Stomach Health > Maag Gezondheid >  > Gastric Cancer > Maagkanker

PLoS ONE: De associatie tussen DNA Copy Number Afwijkingen op chromosoom 5q22 en Gastric Cancer

De abstracte

Achtergrond

Maagkanker is voorkomende vorm van kanker. Het ontdekken van nieuwe genetische biomarkers kunnen helpen om hoog-risico individuen te identificeren. copy nummer variatie (CNV) is onlangs aangetoond dat het risico beïnvloeden verscheidene kankers. Het doel van deze studie werd getracht de relatie tussen het aantal kopieën te testen bij een variant regio en GC.

Methods

Een totaal van 110 maagkanker patiënten en 325 gezonde vrijwilligers namen deel aan dit studie. We hebben gezocht naar een CNV en vond een CNV (Variation 7468) met een deel van de APC
-gen, de SRP19
-gen en de REEP5
gen. We kozen voor vier probes gericht op APC-intron8
, APC-exon9
, SRP19 Kopen en REEP5
te ondervragen deze CNV. Specifieke Taqman probes gelabeld door verschillende reporter fluoroforen werden gebruikt in een real-time PCR-platform om het aantal kopieën te verkrijgen. Zowel de oorspronkelijke niet-integer data en getransformeerd integer gegevens over het aantal kopieën werden gebruikt voor de analyses.

Resultaten

Gastric Caner patiënten hadden een lagere niet-integer aantal kopieën dan controles voor de APC-exon9
sonde (Aangepaste p = 0,026) en de SRP19
sonde (Aangepaste p = 0,002). De analyse van integer aantal kopieën leverde een soortgelijk patroon hoewel minder significant (Adjusted p = 0,07 voor APC-exon9
sonde en Adjusted p = 0,02 voor SRP19
sonde).

Conclusies

Verlies van CNV bij 5q22, vooral in het DNA gebied rondom APC-exon 9
kan worden geassocieerd met een hoger risico op maagkanker.

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) de relatie tussen DNA Copy Number Afwijkingen op chromosoom 5q22 en maagkanker. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10.1371 /journal.pone.0106624

Editor: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, de Verenigde Staten van Amerika

Ontvangen: 29 april 2014; Aanvaard: 30 juli 2014; Gepubliceerd: 11 september 2014

Copyright: © 2014 Tsai et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Data Availability:. De auteurs bevestigen dat alle gegevens waarop de bevindingen zijn volledig beschikbaar zonder beperking. Alle relevante gegevens zijn binnen het papier en de Ondersteunende informatie bestanden

Financiering:. Dit werk werd ondersteund door subsidies van de Kaohsiung Medical University Hospital (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Excellence for Cancer Research Center Grant door de financiële steun van het ministerie van Volksgezondheid, Executive Yuan, Taiwan, Republiek China (MOHW103-TD-B-111-05) en de National Science Raad van de Republiek China (NSC 99-2320-B- 037-014-my3, NSC 94-2314B037-104). De oprichters hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Maagkanker (GC) is de vierde meest voorkomende vorm van kanker en de derde belangrijke oorzaak van kanker sterfgevallen wereldwijd in mensen; de vijfde meest voorkomende vorm van kanker en de vijfde belangrijkste oorzaak van kankersterfte bij vrouwen [1]. Volgens het Internationaal Agentschap voor Kankeronderzoek (IARC), Japan, China en Korea hebben een hogere incidentie van GC [2]. In Taiwan, GC was de zesde belangrijkste oorzaak van kanker-gerelateerde sterfgevallen in 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm, toegankelijk in juni 2011). Maagkanker is zeer complex en vertoont heterogeniteit in klinische, biologische en genetische aspecten. Bekende omgevingsfactoren die GC beïnvloeden zijn Helicobacter pylori (H. pylori)
infectie, eetgewoonten, roken, familiegeschiedenis, en seks (een hogere man-naar-vrouw-verhouding) [3]. Zoals familiegeschiedenis is een belangrijke risicofactor voor GC, hebben recente studies gericht op de genetische factoren die een rol spelen bij GC spelen. Verschillende onderzoekers hebben de genetische veranderingen die betrokken zijn bij de ontwikkeling van GC beschreven [4].

