magen Helse > magekreft > PLoS ONE: Foreningen mellom DNA kopiantall Avvik på kromosom 5q22 og Gastric Cancer

PLoS ONE: Foreningen mellom DNA kopiantall Avvik på kromosom 5q22 og Gastric Cancer


Abstract

Bakgrunn

Magekreft er vanlig kreft. Oppdage nye genetiske biomarkører kan bidra til å identifisere høyrisikopersoner. Kopitallet variasjon (CNV) er nylig blitt vist å påvirke risiko for flere kreftformer. Målet med denne studien ble søkt å teste sammenhengen mellom antall kopier på en variant region og GC.

Metoder

En totalt 110 mage kreftpasienter og 325 friske frivillige ble rekruttert dette studere. Vi søkte etter en CNV og fant en CNV (Variasjon 7468) som inneholder en del av APC
genet, SRP19
genet og REEP5
genet. Vi valgte fire sonder målretting på APC-intron8
, APC-exon9
, SRP19 Hotell og REEP5
å avhøre denne CNV. Spesifikke TaqMan prober merket med forskjellige reporter fluoroforer ble anvendt i en real-time PCR plattform for å oppnå kopiantall. Både de opprinnelige ikke-heltall data og transform heltall data om kopiantall ble brukt for analyser.

Resultater

Gastric Caner pasienter hadde en lavere ikke-heltall kopiantall enn kontroller for APC-exon9
probe (Justert p = 0,026) og SRP19
probe (Justert p = 0,002). Analysen av heltall kopiantall ga et lignende mønster, men mindre signifikant (Justert p = 0,07 for APC-exon9
sonde og Justert p = 0,02 for SRP19
probe).
<3 > Konklusjoner

Tap av en CNV på 5q22, spesielt i DNA regionen rundt APC-ekson 9
, kan være forbundet med en høyere risiko for magekreft.

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) sammenhengen mellom DNA kopiantall Avvik på kromosom 5q22 og magekreft. PLoS ONE ni (9): e106624. doi: 10,1371 /journal.pone.0106624

Redaktør: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, USA

mottatt: 29 april 2014; Godkjent: 30 juli 2014; Publisert: 11.09.2014

Copyright: © 2014 Tsai et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres

Data Tilgjengelighet:. Den forfatterne bekrefter at alle data som underbygger funnene er fullt tilgjengelig uten restriksjoner. Alle relevante data er i avisen og dens saksdokumenter filer

Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet med tilskudd fra Kaohsiung Medical University Hospital (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Excellence for kreft Research Center Grant gjennom midler fra Department of Health Executive Yuan, Taiwan, Kina (MOHW103-TD-B-111-05), og National Science Council of republikken Kina (NSC 99-2320-B- 037-014-My3, NSC 94-2314B037-104). Grunnleggerne hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer

Innledning

Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP (GC) er den fjerde vanligste kreftformen og den tredje største årsaken til kreft dødsfall på verdensbasis i menn; den femte vanligste kreftformen og den femte største årsaken til kreftdød blant kvinner [1]. Ifølge International Agency for Research on Cancer (IARC), Japan, Kina og Korea har en høyere forekomst av GC [2]. I Taiwan, GC var den sjette største årsaken til kreft-dødsfall i 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm, åpnes i juni 2011). Magekreft er svært sammensatt og viser heterogenitet i kliniske, biologiske og genetiske aspekter. Kjente miljømessige faktorer som påvirker GC inkluderer Helicobacter pylori (H. pylori)
infeksjon, kostvaner, røyking, familiehistorie, og kjønn (en høyere mann-til-kvinne-forhold) [3]. Som familiehistorie er en viktig risikofaktor for GC, har nyere studier fokusert på de genetiske faktorer som spiller en rolle i GC. Flere forskere har dokumentert genetiske endringer som er involvert i utviklingen av GC [4].

