Stomach Health > magen Helse >  > Gastric Cancer > magekreft

PLoS ONE: Simulering av Swansons Litteraturbasert Discovery: Anandamide Behandling hemmer vekst av magekreft celler in vitro og in Silico

Abstract

Swanson litteratur-baserte funn fokus på å gjenopplive tidligere utgitt, men neglisjert kunnskap. I denne studien foreslår en to-trinns modell av funnet prosessen og generere en hypotese mellom Anandamid og magekreft. Videre ble det potensielle forhold bekreftet ved oppfølging eksperimentering. Den Anandamid behandling resulterte i cellesyklusen omfordeling av mage kreftceller. Viktigst var variasjonen av cellesyklusen mediert av noen gener fra B-form av den lukkede oppdagelse, noe som indikerer den potensielle rolle av B-betingelser. Swanson litteratur-baserte funn sammenstiller ikke bare data for mulige interaksjoner, men gir også mulighet for å observere større bakgrunnen bak disse direkte linker og er et uvurderlig oppdagelse verktøy for etterforskere

Citation. Dong W, Liu Y, Zhu W, Mou Q, Wang J, Hu Y (2014) Simulering av Swanson litteratur-baserte Discovery: Anandamide Behandling hemmer vekst av magekreft Cells In vitro Hotell og i Silico
. PLoS ONE 9 (6): e100436. doi: 10,1371 /journal.pone.0100436

Redaktør: Valli De Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, Italia

mottatt: 12 januar 2014; Godkjent: 25 mai 2014; Publisert: 20 juni 2014

Copyright: © 2014 Dong et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres

Finansiering:. Denne studien ble finansiert av den kinesiske Geriatrisk Oncology Society (onkologi program, gir CGOS-03-2013-1-1-00600). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer

Innledning

Den raske utviklingen av vitenskap har ført til en eksponentiell vekst i vår kunnskapsbase. Derfor er det svært utfordrende for medisinske forskere for å hente og innlemme den mest relevante og oppdatert informasjon fra den daglige oversvømmelse av publisert litteratur. For eksempel det totale antall publikasjoner indeksert av søkeordet 'magekreft' økt mer enn fire ganger i 2012 i forhold til 1980. Ofte, tenderer den mest relevante informasjonen for å bli oversett eller neglisjert i dagens studier [1]. I tillegg, med økende spesialisering innen vitenskap og teknologi, større utfordringer eksisterer i deling av informasjon på tvers av funksjonelt, som vitenskapelig forståelse blir mer fokusert og mindre diversifisert. Imidlertid må en meningsfull sammenheng eksisterer mellom de ulike forskningsfelt. Derfor er det viktigere å bestemme ignorert kunnskap enn den informasjonen vekst i seg selv [2].

Swanson (1990) utviklet og implementert en roman verktøy for å utvinne det eksisterende kunnskapsgrunnlaget for urapportert eller underrapportert relasjoner, og gjenopplive tidligere utgitt men forsømmer hypoteser, en prosess som kalles litteraturbasert oppdagelse [3]. Denne prosessen fungerer som en måte å koble 2 tilsynelatende urelaterte funn, noe annet er oppgitt i dette skjemaet: hvis "A er relatert til B" og "B er knyttet til C", så hypotesen om at "En fører C" sterkt antydet [4 ]. Selv om denne tilnærmingen ikke gir et avgjørende bevis, er oppdagelsen i seg selv svært nyttig i å avdekke tidligere ukjente forhold [5]. Videre kan det hjelpe etterforskerne tilgang til kontekst og min kunnskap som ikke kan bli avslørt ved hjelp av en tradisjonell søk.

I denne studien, utførte vi en to-trinns tilnærming for å simulere Swanson litteraturbasert oppdagelse metodikk i to felt av biologisk forskningslitteratur som normalt ikke bibliographically tilkoblet: magekreft og psykologi. Magekreft er en av de mest diagnostisert cancer, den andre ledende årsak til kreft-relaterte dødsfall over hele verden, og et alvorlig helseproblem [6]. Tidligere forskning har også vist at en rekke psykologiske faktorer kan ha en betydelig effekt på fysiske sykdommer. Imidlertid har forholdet mellom magekreft og psykologi tidligere blitt neglisjert. Derfor ble disse 2 forskningsfelt valgt med mål om å finne en neglisjert felles tilkobling.

