PLOS NËMMEN: D'Association tëscht DNA Copy Number geometrescher Figur op Chromosome 5q22 an Gastric Cancer

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

Gastric Kriibs ass gemeinsam Kriibs. Roman genetesch biomarkers entdecken kéinten hëllefen héich-Risiko Persounen ze identifizéieren. Copy Zuel Variant (CNV) gouf viru kuerzem dës Gefor ze beaflossen fir verschidden Cancers. D'Zil vun dëser Etude gesicht huet d'Associatioun tëscht Kopie Zuel op enger Variant Regioun an GC zu Test. VerfÜgung

Method VerfÜgung

A Ganzen 110 gastric Kriibs Patienten an 325 gesond Fräiwëllege vun dëser Coursë waren studéieren. Mir gesichte fir eng CNV an fonnt engem CNV (Variant 7468) mat engem Deel vun den APC VerfÜgung Gentherapie, déi SRP19 VerfÜgung Gentherapie an der REEP5 VerfÜgung Gentherapie. Mir hate véier Ämter gezielt op APC-intron8 VerfÜgung, APC-exon9 VerfÜgung, SRP19 VerfÜgung a REEP5 VerfÜgung dëser CNV zu interrogate. Spezifësch Taqman Ämter gekennzeechent duerch verschidden reporter fluorophores sech an engem real-Zäit Hinnen alleguer Plattform benotzt kopéieren Nummer kréien. Souwuel d'Original Net-ganz Donnéeën an transforméiert ganz Daten op Kopie Zuel sech fir analyséiert ginn. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Gastric caner Patienten hu engem nidderegen Net-ganz Kopie Zuel wéi Kontrollen fir den APC-exon9 VerfÜgung Studiebäihëllefe (seng p = 0.026) an SRP19 VerfÜgung Studiebäihëllefe (seng p = 0.002). D'Analyse vun ganz Kopie Zuel Kriseperiod engem ähnleche Muster obwuel manner wichteg (seng p = 0,07 fir APC-exon9 VerfÜgung Studiebäihëllefe a seng p = 0,02 fir SRP19 VerfÜgung Studiebäihëllefe). VerfÜgung

Konklusiounen VerfÜgung

Perte vun engem CNV um 5q22, virun allem an der DNA Regioun ronderëm APC-Exon 9 VerfÜgung, vläicht mat engem héichen Risiko vun gastric Kriibs verbonne ginn. VerfÜgung

Fro : Tsai PC, Huang stellare, Tsai HL, Ma Dat, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) De Association tëscht DNA Copy Number geometrescher Figur op Chromosome 5q22 an Gastric Cancer. PLoS NËMMEN 9 (9): e106624. Doi: 10.1371 /journal.pone.0106624 VerfÜgung

Redakter: Qing-Yi Wei, Herzog Cancer Institut, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 29. Abrëll 2014; Akzeptéiert: 30 Juli, 2014; Publizéiert: 11. September 2014 VerfÜgung

Copyright: © 2014 Tsai et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Data Disponibilitéit:. D' Auteuren confirméieren datt all Daten d'Conclusiounen si voll sinn ouni Restriktioun Basisdaten. All Daten sinn bannent de Pabeier a seng Ennerstëtzung Informatiounen Fichieren VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht vun Stipendien aus der Kaohsiung Medical University Hospital (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), excellence fir Cancer ënnerstëtzt gouf Research Center Grant duerch d'Finanzéierung vun de Chiffer vu Gesondheet, Executive Yuan, Taiwan, China (MOHW103-TD-B-111-05), an der National Science Conseil vun der Republik vu China (NSC 99-2320-Adoption 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). De Grënner hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs (GC) ass de véiert stäerkste gemeinsam Kriibs an der drëtter Virwaat Ursaach vum Kriibs Doudesfäll weltwäit an Männer; der fënnefter déi heefegste Kriibs an der fënnefter Virwaat Ursaach vum Kriibs Doud Fraen [1]. Laut der Internationaler Agence fir Fuerschung op Cancer (IARC), Japan, China a Korea hu enger héijer Heefegkeet Tariffer vun GC [2]. An Taiwan, war GC der sechster grouss Ursaach vum Kriibs-Zesummenhang Doud am Joer 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; Rampen am Juni 2011). Gastric Kriibs ass duerchaus komplex a geet heterogeneity zu Medeziner, biologesch a genetesch Aspekter. Bekannt Ëmwelt- Facteuren déi GC gehéiert Helicobacter pylori (H. pylori) VerfÜgung Wonn Afloss, Nahrungszousaz Gewunnechten, Zigarette fëmmen, Famill Geschicht, a Geschlecht (eng héich männlech-ze-weiblech Verhältnis) [3]. Als Famill Geschicht e Risk Faktor fir GC ass, hu rezent Studien op der genetesch Facteuren do dass eng Roll am GC Leeschtung. Puer Enquêteuren hunn d'genetesch hire Restaurant dokumentéiert datt an der Entwécklung vun GC Équipe sinn [4]. VerfÜgung

