Stomach Health > Mo. Gesondheet >  > Gastric Cancer > Gastric Cancer

PLOS NËMMEN: Socioeconomic a muss fir op Kont fir d'Association vun Gastric Cancer mat Amerindian Racinen an eng Latin American Admixed Population

Wat VerfÜgung

Gastric Kriibs ee vun de stäerkste spektakulärer Zorte vu Kriibs ass a sengem Heefegkeet schwankt weltwäit, mat der Andean Regioun vun South Amerika weist héich Heefegkeet Tariffer. Mir bewäert d'genetesch Struktur vun der Populatioun vu Lima (Peru) an standing engem Fall-Kontroll genetesch association Etude de Bäitrag vun afrikanesche, europäescher, oder Native amerikanesche Racinen zu Test fir gastric Kriibs ze riskéieren, fir den Effet vun Net-genetesch Faktore ze kontroléieren . Eng grouss Sammlung vu socioeconomic, Nahrungszousaz, an eng Ambulanz Informatiounen war an der Etude fir jidderee gesammelt an Racinen war baséiert op 103 Racinen praktesch lues geschat. Obwuel déi urban Bevëlkerung vu Lima normalerweis als mestizo geduecht ass (dh, admixed vun Afrikaner, Europäer, an Indianer), observéiert mer eng héich Ëmwandlung vun Native amerikanesche Racinen (78.4% vun de Fäll, an 74,6% fir d'Kontrollen) an engem ganz niddereg afrikanesch Racinen (&Si besteet; 5%). Mir sech déi héich Native American eenzelne Racinen mat gastric Kriibs verbonnen ass, mä socioeconomic Faktoren verbonne souwuel mat gastric Kriibs an Native American Herkunft Kont fir dëse Veräin. Dowéinst, heescht den héich Heefegkeet vun gastric Kriibs am Peru net gemeinsam an dëser Populatioun zu waat alleles Zesummenhang ze sinn schéngt. Amplaz, seet eis Resultat eng predominant Roll fir ethnesch-verbonne socioeconomic Facteuren an opfalend an Accès zu Gesondheetsservicer féieren. Zanter Indianer engem vernoléissegt Grupp am Frankräich studéiert ginn, proposéiere mir, datt d'Bevëlkerung vu Lima an anere grousse Stied aus Western Südamerika mat héije Native amerikanesche Racinen Hannergrond praktesch Ziler kënne fir epidemiological Studien op dëser Ethnie konzentréiert. VerfÜgung

Fro: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Socioeconomic a muss fir op Kont fir d'Association vun Gastric Cancer mat Amerindian Racinen an eng Latin American Admixed Bevëlkerung. PLoS NËMMEN 7 (8): e41200. Doi: 10.1371 /journal.pone.0041200 VerfÜgung

Redakter: Zongli Xu, National Institut vun Ëmweltpolitik Gesondheet Sciences, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 1 Mäerz 2012; Akzeptéiert: 18 Juni, 2012; Publizéiert: 3 August 2012 VerfÜgung

Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel, fräi vun all Copyright, a ginn fräi kopéiert kënne, verdeelt, iwwerdroen, geännert, opgebaut, oder soss duerch iergendeen fir all erlaabt Zweck benotzt. D'Aarbecht ass net ënnert der Creative Commons CC0 Domaine public Engagement sinn VerfÜgung

Funding:. Fogarty International Center a National Cancer Institut (5R01TW007894) finanzéiert dëser Etude. D'Etude a seng Mataarbechter och Financement an fellowships vun den folgenden brasilianesche Agencen dobäi: brasilianesche Fuerschungen, Edukatiounsministère, Gesondheetsministère (PNPD-Saúde plangen), an der Minas Gerais Staat Reaearch Agence. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass eng vun de meeschte spektakulärer Zorte vu Kriibs, Comptabilitéit fir ronn 800.000 Doudesfäll pro Joer, mä seng Heefegkeet schwankt weltwäit aktiv [1]. Den héchste Heefegkeet vun gastric Kriibs ass am Osten Asien, an Osteuropa, an der Andean Regioun vun Südamerika observéiert. Iwwerhaapt, an de Quartier Bevëlkerung, verléiert gastric Kriibs zweet an Heefegkeet tëschent Männer a drëtt ënnert de Fraen (22.6 an 20 Fäll pro 100.000 Männercher a Weibercher bzw.), mat der héchster veruerteelt den Typ vu Kriibs ginn. Comparatively, ass d'Heefegkeet vun gastric Kriibs am Peru ongeféier fënnef Mol méi héich wéi an den USA an dat Duebelt vun Brasilien observéiert [1]. VerfÜgung