Maagkanker vertoont vaak late klinische beeld, en het is meestal gediagnosticeerd in het vergevorderde stadium en draagt ​​een slechte prognose. Vroege detectie van GC is essentieel voor het verbeteren van de therapeutische werking en vermindering van de sterfte derhalve het identificeren van de genetische biomarkers kunnen helpen om de vroegtijdige opsporing van GC. Een groot aantal van de associaties tussen structurele genoom veranderingen en ziekten vatbaarheid zijn ontrafeld [5], [6]. Aantal specifieke genetische veranderingen zoals duplicatie en mutatie zijn vermoedelijk of aantoonbaar gerelateerd aan GC progressie [7]. DNA copy number variations (CNV) en komen vaak voor in verschillende vormen van kanker en andere ziekten eindpunten. Variaties in DNA-kopieaantal kan een indicator voor hoog risico GC individuen. Met behulp van vergelijkende genomische hybridisatie (CGH) analyse /matrix-CGH (aCGH), hebben verschillende genomische regio's gevonden in GC cellen of GC patiënten om winsten van DNA regio's, waaronder 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12 en 20q11-13 en verliezen van DNA-regio's, waaronder 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13 en 18q22 [8] - [13]. Deze resultaten geven aan dat de patronen van chromosomale instabiliteit correleren met de kliniek-pathologische kenmerken van GC.

Eerdere studies hebben aangetoond afwijkingen in het adenomateuze polyposis coli (
APC) -gen op chromosoom 5q22 aan resultaat bij familiaire adenomateuze polypose (FAP), erfelijke niet-polypose colonkanker en andere kankers [14] - [16]. Meest voorkomende verliezen van het kopieaantal op 5q22 bij patiënten GC verschil ras zijn samengevat in tabel S1 S1 File [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Studies die 15,4% in het Japans [10], 35% in Korean [21] en 21% in Turk [20] GC patiënten had genmutaties op 5q14-22. Verlies van kopieaantal op chromosoom 5q22 is significant geassocieerd met weefseltype [13], [18], [19], lymfeklierstatus [12] en metastase [12] GC patiënten. Naast de relatie met maagkanker, werd 5q verlies vaak betrokken bij voorstadium [17], [22]. Deze studies hebben aangetoond dat de APC
-gen een belangrijke rol in GC kunnen spelen. Daarom is in deze studie hebben we de associatie van copy number getest bij 5q22 met GC in de Taiwanese bevolking.

Methods

Studiepopulatie

Een totaal van 110 patiënten en GC 325 gezonde controles werden geïncludeerd uit Kaohsiung Medical University Hospital in Taiwan. Alle patiënten waren ofwel Taiwanese of Chinese vasteland. De aanwezigheid van GC werd pathologisch bevestigd. De histologische graad werd geclassificeerd volgens de criteria van Lauren [23]. De tumor enscenering in overeenstemming was met het Gemengd Comité Amerikaanse on Cancer (AJCC) staging-systeem [24]. Patiënten met andere maligniteiten werden uitgesloten van de studie. De proefpersonen waren gezonde vrijwilligers die deelnamen in de reguliere gezondheid check-ups op hetzelfde ziekenhuis. Geen van de controles hadden persoonlijke geschiedenis van kanker of andere gediagnosticeerd significante maag-aandoeningen ten tijde van inschrijving. De studie protocollen en methoden werden goedgekeurd door de Institutional Review Board van Kaohsiung Medical University Hospital. Alle deelnemers gaven schriftelijk toestemming voor de aanvang van de studie.

