H. pylori isolati clinici hanno diverse distribuzioni babAB genotipiche su diversi siti topografiche di stomaco con correlazione con la malattia clinica outcomes

H. pylori
isolati clinici hanno diversi babAB
distribuzioni genotipiche su diversi siti topografiche di stomaco con correlazione con gli esiti clinici di malattia
Abstract
sfondo
intragenomico ricombinazione tra BABA
e Babb
media varianti antigeniche e può aiutare a H. pylori
colonizzazione. Questo studio ha determinato se genotipi variabili di BABA
e Babb
correlati ai diversi risultati clinici di malattia e possono distribuire nel corso delle diverse nicchie gastrici.
Risultati
Questo studio sono stati arruolati 92 ceppi clinici (45 da ulcera peptica , 27 di gastrite, e 20 da cancro gastrico) per rilevare se il BABA
e Babb
sono al locus a o B da reazioni PCR utilizzando i primer disegnati dalla regione a monte e variabile del BABA
e Babb
geni. Quattro genotipi di BABA
e Babb
(A B, AB B, A AB, AB AB) sono stati trovati. La distribuzione dei genotipi 4 in 92 ceppi clinici era significativamente differente tra i pazienti con varie malattie gastriche (p
< 0.05). Gli isolati da pazienti affetti da cancro gastrico hanno un più alto tasso di AB AB genotipo rispetto a quelli di pazienti non-cancro (40,0% vs.
9,7%, p
< 0,05). Il genotipo AB AB è stato associato ad una più alta intensità di metaplasia intestinale (p
< 0,05), ma non è risultato correlato con una infiammazione e la colonizzazione maggiore densità in istologia gastrico (p
> 0,05). Inoltre, lo studio ha arruolato 19 pazienti per verificare se genotipi variabili di babAB
esistevano nelle diverse nicchie gastrici. Tra i pazienti infettati con più di un babAB
genotipi oltre antro e corpo, ci sono stati più alto tasso di genotipi come AB o AB AB in isolati da dell'antro che in quelli da Corpus (75,0% vs. 16,7%
, p
. < 0,05)
Conclusioni
il H. pylori
isolare con il genotipo AB AB correla con un aumento del rischio di cancro gastrico, e colonizzare in maniera predominante antro
Sfondo Helicobacter pylori
infezione aumenta il rischio di ulcere peptiche e adenocarcinoma gastrico dello stomaco umano [1-3]. H. pylori
aderenza all'epitelio gastrico e fornire effettori per indurre l'infiammazione [4, 5]. Una delle adesine più studiati è la adhesin vincolante gruppo sanguigno antigene (Baba), che si lega Lewis B (LEB) e gli antigeni ABO collegate [6, 7]. adhesin putativo, Babb, è codificato da Babb
, che condivide quasi identico N- e C-terminale sequenze con Baba
[7, 8]. Le posizioni cromosomiche invertiti di BABA
e Babb
tra ceppo J99 e 26695 dimostrano gli eventi di ricombinazione tra questi due geni [9, 10]. I due geni mostrano anche sia variazione geografica e allelica [11]. Inoltre, la duplicazione di Baba
o Babb
gene è mediata dalla conversione genica tra i diversi loci cromosomici [12-14]. Bäckström et al
. [14] hanno dimostrato che il silenzio baba
gene di un ceppo Leb-vincolante può essere attivata mediante ricombinazione in Babb
gene. Il modello di scimmia Rhesus ha mostrato che la maggior parte recuperati gli isolati hanno sostituito Baba
con una seconda copia di Babb
dopo diverse settimane di infezione [12].
Nei paesi occidentali, i pazienti con infezione da Baba
-positivo H . pylori
isolati sono associati ad un aumentato rischio di malattie ulcera peptica [15, 16]. Tuttavia, questa associazione non è confermato in pazienti dal Asia Orientale, o di alcuni altri paesi occidentali [17-19]. Colbeck et al
. [20] usata PCR per rilevare se la valle di hpyD
(locus A) e S18
(locus B) sono Baba
o Babb
e hanno trovato una sola colonia isolare con misto BABA
e Babb
genotipo allo stesso locus, indicando sottopopolazioni nella popolazione batterica derivato da una singola colonia. E 'degno di rispondere se i profili genetici di BABA
e Babb
potrebbe essere correlato ai diversi esiti della malattia clinica o la specifica H. pylori
caratteristiche istologiche -related.
