De abstracte
Achtergrond
Variant in pri -miRNA van invloed kunnen zijn miRNA expressie en volwassen proces of splicing efficiëntie, waardoor het veranderen van de erfelijke gevoeligheid en prognose van kanker. Ons doel was om miRNA-let-7 single nucleotide polymorfismen (SNP) in verband met het risico en de prognose van maagkanker (GC) te evalueren als het voorspellen van biomarkers, en bovendien, de mogelijke mechanismen.
Een twee-traps case-control studie werd ontworpen om te screenen vier miRNA SNPs (PRI-laat-7a-2 rs629367 en rs1143770, PRI-laat-7a-1 rs10739971, pri-laat-7F-2 rs17276588) bij 107 GC patiënten , 107 atrofische gastritis (AG), en gekoppeld 124 controles met PCR-RFLP. Twee veelbelovende SNPs werden gevalideerd in een andere onafhankelijke 1949 monsters (met inbegrip van 579 maagkankerpatiënten, 649 atrofische gastritis en 721 controles) met behulp van Sequenom MassARRAY platform en sequencing.
We hebben vastgesteld dat PRI-let -7 bis-2 rs629367 CC variant genotype was geassocieerd met een verhoogd risico op maagkanker en atrofische gastritis door 1,83 maal en 1,86 maal, respectievelijk. Voor maagkanker prognose, patiënten met rs629367 CC genotype hadden een significant slechtere overleving dan patiënten met AA genotype (log-rank P PRI-let-7a-2 rs629367 CC genotype het risico op maagkanker en atrofische gastritis kunnen vergroten en is ook geassocieerd met slechte overleving maagkanker, die mogelijk door wijziging rijpe let-7a meningsuiting, en kon als het voorspellen van biomarker voor een hoog risico en een slechte prognose van maagkanker dienen Visum:. Xu Q, Dong Q, Hij C, Liu w, Zon L, Liu J, et al. (2014) A New Polymorfie Biomarker rs629367 geassocieerd met een verhoogd risico en slechte overleving van maagkanker in het Chinees door Up-Regulated miRNA-laat-7a Expression. PLoS ONE 9 (4): e95249. doi: 10.1371 /journal.pone.0095249 Editor: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, de Verenigde Staten van Amerika Ontvangen: 26 januari 2014; Aanvaard: 24 maart 2014; Gepubliceerd: 23 april 2014 Copyright: © 2014 Xu et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd Financiering:. Dit werk wordt ondersteund door subsidies van de National Key Basic Research Program van China (973 Program ref no. 2010CB529304), de National Natural Science Foundation of China (Ref No. 31200968), en het Science Technology Project in de provincie Liaoning (Ref nr 2011225002) . De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan Introductie MicroRNAs (miRNAs) zijn 18-25 nucleotide (nt) -Lange, enkelstrengs-coderende RNA [1]. Variaties in pri-miRNA, pre-miRNA of rijpe miRNA kan de volwassen proces en functie van miRNA, waarin de expressie van honderden eiwitten verder zou kunnen beïnvloeden in de interactie pathway [2] beïnvloeden. Tot op zekere hoogte, de variant van miRNA speelden een rol als een "oncogen" of "tumorsuppressorgen" indirect [3]. let-7 is de tweede geïdentificeerde miRNA na de ontdekking van de eerste miRNA, lin -4 [4] - [6]. De laat-7 familie heeft 10 leden, onder wie let-7a te laten-7g, laat-7i, miR-98 en miR-202. De laat-7 familie speelt een cruciale rol bij het handhaven van de normale fysiologische functie van menselijk. Zo zou de pri-miRNA van laat-7 familie combineren met LIN28 en onderdrukken van de splicing procedure van Drosha en Dicer, twee belangrijke restrictie-enzymen waarbij in de mature proces voor alle miRNA [7]. Bovendien, door het neerhalen van de Drosha enzym om alle miRNA volwassen proces volledig te onderdrukken, Kumar bij al vond dat de belangrijkste reden voor de activering en de bevordering van maligne transformatie cel was de neerwaartse regulatie van laat-7 familie expressie [8]. Hoewel veel eerdere studies algemeen hebben bijgedragen tot de biologische functies van let-7 familie illustreren, maar weinig onderzoek gericht op genetische variaties van familieleden. In feite, als twee individuen werden willekeurig geselecteerd, hun genoom kan ongeveer 0,1% diversiteit, waarvan de meest voorkomende diversiteit was SNP