PLOS NËMMEN: High-duerch dat Sequencing an Copy Number Variant Detektioun Ausschöpfung Formalin Festuschloss Agebauten Ray zu Metastatic Gastric Cancer

Wat VerfÜgung

An der Ära vun geziilte Therapie, stattfannen profiling vu Kriibs ass eng wichteg Aspekt therapeutesch Decisioune vun bruecht. Fir Kriibs bei engem molekulare Niveau, den Asaz vun formalin-fix paraffin-Ënnerbewosstsinn Otemschwieregkeeten ass wichteg Markenzeeche. Mir getest den Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel V2 an nCounter Copy Number Variant Assay zu 89 formalin-fix gastric Kriibs Echantillon paraffin-Ënnerbewosstsinn fir festzestellen, ob se am Archivmaterial Medeziner Echantillon fir personaliséiert geziilte Therapien applicabel sinn. Mir validéiert d'Resultater mat den Jimbo sequencing, real-Zäit grouss Hinnen alleguer, fluorescence zu situ hybridization an immunohistochemistry. Dacks fonnt somatic kennen abegraff TP53 VerfÜgung (28.17%), APC VerfÜgung (10,1%), PIK3CA VerfÜgung (5,6%), KRAS VerfÜgung (4.5 %), SMO VerfÜgung (3,4%), STK11 VerfÜgung (3,4%), CDKN2A VerfÜgung (3,4%) an SMAD4 VerfÜgung (3,4%) . Amplifications vun HER2 VerfÜgung, CCNE1 VerfÜgung, MYC VerfÜgung, KRAS VerfÜgung a Genen VerfÜgung EGFR sech zu 8 (8.9%) observéiert , 4 (4.5%), 2 (2,2%), 1 (1,1%) an 1 (1,1%) Fäll, bzw.. An de Fäll mat amplification, fluorescence zu situ hybridization fir HER2 VerfÜgung ubelaangt Gentherapie amplification an immunohistochemistry fir HER2, EGFR an CCNE1 ubelaangt der overexpression vu Proteinen am entholl Zellen. Zu der Konklusioun, mir semiconductor-baséiert sequencing an nCounter Kopie Zuel Variant Analysë vun formalin-fix paraffin-Ënnerbewosstsinn gastric Kriibs Echantillon erfollegräich gesuergt. High-duerch dat Schädel an Archivmaterial Medeziner Echantillon erméiglecht méi séier, méi genee a Käschten-efficace ze erkennen Hotspot kennen oder amplification zu Genen VerfÜgung

Fro:. Kim S, Lee J, Hong ME, Do IG, Kang Sy, Ha Sy, et al. (2014) High-duerch dat Sequencing an Copy Number Variant Detektioun Ausschöpfung Formalin Festuschloss Agebauten Ray zu Metastatic Gastric Cancer. PLoS NËMMEN 9 (11): e111693. Doi: 10.1371 /journal.pone.0111693 VerfÜgung

Redakter: Hiromu Suzuki, Sapporo Medical University, Japan VerfÜgung

Arnaque: 28. Abrëll 2014; Akzeptéiert: 29. September 2014; Publizéiert: November 5, 2014 VerfÜgung

Copyright: © 2014 Kim et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Data Disponibilitéit:. D' Auteuren confirméieren datt all Daten d'Conclusiounen si voll sinn ouni Restriktioun Basisdaten. All Daten sinn bannent de Pabeier a seng Ennerstëtzung Informatiounen Fichieren VerfÜgung

Funding:. Dës Etude vun enger Bevëlkerung vun de Korea Gesondheetswiesen Technology R &ënnerstëtzt war; D Project, Ministère fir Gesondheet & Wuel Aussebezéiungen, Republik Korea (A101130) an engem Samsung Biomedical Research Institut heimat (# SBRI-SP1B20112). Dës Etude huet och vun engem Samsung Medical Center intramural Subventiounen ënnerstëtzt, 20 x 20 Project (# GFO1140111). Co-Auteuren Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, A-Gu Do, also Young Kang, Sang Yun Ha, Seung Tae Kim, Se Hoon Park, Won Ki Kang, Min-Gew Choi, Jun Ho Lee, Tae gesongen Sohn , Jae Moon Bae, gesongen Kim an Kyoung-Mee Kim sinn duerch Samsung Medical Center agestallt. Co-Auteur duk-Hwan Kim ass vum Samsung Biomedical Research Institut geschafft. Samsung Biomedical Research Institut a Samsung Medical Center gëtt Ënnerstëtzung an der Form vun de Salairen fir Auteuren Seokhwi Kim, JL, Bah, IGD, SYK, SYH, STK, SHP, WKK, MGC, JHL, TSS, JMB, gesongen Kim, KMK an DHK , mä an der Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse hu keng zousätzlech Roll, Décisiounen ze publizéieren, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft rauszesichen. Déi spezifesch Roll vun dësen Auteuren sinn am "Auteur Contributiounen 'Sektioun bezéie VerfÜgung