2-trinns oppdagelsesprosessen generert en hypotese om sammenhengen mellom Anandamid og magekreft og gitt en mulig felles molekylært nettverk som kan formidle effekten. Hypotesen ble deretter undersøkt eksperimentelt. Anandamide ble funnet å hemme veksten i 4 mage kreft cellelinjer, inkludert BGC823, SGC7901, AGS, og N87. Flowcytometri data viser at nærværet av Anandamid induserte G2 /M cellesyklusarrest i AGS og N87-celler. Videre fikk vi bekreftet at Anandamid kan handle for å regulere cellesyklus knyttet gener, inkludert CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, hentet fra den lukkede oppdagelsesprosessen. Til sammen indikerer disse data at Anandamid påvirker cellesyklusfordelingen av magecancerceller ved å regulere B-betingelser cellesyklusregulerende midler, en hypotese som ble bekreftet eksperimentelt i denne studien, for derved å tilveiebringe undersøkere med en alternativ syn angående rollen til Anandamid. Ved hjelp av denne tilnærmingen, var vi i stand til å sette sammen et tidligere skjult sammenheng mellom 2 ulike felt og legge til den generelle kunnskapsgrunnlaget.

metoder og materialer

Artiklene i MEDLINE databasen

The National Institutes of Health (NIH) -sponsored MEDLINE /PubMed database inneholder lenker til artikler som er publisert i over 5500 ledende tidsskrifter. Å tilegne seg den mest komplette serien av artikler på "magekreft," et inkluderende serie av søkestrenger (Svulst, mage eller mage Svulst eller svulster, Mage eller svulster, Mage-Gastric Svulster eller Gastric Svulst eller Svulst, Gastric eller Kreft i magesekken eller magekreft eller magekreft eller kreft, mage eller kreft, mage eller kreft i magesekken eller magekreft eller kreft, mage eller kreft, og Gastric eller Gastric Kreft eller mage Svulster) ble brukt til å hente de riktige artiklene. Dette søket hentet 86,536 poster (åpnes den 27. oktober, 2011), som inkluderte alle publikasjoner inngått denne databasen. I tillegg til å tilegne seg den mest komplette serien av artikler på "psykologi", en inkluderende serie av søkestrenger (psykologi eller bivirkninger, psykisk eller psykiske bivirkninger eller psykologiske bivirkning eller bivirkning, psykisk eller psykososiale faktorer eller Factor, Psykososialt eller Factors; Psykososialt eller Psykososialt Factor eller psykologiske faktorer eller faktorer, psykologiske eller Factor, og psykologiske eller psykologisk faktor eller psykologer eller psykolog) hentet 911,793 poster. Alle disse publikasjonene ble reddet i Medline-format for å samle Medical Subject Headings (MeSH) vilkår.

Mesh vilkår

MeSH er kontrollert vokabular synonymordbok av National Library of Medicine. MeSH består av sett med vilkår som kalles beskrivelsene som er ordnet i både alfabetisk og hierarkiske strukturer, derfor kan MeSH termer identifisere det primære fokus for publikasjonen, og kan brukes til å indeksere Medline poster. I denne studien ble disse beskrivelsene filtrert ved hjelp av en maske stoplist av 5,569 beskrivelsene spesifikke fagområdene denne studien.

Stoplists

En stoplist er en liste over ord som bør utredes, enten fordi de er for bred eller er meningsløst som mål for et søk. Stoplists kan omfatte så mange som flere hundre funksjonelle ord som ikke er gjenstand orientert. I denne studien ble en lang stoplist av 5,569 ord utarbeidet for å filtrere MeSH termer. Ved hjelp av MeSH kategorier levert av Medline-databasen og klinisk skjønn, vi utarbeidet lister over stop-vilkår, med toppnivå MeSH kategorier som vises i tabell 1. Detaljert informasjon om MeSH kategorier kan bli funnet på http: //www.nlm.nih gov /mesh /2012 /mesh_bro-wser /MeSHtree.Dhtml.