tonen [9]. Vanwege het bestaan van deze verschillen, kan hetzelfde gen tot verschillende genexpressieproducten die kunnen leiden tot verschillende ziektegevoeligheid, erfelijk fenotype en prognose van ziekte [10]. Eerdere onderzoeken toonden dat de PRI-miRNA SNPs kunnen worden gebruikt als genetische merkers voor het voorspellen kankerrisico. Zo werd pri-miR-185 rs2008591 geassocieerd met het risico op borstkanker [11]; pri-miR-34b /c rs4938723 werd geassocieerd met het risico van hepatocellular kanker [12]. In de huidige studie, met behulp van gegevens van de NCBI bioinformatica databases, we gescreend alle SNPs in de primaire voorloper gebied van laat-7 familie (± 600 bp), en bleek dat slechts 4 SNPs (PRI-laat-7a-1 rs10739971, pri -laat-7a-2 rs629367 en rs1143770, PRI-laat-7F-2 rs17276588) hadden kleinere allel Frequency (MAF) > 5% in de Chinese bevolking, en ze waren allemaal tagSNPs in HapMap database. Tot nu toe zijn er weinig studies de relatie tussen de vier tagSNPs en ziektevrije risicovoorspelling behalve schizofrene ziekte [13], niet-kleincellig longcarcinoom [14] en diabetische nefropathie [15] heeft. Hun mogelijke rol in het voorspellen van het risico op kanker nog grotendeels onbekend Maagkanker is de tweede belangrijke oorzaak van kanker overlijden wereldwijd en een van de meest voorkomende vormen van kanker in Oost-Aziatische en Chinese populatie [16] -. [18]. Studies hebben aangetoond dat verschillende miRNA SNPs geassocieerd met maagkanker risico [19] - [22]. Echter, of de bovengenoemde vier tagSNPs in pri-miRNA genen van let-7 werden geassocieerd met het risico op maagkanker en atrofische gastritis in Chinese bevolking, of het kan worden gebruikt als een predictieve genetische biomarker voor maagkanker, en de specifieke mechanisme van hoe ze regelen het risico van de ziekte nog moeten worden verduidelijkt. in deze studie hebben we eerst de relatie tussen deze vier kandidaat tagSNPs in pri-laat-7a en de gevoeligheid van maagkanker en zijn voorloper beoordeeld door het uitvoeren van een tweetraps case-control studie in het Chinees. Ondertussen hebben we onderzocht of de risico's geassocieerd polymorfisme draagt bij aan de overleving maagkanker patiënten. Verder hebben we onderzocht het effect van de risico's geassocieerd polymorfisme op het reguleren van de volwassen miRNA expressie in het serum en de maag weefsel evenals onderzocht de mogelijke reguleringsmechanisme bij het moduleren van ziekterisico en overleving. Door het uitvoeren van de huidige studie, hopen we de mogelijke toepassing vooruitzicht van de onderzochte SNP voor te stellen als een waarschuwing vooraf biomarker voor mensen met een hoog risico op maagkanker en de voorstadia van de ziekte (atrofische gastritis). Patiënten en studie design Dit onderzoek werd goedgekeurd door de Ethische Commissie van de eerste Affiliated Hospital van de China Medical University en de studie was verdeeld in drie onafhankelijke, maar gerelateerde onderdelen, inclusief risico's, prognose en mechanismen onderzoek . Het risico deel was twee fasen gemaakt, men screenen trap en de andere fase wordt gevalideerd. Om de associatie van kandidaat SNPs met maagkanker en atrofische gastritis risico's toe te lichten, de screening fase achteraf aangeworven monsters, waaronder 338 gevallen, bestaande uit 107 maagkankerpatiënten, 107 atrofische gastritis gevallen en 124 gematchte controles van de First Affiliated Hospital van de China Medical University tussen 2005 en 2010. in de gevalideerde stadium, onderzochten we een totaal van 1.949 gevallen, waaronder 579 maagkanker, 649 atrofische gastritis en 721 gezonde controles uit een health check programma voor de maag kanker screening in Zhuanghe van de provincie Liaoning, China of van de patiënten in de First Affiliated Hospital van de China Medical University, tussen 2002 en 2013. Alle patiënten in deze studie werden endoscopisch en histologisch bevestigd. De classificatie van maagkanker werd verdeeld in intestinaal-type en diffuse-type voor subgroepanalyse die gebaseerd was op