Frankräich characterization vun engem Helicobacter pylori vun engem Patient mat gastric Kriibs zu characterization China

Frankräich isoléieren vun engem Helicobacter pylori VerfÜgung isoléieren vun engem Patient mat gastric Kriibs an China VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Helicobacter pylori VerfÜgung ass fir seng Relatioun mat der Optriede vun e puer schwéieren gastric Krankheeten bekannt. D'Mechanisme vun pathogenesis vum H. ausgeléist pylori VerfÜgung gi manner bekannt. An dëser Etude, Rapport mir de Nepgen Haaptrei a Frankräich characterizations vun H. pylori VerfÜgung Deformatioun HLJ039 datt aus engem Patient mat gastric Kriibs an der chinesescher Provënz Heilongjiang isoléiert ass, wou et eng héich Heefegkeet vun gastric Kriibs ass. Fir Potential Frankräich Fonctiounen ermëttelen datt zu pathogenesis vun carcinoma Équipe kann, war d'Nepgen Verglach zu dräi virdrun an dësem Beräich Nepgen genomes. VerfÜgung Resultat VerfÜgung Mir kritt 42 contigs mat enger Gesamtlängt vun 1,611,192 BP an virausgesot 1,687 coding Message . Am Verglach zu analyséieren aus gastritis an ulcers an dësem Beräich isoléiert, 10 verschidde Regiounen hu fir HLJ039 sou eenzegaarteg identifizéiert; se haaptsächlech Typ II Restriktioun-Modifikatioun Aktivitéit, Typ II m6A methylase, DNA-cytosine methyltransferase, DNA methylase, an hypothetesch Proteinen encoded. Eng eenzegaarteg 547-BP ofgesprengt 93% Identitéit mat engem hypothetesch FAQ vun Helicobacter cinaedi VerfÜgung ATCC BAA-847 sharing war an all aner virdrun H. pylori VerfÜgung analyséieren net präsent. Phylogenetic Analyse baséiert op Kär Nepgen Single Nukleotid schiefgang weist dass HLJ039 als hspEAsia Ënnergrupp definéiert ass, deen zu der hpEastAsia Grupp gehéiert. VerfÜgung Conclusioun VerfÜgung DNA methylations, Variatioune vun der Frankräich Regiounen am Restriktioun an Modifikatioun Systemer Équipe, sinn der " waarm "Regiounen datt de Mechanismus vum H. pylori VerfÜgung -induced gastric Kriibs Zesummenhang kann. Den Daniel Nepgen Haaptrei gëtt nëtzlech Informatiounen fir den déiwe Grouwen vun Potential Mechanismen Osten asiatësch gastric Kriibs Zesummenhang gëtt. VerfÜgung Schlësselwieder VerfÜgung Helicobacter pylori VerfÜgung Gastric Kriibs Next Generatioun sequencing Frankräich Fonctiounen Background VerfÜgung Helicobacter pylori VerfÜgung, engem Gramm-negativ Bakterie datt an de Mënsch Mo. bewunnt, gouf als pathogenic Bakterien am Zesummenhang mat der pathogenesis vun gastritis, ulcers, an carcinoma [1-3] iwwerall unerkannt. Déi héich genetesch Verännerlechkeet vum H. pylori VerfÜgung seng dramatesch Fähegkeet fiert de gastric gratis Sproochenunterricht [4-9] ze adaptéieren. Mä, obwuel vill Studie gemaach goufen, sinn hir Mechanismen nach net gutt opgekläert. VerfÜgung No der rapid Entwécklung vun der nächster Generatioun sequencing Technologie a reduzéiert Käschten, ass et méiglech ginn, grouss Skala Nepgen sequencing Prozeduren ze Leeschtunge doriwwer Informatioun doriwwer ze kréien biologesch Populatioun Struktur an Krankheet lues. Dene leschte Joren ëmmer méi H. pylori VerfÜgung analyséieren aus verschiddene geographeschen Regiounen, ethnicities, a Krankheeten Nepgen goufen [10-12], an op d'mannst 50 Nepgen Message sinn am ëffentlechen Datenbanken Moment sinn. VerfÜgung An enger viregter Etude, mir Nepgen Message vun dräi vu Patienten mat ulcers an atrophic gastritis zu Heilongjiang Provënz wéint analyséieren [13]. Et ass bekannt, datt H. pylori VerfÜgung aus verschiddene geographeschen Beräicher weisen dramatesch Frankräich Diversitéit isoléiert analyséieren [14]. Sou, am Frankräich Niveau, Komparativ Analyse ënnert analyséieren mat verschidde Krankheete Manifestatiounen soll Ufank esou en Amëschen eliminéiert. Vergläichend Frankräich sequencing Analys vum eenzel Patienten isoléiert analyséieren kéint léif Manéier ginn esou en Amëschen eliminéiert [15-17]. Mä, ass et normalerweis schwéier ass e Patient ze verfollegen an kritt vu verschiddenen onberechenbaren Manifestatiounen isoléiert analyséieren. VerfÜgung An dëser Etude, an Untersuchungshaft mer e Projet Nepgen Haaptrei vun Deformatioun HLJ039 datt aus engem Patient mat gastric Kriibs zu Heilongjiang Provënz isoléiert huet. Der Integratioun mat der aner dräi genomes aus der selwechter Géigend, initial Komparativ war Frankräich Analyse standing d'genetesch Charakteristike vun gastric Kriibs ze ermëttelen isolates. VerfÜgung Method VerfÜgung HLJ039 VerfÜgung Auswiel Deformatioun war vun engem 84-Joer-ale isoléiert Mann mat ganz wéineg ënnerscheet Mo. Kierper Kriibs. Obwuel e puer aner gastric carcinoma-Zesummenhang H. pylori VerfÜgung aus verschiddene Beräicher isoléiert analyséieren, ethnicities, an Populatiounen vun der Welt am ëffentlechen Datenbanken präsent sinn, hu mir net dësen analyséieren fir eis Komparativ Analyse wielt. Den Komplex Deformatioun Hannergrond mecht et ganz schwéier zouverlässeg Frankräich Eegenschaften ze identifizéieren, datt zu engem bestëmmten Krankheeten wéi gastric Kriibs derzou kann. Wéi sou, kann ee méi spuersam a Weis eng spezifesch geographescher Regioun, Herkunft, oder Populatioun analyséiert fir spezifesch Krankheeten Zesummenhang Potential Hiweiser ze fannen. Dofir, an dëser Etude, ausgewielt mir nëmmen dräi analyséieren aus Heilongjiang Provënz fir de Komparativ Analyse isoléiert. Dës analyséieren si ganz Vertrieder well Heilongjiang Provënz eng héich Heefegkeet vun gastric Krankheeten an China ass, virun allem fir gastric Kriibs. Ausserdeem, ass d'chinesesch Heilongjiang Provënz bei Korea a Japan. Dës Osten asiatesch Länner Berichter der héchster Heefegkeet vun gastric Kriibs hun weltwäit [18, 19]. VerfÜgung IFLA- averstaane VerfÜgung Dëst Fuerschung vun der Sëtzung vun Ethik Comité vun nationalen Institut fir communicable Krankheet Kontroll a Préventioun ofgeseent gouf, China CDC, laut Chinese Ethik Gesetzer a Reglementer. KENG:. ICDC-2013001 VerfÜgung Genom sequencing an Annotation VerfÜgung D'Efforten vum gastric mucosa an cultured op Columbia Agar Basis mat 5% Schof Blutt nà isoléiert huet. DNA war wéi virdru beschriwwen ofgebaut [20]. Fir all Efforten, war ganz-Nepgen sequencing mat engem Illumina Hiseq 2000 vun generéieren vläit-Enn Bibliothéiken (500 BP an 2 KB) standing folgenden d'Uweisungen d'Hiersteller. Déi liesen Virsaz goufen 90 BP an 50 BP fir all Bibliothéik, vun deenen méi wéi 100 Mo vun héich-Qualitéit Daten