Wettsträit Interessen:. D'Auteuren hu folgend Interessen: Dës Etude gouf am Kader vun Samsung Biomedical Research Institut a Samsung Medical Center finanzéiert. Co-Auteuren Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, A-Gu Do, also Young Kang, Sang Yun Ha, Seung Tae Kim, Se Hoon Park, Won Ki Kang, Min-Gew Choi, Jun Ho Lee, Tae gesongen Sohn , Jae Moon Bae, gesongen Kim an Kyoung-Mee Kim sinn duerch Samsung Medical Center agestallt. Co-Auteur duk-Hwan Kim ass vum Samsung Biomedical Research Institut geschafft. Et gi keng Patenter, Produiten an Entwécklung oder vermaart Produiten ze erklären. Dëst heescht net de onvergläichleche 'Auteuren ofzeänneren un all déi Politiken PLOS NËMMEN op sharing Daten a Material. VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Iwwerdeems gastric Kriibs d'véiert stäerkste gemeinsam Kriibs an der Welt ass, dat ass déi zweet Virwaat Doudesursaach. [1] Seng Heefegkeet ass an asiatesch Länner vill méi héich, dorënner Korea, wou et déi zweet Équipe gemeinsam Kriibs ass. [2] Viru Kuerzem, e puer cibléiert therapeutics fir gastric Kriibs entdeckt goufen, déi fir Dokteren zousätzlech Méiglechkeeten bidden an Patienten [3] - [5] VerfÜgung

An der Ära vun geziilte Therapie, stattfannen profiling vun der causative Kriibs. ass fir therapeutesch Décisiounen entscheedende. Versich Projet'en ze Profil gewiescht benotzt traditionell Sanger sequencing gemaach; awer, et ass net eng optimal Method an Medeziner Astellungen wéinst de Käschten, Zäit an Aarbechtsmaart verlaangt. Desweideren, verlaangt Sanger sequencing substantiell Montanten vun DNA; kleng Quantitéiten vun specimen fir e puer Genen gläichzäiteg Evaluéieren ass net méiglech. Aféierung vun nächst Generatioun sequencing (NGS) Methoden geléist dësem Problem vun multiplex, héich-duerch dat sequencing vu ville Echantillon fir Multiple Genen gläichzäiteg. [6], [7] Eng vun de NGS Quaien, setzt den Ion ofgefälschte AmpliSeq Cancer Panel, op Net-opteschen Detectioun vum Waasserstoff Protonen zu engem semiconductor Apparat, [8] an ass gebass 2.855 oncogenic kennen an 50 Toast mutated Genen ze entdecken (Table S1). Et ass ausféieren ze aner Mass Spektroskopie-baséiert sequencing Methoden, sequencing déi Resultater méi schnell a manner Käschten. [8] Et ass zou an paraffin-Ënnerbewosstsinn (FFPE) Otemschwieregkeeten uplanzen mat klenge Quantitéiten vun DNA formalin-fix. Well et héich Empfindlechkeet vun Duerchmusterung bekannt oncogenic kennen garantéiert, [9], [10] déi Ion ofgefälschte AmpliSeq Cancer Panel ass d'Wiel vun 5 grousse Kriibs Zentren vun de Vereenegte Staate fir molekulare Diagnos an cibléiert Therapie [11]. VerfÜgung