Lauren's indeling [23], [24]. De indeling en inschaling van gastritis was gebaseerd op het Bijgewerkt Sydney System [25], [26]. Proefpersonen die endoscopisch en histologisch werd bevestigd met normale slijmvlies of slechts minimale gastritis zonder andere systemische ziekte of andere maagziekten dienden als controles. Schriftelijke geïnformeerde toestemming werden verzameld van de patiënten en medische geschiedenis (zoals leeftijd, geslacht, roken en alcoholgebruik), verkregen door vragenlijst en de platen werden geautomatiseerd als eerdere beschreven [24]. Om verder te onderzoeken van de vereniging van risico in verband met polymorfisme clinicopathologic parameters en overleving bij maagkanker patiënten, gebruikten we de gegevens van 150 maagkanker gevallen, wiens gegevens van de dood of overleving beschikbaar was. De tumor histologische graad werd geëvalueerd door World Health Organization criteria en tumoren werden opgevoerd met behulp van de 7e editie van de TNM-classificatie van de International Union Against Cancer (UICC) /Amerikaanse Joint Committee on Cancer (AJCC) (2010) op basis van postoperatieve pathologisch onderzoek . Patiënten (i) met verre metastase preoperatief gevonden, (ii) die preoperatieve radiotherapie of chemotherapie, of ondergingen (iii) met onvolledige pathologische gegevens inzendingen uit de survival analyse werden uitgesloten. Follow was afgerond in augustus 2013. Tenslotte werden 150 patiënten die in de overlevingsanalyse. Voor de evaluatie van correlatie tussen polymorfisme-risico en miRNA expressie in serum, 364 gevallen inclusief 164 maagkanker, 100 atrofische gastritis en 100 gezonde controles werden onderzocht. De kenmerken van opgenomen patiënten worden getoond in Tabel Aanvullende S1. Daarnaast is voor de beoordeling van de correlatie tussen de risico's geassocieerd polymorfisme en de miRNA expressie in de maag weefsel, 97 non-canceous specimens en 94 maag kankercellen monsters werden verkregen van 97 patiënten die gastrectomie tussen 2009 onderging in de Eerste Affilicated Hospital van de China Medical University en 2013. Betreft's genotypering Genomisch DNA werd geëxtraheerd zoals eerder beschreven met enkele modificaties [27]. De genotypering werd uitgevoerd door CapitalBio (Beijing, China) met de Sequenom MassARRAY platform (Sequenom, San Diego, CA, USA) zoals eerder beschreven [24]. 5% van de gehele monsters werden keer genotyperen en de concordantie was 100%, wat aantoont dat de genotypering correct was. De gedetailleerde materialen werden in de aanvullende methoden. Volgens de door de literatuurwerkwijze [28], serum H. pylori De werkwijze miRNA geëxtraheerd uit het serum en weefsel werd gebruikt zoals beschreven door de literatuur [29] met enige modificaties. Het omgekeerde transcriptiereactie werd gebruikt One Step Prime Script miRNA cDNA (Perfect Real Time) Kit (TAKARA Biotechnologie Co, Ltd, Dalian, China) en real-time PCR-reactie werd gebruikt miRcute miRNA qPCR detectie kit (SYBR) (TIANGEN Biotech Co ., Ltd, Beijing, China). De gedetailleerde materialen werden getoond in de aanvullende methoden. De commerciële expressieplasmide pCMV-MIR-laat-7a-2 rs629367- C werd gekocht van Origene Company (Origene Biotech Co, Ltd, Shanghai, China). Dit plasmide werd uitgevoerd een site-specific mutagenese bij -216 van C naar A (pCMV-laat-7a-2 rs629367-A) door Sainuo Company (Sainuo Biotech Co, Ltd, Beijing, China) en bevestigd door sequencing. En de kandidaat-cellijnen werden gesequenced om de PRI-laat-7a-2 rs629367 website genotype te onderzoeken of er sprake was van een variant van deze rs629367 polymorfisme website. Vervolgens wordt de cellijnen van de wild-type en ook de laagste twee laat-7a expressie, SGC-7901 en AGS, werden geselecteerd voor transfectie (Meer details zie aanvullende methoden en aanvullende figuur S2). De menselijke maag-carcinoom cellijn, AGS werd gekocht van ATCC, American Type Culture Collection, de VS en SGC-7901 werd gekocht van de Cell Bank van de Chinese Academie van Wetenschappen, Shanghai, China. Na 72 