Gastric Kriibs dacks spéit Medeziner Presentatioun geet, an et ass meeschtens an der fortgeschratt Etapp an dréit aarmséileg hätt diagnostizéiert. Fréi ze erkennen GC ass wichteg fir therapeutesch Efficacitéit ze verbesseren, a veruerteelt reduzéieren, also, relevant genetesch biomarkers Erkenntnesser zu fréi ze erkennen GC hëllefe kéinten. Eng grouss Zuel vun Associatiounen tëscht strukturell Frankräich Ännerungen an Krankheeten waat hun Roll ginn [5], [6]. Puer spezifesch genetesch Verännerungen dorënner Verdueblung an stattfannen verdächtegt oder Onrecht gewiescht ze GC Werdegang [7] Zesummenhang ze sinn. DNA Kopie Zuel Variatiounen (CNVs) sinn heefeg zu puer Cancers an aner Krankheet endpoints. Variatiounen vun DNA Kopie Zuel kéint eng Luucht vun héije Risiko vun GC zu Individuen ginn. Benotzt Komparativ Frankräich hybridization (CGH) /lackeleg-CGH (aCGH) Analyse, hunn e puer Frankräich Regioune schonn am GC Zellen oder GC Patienten fonnt 3q26-28 dorënner Gewënn vun DNA Regiounen ze hunn, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, an 20q11-13 a Verloschter vun DNA Regiounen dorënner 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13, an 18q22 [8] - [13]. Dës Resultater weisen, datt d'Musteren vun chromosomal Onstabilitéit mat der Ambulanz-agebousst Charakteristiken vun GC vergläichen kann. VerfÜgung

virdrun Studien hunn abnormalities an der adenomatous polyposis belaascht dokumentéiert ( APC VerfÜgung) Gentherapie um chromosome 5q22 ze Resultat vun familial adenomatous polyposis (FAP), ierflech Net-polyposis Colon Kriibs an aner Cancers [14] - [16]. Heefegsten Verloschter vun der Kopie Zuel um 5q22 am GC Patienten vun Ënnerscheed ethneschen sinn an Table S1 am Fichier S1 [8] zesummegefaasst - [10], [12], [13], [17] - [22]. Studie confirméiert, datt 15,4% vun Japanesch [10], 35% vun Koreanesch [21], an 21% vun Turk [20] vum GC Patienten Gentherapie Projet'en um 5q14-22 haten. Verloschter vun Kopie Zuel um chromosome 5q22 ass fonnt ginn vill mat histological Typ verbonne ginn [13], [18], [19], lymph Node Status [12] an Metastasen [12] zu GC Patienten. Zousätzlech zu der Relatioun mat gastric Kriibs, war 5Q Verloscht och oft an premalignant Etapp Équipe [17], [22]. Dës Studien hunn uginn, dass den APC VerfÜgung Gentherapie eng wichteg Roll am GC spille kann. Dofir, an dat studéieren, mer d'Associatioun vun Kopie Zuel um 5q22 mam GC zu der kaderaccord Populatioun getest. VerfÜgung