Amplification vun oncogenes ass e wichtegen Mechanismus fir Gentherapie overexpression an dréit zu entholl Entwécklung. [12] complétéieren och amplification vun HER2 VerfÜgung, begéint VerfÜgung, FGFR2 VerfÜgung a KRAS VerfÜgung Genen vun gastric Cancers. [13], [14] An der Detektioun vun Kopie Zuel Variatiounen (CNVs) zu Medeziner Echantillonen, fluorescence zu situ hybridization (FISH) an /oder immunohistochemistry (IHC) oft benotzt gouf. Allerdéngs, héich Käschten a klengen Echantillonen vun Fro Material Limitéiert d 'Uwendung vun dëse Methoden, an et ass nach e brauch fir weider héich-duerch dat Technologie mat einfach zougänglech, héich Empfindlechkeet a héich Käschten. nCounter CNV CodeSets (Nanostring Technologien, Life Sciences, Seattle, jeeweils) déi bescht Genauegkeet an reproducibility fir Etuden vun alle Gréissten a produzéiere besser, méi schnell Resultater mat méi manner Effort wéi mat real-Zäit grouss polymerase Kette Reaktioun (qPCR) oder CNV flamenden Ofgrond [ ,,,0],15]. VerfÜgung

Besser-Eenzelnen Kriibs Behandlung kënnen Patient Resultat verbesseren. Patient entholl Echantillon gëtt fir néideg ginn Kriibs bei engem molekulare Niveau ze Markenzeeche an d'Krankheet subgroups identifizéieren dass verschidden Traitementer kréien sollen. D'Benotzung vun FFPE Otemschwieregkeeten ass wichteg fir esou Etuden Meldunge. [16] mir AmpliSeq an nCounter Mooss CNV Brieder zu FFPE gastric Kriibs Echantillon Hei getest fir festzestellen, ob se am Archivmaterial Medeziner Echantillon fir personaliséiert geziilte Therapien applicabel sinn. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Echantillon

entholl Zell Prozentsaz mat méi wéi 75% ënnert microscopy vu 4 mm unstained Sektiounen am Vergläich mat engem H &Leschten goufen; e grousst Rutsch, a Frankräich DNA huet mat enger QIAGEN DNA FFPE Ray Kit (QIAGEN, Hilden, Däitschland) ofgebaut laut der Uweisungen d'Hiersteller vun 96 Patiente mat fortgeschratt gastric Kriibs. No erauszéien, gemooss mir Konzentratioun souwéi 260/280 an 260/230 nm Verhältnis vun spectrophotometer (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Wëssenschaftlech, MA, USA). All Prouf war duerno mat der Qubit fluorometer (Life Technologies, Karlsbad California) laachen. Frankräich DNA mat > 10 vun Qubit fluorometer gemooss NG war bis Bibliothéik Virbereedung ënnerworf a siwen Echantillon gescheitert Bibliothéiken ze bauen an huet sech aus dëser Etude ausgeschloss. Endlech, goufen 89 Fäll endlech analyséiert an dorënner 31 weiblech an 58 männlech Patienten. Table 1 Lëschte de Medeziner an pathologic Charakteristike vun de Patienten an dëser Etude. Terrain oder Metastasen mat Steiren Suivi Period vun 76 Méint vun 11 Patiente entwéckelt (Rei 5.5-149.3). D'Etude gouf vun der institutioneller review Board (IRB) um Samsung Medical Center guttgeheescht. All Medeziner Enquête gouf no de Prinzipie vun der Deklaratioun vun Helsinki ausgedréckt gehaal. D'schrëftlech informéiert Averständnes war wéinst Retrospektiv Analyse vun der IRB Veuve an anonym Donnéen. Echantillon waren als Deel vun enger Iddi medezinesch Prozedur gesammelt an sech vun den Auteure vun dëser Etude gesammelt. Echantillon vun verstuerwenen Kranken oder liewen Patienten goufen all de-identifizéiert, dorënner Entfernung vun all an all demographesch Informatiounen, virun Analyse an Awëllegung Form vun der IRB opgehuewen huet. VerfÜgung