uur werd het totale RNA geëxtraheerd van cellen en real-time PCR werd gebruikt om gedetecteerd let-7a expressie na omgekeerde transcriptie om het rijpe let-7a door pCMV-let-7a-2 rs629367-A vs. vergelijk pCMV-laat-7a-2 rs629367-C. Statistieken de bestudeerde vier miRNA polymorfismen werden getest op Hardy-Weinberg evenwicht (HWE) bij de controles. De continue variabelen werden getoond als gemiddelde ± standaarddeviatie (SD) en vergeleken door variantieanalyse, terwijl de discrete variabelen frequenties en percentages zijn vertegenwoordigd en vergeleken door χ2-test [24]. Multivariate logistische regressie met aanpassingen voor leeftijd, geslacht en H. pylori Resultaten hoofdeffect van miRNA polymorfismen op maagkanker en atrofische gastritis risico de genotype frequenties van de onderzochte SNP in de screening fase worden getoond in tabel 1 en figuur elektroforetogram en sequencing van deze vier miRNA polymorfismen genotypes werden getoond bij het tweede Aanvullend Figuur S1. pri-laat-7F-2 rs17276588 werd uit verdere analyse uitgesloten, omdat het afweek van HWE. Twee SNPs waren veelbelovend beschouwd te worden geassocieerd met de ziekte van risico's: de variant genotype frequenties van pri-laat-7a-1 rs10739971 tussen atrofische gastritis en de controle groep toonde statistisch verschil (27,1% vs. 13,7%, P Om de associatie van PRI-laat-7a-1 rs10739971 en PRI-laat-7a-2 rs629367 polymorfismen bevestigen. met maagkanker en /of atrofische gastritis risico's, we opnieuw geëvalueerd deze twee SNPs in een andere 1.949 gevallen in de uitgebreide gevalideerde podium. De frequenties van de polymorfismen in alle monsters worden getoond in tabel Aanvullende S2. Gezonde controles waren frequentie afgestemd op maagkanker en atrofische gastritis gevallen door leeftijd (± 5 jaar) en geslacht (01:01). Na frequentie matching werden slechts 501 maagkanker en 501 controles voor maagkanker risicoanalyse en 612 atrofische gastritis en 612 controles voor atrofische gastritis risicoanalyse uiteindelijk opgenomen. In de uitgebreide gevalideerd fase de variant genotype frequenties van PRI-let-7a-2 rs629367 tussen maagkanker en controlegroep waren statistisch verschillend (6,4% tegenover 4,0%, Tabel 1). Vergeleken met de gemeenschappelijke AA genotype, werd de variant CC genotype geassocieerd met een 1,83-voudig verhoogd risico op maagkanker ( P Gestratificeerde analyse en interation analyse Om verder de potentiële invloed te onderzoeken van leeftijd, geslacht en omgevingsfactoren zoals de status van de H. pylori door de observatie van statistisch significant verband tussen rs629367 en maagkanker en atrofische gastritis risico in het belangrijkste effect analyses en gestratificeerde analyses, we verder onderzocht of de risico's in verband rs629367 correleert met de clinicopathologic fenotype en prognostische overleving van maagkanker. De resultaten toonden dat er geen significante correlatie van deze SNP werd gevonden met klinische en pathologische parameters zoals tumorgrootte, tumor locatie, Borrmann type histologische type Lauren type TNM, groeipatroon, invasiediepte, lymfatische metastase, H. pylori Correlatie tussen rs629367 en volwassen laat-7a expressie in het serum en de maag weefsel om het mechanisme waarop rs629367 polymorfisme gerelateerd aan maagkanker studie werd verder onderzocht het rijpe let-7a expressie in vivo en vitro. kenmerken van de patiënt geselecteerd voor de studie van de expressie in serum en weefsels worden getoond in Tabel Aanvullende S6. In serumspiegel, gestratificeerd verschillende ziekten, vonden we dat in atrofische gastritis groep, het rijpe let-7a expressie van rs629367 AA, CA, CC genotype vertoonden de neiging geleidelijk toenemende en dit verschil was statistisch significantie (3,30 ± 0,56 versus . 