Ci sono diverse cellule predominanti tipi nella antro e corpus. Le cellule parietali producono HCl individuare nel corpus e fare un diverso gradiente di pH per l'antro. Il nostro studio precedente ha mostrato i pazienti con H. pylori
infezione cronica espresso una maggiore intensità di Lewis B nell'epitelio gastrico del corpus che in antro [17]. Ricombinazione tra BABA
e Babb
potrebbe aiutare H. pylori
per cambiare la sua capacità di adattarsi adesione nicchie differenti all'interno dello stomaco [21]. Di conseguenza, è degno di determinare la distribuzione del genotipo di BABA
e Babb
nel pylori
infezione da H. sopra le diverse sedi topografiche sia come antro o corpus in stomaco umano. In questo studio, abbiamo analizzato il significato clinico di Baba Babb
genotipi
e e la presenza di BABA
e Babb
al locus A e B di molteplici colonie provenienti da diverse nicchie gastrici per capire la babAB
profilo genetico di H. pylori
gli isolati tra le regioni gastrici all'interno dello stesso host.
Risultati
Distribuzione di Baba e Babb genotipi in pazienti con diverse patologie cliniche
rilevamento di babAB
genotipi era basato sul disegno fondo illustrato nella figura 1. Tra i 92 ceppi, la distribuzione dei quattro genotipi (AB, AB B, a, B e AB AB) era 46 (50%), 21 (22,8%), 10 (10,9%) e 15 (16,3%), rispettivamente. Non c'era differenza nella distribuzione di genere tra i diversi genotipi (test chi-quadro, p
> 0,05). L'età media dei pazienti infettati con genotipo come AB AB è stato marginalmente più vecchio di quelli infettati con altri genotipi (57,6 vs 50,3 anni, t test-campione indipendente, p
= 0,09). Le distribuzioni dei quattro genotipi erano significativamente differenti nei pazienti con differenti patologie cliniche (Tabella 1, test chi-quadrato, p
= 0.04). L'età media dei pazienti CG era più alto rispetto agli altri pazienti non-cancro (58,6 vs 49,5 anni
, test t-campione indipendente, p
= 0.01). Il tasso del genotipo AB AB nei pazienti con GC è stato superiore a quello nei tre gruppi di pazienti non-cancro (40,0% [8/20] vs
9,7% [7/72], test esatto di Fisher, p
< 0.05, odds ratio: 6,2; IC 95%: 1.9-20.3) .table 1 babà e Babb genotipi di H. pylori provenienti da diversi gruppi clinici di pazienti
N (%)

DU
(n = 18)
GU
(n = 27)
gastrite
(n = 27)
GC
(n = 20)
totale (n = 92)
Statistiche
p
valore
AB
11 (61.1)
14 (51,9)
15 (55,6)
6 (30)
46 (50)
0,039
AB B
6 (33,3) Pagina 4 (14,8) Pagina 7 (25,9) Pagina 4 (20)
21 (22.8)
A AB
0 (0) Pagina 4 (14,8) Pagina 4 (14,8)
2 (10)
10 (10,9)
AB AB
1 (5,6)
5 (18,5)
1 (3.7) Pagina 8 (40)
15 (16.3 )
DU: ulcera duodenale. GU: ulcera gastrica. GC: cancro gastrico. La differenza tra i quattro genotipi di malattie gastriche è stata valutata mediante il test del Chi-quadro.
Come il genotipo AB AB era più alta nei pazienti con cancro gastrico, abbiamo ulteriormente testato se una tale genotipo può portare ad un più alto tasso di precancerosa cambiamenti o più grave infiammazione istologica. Nei pazienti con GC, il genotipo AB AB è stato associato ad una più alta intensità di metaplasia intestinale (IM) nella antro rispetto ai non-AB AB genotipo (2,0 vs.
