb, pontosabb és költséghatékonyabb kimutatására hotspot mutációk vagy erősítés génekben. Katalógusa

Citation: Kim S, Lee J., Hong nekem, IG, Kang SY, Ha SY, et al. (2014) Nagy teljesítményű szekvenálás és kópiaszám érzékelése formalin Fix ágyazott szövet az áttétes gyomorrákban. PLoS ONE 9 (11): e111693. doi: 10,1371 /journal.pone.0111693 katalógusa

Szerkesztő: Hiromu Suzuki, Sapporo Medical University, Japán katalógusa

Beérkezett: április 28, 2014 Elfogadva: szeptember 29, 2014; Megjelent: november 5, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Kim et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Az adatok elérhetősége: A szerzők megerősítik, hogy az összes adatot a megállapításokat alátámasztó teljes mértékben hozzáférhető, korlátozás nélkül. Minden lényeges adat a papír és az azt támogató információs fájlokat. Katalógusa

Forrás: Ez a tanulmány támogatott a támogatás a Koreai Healthcare Technology R &D Project, Egészségügyi Minisztérium & Jóléti Minisztérium, a Koreai Köztársaság (A101130) és a Samsung Biomedical Research Institute támogatás (# SBRI-SP1B20112). Ez a tanulmány is alátámasztotta a Samsung Medical Center falakon belüli támogatás, 20 x 20 Project (# GFO1140111). Társszerzők Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, In-Gu Do, So Young Kang, Sang Yun Ha, Seung Tae Kim Se Hoon Park, Won Ki Kang, Min-Gew Choi, június Ho Lee Tae Sung Sohn , Jae Bae Hold, Sung Kim és Kyoung-Mee Kim által alkalmazott Samsung Medical Center. Társszerző Duk-Hwan Kim alkalmazottja Samsung Biomedical Research Institute. Samsung Biomedical Research Institute és a Samsung Medical Center nyújtott támogatás formájában fizetések szerzők Seokhwi Kim, JL, MEH, IGD, SYK, SYH, STK, SHP, WKK, MGC, JHL, TSS, JMB, Sung Kim, KMK és DHK , de nem volt semmilyen további szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. A konkrét szerepe ezen szerzők csuklós a "szerző hozzájárulások" részben. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők az alábbi területek: Ez a tanulmány részben finanszírozhatja Samsung Biomedical Research Institute és a Samsung Medical Center. Társszerzők Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, In-Gu Do, So Young Kang, Sang Yun Ha, Seung Tae Kim Se Hoon Park, Won Ki Kang, Min-Gew Choi, június Ho Lee Tae Sung Sohn , Jae Bae Hold, Sung Kim és Kyoung-Mee Kim által alkalmazott Samsung Medical Center. Társszerző Duk-Hwan Kim alkalmazottja Samsung Biomedical Research Institute. Nincsenek szabadalmak, a fejlesztés alatt álló, illetve a forgalmazott termékek nyilatkozni. Ez nem változtat a szerzők betartása minden PLoS One politikák adatok megosztása és anyagok. Katalógusa

Bevezető katalógusa

Bár a gyomorrák a negyedik leggyakoribb rák a világon, ez a második vezető halálok. [1] A előfordulása szignifikánsan magasabb az ázsiai országban, köztük Koreában, ahol ez a második leggyakoribb ráktípus. [2] Az utóbbi időben több célzott terápiás gyomorrák fedeztek fel, amelyek további lehetőségeket orvosok és a betegek [3] - [5]. Katalógusa