3.52 ± 0,55 versus 3,76 ± 0,34, P de volwassen let-7a expressie van pCMV-MIR-PRI-laat-7a-2 rs629367-A en -C Ten eerste, de kandidaat cellijnen werden gesequenced de PRI-laat-7a-2 rs629367 terrein genotype en vond dat deze kandidaat-cellijnen waren allemaal rs629367 wild-type (zie aanvullende figuur S3). In vitro niveau, SGC-7901 en AGS cellijnen werden transinfected in twee plasmiden, pCMV-MIR-pri-laat-7a-2 rs629367-A en pCMV-MIR-pri-laat-7a-2 rs629367-C. Na 72 uur, volwassen laat-7a uitdrukking had statistische significantie in SGC-7901-cellijn ( P Restaurant < 0,001, Figuur 2-B). De variant C allel tot expressie hoger let-7a vergelijking met de oude allel. De AGS-cellijn kreeg geen statistische significantie en toonde alleen tendens in overeenstemming met de SGC-7901 (zie aanvullende figuur S4). Op basis van verschillende studies met betrekking tot mature miRNAs functies [30], het is goed aanvaard dat miRNA een belangrijke rol in de ontwikkeling van kanker speelt als een "oncogen" of "tumorsuppressorgen" [31]. Het verband tussen miRNA varianten en risico op kanker en prognose moet nog worden opgehelderd [32]. In de huidige studie hebben we gemeld, voor de eerste keer, de verdeling frequenties van vier miRNA tagSNPs (PRI-laat-7a-1 rs10739971, pri-laat-7a-2 rs629367 en rs1143770, PRI-laat-7F-2 rs17276588) in het Noord-Chinees. We verder de veelbelovende polymorfisme sites in onafhankelijke bevestigd en uitgebreid monsters en vond de variant CC genotype van PRI-let-7a-2 rs629367 verhoogd risico op maagkanker en atrofische gastritis 1,83 en 1,86 maal, en geassocieerd met een slechte overleving van maagkanker patiënten. We verder onderzocht het effect van de PRI-laat-7a-2 rs629367 op haar expressie en de mogelijke mechanismen, en gaf aan dat het mechanisme zou als gevolg van de afwisseling van de mature laat-7a expressie, die uiteindelijk de vatbaarheid en de prognose voor de maag kunnen veranderen kanker. Voor zover wij weten is dit het eerste verslag over de relatie van rs629367 SNP met de gevoeligheid en de prognose van maagkanker. Zoals we weten, genetische variaties, die ontstaan in miRNA genen met inbegrip van hun primaire en pre-miRNA's , zou de kans om verschillende biologische pathways en de invloed van ziekte-incidentie [33] beïnvloeden. Derhalve kunnen primaire en pre-miRNA polymorfismen worden gebruikt als genetische merkers voor het voorspellen van het risico op kanker [32], [34], die meer voordelig sterkte dan coderende gen polymorfismen in het voorspellen van mogelijke omdat miRNAs vaak in kankergeassocieerde genomische hebben gebieden [35] en bijna alle coderende genen kan reguleren [36]. Onlangs hebben studies gericht op de pre-miRNA polymorfismen op het stamlus, zoals pre-mir-196a2 rs11614913 [37], pre-mir-146a rs2910164 [38], pre-mir-499 rs3746444 [39], [40], pre-mir-149 rs2292832 [41], pre-mir-27a rs895819 [42]. Vanwege de complexiteit van RNA ruimte structuur, had steeds meer aandacht besteed aan de SNP op pri-miRNA. De vertegenwoordiger pri-miRNA SNPs waren pri-miR-185 rs2008591 geassocieerd met borstkanker [11], pri-miR-34b /c rs4938723 geassocieerd met hepatocellulaire kanker [12], pri-miR-30c rs928508 [22] en pri-miR -938 rs2505901 [43] in verband met maagkanker. let-7 gezinnen waren de meeste eerdere geïdentificeerd miRNAs [4] en spelen een cruciale rol bij het handhaven van de normale fysiologische functie van de mens. Door het gebruik van NCBI bioinformatica databases, vonden we 4 SNPs in de primaire voorloper gebied van laat-7 familie (PRI-laat-7a-1 rs10739971, pri-laat-7a-2 rs629367 en rs1143770, PRI-laat-7F-2 rs17276588) hadden kleinere allel Frequency (MAF) > 5% in de Chinese bevolking, die alle tagSNPs waren, maar hun potentieel voorspellen rollen waren onduidelijk. In de huidige studie, door het screenen en te valideren twee fasen studie we eerst gevonden dat, onder 4 tagSNPs, pri-laat-7a 2 rs629367 polymorfisme was geassocieerd met een gevoeligheid van maagkanker (de variant CC genotype van pri-laat-7a-2 rs629367 verhoogd risico op maagkanker en atrofische gastritis 1,83 en 1,86-voudig). Dit PRI-let-7a-2 rs629367 SNP werd in stroomafwaartse 3'-UTR, die de dichtstbijzijnde SNP met het rijpe miRNA genen van de vier screening SNPs, en het zou een nieuwe biomarker bij het voorspellen risico maag- kanker. We