0,27, p = 0,02
). Tuttavia, nei pazienti non-cancro, il genotipo AB AB non è stato associato con i punteggi di infiammazione superiore acute (somma di antro, corpus e Cardia: 3,43 vs
2.94, p
> 0,05), infiammazione cronica punteggi (somma di antro, corpus e Cardia: 7.29 vs 7.22
, p
> 0,05), H. pylori
densità (somma di antro, corpus e Cardia: 8.14 vs 8.84
, p
> 0,05), o l'intensità di IM (0.43 vs 0.51
, p
>. 0.05) rispetto ai non-AB AB genotipo
differenza nella Baba e Babb genotipo tra gli isolati da antro e corpus
Per i 19 pazienti che hanno fornito isolati da differenti nicchie gastrici sopra l'antro e corpus, la composizione genotipo di BABA
e Babb
al locus a e B della loro antro e isolati corpus è indicato nella tabella 2. Quattro pazienti (n. 7, 12, 29, 30) sono stati infettati con un ceppo di genotipo AB attraverso l'antro e corpus, e 15 pazienti sono stati trovati ad avere un genotipo ceppi misti (AB B, a AB o AB AB) solo nel corpus, o entrambe le nicchie gastriche. In questi 15 pazienti, 3 pazienti (n. 28, 2, 4) hanno avuto gli stessi genotipi misti in tutta l'antro e corpus. Otto dei rimanenti 12 pazienti avevano una maggiore genotipo in entrambe le nicchie gastrici. La combinazione con i 7 pazienti (n. 7, 12, 29, 30, 28, 2, 4) con un solo genotipo, 78,9% (15/19) dei pazienti aveva un genotipo importante distribuiti su due niches.Table 2 Il genotipo composizioni di antro e corpus H. pylori isolati da 19 pazienti
sentenza n
babAB
genotipo degli isolati
Maggiore babAB
genotipo attraverso antro & corpus
genotipo dominante nel antro /corpus
AB o AB AB genotipo come dominante di 12 pazienti infettati con più di un genotipo
antro (n)
corpus (n)
antro
corpus
7
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
12
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
29
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
30
AB (4 )
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
28
A AB (4)
A AB (4)
A AB
Un AB /A AB
x
x 2
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x 4
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x
1
AB AB (3)
AB AB (2)
AB AB
AB AB /-
+ -
AB B (1)
AB B (2) 3
AB B (3)
AB B (4)
AB B
AB B /AB B -
-
AB (1)
6
AB AB (3)
A AB (1)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
+
+ 10
AB AB (3)
AB B (4) -
AB AB /AB B
+ -
AB B (1)
19
AB (3)
AB (3)
AB
AB /-
+ -
A AB (4)
21
AB (4)
AB (3)
AB
AB /AB
+
+
AB B (1)
25
AB (4)
AB (1) -
AB /AB B
+ -
AB B (3)
14
AB (4)
AB (2 )
AB
AB /-
+ -
AB B (2)
AB B (2) AB AB (2)
24
AB (3 )
AB (1) -
AB /-
+ -
A AB (1)
AB B (1)
A AB (2)
27
A AB (3)
AB (1)
A AB
Un AB /A AB -
-
AB AB (1)
A AB (3)
11
AB (4)
A AB (2) -
AB /-
+ -
AB B (1 )
AB AB (3)
AB AB (2)
17
AB (3)
AB (3)
AB
- /- Francia -
-
AB B (3)
A AB (1)
A AB (2)
AB AB (2)
paziente non. 1, 3, 6, 19 e 21, che sono stati infettati da 2 genotipi, hanno ancora un grande uno su entrambi nicchie gastrici, e che era vero anche a 2 (n. 14, 27) pazienti con 3 e 1 (n. 17) paziente con 4 genotipi rappresentati nelle loro infezioni. - Indicando che i pazienti hanno non dominante BABA
e Babb
genotipo negli isolati di antro o corpus. numero dei pazienti era secondo il nostro studio precedente [22].
Tra i 12 pazienti infettati con più di un genotipo (Tabella 2), la frequenza dei principali genotipo dominante, AB combinato con AB AB, nella antro era più alta rispetto a quella nel corpus (75% [9/12] vs
16,2% [2/12], p = 0.012
, odds ratio: 15). Tuttavia, 6 dei 12 pazienti mancava un genotipo dominante nel loro corpus isola.
