Polymorfismen van TGFB1 en VEGF genen en overleving van patiënten met maagkanker

Polymorfismen van TGFB1 Kopen en VEGF
genen en overleving van patiënten met maagkanker
Abstracte achtergrond
Sommige TGFB1 Kopen en VEGF
polymorfismen worden verondersteld functioneel te zijn. Aangezien deze genen zijn betrokken bij tumorgroei en progressie zoals angiogenese, verspreiding en invasiviteit veronderstelden we dat deze polymorfismen worden geassocieerd met overleving bij patiënten met maagkanker.
Methods
Wij gegenotypeerd TGFB1
-509 C > T, 1869 T > C, en 915 G > C en VEGF
-1498T > C, -634G > C en + 936C > T bij 167 patiënten met maagkanker. Met behulp van de Kaplan en Meier methode, log-rank test, en Cox modellen, we geëvalueerd associaties tussen TGFB1 Kopen en VEGF
varianten met de algemene, 1 jaar en 2-jaarsoverleving.
Results
Hoewel er geen significante verschillen in totale overleving tarieven onder alle geteste polymorfismen, patiënten met TGFB1
+ 915CG en CC-genotypes hadden een slechtere 2-jaars overleving (gecorrigeerde hazard ratio (HR) 3,06; 95% betrouwbaarheidsinterval (CI), 1,09-8,62; P
= 0,034) dan patiënten met het genotype GG gehad. Bovendien kunnen patiënten heterozygoot voor VEGF
-634CG had ook een slechtere 1-jaars overleving (gecorrigeerde HR, 2,08; 95% BI 1,03-4,22; P
= 0,042) dan patiënten met de genotype -634GG <. br> Conclusie Home Onze studie suggereert dat TGFB1
+ 915CG /CC en VEGF
-634CG genotypes kan gepaard gaan met de korte termijn overleving bij maagkanker patiënten. Echter, zijn grotere studies nodig zijn om deze bevindingen te verifiëren.
Inleiding
In maag Caner, kunnen patiënten met dezelfde clinicopathologic kenmerken en dezelfde behandelingsregimes verschillende klinische uitkomsten. Hoewel fase is de best beschikbare klinische maat voor tumor agressie en prognose er duidelijk belangrijke verschillen zelfs binnen hetzelfde tumorstadium [1, 2]. Daarom zou het nuttig zijn om de voorspellende nauwkeurigheid te verhogen door het identificeren gemakkelijk toegankelijk moleculaire markers die sommige van de variatie in klinische resultaten te voorspellen. De laatste decennia hebben veel studies aangetoond dat genetische veranderingen rol spelen in de ontwikkeling en progressie van maagkanker [3]. Onder deze moleculaire markers, single nucleotide polymorfismen (SNP's) zijn de meest onderzochte genetische variatie die kunnen bijdragen tot de klinische resultaten van patiënten [4].
Epidemiologische en klinische onderzoeken hebben gesuggereerd dat zowel TGF-β1 en VEGF een belangrijke kan spelen rol bij de oncogenese van de maag [5, 6]. Zo worden TGFB1 Kopen en VEGF
varianten geassocieerd met veranderde eiwitproducten, die kan bijdragen tot variatie in individuele gevoeligheid voor kanker en klinische resultaten [4]. Zowel TGFB1 Kopen en VEGF
genen zijn zeer polymorfe, naar verluidt met 168 en 140 varianten, respectievelijk, maar slechts enkele van deze varianten zijn binnen de promotor of coderende gebieden die mogelijk functioneel http kan zijn: //www. NCBI. NLM. nih. gov /SNP /. Van deze varianten zijn verscheidene SNPs beschreven als belangrijk modulatie van genfuncties [7-9] en naar verluidt betrokken bij de etiologie van diverse kankers [10-13]. Ondernemingen De TGF-β1 pathway een cruciale rol speelt in tumorontwikkeling en progressie. Tumor celkweken, TGF-β1 is antiproliferatieve effecten en kan tumorprogressie in een vroeg stadium te blokkeren, terwijl het ook kan versnelt invasie en metastase in de latere stadia van tumorprogressie [14, 15]. Een experimentele studie rapporteerde dat TGF-β1-gemedieerde activatie van de ALK5-3 Smad route essentieel is voor de Shh eiwit beweeglijkheid en invasiviteit bevorderen maagkanker cellen [16]. Muis experimenten toonden ook aan dat veranderde TGF-β1 werd geassocieerd met de latente TGF-β1 bindende eiwitten die ontstekingen en tumoren [17] kan veroorzaken en dat verstoorde TGF-β1 pathway kan leiden tot tumorgroei door het verhogen van de tumor angiogenese geïnduceerd door verminderde expressie van thrombospondine-1 [18]. Bij mensen, TGF-β1 hadden een grotere gevoeligheid dan carcino-embryonaal antigeen in tumorcellen van patiënten met maagkanker [16]. Bovendien hebben zowel experimentele als klinische en pathologische studies een rol voor de VEGF-familie van eiwitten in metastase via het lymfestelsel en klinische resultaten in verschillende menselijke solide tumoren, zoals maagkanker [19] heeft.