Selecteer kandidaat CNV van GC-gerelateerde

De kandidaat CNV omvat de APC
gen op chromosoom 5q22 werden teruggehaald van een openbare database (database van genomische varianten, DGV, http://projects.tcag.ca/variation). Tot november 2010 heeft de database fysieke posities voor 66.741 CNV zich in 15.963 gewone CNV regio's. Onder hen was een CNV (Variation 7468) aan 5q22 dat 127,5 kb overspannen (chromosoom locatie: 112.138.707 tot 112.266.194, op basis van NCBI bouwen 36 /hg18 versie) die een deel van de APC
-gen en SRP19
gen aan het voorste DNA-streng en de REEP5
gen aan de achterzijde DNA-streng. Gebaseerd op de array CGH data van 50 gezonde Fransen, de frequentie van winst en verlies van kopieën in dit gebied was 2% en 2%, respectievelijk [25]. Literatuur toont zes mutaties in het alternatief gesplitste regio exon 9 van het
APC-gen worden geassocieerd met FAP [26] en darmkanker [27], maar geen enkele is gemeld met betrekking tot GC.

We kozen voor twee naburige probes ondervragen intron8 en exon9 van de APC
-gen, respectievelijk, een probe voor de SRP19
gen, en één sonde voor de REEP5
gen om het aantal kopieën van de CNV detecteren dat em <> RPPH1
werd gebruikt als een referentie-gen. Deze probes zijn in de handel verkrijgbaar van TaqMan (Applied Biosystems Inc. (ABI), CA, USA) en de gedetailleerde informatie over het genoom (toename 36 /hg18) wordt getoond in tabel S2 S1 File en Figuur S1 S1 File.

Genomisch DNA bereiding en real-time PCR voor de detectie kopiegetal

DNA isolatie werd uitgevoerd met behulp van commercieel beschikbare DNA isolatie kit (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Hamburg, Duitsland). RNase A (Qiagen) werd gebruikt om enkelstrengs RNA verteren voor de isolatie van RNA-vrij DNA. Genomisch DNA werd geëxtraheerd uit perifeer bloed leukocyten. DNA werd voor het eerst gekwantificeerd door UV-absorptie (Beckman DU 640 spectrofotometer, Beckman Coulter, Brea, CA, USA) en vervolgens versterkt door Real-Time PCR. DNA concentraties werden ingesteld op 10 ng /ul voor genotypering. Real-Time PCR werd uitgevoerd met behulp van de Taqman probes per ABI 7900HT realtime PCR-instrument (ABI). In de handel verkrijgbare FAM-kleurstof-gemerkte probes werden ontworpen om versterken de APC
, SRP19 Kopen en REEP5
. VIC kleurstof gemerkte ribonuclease P RNA component H1 (RPPH1)
werd gebruikt als endogene controle omdat RPPH1
heeft precies twee exemplaren per diploïde humane genoom, dat zich op chromosoom 14q11.2 [ ,,,0],28]. Primers en probes werden ontworpen vanuit genoomsequentie (build 36 /hg18) met behulp van de ABI proprietary software. De TaqMan copy number assay bevatte 1 pl APC, SRP19 of REEP5
sonde (20x, FAM label), 1 ui RPPH1
probe mix (20x, VIC label), 10 ul TaqMan Universal PCR Master Mix (2x), 1,5 ui genomisch DNA en 6,5 ui water. De amplificatie protocol voor de reactie 95 ° C gedurende 10 min, gevolgd door 95 ° C gedurende 15 sec en 60 ° C gedurende 1 min gedurende 40 cycli. Een handmatige drempelcyclus drempelwaarde (Ct) van 0,2 en een automatische basislijn werden gebruikt om de matrijs hoeveelheid doelgenen en RPPH1
gen door een sequentie detectiesysteem software (ABI, versie 2,4) detecteren. Voor elk monster, vier probes ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, Kopen en REEP5
) werden uitgevoerd samen met een interne controle. De doelstelling sondes en interne controle werden geladen op hetzelfde goed en elke reactie werd uitgevoerd in viervoud. CopyCaller software (ABI, versie 1,0) werd gebruikt om het gehele aantal kopieën van elke probe op basis van de real-time PCR te berekenen. We berekenden de gemiddelde en de standaarddeviatie (SD) van viervoud van ACt voor elk onderwerp. Om te bepalen voor de kwaliteit van de gegevens, werden de gegevens gefilterd met drie stappen. Alleen de proefpersonen die de drie stappen van de kwaliteitscontrole doorgegeven werden gebruikt in de daaropvolgende analyse.