Method VerfÜgung

Sécuritéit Populatioun VerfÜgung

A Ganzen 110 GC Patienten an 325 gesond Kontrollen waren aus Kaohsiung Medical University Hospital zu Taiwan Coursë. All Patienten goufen entweder kaderaccord oder Festland Chinese. D'Präsenz vun GC war och pathologically confirméiert. D'histologic Schouljoer war no der Critèren vun Lauren séiert [23]. D'entholl Stadium war am Aklang mat der American Gemeinsam Comité op Cancer (AJCC) Stadium System [24]. Theme mat all aner malignancies sech aus der Etude ausgeschloss. D'Kontroll Sujete waren gesond Fräiwëlleger déi regelméisseg Gesondheet checkups um selwechte Spidol deelgeholl. Keen vun den Kontrollen déi perséinlech Geschicht vun Kriibs oder soss festgestallte bedeitendst gastric Entwécklungsstéierungen an der Zäit vun der Aschreiwung. D'Etude Ëmwelt- a Methoden sech vun den institutionnelle Kritik Verwaltungsrot vun Kaohsiung Medical University Hospital guttgeheescht. virun der commencement vun Etude All Participant gëtt Awëllegung geschriwwen. VerfÜgung

En Kandidat CNV vun GC-Zesummenhang VerfÜgung

De Kandidat CNVs der opmierksam APC VerfÜgung Gentherapie um chromosome 5q22 sech Sensor vun enger öffentlecher Datebank (Datebank vu Frankräich Varianten, DGV, http://projects.tcag.ca/variation). Bis November 2010, d'Datebank vun 15,963 gemeinsam CNV Regiounen kierperlech Positiounen fir 66,741 CNVs wellkomm opgezielt. Dorënner ass eng CNV (Variant 7468) bei 5q22 datt 127,5 KB span (chromosome Location: 112.138.707 zu 112.266.194, baséiert op NCBI bauen 36 /hg18 Versioun) deckt engem Deel vun den APC VerfÜgung Gentherapie a SRP19 VerfÜgung Gentherapie um vir DNA staarkt an der REEP5 VerfÜgung Gentherapie am Géigendeel DNA staarkt. Baséiert op der Partie CGH Daten aus 50 gesond franséisch Männer, goufen d'Frequenz vun gewannen a Verloscht vun Kopien op dëser Regioun 2% an 2%, respektiv [25]. Literatur weist sechs Projet'en am alternativ-spliced ​​Regioun vun Exon 9 vun de APC VerfÜgung Gentherapie mat FAP verbonne ginn [26] an Colon Kriibs [27], mee keen huet par rapport zu GC gemellt ginn.
APC VerfÜgung Gentherapie, respektiv, een ewell fir d' SRP19 VerfÜgung Gentherapie>

hutt Mir zwee Nopeschlänner Ämter intron8 an exon9 vun der interrogating, an een ewell fir d' REEP5
Gentherapie z'entdecken war d'Kopie Zuel vun dëser CNV hierkommen RPPH1 VerfÜgung als Referenz Gentherapie benotzt. Dës Ämter sinn kommerziell sinn aus TaqMan (Obwuel Biosystems INC (Abi), CA, USA) an hir detailléiert Informatiounen iwwert genomes (bauen 36 /hg18) ass an Table S2 am Fichier S1 an Dorënner S1 am Fichier S1 gewisen. VerfÜgung

Frankräich DNA Virbereedung an real-Zäit Hinnen alleguer fir Kopie Zuel erkennen VerfÜgung