entsteet war. D'vläit-Enn liest aus den zwou Bibliothéiken huet de Novo an scaffolds zesummebruecht benotzt SOAPdenovo (http:... //Seef genomics org cn). Gene Cepheid war mat Glimmer gesuergt. D'tRNA Genen sech fir déi tRNAScan-SE2 gesichte, iwwerdeems de rRNA Genen fir déi RNAmmer3 gesichte goufen. Protein BLAST4 war mat der iwwersat coding Message als fonktionnéiert géint d'Referenz Haaptrei (H. pylori VerfÜgung Deformatioun 51) fortgesat. VerfÜgung Den Daniel Nepgen huet weider forcéiert an System kategoriséiert vun Rapid Annotation benotzt Subsystem Technology (Bruyneel). A subsystem ass eng Sammlung vun funktionell Rollen datt en annotator decidéiert huet Zesummenhang sinn. Subsystems dacks d'Kollektioun vun funktionell Rollen bedeiten dass eng metabolic Passerelle, komplex, oder FAQ Klass [21] zesummenzestellen. VerfÜgung Ufanksniveau Komparativ Frankräich an phylogenetic Analyse VerfÜgung Fir méiglech Regiounen identifizéieren dass an der pathogenesis vun gastric Kriibs Équipe kann, ëmgeschriwwen war benotzt HLJ039 mat dräi zousätzlech isolates aus der selwechter Géigend [22] erholl ze vergläichen. Wéi virdru beschriwwen, war HLJ271 vun engem Patient mat gastric oppent erholl. HLJ193 an HLJ256 sech vu Patienten mat atrophic gastritis erholl. Verschidde Regiounen (Drs) vun HLJ039 sech laanscht seng chromosome Standuert ausgezeechent. Drs kuckt Haaptrei (Disken) Enregistréiere a Läsche vun HLJ039 zu coding Verglach zu den aneren dräi genomes. VerfÜgung Fir d'phylogenetic characterization vun HLJ039 mat der publik H. pylori VerfÜgung Nepgen Message, 53 ganzt Nepgen Message aus ofgebaut goufen definéieren GenBank fir phylogenetic Bam Bau (Zousätzleche Fichier 1). P12 war als Referenz Nepgen benotzt. Vergläicher mat der nucmer Programm vu MUMMER3 ëmgesat am Panseq [23] huet. Genomes waren an 500-BP Segmenter fragmentaresch dass zu all 54 genomes präsent ze ginn hat an de Kär Nepgen abegraff gin. Horizontal normalerweis transferéiert Genen ënnert verschiddene analyséieren héich genetesch Diversitéit hunn, zum Beispill, d'plasticity Zonen, déi gerannt Typ IV secretion Systemer, R-M Systemer, oder transferable Frankräich Inselen. Laut dem Prinzip vun der Pluralitéit Formatioun vun der Notzung vun Panseq, dës Potential géif horizontal Genen aus dem Kär Genen geläscht ginn. Single Nukleotid schiefgang (SNPs) am Kär genomes bestëmme a benotzt en Phylip-drënner Fichier ze generéieren. Concatenated SNPs zu Längt vun 29,259-BP sech mat der Nopesch-Bäitrëtt Method an MEGA5 engem phylogenetic Bam ze bauen benotzt. Bootstrap Method benotzt gouf d'Stabilitéit vun der phylogenetic Bezéiungen ze bewäerten. VerfÜgung Frankräich Donnéeën Oflagerung VerfÜgung Dat ganzt Nepgen Gewier Projet huet um DDBJ /EMBL /GenBank ënner Bäitrëtt Zuel JAAA00000000 verschéckt ginn, iwwerdeems Versioun JAAA01000000 ass an dësem Pabeier beschriwwen. VerfÜgung Qualitéits- VerfÜgung Déi Frankräich DNA war aus enger reng cultured H. pylori VerfÜgung Deformatioun ofgebaut a confirméiert konventionell biochemical Tester mat (positiv fir urease, catalase, an oxidase). De Bruyneel Server huet benotzt, fir potentiell heterogen contaminations diskutéieren. VerfÜgung Ufanksniveau Conclusiounen