Exemplaarnummer kwaliteitscontrole

Voor kwaliteitscontrole van de data, het aantal kopieën van elke probe van echte -tijd PCR werd gefilterd door drie stappen. In de eerste stap de gegevens van individuele real-time PCR runs werden onderzocht. De volgende criteria werd toegepast voor het uitsluiten voor analyse: 1) VIC Ct > 32, mogelijk als gevolg van een storing in het interne RPPH1
signaal te versterken, 2) een probe met ACt > 4,0 of 3) FAM Ct > 40 . Gegevens die een ontmoeting met de laatste twee criteria stelde voor het falen van de versterking van het doel probes, en daarom werden de gegevens beschouwd als onbetrouwbaar. Na de eerste stap, we berekend dat de gemiddelde ACt voor elke studie onderwerp.

De tweede stap was om de uitschieter van de gemiddelde ACt gebruik van ± 3 VIB als cutoffs uit te sluiten. Na de eerste en tweede stappen, is het aantal kopieën van elke probe voor elke individuele berekend met de formule 2 -ΔΔCt × 2. Dienovereenkomstig kan het kopiegetal geen geheel getal te zijn. Aangezien het kopie-aantal theoretisch een geheel getal we verder de richtlijnen van CopyCaller software gevolgd om het gehele getal van elk kopieaantal waarin automatisch maximum likelihood analysemethode, gebaseerd op de kansdichtheidsverdeling voor alle monsters te schatten.

Tenslotte volgens de verdeling van het gehele kopieaantal gestandaardiseerde z score en de betrouwbaarheidswaarde berekend. impliciet een hogere absolute waarde voor de gestandaardiseerde z-score en een lagere zelfvertrouwen waarde grotere variatie. Zoals door richtlijnen van CopyCaller software (ABI, versie 1.0) van de gebruiker voorgesteld, de derde stap voor data kwaliteitscontrole is om eventuele monsters die een ontmoeting met beide van de volgende criteria uit te sluiten: 1) de absolute waarde van de z-score > 2,65 en 2) het vertrouwen waarde < 0,9. Alleen de deelnemers die de drie stappen van de kwaliteitscontrole doorgegeven werden gebruikt in de daaropvolgende analyse.

Statistische analyse

Omdat slechts enkele van de deelnemers had een aantal kopieën van meer dan 3 of minder dan één, is het kopiegetal onderverdeeld in drie groepen (≤1, = 2 of ≥3). Om te testen voor de associatie tussen de categorie van de kopie nummer voor elke sonde en de ziekte van de status, gebruikten we logistische regressie met aanpassingen voor leeftijd en geslacht. Odds ratio's (OR's) en hun 95% betrouwbaarheidsintervallen (CI's) werden berekend. We hebben ook berekend dat de concordantie van copy number categorie over de vier probes. De Cochran-Armitage trend test werd gebruikt om de lineaire relatie tussen het aantal kopieën van doelwit probes en GC risiconiveau. Student's t en Mann-Whitney U (indien niet normaal) gebruikt om het aantal kopieën van elke probe GC tussen patiënten en gezonde controles vergelijken. Een tweezijdige p-waarde < 0,05 werd beschouwd als statistisch significant. Statistische analyses werden uitgevoerd door JMP software versie 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA).