Recavarren-Camus et al. an Correa engem Werdegang Modell fir d'Entwécklung vun intestinal-Typ gastric adenocarcinoma proposéiert, déi vun iwwerflächlech gastritis zu metaplasia zu dysplasia vun enger Transitioun begräifen an endlech, gastric adenocarcinoma [2], [3]. Eng Onmass vu sozio-economesch, Ëmweltproblemer, an Nahrungszousaz Faktoren well dës Werdegang an den eenzelne Risiko vun schlussendlech gastric Kriibs entwéckelt. Chronescher Krankheet vun de Mo vun der Bakterie Helicobacter pylori VerfÜgung zu chronescher inflammation Virwaat ass e groussen Deel Risk Faktor [4], obwuel manner wéi 2% vun H. pylori VerfÜgung wwerreeche entwéckelen gastric Kriibs [5]. Helicobacter pylori VerfÜgung Diversitéit betreffen och de Risiko vun Provider gastric Kriibs, an der Präsenz vun der bakteriell virulence Faktor cag + ass eent vun de meescht relevant Risiko Facteuren. Während dëser virulence Faktor enger Frequenz vun ~60% vun der europäescher an US Populatiounsschichte huet, ass et méi wéi 90% vun der Populatioun peruanesch attains [6]. Och, wann Native American Persounen aus isoléiert Populatiounen déi meeschtens gebierteg analyséieren infizéiert sinn déi asiatesch analyséieren, wéinst der Äiszäitalter asiatësch Originen vun Indianer gläichen, Individuen vun mëttel- a grousse Stied lieft, och wann se e predominant Native amerikanesche Racinen hu vläicht, sinn déi haaptsächlech europäesch oder Hybrid analyséieren an der vergiessen no der 15. Jorhonnert infizéiert. Dës analyséieren haten schiddene ersat manner virulent oder intensiv gebierteg analyséieren [7], [8]. VerfÜgung

Aarmut deemolegt Weltbild och mat gastric adenocarcinoma [9] an iwwerdeems nik Konsum vun Filteren oder gefëmmt Liewensmëttel a Salz sinn Risiko Faktoren, heefeg ofgeroden frësch Uebst a Geméis ass Schutzpatrounin [10], [11], [12], [13]. Mënsch genetesch Diversitéit ass och relevant [14]. D'observéiert Differenzen an der Heefegkeet vu gastric Kriibs weltwäit kënnen wéinst Ëmweltproblemer Faktoren oder zu der Presenz vun waat genetesch Varianten, déi méi heefeg zu Populatiounsschichte mat héije Heefegkeet vun der Krankheet sinn, mä d'Identifikatioun an Diskriminatioun vun dëse Facteuren ass eng Erausfuerderung. Obwuel gemeinsam hunn am europäeschen an Chinese Populatiounen vun Nepgen-breet a Kandidat-Gentherapie association Studien zu Genen wéi PLCE VerfÜgung [15], IL1B VerfÜgung [14] identifizéiert genetesch waat Varianten ginn, IL8 VerfÜgung [16], [17], [18], IL1RN VerfÜgung [19], a PTGS2 VerfÜgung [20], dësen Varianten Kont fir e klengen Deel vun der genetesch Varianz mat sporadesch gastric Kriibs assoziéiert. VerfÜgung

Peru, mat hirem héijen Heefegkeet vun gastric Kriibs, ass de gréisste Native amerikanesch Populatioun an Südamerika [21] a grousse Stied wéi Lima sin vun Leit wéi mestizo séiert Awunner ( heescht, Persounen mat admixture vun Afrikaner, Europäer, an Indianer). Wann do e Mënsch genetesch Basis fir déi héich Heefegkeet vun gastric Kriibs an der Regioun Andean ass, erwaarden mer der admixed Bevëlkerung vu Lima ze fir dës héich Heefegkeet genetesch Varianten Hafe ausmaachen, a wann dës Varianten huet méi heefeg an der Native American genetesch Hannergrond vun dëser Populatioun, wier et méiglech, d'Nepgen-grouss Strategie vun admixture androën ze benotzen dëse Varianten ze entdecken. Admixture androën Studien hunn kuerzem Varianten gehollef mat Aarbecht Kriibs [22] zu afrikanesch-amerikanesch Populatiounsschichte verbonne ze identifizéieren, mä dës Approche ass nach voll op Latin American oder Latino /schéin US Populatiounsschichte applizéiert gin. An dësem Kontext, sinn d'Objektiver vun dësem Fall-Kontroll genetesch association Etude: (ech) d'ethnesch Zesummesetzung a seng wëssenschaftlech genetesch Struktur vun Patienten Richterskala grousse Spideeler zu Lima ze bewäerten; (II) ze testen wann eenzel Native American, europäesch an afrikanesch ancestries Risiko Facteure fir gastric Kriibs sinn, Kontrollen fir den Effet vun Net-genetesch Faktoren (i.e., socioeconomic, muss, a Krankheete). Socioeconomic, Nahrungszousaz, a Krankheete Informatiounen war an der Etude fir jidderee gesammelt an Racinen war baséiert op 103 Racinen-Informatiounen lues (soll) geschat. Mir sech déi héich Native American eenzelne Racinen mat gastric Kriibs verbonnen ass, mä dass socioeconomic Faktoren souwuel mat gastric Kriibs an Herkunft Kont fir dës Associatioun assoziéiert. Trotz den héije Heefegkeet vun gastric Kriibs ënnert Peruvians mat Kannerbetreiung Native amerikanesche Racinen, eis Resultater Punkt do net zu enger kloer genetesch Basis fir dës Ënnerscheeder an Heefegkeet. Éischter, proposéiere si eng predominant Roll fir ethnesch-verbonne socioeconomic a mënschlech ökologesch Facteuren an opfalend an Accès zu Gesondheetsservicer féieren. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Mir rekrutéiert Persounen Gastroenterology Divisiounen Richterskala a fir eng endoscopy matzebréngen an dräi grousse Spideeler zu Lima (Table S1). Fäll goufen Erwuessener fir endoscopy bezeechent an hir biopsies sech fir gastric Kriibs vun histopathological Analyse positiv bestätegt. D'Kontroll Grupp war vun Persounen aus deem biopsies sech negativ fir gastric Kriibs. Jiddferee mat intestinal metaplasia (n = 46) huet den Kontrollen op der Virgab abegraff, datt dës Zort vun metaplasia Erhéijung net de Risiko vun gastric Kriibs entwéckelt [23], [24], [25]. VerfÜgung