DNA Isolatioun war mat kommerziell sinn DNA Isolatioun Trikoten (QIAamp DNA Mini Kit, QIAGEN, Hamburg, Däitschland) gesuergt. RNase A (QIAGEN) war benotzt Single-staarkt fir d'Isolatioun vun RNS-gratis DNA RNS zu erbléckt. Frankräich DNA war vun Randerscheinung Blutt leukocytes ofgebaut. DNA war éischt duerch UV Tellur (Beckman DU 640 Spectrophotometer; Beckman Coulter, Brea, CA, USA) laachen an dann vun Real-Time Hinnen alleguer Kick. DNA Konzentratioune waren zu 10 Dummeldéng /μl virun genotyping ugepasst. Real-Time Hinnen alleguer war mat der Taqman Ämter an eng Abi 7900HT Real-Time Hinnen alleguer Instrument (Abi) gesuergt. Kommerziell sinn FAM Hoerfaarw-Label Ämter entworf goufen d' APC VerfÜgung, SRP19 VerfÜgung a REEP5 VerfÜgung zu Meenungsfreiheet nennt. VIC Hoerfaarw-Label ribonuclease P RNS Komponent H1 (RPPH1) VerfÜgung war den endogenous Kontroll benotzt well RPPH1 VerfÜgung huet genee zwee Exemplare pro behënnerte Mënsch Nepgen, déi op chromosome 14q11.2 etabléiert ass [ ,,,0],28]. Primers an Ämter goufen aus Frankräich Haaptrei entworf (bauen 36 /hg18) d'Abi propriétaire Software benotzen. D'TaqMan Kopie Zuel assay enthale 1 μl APC, SRP19 oder REEP5 VerfÜgung Studiebäihëllefe (20x, FAM Fortgeschratten), 1 μl RPPH1 VerfÜgung Studiebäihëllefe Mëschung (20x, VIC Fortgeschratten), 10 μl TaqMan Universal Hinnen alleguer Master Mix (2x), 1,5 μl Frankräich DNA an 6.5 μl vum Waasser. D'amplification Protokoll fir d'Reaktioun benotzt ass 95 ° C fir 10 min, gefollegt vun 95 ° C fir 15 sec a 60 ° C fir 1 min fir 40 zouféieren. A manuell loung Zyklus loung (Kosovo) vun 0,2 an engem automateschen baseline sech benotzt de Skelett Quantitéit vun Zil- Genen an RPPH1 VerfÜgung Gentherapie vun engem Zwergstär erkennen System Software (Abi, Versioun 2.4) ze entdecken. Fir all Prouf, véier Ämter ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, VerfÜgung a REEP5 VerfÜgung) sech mat eng intern Kontroll gesuergt. D'Zil Ämter an intern Kontroll huet gläichzäiteg och iwwerlaascht an all Reaktioun war zu quadruplicates gesuergt. CopyCaller Software (Abi, Versioun 1.0) war fréier d'ganz Kopie Zuel vun all op der real-Zäit Hinnen alleguer Donnéeë baséieren Studiebäihëllefe ze berechnen. Mir berechent der heeschen an Liewesniveau deviation (Fils) vun quadruplicates vun ΔCt fir all Thema. Ze fir Daten Qualitéitskontroll, war d'Daten Filter dräi Schrëtt benotzt. Nëmmen d'Themen déi all dräi Schrëtt vun Donnéeën Qualitéitskontroll gestëmmt goufen an der nächster Analyse benotzt. VerfÜgung

Copy Zuel Qualitéitskontroll VerfÜgung

Fir Qualitéitskontroll vun den Daten, déi Kopie Zuel vun all Studiebäihëllefe vu real hut Hinnen alleguer war vun dräi Schrëtt Filter. An den éischte Schrëtt, d'Donnéeën vun eenzelne real-Zäit Hinnen alleguer leeft goufen iwwerpréift. D'Kriteren war fir ausser fir Analyse applizéiert: 1) VIC CT > 32, eventuell wéinst engem Echec d'intern RPPH1 VerfÜgung Signal, 2) all Studiebäihëllefe mat ΔCt > fir Meenungsfreiheet nennt; 4,0 oder 3) FAM CT > 40 . Daten, déi mat dësen zwee Critèrë virgeschloen, den Echec vun amplification vun Zil- Ämter kennegeléiert, an dofir huet d'Donnéeë wéi unreliable considéréiert. Nom éischte Schrëtt, berechent mir d'mengen ΔCt fir all Etude Sujet. VerfÜgung

Déi zweet Etapp der sou vill Senn maan vun mengen ΔCt mat ± 3 SDs als cutoffs vir war. Nom éischten an zweete Schrëtt, war d'Kopie Zuel vun all Studiebäihëllefe fir all eenzelne vun de Formel 2 -ΔΔCt × 2 berechent. An anere Wierder, kann d'Kopie Zuel net eng ganz gin. mat automatesch maximal Chancen Analyse Method, baséiert op der Wahrscheinlechkeet Dicht Verdeelung ganze all Echantillon Tatsaach datt d'Kopie Zuel ass theoretesch eng ganz, duerno mir weider de Richtlinnen vun CopyCaller Software déi ganz vun all Kopie Nummer ze schätzen. VerfÜgung