verder uitgevoerd univariate en multivariate Cox proportional hazards regressie-analyse van de follow-up van gegevens op de verenigingen van PRI-laat-7a-2 rs629367 SNP verkennen met de algemene overleving van maagkankerpatiënten. Consistent significante resultaten waargenomen van univariate en multivariate Cox-modellen (tabel 3). De PRI-laat-7a-2 rs629367 variant CC genotype dragers toonde verhoogde HR met een P Verschillende studies. bleek dat miRNA polymorfismen schaden miRNA verwerking en expressie van rijpe miRNA en een rol spelen bij het ontstaan van kanker [12] spelen, [33]. Om het mechanisme waarop rs629367 polymorfisme gerelateerd aan maagkanker studie, in deze studie hebben we het effect van PRI-let-7a SNP op het rijpe let-7a expressie zowel in vivo en vitro. Controle voor de ziekte factor, we in het serum atrofische gastritis groep, het rijpe let-7a expressie van rs629367 AA, CA, CC genotype een significante geleidelijk ( P Maagkanker is een multifactoriële aandoening veroorzaakt door genetische predispositie evenals omgevingsfactoren [46]. Om de mogelijke invloed van leeftijd, geslacht en omgevingsfactoren zoals de status van onderzoeken H. pylori
= 0,004). We verder onderzocht de laat-7a expressie niveaus in het serum en vond dat laat-7a expressie verhoogde geleidelijk voor rs629367 AA, CA, CC genotype in de atrofische gastritis groep ( P
= 0,043). Verder bevestigden we deze bevindingen in vitro onderzoek door overexpressie let-7a dragende pri-laat-7a-2 wild-type A of polymorfe-type C-allel ( P Restaurant < 0,001).
Conclusies
Methods
De detectie van H. pylori-serum IgG titer
IgG titer werd gedetecteerd door enzym-gekoppelde immunosorbent assay (ELISA, Helicobacter pylori IgG kit, Biohit, Helsinki, Finland). De gedetailleerde materialen werden in de aanvullende methoden.
RNA-extractie en real-time PCR reactie voor miRNA expressie in vivo
voorbijgaande transfectie en real-time PCR reactie voor miRNA expressie in vitro
infectie werd gebruikt om de associatie tussen miRNA polymorfismen en ziekte risico's te beoordelen. Omdat roken en alcoholgebruik had bijna een derde ontbrekende gegevens waren niet geschikt als aanpassing factoren, alleen als gelaagde factoren voor de analyse van de associatie tussen de miRNA polymorfismen en de ziekte van risico's. Univariate en multivariate survival analyses werden uitgevoerd door de log-rank test en de Cox proportionele hazards model uitgevoerd. De overlevingscurven werden in kaart gebracht met behulp van de Kaplan-Meier-methode. Multivariate survival analyse werd uitgevoerd door het toevoegen van SNP om alle clinicopathologische parameters uitgevoerd P Restaurant < 0,05. Bovendien werden de kopieën van miRNA gebruikt lg waarde voor een normale verdeling, en het effect van miRNA polymorfismen op de expressieniveaus werden getest door variantieanalyse (ANOVA) proef. De correlatie van laat-7a expressie in het serum en weefsel werd getoond als correlatiecoëfficiënt door de correlatie analyse. Statistische analyse werd uitgevoerd met behulp van SPSS versie 16.0 software (SPSS, Chicago, IL, USA) en in de screening fase, blz waarden < 0,10 werd als significant beschouwd, terwijl alle andere analyses werd beschouwd p-waarden. ≪ 0,05 als significant
= 0,018, tabel 1), en de variant genotype frequenties van pri-laat-7a-2 rs629367 tussen maagkanker en controle groep toonde ook verschil (1,9% vs.6.5%, P
= 0,094, tabel 1) . We overwogen p-waarde < 0,10 als significant en geselecteerde deze twee veelbelovende SNP locaties in de gevalideerde stadium
= 0,048, 95% Cl = 1,01-3,32, Tabel 1), en was ook geassocieerd met een 1,86-voudig verhoogd risico op atrofische gastritis ( P
= 0,032, 95% CI = 1,06-3,28, tabel 1). Bovendien werd de variant CC genotype geassocieerd met een 1,93-voudig verhoogd risico atrofische gastritis opzichte van de (AA + AC) genotypen ( P
= 0,021, 95% Cl = 1,11-3,36, Tabel 1) , Maar we niet statistisch significant verband te observeren tussen pri-laat-7a-1 rs10739971 en de ziekte van risico's in de gevalideerde podium.