Ion AmpliSeq Kriibs Rot V2 VerfÜgung

Mir ginn de Ion AmpliSeq Cancer Panel V2 (Ion Sturzflut schwëmmt) heefeg somatic Projet'en ze erkennen datt baséiert op Literatur review ausgewielt goufen. Et wullt 2855 kennen an 50 Toast mutated oncogenes an entholl suppressor Genen (Table S1). Éischt, 10 NG vun DNA aus jidfer vun 89 FFPE entholl Echantillon mécht Single-Rouer, multiplex Hinnen alleguer amplification den Ion AmpliSeqCancer Primer Pool an den Ion AmpliSeqKit reagents (Life Technologies) benotzt. Behandlung vun de schéine amplicons mat FuPa Reagent verdaut deelweis de primers an phosphorylated der amplicons. D'phosphorylated amplicons sech ze Ion Adapters a sidd Jonglenster. Fir barcoded Bibliothéik Virbereedung, agesprong mir barcoded adapters vum Ion Xpress Barcode- Adapters 1-96 Kit fir den Nët-barcoded adapter Mëschung vun de Kit AmpliSeq Bibliothéik Ion Pleséier. D'Jonglenster DNA mécht Nick-Iwwersetzung an amplification der linkage tëscht adapters an amplicons zu komplett a genuch Material fir matgeholl Skelett Virbereedung ze generéieren. Zwou Ronnen vun Agencourt AMPure Politik Reagent obligatoresch bei 0.6 a 1.2 kuerze Been-ze-Prouf Volumen nennen geläscht Input DNA an unincorporated primers aus der amplicons. D'Finale Bibliothéik Molekülle sech 125~300 BP zu Gréisst. Mir transferéiert dann de Bibliothéiken an der Ion OneTouch System fir automatiséiert Skelett Virbereedung. Sequencing war op der Ion Name sequencer standing laut den Hiersteller d'Uweisungen. Mir benotzt IonTorrent Software fir automatiséiert Donnéeën Analyse. VerfÜgung

d'Sensibilitéit an Spezifizitéit vun der Ion AmpliSeq Kriibs octroyéiert ze moossen, ganz exome sequencing Resultater aus 4 gastric Kriibs Echantillon mat bekannt stattfannen Status benotzt sech [17]. VerfÜgung

nCounter Copy Number Variant CodeSets VerfÜgung

fir ze erkennen CNV, nCounter Copy Number Variant CodeSets sech mat 300 NG sidd Frankräich DNA aus 2-3 Rubriken vun 4-μm-décke FFPE Vertrieder entholl Bleck benotzt QIAamp ofgebaut ginn DNA FFPE Ray Kit (QIAGEN, Hilden, Däitschland). DNA war via AluI unzereegen fragmentaresch a bei 95 ° C denatured. Fragmentaresch DNA war an der nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) bei 65 ° C fir 18 Stonne mat der codeset vun 86 Genen hybridized a verschafft no den Hiersteller d'Uweisungen. D'nCounter Digital Organer gezielt an tabulated de Signaler vun reporter Ämter an der Moyenne Grof Zuelen vun > 3 goufen duerch IHC, Fësch oder real-Zäit Hinnen alleguer genannt a confirméiert VerfÜgung

IHC fir HER2, EGFR (HER1) an CCNE1. VerfÜgung

fir Confirmatioun vun CNV Resultater aus nCounter kritt, standing mir IHC fir HER2 an all Fäll, an EGFR an CCNE1 zu ausgewielt Fäll. No deparaffinization an abordablel, 4 mm Rubriken op silane-Beschichtete drënner waren fir HER2 immunostained. D'HercepTest (Dako, Glostrup, Dänemark) war no de Richtlinne d'Produktioun benotzt wéi virdru beschriwwen. [18] Fir EGFR benotzt mir anti-NCL-L-EGFR-384 Maus monoclonal Primärschoul antibody (1:100 dilution; Novocastra /Vision Biosystems, Newcastle, UK) an fir CCNE1 mir benotzt anti-CCNE1 /Cyclin E1 Antibody (Copie HE12; 1:200 dilution; Thermo Fisher wëssenschaftlech, MA). D'XT Ventana Ulass automatiséiert Rutsch-Veraarbechtung System gouf no de Produzent vum Protokoll benotzt. En Expert pathologist (KMK) bewäert d'Resultater VerfÜgung

FISH fir HER2 VerfÜgung

FISH war DNA-spezifesch Ämter aus PathVision ™ (Abbott /Vysis mat duebel-Faarf gesuergt:. LSI HER2 SpectrumOrange ™ an CEP 17 SpectrumGreen ™) wéi virdrun zu Fäll mat equivocal HER2 overexpression beschriwwen. [19] Mir gezielt der hybridization Signaler vun 20 Käre pro Prouf ennert engem unisse microscope (König Axioskop) benotzt filter baut vun Vysis (DAPI /Spektrum Orange duebel bandpass, DAPI /Spektrum Green duebel bandpass) recommandéieren. All phpNuke Käre sech ausgeschloss, an nëmmen Käre mat engem z'ënnerscheedde nuklear Grenz sech bewäert. HER2 VerfÜgung Gentherapie Implikatioune war als wann der FISH Signal Verhältnis vun HER2 /CEP17 VerfÜgung war grouss-oder-selwecht ze 2.0 [20]. VerfÜgung