Mir benotzt engem validéiert Formatioun vun 103 Ziler [26] Native American, europäesch an Native American eenzelne Racinen fir jiddereng vun den 241 gastric Kriibs Fäll an 300 Kontrollen fir dës Etude agestallt ze schätzen. D'Principal Komponent Analys (PCA, well 1) vun der Persoun genotypes fir eis peruanesch Echantillon (dorënner 296 Indianer) a fir europäesch, afrikanesch, an mexikanesche Persounen aus HapMap-III weist, datt d'diskriminéieren benotzt soll tëscht afrikanesch, europäescher, an peruanesch Native American Elteren Populatiounen, an datt d'admixed Homepage stoung (résident zu Los Angeles) an de Quartier gastric Fäll a Kontrollen Lima Spideeler Richterskala sinn tëscht Europäer an Indianer gesat. Ausserdem, sin peruanesch gastric Fäll a Kontrollen relativ no un de Quartier Native American Elteren Populatiounen. Obwuel déi urban Bevëlkerung vu Lima als mestizo geduecht ass (dh, typesch admixed), studéiert de Gruppen zougedréckt ëmzestoussen engem Héich Native amerikanesche Racinen (78.4% vun de Fäll, an 74,6% fir d'Kontrollen, Box an Dorënner 1), mat engem niddregen afrikanesch Racinen (&Si besteet; 5%, Dorënner S1). Spannen, et ass eng positiv association tëscht Native amerikanesche Racinen an gastric Kriibs (Logistikzenter Réckgang, ODER = 3,69, 95% CI vun der ODER: 1.34-10.09, p = 0,011, R2 = 0.016), an doduercher eng negativ Associatioun mat Europäescher Racinen . VerfÜgung

wéi erwaart, Verännerlechen datt verroden fir Aarmut (niddereg Ausbildung Niveau, doheem Qualitéit Charakteristiken wéi d'benotze vum héich Qualitéit Material, opgepasst gutt Apparater, an aarm sanitär Bedingungen) sech mat gastric Kriibs verbonne (Table 1). Och, e puer digestive-Zesummenhang Symptomer wéi Verbrenne (p &Si besteet; 0.0001), benotzen (p &Si besteet; 0.0001), iwelzeg (p &Si besteet; 0.0001), an heaviness (p &Si besteet; 0.0001) huet méi heefeg am Fäll wéi am Kontrollen, mä dës Symptomer sinn wahrscheinlech eng Konsequenz vun der Krankheet (Table 1). Verännerleche Alter war net normalerweis verdeelt (p &Si besteet; 0,01, Kolmogorov-Smirnov Test), de medians (an deviation interquartile) fir Kontrollen a Fäll goufen 61 (Standard deviation (Fils): 21) an 65 (Fils: 25) Joer bzw. ( p = 0,042, Mann-Whitney Test); dofir, dat ofwiesselnd als covariate an weider Logistikzenter Réckgang considéréiert gouf analyséiert. VerfÜgung