Magekreft viser ofte sent klinisk presentasjon, og det er vanligvis diagnostisert i avansert stadium og bærer en dårlig prognose. Tidlig påvisning av GC er avgjørende for å bedre terapeutisk effekt, og reduserer dødelighet, derfor identifisere relevante genetiske biomarkører kan hjelpe i tidlig deteksjon av GC. Et stort antall forbindelser mellom konstruksjons genomiske forandringer og sykdommer følsomhet har avslørt [5], [6]. Flere spesifikke genetiske endringer, inkludert duplisering og mutasjon er mistenkt eller påvist å være relatert til GC progresjon [7]. DNA kopiantall variasjoner (CNVs) er vanlig i flere krefttyper og andre sykdommer endepunkter. Variasjoner i DNA-kopi-antall kan være en indikator på høy risiko for GC i individer. Ved hjelp av komparativ genomisk hybridisering (CGH) /matrise-CGH (aCGH) analyse, har flere genomiske regioner blitt funnet i GC celler eller GC pasienter å ha gevinster av DNA-områder, inkludert 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, og 20q11-13 og tap av DNA-regioner, inkludert 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13, og 18q22 [8] - [13]. Disse resultatene indikerer at mønstre av kromosom ustabilitet kan relatere til klinikken-patologisk karakteristikk av GC.

Tidligere studier har dokumentert unormalt i adenomatøs polypose coli ( APC
) genet på kromosom 5q22 til resultat i familiær adenomatøs polypose (FAP), arvelig non-polypose tykktarmskreft og andre kreftformer [14] - [16]. Mest hyppig tap av kopiantallet ved 5q22 i GC-pasienter av forskjellen rase er oppsummert i tabell S1 i File S1 [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Studier har rapportert at 15,4% på japansk [10], 35% på koreansk [21], og 21% i Turk [20] av GC pasientene hadde genmutasjoner på 5q14-22. Tap av kopiantallet på kromosom 5q22 har blitt funnet å være signifikant assosiert med histologisk typen [13], [18], [19], lymfeknute status [12] og metastase [12] i GC pasienter. I tillegg til det forhold med magekreft, ble 5q tap også ofte involvert i premaligne trinn [17], [22]. Disse studiene har indikert at APC
genet kan spille en betydelig rolle i GC. Derfor, i denne studien, testet vi foreningen av kopiantall på 5q22 med GC i den taiwanske befolkningen.

Metoder

Study befolkningen

En totalt 110 GC pasienter og 325 friske kontroller ble inkludert fra Kaohsiung Medical University Hospital i Taiwan. Alle pasientene var enten taiwanske eller fastlandet kinesisk. Nærværet av GC ble også patologisk bekreftet. Den histologisk grad ble klassifisert i henhold til kriteriene for Lauren [23]. Svulsten staging var i samsvar med den amerikanske Joint Committee on Cancer (AJCC) staging system [24]. Individer med andre maligniteter ble ekskludert fra studien. De kontrollpersoner var friske frivillige som deltok i regelmessige helsekontroller ved samme sykehus. Ingen av kontrollene hadde personlig historie av kreft eller andre diagnostisert vesentlige mage lidelser ved innmelding. Studien protokoller og metoder ble godkjent av Institutional Review Board of Kaohsiung Medical University Hospital. Alle deltakerne gitt skriftlig informert samtykke før oppstart av studien.

Velg kandidat CNV av GC-relaterte

Kandidaten CNVs omfatter APC
gen på kromosom 5q22 ble hentet fra en offentlig database (database av genomiske varianter, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~number=plural). Til november 2010, databasen oppført fysiske posisjoner for 66,741 CNVs ligger i 15,963 vanlige CNV regioner. Blant dem var en CNV (Variasjon 7468) på 5q22 som spenner 127,5 kb (kromosom plassering: 112138707 til 112.266.194, basert på NCBI bygge 36 /hg18 versjon) som dekker en del av APC
genet og SRP19
genet til termin DNA-tråden og REEP5
genet i motsatt DNA-tråden. Basert på tabell CGH data fra 50 friske franske menn, hyppigheten av gevinst og tap eksemplarer på denne regionen var 2% og 2%, henholdsvis [25]. Litteraturen viser seks mutasjoner i den alternativt spleisede-regionen i exon 9 i APC
genet som skal bli forbundet med FAP [26] og tykktarmskreft [27], men ingen har blitt rapportert i forhold til GC.

