PLoS ONE: Klinische potentieel van DNA-methylatie bij maagkanker: A Meta-Analysis

De abstracte

Achtergrond

Accumuleren bewijs geeft afwijkende DNA-methylatie is betrokken bij de maag van tumoren, wat suggereert dat het kan een nuttige klinische biomarker voor de ziekte. Het doel van deze studie was om te consolideren en samen te vatten gepubliceerde gegevens over het potentieel van de methylatie bij maagkanker (GC) risico voorspelling, voorspelling en voorspelling van de respons op de behandeling.

Methods

De verschillende studies werden geïdentificeerd van PubMed met behulp van een systematische zoektocht aanpak. De resultaten werden samengevat door meta-analyse. Mantel-Haenszel odds ratio's werden berekend voor elke methylatie event ervan uitgaande dat de random-effects model.

Resultaten

Een overzicht van 589 opgehaalde publicaties geïdentificeerd 415 relevante artikelen, met inbegrip van 143 case-control studies on-gen methylatie van 142 individuele genen in GC klinische monsters. Een totaal van 77 genen waren significant verschillend gemethyleerd tussen tumor en normaal weefsel van maag GC onderwerpen, waarvan gegevens 62 afkomstig uit één onderzoeken. Methylatie van 15, 4 en 7 genen in normaal maagweefsel, plasma en serum respectievelijk significant verschillend in frequentie tussen GC en niet- kankerpatiënten. Een prognostische significantie werd gerapporteerd voor 18 genen en voorspellende significantie werd gerapporteerd voor p16
methylering, hoewel veel inconsistente resultaten werden ook waargenomen. Geen voorkeur te wijten aan assay, gebruik van vaste weefsel of CpG-sites geanalyseerd werd ontdekt, wel een lichte voorkeur voor de publicatie van een positief resultaat werd waargenomen.

Conclusies

DNA-methylatie is een veelbelovende biomarker voor GC risico voorspelling en voorspelling. Verdere gerichte validatie van kandidaat-methylatie markers in onafhankelijke cohorten is nodig om de klinische potentieel te ontwikkelen

Visum:. Sapari NS, Loh M, Vaithilingam A, Soong R (2012) Klinische potentieel van DNA-methylatie bij maagkanker: A meta-Analysis. PLoS ONE 7 (4): e36275. doi: 10.1371 /journal.pone.0036275

Editor: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu ', Italië

Ontvangen: 29 september 2011; Aanvaard: 31 maart 2012; Gepubliceerd: 27 april 2012

Copyright: © 2012 Sapari et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Financiering:. Dit werk werd ondersteund door een subsidie ​​van de National Medical Research Council (NMRC /TCR /001/2007). De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Maagkanker (GC) blijft een belangrijke klinische uitdaging over de hele wereld als gevolg van de hoge prevalentie, slechte prognose en beperkte behandelingsmogelijkheden [1]. Hoewel de incidentie van GC de loop der jaren is afgenomen, blijft het de tweede belangrijke oorzaak van kanker overlijden en de vierde meest voorkomende maligniteit in de wereld zijn. Minder dan 25% van de GC gevallen gediagnosticeerd in een vroeg stadium, en de 5-jaarsoverleving is slechts 24% in de VS en Europa [2]. Echter, de overlevingskans van GC verbetert tot meer dan 60% bij ontdekking in een vroeg stadium [2], met nadruk op het belang van vroege opsporing in deze vorm van kanker.

DNA-methylatie is een epigenetisch mechanisme van transcriptionele regulatie, met een betrokkenheid bij kanker toegeschreven aan de ongepaste onderdrukking van tumorsuppressorgenen of verlies van oncogene repressie [3]. Aangezien het eerste artikel van Fang et al.
In 1996 beschrijven DNA hypomethylatie van c-myc en c-Ha-ras in GC [4], zijn meer dan 550 studies gepubliceerd over de betrokkenheid van afwijkende DNA methylatie bij de ontwikkeling van GC. Hierdoor is de aanwezigheid en functionele gevolgen van afwijkende DNA methylatie van meer dan 100 genen in GC gemeld [5] - [17]. Bewijs voor verbanden tussen afwijkende DNA-methylatie naar H.
pylori infectie [1], [18] - [22] en zijn betrokkenheid bij precancerous maag epitheliale laesies en GC progressie [18], [19], [21], [23] - [25] worden ook steeds meer in gedocumenteerd. Tezamen zijn deze resultaten gaven afwijkende DNA methylatie kan een belangrijke rol in de maag kankerontwikkeling en progressie.