Analisi di sequenza e di confronto A locus A, antro e corpus di ogni paziente isolati avevano sostituzioni specifiche di amminoacidi nella regione di Baba (Figura 2 e Tabella 3). Tuttavia, non vi era alcuna differenza evidente tra l'antro e corpus isola nella regione sequenziamento, se non da nessun paziente. 27 (aminoacidi 134 e 198). Abbiamo anche trovato 5 diverse sostituzioni non sinonime a aminoacidi 161 in isolati 6 dei pazienti, rispetto al ceppo J99. Lo stesso scenario (sequenza specificità ceppi individuali dei pazienti, ma non tra l'antro e corpus isolati) era in Babb
sequenze. Figura 1 PCR modelli bande di genotipi babAB. (A) coppie di primer utilizzati per la rilevazione del gene al locus A e B. Il primer a termine, HypDF1 e S18F1, che si trova nella regione a monte del Baba
o Babb
, sono abbinati a BabAR1 o BabBR1 primer per determinare se la gene al locus a e B è BABA
o Babb
. modelli di bande (B) PCR di genotipo A B, AB B, A e AB AB AB. Il genotipo AB B ha mostrato due popolazioni batteriche in single-colonia di isolare, dominante come BABA
e il minore come Babb
, al locus A. Il ceppo con un genotipo AB ha rappresentato una popolazione dominante di Babb e un minore popolazione di Baba per
locus B. La combinazione di AB B e a AB è stata definita come un genotipo AB AB. Corsia M1, un marker molecolare 100 bp; corsia M2, l marcatore HindIII. Le dimensioni dei prodotti della PCR a locus A e B era 2.1-2.6 kb e 1,0-1,5 kb, rispettivamente.
Tabella 3 Le sostituzioni di amminoacidi a Baba codificate da Baba al locus A
La posizione di amino sostituzioni acido
caso No.
6
9
37
92
131
134
136
161
165
166
198
202
204
206
212
218
25
L
T
A
N
N
K
T
R
Y
G
N
S
T
T
E
S
27
L
Una
A
N
N
T, K
T
Un
D
G
N, K
S
T
T
Q
P 2
L
A
S
S
N
E
T
K
Y
S
N
S
T
T
E
S
24
L
Una
A
N
N
K
i
T
Y
G
N
E
S
T
E
D
6
L
Una
A
N
H
Q
T
P
Y
G
N
N
T
T
A
S
26
F
Un
A
N
N
K
T
S
Y
G
N
S
N
Un
e
S
ripete CT di Baba e Babb al locus B
Geni al locus B sono regolati da CT ripete in 5 'regione codificante, e il numero di CT ripete (5, 8 e 11) fanno l'espressione della proteina in-frame possibile [12, 20]. Le ripetizioni CT del Babb
gene al locus B sono riportati nella tabella 4. Il corpus isolati in 7 su 12 pazienti ha avuto un cambiamento di CT ripetizioni della Babb
gene al locus B, e antro isolati di quei pazienti hanno sempre lo stesso ripete CT, ad eccezione dei pazienti 17 (tabella 4) .table 4 il numero di CT ripete in 5 'regione codificante di Babb al locus B
sentenza n
Antrum isola (n = 2)
(numero di ripetizione CT)
Corpus isolati (n = 2)
(numero di ripetizione CT)
Concordanza
Cambio di ripetere CT nel corpus
2
8, 8 Pagina 8, 8
+ -
12
8, 8 Pagina 8, 8
+
-
24
7, 7
7, 7
+ -
30
11, 11
11, 11
+
-
1 8, 8
7, 10 -
+
11
8, 8
7, 9 -
+
26 Pagina 8, 8 Pagina 8, 9 -
+
6
9, 9
9, 12 -
+
21 Pagina 7, 7
9, 10 -
+
27
9, 9
9, 8 -
+
14
8, 8
7, 7 -
-
17
7, 10
8, 7 -
+
Quattro pazienti (n. 2, 12, 24, 30) sono stati infettati da ceppi con un tipo di ripetizione CT (7, 8 e 11) attraverso l'antro e corpus, ma solo uno di essi (n. 24) aveva un fuori della cornice Babb
. Negli altri pazienti (n. 1, 11 e 26), la loro antro isolati conteneva 8 ripetizioni CT ma il corpus isolati cambiato a 7, 9 o 10 ripetizioni. Per i pazienti (n. 6, 21 e 27) che sono stati infettati dal antro isolati con 7 o 9 ripete CT, loro corpus isolati anche avuto un cambiamento di CT ripete, ma il numero di ripetizioni CT era ancora fuori del telaio (9 , 10 e 12), fatta eccezione per un isolato di nessun paziente. 27 (CT ripete = 8)