Real-Zäit Hinnen alleguer fir KRAS an erfëllt amplification VerfÜgung

Mir DNAs aus FFPE gastric carcinoma entholl Stoffer kritt benotzt. D'Reaktioun Mëschung aus 2 UL Frankräich DNA Skelett, 10 UL vun Taqman universal Hinnen alleguer Meeschtesch Mëschung (Obwuel Biosystems INC, Foster City, CA) an 0,2 UM vun all primer. Fir genee ze erkennen CN hire Restaurant, analyséiert mir dräi verschidde Regioune vun der KRAS VerfÜgung Gentherapie: eng Regioun am intron 1 (TaqMan Copy Number Assay Hs06943812_cn), enger Regioun intron 2 (Hs002534878_cn), an enger Regioun Exon 6 (Hs02739788_cn). . Fir begéint VerfÜgung Gentherapie, mir der primers benotzt wéi virdru beschriwwen [21] VerfÜgung

Mir gemooss Kopie Zuel gewannen mat de folgenden Profil: 2 min bei 50 ° C, denaturation bei 95 ° C fir vun 40 Zykle vun 95 ° C fir 15 sec a 60 ° C fir 1 min duerno 10 min,. Mir alles relativ quantification zu quadruplicate der 7900 HT schnell real-Zäit Hinnen alleguer System benotzt. An RNaseP assay Kit (Obwuel Biosystems) huet als eng Kontroll benotzt. No amplification, importéiert mir d'Experimenter Resultater Wäerter loung-Zyklus, fir d'Kopie Zuel an Referenzmaterial assay an der CopyCaller Software (Obwuel Biosystems) fir Post-Hinnen alleguer Donnéeën Analyse mat wéi virdru beschriwwen. [22] Mir unerkannten der CN gewannen Status an d'Zuel vun KRAS VerfÜgung Exemplare baséiert op der concordance vun de Resultater vun op d'mannst zwee vun den dräi Ämter. VerfÜgung

analytesch Methoden VerfÜgung

Mir ausgeschloss all Zifferen Ännerungen no eng automatiséiert stattfannen-Vocatioun sind hi kennen ze entdecken benotzt gouf. Onbekannt rifft zu méi wéi 10 vun 89 Echantillonen sech als falsch positive erauskoum a sech ausgeschloss. Mir benotzt cutoff Wäerter vu méi wéi 6% Variant Frequenz a méi wéi X100 duerginn richteg mutational Ännerungen am Aklang mat virdrun Studien an eiser eegener Erfahrung ze entdecken. [9], [10] Filter Mir Single-Nukleotid schiefgang der manuell review vun all polymorphism am Katalog vun Somatic Projet'en am Cancer (kosmescher, http://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic) eraus ( Figur 1). Fir gutt-bekannt Genen vun gastric carcinomas mutated ( TP53 VerfÜgung, APC VerfÜgung, PIK3CA VerfÜgung, STK11 VerfÜgung, CDKN2A VerfÜgung, KRAS VerfÜgung, HRAS VerfÜgung, BRAF VerfÜgung a CTNNB1 VerfÜgung), eng manuell review vun automatiséiert Vocatioun Resultater gesuergt huet Liewer Projet'en ze verdreiwen mat liicht nidderegen Variant Frequenz. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Resultater vun den Ion AmpliSeq Kriibs Rot VerfÜgung

