Stomach Health > skrandžio sveikatos >  > Gastric Cancer > skrandžio vėžys

PLoS ONE: Asociacija tarp DNR kopijų skaičiaus aberacijos esant chromosomos 5q22 ir skrandžio vėžio

Anotacija

Fonas

Skrandžio vėžys yra paplitusi vėžio. Atrasti naujus genetinius biologinius žymenis gali padėti nustatyti didelės rizikos asmenims. Kopijuoti skaičius variacijos (CNV) neseniai buvo įrodyta, kad turėti įtakos rizikos keletą vėžio. Šio tyrimo tikslas buvo siekiama išbandyti tarp kopijų skaičiaus susijungimą variantą regione ir GC.

Metodai

110 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams ir 325 sveikų savanorių iš viso buvo įtraukti į šį tyrimas. Mes ieškojome CNV ir rado CNV (variacijos 7468), kuriame dalį APC pervežimas geno, SRP19
genų ir REEP5
geno. Mes pasirinkome keturis zondai orientuojantis į APC-intron8 pervežimas APC-exon9
SRP19 parsisiųsti ir REEP5
apklausti šį CNV. Konkretūs TaqMan zondai paženklinti skirtingų reporteris fluoroforezės buvo naudojami realaus laiko PGR platforma gauti kopijos numeris. Tiek originalūs ne sveikasis duomenys ir transformuoti sveikasis duomenys kopijų skaičiaus buvo naudojami analizės.

Rezultatai

Skrandžio CANER pacientai turėjo mažesnį ne sveikasis skaičius kopijos numeris, nei valdiklio APC-exon9
zondas (Pritaikytas, p = 0,026) ir SRP19
zondas (Pritaikytas p = 0,002). Iš sveikas kopijų skaičiaus analizė davė panašų modelį nors ir mažiau reikšmingas (Pritaikytas p = 0,07 už APC-exon9
zondo ir Pritaikytas p = 0,02 už SRP19
zondas).

išvados

nuostoliai per CNV at 5q22, ypač DNR regiono apylinkes, APC-Exon 9
, gali būti susijęs su didesne rizika, skrandžio vėžio.

nurodomoji : Tsai kompiuteris Huang PV, Tsai HL Ma CJ Hou MF Yang TL, et al., (2014) Asociacija tarp DNR kopijų skaičiaus aberacijos esant chromosomos 5q22 ir skrandžio vėžio. PLoS ONE 9 (9): e106624. Doi: 10,1371 /journal.pone.0106624

redaktorius: Čing-Yi Wei kunigaikštis vėžio instituto, Jungtinės Amerikos Valstijos

Gauta 29 balandžio 2014 m Priimta 30 Liepos 2014 m Paskelbta rugsėjo 11, 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Tsai et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Duomenų prieinamumas:. autoriai patvirtina, kad visi duomenys, kuriais grindžiamos išvados visiškai prieinama be apribojimų. Visi atitinkami duomenys yra per popieriaus ir jo Pagalbinė informacija failus

Finansavimas:. Šis darbas buvo remiamas dotacijas iš Kaohsiung medicinos universiteto klinikų (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Kompetencijos vėžio tyrimų centras Grantas per finansavimo iš sveikatos apsaugos departamento vykdomasis juanių, Taivano, Kinijos Respublika (MOHW103-TD-B-111-05), Nacionalinė mokslo taryba Kinijos Respublika (NSC 99-2320-B 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Steigėjai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) yra ketvirtoji dažniausia vėžio ir trečia pagrindinė priežastis, dėl mirčių nuo vėžio visame pasaulyje vyrams; penktoji dažniausia vėžio ir penktoji pagrindinė priežastis, dėl vėžio mirties moterų [1]. Pasak Tarptautinės agentūros vėžio tyrimų (IARC), Japonija, Kinija ir Korėja turi dažniau tarifus GC [2]. Taivane GC buvo šeštas pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirties 2010 m (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; atvertas 2011 birželis). Skrandžio vėžys yra labai sudėtinga ir demonstruoja įvairiapusiškumą klinikinių, biologinių ir genetinių aspektų. Žinomos aplinkos veiksniai, kurie turi įtakos GC yra Helicobacter pylori (H. pylori)
infekcija, mitybos įpročių, rūkymo, šeimos istorija, ir lytį (didesnė vyriškosios į moteriškąją santykis) [3]. Kaip šeimos istorija yra pagrindinis rizikos veiksnys GC, naujausi tyrimai sutelktas į genetinių veiksnių, kurie vaidina svarbų vaidmenį GC. Keli tyrėjai užfiksavo, genetinius pakitimus, kurie yra susiję su GC plėtros [4].