. Espressione genotipo e Baba
Per determinare l'effetto di Baba
al locus A e B sull'espressione Baba (figura 3A), abbiamo scoperto che il Baba
al locus B non ha, ovviamente, influisce sul livello di espressione Baba, rispetto al isolati 19C3 (a AB) e 19C1 (AB). Tutti gli isolati (26A1, A4, C2 e C3) avevano il genotipo A AB, ma le ripetizioni CT del babà
al locus B di C2 era fuori della cornice. L'espressione di Baba non è stata influenzata dal fatto che Baba
al locus B era dentro o fuori della cornice. Abbiamo inoltre stabilito se un genotipo mista al locus A inciderebbe espressione Baba, e ha trovato 14C2 e 14C3 con il genotipo AB B (BABA /Rapporto Hsp60: 0,76 e 0,70) aveva un'espressione leggermente inferiore 14A2 e 14A4 con il genotipo AB (BABA /rapporto Hsp60: 0,90 e 0,87, Figura 3B). AB AB genotipo ha avuto anche l'espressione Baba inferiore A B (Baba rapporto /Hsp60: 1.09 e 0.89, Figura 3C). Figura 2 Le sequenze Baba al locus A del antro e corpus isola. numeri cardinali indicano isolati diversi dei pazienti. A1-4 e C1-4 erano single-colonia isolato dal antro e il corpus, rispettivamente. evidenziazione bianco indica amminoacidi diversi dal consenso
. Discussione
Il verificarsi di ricombinazione tra il intragenomico BABA
e Babb
è stato dimostrato in vitro che in vivo

esperimenti, implicando questo meccanismo può eventualmente aiutare H. pylori
di adattarsi nello stomaco umano [12, 14]. Inoltre, genotipi misti di BABA
e Babb
al locus A o B sono stati dimostrati [20]. L'associazione clinica del BABA
e Babb
genotipo di H. pylori
ceppi e profilo genetico con infezioni del antro e corpus di un singolo host sono ancora poco chiari. In questo studio, abbiamo dimostrato che il genotipo AB AB, un genotipo dominante nel antro, è stato associato con la lesione precancerosa, come IM, e correlata con cancro gastrico. Tuttavia, l'infezione da H. pylori
da tale genotipo AB AB non ha portato in una più densa colonizzazione o infiammazione gravità in istologia gastrica. I nostri dati indicano H. pylori Baba
e Babb
genotipi come AB AB dovrebbero almeno esercitare con un migliore adattamento all'ambiente gastrico durante la carcinogenesi.
Colbeck et al
. [20] Sono stati trovati 9 genotipi (A B, AB B, A AB, A, B B, B A, B C, C B e B AB) nel loro studio. Tuttavia, il nostro studio ha trovato solo quattro genotipi (A B, A AB, AB B e AB AB) in 168 isolati da antro e corpo (Tabella 2) 19 pazienti. Indica la diversità genotipo di babAB
in isolati di Taiwan potrebbe essere ovviamente meno complicato. Inoltre, almeno un BABA
gene al locus A esisteva in ciascuno degli isolati. Questo risultato è compatibile con la nostra precedente relazione di rivelare la taiwanese H. pylori
isolati sono quasi il 100% Baba
-positivo [17], e sostenere la maggiore prevalenza di BABA
in H. pylori
ceppi provenienti dai paesi dell'Asia orientale rispetto a quelli provenienti da mondi occidentali [23]. Inoltre, Matteo et al
. [24] ha dimostrato che 9 su 34 pazienti (26,5%) hanno avuto bab variazione
gene attraverso l'antro e corpus di un singolo host in un punto determinato momento. Abbiamo trovato che 12 su 19 pazienti (63,2%) infettate da più di un genotipo in una o entrambe le nicchie gastriche. La discrepanza tra la prevalenza di due studi potrebbe essere dovuta all'analisi di Bab
genotipo dalla piscina batterica o single-colonie isolate.