infecties, roken en alcohol drinken op genetisch effect, voerden we gestratificeerde analyses voor pri-laat-7a-1 rs10739971 en PRI-laat-7a-2 rs629367 polymorfismen gebaseerd op deze elementen (tabel 2). We zagen verschillende effecten van pri-laat-7a-2 rs629367 op risico van de ziekte in verschillende subgroepen. Statistisch verband tussen CC genotype en verhoogde atrofische gastritis risico werden gevonden bij vrouwen ( P
= 0,025, OR [95% CI] = 2,59 [1,13-5,92]), H. pylori
serologie-negatief subgroep ( P
= 0,036, OR [95% CI] = 1,97 [1,05-3,73]), en in niet-drinkende subgroep ( P
= 0,023 OF [95% CI] = 2,44 [1,13-5,26]). Bovendien werd het CC genotype in verband gebracht met een verhoogd risico op maagkanker bij patiënten met de leeftijd ≦ 50 jaar ( P
= 0,026, OR [95% Cl] = 6,02 [1,24-29,10]) en H. pylori
serologie-negatief subpopulatie ( P
= 0,036, OR [95% CI] = 2,02 [1,05-3,90]). Echter, toen voerden we de wisselwerking tussen analyse rs629367 SNP en H. pylori
infecties, roken en alcohol drinken, geen statistisch interactie-effect werd gevonden ( P
interactie = respectievelijk 0,786 en 0,382, zie aanvullende tabel S3). Geen significant verband gevonden tussen pri-laat-7a-1 rs10739971 en maagkanker of atrofische gastritis risico's in een gestratificeerde analyse.
Correlatie tussen pri-laat-7a-2 rs629367 polymorfisme en clinicopathologic parameters en de lengte van de overleving van maagkanker patiënten
infectiestatus, roken, drinken, en familiale voorgeschiedenis ( P Restaurant > 0,05, zie aanvullende tabel S4), maar dit SNP werd gevonden in verband met maag kanker overleven. De CC genotype dragers toonde ongunstige overleving (CC vs. AA: 22,2 maanden versus 32,0 maanden) en een toename HRs voor maagkanker patiënten in univariate analyse (CC vs. AA: P
= 0,011, HR [95% CI] = 3,39 [1,33-8,65]; CC vs. AA + AC: P
= 0.005, HR [95% CI] = 3,51 [1,45-8,49], Tabel 3 en Figuur 1-A en - B). Door het aanpassen van enkele clinicopathologische parameters die potentiële verstorende factoren gecorreleerd met de maag overleven kanker waren ( P
≤0.0001 voor tumorgrootte, Borrmann soort, TNM stadium, de diepte van invasie en lymfatische metastase, zie aanvullende tabel S5), statistisch verhoogde HRs werden ook verkregen voor CC-dragers in de multivariate analyse (CC vs. AA: P
= 0,004, HR [95% CI] = 4,48 [1,60-12,60]; CC vs. AA + AC: P
= 0,001, HR [95% CI] = 4,69 [1,84-11,95], tabel 3).
= 0,043, Tabel 4, Figuur 2-A). In weefsel niveau, analyseerden we het effect op de laat-7a SNP genotypen op haar volwassen let-7a expressie bij maagkanker weefsel, en vond rs629367 AA, CA, CC genotype toonde ook een tendens van geleidelijk te verhogen, hoewel dit verschil niet statistisch bereikte significantie (Tabel 4).