Endlech , no der Verdeelung vun de ganz Kopie Zuel, e standardiséierte z stoung an d'Vertraue Wäert huet berechent. Eng méi héich absolute Wäert fir de standardiséierte z stoung an engem manner Vertrauen Wäert implizit grouss Variant. Wéi déi vun de Benotzer an d'Richtlinne vun CopyCaller Software proposéiert (Abi, Versioun 1.0), ass déi drëtt Etapp fir Daten Qualitéitskontroll all Echantillon vir, datt mat zwee vun de folgende Kriterien erfëllt: 1) de absolute Wäert vun der Z stoung > 2,65 an 2) d'Vertrauen Wäert &Si besteet; 0,9. Nëmmen d'Participanten, déi all dräi Schrëtt vun den Donnéeën Qualitéitskontroll gestëmmt goufen an der nächster Analyse benotzt. VerfÜgung

statistique Analys VerfÜgung

Well nëmmen e puer vun de Participanten haten eng Kopie Zuel vu méi wéi 3 oder manner wéi een, huet sech d'Kopie Zuel an dräi Gruppen (≤1, = 2, oder ≥3) kategoriséiert. Fir fir d'Associatioun tëscht der Kategorie vun Kopie Zuel fir all ewell an Krankheet Status Test, déi mir Logistikzenter Réckgang mat Ännerung vum Alter a Geschlecht. Chance nennen (Örs) an hir 95% Vertraue Intervalle (Direktiven ugeet) waren berechent. Mir sinn och der concordance Taux vun Kopie Zuel Kategorie ganze véier Ämter berechent. D'Cochran-Armitage Trend Test war fréier d'linear Relatioun tëscht der Kopie Zuel vun Zil Ämter an GC Risiko ze fannen. Student d't a Mann-Whitney U sech (wann net normalerweis verdeelt) benotzt d'Kopie Zuel vun all Studiebäihëllefe tëscht GC Patienten a gesond Kontrollen ze vergläichen. A zwee-tailed p Wäert &Si besteet; 0,05 war statistesch relevant considéréiert. Statistique analyséiert goufen duerch JMP Software Versioun 9.0 (SAS Institut Galaxy NC, USA) gesuergt. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Sécuritéit Sujeten VerfÜgung

All 110 GC Patienten an 325 Kontroll Sujeten déi Kopie Zuel Informatioune fir 5q22 op d'mannst ee vun de véier Ämter op. D'Verdeelung vun Kopie Zuel Wäerter fir all ewell an Dorënner 1. GC Patienten gewise gëtt sech vill méi al wéi déi gesond Kontrollen (Alter; mengen ± Fils: GC Patienten = 66,5 ± 13,8, Kontrolle = 62,5 ± 9,7; p = 0.001). Men virgesin fir e groussen Undeel (61.8%) vun GC Patienten, mä si sech aus just 46,4% vun de gesond Kontrollen (p = 0.005). Ënnert de GC Patienten, déi 55 H. pylori VerfÜgung Wonn, 28 goufen vun H net infizéiert. pylori, VerfÜgung an 27 hu keng esou Informatiounen. 37 vun GC Patienten hu histologic Lauren d'Klassifikatioun (19 diffusen, 16 intestinal, an 2 gemëscht bestemmt); 34 hat dat Schouljoër (3 gutt-ënnerscheet, 9 mëttelméisseg-ënnerscheet an 22 Pro-ënnerscheet); 45 haten AJCC entholl Etapp (12. Etapp ech, 7. Etapp II, 13. Etapp III, an 13. Etapp IV). VerfÜgung