De patroon van tumor DNA methylering kan handig kankerrisico screening, prognose en behandeling voorspelling zijn [3], [ ,,,0],26] - [30]. Vergeleken met somatische mutatie, DNA methylatie een groter aantal afwijkende wijzigingen per kankercel [31]. Bovendien afwijkende DNA methylering optreedt vroeg in de tumorgenese van vele soorten kanker [28], waardoor het bijzonder nuttig voor risicovoorspelling. De technische aantrekkingskracht van DNA methylatie is dat het chemisch stabiel en kan worden gedetecteerd met een zeer hoge gevoeligheid van maximaal 1:1000 moleculen [19]. Verscheidene rapporten hebben ook aangetoond dat kanker-specifieke, gemethyleerd DNA kan worden gevonden in biologische vloeistoffen, voorstellend een nuttig merker voor niet-invasieve diagnose [28], [32], [33].

De belang van vroege opsporing te verbeteren GC Overlevingsresultaten en veelbelovende tekenen van DNA methylatie als biomarkers de motivatie voor deze studie. Ondanks de groeiende bewijs van de klinische mogelijkheden van DNA-methylatie, kunnen veel inconsistente resultaten worden waargenomen bij studies. Daarom werd deze studie uitgevoerd om informatie over de klinische potentieel van methylatie in GC verstevigen door een meta-analyse, en suggereren welke kandidaat methylering gebeurtenissen verdient verdere evaluatie als klinisch relevant biomarkers voor de ziekte.

Materialen en methoden

Identificatie en in aanmerking komen van studies

Een systematisch literatuuronderzoek in PubMed naar artikelen gepubliceerd tot 27 oktober 2011 werd uitgevoerd met behulp van "" maagkanker "eN" methylering '' als zoekopdracht termen. Geen beperkingen werden gebruikt tijdens het zoeken in PubMed en de resulterende studies werden met de hand samengesteld op basis van hun relevantie voor GC DNA-methylatie. Deze omvatten studies van GC op het gebied van hypermethylering en hypomethylatie /demethylering van globale en doelspecifieke gebieden. De titel en samenvatting van de papieren die in de initiële zoekopdracht werden beoordeeld op geschiktheid om de doelstellingen van deze krant. Alle potentieel relevante artikelen werden vervolgens geëvalueerd in detail en aanvullende, relevante studies werden geïdentificeerd uit de citaten in deze artikelen. Omdat de focus van dit document was op de menselijke genmethylatie, studies dat methylatie van H geanalyseerd. pylori Kopen en Epstein-Barr
virus (EBV) genomen in GC progressie werden buiten beschouwing gelaten.

Study selectie en data-annotatie

Meta-analyse samenvatten frequenties in tumor en de normale maag weefsel beperkt waren tot de gegevens van case-control studies dat de frequentie van methylatie van individuele genen in de respectievelijke groepen gemeld. Gegevens uit reviews en meta-analyses van hetzelfde studies werden buiten beschouwing gelaten. Informatie over de eerste auteur, jaar van uitgave, gen (s) geanalyseerd, de grootte van de studie populatie, de frequentie van gemethyleerde gevallen en controles, methoden voor DNA methylatie-analyse en het monster type werden genoteerd voor elke studie (tabel S1, S2). Andere relevante gegevens, zoals de aard van de laesie, H. pylori
status Lauren classificatie en CpG eiland methylator fenotype-status (CIMP) werden ook opgenomen indien beschikbaar. Klinische gevallen werden gegroepeerd in acht categorieën, namelijk (1) normale mucosa van niet-kankerpatiënten, (2) overeenkomende normale mucosa van gevallen tumor, (3) chronische gastritis, (4) intestinale metaplasie, (5) dysplastisch adenoom, ( 6) adenocarcinoom, (7) en vroeg GC (8) geavanceerd GC. Vanwege het geringe aantal beschikbare studies, werden klinische gevallen niet verder onderverdeeld in H. pylori
positieve /negatieve gevallen of intestinale /diffuse het type GC en niet-kanker patiënten werden niet verder ingedeeld in geëvenaard /ongeëvenaarde controles. Om dezelfde reden werd subgroep analyse op basis van de verschillende stadia van precancereuze laesies kankerachtige niet uitgevoerd. Voor consistentie, een enkel gen naam gebaseerd op HUGO nomenclatuur werd toegewezen aan genen met meerdere aanduidingen.