d'Konzentratioun vun DNAs, hir Konzentratioun fantastesch, duerchschnëttlech Some vun der Echantillonen, total Zuel vun Base, > Q20 Base, liest, mengen liesen Längt, Ëmgéigend liest, op-Zil- Tarif (%), Déift an uniform vun de Resultater mengen si zu Table S2 beschriwwen. Am Ganzen huet hie mir 8178 abezuelt Appellen aus 89 Echantillonen, dorënner 3554 rifft Net-Zifferen Ännerungen décidéiert. 6% vun Variant-allele Frequenz, &Si besteet;; onbekannt rifft, &Si besteet no Filter aus 100X duerginn an deenen zu intron Regioun, 65. Variant rifft sech ausgewielt. Ausserdeem, iwwerschafft mir de automatiséiert rifft zu bekannt Projet'en wéi BRAF VerfÜgung, KRAS VerfÜgung a PIK3CA VerfÜgung a konnt zwee Variant rifft retten, déi während de Filter ausgeschloss waren Prozesser. Drësseg-néng vun der 89. Echantillon (43.8%) harbored mannst ee stattfannen (Dorënner 1). Zwee Fäll zougedréckt 22 a 5 kennen, bzw.. De Fonds Fall harbored MLH1 VerfÜgung somatic stattfannen [missense stattfannen an Exon 20: c.1147A > G (p.M383 V)] an MLH1 VerfÜgung Promoteur hypermethylation mat MLH1 FAQ Perte vun IHC mat der virdru Methoden beschriwwen, [23] hypermutated entholl suggeréiert. Mä obschonn déi zu der fréierer Fall batter Variant Frequenz an Deckung fonnt kennen Off koum, waren déi, déi kennen net vun Sanger sequencing confirméiert, proposéiert falsch positiv an dësem Fall wéinst schlecht Qualitéit vun der DNA. Also, war dëse Fall vu leschter Analyse vun de Resultater ausgeschloss. Dacks fonnt somatic kennen abegraff TP53 VerfÜgung (24 Fäll, 27,0%), APC VerfÜgung (9 Fäll, 10,1%), PIK3CA VerfÜgung (5 Fäll, 5,6%), %), KRAS VerfÜgung (3 Fäll, 3,4%), SMO VerfÜgung (4 Fäll, 4.5%), STK11 VerfÜgung (3 Fäll, 3,4%), CDKN2A VerfÜgung (3 Fäll, 3,4%), an SMAD4 VerfÜgung (3 Fäll, 3,4%) wéi an Table 2. Table 2 och zesummegefaasst der Aminosaier Ännerungen an dacks mutated Genen gewisen. Mir identifizéiert 19 Patienten (21.3%) mat zwou oder méi eenzegaarteg an concomitant somatic kennen. VerfÜgung

An véier gastric Kriibs Echantillon mat bekannt stattfannen Ofstänn vum ganze exome sequencing sech an déi Sanger sequencing confirméiert, mir identifizéiert somatic kennen TP53 VerfÜgung, ERBB4 VerfÜgung a CTNNB1 VerfÜgung mat kee falschen-positiv Appellen an aner Genen (Table S3). VerfÜgung

Amplification vun nCounter an Confirmatioun vun IHC, FISH oder real-Zäit Hinnen alleguer VerfÜgung

Amplifications vun HER2 VerfÜgung, CCNE1 VerfÜgung, MYC VerfÜgung, KRAS VerfÜgung a EGFR VerfÜgung Genen huet zu 8 (8.9%) observéiert, 4 (4.5%), 2 (2,2%), 1 (1,1%) an 1 (1,1%) Fäll, bzw. (Table 3). Mir hu fest net amplification vun begéint VerfÜgung, FGFR2 VerfÜgung, CDK4 VerfÜgung an CDK6 vun all de Fäll. An Fäll mat amplification, IHC fir HER2, EGFR an CCNE1 zougedréckt overexpression vu Proteinen am entholl Zellen (Dorënner 2A, B an C). An ee Fall mat HER2 2+ vun HercepTest, FISH zougedréckt heterogen amplification vun HER2 VerfÜgung Genen (Dorënner 2D). VerfÜgung

An real-Zäit Hinnen alleguer fir KRAS VerfÜgung, ee Fall mat amplification zougedréckt a kopéieren Zuelen fräi (36, 37 an 49); zu Fäll datt fir negativ waren KRAS VerfÜgung amplification, gouf et keng Erhéijung vun Kopie Zuelen (0,9 bis 2,4, mengen 1,4). VerfÜgung

Fir begéint VerfÜgung Gentherapie, fanne mir keng positiv Fall wéinst hirer Raritéit [21]. Dofir, mir benotzt zousätzlech ten (fënnef all Kick an Net-Kick) gastric Kriibs Echantillonen an begéint VerfÜgung gastric Kriibs Zell Linnen (MKN45 an SNU5) mat bekannt Kopie Zuelen Kick an mRNA beleeft. CNVs Réckstänn vun nCounter soll gutt mat Kopie Zuelen Réckstänn vun real-Zäit Hinnen alleguer (Table S4) an mRNA Niveau vun begéint VerfÜgung Gentherapie (Pearson d'Korrelatioun Test; r = 0,874, p = 0.001). (D'Grondidee S2)