A célzott terápiák új korszaka, mutáció profilalkotás a betegséget kiváltó rák elengedhetetlen a terápiás döntéseket. Megpróbálja profil mutációt készült hagyományos Sanger szekvenálás Azonban ez nem optimális módszer klinikai körülmények miatt a költségek, az idő és a munkaerő szükséges. Sőt, Sanger szekvenálás igényel jelentős mennyiségű DNS; értékelő kis mennyiségű mintát több gén ugyanabban az időben nem lehetséges. Bevezetés az új generációs szekvenálás (NGS) módszerek megoldotta ezt a problémát, multiplex, nagy áteresztőképességű szekvenálása számos mintát több gén egyszerre. [6], [7] Az egyik NGS platformok, a Ion Torrent AmpliSeq Cancer Panel támaszkodik, nem optikai kimutatására hidrogén ionok egy félvezető eszköz, [8] és képes felismerni 2855 onkogén mutációja 50 általánosan mutáns gének (táblázat S1). Ez jobb, mint a többi tömeg spektroszkópia alapú szekvenálás módszereket is, feltéve szekvenálás eredményeként gyorsabban és alacsonyabb költségek mellett. [8] Ez a módszer a formalin-fixált paraffinba ágyazott (FFPE) szövetmintából kis mennyiségű DNS-t. Mivel ez biztosítja a magas érzékenységű szűrés ismert onkogén mutációk, [9], [10] a Ion Torrent AmpliSeq Cancer Panel a választás az 5 fő rák központok az Egyesült Államokban a molekuláris diagnosztika célzott terápia [11]. Katalógusa

Amplification onkogének jelentős mechanizmus gén overexpressziója és hozzájárul a daganat fejlődését. [12] Ilyen például erősítés a HER2 katalógusa, MET katalógusa, FGFR2 katalógusa és KRAS katalógusa gének gyomorrák. [13], [14] a kimutatására kópiaszám variációk (CNV) klinikai mintákban, fluoreszcens in situ hibridizációval (FISH) és /vagy immunhisztokémiai (IHC) már széles körben használják. Azonban, a magas költségek és a kis mintanagyság biopsziás anyag korlátozza az e módszerek alkalmazásával, és még mindig szükség van további nagy áteresztőképességű technológia könnyű hozzáférhetőség, nagy érzékenységű és alacsony költséggel. nCounter CNV CodeSets (Nanostring technológiák, Life Sciences, Seattle, WA), hogy kiváló pontossága és reprodukálhatósága tanulmányok minden méretű és jobb, gyorsabb eredményt lényegesen kevesebb erőfeszítést a valós idejű kvantitatív polimeráz láncreakció (qPCR) vagy CNV tömbök [ ,,,0],15]. katalógusa

jobb szabott rákkezelés javíthatja a betegek gyógyulását. Beteg tumormintákban lesz szükség annak érdekében, hogy jellemezze a rák molekuláris szinten, és meghatározza a betegség alcsoportok kell kapniuk a különböző kezelések. Használata FFPE szövetek számára fontos, amelyek lehetővé teszik az ilyen vizsgálatok. [16] Itt teszteltük AmpliSeq és nCounter egyéni CNV paneleket FFPE gyomorrák mintákat annak meghatározására, hogy azok alkalmazhatók az archiválási klinikai minták személyre célzott terápiák. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

A mintákat

a tumor sejt százalék, több mint 75% kimetszettük alatt mikroszkópia 4 mm festetlen szakaszok képest egy H &E festett csúszda, és a genom DNS-t extraháltuk Qiagen DNS FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Németország) szerint a gyártó utasításai 96 betegek előrehaladott gyomorrák. Extrakció után mértük koncentrációja, valamint a 260/280 és 260/230 nm arány spektrofotométerrel (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Mindegyik mintát ezután mennyiségileg a Qubit fluorométerrel (Life Technologies, Carlsbad, Kalifornia). A genomi DNS-t > 10 ng mért Qubit fluoromé volt kitéve könyvtár készítését és hét minta nem építésére könyvtárak és kizárták a vizsgálatból. Végül 89 esetben végül elemezték és benne 31 női és 58 férfi beteg. Az 1. táblázat a klinikai és patológiai jellemzői a betegek ebben a vizsgálatban. Kiújulás vagy áttét alakult ki 11 beteg medián követési idő 76 hónap (5,5-149,3). A tanulmány által jóváhagyott intézményi felülvizsgálati testület (IRB) Samsung Medical Center. Minden klinikai vizsgálat zajlott elvek szerint kifejezett Helsinki Nyilatkozatban. Az írásos beleegyezését adta alól az IRB miatt retrospektív elemzés, valamint anonim adatokat. Mintákat gyűjtöttünk részeként egy rutin orvosi eljárás és összegyűjtjük a szerzők ebben a vizsgálatban. A mintákat az elhalálozott betegek vagy élő betegek minden de azonosított, beleértve eltávolítását minden olyan demográfiai adatokat, az analízis előtt és beleegyezési nyilatkozat lemondtak az IRB. Katalógusa