Association tëscht CNV an gastric Kriibs VerfÜgung

Wéi erwaart, déi meescht vun de Mataarbechter an der Etude no 2 Exemplairen vun der Emgéigend CNV Segment: rangéiert vun 78,2 op 92,6% ënner dem 4 Ämter an der Kontrollen a vun 87,3 op 93,6% vun de GC Patienten. D'concordant Tarif fir d'Kopie Zuel ganze 4 Ämter gounge vun 80,5 op 93,1% (Table S3 an Fichier S1). Dës Copie Zuel war dacks Variabel an engem erweiderten Regioun vun bekannt funktionell APC VerfÜgung a SRP19 VerfÜgung. Dofir, kéint de Variatioune Kont fir d'Distanz Längt a funktionell Variatiounen (Table S3 an Fichier S1). Fir de Studiebäihëllefe vun APC-exon9 VerfÜgung, 9,1% vun de GC Patienten goung Zuel Kategorie 3 hierkommen 17,5% vun de Kontrollen an der Kategorie waren 3 (ODER = 0,48, 95% CI kopéieren: 0.22-0.93; Brutto p = 0,04, Alter /Sex-seng p = 0,07, Table 1). Den Zerfall, waren manner GC Patienten zu Kategorie 3 Verglach zu der Kontroll Sujete fir déi aner dräi Ämter, mä d'Ënnerscheeder waren net wichteg (Table 1). Doriwwer eraus, eng Dose-ofhängeg Relatioun war tëscht GC an der Kopie Zuel vun de Studiebäihëllefe fir APC-exon9 VerfÜgung (Table 1) observéiert. Dëst beinhalt, datt d'Kontrollen vun engem Undeel vun falschen vun Kopie Nummeren wéi Fäll mat engem Trend p Wäert vun 0.026 (Alter /Geschlecht seng p = 0,067 fir den Trend Test) ze hunn Lien. VerfÜgung

Well sech d'Kopie Zuel geschate aus der Hinnen alleguer Donnéeën real-Zäit, war d'original Kopie Zuel net eng ganz an net normalerweis verdeelt. Dofir, Test mir och der nonparametric Associatioun tëscht der Net-ganz Daten op d'Kopie Zuel an d'Krankheet Status. D'medians an interquartile laut (IQRs) vun der Kopie Zuel vun all Studiebäihëllefe ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, VerfÜgung a REEP5 VerfÜgung) waren tëscht GC Patienten a gesond Kontrollen am Verglach ( Table 1). Ähnlech fir d'Resultater vun de ganz Kopie Zuel, déi de GC Patienten engem wesentlech méi Kopie Zuel Verglach zu den Kontrollen fir den APC-exon9 VerfÜgung (Brutto p fir t Test = 0,006, Brutto p fir Mann-Whitney U Test = 0,013, Geschlecht /Alter-seng p = 0.026) an SRP19 VerfÜgung (Brutto p fir t Test = 0,0004, Brutto p fir Mann-Whitney U Test = 0,017, Geschlecht /Alter-seng p = 0.002) Ämter (Dorënner 1B an Dorënner 1c). Et war kee groussen Ënnerscheed fir déi aner zwee CNV Ämter ( APC-intron8 VerfÜgung a REEP5 VerfÜgung) (Dorënner 1A an Dorënner 1D). Weider Analyse vun der kennenzeléieren tëscht Kopie Zuel an GC Medeziner agebousst Klassifikatiounen duerchzeféieren, huet de Resultater, déi keng bedeitend Kopie Zuel Differenz bei Exon-9 vun APC VerfÜgung Gentherapie egal histological, dat hierer oder TNM Etapp, déi fir kënnen duerch klengen Echantillonen (Table 2). VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Dës Etude 4 Ämter benotzt der Associatioun tëscht Kopie Zuel Variant um chromosome 5q22 an GC ze ermëttelen. Dës Regioun ëmfaassen dräi Genen: den 3 'Enn vun der APC VerfÜgung Gentherapie, de ganze SRP19 VerfÜgung Gentherapie, an déi 3' vun der REEP5 VerfÜgung Gentherapie. Fir de Studiebäihëllefe vun APC-exon9 VerfÜgung, der Kontroll haten héich Kopie Zuel Wäerter wéi de GC Patienten an all dräi Analysë (i.e., Kopie Zuel Kategorie, Trend Test, an Net-ganz Kopie Nummer). D'Studiebäihëllefe vun SRP19 VerfÜgung och eng wiesentlech méi héich Kopie Zuel haten (baséiert op Kopie Zuel Kategorie an Net-ganz Analysë) am Kontrollen wéi am GC Patienten. Fir d' APC-intron8 VerfÜgung a REEP5 VerfÜgung Ämter, goufen d'Kopie Zuel Wäerter net vill anescht tëscht GC Patienten an der Kontroll Grupp an all vun den dräi analyséiert. D'Resultater vun dëser Etude weisen, datt e reduzéierten Kopie Zuel an der Regioun vun dësem CNV kann mat engem héichen Risiko vun gastric Kriibs verbonne ginn. VerfÜgung