VerfÜgung Mir 42. contigs schlussendlech mat enger Gesamtlängt vun 1.611.192 BP kritt an virausgesot 1.687 Disken am Projet Nepgen vun Deformatioun HLJ039. Zousätzlech Informatiounen zu der sequencing Rapporte vun HLJ039 (zousätzlech Fichier 2) abegraff. D'G + C Inhalt war 38,72%. D'subsystem Verdeelung an allgemeng Informatiounen iwwer d'Potential funktionell Distributioun vun HLJ039 sinn zu Dorënner 1. bis den zousätzleche dräi HLJ genomes Verglach gewisen, HLJ039 huet 10 verschidde Regiounen (Drs). Detailléiert Informatiounen iwwer dës Fragmenter ass an Table 1. D'Plaze vun dësen Drs sinn am ganzen Nepgen (Dorënner 2) Fortgeschratten gewisen. Ongeféier d'Halschent vun dëse Message encoded hypothetesch Proteinen. Déi meescht vun den DR Message Proteinen an DNA methylase an enger Restriktioun Modifikatioun Aktivitéit Équipe encoded. Virun allem, eng eenzegaarteg 547-BP ofgesprengt (DR9) 93% Identitéit mat engem hypothetesch FAQ vun Helicobacter cinaedi VerfÜgung ATCC BAA-847 fonnt gouf sharing datt ni virdrun an all aner H. pylori VerfÜgung analyséieren präsent war, déi uginn eng méiglech horizontal Gentherapie Transfert tëscht H. pylori VerfÜgung an H. cinaedi VerfÜgung. DR9, matzen am scaffold 5, Text an enger 1,371-BP Gentherapie Zeechesaatz Typ III Restriktioun endonuclease, wat fir adenine-spezifesch DNA methylase Modifikatioune responsabel ass. Figur 1 Subsystem Verdeelung Statistike vun Helicobacter pylori Deformatioun HLJ039 duerch d'rapid Annotation generéiert benotzt subsystem Technologie Server. VerfÜgung Table 1 Grondakommes Informatioun vun de verschiddene Regiounen (Drs) vun HLJ039 VerfÜgung DR
Start
End
Gene Beschreiwung
DR1
145736 VerfÜgung 180926 VerfÜgung 25 hypothetesch Proteinen, VirB4, DNA topoisomerase ech, Para, Mobile Element FAQ, éischt ORF am transposon ISC1904 VerfÜgung DR2 VerfÜgung 618752 VerfÜgung 619703 VerfÜgung Fucosyltransferase VerfÜgung DR3 VerfÜgung 740131 VerfÜgung 740654 VerfÜgung hypothetesch FAQ VerfÜgung DR4 1200420
1202309 VerfÜgung hypothetesch FAQ VerfÜgung DNA-cytosine methyltransferase VerfÜgung DR5 VerfÜgung 1254233 VerfÜgung 1256053 VerfÜgung hypothetesch FAQ VerfÜgung DR6 VerfÜgung 1335551 VerfÜgung 1337398 VerfÜgung Typ II m6A methylase (hinFIM) VerfÜgung hypAIVR VerfÜgung DR7 VerfÜgung 1393932 VerfÜgung 1394805 VerfÜgung hypothetesch FAQ
DR8 VerfÜgung 1443251 VerfÜgung 1445196 VerfÜgung Typ II Aktivitéit DNA Modifikatioun VerfÜgung hypothetesch FAQ VerfÜgung DR9 VerfÜgung 1484058 VerfÜgung 1484604 VerfÜgung hypothetesch FAQ 93% Identitéit mat e Brochstéck vun Helicobacter cinaedi sharing VerfÜgung ATCC BAA-847 VerfÜgung DR10 VerfÜgung 1538060 VerfÜgung 1539662 VerfÜgung Type IIG Restriktioun an Modifikatioun Aktivitéit VerfÜgung Dorënner 2 Genom Formatioun vun gastric carcinoma isoléieren HLJ039 mat Net-carcinoma isolates. zu All heivun Conclusiounen Highlight de wichteg Roll vun DNA Restriktioun Modifikatioun Systemer an H. pylori VerfÜgung Frankräich recombination. A Ganzen 29.259 Kär SNPs waren ënnert de 54 analyséiert Nepgen Message fonnt. Baséierend op engem Kär Nepgen SNP Analyse vun 54H. pylori VerfÜgung zu verschiddenen weltwäit Regiounen verdeelt analyséieren, war e phylogenetic