Skrandžio vėžys dažnai eksponuoja vėlai klinikinę būklę, ir tai paprastai diagnozuojama vėlyvos stadijos ir vykdo prastą prognozę. Ankstyvas GC yra labai svarbus gerinant gydomasis poveikis ir sumažinti mirtingumą, todėl nustatant atitinkamas genetines biologinius žymenis gali padėti anksti nustatyti GC. buvo išardyti Daug asociacijų tarp struktūrinių genomo pokyčius ir ligų jautrumo [5], [6]. Keletas specifinių genetinių pokyčių, įskaitant dubliavimo ir mutacijos buvo įtariama ar yra patvirtinta, yra susiję su GC progresavimo [7]. DNR kopijų skaičiaus svyravimai (CNVs) yra bendra kelių vėžio ir kitų ligų požymius. Variacijos DNR kopijų skaičiaus gali būti didelės rizikos GC asmenims rodiklis. Naudojant lyginamąjį genomo hibridizacijos (CGH) /masyvas-CGH (aCGH) analizė, keletas genomikos regionai buvo rasta GC ląstelių arba GC pacientams turėti naudos DNR regionuose, įskaitant 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12 ir 20q11-13 ir nuostoliai DNR sričių, įskaitant 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13 ir 18q22 [8] - [13]. Šie rezultatai rodo, kad chromosomų nestabilumo modeliai gali koreliuoja su klinikos-patologinis charakteristikas GC.

Ankstesni tyrimai dokumentais anomalijos adenomatozinės polipoze coli ( APC
) geną chromosomos 5q22 į rezultatas adenomatozinės polipozės (FAP), paveldimos ne polipoze gaubtinės žarnos vėžio ir kitų vėžio formų [14] - [16]. Dauguma dažnai nuostoliai kopijavimo skaičių 5q22 GC pacientų skirtumą rasinės apibendrinti S1 Stalo Failų S1 [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Tyrimai pranešė, kad 15,4% Japonijos [10], 35% korėjiečių [21], ir 21% Turk [20] GC pacientų genų mutacijas ne 5q14-22. buvo rastas nuostoliai egzemplioriaus numerį chromosomos 5q22 būti reikšmingai susijęs su histologinio tipo [13], [18], [19], limfmazgių būklė [12] ir metastazės [12] GC pacientams. Be to, į santykius su skrandžio vėžiu, 5q nuostoliai taip pat buvo dažnai dalyvauja ikivėžinių etape [17], [22]. Šie tyrimai parodė, kad APC
genas gali vaidinti svarbų vaidmenį GC. Todėl šiame tyrime mes išbandė kopijų skaičiaus susijungimą 5q22 su GC į Taivano gyventojų.

Metodai

Studijų gyventojų

110 GC pacientai ir 325 sveikų buvo įtraukti iš Kaohsiung medicinos universiteto klinikų Taivane. Visi pacientai buvo arba Taivanio ar žemyninės Kinijos. GC buvimas taip pat buvo patologiškai patvirtino. Histologinę laipsnio buvo suskirstyti pagal Lauren [23] nustatytus kriterijus. Navikas sustojimo buvo pagal Amerikos jungtinio komiteto Vėžys (AJCC) sustojimo sistema [24]. Dalykai, kurių kitų piktybinių navikų buvo pašalinti iš tyrimo. Valdymo subjektai buvo sveiki savanoriai, kurie dalyvavo reguliariuose sveikatos ištyrimas tuo pačiu ligoninę. Nė vienas iš kontrolės turėjo asmeninę istoriją vėžio ar kitų diagnozuojamų reikšmingų skrandžio sutrikimų ne registracijos metu. Tyrimo protokolai ir metodai buvo patvirtintas pagal institucinius peržiūros valdybos Kaohsiung medicinos universiteto klinikų. Visi dalyviai jeigu parašyta informuoto sutikimo iki tyrimo pradžios.