D' APC VerfÜgung Gentherapie 15 exons wouvun bei chromosome etabléiert ass 5q21-22. Déi meescht kennen vun der APC VerfÜgung Gentherapie sech zu Exon 15 an FAP Patienten [26] an GC Patienten [29] observéiert. Sechs Projet'en am alternativ-spliced ​​Regioun vun Exon 9 hunn dokumentéiert gouf mat FAP gin verbonne [26] an Colon Kriibs [27], mä dëse kennen hun net gemellt gi mam GC gin assoziéiert. Dës Etude ass d'éischt d'Associatioun tëscht der Kopie Zuel op APC-exon9 VerfÜgung an GC zu Rapport. Eng méiglech Wnt /β catenin /Tcf sécher transduction Passerelle mat APC assoziéiert gouf fir GC [30] gemellt. Eng Haaptsuerg Funktioun vun APC ass geduecht gratis β catenin a sou Verloscht vun APC Funktioun ze regléieren an der Onstabilitéit vun β catenin komplex an der bewosst Heefung vun β catenin Resultat kann. Beim br zu Keimzell, déngt β catenin als activator vun T Zell Faktor-ofhängeg Transkriptiouns, Spëtzekandidat fir eng fräi Meenungsäusserung vun e puer spezifesch Zil- Genen datt an der Optriede vun gastric lesions Équipe kann aus chronescher gastritis rangéiert, gastric atrophy, intestinal metaplasia , dysplasia bis endlech gastric adenocarcinoma [31]. VerfÜgung

d'CGH Plattform fir Kriibs Studien oft benotzt gouf, an d'Ämter vun dëser Plattform oft Cover engem DNA Regioun vu méi wéi 1 kB DNA Regioun. Also, ass d'CGH Approche vun heiheem CNV Segmenter limitéiert wéi d'Ännerungen sinn manner wéi 1 KB. An dëser Etude, déi mir spezifesch TaqMan Ämter gekennzeechent duerch verschidden reporter fluorophores (VIC an FAM) an engem eenzege Reaktioun. Dës Approche erlaabt eis eng méi dezent DNA änneren ze entdecken. Hinnen alleguer amplification fir all getest Studiebäihëllefe baséiert op Abi TaqMan gewiescht bal 100% efficace [32] ginn évaluéiert. Viru Kuerzem, huet dës Method fir aner Krankheeten oft benotzt ginn, wéi Alter-Zesummenhang macular hiren an allergescher Asthma [33], [34]. Ier Kopie Zuel genotyping, eis Frankräich DNA Konzentratioune sech rigoréis zum laachen a kontrolléiert mat zwee onofhängegen Methoden: UV absorbance (rationalen Verhältnis Gamme vun sel 260/280: 1,8 ± 0,2) an Hinnen alleguer amplification vun RPPH1 VerfÜgung (rationalen CT Rei vum VIC: 25-27). Amplification vun RPPH1 VerfÜgung war gläichzäiteg och de Studiebäihëllefe ze schützen géint kënschtlech Variatiounen (wéi Differenzen an DNA Luede oder fehlerhafter Detectioun vum automatesch genotype) gesuergt. Dofir, kann eiser Method fir grouss characterization vun der fragmental CNV verléisslech gin considéréiert. Baséiert op der viregter CGH Experimenter, hunn Studie confirméiert, dass 2% vun Verloscht Exemplairen an 2% vun de falschen Kopien am 5q22 an gesond franséisch Männer [25]. Mir benotzt TaqMan Ämter, déi eng méi héich Opléisung hunn eng kleng Regioun vun Kopie Zuel Variant ze entdecken, an fonnt dass den Prozentsaz vun Verloscht Exemplairen an der 4 Ämter vun 0 bis 2,7% gounge vun der gesond kaderaccord. Mä, e groussen Undeel vun de falschen Exemplare rangéiert vun 2,7% ( REEP5 VerfÜgung) zu 14,1% ( APC-exon9 VerfÜgung), huet sech am gesonde Männer observéiert. Ähnlech fir d'Daten fir männlech Participanten, déi meescht vun hinnen Kopië vun APC-exon9 VerfÜgung war och héich fir weiblech Participanten (20.2% vun de falschen Kopien). Mä aner Etude déi japanesch Populatioun enquêtéiert Rapport och e groussen Undeel (20.6%) vun gewannen Kopie Zuel um 5Q wou eis propagéieren CNV etabléiert ass [9]. VerfÜgung