In deze studie hebben we koos gekozen gemeenschappelijke (dwz kleinere allel frequentie > 0,05) genotype TGFB1 Kopen en VEGF
SNPs die ofwel leiden tot niet-synonieme aminozuurveranderingen [20] of zijn geassocieerd met lagere expressieniveaus van deze genen [ ,,,0],8, 21], waarin deze SNPs wijze kan functioneel zijn. Onze hypothese was dat potentieel functionele polymorfismen in VEGF TGFB1 en worden geassocieerd met klinische uitkomst bij patiënten met maagkanker. Specifiek
evalueerden we de associatie tussen klinische resultaten bij maagkanker, waaronder totale overleving, en elk van de volgende SNPs: drie TGFB1
SNPs, waaronder een promoter SNP (-509 C > T) en twee exon 1 SNPs (869 T > C en 915 G > C) en drie VEGF
SNPs, waaronder een promotor SNP (-1498T > C), een 5'-onvertaald gebied SNP (-634G > C) en een 3' onvertaalde gebied SNP (936 C > T)
Methods
Studie bevolking Inloggen Deze prospectieve analyse bestond uit 167 patiënten met nieuw gediagnosticeerde en histologisch bevestigde maagkanker, die aan de Universiteit van Texas MD Anderson Cancer werden behandeld. Center, Houston, Texas tussen april 2003 en juli 2008. de studie protocol door onze Institutional review Board (IRB) en alle patiënten werd goedgekeurd gaven informed consent het gebruik van de IRB-goedgekeurde informed consent formulier. Uitsluitingscriteria opgenomen die niet nieuw gediagnosticeerde en degenen die elders behandeld voor zijn komst naar M. D. Anderson. Deze patiënten werden opgenomen in deze analyse omdat hun opgeslagen bloedmonsters beschikbaar voor DNA extractie.
Genotypering
Genomisch DNA werd uit de buffy coat fractie van het bloedmonster van elke patiënt geëxtraheerd met behulp van een Blood Mini Kit (Qiagen waren, Valencia, CA) volgens de instructies van de fabrikant. DNA en zuiverheid werden bepaald door spectrofotometrische meting van de absorptie bij 260 en 280 nm met UV spectrofotometer. De drie geselecteerde TGFB1
SNPs [één (-509 C > T /rs1800469) in de promotor en twee (869 T > C /rs1800470 en 915 G > C /rs1800471) in exon 1] en drie promotor VEGF
SNPs [één (-1498T > C /rs833061) in de promotor, één (-634G > C /rs2010963) in de 5'-onvertaalde regio, en één (+ 936C > T /rs3025039) in de 3'-onvertaalde regio] werden gegenotypeerd middels polymerasekettingreactie (PCR) - restrictiefragment (RFLP) methode. Genotypen van het TGFB1
SNPs werden bepaald zoals eerder beschreven [22], en assays op de VEGF
SNPs werden eerder beschreven [23]. Voor de PCR-RFLP gebaseerde genotyperingstest, twee aio's onafhankelijk van elkaar te lezen van de gel foto's, en de herhaalde testen werden uitgevoerd, als ze niet eens over de geteste genotype. Daarnaast werden herhaalde assays uitgevoerd op een willekeurig gekozen 10% van de monsters werden willekeurig geselecteerd om de herhaalde assays met de resultaten die 100% concordante.