Diskussioun VerfÜgung

vun Ion AmpliSeq V2 benotzt fonnt mir dass 39 vu 89 fortgeschratt gastric adenocarcinoma Echantillon somatic kennen enthale Musiktherapie- dass dës Plattform zu Archivmaterial FFPE Otemschwieregkeeten Echantillon liicht applicabel ass. TP53 VerfÜgung déi heefeg stattfannen fonnt gouf, gefollegt vun APC VerfÜgung, PIK3CA VerfÜgung a KRAS VerfÜgung. Desweideren, nogewise eiser Produktioun CNV Rot erfollegräich CN Erhéijunge vun HER2 VerfÜgung, CCNE1 VerfÜgung, MYC VerfÜgung, EGFR VerfÜgung a KRAS VerfÜgung Genen, déi mir duerch IHC an real-Zäit hinnen alleguer bestätegt VerfÜgung

Mutational Ofstänn an der kosmescher Datebank definitiven substantiell souvill fir d'Daten mir aus dëser Emfro:. TP53 VerfÜgung (32%), PIK3CA VerfÜgung (10%), KRAS VerfÜgung (6%), APC VerfÜgung (6%), CTNNB1 VerfÜgung (5%), CDKN2A VerfÜgung (5%), FBXW7 VerfÜgung (5%), SMO VerfÜgung (4%), ERBB2 VerfÜgung (2%) an STK11
(2%). Rezent ganz exome sequencing Studien op gastric adenocarcinoma zougedréckt bësse méi héich Ofstänn vun TP53 VerfÜgung (36% an 73%) a PIK3CA VerfÜgung (14% an 20%) Projet'en am Verglach zu eise Resultater. [24], [25] Obwuel eis stattfannen Ofstänn niddreg ware wéi Verglach sequencing Resultater ze exome, et war e wesentleche Hausse am Verglach zu eiser leschter Daten iwwert Mass spectrometry-baséiert OncoMap v4. [26] Béid AmpliSeq an OncoMap kennen Hotspot Regiounen entdecken, déi Experienz vun manner heefeg stattfannen an e puer oncogenes an entholl suppressor Genen erklären. Figur S1 vergläicht AmpliSeq V2 an OncoMap v4 zu Magnéitfeld mutational Profiler. Virdrun OncoMap Tester zu 237 gastric adenocarcinomas Teamchef PIK3CA VerfÜgung kennen sech heefeg zu fortgeschratt Etappe vun Krankheet (5.1% am Etapp IV; 6.4% vun Bühn II /III; 2,4% am Etapp normal schwätzen). [26] An där Etude mir observéiert dräi PIK3CA VerfÜgung kennen Patienten mat Etapp III an zwee an Bühn II Krankheet, hir biologesch Roll an entholl Werdegang ënnerstëtzen. Mir gesinn och HER2 VerfÜgung ( ERBB2 VerfÜgung) c.2524G > A (V842I) stattfannen an engem Fall vun gastric Kriibs. An preclinical Studien, goufen d'V842I stattfannen ausser Zell Linnen resistent Stad, mä huet sech géintiwwer irreversibel HER2 inhibitor, neratinib [27]. VerfÜgung

Semiconductor-baséiert sequencing huet fundamental Ënnerscheeder am Gesetz an Signal transduction Verglach zu Mass spectrometry -based sequencing. Amplaz vun opteschen Methode benotzt Nukleotid Ännerungen ze entdecken, déi semiconductor-baséiert Technik Sënner pH Ännerunge vum Release vun protons (H +) wann nucleotides an der wuessender DNA staarkt intégréieren. [8] Dofir, et ass en däitleche Minus vun de Käschten an der Zäit fir Daten Veraarbechtung néideg Verglach zu anere NGS Quaien. Déi séier a korrekt Informatiounen iwwert déi kennen op niddregen Käschten ass wichteg fir Patiente mat aggressiv Cancers, gastric Kriibs inklusiv. VerfÜgung

An dëser Etude, iwwerschafft mir manuell der automatiséiert rifft zu bekannt kennen der cutoff Wäerter vun Frequenz opmaachen an Deckung ze iwwerdribblen duerno zwee rifft mat niddereg-Variant duerginn. Obwuel hir Deckung Wäerter rauszesichen eis initial Critèren erreechen, iwwerschratt hir Ofstänn eis éischt Kader (6%) an d'Qualitéit vun den Daten war gutt. Dat ënnersträicht d'Wichtegkeet vun manuell review der automatiséiert Kontroll. Kuerzem AmpliSeq wéi d'analyséiert Plattform publizéiert Resultater opweises benotzt och Entschiedegung vun Duerchmusterung Date mat manuell review [9], [10]. VerfÜgung