Åpne oppdagelsesprosessen

den åpne oppdagelsesprosessen begynner med en vitenskapelig problem og generering av en hypotese. I denne studien ble felt av magekreft og psykologi valgt for å søke etter skjulte relasjoner. Vi har hentet publikasjonene knyttet til magekreft og psykologi som beskrevet tidligere. Deretter ble mesh profilen konstruert for å initiere A eller B emne. Vi bygget emne profiler ved å identifisere en relevant undergruppe av karakteristiske termer fra valg av tekst. Vilkår ble hentet fra dokumentene og vurdert for deres relative betydning som beskrivelser av emnet. I denne studien våre profiler var vektet vektorer av MeSH termer, som vist nedenfor for et emne X i:

(1) hvor m j representerer et MeSH term, w i , j betegner dens vekt, med en total av n ord i nettingen vokabular [7].

Etter emner A og B ble konstruert, den siste kombinasjons-et C-profil-ble konstruert ved anvendelse av en Java-applet som vi utviklet. I denne prosedyren, ble betegnelser som er anvendt i både A- og B-profiler eliminert, sammen med betingelser som var bare til stede i A-profil. Til slutt, har maske betingelser som var bare til stede i B-profil og sjelden dukket opp i den a-profil ble valgt ut og kalt C-profilen. Vilkårene i C profilen viste nære forbindelser med emnet B og få eller ingen koblinger til tema A. Med andre ord, disse begrepene forble tett forbundet med "psykologi", men ble sjelden rapportert sammen med "magekreft." Men tidligere urapportert tilkoblinger kan eksistere, noe som kan bli avdekket ved hjelp av den påfølgende prosedyren

lukket oppdagelsesprosessen

den lukkede oppdagelsesprosessen ble utført ved hjelp av web-basert modell Arrowsmith (http:. //arrowsmith.psych. uic.edu/arrowsmith_uic/index.html, University of Illinois, Chicago, Institutt for psykiatri), som er designet for å hjelpe til med forståelse og anerkjennelse av skjulte forbindelser mellom A og C litteratur komponenter [8], [9]. Vi innledet den lukkede funnet prosessen med de 2 første Medline søk ved hjelp av Arrowsmith behandling: Et tema profil søk og C sikt litteratursøk. Deretter genereres det Arrowsmith programmet en liste over ord som kan bli funnet i titlene på både A- og C-litteratur hentes. Disse ordene ble analysert for å generere en B-liste, ved hjelp av en tredje filtrering skritt, av:

  • velge visse semantiske kategorier (Aktiviteter & Oppførsel, anatomi, Genes & Molecular sekvenser og Gene & Protein navn; Kjemi og & Rusmidler, fysiologi),
  • fjerne B-vilkår som dukket opp færre enn 5 ganger i enten litteratur;
  • holde kun B-vilkår som først dukket opp i de siste 10 årene;
  • fjerne B-vilkår ha litteratur samhold scorer mindre enn 0,1.

    til slutt, genererte vi vår liste over B-konsepter og deretter sett tilsvarende AB og BC litteratur hentinger.

    celle~~POS=TRUNC kultur~~POS=HEADCOMP

    De cellelinjer som brukes i studien var alle magekreftcellelinjer. Den N87 og AGS-cellelinjer ble erholdt fra American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA, USA). AGS cellelinjen ble avledet fra fragmenter av en svulst resected fra en pasient som var en 54 år gammel kaukasisk kvinne og hadde ikke mottatt noen tidligere behandling. N87 cellelinjen ble avledet fra en levermetastaser av en godt differensiert mage karsinom av en hvit mann tatt før kjemoterapi. AGS og N87-celler ble dyrket i Dulbeccos modifiserte Eagles medium (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), supplert med 10% føtalt bovint serum (FBS). Cellelinjene BGC823 og SGC7901 ble etablert i Kina. Den BGC823 cellelinje ble etablert i 1984 gjennom 60 passasjer i cellekultur i periode på 2 år fra en kirurgisk eksemplar av en mage kreft pasient som ble diagnostisert så lavt differensiert adenokarsinom. SGC7901 cellelinje ble etablert i 1979 og stammer fra en lymfatisk metastaser fra adenokarsinom i ventrikkel av en 56-år gammel kinesisk kvinne. De BGC823and SGC7901-celler ble dyrket i Dulbeccos modifiserte Eagles medium (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), supplert med 5% føtalt bovint serum (FBS); Alle cellelinjer ble opprettholdt ved 37 ° C i 5% CO 2.