Mir Wierderbuch déi grouss Formatioun vun Net-genetesch Verännerlechen zu Fäll an Kontrolle mat engem multivariate Faktor Analyse gesammelt, déi dimensionality vun dësen 43 Net- ze reduzéieren genetesch Variabelen déi Korrelatioun dorënner (Table 1 an Table S2) aus. Spannen, ass den éischte Faktor (16.38% vun de gesamten Varianz) vun socioeconomic Verännerlechen dominéiert mee eng Ziel vun soll muss Verännerlechen ëmfaasst héich Wäerter vun de Faktor ze implizéiert Konditiounen entspriechend. Den zweete Faktor (5.95% vum ganzen Varianz) ëmfaasst subsets vun socioeconomic a muss Verännerlechen, souwéi Reklamatiounen, wéi Péng. Den drëtte Faktor (5.26% vun der aktiver Varianz) ass vun digestive-Zesummenhang Symptomer dominéiert. Mir ginn den eenzelne Koordinate fir jiddereng vun dësen dräi Facteure fir synthetically der original Set vun 43 Verännerlechen vertrieden. Souwuel den éischten "socioeconomic" Faktor an der zweeter Faktor sinn mat gastric Kriibs verbonne (ODER = 0,68, p = 0,0002 an ODER = 0,7, p = 0,0008, bzw.) an och mat der Herkunft (p = 0,02 a p = 0,00003 respektiv, wou héich Wäerter vun de Faktor sëlwecht fir besser socioeconomic Konditiounen). Déi drëtt "digestive Symptomer" Faktor ass mat gastric Kriibs (ODER = 2.16, p &Si besteet; 0.0001) assoziéiert. VerfÜgung

D'observéiert association tëscht Native amerikanesche Racinen an gastric Kriibs fir den Effet vun confounding socioeconomic oder muss Verännerlechen wéinst kann mat béiden gastric Kriibs an Racinen assoziéiert. Et ass bekannt, datt héich Native amerikanesch oder afrikanesch Racinen mat Aarmutt a vill Populatiounen an den vergiessen verbonnen ass (kuckt och [27]). Konsequent, observéiert mir dass Native amerikanesche Racinen mat Variabelen verbonnen ass, datt Indicateuren vun Aarmut souwéi hir syntheteschen "socioeconomic" éischte Faktor vun der multivariate Analyse (Table 1) (vill vun deenen och mat gastric Kriibs verbonne waren) sinn. Wa mir fir all covariates kontrolléiert haten (dh, der dräi Punkte vun der multivariate Analyse an Alter), heescht de Veräin tëscht gastric Kriibs an Native amerikanesche Racinen net erëm (ODER = 1,28, 95% CI vun der ODER: 0.37-4.47, p = 0.69). Anerersäits, wann mir fir d'Wierkung vun socioeconomic Konditiounen getrennt kontrolléiert haten (den éischte Faktor vun der multivariate Analyse) oder Alter, d'Associatioun tëscht gastric Kriibs an Native amerikanesche Racinen och erëm net (ODER = 2,58, 95% CI vun der ODER: 0,83 -8,07 fir Faktor 1 an oDER = 1,01, 95% CI vun der oDER:. 0.99-1.02 fir Alter) VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Mir engem Fall-Kontroll Etude am urbane admixed Populatioun gesuergt aus Lima (Peru) an alles dat Native American eenzelne Racinen mat gastric Kriibs verbonnen ass. Allerdéngs, schéngt dës Associatioun allem wéinst der Associatioun vun socioeconomic Verännerlechen gin souwuel mat gastric Kriibs a mat Native amerikanesche Racinen. Konsequent, obwuel d'Associatioun vun Racinen mat gastric Kriibs bedeitendst ass (p = 0.011), Racinen erklärt nëmmen 1,6% vun der Varianz Krankheet Status. Wann Net-genetesch covariates abegraff sinn, hire gemeinsame Effet mat Racinen erklärt 22.3% vun de Varianz Krankheet Status. Dofir, déi héich Heefegkeet vun gastric Kriibs am Peru [1], [28] awer net wéinst der Präsenz vun gemeinsam waat genetesch Varianten méi heefeg an Native American Populatiounsschichte ginn, mä éischter un enger Formatioun vun socioeconomic Faktoren presentéieren an dësem Bevëlkerung . Allerdéngs, weider Studie mat grouss Echantillonen gi waren dës Observatioun ze entdecken, well d'Muecht Racinen genetesch Effekter z'entdecken war an der aktueller Etude limitéiert. Dëst Resultat ass mat der famill Ofsenkung gastric Kriibs Heefegkeet vun de Vereenegte Staaten an de leschte Joerzéngten konsequent, wéinst der Verbesserung vun socioeconomic Konditiounen [29]. VerfÜgung