Ion AmpliSeq rák panel v2 katalógusa

használtuk Ion AmpliSeq Cancer Panel v2 (Ion Torrent) kimutatására gyakori szomatikus mutációk, amelyek alapján kerültek kiválasztásra szakirodalom. Azt vizsgálja, 2855 mutációk 50 leggyakrabban mutált onkogének és tumor szupresszor gének (táblázat S1). Először is, a 10 ng DNS-t az egyes 89 FFPE tumorminták ment egycsöves, multiplex PCR-amplifikáció segítségével Ion AmpliSeqCancer Primer Pool és a Ion AmpliSeqKit reagensek (Life Technologies). A kezelés a kapott amplikonok a FUPA Reagent részlegesen emésztett a primereket és foszforilezzük az amplikonok. A foszforilált amplikonok ligálunk Ion adapter és tisztított. Vonalkódos könyvtár előkészítés, helyette vonalkódos adaptert a Ion Xpress Vonalkód adapterek 1-96 Kit nem vonalkódos adapter mix szállítjuk Ion AmpliSeq Könyvtár Kit. A ligált DNS ment nick-fordítás és erősítés a teljes összekapcsolását adaptereket és fragmentumok és hogy elegendő anyagot downstream sablon elkészítése. Két fordulót Agencourt AMPure XP reagens kötés 0,6 és 1,2 gyöngy-to-minta térfogat arányt eltávolított bevitt DNS és jogi személyiséggel nem rendelkező primerek a fragmentumok. A végső könyvtár molekuláinak voltak 125~300 bp méretű. Ezután át a könyvtárakat a Ion OneTouch rendszer automatizált sablon elkészítése. A szekvenálást végeztünk a Ion PGM sequencer szerint a gyártó utasításai szerint. Használtuk IonTorrent Programeszközök automatizált adatelemzés. Katalógusa

mérésére érzékenysége és specificitása a Ion AmpliSeq rák panel, egész exome szekvenálás eredménye 4 gyomorrák mintákat ismert mutációs státusz használtuk [17]. Katalógusa

nCounter Copy Number Változás CodeSets katalógusa

kimutatására a CNV, nCounter kópiaszám variáció CodeSets használtunk 300 ng tisztított genomikus DNS 2-3 szakaszain 4 mm vastag FFPE képviselő tumor blokkok QIAamp DNS FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Németország). A DNS-t töredezett keresztül AluI emésztést és denaturáltuk 95 ° C-on. A fragmentált DNS-t hibridizáljuk az kódkészlet 86 gének nCounter Cancer KN Assay Kit (Nanostring Technologies) 18 órán át 65 ° C-on és a feldolgozott, a gyártó utasításai szerint. A nCounter Digital Analyzer számít és táblázatos jeleinek riporter szondák és átlagos létszámáról az > 3 hívták, és megerősítette IHC, FISH vagy valós idejű PCR. Katalógusa

IHC HER2, EGFR (HER1) és CCNE1

validálása CNV nyert eredmények nCounter végeztünk IHC HER2 minden esetben és az EGFR és CCNE1 válogatott esetekben. Miután deparaffinization és rehidratáló, 4 mm-es szakaszok szilán bevonatú lemezeket immunfestjük HER2. A HercepTest (Dako, Glostrup, Dánia) alkalmaztunk a gyártó útmutatása az előzőekben leírt. [18] az EGFR használtuk az anti-NCL-L-EGFR-384 egér monoklonális primer antitesttel (1:100 hígítás; Novocastra /Vision Biosystems, Newcastle, Egyesült Királyság) és a CCNE1 használtuk az anti-CCNE1 /ciklin E1 antitest (klón HE12; 1:200 hígítás Thermo Fisher Scientific, MA). A Ventana BenchMark XT automatizált dia-feldolgozási rendszert alkalmaztunk a gyártó protokollja szerint. Egy szakértő patológus (KMK) értékeltük az eredményeket. Katalógusa