    Flowcytometrisk analyse av cellesyklus status og apoptose

    AGS og N87 celler (1 x 10 5) ble rutinemessig høstet ved trypsin-spaltning etter behandling med Anandamid (Sigma, A0580), vasket med PBS og fiksert i kald 75% etanol ved 4 ° C over natten. Etter farging med propidiumjodid (PI) løsning i 30 minutter, ble cellesyklusanalyse utført ved fluorescens-aktivert cellesortering (FACS) for å bestemme prosentandelen og fordelingen av cellene i det G1, S og G2 /M-fasene.

    for påvisning av fosfatidylserin eksternalisering, trypsinert celler var dobbelt-farget med fluorescein-isotiocyanat (FITC) -konjugert Annexin V (20 pg /ml) og PI (50 ug /ml) i henhold til produsentens protokoll (Biosea; Nelson, New Zealand ). Ti tusen celler ble samlet og analysert ved FACSorter, og cellesyklus profilene ble analysert ved hjelp av Cell quest software (Becton Dickinson, Franklin Lakes, NJ, USA).

    MTT analyse

    BGC823, SGC7901, AGS, og N87-celler ble sådd ut i 96-brønners kulturplater og inkuberes med Anandamid ved forskjellige konsentrasjoner, etterfulgt av 3- (4,5-dimetyltiazol-2-yl) -2,5-d-iphenyltetrazolium-bromid (MTT) ved 24, 48, 72 og 96 timer. Etter 4-timers inkubering ved 37 ° C i 5% CO 2, 200 ul dimetylsulfoksid (DMSO) ble tilsatt for å oppløse det formazanprodukt. Absorbansen ved 570 nm ble bestemt ved hjelp av en mikroplateleser. (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA)

    Gene expression profilering analyse

    2 forskjellige RT2 Profiler PCR Arrays (SA biovitenskap , QIAGEN) ble anvendt for å analysere de uttrykk nivåer av 84 gener som er involvert i regulering av cellesyklusen (human Cell Cycle matrise, PAH-020) i AGS celler behandlet med Anandamid eller kjøretøy. Cellene ble høstet ved 24 timer etter Anandamid behandling og total-RNA ble ekstraksjon ved hjelp av RNeasy Plus-sett (QIAGEN). Det syntetiske cDNA ble anvendt som templat for å utføre kvantitativ polymerasekjedereaksjon (PCR) -analyse. Den RT2 profiler PCR Array dataanalyse programvare (v3.5) ble brukt for PCR matrisedataanalyse. Vi valgte GAPDH og ACTB som referanse gener. Gener med uttrykk fold endringer mellom prøver som er større enn 2 blir valgt som differensielle gener.

    Western blot-analyse

    Protein lysater ble separert ved 12% Tris-glycin-polyakrylamid-gel-elektroforese og overført til polyvinylidenfluorid ( PVDF) membraner (GE Healthcare, Lille Chalfont, UK). Membraner ble inkubert med muse-monoklonalt antistoff mot humant Chk1, p-Chk1 (Abcam, Cambridge, UK), CDC25A, CyclinB1 (Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA, USA), etterfulgt av pepperrot peroksidase (HRP) -merket geite-anti -mouse IgG (PTGLab, Chicago, IL, USA). β-aktin (Sigma Chemicals, St. Louis, MO, USA) ble anvendt som en proteinlastekontroll. HRP-konjugatet ble påvist ved en chemioluminescence ECL (Amersham) og autofluorography. Protein intensiteten ble kvantifisert ved hjelp av LANE 1D Analyzer programvare (Sage Creation, Beijing, Kina).

