Studien beskriver den opprinnelige baseline sunne tarmmikrobiomdatabasen og overflodsprofil

En innledende baseline sunn tarmmikrobiomdatabase og overflodsprofil er beskrevet i en studie publisert 11. september, 2019 i open access journal PLOS ONE av Charles Hadley King fra George Washington University Medical Center, USA, og kolleger.

Stablet strekplott av fylogenetisk sammensetning av alle mikrobiometaxaer i denne studien kollapset på phyla -nivå i fekale prøver. Grønne søyler representerer Firmicutes og de blå representerer Bacteroidetes, de to vanligste bakteriefamiliene. For estetiske formål er prøvene (n =98, bunn) ble sortert i henhold til sammensetningen av Bacteroidetes og Firmicutes for å demonstrere hvordan baseline tarmmikrobiomresultatene fra denne studien kan brukes i forbindelse med resultater fra tidligere studier. Kreditt:King et al., 2019

Selv om forskningsinteressen for tarmmikrobiomets betydning for generell helse fortsetter å vokse, Det er for øyeblikket ingen omfattende tarmmikrobiomreferanseliste tilgjengelig for forskere og pasienter. I denne studien, King og kolleger begynner å katalogisere den organismeriske sammensetningen av sunne tarmmikrobiomer fra mennesker, og utviklet en prototypemeldingsmal for klinikere for å formidle resultater til pasienter.

For å kompilere databasen deres, forfatterne genetisk sekvenserte 48 avføringsprøver fra seksten friske deltakere rekruttert fra George Washington University campus i Washington, D.C., i tillegg til å bruke 50 fekale metagenomiske prøver lastet ned fra Human Microbiome Project fra personer screenet som "friske".

Etter å ha analysert alle prøvenes genomiske og metagenomiske sekvenser ved hjelp av en ny programvarebasert arbeidsflyt, King og kolleger samlet en innledende database med bekreftede mikrober og deres relative overflod på tvers av alle prøver, GutFeelingKB, ved å bruke NCBIs omfattende og offentlig tilgjengelige genetiske informasjon for å gi metadata om de beskrevne organismer.

GutFeelingKB beskriver 157 organismer (155 bakterier og to arkeiske organismer) på tvers av 60 forskjellige slekter. Det største bakteriefylet som var representert var Firmicutes (40 prosent av alle organismer på listen), som igjen består av 20 prosent Clostridia, 19 prosent Bakterioidia, 17 prosent Bifidobacteriales, 14 prosent Enterobacterales, og 14 prosent Lactobacillales -bakterier - bakterieklasser som også finnes i yoghurt og andre probiotiske matvarer. Forfatterne bemerker også at 84 organismer var felles for alle prøvene, potensielt indikerer at disse kan være kjernearter for tarmene hos mennesker.

Denne studien rekrutterte bare seksten deltakere, et lite utvalg. Men mens ytterligere studier kan fortsette å identifisere ytterligere organismer som finnes i friske tarm fra hele verden, GutFeelingKB er et viktig første skritt. Databasen kan fungere som et utgangspunkt for komparativ analyse av prøver og utvikling av fremtidige pasientmikrobiombehandlinger.

Forfatterne legger til:

Målet vårt er å kartlegge det sunne tarmmikrobiomet slik at vi og andre forskere kan bruke dataene våre til å utvikle sykdomsspesifikke prediksjonsmodeller. "

• West Nile Virus -prøver funnet 10 mil fra hverandre kom fra forskjellige steder,
• Unormale tarmbakterier knyttet til dårlig kognitiv ytelse hos veterinærer med PTSD og skrumplever