Vi valgte to nabo sonder avhøre intron8 og exon9 av APC
genet, henholdsvis en sonde for SRP19
genet, og en sonde for REEP5
-genet for å påvise kopiantallet av denne CNV mens RPPH1
ble brukt som en referanse genet. Disse sondene er kommersielt tilgjengelig fra TaqMan (Applied Biosystems Inc (ABI), CA, USA) og deres detaljert informasjon om genomer (build 36 /hg18) er vist i tabell S2 i File S1 og figur S1 i File S1.
< h3> Genomisk DNA forberedelse og real-time PCR for kopiantall deteksjon

DNA ble utført ved hjelp av kommersielt tilgjengelige DNA isolert sett (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Hamburg, Tyskland). RNase A (Qiagen) ble brukt til å fordøye single-strand RNA for isolering av RNA-fri DNA. Genomisk DNA ble ekstrahert fra perifere blodleukocytter. DNA ble kvantifisert først ved UV-absorpsjon (Beckman DU 640 spektrofotometer, Beckman Coulter, Brea, CA, USA) og deretter forsterkes av Real-Time PCR. DNA-konsentrasjonen ble justert til 10 ng /mL før genotyping. Real-Time PCR ble utført ved hjelp av TaqMan prober i en ABI 7900HT Real-Time PCR instrument (ABI). Kommersielt tilgjengelig FAM dye-merkede prober ble designet for å forsterke APC
, SRP19 Hotell og REEP5
. VIC dye-merket ribonuklease P RNA komponent H1 (RPPH1)
ble brukt som endogen kontroll fordi RPPH1
har nøyaktig to eksemplarer per diploid menneskelige genom, som ligger på kromosom 14q11.2 [ ,,,0],28]. Primere og prober ble utformet fra genomisk sekvens (build 36 /hg18) ved hjelp av ABI proprietær programvare. Den TaqMan kopi nummer analyse inneholdt 1 mL APC, SRP19 eller REEP5
probe (20x, FAM-merket), 1 pl RPPH1
probe mix (20x, VIC merket), 10 mL TaqMan Universal PCR Master Mix (2x), 1,5 pl genomisk DNA og 6,5 pl vann. Forsterkningen protokollen som brukes for reaksjonen er 95 ° C i 10 minutter, etterfulgt av 95 ° C i 15 sekunder og 60 ° C i 1 min for 40 sykluser. En manuell terskelsyklus terskel (Ct) på 0,2 og en automatisk basislinje ble benyttet for å detektere malen mengden av målgener og RPPH1
-genet ved en sekvens deteksjonssystem Programvare (ABI, versjon 2.4). For hver prøve, fire prober ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, etter og REEP5
) ble utført sammen med en intern kontroll. Målet prober og intern kontroll ble lastet på samme brønn, og hver reaksjon ble utført i quadruplicates. CopyCaller programvare (ABI, versjon 1.0) ble anvendt for å beregne heltall kopiantallet av hver sonde, basert på sanntids-PCR-data. Vi beregnet gjennomsnitt og standardavvik (SD) av quadruplicates av ΔCt for hvert fag. For å kontrollere for datakvalitet, ble dataene filtrert ved anvendelse av tre trinn. Bare de fagene som passerte alle tre trinn av datakvalitet kontroll ble brukt i senere analyser.

Kopier nummer kvalitetskontroll

For kvalitetskontroll av dataene, kopiantallet av hver sonde fra real -time PCR ble filtrert ved hjelp av tre trinn. I det første trinnet, ble dataene fra individuelle sanntids-PCR-forsøk undersøkt. Følgende kriterier ble brukt for å utelukke for analyse: 1) VIC Ct & gt; 32, muligens på grunn av en manglende evne til å forsterke den interne RPPH1
signal, 2) noen sonde med ΔCt & gt; 4,0 eller 3) FAM Ct & gt; 40 . Data som møtte de to sistnevnte kriterier foreslått svikt av amplifikasjon av target-prober, og derfor dataene ble betraktet som upålitelige. Etter det første skrittet, vi beregnet gjennomsnitts ΔCt for hver studiefaget.

Det andre trinnet var å ekskludere uteliggeren av bety ΔCt hjelp ± 3 SDS AS tidsavgrensninger. Etter at det første og andre trinn, ble kopiantallet av hver sonde for hver enkelt beregnes ved formelen 2 -ΔΔCt x 2. Følgelig kan kopiantallet ikke være et helt tall. Gitt at kopiantallet er teoretisk et heltall, vi videre fulgt retningslinjene i CopyCaller programvare for å beregne tall for hvert eksemplar nummer ved hjelp av automatisk maximum likelihood analysemetode, basert på fordelingssannsynlighetstettheten på tvers av alle prøvene.