FISH HER2 katalógusa

FISH végeztünk kétszínű DNS-specifikus próbák PathVision ™ (Abbott /Vysis: LSI HER2 SpectrumOrange ™ és CEP 17 SpectrumGreen ™), mint a korábban ismertetett esetben kétértelmű HER2 overexpresszió. [19] Mi számít a hibridizációs jeleket a 20 magok mintánként fluoreszcens mikroszkóp alatt (Zeiss Axioskop) alkalmazásával szűrőkészletek által ajánlott Vysis (DAPI /Spectrum Orange kettős sáváteresztő, DAPI /Spectrum zöld dupla sáváteresztő). Minden átfedő sejtmagok kizárták, és csak magok külön nukleáris határ értékeltük. HER2 gén katalógusa tartották fokozottabb ha a FISH jel aránya HER2 /CEP17 katalógusa volt nagyobb vagy egyenlő 2,0 [20]. Katalógusa

Valós idejű PCR KRAS és MET-erősítés katalógusa

Mi használt nyert DNS-ek FFPE gyomorrák daganatos szövetek. A reakcióelegy 2 ul genomi DNS-templát, 10 ul TaqMan univerzális PCR mester elegy (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA) és 0,2 uM mindegyik primerből. A pontos kimutatására CN változtatások elemeztük három különböző régióiban a KRAS gén katalógusa: egy régióját intron 1 (TaqMan Copy Number Analitika Hs06943812_cn) részein belül intron 2 (Hs002534878_cn), és annak egy régióját exon 6 (Hs02739788_cn). A MET
gén, használtuk a primerek a korábban leírt [21].

Mértük kópiaszámú erősítés a következő profilt: 2 perc 50 ° C-denaturáció 95 ° C-on 10 perc, majd 40 ciklus: 95 ° C-on 15 másodpercig és 60 ° C-on 1 percig. Meghatároztuk relatív koncentrációk alapján a 7900 HT gyors, valós idejű PCR-rendszer négy párhuzamos. Egy RNaseP vizsgálati készlettel (Applied Biosystems) alkalmaztunk kontrollként. Az amplifikálás után, akkor az importált a kísérlet eredményeit tartalmazó küszöb ciklus értékeket a kópiaszám és a referencia assay a CopyCaller Software (Applied Biosystems) a PCR utáni adatok elemzése az előzőekben leírt. [22] Mi hozzárendelve CN nyereség állapot és száma KRAS katalógusa példányban egyezés alapján az eredmények közül legalább kettő a három próbát. Katalógusa

Analitikai módszerek katalógusa

Mi kizártak minden szinonim változások után egy automatikus mutáció-hívás algoritmust kimutatására használt vélt mutációt. Ismétlődő hívások több mint 10 89 mintát tekinteni álpozitív és kizárták. Használtuk cutoff érték több mint 6% változat frekvencia és több mint X100 lefedettség felismerni igaz mutációs változások összhangban korábbi tanulmányok és a saját tapasztalat. [9], [10] Mi kiszűri egyetlen nukleotid polimorfizmusok után manuális felülvizsgálatát minden polimorfizmus katalógusa szomatikus mutációk jelentősége a rákban (KOZMIKUS, http://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic) ( 1.ábra). A jól ismert gének mutáns a gyomor carcinoma ( TP53 katalógusa, APC katalógusa, PIK3CA katalógusa, STK11 katalógusa, CDKN2A katalógusa, KRAS katalógusa, HRAS katalógusa, BRAF katalógusa és CTNNB1 katalógusa), manuális felülvizsgálatát automata hívó eredmények végeztünk fogni káros mutációk kissé alacsony- variáns gyakorisága. katalógusa