Richtegkeet vun Racinen Schätzung hänkt op e puer Froen. Déi éischt ass d'Zuel an der Natur vun lues benotzt admixture ze schätzen. Den 103 Ziel vun dëser Etude benotzt enthale genuch Informatiounen akzeptabel admixture Schätzunge ze produzéieren [26], [30]. Galanter et al. och hu gewisen, datt engem Rot vu méi wéi 88 Ziel genuch Informatiounen enthält mat Genauegkeet eenzelne admixture Devis [31]. Eng zweet déifgräifend Archipel Fro admixture zu estimating ass d'Schwieregkeet Donnéeën aus de meeschte Vertrieder Elteren afrikanesch, europäescher, an Native American Populatiounen vun de admixed Grupp am Gebrauch. An dësem Fall, och mir als Proxy fir d'Elteren Populatiounsschichte europäesch an afrikanesch Persounen aus der HapMap Projet, an eng Formatioun vun peruanesch Indianer aus dem Quartier Andes an Nopeschlänner Osteuropa Beräicher. Während dësem Choix net optimal kënnen, benotzt den 103 SNPs, soll Wiesen, Gefiller dësem Thema well hir Ofstänn tëschent den Elteren ethneschen Gruppen ganz verschidden sin an bannen hinnen héich eenheetleche [26]. Sou, sot de Gebrauch vun lues mat Charakteristiken eis Resultater sécherlech un de Choix vun suboptimal Elteren Populatiounen. Drëtt, verschidde Methoden eenzelne admixture Devis verschidde Resultater gehumpelt produzéiere kann souguer aus der selwechter Donnéeën Start goen. Fir d'Segele eis admixture Resultater am Respekt zu den admixture Estimatioun Methoden Test, reanalyzed mir d'Daten déi alternativ maximal-Chancen benotzt Approche vun Tang proposéiert et al. [32] an an der Software Frappe, an der Method vum Alexander et al ëmgesat. vun der Software Admixture v ëmgesat. 1.2 [33]. Déi dräi Methoden produzéiert héich soll Resultater (Dorënner S2) an déi selwecht Muster vum Veräin mat gastric Kriibs (Donnéeën net gewisen). VerfÜgung

peruanesch Persounen am Land gebuer hu méi Native amerikanesche Racinen Duerchschnëtt wéi Awunner vu grousser maachen Stied (Table 1). An engem Fall-Kontroll studéieren, kann Fäll oft och Persounen mat méi Native amerikanesche Racinen well si vu klenge Land Gesondheet Zentren zu grousse städtesche Spideeler bezeechent ginn besser Gesondheetswiesen ze kréien. Dëst emfuelener Muster huet manner Effet op Kontrollen, a kann also e spurious Associatioun vun Native amerikanesche Racinen mat Krankheet schafen. Mä mir opgeholl Plazen vun der Gebuert fir all Etude Participanten, an domat dat Potential confounding Faktor kontrolléiert haten: wann mir d'Plaz vun der Gebuert (Lima vs. Land) abegraff als covariate am Logistikzenter Réckgang, d'Associatioun vun Native amerikanesche Racinen mat gastric Kriibs persisted, obwuel op engem nidderegen Bedeitung (p = 0,05 vs. p = 0.011). Mir schléissen, datt d'Associatioun tëscht gastric Kriibs an Racinen ass net eng äerdzougedréiter Säit vum géit vum Land Persounen mat héije Native amerikanesche Racinen zu eiser Etude Spideeler. Dëst Resultat ënnersträicht d'Wichtegkeet Gebuertshaus an Residenz Daten fir genetesch association Studie vun dë mat Krankheeten an Lateinamerika, an anere Géigende wou déi meescht europäesch Kolonisatioun an admixture zu Stied opgetrueden, a méi autochthone Persounen predominate am ländleche Raum, wéi zu Melanesia a Südafrika . VerfÜgung

An dëser Etude, dorënner och mir als Kontrollen Persounen mat intestinal metaplasia (n = 46), unzehuelen, datt dat net de Risiko vun Entwécklungslänner gastric Kriibs [23], [24], [25] heescht Erhéijung. Allerdéngs ass dës Virgab net Ekzeptioun ugeholl [34]. Wann mir alternativ dräi ordinal Kategorien vun Krankheet Risiko iwwerhuelen (dh, Persounen ouni intestinal metaplasia, mat intestinal metaplasia, a mat gastric Kriibs), dat Werdegang, duerch eng ordinal Logistikzenter Réckgang évaluéieren ass och mat Native amerikanesche Racinen (ODER = 2,83, verbonne 95 % CI vun der oDER: 1.10-7.29, p = 0.031), mee erëm, dës Associatioun erëm net wou fir all covariates (Faktor 1, 2 an 3 an Alter) (oDER = 1,08, 95% CI vun der oDER kontrolléiert : 0.35-3.34, p = 0.897). Sou, eis Resultater hänken do net op d'Abezéiung vun intestinal metaplasia Persounen als kontrolléiert. VerfÜgung