Resultaten

Proefpersonen

Alle 110 GC-patiënten en 325 controlepersonen had kopienummer informatie ten minste één van de vier probes op 5q22. De verdeling van kopieaantal waarden voor elke probe wordt getoond in figuur 1. GC patiënten waren significant ouder dan de gezonde controles (leeftijd, gemiddelde ± SD: GC patiënten = 66,5 ± 13,8, Controls = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Men goed voor een groter deel (61,8%) van de GC patiënten, maar bestaat slechts 46,4% van de gezonde controles (p = 0,005). Onder de GC patiënten, 55 had H. pylori
infectie, 28 werden niet geïnfecteerd door H. pylori, Kopen en 27 hadden geen dergelijke informatie. 37 GC patiënten histologische classificatie Lauren (19 diffuse, 16 intestinale en 2 gemengd subtypen); 34 had differentiatie waardering (3 goed gedifferentieerd, 9 matig gedifferentieerde en 22 slecht gedifferentieerd); 45 had AJCC tumorstadium (12 fase I, 7 fase II, fase III 13 en 13 stadium IV).

associatie tussen CNV en maagkanker

Zoals verwacht meeste deelnemers de studie had 2 exemplaren van het nabijgelegen segment CNV: variërend 78,2-92,6% bij 4 sondes in de controlegroep en 87,3-93,6% van de patiënten GC. De overeenstemmende tarief voor het aantal kopieën over de 4 sondes varieerde 80,5-93,1% (Tabel S3 in File S1). Dit exemplaar nummer was vaak variabele in een grotere regio van bekende functionele APC Kopen en SRP19
. Daarom zou het goed zijn voor variaties van de lengte afstand en functionele varianten (Tabel S3 in File S1). Voor de sonde van de APC-exon9
, 9,1% van de GC patiënten behoorde tot nummer categorie 3 te kopiëren, terwijl 17,5% van de controles in categorie 3 (OR = 0,48, 95% CI waren: 0,22-0,93; ruwe p = 0,04, leeftijd /geslacht gecorrigeerde p = 0,07, tabel 1). Evenzo minder GC patiënten in categorie 3 vergeleken met de controlegroep voor de andere drie probes, maar de verschillen waren niet significant (Tabel 1). Verder werd een dosisafhankelijke relatie waargenomen tussen GC en het aantal kopieën van de probe voor APC-exon9
(tabel 1). Dit impliceert dat de controles neiging om een ​​groter deel van de winst van aantal kopieën dan gevallen met een trend p-waarde van 0,026 (leeftijd /geslacht gecorrigeerde p = 0,067 voor trendtoets) hebben.

Omdat het kopienummer was geschat uit de real-time PCR data, het origineel getal is geen geheel getal en niet normaal verdeeld. Daarom testen we ook de parametrische associatie tussen de niet-gehele gegevens over het kopieaantal en de ziektestatus. De medianen en interkwartielafstand (IQRs) van het aantal kopieën van elke probe ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, Kopen en REEP5
) werden vergeleken tussen GC patiënten en gezonde controles ( Tafel 1). Vergelijkbaar met de resultaten van het gehele getal kopieaantal de GC patiënten hadden een significant lager aantal kopieën vergeleken met de controles voor de APC-exon9
(ruwe p voor t test = 0,006, p ruwe Mann-Whitney U test = 0,013, geslacht /leeftijd gecorrigeerde p = 0,026) en de SRP19
(ruwe p voor t test = 0,0004, ruwe p voor Mann-Whitney U test = 0,017, geslacht /leeftijd gecorrigeerde p = 0,002) probes (figuur 1B en figuur 1C). Er was geen significant verschil voor de andere twee sondes CNV ( APC-intron8 Kopen en REEP5
) (Figuur 1A en Figuur 1D). Nadere analyse van de correlaties tussen het aantal kopieën en GC klinische pathologische classificaties, de resultaten bleek dat er geen significant aantal kopieën verschil exon-9 van APC-gen
ongeacht histologische, differentiatie kwaliteiten of TNM stadium, dat zou te wijten aan kleine steekproeven (tabel 2).