Meta-analyse

meta-analyses werden uitgevoerd met behulp recensie Manager 5 (The Cochrane Collaboration, Kopenhagen, Denemarken). Mantel-Haenszel odds ratio's (OR's) werden berekend voor elk gen door toepassing van de random-effects model. Homogeniteit bij studies voor hetzelfde gen werd beoordeeld op basis van de χ ^{2 met toepassing van de Cochran Q statistiek. De I 2 statistiek, die de omvang van tegenstrijdigheid tussen studies meet, werd ook beoordeeld. Het 95% betrouwbaarheidsinterval van de odds ratio werd gebruikt om de verschillen tussen groepen te evalueren. Als de betrouwbaarheidsintervallen niet overlappen, de twee odds ratio's waren significant verschillend op het 10% niveau (sinds 1- (0,95 * 0,95) ≈0.9). Trechter plots evenals testen Begg's werden gebruikt om te controleren voor publicatie vooringenomenheid [34]. Publicatie vooringenomenheid werd significant beschouwd als de p-waarde was. ≪ 0,1 [35]}

Resultaten

Study kenmerken

Het artikel selectieproces gebruikt in deze studie is samengevat in Figuur 1. een totaal van 559 studies werden geïdentificeerd uit PubMed, en een extra 30 studies werden verder geïdentificeerd uit citaten van de eerste opgehaalde publicaties. Op basis van de geschiktheid van de titel en samenvatting van de studie doelstellingen, werden 415 papers geselecteerd voor verdere gedetailleerde evaluatie. Hiervan werden 190 niet case-control studies, 22 beoordelingen, 4 commentaren en 1 meta-analyse uitgesloten van case-control meta-analyses. Andere case-control studies werden ook uitgesloten, omdat ze waren studies van niet-eiwit-coderende genen (bijv methylatie van micro-RNA-genen), de presentatie van de gegevens niet geschikt was (bijvoorbeeld gegevens over individuele CpG sites, en demethylering of hypomethylatie only) of de frequentie van gegevens ontbrak. In totaal werden 143 case-control studies rapportage van de methylatie frequentie van 142 individuele genen in aanmerking komen voor meta-analyses. De gegevens van een aantal studies werd gebruikt in meer dan één meta-analyse mocht gegevens op meerdere monstersoort vergelijkingen in dit onderzoek.

Genes differentieel gemethyleerd tussen tumor en normaal weefsel van maag maagkanker onderwerpen

Een totaal van 106 case-control studies rapporteren over de frequentie van de methylatie in 122 genen in tumor en normale weefselmonsters van GC proefpersonen werden geïdentificeerd voor de meta-analyse (Tabel S1). Methylering van 77 van de 122 genen was significant verschillend tussen de monsters (tabel 1), waarvan gegevens 62 afkomstig van slechts een enkel onderzoek. Methylering was significant hoger in tumor in 70 genen, en in normaal weefsel in 7 genen.