Pasirinkite kandidatas CNV GC susijusių

kandidatas CNVs apimanti APC
genas ne chromosomos 5q22 buvo paimti iš viešosios duomenų bazės (duomenų apie genomo variantų, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~HEAD=pobj~~number=plural). Iki 2010 lapkričio mėn duomenų išvardyti fiziniai pozicijas 66,741 CNVs esančių 15,963 bendrų CNV regionuose. Tarp jų buvo CNV (Variacija 7468) ne 5q22 kad žiūrėtos 127,5 kb (chromosomos buvimo vieta: 112.138.707 į 112,266,194, remiantis NCBI statyti 36 /hg18 versija) apimanti iš APC pervežimas geno dalį ir SRP19
genas numatyta išankstine DNR grandines ir REEP5 pervežimas geną atvirkštine DNR grandines. Remiantis masyvo CGH duomenimis nuo 50 sveikų Prancūzijos vyrų, iš pelno ir nuostolių kopijų dažnis šiame regione buvo 2% ir 2%, atitinkamai [25]. Literatūra rodo šešis mutacijų alternatyviai-susiraizgiusių regione egzono 9 d APC pervežimas geno būti susijęs su FAP [26] ir storosios žarnos vėžio [27], bet nė vienas buvo pranešta, atsižvelgiant į GC.

Mes pasirinkome dvi kaimynines zondai apklausiant intron8 ir exon9 iš APC
genas, atitinkamai, vienas zondas SRP19
geno, ir vienas zondas REEP5
genas aptikti kopijavimo numeriu CNV o RPPH1
buvo naudojamas kaip atskaitos geno. Šie zondai yra komerciškai prieinamas nuo TaqMan (Applied Biosystems INC (ABI), CA, JAV) ir jų informacijos apie genomų (build 36 /hg18) rodoma S2 Stalo Failų S1 ir S1 paveiksle Failų S1.

Genomo DNR paruošimas ir realaus laiko PGR už kopijų skaičiaus nustatymas

DNR išskyrimas buvo atliekamas naudojant rinkoje parduodamus DNR išskyrimo rinkiniai (QIAamp DNR mini komplektas, Qiagen, Hamburgas, Vokietija). RNazės A (Qiagen) buvo naudojamas virškinamas viengubos grandinės RNR už RNR be DNR atskirai. Genominės DNR išskirta iš periferinio kraujo leukocitų. DNR buvo įvertintas pirmasis UV absorbcija (Beckmano DU 640 Spektrofotometras; Beckman Coulter, Brea, CA, JAV) ir tada papildyta Real-Time PCR. prieš genotipas DNR koncentracija buvo pakoreguotos iki 10 ng /mikrol. Realaus laiko PGR buvo atliekama naudojant TaqMan zondai į ABI 7900HT Realaus laiko PGR priemonės (ABI). Komerciniam naudojimui FAM dažų žymėto zondai buvo siekiama sustiprinti APC
SRP19 parsisiųsti ir REEP5
. VIC dažų paženklinti ribonukleazė P, RNR sudedamoji H1 (RPPH1)
buvo naudojamas kaip endogeninio kontrolės, nes RPPH1
turi lygiai dvi kopijas per diploidinį žmogaus genomo, kuri yra ant chromosomų 14q11.2 [ ,,,0],28]. Gruntai ir zondai iš pradžių buvo suprojektuoti genomo sekos (build 36 /hg18), naudojant ABI patentuotą programinę įrangą. TaqMan kopijų skaičiaus analizė pateikta 1 iL APC, SRP19 arba REEP5
zondas (20x, FAM paženklintas), 1 iL RPPH1
zondas mišinys (20x, VIC paženklintas), 10 mikrol TaqMan Universalus PGR pagrindinio mišinio (2x), 1,5 mikrol genominės DNR ir 6,5 mikrol vandens. Amplifikacijos protokolas naudojamas reakcijos yra 95 ° C temperatūroje 10 min, po to 95 ° C temperatūroje 15 sekundžių ir 60 ° C temperatūroje 1 min 40-čiai ciklų. Rankinis riba ciklas riba (CT) 0,2 ir automatinis pradinis buvo naudojamas siekiant aptikti šablono kiekį tikslinių genų ir RPPH1
geno sekos nustatymo sistemos programinės įrangos (ABI versija 2.4). Kiekvienam mėginiui keturi zondai ( APC-intron8 APC-exon9, SRP19, pervežimas ir REEP5
) buvo atliktos kartu su vidaus kontrolės. Tikslinės zondai ir vidaus kontrolės buvo pakrauta tuo pačiu šulinio ir ir kiekviena reakcija buvo atliktas quadruplicates. CopyCaller programinė įranga (ABI, 1.0 versija) buvo naudojamas apskaičiuoti sveikas kopijos numeris kiekvieno zondo remiantis realaus laiko PGR duomenis. Mes apskaičiuojamas vidurkis ir standartinis nuokrypis (SN) quadruplicates apie ΔCt kiekvienam dalykui. Kontroliuoti duomenų kokybe, duomenys buvo filtruojamas naudojant tris veiksmus. Tik dalykai, kurie praeis visus tris etapus duomenų kokybės kontrolės