L'analisi delle sequenze di BABA
e Babb
ha rivelato che le sostituzioni non sinonime di aminoacidi verificato tra i singoli ceppi (Figura 2, tabella 3 e dati non mostrati), ma non differisce tra le nicchie gastriche. Orgoglio et al
. [11] ha mostrato anche ad alta diversità allelica all'interno BABA
e Babb
in ceppi da diversi pazienti. A giudicare dai 6 diverse sostituzioni non sinonime di aminoacidi 161 nei ceppi dei 6 pazienti ', che codone era un luogo molto variabile. Questo vale la pena di ulteriori indagini, in quanto può essere un sito specifico incaricato di adattarsi alle differenze nei singoli stomaci.
CT ripete in 5 'regione codificante di BABA
e Babb
sono più comunemente trovato alla locus B di locus A [20]. Abbiamo trovato che il corpus isolati avevano una maggiore frequenza delle variazioni del numero di ripetizioni CT di Babb
al locus B rispetto agli isolati antro (Tabella 4). Tra i 7 pazienti infettati dal corpus isolati con un cambio di ripetizioni CT, solo uno (paziente n. 27) aveva l'isolato cambiando CT ripete in-frame (CT = 8) (Tabella 4). Questi dati indicano che l'espressione di Babb potrebbe essere strettamente controllato dalla variazione di fase a causa di ripetizioni del telaio nel corpus. Tra i 12 pazienti infettati da ceppi con più di un genotipo, i loro isolati da antro hanno un più alto tasso di AB e AB AB genotipi come dominante rispetto corpus (9/12 vs 2/12
, p
< 0,05 ). Inoltre, la metà di questi pazienti mancava un genotipo dominante nel loro corpus isola. Questi risultati suggeriscono l'ambiente nel corpus può favorire l'adattamento diverso per gli isolati con diversi H. pylori
diversità genetica.
La presenza del genotipo AB AB è stata più alta nei pazienti con CG età più avanzata (Tabella 1). Inoltre, il genotipo AB AB non è correlato con l'infiammazione più grave o cambiamenti precancerosi nei pazienti non-cancro. Sulla base di questi dati istologici clinica trasversale, si suggerisce ceppi AB AB possono avere un migliore adattamento all'ambiente cancerose nello stomaco, invece di portare in maggiore tossicità nella carcinogenesi gastrica. Nella Figura 3A, mostriamo che il Baba
gene al locus A determina prevalentemente espressione Baba, e il genotipo misto come AB al locus A possono diminuire l'espressione Baba (Figura 3B e 3C). E 'quindi possibile un genotipo misto come AB al locus A può rendere H. pylori
isolati per contenere una sottopopolazione di perdere espressione Baba. In alternativa, il genotipo misto come AB al locus B può eventualmente permettere H. pylori
per cambiare espressione Babb e merita quindi ulteriori studi.
Inoltre, i nostri dati precedenti hanno dimostrato che l'intensità di Lewis B diventano diminuita in antro atrofia, ma può essere conservato nel corpus di mediare maggiore colonizzazione del bug overthere [17]. Quindi, deve essere anche implicativo per verificare se il genotipo AB AB prevalentemente in antro può avere vantaggio per adattare l'epitelio gastrico con debole Lewis b espressione in futuro.
Conclusioni
Il H. pylori
isolare con BABA
e Babb
genotipo come AB AB genotipo si correla con un aumento del rischio di cancro gastrico, e colonizzare in maniera predominante antro. Tale AB AB genotipo deve essere associato a un migliore adattamento all'ambiente precancerose o cancro gastrico, ed eventualmente generare sottopopolazioni perdere Baba o Babb.