Til slutt , i henhold til fordelingen av heltallet antall kopier, ble et standardisert z poengsum og være sikker på at verdien beregnet. En høyere absolutt verdi for den standardiserte z-score og en lavere selvtillit verdi innebar større variasjon. Som foreslått av brukerens retningslinjer CopyCaller programvare (ABI, versjon 1.0), det tredje trinnet for datakvalitet kontroll er å utelukke eventuelle prøver som møtte begge av følgende kriterier: 1) den absolutte verdien av z-poengsummen & gt; 2,65 og 2) tillit verdi & lt; 0,9. Bare deltakere som har bestått alle tre trinnene i data kvalitetskontroll ble brukt i senere analyser.

Statistical Analysis

Fordi bare noen få av deltakerne hadde en kopi antall større enn 3 eller mindre enn en, ble kopiantallet kategoriseres i tre grupper (≤1, = 2 eller ≥3). For å teste for sammenhengen mellom den kategorien av kopi nummer for hver sonde og sykdomsstatus, brukte vi logistisk regresjon justert for alder og kjønn. Odds ratio (ORS) og deres 95% konfidensintervall (CIS) ble beregnet. Vi har også beregnet samstemmighet av kopiantall kategorien tvers av de fire sonder. Cochran-Armitage trend test ble brukt for å finne det lineære forholdet mellom kopiantallet av target-prober og GC risiko. Student t og Mann-Whitney U (hvis ikke normalt fordelt) ble anvendt for å sammenligne kopiantallet av hver probe mellom GC-pasienter og friske kontroller. En to-tailed p-verdi & lt; 0,05 ble ansett som statistisk signifikant. Statistiske analyser ble utført av JMP programvare versjon 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA).

Resultater

forsøkspersonene

Alle 110 GC pasienter og 325 kontrollpersoner hadde kopiere nummerinformasjon for minst ett av de fire sonder ved 5q22. Fordelingen av kopitallverdier for hver sonde er vist i figur 1. GC pasienter var betydelig eldre enn de friske kontroller (alder; middelverdi ± SD: GC pasienter = 66,5 ± 13,8 Controls = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Menn sto for en større andel (61,8%) av GC pasienter, men de utgjorde bare 46,4% av de friske kontroller (p = 0,005). Blant GC pasienter, 55 hadde H. pylori
infeksjon, 28 ble ikke smittet av H. pylori, etter og 27 hadde ingen slik informasjon. 37 av GC pasientene hadde histologisk Lauren klassifiseringssystem (19 diffuse, 16 intestinal, og 2 blandet subtyper); 34 hadde differensiering Karakter (3 godt differensiert, 9 moderat differensiert og 22 dårlig differensiert); 45 hadde AJCC tumorstadium (12 stadium I, 7 trinn II, 13 fase III, og 13 stadium IV).

Sammenhengen mellom CNV og magekreft

Som forventet, de fleste av deltakerne i studien hadde 2 eksemplarer av den nærliggende CNV segment: spenner 78,2 til 92,6% blant de 4 prober i kontrollene og 87,3 til 93,6% i GC pasienter. Den konkordant rate for antall kopier over de 4 prober varierte 80,5 til 93,1% (tabell S3 i File S1). Denne kopien tallet var ofte variabel i en større region av kjent funksjonell APC Hotell og SRP19
. Derfor kan variasjoner står for avstanden lengde og funksjonelle variasjoner (Tabell S3 i File S1). For sonden av APC-exon9
, 9,1% av GC pasientene tilhørte kopiere nummer kategori 3, mens 17,5% av kontrollene var i kategori 3 (OR = 0,48, 95% KI: 0,22 til 0,93; rå p = 0,04, alder /kjønn justert p = 0.07, tabell 1). Tilsvarende færre GC pasientene var i kategori 3 sammenlignet med kontrollpersoner for de andre tre sonder, men forskjellene var ikke signifikant (Tabell 1). Videre ble det observert en doseavhengig forhold mellom GC og kopiantallet av sonden for APC-exon9 plakater (tabell 1). Dette innebærer at kontrollene hadde en tendens til å ha en høyere andel av gevinst på kopiantall enn tilfeller med en trend p-verdi på 0,026 (alder /kjønn justert p = 0,067 for utviklingen test).