    Statistisk analyse

    t-test ble brukt til å analysere betydningen av forskjell mellom to grupper av data. P <.
    0,05 ble ansett som statistisk signifikant

    Resultater

    Kjøp av MeSH termer for magekreft og psykologi

    I den åpne oppdagelsesprosessen, det første skrittet var å trekke ut nettingen vilkår fra litteratur hentes. Vi generert 12,001 MeSH termer (Profile A) ved hjelp av tekst for "magekreft." Disse MeSH termer involvert aspekter av magekreft som omfatter diagnostikk, behandling, medisinering, overlevelse, kreft stadium, cellefunksjon, gener, proteiner, og noen kjemiske stoffer som estere. Vi generert 9.635 MeSH termer (Profil B) ved hjelp av tekst for "psykologi", som er nært knyttet til sosiale miljø, atferd, personlighet, følelser, typer sykdommer, terapi, medisiner, kjemiske stoffer, etc. De ti MeSH termer fra hvert emne er vist i tabell 2.

    Funn av Anandamid i C-profil (BA)

    Ved hjelp av den nevnte Java applet, eliminert vi vilkår som vises i en profil fra B-profil, forlater eneste vilkår er tilstede i B-profilen, men aldri forekommer i A-profil. Dette nye settet ble identifisert som "C-profil." Uttrykk i C-profil ble rapportert å ha mer enn ett forhold med psykologi, men få eller ingen publikasjoner samtidig henviser både psykologi og magekreft. Imidlertid kan tidligere urapporterte forbindelser finnes som ikke har blitt oppdaget, eller ble ignorert.

    Å utforske mulige sammenhenger mellom disse feltene ytterligere, klassifisert vi betingelsene i C profilen inn i 6 kategorier, inkludert atferd, orgel og vev, stemninger, sykdommer, legemidler og kjemiske stoffer, og andre. Hver term besatt sin egen frekvens; vilkårene som innehar de høyere frekvenser og representativitet er vist i tabell 3. Til slutt valgte vi en term fra narkotika og kjemiske stoffet kategori, Anandamid, for videre studier. Årsakene til vårt utvalg er oppsummert nedenfor:

  • Leddene i stoffet og kjemiske kategorien var den enkleste å bruke for eksperimentell testing av potensialet koblingen mellom psykologi og magekreft
  • Innenfor kategorien. av narkotika og kjemiske, jo høyere frekvens av Anandamid indikert sin større slektning betydning.
  • Andre vilkår med høyere frekvens, slik som diazepam, er alle godt kjent, mens Anandamid er et relativt nytt stoff.

    Selv om få studier ble funnet undersøke både Anandamid og magekreft sammen [10], [11], vårt arbeid oppstandelsens fokuserer på å analysere trasé eller mekanismer som kanskje ikke er kjent.

    Prediksjon av forholdet mellom Anandamid og magekreft

    Vår hypotese om Anandamid og magekreft ble testet gjennom lukket oppdagelsesprosessen. Denne prosessen ble utført ved hjelp av web-basert modell Arrowsmith; starter fra sykdommen magekreft (A) og substansen i Anandamid (C), søkte vi etter vanlige mellom B-vilkår. The B-liste inneholdt tittel ord og uttrykk (terminologi) som dukket opp i både A og C litteratur. Som trasé ble funnet mellom A og C ble mer vanlig, det økte sannsynlighet for gyldigheten av vår hypotese. Etter de nødvendige nevnte filtertrinn, 446 vilkårene var til stede på dagens B-liste, rangeres etter spådd relevans. Neste, begrenset vi disse betingelsene ved semantiske kategorier av gener og & Molekylære Sekvenser og Gene & Protein Navn og oppsamlede målet gener som er involvert i forskjellige signalbaner blant annet cellesyklus, apoptose, betennelse og etc (tabell 4). Samtidig en sti nettverk ble bygget for å vise felles molekylære regulatoriske nettverk mellom magekreft og Anandamid handling. Som det fremgår av figur 1, er disse genene oppviste høy avhengighet indikerer de regulatoriske relasjonene mellom dem. For ytterligere å undersøke gyldigheten av disse målgener, flere proteiner /gener ble valgt som eksempler for å bekrefte deres forhold til magekreft eller Anandamid gjennom Arrowsmith SYSTEM. Og som vist i tabell 5, en gruppe av kritiske gener som er involvert i flere veier som er knyttet både til magekreft og til Anandamid. Alle disse ledetråder innebar et potensielt skjult sammenheng mellom Anandamid og magekreft, som var verdig til videre undersøkelser.