Metodi
pazienti e batteri isolati
Un totale di 92 H. pylori
ceppi sono stati coltivati ​​da campioni bioptici di pazienti con differenti patologie cliniche come ulcera duodenale (DU, n = 18), ulcera gastrica (GU, n = 27), gastrite (n = 27), o il cancro gastrico (GCA, n = 20), definita mediante endoscopia con conferma istologica. Tutti i pazienti avevano dato il consenso informato e panendoscopy sottoposti nel nostro istituto. Durante panendoscopy per ogni paziente, sono stati ottenuti cinque pezzi di biopsia gastrica, di cui 2 da l'antro, 2 dal corpus, e 1 dalla cardias. La coltura batterica e l'esame istologico sono stati applicati come il precedente articolo [17]. Questo studio è stato approvato dal 'Experiment umana e Comitato Etico di Cheng Kung National University Hospital' (n ° HR-98-023).
Singola colonia isola dal antro e corpus sono stati raccolti in modo casuale dalle piastre di coltura primaria. Per ogni sito, almeno 3-4 isolati single-colonia sono stati selezionati in modo casuale per determinare la babAB
genotipo. cultura Colony per l'estrazione del DNA era meno di 8 passaggi per diminuire la possibilità di variazione genetica in vitro. Ciascuno dei 19 pazienti infettati nel antro e corpus da isolati con lo stesso modello RAPD bande è stato descritto in precedenza [22]
. Rilevamento di Baba e Babb genotipi
Il rilevamento di BABA
e Babb
genotipi è basata sul metodo di Colbeck et al
[20]. HypDF1-BabAR1 e HypDF1-BabBR1 primer sono stati usati per determinare se il gene al locus A era Baba
o Babb
. Allo stesso modo, S18F1-BabAR1 e S18F1-BabBR1 primer sono stati applicati per determinare se il gene al locus B era Baba
o Babb
(Figura 1A). I 40 cicli di reazioni di amplificazione sono state effettuate con 20 pmoli di primer, 0,15 mm ogni trifosfato deossinucleoside, tampone di reazione con MgCl 2 e 1 U Taq DNA polimerasi (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) in un volume finale di 50 ml. Le condizioni di cicli termici sono stati descritti in precedenza [20]. Ogni prodotto amplificato (20 microlitri) è stato analizzato su un gel di agarosio 1% colorato con bromuro di etidio. Figura 3 babà al locus Un'espressione Baba prevalentemente determinato. (A) Effetto di Baba per
locus B sul Baba
expression.The isolare (19C3) aveva Baba per
locus A e in-frame ripetizioni CT di Baba per
locus B, che erano confrontato con l'isolato solo avendo Baba per
locus a (19C1). La presenza di Baba
al locus A e B era negli isolati 26A1, A4, C2 e C3, ma C2 ha avuto un fuori cornice Baba
al locus B. (B) Effetto del genotipo mista al locus A su il babà
espressione. Gli isolati da un paziente (n. 14) hanno un genotipo mista al locus A (14C2 e C3), che è stato rispetto a quelli con Baba
solo al locus A (14A2 e A4). (C) Confronto di Baba
tra AB AB e A genotipi B. Hsp60 era come controllo interno. Definizione di genotipo
Baba
e Babb
genotipo di ogni isolato single-colonia si è basata sulla descrizione precedente [20]. Un isolato J99-come ha mostrato i attesi bande PCR di Baba
al locus A e Babb
al locus B ed è stato definito come il "genotipo B" (Figura 1B-a). Un isolato singolo-colonia contenente sia BABA
e Babb
allo stesso locus è stato definito come "il genotipo misto" (come AB B, A AB, AB e AB), che indica che ci sono stati sottopopolazioni all'interno della popolazione batterica derivata da una singola colonia. Un isolato con genotipo AB B conteneva una popolazione con BABA Comprare e l'altra popolazione con Babb
Allo stesso locus A (Figura 1B-b). Il genotipo A AB rappresentato due popolazioni batteriche, quello dominante con Babb
e minore quella con Baba
al locus B, sebbene sia derivato da una singola colonia (Figura 1B-C). Un genotipo misto rilevata sia locus A e B è stata definita come AB AB (Figura 1B-d).

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