Discussie
-waarde van 0,011 (HR = 3,39) en 0,005 (HR = 3,51) in vergelijking met AA wild-type en AA + AC genotype respectievelijk in univariate analyse. Omdat een aantal clinicopathologische parameters in belangrijke mate bijgedragen aan de totale maag kanker overleven ( P
≤0.0001 voor tumorgrootte, Borrmann soort, TNM stadium, de diepte van invasie en lymfatische metastase), voerden we de analyse met correctie voor die potentiële verstorende factoren in de multivariate analyse. Uiteindelijk vonden we de P
-waarde van deze rs629367 SNP was significant en statistische HRs werden ook verhoogd (CC vs. AA: P
= 0,004, HR = 4,48; CC vs. AA + AC: P
= 0,001, HR = 4,69 respectievelijk), hetgeen suggereert dat PRI-let-7a-2 rs628367 een onafhankelijke risicofactor voor maagkanker prognose kan
= 0,043, Tabel 3). Dit kan het verschijnsel dat de variant CC genotype van rs629367 een hogere frequentie verdeling atrofische gastritis groep dan in de controlegroep (6,2% tegenover 3,9%, Tabel 1) gedeeltelijk verklaren. De relatie van rs629367 CC genotype met verhoogd atrofische gastritis risico aangegeven dat deze SNP geassocieerd met atrofische gastritis en zelfs maagkanker eventueel door de afwisseling van het rijpe miRNA expressie, die daardoor beïnvloedt de gevoeligheid voor maagkanker. Op basis van het expressieniveau in vivo, we verder geconstrueerd het tot expressie plasmide dat pri-let-7a-2 rs629367 wildtype allel en variante C allel teneinde het rijpe let-7a expressie van de twee verschillende allelen observeren. We vonden dat na transinfection, SGC-7901 cellen met pCMV-MIR-pri-laat-7a-2 rs629367-C-allel gedemonstreerd hoger rijpen laat-7a expressie dan die van A-allel ( P Restaurant < 0,001, Figuur 1). De resultaten van het experiment vitro resultaat werd accordant met die van de vivo, wat ook blijkt dat pri-laat-7a-2 rs629367 polymorfisme invloed kunnen zijn op de rijpe laat-7a expressie en de gevoeligheid voor maagkanker te veranderen. Verschillende studies gemeld dat laat-7a was tumor suppressor [44], [45]. Speculeerden wij dat de variatie van A tot C zijn oorspronkelijke functie van tumor onderdrukkende die maagkanker gevoeligheid en leidt tot een slechte overleving prognose kunnen veranderen zou verlies.
infecties, roken en alcohol drinken op genetisch effect, we verder geanalyseerd de gevolgen van mogelijke invloedsfactoren op deze pri-let-7a -2 rs629367 SNP, en vond PRI-laat-7a-2 rs629367 was alleen geassocieerd met de ziekte van risico's in de H. pylori
serologie-negatieve patiënten groep en in niet-drinken groep. In H. pylori
serologie-negatieve patiënten, de UPR van de associatie van rs629367 SNP en atrofische gastritis en maagkanker risico verhoogd (respectievelijk 1,83 en 1,86 voudig) te zijn 2,12 en 1,97 maal, die hoger zijn dan de UPR's in het hele gevallen was . Er was echter geen statistische significantie in H. pylori
serologie-positieve patiënten. Ook werd dit verschijnsel ook waargenomen in de gestratificeerde analyse door te drinken: in niet-drinken groep, de OR van de associatie van rs629367 SNP en atrofische gastritis risico verhoogd tot 2,39 maal zijn, terwijl er geen statistische significantie in drinken groep. Dit kan zijn omdat de H. pylori Kopen en drinken werden geassocieerd met de incidentie van maagkanker. Brenner et al. had de hypothese dat H. pylori
was een noodzakelijke oorzaak voor maagkanker [47], en Tramacere et al. vond dat er sprake was van een sterke associatie tussen het drinken en de incidentie van maagkanker [48], [49]. Daarom is de verwijdering van deze twee omgevingsfactoren die de UPR boven analyseren van de gehele monsters.
Pancreatitis
Gedomesticeerde honden zullen waarschijnlijk SARS-CoV-2 niet overbrengen,
COVID-19-beperkingen hebben geleid tot een daling van 86 procent van het aantal norovirusinfecties in de VS,
Neil Bell benoemd tot Chief Development Officer van Avacta Life Sciences
Waarom u natuurlijke bronnen van vezels in uw dieet zou moeten opnemen
Rurale en stedelijke microbiota verschillen van jongs af aan,
Slijm in douchekoppen kan gevaarlijke longbacteriën bevatten, ontdekt onderzoek
Een onderzoek heeft aangetoond dat de douchekoppen slijm bevatten dat potentieel gevaarlijke bacteriën kan bevatten die tot ernstige longaandoeningen kunnen leiden. Mycobacteriële bacteriën zijn veran
Studie werpt licht op de oorzaken van slopende darmpijn
Slopende darmpijn komt vaak voor, maar de onderliggende oorzaak is nog onduidelijk. Gebruikelijk, het komt voort uit een darminfectie die immuunreacties veroorzaakt. Deze kunnen ertoe leiden dat alled
Bloedonderzoek voor microbieel DNA kan waarschuwen voor kanker
Een nieuwe studie gepubliceerd in het tijdschrift Natuur op 11 maart, 2020, zou de huidige opvattingen over het veroorzaken en diagnosticeren van kanker kunnen veranderen. De onderzoekers hebben een