Genes differentieel gemethyleerd in normale maag weefsel van GC en niet-kanker patiënten

Twintig case-control studies vergelijken de frequentie van methylatie in 34 genen tussen normale weefselmonsters van GC en niet- kankerpatiënten werden geïdentificeerd voor meta-analyse (Tabel S2). Hiervan methylatie in 15 genen significant verschillend, waarvan de gegevens van 11 genen werden afgeleid uit een onderzoek met alleen (tabel 2). Voor alle 15 genen, methylatie hoger in normaal weefsel van GC vergelijking met niet-kankerpatiënten. Gezien methylatie gebeurtenissen in meer dan één studie, 4 onderzocht ( p16
, CDH1
, DAPK
, CHFR
) bleken significant verschillend te zijn .

genen differentieel gemethyleerd in niet-weefselmonsters van GC en niet- kankerpatiënten

Een totaal van 26 studies rapporteren over methylatie in 29 genen in andere dan maagweefsel, waaronder volbloed klinische monsters , plasma, serum, maag wast, peritoneale vloeistof en fecesmonsters van GC personen werden geïdentificeerd. Van deze 13 studies naar methylering van in totaal 14 genen in zowel serum, fecaliën of plasmamonsters werden van een case-control design en derhalve geschikt voor meta-analyse (Tabel S2). Significant verschillend methylatie frequenties werden waargenomen in 4 genen in plasmamonsters, 7 genen in serummonsters en 0 feces (Tabel 2). p15
was een gemeenschappelijk gen geïdentificeerd in studies van plasma en serum, waardoor het 10 unieke genen totaal significant verschillend in methylatie frequentie in bloedmonsters. Methylering slechts twee genen ( CDH1, p16
) werd onderzocht in meer dan een onderzoek en beide waren significant verschillend van de frequentie van de monsters van GC en niet- kankerpatiënten in meta-analyse.

methylering als prognostische en voorspellende marker voor GC

totaal 28 studies geïdentificeerd die methylatie gen onderzocht in 40 genen in relatie tot de uitkomst van overleving van patiënten GC (tabel 3). Van de 40 onderzochte genen, slechts 5 werden in meerdere studies onderzocht. Meta-analyse kon niet worden uitgevoerd op deze reeks van studies door de onregelmatige rapportage van hazard ratio. Een significante associatie met overleving gerapporteerd voor methylatie in 18 van de 40 (45%) genen, maar inconsistentie in het vinden van significante verschillen waargenomen voor genen in verschillende studies onderzocht.

Vijf studies gerapporteerd associaties tussen het voortbestaan ​​in GC proefpersonen die een specifieke behandeling met chemotherapie en methylatie van 10 genen, waaronder TMS1
, DAPK
, LOX
, MGMT Kopen en CHFR
[36] - [40]. In alle 5 studies, personen met methylatie hadden een slechtere overleving dan degenen zonder methylatie. Een studie onderzocht de overleving verschillen tussen patiënten die behandeld werden met en zonder chemotherapie volgens p16
methylatiestatus [41]. In deze studie, onderwerpen zonder p16
methylering die chemotherapie kregen hadden een betere overleving dan degenen die dat niet deden, terwijl voor patiënten met p16
methylatie, was er geen significant verschil op basis van de status van de behandeling.

Effect van de analytische variabiliteit en publicatiebias

Tijdens de annotatie van studies, werd een aanzienlijke heterogeniteit waargenomen in vele studie parameters, met inbegrip van de testen gebruikt, CpG plaatsen ondervraagd, stadia van de ziekte onderzocht, en de monster types gebruikt (bijvoorbeeld vers, bevroren of paraffine ingebedde weefsel). Twaalf verschillende assays werden gebruikt voor de evaluatie van methylering met methylatie-specifieke PCR (MSP) is het meest gebruikelijk. Om de invloed van methylatie analyse van studieresultaten data van methylatie-specifieke PCR en kwantitatieve PCR analyse methylatie-specifieke (bijv MethyLight) onderzoeken werden vergeleken voor het gen vaakst onderzocht in vergelijkende studies met methylatie tussen maag tumor en normaal weefsel ( MLH1
, 13 case-control studies). Er was geen statistisch verschil ( P
< 0,05) in de 95% betrouwbaarheidsintervallen van de methylatie gerapporteerde frequentie met de twee assays (figuur S1). Geen significante verschillen naar type analyse (bevroren vs. paraffine ingebed weefsel), stadium van de ziekte, of CpG ondervraagd werden ook waargenomen in deze studies (resultaten niet getoond).