Eredmények katalógusa

eredményei Ion AmpliSeq rák panel katalógusa

a koncentrációk-eket, azok koncentrációja szeres átlagos lefedettség a minták összes számát bázisok, > Q20 bázisok, olvas, azt jelenti, olvasni hossz, leképezve olvassa, on-cél arányt (%), átlagos mélysége és egyenletességét az eredményeket a táblázatban ismertetett S2. Összességében kaptunk 8178 variáns hívások 89 minta, köztük 3554 hívás volt nem szinonim változásokat. Kiszűrése után visszatérő hívások, < 6% variáns allél gyakorisága, < 100x lefedettség és azok, intronterületében, 65 variáns hívások választottak. Továbbá, áttekintettük az automatizált hívások ismert mutációk, mint a BRAF katalógusa, KRAS katalógusa és PIK3CA katalógusa tudta megmenteni két variáns hívások, amelyeket kizártak a szűrés folyamatokat. Harminckilenc a 89 minta (43,8%) hordozott legalább egy mutációt (1. ábra). Két eset mutatott 22 és 5 mutációk, ill. Az utóbbi esetben a kikötőkben horgonyzó PMS1- katalógusa szomatikus mutáció [missense mutáció exon 20: c.1147A > G (p.M383 V)] és a PMS1- katalógusa promoter hipermetilációt az MLH1 protein veszteség felhasználásával IHC a korábban leírt módszerek [23], ami arra utal, hypermutated tumor. Ugyanakkor, bár a mutációkat találtak az előbbi esetben telt variáns frekvencia és a lefedettség cut off, ezek a mutációk nem igazoltuk Sanger-féle szekvenálással, ami arra utal, hamis pozitív ebben az esetben miatt rossz minőségű DNS-t. Tehát, ebben az esetben kizárták végső elemzések eredményeit. Gyakran észlelt szomatikus mutációk közé TP53 katalógusa (24 eset, 27,0%), APC katalógusa (9 eset, 10,1%), PIK3CA katalógusa (5 db, 5,6%), %), KRAS katalógusa (3 db, 3,4%), SMO katalógusa (4 eset, 4,5%), STK11 katalógusa (3 db, 3,4%), CDKN2A
(3 eset, 3,4%), és a Smad4 katalógusa (3 eset, 3,4%), mint a 2. táblázat mutatja a 2. táblázat is össze az aminosav változásokat gyakran mutált géneket. Azonosítottunk 19 beteg (21,3%) két vagy több egyedi és egyidejű szomatikus mutációk. Katalógusa

A négy gyomorrák mintákat ismert mutációs gyakoriság által meghatározott egész exome szekvenálás és megerősítette a Sanger szekvenálás azonosítottunk szomatikus mutációkat TP53 katalógusa, erbB4 katalógusa és CTNNB1 katalógusa nélkül álpozitív hívások más gének (táblázat S3). katalógusa

amplifikáció által nCounter és érvényesítése IHC, FISH vagy valós idejű PCR katalógusa

az amplifikálást a HER2 katalógusa, CCNE1 katalógusa, MYC katalógusa, KRAS katalógusa és EGFR
gének észleltek 8 (8,9%), 4 (4,5%), 2 (2,2%), 1 (1,1%) és az 1 (1,1%) esetben volt (3. táblázat). Mi nem tapasztaltam erősítés a MET katalógusa, FGFR2 katalógusa, CDK4 katalógusa és CDK6 minden esetben. Azokban az esetekben, amplifikációs, IHC HER2, EGFR és CCNE1 megmutatta túlexpressziója fehérje a tumorsejtek (2A ábra, B és C). Az egyik esetben a HER2 2+ által HercepTest, FISH megmutatta heterogén erősítés a HER2 katalógusa gének (2D ábra). Katalógusa

A valós idejű PCR KRAS katalógusa, egy esetben amplifikációs mutatott megnövekedett kópiaszám (36, 37 és 49); azokban az esetekben, amelyek negatívak voltak KRAS katalógusa erősítés, nem volt növekedés kópiaszám (0,9-2,4, átlag 1,4). katalógusa

MET katalógusa gén, nem találunk pozitív eset miatt ritkaság [21]. Ezért használják további tíz (öt egyes amplifikált és a nem amplifikált) gyomorrák minták és MET
amplifikált gyomor rákos sejtvonalat (MKN45 és SNU5) ismert kópiaszámú és mRNS mennyiségben. CNV által észlelt nCounter jól korreláltak kópiaszámú által érzékelt valós idejű PCR (táblázat S4) és mRNS-szintje MET
gén (Pearson-féle korrelációs vizsgálat; R = 0,874, p = 0,001) (ábra S2).