Discussie

Deze studie gebruikte 4 sondes om de associatie tussen copy number variation op chromosoom 5q22 en GC onderzoeken. Deze regio omvat drie genen: het 3 'einde van de APC
gen, het gehele SRP19
gen en het 3' van de REEP5
gen. Voor de sonde van de APC-exon9
, de controle hadden hogere aantal kopieën waarden dan de GC patiënten in alle drie de analyses (dat wil zeggen, aantal kopieën categorie, trend test, en niet-integer aantal kopieën). Een probe SRP19
ook een significant hoger kopiegetal (gebaseerd op kopienummer categorie en non-integer analyses) de controles dan op GC patiënten. Voor de APC-intron8 Kopen en REEP5
probes, het aantal kopieën waarden waren niet significant verschillend tussen GC patiënten en de controle groep in een van de drie analyses. De resultaten van deze studie tonen aan dat een verlaagd kopieaantal regio CNV deze kan worden geassocieerd met een hoger risico op maagkanker.

De
APC-gen bevat 15 exons zich op chromosoom 5q21-22. De meeste mutaties van de
APC-gen waargenomen in exon 15 bij FAP patiënten [26] en GC patiënten [29]. Zes mutaties in het alternatief gesplitste regio exon 9 zijn gedocumenteerd geassocieerd met FAP [26] en darmkanker [27], maar deze mutaties nog niet in verband gebracht met GC. Deze studie is de eerste die de associatie tussen het aantal kopieën te melden op APC-exon9 Kopen en GC. Een mogelijke Wnt /β-catenine /Tcf signaal transductie pathway geassocieerd met APC is beschreven voor GC [30]. Een belangrijke functie van APC wordt gedacht te reguleren vrije β catenine en dus verlies van APC-functie kan leiden tot instabiliteit van β catenine complex en cellulaire accumulatie van β catenine. Na translocatie naar de kern, β catenine dient als een activator van T-cel factor-afhankelijke transcriptie, wat leidt tot een verhoogde expressie van verscheidene specifieke doelwitgenen die betrokken kunnen zijn bij het optreden van gastrische lesies variërend van chronische gastritis, atrofie, intestinale metaplasie , dysplasie om eindelijk adenocarcinoom [31].

de CGH platform is op grote schaal gebruikt voor kanker studies, en de sondes van dit platform vaak betrekking op een DNA-gebied van meer dan 1 kb DNA-gebied. Daarom wordt de CGH aanpak beperkt opsporen CNV segmenten als de veranderingen minder dan 1 kb. In deze studie, gebruikten we specifieke TaqMan probes gelabeld met verschillende fluoroforen reporter (VIC en FAM) in een enkele reactie. Deze aanpak liet ons toe om een ​​meer subtiele DNA-veranderingen te detecteren. PCR versterking voor elke geteste probe gebaseerd op ABI TaqMan geëvalueerd bijna 100% efficiënt [32] is. Onlangs heeft deze methode wordt algemeen gebruikt voor andere ziekten, zoals leeftijdsgebonden maculadegeneratie en allergische astma [33], [34]. Voordat copy number genotypering, werden onze genoom DNA-concentraties rigoureus gekwantificeerd en gecontroleerd met behulp van twee onafhankelijke methoden: UV-absorptie (rationeel verhouding waaier van OD 260/280: 1,8 ± 0,2) en de PCR-amplificatie van RPPH1
(rationeel Ct range van VIC: 25-27). Amplificatie van RPPH1
werd uitgevoerd op dezelfde en de probe te beschermen tegen kunstmatige variaties (zoals verschillen in DNA laad- of onjuiste detectie van de null genotype). Daarom kan onze methode worden beschouwd als betrouwbaar voor de kwantitatieve karakterisering van de fragmentarische CNV te zijn. Op basis van de voorgaande CGH experimenten, hebben studies dat 2% verlies kopieën en 2% gain kopieën 5q22 bij gezonde Fransen [25]. We gebruikten TaqMan probes, die een hogere resolutie een kleinere regio kopieaantal variatie te detecteren, en vonden dat het percentage verlies exemplaren in de 4 probes varieerde 0-2,7% in de gezonde Taiwanese. Echter, een groter deel van de winst kopieën, variërend van 2,7% ( REEP5
) tot 14,1% ( APC-exon9
), werden waargenomen in de gezonde mannen. Net als bij de gegevens voor de mannelijke deelnemers, de frequentie van de winst exemplaren van APC-exon9
was ook hoog voor vrouwelijke deelnemers (20,2% van de winst exemplaren). Echter, een andere studie naar de Japanse bevolking meldde ook een groter deel (20,6%) gain kopieaantal bij 5q waar ons onderzochte CNV ligt [9].