Om te testen voor publicatie bias, data van dezelfde 13 studies op MLH1
genoemde methylering werd eveneens onderzocht. Een trend naar positieve rapportage werd waargenomen in funnel plot (Figuur S2) en Begg's testanalyse. Toch moeten deze resultaten voorzichtig worden geïnterpreteerd als de meeste studies waren van kleine steekproef, en een minimum van 20 studies wordt meestal aanbevolen voor een betrouwbare analyse van publicatie vooringenomenheid [42].

Discussie

talrijke studies hebben afwijkende DNA methylatie betrokken bij vele genen in verschillende monsters en modellen van gastrische tumorgenese [1], [5] - [10], [12] - [14], [16], [18] - [22] , [24], [43]. Deze implicatie heeft op zijn beurt geleid tot het idee dat methylatie een nuttig biomarker voor het verbeteren van de klinische behandeling van GC [11], [15], [32], [44], [45] kan zijn. Tot op heden heeft echter dit potentieel niet gerealiseerd, vermoedelijk als gevolg van een gebrek aan relevante bewijsmateriaal om het testen van methylatie in de kliniek te ondersteunen.

In deze studie, een uitgebreid overzicht van alle publicaties over de frequenties en verenigingen van methylering bij maagkanker klinische monsters werd uitgevoerd om informatie op het gebied consolideren. Meta-analyses werden uitgevoerd indien mogelijk een objectieve consensus niet telkens onderzochte gebeurtenissen leiden. Uit de analyse werden lijsten geproduceerd van genen significant verschillend gemethyleerd tussen tumor en normaal weefsel monster uit GC onderwerpen (Tabel 1), en normaal weefsel en /of bloed van GC en non-kanker patiënten (tabel 2), elk met methylering gebeurtenissen geannoteerde om hun kracht van vereniging en de frequentie van de analyse. Bevindingen uit studies over de prognostische en voorspellende betekenis van methylatie gebeurtenissen werden ook beoordeeld (tabel 3). Deze lijsten en de extra aanvullende gegevens (tabellen S1, S2) moeten nuttige informatie om de klinische potentieel van de respectievelijke gebeurtenissen beter te kunnen beoordelen, en prioriteren verdere werkzaamheden te verstrekken.

Bestaande uit 77% (101/132) van de behuizing -controle analyses (figuur 1), de grootste groep van studies beoordeeld waren die vergelijking van de frequentie van methylering in tumor en normaal weefsel van maag GC onderwerpen. De herziening geïdentificeerd 77 belangrijke genmethylatie gebeurtenissen, de bevestiging door de meta-analyse op hetzelfde moment de significant verschillend methylering van een aantal genen vaak betrokken bij tumorgenese, met inbegrip van MLH1
, p16
, en CHFR Kopen en RUNX3
(tabel 1). Deze gebeurtenissen vertegenwoordigen handige tools voor een beter begrip van de maag van tumoren en mogelijk identificeren van nieuwe therapeutische strategieën [3], [28]. Vanuit het perspectief van risico markers kan echter deze evenementen alleen worden beschouwd als een eerste pool van kandidaten om verder in meer klinisch relevante analyses te testen, zoals de gebeurtenissen op hun eigen slechts maagtumor samples die al histologisch diagnosticeerbare zijn te identificeren.

uit vergelijkende studies methylering in normaal weefsel, plasma en serum van GC en niet- kankerpatiënten, 15, 4 en 7 (Tabel 2) significant verschillend gen methylatie gebeurtenissen respectievelijk geïdentificeerd. Genen met zowel gevestigde rollen (zoals p16
, CDH1
, DAPK
, RUNX3
, p15
) en in mindere -known rollen (zoals BX161496
, SULF1
, RPRM
) in tumorgenese werden geïdentificeerd. Een aantal gebeurtenissen waren met elkaar gemeen tussen studies op de normale weefsel en bloed, zoals methylatie op p16
, CDH1
, DAPK
. Deze gebeurtenissen zijn klinisch veelbelovend mocht onderscheidende mogelijkheden voor het schatten GC risico uit monsters die in de huidige dagelijkse praktijk kan worden verkregen, bijvoorbeeld tijdens endoscopische screening (weefsel), of populatie of klinische screening (bloed) tonen.