    Påvisning av effekten av Anandamid på mage kreftceller

    Anandamide, som medlem av endocannabinoid familien, også kjent som N
    -arachidonoylethanolamine eller AEA, ble vist å aktivere 2 distinkte G-protein-koblede cannabinoid-reseptorer, cannabinoid reseptor type 1 (CB1), og den cannabinoid reseptor type 2 (CB2) [ ,,,0],12]. Anandamide syntetiseres fra N-arachidonoyl fosfatidyletanolamin (NAPE) og dens nedbrytning er primært katalyseres av fettsyren (FAAH) enzymet, som også katalyserer omdannelsen av nedstrøms Anandamid inn i etanolamin og arakidonsyre. Strukturen av Anandamid omfatter de funksjonelle grupper av amider, estere og etere av langkjedede flerumettede fettsyrer [13]. Disse forbindelsene har "cannabimimetic aktivitet"; med andre ord, de fungerer som "D-9-tetrahydrocannabinol (THC) mimetika", den aktive bestanddel av Cannabis. De Anandamid struktur aksjer kritiske pharmacophores med THC [14] (figur 2A).

    For å utforske effekten av Anandamid på spredning av magekreftceller, BGC823, SGC7901, AGS, og N87 ble behandlet med økende konsentrasjoner av syntetisk Anandamid. Deretter ble proliferasjon av disse cellelinjene detekteres ved MTT. Resultatene viste at Anandamid sterkt redusert spredningshastigheter på disse 4 gastrisk cancer-cellelinjer på en doseavhengig måte, med statistisk signifikant reduksjon ( p < 0,01
    ) ved 100 uM. Videre AGS og N87 cellelinjer vises en mer følsom og dramatisk reduksjon ( p < 0,01
    ) selv ved 50 M konsentrasjon (figur 2B). Videre undersøkte vi effekten av Anandamid ved lavere konsentrasjoner på celleformering i magekreftceller. Som vist i figur 2C, en signifikant, doseavhengig reduksjon ( p < 0,01
    ) i proliferasjon av AGS og N87-celler ble observert med en inhibering. Imidlertid Anandamid ved lavere konsentrasjoner produsert liten effekt på BGC823 og SGC7901 cellelinjer (data ikke vist). Derfor AGS og N87 cellelinjer var mer følsomme for Anandamid enn BGC823 og SGC7901 cellelinjer.

    Anandamide redusert vekst evne AGS og N87 celler, mens det hadde liten effekt på apoptose i AGS og N87 celler (Figur 2D). Derfor må det være andre årsaker som førte til redusert spredning.

    Effekt av Anandamid behandling på cellesyklus distribusjon av magekreftceller

    For ytterligere å undersøke egenskapene til veksthemming av Anandamid, den cellesyklus fase ble detektert ved strømningscytometri. AGS og N87 cellene ved det logaritmiske vekstperioden ble inkubert med 10 pM Anandamid eller etanolløsningsmiddel i 24 timer, deretter stoppet i G2-fasen av cellesyklus (figur 3A og 3B). For å undersøke effekten av Anandamid på cellesyklusprogresjon i større detalj, ble AGS og N87 cellene synkronisert i G1 fase av serum sult. Cellesyklusen ble analysert når cellene ble frigjort fra denne blokade med komplett medium i nærvær eller fravær av Anandamid. Celler ble behandlet med etanol, løsningsmiddel i stedet for Anandamid ble anvendt som kontroller. Som vist i figur 3C, ble AGS cellene synkronisert med mer enn 70% G1-fase DNA-innhold etter at de ble dyrket i fri-serum kultur. Ved 6 timer, omtrent 46% av kontrollceller var i G1 fase, og etter 12 timer, det meste (57.45%) var i S-fasen. Mellom 12 og 24 timer, ble cellene i G2 /M fase og gjennomgikk hurtig mitose, og etter 24 timer, de kom inn i neste cellesyklusen. Imidlertid, når cellene ble behandlet med Anandamid etter frigjøring fra G1 fase, ble 33,47% av de behandlede celler arrestert i G2 /M fase i opp til 24 timer, og viste en forsinket inntreden i neste cellesyklusen. En lignende tendens ble også observert i N87-celler (Figur 3D). Samlet utgjør disse resultatene indikerer at Anandamid behandling forårsaket G2 /M arrest observert i AGS og N87 celler.