Bam generéiert der HLJ039 subtype ze weisen. All analyséieren sech an verschidden Gruppen klassifizéiert vun virdrun Studien definéiert no multilocus Haaptrei ennerluecht [24, 25]. Figur 3 weist dass HLJ039 als gehéiert zu der hspEAsia Ënnergrupp definéiert gouf, déi fir de hpEastAsia Grupp goung. Figur 3 Phylogenetic Analyse vun 54 analyséieren Helicobacter pylori baséiert op hirem Kär Nepgen Single Nukleotid schiefgang. VerfÜgung Opgepasst: Verschidden Regiounen (Drs) rappeléiert coding Haaptrei Enregistréiere a Läsche vun HLJ039 Verglach zu den aneren dräi genomes Future Richtungen VerfÜgung D'Heefegkeet vun gastric carcinoma am Osten asiatesch Länner VerfÜgung relativ héich ass [18, 19. ]. Fir d'Potential pathogenic Mechanismen beschen datt zu dësem Phänomen bäidroen kënnen, méi Osten asiatësch H. pylori VerfÜgung analyséieren muss éischte Nepgen ginn. D'analyséieren fir sequencing ausgewielt soll representativ sinn an geographesch Variant eliminéiert. Eis Zukunft Richtungen Schwéierpunkt op grouss-Skala Frankräich sequencing vu verschiddene Medeziner isolates aus Beräicher mat héije Heefegkeet vun gastric Kriibs. Méi detailléiert souwéi Restriktioun an Modifikatioun Systemer an DNA methylation Équipe Analysë fir Etuden vun H. pylori VerfÜgung -induced gastric Kriibs am meeschte attraktiv Richtungen wier. Zoustëmmung VerfÜgung informéiert VerfÜgung schrëftlech Erlaabnes vun de Patient kritt huet fir der Publikatioun vun dësem Rapport an all accordéiert Biller. VerfÜgung Disponibilitéit Donnéeën vun ënnerstëtz VerfÜgung weider Daten d'Resultater ënnerstëtz hei gemellt gi bannent den zousätzleche Fichieren abegraff. VerfÜgung Deklaratioune VerfÜgung Merci VerfÜgung dës Aarbecht vun ënnerstëtzt gouf engem Fong fir China Superzuel-Projet fir ustiechend Genau (2011ZX10004-001) a Subventiounen aus der National Technology R &. d plangen an der 12. Fënnef-Joresplang vu China (2012BAI06B02) VerfÜgung Electronic zousätzlecht Material VerfÜgung 13099_2014_126_MOESM1_ESM. bleiwt Weider Fichier 1: Allgemeng Informatiounen fir d'publik genomes (Intrigue 60 kB) 13099_2014_126_MOESM2_ESM.doc Weider Fichier 2:.. Versammlung Informatioune fir HLJ039 (Intrigue 27 kB) Auteuren 'original deposéiert Fichieren fir Biller VerfÜgung sinn ennen d'Linken op original deposéiert 'Auteuren Fichieren fir Biller. 13099_2014_126_MOESM3_ESM.tiff Auteuren 'original Datei fir Figur 1 13099_2014_126_MOESM4_ESM.tiff Auteuren' original Datei fir Figur 2 13099_2014_126_MOESM5_ESM.tiff Auteuren 'original Datei fir Figur 3 Wettsträit Interessen VerfÜgung D'Auteuren erklären, datt se keng Competitioun Interessen hunn. VerfÜgung Auteuren' Contributiounen VerfÜgung yy der Bioinformatik Analyse a geschriwwen déi mëttelalterlech Handschrëft gesuergt; MZ an SH sech fir Bakterien Isolatioun a Identifikatioun responsabel; LL, XH an léisen standing Frankräich sequencing; JZ an PN entworf der Etude a gëtt finanziell Ënnerstëtzung fir dës Aarbecht. All Auteuren liesen an guttgeheescht der Finale mëttelalterlech Handschrëft. VerfÜgung

• Adjuvant Chimio-Stralung fir gastric adenocarcinoma: eng institutionell Erfahrung
• E Fall vun metastatic leptomeningeal carcinomatosis aus fréi gastric carcinoma