de hypothese dat gen silencing door methylering ook de ernst van de ziekte kan bepalen [27] is ook aanleiding tot talrijke onderzoeken genmethylatie associaties met overleving bij GC. In deze review werden 28 studies rapporteren over de associatie van overleving van GC vakken en methylatie op 40 genen ook geïdentificeerd. Ter ondersteuning van de hypothese, werden talrijke significante associaties tussen methylatie en slechte overleving opgenomen, vooral op tumor suppressor genen (Tabel 3). Associaties tussen methylatie en betere overleving werden ook gemeld voor vier genen ( PTGS2
, MINT31
, MLH1
, MAL
), vermoedelijk als gevolg dat onderdrukking van oncogene activiteit door genmethylatie kan ook voorkomen. Echter, een aanzienlijk gebrek zelfstudie en replicatie verenigingen voor de meeste genen onderzocht (Tabel 3) toont een noodzaak voor verder onderzoek in dit aspect van methylatie in GC.

De gegevens van vijf studies bij patiënten die chemotherapie ook heeft gesuggereerd dat DNA methylatie op CHFR
, DAPK
, TMS1
nuttig zou kunnen zijn voorspellers van de respons op chemotherapie [36] - [40]. Echter, uit het ontwerp van deze analyses, is het moeilijk te bepalen of de overleving verschillen waren vanwege inherente verschillen prognostische of een functie van een behandelingsinteractie, of beide. In een studie van een ander ontwerp, Mitsuno et al.
Gemeld dat patiënten met p16 methylatie kreeg een overlevingsvoordeel van chemotherapie, terwijl mensen zonder methylatie niet [41] deed. Dit resultaat suggereert dat p16 methylering een bruikbare marker voor het voorspellen van respons op chemotherapie, en levert het bewijs van een behandelingsinteractie. Echter, deze studie onderzocht slechts 56 proefpersonen in een retrospectieve analyse, en nog veel meer werk is nodig om deze bevindingen te bevestigen.

De resultaten van deze studie benadrukken een veelbelovend potentieel voor DNA-methylatie in GC risico voorspelling, voorspelling en de voorspelling van de respons op de behandeling. Echter, veel problemen om de klinische toepassing ervan blijven ongeadresseerde door de studies. Methodologisch, de studies onvoldoende definiëren optimale benaderingen voor analyse door hun grote variatie in assays, PCR primers en probes, PCR-omstandigheden en drempels voor positiviteit gebruikt. De meeste studies (102/143, 71%) zijn gebaseerd op de methylering-specifieke PCR, waarbij de niet-kwantitatieve aard analyse is problematisch voor kwaliteitscontrole en standaardisering. Methylering met een dynamisch gebeuren, protocollen voor bemonstering ook verheldering, zowel met betrekking tot het gebied of plaats van bemonstering en monsterneming. De afstand van de normale weefsel van de tumor [46], en de tijd van de bemonstering [21], [22] zijn allemaal gedocumenteerd om significante invloed methylatie niveaus.

De grote variabiliteit in de genen en gen-panelen onderzocht tussen studies , in combinatie met een gebrek aan validatie in onafhankelijke serie en karakterisering van testprestaties kenmerken, maakt het ook moeilijk om een ​​klinisch relevante test te definiëren. Variatie in de ondervraging vaak functioneel verschillende CpG [47] - [49] tussen studies van hetzelfde gen biedt extra complicaties. Bovendien zijn alle genmethylatie gebeurtenissen in meerdere studies onderzocht en significant geassocieerd met GC (inclusief p16
, DAPK
, CHFR
, MLH1
, RUNX3
) zijn betrokken als risico markers van vele andere vormen van kanker [26], [27], [50], het verhogen van vragen over de interpretatie van hun detectie in asymptomatische individuen.

of nadere beschouwing zijn de co-variates analyse die zou worden geanalyseerd methylatie. Methylatie is geassocieerd met vele demografische, klinische en moleculaire eigenschappen, zoals leeftijd, geslacht, roken, intestinale metaplasie gastheer genetica en H. pylori Kopen en Epstein Barr-virus-status [1], [24]. Naast directe associaties Vele studies hebben ook gemeld modificeren interacties tussen veel van deze functies en methylatie van GC risico [51]. Methylering gebeurtenissen zelf kunnen ook worden gekoppeld en met elkaar [50], die een uitdaging om een ​​optimale panel van methylatiemerkers ook definiëren. Een CpG eiland methylator fenotype (CIMP), bestaande uit afzonderlijke subtypes van GC met gecoördineerde methylatie patronen, is beschreven [52] - [55], hoewel het bewijs voor CIMP in GC niet zo overtuigend als voor colorectale kanker [56 ], [57].