Privatauto geziilte Therapie fir fortgeschratt Cancers berout virun allem op d'Konzept vun "oncogene Sucht," am déi verschidde genetesch abnormalities sinn nikotin eent oder e puer Genen fir entholl Zell Ënnerhalt a Survival. [28] Eng oppe-Label, international, Phas 3, zoufälleg kontrolléiert ToGA (Stad fir Gastric Cancer) Prozess uginn, dass Stad a Kombinatioun mat Chimiotherapie engem neie Standard Optioun ass fir Patiente mat HER2-positiv fortgeschratt gastric oder Gastro-esophageal menaarbecht Kriibs. [29] Eng preclinical Prozess gewisen, datt en Ziel vun gastric Cancers mat EGFR VerfÜgung oder begéint VerfÜgung amplification an overexpression äntwerten cetuximab oder begéint receptor tyrosine kinase inhibitor Therapie. [30] Do donieft, amplifications vun Zell Zyklus Vermëttler CCNE1 VerfÜgung d'Potenzial fir therapeutesch inhibition vun cyclin-ofhängeg kinases zu gastric Cancers schloen. [31] fir cibléiert Therapie Implikatioune Genen legendären mat Technik héich-duerch dat ass ganz wichteg. Traditionell Methode wéi Fësch a vill Komparativ Frankräich hybridization leiden héich Opléisung vu Frankräich Regiounen, deier an sinn labor- an Zäit-opwänneg. [32] An dësem éischte Etude op nCounter CNV gebueden, fonnt mir dass dës Technik an FFPE Medeziner Echantillon applicabel ass a mir validéiert d'Resultater vun IHC, Fësch a real-Zäit Hinnen alleguer. Obwuel mir all d'Genen net confirméieren huet an der Mooss primers benotzt, an Confirmatioun Resultater puer ausgewielt Genen huet verfaasst. VerfÜgung

Am Resumé, mir semiconductor-baséiert sequencing an nCounter CNV Analysë vun FFPE Otemschwieregkeeten uplanzen aus 89 gastric erfollegräich gesuergt adenocarcinomas. High-duerch dat sequencing an CNV Schädel an Archivmaterial Medeziner Echantillon erméiglecht méi séier, méi genee a Käschten-efficace ze erkennen Institutioun, déi kennen a CNV zu Genen. An der Ära vum personaliséiert Frankräich Medikament, plangen mir dës Tools benotzen fir gastric Kriibs Patienten ze Écran déi aus geziilte Therapien profitéiere kann. VerfÜgung

Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung Dorënner S1. VerfÜgung Se Deckung vun Ion AmpliSeq V2 Kriibs Rot versus Oncomap v4 VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s001 VerfÜgung (TIF) VerfÜgung Dorënner S2. VerfÜgung Diagramm vun Korrelatioun tëschent begéint VerfÜgung fonnt CNVs vun nCounter an mRNA Niveau vun begéint VerfÜgung Gentherapie vun real-Zäit Hinnen alleguer VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s002 VerfÜgung (TIF) VerfÜgung Table S1. VerfÜgung D'Gene Lëscht fir den Ion ofgefälschte AmpliSeq Cancer Panel VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s003 VerfÜgung (XLS) VerfÜgung Table S2. VerfÜgung D'Konzentratioun vun DNAs, hir Konzentratioun fantastesch, duerchschnëttlech Some vun der Echantillonen, total Zuel vun Base, > Q20 Base, liest, mengen Längt liesen, Ëmgéigend liest, op-Zil- Tarif (%), mengen Déift an uniform. VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0111693.s004 VerfÜgung (XLS) VerfÜgung Table S3. VerfÜgung Somatic kennen TP53 VerfÜgung, ERBB4 VerfÜgung a CTNNB1
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s005 VerfÜgung (XLS) VerfÜgung Table S4. VerfÜgung CNVs vun nCounter festgestallt soll gutt mat Kopie Zuelen Réckstänn vun real-Zäit Hinnen alleguer VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s006 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung

• PLOS NËMMEN: Ass Early Oral Verfiddere der Gastric Cancer befënnt machbar? A Konsequent Kritik an Meta-Analys vun zoufälleg Gesteiert Trials
• PLOS NËMMEN: Verglach vun den grënnen Resultater a verständlech tëscht Laparoscopic an Roboter Gastrectomy fir Gastric Cancer