    Effekt av Anandamid på cellesyklus regulatorer

    For å analysere de molekylære mekanismene som er ansvarlig for økt cellesyklus-stans forårsaket av Anandamid, anvendte vi 2 forskjellige RT2 Profiler PCR-arrays (SA Biosciences, QIAGEN) for å bestemme uttrykket nivåer av gener som er involvert i regulering av cellesyklusen. Gener med uttrykk fold endringer mellom celler behandlet med Anandamid og kjøretøy større enn 2 ble valgt som differensial gener. Resultatene viste at AGS celler behandlet med Anandamid for 24 timer viste en generell økning i uttrykket av G2 /M arrest relaterte gener inkludert GADD45 og p21 waf og en tilsynelatende nedgang i G2 cellesyklus regulatorer inkludert CHEK1, CHEK2, CDC25, CCNA2, CCNB1, CDKN1A, CDKN2A, etc. (Figur 4A). For ytterligere å undersøke om Anandamid forårsaket cellesyklus arrest av G2 /M sjekkpunkt kontroll, utførte vi en western blot analyse av AGS celler etter Anandamid behandling i 24 timer. Celler ble behandlet med etanol, løsningsmiddel i stedet for Anandamid ble anvendt som kontroller. Som vist i figur 4B og 4C, Anandamid forårsaket en økning på Chk1 fosforylering og redusert uttrykket nivåer av cyklin B1 og CDC25A sammenlignet med de observasjoner i kontrollcellene. Disse data antydet at Anandamid behandling førte til økt aktivitet i G2 /M sjekkpunkter.

    Diskusjoner

    Ved hjelp av Swanson litteratur-baserte funn metodikk, kan etterforskere bestemme nye relasjoner mellom tilsynelatende urelaterte felt, og gjenopplive tidligere publiserte men forsømte hypoteser [15]. I denne studien, simulert vi Swanson litteratur-baserte funn metodikk i 2 innen medisinsk forskningslitteratur som ikke har vært bibliographically tilkoblet: magekreft og psykologi. Etter en to-trinns oppdagelsesprosess, ble Anandamid valgt og spådd å være knyttet til magekreft. Deretter ble potensialet forholdet mellom magekreft og Anandamid bekreftet ved oppfølging eksperimentering. Derfor vi lykkes simulert litteraturbasert funn fordi de hypoteser generert en roman forhold som har vist seg å være pålitelig.

    Magekreft er en multifaktoriell sykdom, med en rekke årsaksvariabler har blitt rapportert, inkludert H . pylori
    høy natrium dietter, drikking og røyking [16]. Tidligere studier i vårt laboratorium har spesialisert seg på magekreft; derfor målet med denne studien var å finne ny kunnskap i magekreft forskningsfeltet. Denne tilnærmingen, ved hjelp av Swanson litteratur baserte funn, førte til identifisering av Anandamid, et medlem av endocannabinoids. Anandamide har vært rapportert å utvise antispredningsegenskaper ved behandling av visse typer kreft, inkludert neuroblastom, prostata carcinoma og melanom [17] - [20]. Mayato [21] rapporterte også forskning på Anandamid i magekreft. De undersøkte den hemmende effekten av Anandamid på mage kreft celler og klaret funksjon av Anandamid for å forsterke den cytotoksiske effekten av paclitaxel, og deres konklusjoner angående effektene av Anandamid på cellevekst er i samsvar med resultatene av denne undersøkelse. Men noen gener (CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, CCNB1, etc.) fra B-betingelsene i nær oppdagelsen var cellesyklus regulatorer, noe som tyder på at Anandamid kan være relatert til cellesyklus i magekreft. Som forventet, real-time PCR og Western blot analyser oppdaget at uttrykkene av disse cellesyklus regulatorer ble vesentlig endret etter Anandamid behandling. Flowcytometri analyser bekreftet videre at Anandamid indusert G2 /M cellesyklus arrest i magekreftceller gjennom aktiv G2 /M sjekkpunkter. Dette er første gang at cellesyklus omfordeling ble påvist i magekreftceller etter å ha blitt behandlet med Anandamid direkte og separat. I tillegg er resultatene indikerte at B-vilkår potensielt kan fungere for å megle mellom effektbokser mellom sykdommen og Discovery mål.