Kopijuoti numerį kokybės kontrolės
buvo naudojamos vėlesniais tyrimais.

kokybės kontrolės duomenų, kopijos numeris kiekvieno zondo nuo nekilnojamojo Game PGR buvo filtruojamas trimis etapais. Pirmajame etape buvo tikrinami duomenys nuo individualių realaus laiko PGR veikia. Šie kriterijai buvo taikomi išskyrus analizei: 1) VIC ct > 32, galbūt dėl ​​to, kad nebuvo išplėtoti vidaus RPPH1
signalą, 2) bet zondas su ΔCt > 4.0 arba 3) FAM Ct > 40 , Duomenys, kurie susitiko su pastarųjų dviejų kriterijų pasiūlė amplifikacijos tikslinių zondai nesėkmę, todėl duomenys buvo laikoma nepatikima. Po pirmojo žingsnio, mes apskaičiavome vidutinį ΔCt kiekvieno studijų dalyko.

Antrasis žingsnis buvo neįtraukti į vidutinį ΔCt išskirčių naudojant ± 3 SDS kaip Apipjaustymas. Po to, kai pirmojo ir antrojo etapų, kopijos numeris kiekvieno zondo kiekvieno individo buvo apskaičiuojamas pagal formulę 2 -ΔΔCt × 2. Atitinkamai, kopijos numeris gali būti ne sveikasis skaičius. Atsižvelgiant į tai, kad kopijos numeris teoriškai sveikas, mes toliau sekė CopyCaller programinės įrangos gaires įvertinti kiekvieno kopijų skaičiaus, naudojant automatinį maksimalaus tikėtinumo analizės metodą, remiantis tikimybių tankio pasiskirstymą visuose mėginiuose sveikasis skaičius.

Galiausiai , pagal į sveikasis skaičius kopijų skaičiaus paskirstymo, standartizuotas z rezultatas ir patikimumo vertė buvo apskaičiuota. Didesnė absoliuti vertė standartizuotą z balas ir mažesnis pasitikėjimas vertė reiškė didesnį variacijos. Kaip siūlė vartotojo gairių CopyCaller programinės įrangos (ABI, versija 1.0), trečiasis žingsnis duomenų kokybės kontrolei yra pašalinti visus mėginius, kad susitiko su abiem iš šių kriterijų: 1) absoliuti vertė z balas > 2,65 ir 2) pasitikėjimas vertė < 0,9. Tik dalyviai, kurie praėjo visus tris žingsnius duomenų kokybės kontrolės buvo naudojamos vėlesniais tyrimais.

Statistinė analizė

Kadangi tik nedaugelis dalyvių turėjo kopijos numeris didesnis kaip 3 arba mažiau nei vieną, kopijos numeris buvo suskirstyti į tris grupes (≤1, = 2, arba ≥3). Norėdami patikrinti, tarp kopijavimo skaičius kategorijoje kiekvieno zondo ir ligų statuso asociacijos, mes panaudojome logistinę regresiją su patikslinimus amžių ir lytį. Kursai koeficientai (PVA) ir jų 95% pasikliautinieji intervalai (CIS) buvo apskaičiuotas. Mes taip pat apskaičiavo atitikčių norma kopijų skaičiaus kategorijos visoje keturių zondų. Cochran-Armitage tendencija bandymas buvo naudojama ir siekiant rasti tiesinė priklausomybė tarp kopijų skaičiaus tikslinių zondų ir GC rizika. Stjudento t ir Mann-Whitney U (jei ne paprastai pasiskirsto) buvo naudojamas palyginti kopijavimo skaičių kiekvieno zondo tarp GC pacientų ir sveikų. Dviejų-tailed p reikšmė < 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas. Statistinė duomenų analizė buvo atliekama JMP programinės įrangos versija 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA).