Eng Fro vun eiser experimentell Design ass datt Kontrollen als bréngt Persounen ausgewielt goufen eng gastroenterology Service Richterskala, eng endoscopy an meeschte vun hinnen amgaang mat engem gastric lesion: 6 mat histologically normal gastric mucosa, 248 mat gastritis, an 46 mat metaplasia. Et kéint argumentéiert, datt d'optimal Kontroll géif nëmmen déi Persounen mat normal gastric mucosa komponéiert ginn. Mä nëmmen duerch eng endoscopy ass et méiglech, d'Feele vun gastric lesions zu wourop Gewerkschaften, an nëmmen en endoscopy fir Fuerschung Zwecker leeschtungsfäeg, net vun gastric-Zesummenhang Symptomer motivéiert ass net méi ethically akzeptabel. Op der aner Hand, déi mat den Kontrollen Individuen vun der Bevëlkerung net endoscopy hi gemaach ass net onbedéngt e besseren Choix zanter dëser Strategie esou Kontrollen Persounen mat geflücht gastritis abegraff hätt [35] an aner ähnlech lesions. Dofir, mengen mir, datt eis Kontrollen déi besser operationell presentéiert dëser Etude sinn, well se Persounen sinn d'selwecht gastroenterology Servicer wéi déi Fäll un, a well si eng endoscopy weiderentwéckelt hunn, mir wourop de Status vun hirem gastric mucosa wëssen. Och, an Lateinamerika et ass eng bedeitend Bevëlkerungszuel stratification wéinst socioeconomic Niveau an Racinen, datt am groussen Stied an Lateinamerika (zousätzlech zu dëser Etude soll sinn, gesinn Avena et al. 2012 [30] fir e Beispill vun Buenos Aires an Campbell et al. 2012 [27]). Duerch bedéngt ënner Begleetpersounen vun de selwechte Spidol auswielen ewéi Fäll, mitigate mir dës aner potentiell Quell vun Populatioun stratification tëscht Fäll a Kontrollen VerfÜgung

An dëser Etude Rapport mir eng iwwerraschend héich Native amerikanesche Racinen (> 74%). Souwuel zu Kontrollen a Fäll öffentlech Spideeler aus der elo kosmopolitesch Stad vun Lima, d'national Haaptstad Richterskala, datt och d'Haaptstad vun de Spuenier Sizilien Peru fir fënnef Joerhonnerte an dofir war, den Zentrum vu Spuenier Kolonial Muecht. Grousse Stied am Ecuador, Peru, Bolivien, a Northern Argentinien Provider Populatiounsschichte deem üblechen kultureller Identitéit als mestizo VerfÜgung wahrscheinlech ignoréiert hir grouss Amerindian genetesch Hannergrond. Dës urban Populatiounsschichte ginn dacks vun Immigranten aus ländleche Raum peopled. Eis Resultater hindeit, datt grouss Stied vun Western Südamerika Kannerbetreiung Amerindian genetesch Hannergrond Millioune vun Individuen vun Provider. Zäitgenëssesch international South-ze-North Migratiounen aus Südamerika Stied aus der Andean Regioun sinn och d'genetesch Hannergrond vun Indianer weltwäit verbreet, an et ass ze erwaarden, dass de bal eng Millioun USA Immigranten aus Andean Länner nächste [36] hu héich Niveaue vu Native American Hannergrond. Et géif net onerwaarten gin wann dës Populatiounen, als "Hispano /Latino" an d'USA séiert, méi Amerindian Racinen wéi US Persounen haten Indianer American klassifizéiert. VerfÜgung

An Conclusioun, mir weisen, datt an der Stad admixed Bevëlkerung vum Lima, Native American eenzelne Racinen ass mat gastric Kriibs verbonnen, mä dat ass déi vun der Associatioun vun socioeconomic Verännerlechen mat béiden gastric Kriibs an Native amerikanesche Racinen erkläert. Trotz den héije Heefegkeet vun gastric Kriibs am Quartier Bevëlkerung mat engem ganz héije Native amerikanesche Racinen, weist eis Resultat datt dës epidemiological Observatioun net op eng genetesch Basis heescht vertrauen, eng predominant Roll fir socioeconomic Facteuren an opfalend an Accès zu Gesondheetsservicer suggeréiert. Mir Rapport eng iwwerraschend héich Native amerikanesche Racinen (> 74%) vun Individuen Spideeler aus der elo kosmopolitesch Stad Lima Richterskala. Zanter Indianer engem vernoléissegt Grupp am Frankräich studéiert ginn, proposéiere mir, datt d'Bevëlkerung vu Lima an anere grousse Stied am Western Südamerika praktesch Ziler op Native American Populatiounsschichte Schwéierpunkt vun epidemiological Studien kann. Striewen vun dëser avenue vun Fuerschung an duerno mei grouss Etuden fängt d'Schéier [37] zu genetesch Etüden an hir potentiell Virdeeler tëscht Europäesch Persounen an déi vun anere allgemeng manner gutt drun Populatiounsschichte ze enk. VerfÜgung