På grunn av at kopitallet var beregnes ut fra real-time PCR data, den originale kopien nummeret var ikke et heltall og normalt ikke fordelt. Derfor kan vi teste også den parametriske assosiasjon mellom de ikke-heltalls data på kopiantallet og sykdomsstatus. Medianer og interkvartilt områder (IQRs) på kopien antall av hver probe ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19, etter og REEP5
) ble sammenlignet mellom GC pasienter og friske kontroller ( tabell 1). I likhet med resultatene fra heltall antall kopier, GC pasientene hadde signifikant lavere kopiantall i forhold til kontrollene for APC-exon9 plakater (rå p for t-test = 0,006, rå p for Mann-Whitney U test = 0,013, kjønn /alder justert p = 0,026) og SRP19 plakater (rå p for t-test = 0,0004, rå p for Mann-Whitney U test = 0,017, kjønn /alder justert p = 0,002) prober (Figur 1B og figur 1C). Det var ingen signifikant forskjell for de andre to CNV prober ( APC-intron8 Hotell og REEP5
) (figur 1A og figur 1D). Videre analyser av sammenhengene mellom kopiantall og GC kliniske patologiske klassifikasjoner, viste resultatene at ingen signifikant kopiantall forskjell på ekson-ni av APC
genet uansett histologisk, differensiering karakterer eller TNM stadium, som kanskje grunnet små utvalg (tabell 2).

Diskusjoner

Denne studien brukte 4 sonder for å undersøke sammenhengen mellom antall kopier variasjon på kromosom 5q22 og GC. Denne regionen dekker tre gener: 3 'enden av APC
genet, hele SRP19
genet, og 3' av REEP5
genet. For sonden av APC-exon9
, hadde kontrollen høyere kopitallverdier enn GC pasienter i alle tre analysene (dvs. kopiere nummer kategori, trend test, og ikke-heltall kopiantall). Sonden av SRP19
hadde også en signifikant høyere kopiantall (basert på kopiantall kategori og ikke-heltall analyser) i kontrollene enn i GC pasienter. For APC-intron8 Hotell og REEP5
sonder, kopitallverdier var ikke signifikant forskjellig mellom GC pasienter og kontrollgruppen i noen av de tre analysene. Resultatene av denne studien tyder på at en redusert kopi nummer i regionen i denne CNV kan være forbundet med en høyere risiko for magekreft.

APC
gen som inneholder 15 eksoner ligger på kromosom 5q21-22. De fleste mutasjoner av APC
genet ble observert i ekson 15 i FAP-pasienter [26] og GC pasienter [29]. Seks mutasjoner i alternativt-skjøtes regionen ekson 9 har blitt dokumentert å være assosiert med FAP [26] og tykktarmskreft [27], men disse mutasjonene har ikke blitt rapportert å være assosiert med GC. Denne studien er den første til å rapportere sammenhengen mellom kopiantallet på APC-exon9 Hotell og GC. En mulig Wnt /β catenin /Tcf signaloverføring pathway forbundet med APC har blitt rapportert for GC [30]. En hovedfunksjon til APC er tenkt å regulere fri β catenin og så tap av APC-funksjon kan føre til ustabilitet av β catenin kompleks og den cellulære akkumulering av β catenin. Ved translokasjon til kjernen, tjener β catenin som en aktivator av T-cellefaktor-avhengig transkripsjon, som fører til en økt ekspresjon av flere spesifikke målgener som kan være involvert i forekomsten av gastriske lesjoner som strekker seg fra kronisk gastritt, gastrisk atrofi, intestinal metaplasi , dysplasi å endelig adenokarsinom i ventrikkel [31].