Concluderend, de resultaten van deze studie samenvatten veelbelovende waarde voor DNA methylatie op de risicovoorspelling, voorspelling en voorspellen van respons op chemotherapie of GC. Echter, aanzienlijke methodologische en validatie problemen die moeten worden aangepakt om de gegevens dat deze informatie in aanmerking komen voor de kliniek in staat zal stellen te bieden. Dit omvat de analyse van grote reeksen monsters onafhankelijke toepassing van gestandaardiseerde werkwijzen correctie voor co-variates in multivariate analyse groter begrip uitkomst eindpunten en correctie voor het effect van behandeling interventie. De realisatie van de mogelijkheden van DNA-methylatie om klinische behandeling GC wacht hun resolutie.

Ondersteunende informatie
Figuur S1.
Forest-plot van gemethyleerde studies vergelijken MLH1
methylatie tussen tumor en normaal weefsel van GC onderwerpen volgens gebruik van methylatie-specifieke PCR en kwantitatieve methylatie-specifieke PCR.
doi: 10.1371 /journal.pone.0036275.s001
(TIF)
Figuur S2.
Trechter plot van alle 13 studies van MLH1
methylatie van de tumor en de normale maag weefsel van GC onderwerpen publicatie vooringenomenheid te evalueren. De verticale lijn geeft de gepoolde schatting van de totale OR en de schuine lijnen geven het 95% betrouwbaarheidsinterval
doi:. 10.1371 /journal.pone.0036275.s002
(TIF)
Tabel S1. Nederlands Lijst van gemethyleerde genen en hun samenstellende studie voor het vergelijken van de verschillen tussen tumor en normaal weefsel van maag maagkanker onderwerpen. Meta-analyse odd ratio (OR) en 95% betrouwbaarheidsinterval werden berekend voor alle gemethyleerde genen geanalyseerd. Rood en bold fonts werden gebruikt om significante verschillen tussen de groepen aan te geven. BS-SSCP: bisulfiet enkelstrengs conformatie polymorfisme; Bseq: bisulfiet sequencing; COBRA: gecombineerde bisulfiet restrictie-analyse; DPHLC: Denaturing High Performance Liquid Chromatography; FFPE: formaline gefixeerde in paraffine ingebedde; HRM: hoge resolutie smelten; MSP: methylering-specifieke polymerase kettingreactie; PCR: polymerase kettingreactie; QMSP:. Kwantitatieve methylatie-specifieke polymerase chain reaction
doi: 10.1371 /journal.pone.0036275.s003
(XLS)
tabel S2. Nederlands Lijst van gemethyleerde genen en hun samenstellende studie voor het vergelijken van verschillen in normaal weefsel, plasma en serum tussen maagkanker en niet- kankerpatiënten. Meta-analyse odd ratio (OR) en 95% betrouwbaarheidsinterval werden berekend voor alle gemethyleerde genen geanalyseerd. Rood en bold fonts werden gebruikt om significante verschillen tussen de groepen aan te geven. COBRA: gecombineerde bisulfiet restrictie-analyse; MSP: methylering-specifieke polymerase kettingreactie; QMSP:. Kwantitatieve methylatie-specifieke polymerase chain reaction
doi: 10.1371 /journal.pone.0036275.s004
(XLS)

Dankwoord

Wij danken Barry Iacopetta en Chee- Seng Ku voor hun bijdrage aan het opstellen van het manuscript.

• PLoS ONE: Identificatie van HSA-miR-335 als voorspellende Signature bij maagkanker
• PLoS ONE: verminderde niveaus van Active SMAD2 correleren met een slechte prognose bij maagkanker