spontan a Methode

Themen VerfÜgung

fir dës Etude Persounen mir ufanks rekrutéiert 576 Gastroenterology Divisioune vun de folgenden dräi Spideeler zu Lima, tëscht 2006 an 2009 un: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (souwuel Regierung-ënnerläit), an der Kriibs-spezialiséiert F nacional de Enfermedades Neoplásicas. Jidderee geäntwert engem Questionnaire ze Rekord Alter, Geschlecht, Plaz vun der Gebuert an der Residenz, an anere socioeconomic, muss, a Krankheete Informatiounen (Table 1). Fäll goufen Erwuessener fir endoscopy bezeechent an hir biopsies sech fir gastric Kriibs vun histopathological Analyse positiv bestätegt. D'Kontroll Grupp war och vun Erwuessenen Persounen komponéiert bezeechent fir endoscopy, mä deem säi biopsies bewisen negativ fir gastric Kriibs. Jiddferee mat premalignant lesions wéi dysplasia (n = 3) oder mat Präsenz vun Mo. erhéijen aner wéi gastric Kriibs (n = 16) sech aus der Etude ausgeschloss. Jiddferee mat intestinal metaplasia (n = 46) huet den Kontrollen agebaut (cf. Diskussioun). D'Finale Nummer vun Sujeten am Veräin studéieren ze Test considéréiert gouf 241 gastric Kriibs Fäll an 300 Kontrollen. VerfÜgung

Mir och Echantillon vun 296 Native American Persounen gesammelt, déi den Elteren Populatiounsschichte benotzt goufen Racinen vun der gastric Kriibs Fäll ze schätzen a kontrolléiert. Dozou gehéiert 23. Baueren aus Pichacani (Puno), gehéiert zu der predominant Andean Quechua- Ethnie, souwéi 87 Shimaa an 186 Ashaninka aus der Matsiguenga Ethnie, sech tëscht der Andes an der Amazonian Regioun. Fir all gastric Kriibs Fäll a Kontrollen a fir d'Indianer, ofgebaut mir Frankräich DNA der phenol-chlorophorm Method vun Sambrook et al beschriwwen benotzt. mat Modifikatioune, oder d'Gentra Puregene Blutt Kit (QIAGEN, USA) [38]. Dës Enquête huet vun IRBs vun Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins Universitéit, Universidade Federal de Minas Gerais, Hospital Arzobispo Loayza, Hospital Dos de Mayo an den F nacional de Enfermedades Neoplásicas guttgeheescht. All Participant an der Etude gëtt Awëllegung geschriwwen. VerfÜgung

Racinen praktesch lues (soll) an genotyping VerfÜgung

Fir Herkunft fir jiddereng vun der Etude Sujeten schätzen, mir 106 SNPs genotyped datt fir afrikanesch praktesch sinn, europäesch, an Native amerikanesche Racinen [26]. D'genotyping war um Biomedical Frankräich Center vun de Kanner an d'Spidol Oakland Research Institut (Uni Minnesota, Punktzuel, USA) gesuergt, mat der Sequenom iPLEX Plattform (San Diego, CA, USA). Kuerz, ass et op eng allele-spezifesch primer Extensioun vun Trennung vun alternative alleles vun Mass spectrometry duerno baséiert. D'genotyping Équipe véier multiplexed assays, dräi mat 26 SNPs an een mat 28 SNPs. Ier genotyping, mécht DNA Echantillon eng Qualitéitskontroll (QC) Prozedur déi vun bestoung: (1) vun engem Net-allelic grouss-Hinnen alleguer Analyse, datt d'Quantitéit vun Hinnen alleguer-amplifiable DNA an (2) en Enn-Punkt Liesen vun enger Taqman SNP Mesuren genotyping assay (Obwuel Biosystems, gekësst Alto, CA, USA), datt, nieft enger zweeter Beurteelung vun der Fähegkeet vun Hinnen alleguer ze hëllefen all Prouf ze Meenungsfreiheet nennt, ass eng sensibel Luucht vun Prouf-ze-Prouf Kräiz-kontaminéierte. Nodeems mir d'SNPs rs30125 an rs888861 erausgeholl, déi en Opruff Taux &Si besteet zougedréckt; 95%, war dem Duerchschnëtt Opruff Tarif fir d'SNPs 99,7%. Vun der 106 lues, 104 ruffen Tariffer robustly entsteet op d'mannst 95% vun Echantillon fir, mee fir d'SNP rs2592888 et gi keng genotypes fir d'Hapmap Populatiounsschichte publik an der SNP war aus weider analyséiert ausgeschloss. Sou, déi mir genotypes fir 103 SNPs admixture Devis (kuckt Table S3 fir déi komplett Lëscht, mat hirem allele Ofstänn an der Etude Populatiounsschichte). VerfÜgung