CGH-plattformen har vært mye brukt for kreftstudier, og probene av denne plattformen ofte dekke et DNA-regionen i mer enn 1 kb DNA-regionen. Derfor er CGH tilnærming begrenset i pinpointing CNV segmenter når endringene er mindre enn 1 kb. I denne studien brukte vi bestemte TaqMan prober merket med forskjellige reporter fluorophores (VIC og FAM) i en enkelt reaksjon. Denne tilnærmingen tillot oss å oppdage en mer subtil DNA endring. PCR-amplifikasjon for hver testet i probe basert på ABI TaqMan er vurdert til å være nesten 100% effektiv [32]. Nylig har denne metoden vært mye brukt for andre sykdommer, slik som aldersrelatert makuladegenerasjon og allergisk astma [33], [34]. Før kopiantall genotyping, våre genomiske DNA-konsentrasjoner strengt kvantifiseres og styres ved hjelp av to uavhengige metoder: UV-absorbans (rasjonell ratio spekter av OD 260/280: 1,8 ± 0,2) og PCR forsterkning av RPPH1 plakater (rasjonell Ct utvalg fra VIC: 25-27). Amplifisering av RPPH1
ble utført på samme brønn som probe for å beskytte mot kunstige varianter (for eksempel forskjeller i DNA lasting eller feilaktig detektering av null-genotype). Derfor kan foreliggende fremgangsmåte anses å være pålitelig for kvantitativ karakterisering av bruddstykkevis CNV. Basert på tidligere CGH eksperimenter, studier har rapportert at 2% av taps kopier og 2% av gevinst eksemplarer på 5q22 hos friske franske menn [25]. Vi brukte TaqMan prober, som har en høyere oppløsning for å detektere et mindre område av kopiantall variasjon, og fant at andelen av taps kopier i de 4 probene varierer fra 0 til 2,7% i den friske Taiwan. Men en høyere andel av gevinst kopier varierer fra 2,7% ( REEP5
) til 14,1% ( APC-exon9
), ble observert i friske menn. I likhet med dataene for mannlige deltakere, hyppigheten av gevinst kopier av APC-exon9
var også høy for kvinnelige deltakere (20,2% av gevinst kopier). Men en annen studie som undersøkte den japanske befolkningen rapporterte også en høyere andel (20,6%) av gevinst kopiantall på 5q der vår undersøkt CNV ligger [9].

Som forventet, de fleste deltakerne hadde 2 eksemplarer av CNV segmentet blant de fire sonder i alle fag. Bare en 80% konkordant satsen ble observert mellom kopiantall målt ved APC-exon9
sonde og SRP19
probe (tabell S3 i File S1). Dette er faktisk den laveste samstemmighet av alle parvise priser mellom sondene likevel begge prober ble signifikant assosiert med GC. Det er mulig at variasjonen 7468 er ikke en sammenhengende CNV, men det er å anse så fordi det ble identifisert ved hjelp av matrisen CGH, en teknikk med en lavere oppløsning enn de som er tilgjengelige i dag (det vil si, den kan bestå av flere mindre områder med variabel kopiantall) . Derfor kan den variable grensen av genet begrenses ned fra APC-exon9 til SRP19
. Såvidt foran APC-exon9
er opptatt av, om andre variable regioner forbundet med GC eksistere krever videre leting. I denne studien var det ingen signifikante forskjeller i kopiantall mellom GC pasienter og kontroller i APC-intron8 Hotell og selv APC-intron7 plakater (data ikke vist).

som tilfellet er med de fleste forskningsinnsatsen, vår studie hadde begrensninger. Prøvestørrelsen som brukes i denne undersøkelsen ikke kan ha vært tilstrekkelig til å oppdage en CNV med en liten virkning. Videre har vi begrenset informasjon om klinikken patologiske egenskaper (for eksempel H. Pylori
infeksjon, histologisk grad, differensiering klasse og tumorstadium som gjør det vanskelig for testing samspill av CNV og disse parametrene. Flere personer ble nødvendig for å bekrefte dette resultatet i fremtiden. i konklusjonen, tap av en CNV på 5q22 (Variasjon 7468), spesielt i DNA regionen rundt APC-ekson 9, kan være forbundet med en høyere risiko for magekreft. et tap på denne CNV kan tjene som en roman biomarkør for å identifisere høyrisikopersoner. Likevel er en stor forening-studie garantert å bekrefte nytten av denne biomarkør og detaljert mekanisme er fortsatt ikke avklart.

Hjelpemiddel Informasjon
fil S1.
Kombinert Støtte Informasjon fil. Tabell S1 i File S1. Genetisk abnormalitet på kromosom 5q22 i GC studier. Tabell S2 i File S1. Informasjon fra fire sonder på kromosom 5q22 og intern sonde på kromosom 14q11. Tabell S3 i File S1. Den konkordans av kopier tall mellom hver tilstøtende probe (110 GC pasienter og 325 friske kontroller). Figur S1 i File S1. Lokaliseringen av de fire sonder på CNV inneholder APC /SRP19 /REEP5
gener
doi:. 10,1371 /journal.pone.0106624.s001 plakater (docx)

Other Languages