Wéi erwaart, déi matmaachen, déi 2 Exemplairen vum CNV Segment ënnert de véier Ämter an all Themen. Nëmmen war en 80% concordant Taux tëschent Kopie Zuelen observéiert gemooss vun der APC-exon9 VerfÜgung Studiebäihëllefe an der SRP19 VerfÜgung Studiebäihëllefe (Table S3 an Fichier S1). Dat ass eigentlech de niddregsten concordance Taux vun all de pairwise Tariffer tëscht der Ämter, trotzdem, sech souwuel Ämter vill mat GC assoziéiert. Et ass méiglech, datt Variant 7468 net eng kontinuéierlech CNV ass, mä et ass an eleng dofir well et bestëmmt gouf mat vill CGH, eng Technik mat engem nidderegen Resolutioun wéi déi sinn haut (dh, dat vun e puer kuerz Regioune mat Variabel Kopie Zuelen aus kéint) . Dofir, kéinten d'Variabel Linne vun der Gentherapie gemaach ginn erof vun APC-exon9 zu SRP19 VerfÜgung. Souwäit d'virun APC-exon9 VerfÜgung besuergt ass, ob aner ofwiesselnd Regioune mat GC verbonne existéieren verlaangt weider Weltraum. An dëser Etude, goufen et keng grouss Ënnerscheeder zu Kopie Nummeren tëscht GC Patienten a Kontrollen am APC-intron8 VerfÜgung an souguer APC-intron7 VerfÜgung (Donnéeën net gewisen). VerfÜgung

wéi ass de Fall mat de meeschte Fuerschung Efforten, eiser Etude hu Aschränkungen. D'Prouf Gréisst vun dëser Etude benotzt vläicht net genuch gewiescht engem CNV mat engem klengen Effekt ze entdecken. Doriwwer eraus, hunn mir limitéiert Informatiounen iwwert Klinik agebousst Charakteristiken (wéi H. Pylori VerfÜgung Wonn, histologic Schouljoer, dat Schouljoer an entholl Etapp zécken schwéier fir lafend Interaktioun vun CNV an dëse Parameteren. Méi Sujete waren waren ze confirméieren dësem Resultat an d'Zukunft. an Conclusioun, Verloschter vun engem CNV um 5q22 (Variant 7468), virun allem an der DNA Regioun ronderëm APC-Exon 9, kënnt mat engem héichen Risiko vun gastric Kriibs. a Verloscht vun dësem CNV verbonne kann déngen als e Roman uweist héich-Risiko Persounen. Trotzdem ze identifizéieren, e grousse association-Etude hëllt ass den Notze vun dëser uweist an den detailléierte Mechanismus ze confirméieren bleift Keess ze ginn. VerfÜgung

Informatiounen Ennerstëtzung VerfÜgung S1 Fichier.
kombinéiert Ennerstëtzung Informatiounen Fichier. Table S1 am Fichier S1. genetesch Anomalie um chromosome 5q22 am GC Studien. Table S2 am Fichier S1. Information vu véier Ämter um chromosome 5q22 an intern Studiebäihëllefe um chromosome 14q11. Table S3 an Fichier S1. D'concordance vun Kopie Nummer tëschent all bascht Studiebäihëllefe (110 GC Patienten an 325 gesond Kontrollen). Figur S1 am Fichier S1. D'Platz vun de véier Ämter um CNV mat APC /SRP19 /REEP5 VerfÜgung Genen VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0106624.s001 VerfÜgung (DOCX) VerfÜgung

• PLOS NËMMEN:. Surgical Resultater an Prognostic duerstellt T4 Gastric Cancer kennen ouni fernen Metastasis
• PLOS NËMMEN: Heat Wahlen Protein 60 Overexpression Ass Associéierten mat der zerstéiert an hätt am Gastric Cancer