Racinen Schätzunge VerfÜgung

Mir eenzelne Racinen geschate der Hëllef folgend dräi Elteren Gruppen aus stinn Persounen: (1) West afrikanesch Wodu aus Nigeria (YRI - 118 Persounen aus der HapMap II /III Projet); (2) Utah Persounen mat Europäescher Racinen sinn um Centre d'Etude du Polymorphisme Humain- VerfÜgung CEPH Kollektioun (CEU - 60 Persounen aus der HapMap II Project) an (3) 296 peruanesch Indianer vun eisem Grupp gesammelt . D'genotypes fir Afrikaner an Europäer sech aus dem ëffentleche HapMap Datebank kritt [39], während d'Indianer fir dës Etude genotyped goufen. VerfÜgung

Mir geschate déi eenzel Racinen an hir 90% Kredibilitéit nolauschterer der Method vun der ëmgesat benotzt Programm Structure 2.3.3 [40], [41]. Et geng ee Bayesian Probabilitéit Modell vun Populatioun Struktur an admixture mat engem Markov Kette Monte Carlo (MCMC) Prozedur, de Bäitrag vun K Elteren Populatiounen no der genomes vun Individuen vun der admixed Populatioun estimating. Mir dovun ausgoen, datt d'HapMap YRI an CEU an eiser Native American Echantillon sech Vertrieder vun den Elteren Populatiounen an datt d'gastric Kriibs Fäll an Kontrollen vum Lima goufen admixed Persounen. Fir dës Donnéeën Formatioun, déi all Structure Laf 50.000 verbrennen-a Schrëtt vun 250.000 MCMC Schrëtt gefollegt, an huet dräi Mol widderholl ze erlaben fir d'Segele d'Resultater Check. Dëst Längt vun der Course an der Kontroll Prozedur vir d'well opgepasst Unnäherung vun der Markov Ketten, wat geschitt wann d'Prozedur anstänneg net d'Plaz vun Modell Parameteren entdecken. All leeft waren dräi Stärekéip standing unzehuelen (K = 3), war lambda gesaat 1.0, an α Parameteren sech fir jiddereng vun den dräi Stärekéip geschat, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 a mir net a priori Informatiounen fir d'Privatpersounen Benotzung vun Elteren Populatiounsschichte d'Käre (USEPOPINFO = 0) ze hëllefen. VerfÜgung

statistique Analyse VerfÜgung

fir d'genetesch Struktur vun eisem Echantillon am Kontext vun den Elteren Populatioun Diversitéit duerstellen, mir Haapt Komponent Analyse (PCA) gesuergt vun eenzelne genotypes (Dorënner 1), wéi an der Software Adegenet an Ade4 fir R Ëmwelt ëmgesat [42], [43]. Mir benotzt Ade4 och eng Käre Method ze gëllen, datt op der PCA zwee-zweedimensional Representatioun vun Individuën an hir Populatioun centroid, designen bi-Dimensiounen ellipses vun Dispersioun baséiert ass. Nieft Geschlecht, den Alter an Self-Rapport Herkunft, eng grouss Sammlung vu socioeconomic, muss, a Krankheete Informatioun gouf dorënner Familljestands gesammelt, Plaz vun der Gebuert, Erzéiung Niveau, Stot Konditiounen, Iessgewunnechten, Frequenz vun Konsum vun Uebst, Geméis, Fleesch a Gefligel infusions, souwéi gastric-Zesummenhang Symptomer. Dës Informatioun gouf vun Duebelstären, ordinal, oder Diskussioun Verännerlechen organiséiert, wéi zu Table S4 detailléierte). Mir ausgeschloss Variabelen déi méi wéi 10% vermësst Donnéeën haten, an engem leschte Saz vun 43 Verännerlechen sech zu Kierzunge Analysë abegraff. Ze reduzéieren der dimensionality vun dëser Formatioun vun perséinlech, socioeconomic, muss, a Krankheete Net-genetesch Verännerlechen standing mir eng multivariate Faktor der statistique Package Analysë benotzt fir d'Sozial Sciences (SPSS) Software (SPSS 19 fir Windows, SPSS INC, Chicago, IL , USA). De Faktor Analyse synthesizes der Varianz vun der original Set vu Verännerlechen an enger spezifizéierter kleng Zuel vun transforméiert Verännerlechen (an eisem Fall 3), genannt Facteuren. All Faktor Treffer soll Informatiounen iwwert d'original Donnéeën mä de Facteure sinn uncorrelated dorënner [44]. VerfÜgung

der Associatioun tëscht dës Net-genetesch Verännerlechen oder seng Duerstellung vun multivariate Faktor Analysë mat gastric Kriibs (en Duebelstäresystem kritt Fir Test

Other Languages