Rezultatai

Studijų dalykai

Visi 110 GC pacientams ir 325 kontrolinės grupės tiriamųjų turėjo kopijos numerį, informaciją, apimanti mažiausiai vieną iš keturių zondų esant 5q22. Egzemplioriaus numeris vertės kiekvieno zondo pasiskirstymas parodytas 1 pav GC pacientams buvo reikšmingai vyresni nei sveikų (amžiaus; vidurkis ± SD GC pacientų = 66,5 ± 13,8, Valdo = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Vyrai sudarė didesnei (61,8%) ir GC pacientų, bet jie sudarė tik 46,4% visų sveikų (p = 0,005). Tarp GC pacientų, 55 turėjo H. pylori
infekcija, 28 nebuvo užsikrėtę H. pylori parsisiųsti ir 27 neturėjo tokios informacijos. 37 GC pacientų histologinio Lauren klasifikaciją (19 pasklidųjų, 16 trakto ir 2 mišrios potipius); 34 turėjo diferenciacijos laipsnį (3 gerai diferencijuota, 9 vidutiniškai diferencijuoti ir 22 blogai diferencijuotą); 45 turėjo AJCC auglio stadijos (I 12 etapas, 7 II etapas, 13 III etapas ir 13 IV etapas).

asociacija tarp CNV ir skrandžio vėžio

Kaip ir tikėtasi, dauguma dalyvių tyrimas turėjo 2 kopijas netoliese CNV segmentas: pradedant nuo 78,2 iki 92,6% tarp 4 zondai kontroliniuose ir nuo 87,3 iki 93,6% per GC pacientams. Współbrzmieniowy norma kopijos numeris visoje 4 zondai svyravo nuo 80,5 iki 93.1% (lentelė S3 Failų S1). Ši kopija skaičius buvo dažnai kintamasis didesniame regione žinomas funkcionalus, APC parsisiųsti ir SRP19
. Todėl variantai gali sudaryti nuotolinės ilgio ir funkcinių variacijų (lentelė S3 Failų S1). Dėl zondo APC-exon9
, 9,1% GC pacientų priklausė kopijuoti numerį 3 kategorijos, o 17,5% kontrolės buvo 3 laipsnio (arba = 0,48, 95% PI: 0.22-0.93; žalios, p = 0,04, Amžius /Lytis pakoreguotas, p = 0,07, 1 lentelė). Panašiai, mažiau GC pacientai buvo 3 kategorijai, palyginti su kontrolinės grupės tiriamųjų kitiems trims zondai, tačiau skirtumai nebuvo reikšmingas (1 lentelė). Be to, nuo dozės priklausomas santykiai buvo pastebėtas tarp GC ir kopijų skaičiaus zondo už APC-exon9 pervežimas (1 lentelė). Tai reiškia, kad kontrolė buvo linkę turėti didesnę dalį pelnas kopijų skaičiaus, nei tais atvejais su tendencija p vertės 0,026 (Amžius /Lytis reguliuojamas p = 0,067 ir trendo testas).

Kadangi kopijos numeris buvo įvertintas pagal realaus laiko PGR duomenimis, originalas skaičius nebuvo sveikas, o ne paprastai platinamas. Todėl mes taip pat išbandyti neparametrinį asociaciją tarp ne sveikomis duomenų apie kopijų skaičiaus ir statusą dėl ligos. Vidurkiai ir interkvartiliniais intervalais (IQRs) kopijos skaičių kiekvieno zondo ( APC-intron8 APC-exon9, SRP19, pervežimas ir REEP5
) buvo lyginami tarp GC pacientų ir sveikų ( 1 lentelė). Panašus į rezultatus sveikuoju kopijų skaičiaus, GC pacientai turėjo daug mažesnę kopijos numeris, palyginti su kontrolės ir APC-exon9
(žalios P ​​t test = 0,006, žalios p Mann-Whitney U bandymas = 0,013, seksas /amžius pakoreguotas, p = 0,026) ir SRP19
(žalios p t test = 0,0004, žalios p Mann-Whitney U testą = 0,017, seksas /amžius pakoreguotas p = 0,002) zondai (1b pav ir 1C pav.) Nebuvo didelio skirtumo ir kitų dviejų CNV zondai ( APC-intron8 parsisiųsti ir REEP5
) (1A pav ir 1D pav.) Daugiau analizė tarp kopijų skaičiaus ir GC klinikinių patologinių klasifikacijų koreliacijas, rezultatai parodė, kad jokių reikšmingų kopijų skaičiaus skirtumo egzono-9, APC
genas nepriklausomai nuo histologinių, diferenciacijos klasėse ar TNM etape, tai gali ė l mažos imtys (2 lentelė).