    For biologiske etterforskere, holde up-to-date med dagens publisert forskning er en kritisk komponent i noen etterforsker stillingsinstruks, og nesten hver publiserte artikkelen er en mulighet til å finne nye koblinger mellom narkotika og sykdom. Men den nåværende volumet av tilgjengelige biologiske vitenskapen er enorm. Bruke informert tradisjonelle søket, kan etterforskerne observere begrensede koblinger mellom et stoff /molekyl og en sykdom, men kan ikke gjenkjenne den større miljø der relasjonene operere, eller identifisere andre potensielle relasjoner i det miljøet. Derfor informasjonsvitenskap og gjenfinning er svært nyttige verktøy for biologiske forskere. Swanson litteratur-baserte funn er fokusert på å gjenopplive tidligere publiserte men forsømte hypoteser. Hvis en direkte forbindelse som synes å bli neglisjert blir oppdaget, da arbeidet med oppstandelsen viser seg å være med å analysere trasé eller mekanismer som kanskje ikke er kjent. Med andre ord, Swanson litteratur-baserte oppdagelse metode ikke bare miner data for mulige interaksjoner mellom sykdom og sykdom, sykdom og medikament, eller sykdommer og molekyl, men gir dessuten mulighet for å observere den større bakgrunnen bak disse direkte koblinger, som molekylær vei nettverk i vår studie tyder på en mulig sammenheng mellom magekreft og Anandamid handling. Ved å analysere data i denne sammenheng vi fått de interaksjoner og mekanismer mellom tilsynelatende urelaterte emner og deres kliniske betydning og betydning. Derfor er swanson 's litteraturbasert oppdagelse et effektivt verktøy for å søke tilkoblet eksisterende kunnskap fra empiriske resultater ved å bringe til lys relasjoner som er implisert og ennå "forsømte" (Marc Weeber, 2001).

    Vi har også møtt noen utfordringer i oppdagelsesprosessen. Ett problem var med MeSH termer, seg selv, og den ekstra visuell inspeksjon var nødvendig etter ekstraksjon ved hjelp av våre egne Java applet. I den åpne oppdagelsesprosessen, vi er ofte ute av stand til å gjenkjenne forkortelser som kan representere forskjellige ord, og vi ignorerte derfor dem til tross for deres potensielle betydning. I tillegg noen av begrepene som samles var hjelpe ord, noe som resulterer i redundans. Dessuten var det tilfeller når synonymer ble opprinnelig regnet separat på grunn av deres staving, og disse duplikasjoner måtte løses manuelt. Til tross for disse problemene, tydelig presenterer litteraturbasert oppdagelse metodikk økning en fordel i ferd med å oppdage nye relasjoner fra ulike forskningsfelt.

    Swanson opprinnelig utviklet litteraturbasert oppdagelse metodikk og har blitt avgrense denne prosessen for 30 år med sikte på å hjelpe etterforskerne oppdager ukjente eller ukjente forhold mellom studier; et problem som har vært dårlig forstått inntil nå. Ved hjelp av denne Discovery metodikk, har vi funnet en mulig interaksjon mellom Anandamid og magekreft, som var dypt begravd i store mengder tilgjengelige data, og som nå er sikkert bekreftet av eksperimentering.

  • Other Languages