Vita katalógusa

segítségével Ion AmpliSeq v2 azt találtuk, hogy 39 közül 89 előrehaladott gyomor adenokarcinóma minta tartalmazott szomatikus mutációk, amelyek bizonyítják, hogy ez a platform könnyen alkalmazható a levéltári FFPE mintákból. TP53 katalógusa volt a leggyakrabban előforduló mutáció, majd APC katalógusa, PIK3CA katalógusa és KRAS katalógusa. Sőt, mi egyéni CNV panel sikeresen észlelte CN emelkedése HER2 katalógusa, CCNE1 katalógusa, MYC katalógusa, EGFR katalógusa és KRAS katalógusa gének, amit megerősített az IHC-real-time PCR. katalógusa

mutációs gyakoriságot a kOZMIKUS adatbázisban felfedi jelentős hasonlóságot adatok kaptunk ebből a vizsgálatból: TP53 katalógusa (32%), PIK3CA katalógusa (10%), KRAS katalógusa (6%), APC katalógusa (6%), CTNNB1 katalógusa (5%), CDKN2A katalógusa (5%), FBXW7 katalógusa (5%), SMO katalógusa (4%), ERBB2 katalógusa (2%) és a STK11
(2%). Friss egész exome szekvenálás tanulmányok azt mutatták, gyomor adenokarcinóma valamivel magasabb frekvenciájú TP53 katalógusa (36% és 73%) és a PIK3CA katalógusa (14% és 20%) a mutációk képest eredményeinket. [24], [25] Bár a mutációs gyakoriság alacsonyabb volt, ha összehasonlítjuk a exome szekvenálás eredménye, volt egy jelentős növekedés képest a korábbi adatok tömegspektrometria alapú OncoMap v4. [26] Mind AmpliSeq és OncoMap érzékelni mutációk hotspot régiókban, amelyek magyarázatot megállapításait ritkább mutáció néhány onkogének és tumor szupresszor gének. Ábra S1 összehasonlítja AmpliSeq v2 és v4 OncoMap kimutatható mutációs profil. Előző OncoMap teszteket 237 gyomor adenocarcinoma kiderült, hogy a PIK3CA katalógusa mutációk gyakoriak voltak előrehaladott betegség (5,1% a Stage IV 6,4% szakaszban II /III, 2.4% szakaszban IB). [26] Ebben a tanulmányban megfigyelt három PIK3CA katalógusa mutációk stádiumú III és két szakaszban II betegség, és támogatja a biológiai szerepe a daganatok növekedését. Azt is megfigyelték, HER2 katalógusa ( ERBB2 katalógusa) c.2524G > A (V842I) mutáció esetén gyomorrák. A preklinikai vizsgálatok sejtvonalak hordozta a mutációt V842I rezisztens volt trastuzumab, de érzékeny volt visszafordíthatatlan HER2-inhibitor, neratinib [27]. Katalógusa

A félvezető alapú szekvenálás alapvető különbségek érzékelése és jelátviteli képest tömegspektrometria alapú szekvenálás. Ahelyett, hogy optikai módszerekkel kimutatására nukleotid változások, a félvezető-alapú technika érzékeli pH változások által felszabadulását protonok (H +) amikor nukleotidok integrálódni a növekvő DNS szálba. [8] Ezért van egy jelentős csökkenése a költség és a szükséges időt adatfeldolgozás, összehasonlítva más NGS platformokon. A gyors és pontos információt mutációk olcsó elengedhetetlen betegek nagyon agresszív daganat, például a gyomorrák. Katalógusa