Diskusijos

Šis tyrimas naudojamas 4 zondai ištirti ryšį tarp kopijavimo skaičius variacijos susijungimą chromosomos 5q22 ir GC. Šis regionas apima tris genus: 3 'galo APC pervežimas geno, visa SRP19
geno ir 3' REEP5 pervežimas geno. Dėl zondo APC-exon9
, valdymo turėjo didesnes kopijų skaičiaus vertes, nei GC pacientų visose trijose analizes (pvz, kopijuoti numerį kategoriją testą tendencija, o ne sveikasis skaičius kopijos numeris). Iš zondas, SRP19
taip pat turėjo žymiai didesnę kopijos numeris (remiantis kopijų skaičiumi kategorijos ir ne sveikasis skaičius analizes) kontrolinių negu GC pacientams. Dėl APC-intron8
ir REEP5
zondai, kopijos numeris vertės buvo reikšmingai nesiskyrė GC pacientų ir kontrolinės grupės bet kuriuo iš trijų analizės. Šio tyrimo rezultatai rodo, kad sumažintas kopijų skaičiaus šio CNV regione gali būti susijęs su didesne rizika, skrandžio vėžio.

APC
genas, kuriame yra 15 egzonų įsikūręs chromosomos 5q21-22. Dauguma mutacijos APC
geno nepastebėta egzono 15 FAP pacientų [26] ir GC pacientų [29]. Šeši mutacijų alternatyviai-susiraizgiusių regione egzono 9 buvo dokumentuota būti susijęs su FAP [26] ir storosios žarnos vėžio [27], bet nebuvo pranešė šios mutacijos būti susijęs su GC. Šis tyrimas yra pirmasis pranešti tarp kopijų skaičiaus susijungimą APC-exon9
ir GC. Galimas WNT /β kateninai /TCF signalizacijos perdavime kelias susijęs su APC buvo pranešta GC [30]. Vienas pagrindinė funkcija APC Manoma reguliuoti nemokamą ß kateninai ir taip, praradimas APC funkcijos gali sukelti beta kateninai komplekso ir ląstelių kaupimąsi beta kateninai nestabilumo. Ant perkėlimas į branduolį, β kateninai tarnauja kaip T ląstelių faktoriaus-priklauso nuo transkripcijos aktyvatoriaus, ir dėl to padidėja išraiškos kelių konkrečių tikslinių genų, kurie gali būti įtraukta į skrandžio pažeidimų, pradedant nuo chroniško gastritas, skrandžio atrofijos, žarnyno metaplazijos atsiradimo , displazija pagaliau skrandžio adenokarcinoma [31].

CGH platforma buvo plačiai naudojamas vėžio tyrimus, o šios platformos zondai dažnai apima DNR regionas ilgiau nei 1 kb DNR regione. Todėl CGH požiūris yra ribotas įvardyti CNV segmentus, kai pokyčiai yra mažiau nei 1 kb. Šiame tyrime mes naudojome specialius TaqMan zondai paženklinti skirtingų reporteris fluoroforezės (VIC ir FAM) į vieną reakciją. Šis metodas leido mums aptikti subtilesnių DNR pokytį. PGR amplifikacija kiekvienam išbandyti zondo remiantis ABI TaqMan buvo įvertinta, kad beveik 100% efektyvus [32]. Neseniai, šis metodas buvo plačiai naudojami kitų ligų, tokių kaip amžiumi susijusios geltonosios dėmės degeneracijos ir alerginės astmos [33], [34]. Prieš kopijų skaičiaus genotipo, mūsų genomo DNR koncentracija buvo griežtai nustatytas ir valdomas naudojant du nepriklausomus metodus: UV absorbcija (racionalų santykį asortimentą OT 260/280: 1,8 ± 0,2) ir PGR amplifikacija iš RPPH1
(racionalaus Ct diapazone Vic: 25-27). Amplifikacija RPPH1
buvo atliktas tuo pačiu pat zondo siekiant apsaugoti nuo dirbtinių variantų (pavyzdžiui, skirtumų DNR pakrovimo arba klaidinga aptikimo null genotipo). Todėl, mūsų metodas gali būti laikoma patikima kiekybiniam apibūdinimo fragmentinių CNV. Remiantis ankstesniais CGH eksperimentus, pranešė tyrimų, 2% nuostolių kopijų ir 2% pelno kopijas 5q22 sveikų Prancūzijos vyrų [25]. Mes naudojome TaqMan zondai, kurie turi didesnę rezoliuciją aptikti mažesnį regionas kopijų skaičiaus kitimo, ir nustatė, kad nuostolio egzemplioriais 4 zondai procentas svyravo nuo 0 iki 2,7% sveikų Taivanio. Tačiau didesnę dalį pelno kopijų svyruoja nuo 2,7% ( REEP5
) iki 14,1% ( APC-exon9
), buvo pastebėta, kad sveikų vyrų. Panašūs į dalyvių vyrų duomenimis, pelnas kopijų dažnis APC-exon9
taip pat buvo didelis moterų dalyvių (20,2% pelno kopijos). Tačiau kitas tyrimas tiria Japonijos gyventojų taip pat pranešė, didesnę dalį (20,6%) pelno kopijavimo skaičių 5q kur mūsų tiriama, CNV yra įsikūrusi [9].