Verzamelen uitkomstgegevens Leer Alle 167 maagkankerpatienten beschikte volgende up gegevens over de uitkomst. De totale overleving werd berekend vanaf de datum van inschrijving bij M.D. Anderson aan de datum van het laatste contact of de dood. Patiënten die bij het laatste contact nog leefden werden beschouwd als gecensureerd gebeurtenis in de analyse. Leeftijd bij diagnose, geslacht en soort behandeling (d.w.z. chirurgie en chemotherapie) werden gebruikt als covariaten bij de analyse. De leeftijd bij diagnose werd ingedeeld in twee groepen op basis van de gemiddelde leeftijd (≤ 57 en > 57 jaar).
Statistische analyse
Dubbelzijdig chi-kwadraat en t
tests werden uitgevoerd om elke statistisch vast te stellen significante verschillen in de verdeling van categorische variabelen (bijvoorbeeld de TGFB1 Kopen en VEGF
allelen en genotypen) demografische variabelen en klinische kenmerken en de wijze van continue variabelen (bijvoorbeeld leeftijd en overlevingstijd), respectievelijk. De verdelingen van de genotypen werden getest op afwijkingen van Hardy-Weinberg-evenwicht (HWE) en de haplotypen voor de varianten van hetzelfde gen gereconstrueerd volgens de PHASE programma [9], waarbij elk individu waarschijnlijkheid van een specifiek haplotype paar was geschat, en het haplotype paar met de hoogste geschatte waarschijnlijkheid werd toegewezen aan het individu. chi-kwadraat testen of globale Pearson werd gebruikt om te testen op de overleving verschillen tussen patiënten alle haplotypen. Algehele overleving tussen de drie genotype groepen van elk SNP werden geanalyseerd met behulp van de Kaplan-Meier-methode, en de log-rank test werd gebruikt om te testen voor de gelijkheid van het voortbestaan ​​uitkeringen gestratificeerd genotypes. We gebruikten univariate en multivariate Cox proportional hazards modellen om het effect van elk genotype op de overleving in aanwezigheid van andere covariaten schatten. Beide leeftijd bij diagnose en het tijdsinterval tussen de registratie en diagnose datum (pathologische bevestiging van ziekte) als numerieke covariaten in het Cox-model. Om de aanname van proportionele risico in een Cox regressie model te bevestigen, voegden we een tijdsafhankelijke variabele aan het model, en de veronderstelling werd bevestigd. Hazard ratio (HRS) en de bijbehorende 95% betrouwbaarheidsintervallen (CI) werden berekend met correctie voor andere covariaten in hetzelfde model. De gezamenlijke effecten van de TGFB1 Kopen en VEGF
SNPs en hun interacties met roken en drinken op de maag risico op kanker werden ook beoordeeld. Alle statistische testen waren 2-zijdig, met een P
waarde van 0,05 als significant beschouwd en al werden berekend met behulp van SAS-software (versie 9.1; SAS Institute, Cary, NC).
Resultaten
Kenmerken van de onderzoekspopulatie
klinische en pathologische kenmerken van de 167 patiënten in deze studie worden getoond in tabel 1. Er waren 114 mannen (68,3%) en 53 vrouwen (31,7%), waarvan de leeftijd varieerde 32-89 jaar. Met behulp van de Cox regressie-analyse van de relatie tussen de totale overleving en clinicopathologic kenmerken, vonden we dat noch leeftijd, geslacht, etniciteit, roken, alcohol noch de status werden statistisch verband gebracht met de algehele overleving (P
= 0,339, 0,988, 0,297, 0,475, 0,809, respectievelijk) .table 1 Kenmerken van de studie populatie van patiënten met maagkanker
Kenmerken
No. Patiënten
No. van Sterfgevallen
MST (maanden)
P
*
Totaal onderwerpen
Age (gemiddelde)
167
60
0,339
≤57 jaar
68
27
21,2 Restaurant > 57 jaar
99
33
31,0
Geslacht
0,988
Man
114
41
23,3
Female
53
19
28,9
Afkomst
0,297-witte
117
45
28,8
Non-White †
50
15
19.1
Smoke
0,475
nooit
34
14
20,6
Ever
133
46
30.1
Alcohol
0,809
nooit
62
23
23,2
Ever
105
37
29.3
Locatie
0,069
Maag
118
36
24,3
slokdarm
25

• De validatie van een nieuwe werkwijze voor het combineren van zowel HER2 immunohistochemie en HER2 dual-kleur zilver in situ hybridisatie op een glijbaan voor maagcarcinoom testing
• Een bewijskracht redenering gebaseerd model voor de diagnose van lymfekliermetastasen in de maag cancer