Ebben a tanulmányban azt manuálisan felül az automatizált hívások ismert mutációk alkalmazása után vágási frekvenciát és a lefedettség, később hozzátéve, két hívás alacsony változat lefedettség. Bár a fedezet értékeket nem éri el a kezdeti feltételeknek, a frekvenciák felülmúlta az első beállítás (6%), és az adatok minőségét is jó volt. Ez hangsúlyozza a manuális ellenőrzést követően automatikus szűrés. A közelmúltban megjelent eredmények felhasználásával AmpliSeq mint az elemző platform is hangsúlyozzák kompenzáció szűrési adatok manuális felülvizsgálat [9], [10]. Katalógusa

Egyedi célzott terápia előrehaladott rák elsősorban támaszkodik a "onkogén függőség," a amely több genetikai rendellenességek rabja egy vagy néhány gén tumorsejt karbantartás és a túlélés. [28] Egy nyílt, nemzetközi, 3. fázisú, randomizált, kontrollált ToGA (Trastuzumab gyomorrák) vizsgálatban azt mutatták, hogy a trastuzumab kemoterápiával kombinálva egy új szabvány lehetőséget betegek HER2-pozitív előrehaladott gyomor- vagy gastrooesophagealis átmenet a rák. [29] A preklinikai vizsgálat azt mutatta, hogy egy részhalmaza gyomor daganatok EGFR katalógusa vagy MET katalógusa amplifikációját és túlzott reagál cetuximabra vagy MET receptor tirozin-kináz-gátló kezelést. [30] Továbbá, amplifikáció sejtciklus mediátor CCNE1
sugallják a potenciális terápiás gátlása a ciklin-függő kinázok a gyomor rák. [31] Screening amplifikált gének célzott terápia nagy áteresztőképességű technológia nagyon fontos. A hagyományos módszerek, mint a FISH és a tömb összehasonlító genomiális hibridizáció szenved az alacsony felbontású genomiális régiók, a magas költségek és Labor- és időigényes. [32] Ebben az első tanulmány nCounter CNV elemzések azt találtuk, hogy ez a technológia alkalmazható FFPE klinikai minták és hitelesített eredmények IHC, FISH és valós idejű PCR-rel. Bár nem érvényesíti az összes gént használni az egyedi primerek, validációjából számos kiválasztott gének voltak figyelemre méltó. Katalógusa

Összefoglalva, sikeresen elvégezték a félvezető alapú szekvenálás és nCounter CNV elemzések FFPE szövetmintából 89 gyomor- adenocarcinoma. Nagy teljesítményű szekvenálás és CNV szűrés levéltári klinikai mintákban gyorsabb, pontosabb és költséghatékonyabb kimutatására hotspot mutációk és CNV géneket. A korszak a személyre szabott genomikus orvoslás, azt tervezi, hogy használja ezeket az eszközöket szűrésére gyomorrákos betegek, akik számára előnyös lehet a célzott terápiák. Katalógusa

alátámasztó információk
ábra S1.
összehasonlítása lefedettség Ion AmpliSeq v2 rák panel versus Oncomap v4. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s001 katalógusa (TIF) hotelben ábra S2.
parcellák közötti korreláció MET katalógusa CNV által feltárt nCounter és mRNS-szintje MET katalógusa gén real-time PCR. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s002 katalógusa (TIF) hotelben táblázat S1.
Gene lista az Ion Torrent AmpliSeq Cancer Panel. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s003 katalógusa (XLS) hotelben táblázat S2.
koncentrációját-eket, azok koncentrációja szeres átlagos lefedettség a minták összes számát bázisok, > Q20 bázisok, olvasás, azt jelenti, olvassa hossz, leképezve olvas, a célzott aránya (%), átlagos mélysége és egységesség.
doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s004 katalógusa (XLS) hotelben táblázat S3.
szomatikus mutációk TP53 katalógusa, ErbB4 katalógusa és CTNNB1 katalógusa.
doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s005 katalógusa (XLS)
táblázat S4.
CNV által észlelt nCounter jól korrelál kópiaszám érzékeli a valós idejű PCR. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s006 katalógusa (XLSX-) hotelben

Other Languages