Zoals verwacht, hadden de meeste deelnemers 2 exemplaren van de CNV segment van de vier probes in alle vakken. Alleen een 80% overeenstemmende tarief werd waargenomen tussen kopie-aantallen gemeten door de APC-exon9
sonde en de SRP19
sonde (Tabel S3 in S1 File). Dit is eigenlijk de laagste concordantie van alle paarsgewijze weer tussen de probes echter zowel probes waren significant geassocieerd met GC. Het is mogelijk dat de variatie 7468 geen continue CNV, maar het is zo beschouwd omdat het werd geïdentificeerd met behulp van array CGH, een techniek met een lagere resolutie dan vandaag beschikbaar zijn (dat wil zeggen, kan het bestaan ​​uit meerdere kortere regio's met variabele kopieaantallen) . Daarom zou de variabele begrenzing van het gen te worden versmald van APC-exon9 te SRP19
. Wat de voorzijde van APC-exon9
betreft, of andere variabele gebieden gekoppeld aan GC bestaan ​​vereist verder onderzoek. In deze studie waren er geen significante verschillen in kopie-aantallen tussen GC patiënten en controles in de APC-intron8 Kopen en zelfs APC-intron7
(gegevens niet getoond).

zoals bij de meeste onderzoeksinspanningen, onze studie had beperkingen. Elk monster in deze studie wellicht niet voldoende om een ​​CNV detecteren met een klein effect hebben. Verder hebben we beperkte informatie over de kliniek pathologische kenmerken (zoals H. Pylori
infectie, histologische graad, differentiatie graad en tumor stadium waardoor het moeilijk is voor het testen van de interactie van CNV en deze parameters. Meer onderwerpen waren nodig om te bevestigen dit resultaat in de toekomst. Concluderend verliezen van CNV bij 5q22 (Variation 7468), met name in het DNA gebied rondom APC-exon 9, kan worden geassocieerd met een hoger risico op maagkanker. een verlies van deze CNV kan dienen als een nieuwe biomarker voor hoog-risico individuen te identificeren. Desalniettemin is een groot associatie-studie is gerechtvaardigd om het nut van deze biomarker en de bijzonderheden van het mechanisme te bevestigen moet nog worden opgehelderd.

Ondersteunende informatie
Bestand S1.
Gecombineerde Ondersteunende informatie bestand. Tabel S1 in S1 bestand. genetische afwijking op chromosoom 5q22 in GC studies. Tabel S2 in S1 bestand. Informatie van vier sondes op chromosoom 5q22 en interne sonde op chromosoom 14q11. Tabel S3 in S1 file. De concordantie van het aantal kopieën tussen elke aangrenzende probe (110 GC patiënten en 325 gezonde controles). Figuur S1 in S1 File. De locaties van de vier sondes naar de CNV die APC /SRP19 /REEP5
genen
doi:. 10.1371 /journal.pone.0106624.s001
(DOCX)

Other Languages