Kaip ir tikėtasi, dauguma dalyvių turėjo 2 kopijas CNV segmentas tarp keturių zondų visų dalykų. Tik 80% Współbrzmieniowy lygis buvo tarp kopijų skaičiumi matuojamas APC-exon9
zondo ir SRP19
zondas (lentelė S3 Failų S1). Tai iš tikrųjų mažiausia atitikimas norma visiems poravimas kursų tarp zondų, nepaisant to, abu zondai buvo reikšmingai susijęs su GC. Tai yra įmanoma, kad variacija 7468 yra ne nuolatinis, CNV, tačiau ji laikoma todėl, kad ji buvo nustatyta naudojant masyvo CGH, technika su mažesnės rezoliucijos, negu šiandien (ty, ji gali susidėti iš kelių trumpesnių regionuose su kintama kopijų skaičiaus) , Todėl kintamasis riba geno gali būti susiaurinta nuo APC-exon9 į SRP19
. Kiek iš yra susirūpinęs APC-exon9
priekyje, ar egzistuoja kitos kintamos sritys, susijusios su GC reikia toliau tirti. Šiame tyrime nebuvo jokių reikšmingų skirtumų kopijų skaičiumi tarp GC pacientų ir kontrolės srityje, APC-intron8 parsisiųsti ir net APC-intron7
(duomenys neparodyti).

kaip ir su daugeliu mokslinių tyrimų pastangų, mūsų tyrime buvo trūkumų. Mėginio dydis naudojami šiame tyrime galėjo būti pakankamas, kad būtų aptikti CNV su mažesnio efekto. Be to, mes nedaug informacijos apie klinikoje patologinių charakteristikų (pavyzdžiui, h. Pylori
infekcija, histologinę kokybės, diferenciacija laipsnio ir naviko stadija todėl sunku testavimo sąveikos CNV ir šių parametrų. Daugiau tiriamieji reikia patvirtinti šis rezultatas ateityje. Taigi, nuostoliai yra CNV at 5q22 (variacijos 7468), ypač DNR regiono aplinkinių APC-Exon 9, gali būti susijęs su didesne rizika, skrandžio vėžio. šio CNV nuostoliai gali tarnauti kaip romanas biologinis identifikuoti didelės rizikos asmenims. Nepaisant to, didelis asociacija mokymasis yra pagrįstas patvirtinti šio biologinis žymuo ir detaliojo mechanizmo naudingumą dar reikia patikslinti.

Pagalbinė informacija Vikipedija Vaizdas S1.
Kombinuotas Pagalbinė informacija failą. lentelė S1 Failų S1. genetinio sutrikimo metu chromosomos 5q22 GC studijas. lentelė S2 Failų S1. Informacija iš keturių zondų ne chromosomos 5q22 ir vidaus zondas chromosomos 14q11. lentelė S3 Failų S1. Konkordancijos egzemplioriaus skaičių tarp kiekvienos gretimos zondas (110 GC pacientams ir 325 sveikų). S1 paveiksle Failų S1. Iš keturių zondų vietose prie CNV sudėtyje yra APC /SRP19 /REEP5
genus
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0106624.s001
(docx)

Other Languages