PLOS ONE: A associação entre DNA copiar o número de Aberrações no cromossomo 5q22 e câncer gástrico

Abstract

Fundo

O câncer gástrico é um câncer comum. Descobrir novos biomarcadores genéticos podem ajudar a identificar indivíduos de alto risco. variação do número de cópias (CNV) foi recentemente mostrado para influenciar o risco de vários cancros. O objetivo do presente estudo foi procurado para testar a associação entre o número de cópias em uma região variante e GC.

Métodos

Um total de 110 pacientes com câncer gástrico e 325 voluntários saudáveis ​​foram inscritos neste estude. Temos procurado por um CNV e encontrou uma CNV (Variação 7468) contendo parte do APC
gene, o SRP19
gene eo REEP5
gene. Nós escolhemos quatro sondas alvo a APC-intron8
, APC-exon9
, SRP19
e REEP5
para interrogar este CNV. As sondas TaqMan específico marcado por diferentes fluoróforos repórter foram usadas em uma plataforma de PCR em tempo real para obter o número de cópia. Ambos os dados não inteiros originais e dados inteiros transformados em número de cópias foram utilizados para análises.

Resultados

pacientes Caner gástricas teve um número de cópias não-inteiro menor do que os controles para o APC-exon9
sonda (p ajustado = 0,026) e SRP19
sonda (p ajustado = 0,002). A análise do número de cópia inteiro rendeu um padrão semelhante, embora menos significativa (p ajustado = 0,07 para APC-exon9
sonda e p ajustado = 0,02 para SRP19
sonda).

Conclusões

as perdas de uma CNV em 5q22, especialmente na região do DNA circundante APC-exon 9
, pode estar associada a um maior risco de câncer gástrico.

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, IP Yang, et al. (2014) A associação entre DNA copiar o número de Aberrações no cromossomo 5q22 e câncer gástrico. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10.1371 /journal.pone.0106624

editor: Qing-Yi Wei, Cancer Institute, Duke, Estados Unidos da América

Recebido: 29 Abril, 2014; Aceito: 30 de julho de 2014; Publicação: 11 de setembro de 2014

Direitos de autor: © 2014 Tsai et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Data Availability:. O autores confirmam que todos os dados subjacentes às conclusões estão totalmente disponíveis sem restrições. Todos os dados relevantes estão dentro do papel e seus arquivos de suporte de informação

Financiamento:. Este trabalho foi financiado por doações do Hospital Kaohsiung Medical University (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Excelência para o cancro Research Center Grant através do financiamento do Departamento de Saúde, Yuan Executivo, Taiwan, República da China (MOHW103-TD-B-111-05) e do Conselho Nacional de Ciência da República da China (NSC 99-2320-B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Os fundadores não teve nenhum papel no desenho do estudo, recolha e análise de dados, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer gástrico (CG) é o quarto câncer mais comum ea terceira principal causa de mortes por câncer em todo o mundo nos homens; o quinto câncer mais comum e a quinta maior causa de morte por câncer em mulheres [1]. De acordo com a Agência Internacional de Investigação do Cancro (IARC), Japão, China e Coreia têm maiores taxas de incidência de GC [2]. Em Taiwan, GC foi a sexta maior causa de morte relacionada ao câncer em 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; acessada em junho de 2011). O câncer gástrico é altamente complexa e apresenta heterogeneidade em aspectos clínicos, biológicos e genéticos. fatores ambientais conhecidos que influenciam GC incluem Helicobacter pylori (H. pylori)
infecção, hábitos alimentares, tabagismo, história familiar e sexo (a maior proporção do sexo masculino para feminino) [3]. Como a história familiar é um importante fator de risco para o GC, estudos recentes têm-se centrado sobre os fatores genéticos que desempenham um papel na GC. Vários investigadores documentaram as alterações genéticas que estão envolvidas no desenvolvimento de GC [4].

O câncer gástrico geralmente apresenta quadro clínico tarde, e geralmente é diagnosticada em estágio avançado e carrega um mau prognóstico. A detecção precoce da GC é crucial para melhorar a eficácia terapêutica, e reduzir a mortalidade, portanto, identificar biomarcadores genéticos relevantes pode ajudar na detecção precoce de GC. Um grande número de associações entre as alterações genômicas estruturais e doenças susceptibilidade foram desvendados [5], [6]. Várias alterações genéticas específicas, incluindo a duplicação e mutação foram suspeita ou comprovada a estar ligada à progressão GC [7]. copiar DNA variações no número (CNVs) são comuns em vários tipos de câncer e outras doenças terminais. As variações no número de cópias de ADN pode ser um indicador de risco elevado de GC em indivíduos. Usando hibridização genômica comparativa (CGH) Análise /array-CGH (aCGH), várias regiões genômicas foram encontrados em células de GC ou pacientes GC ter ganhos de regiões de DNA incluindo 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, e 20q11-13 e perdas de regiões de ADN, incluindo 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13, 18q22 e [8] - [13]. Estes resultados indicam que os padrões de instabilidade cromossomal pode correlacionar-se com as características clínicas de GC-patológica.

Estudos anteriores documentaram anormalidades na polipose adenomatosa coli (
APC) no cromossoma 5q22 gene de resultado na polipose adenomatosa familiar (FAP), cancro do cólon não polipose hereditária e outros cancros [14] - [16]. A maioria das perdas frequentes de o número de cópias em 5q22 em pacientes GC da diferença racial estão resumidos na Tabela S1 no arquivo S1 [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Estudos relataram que 15,4% em Japonês [10], 35% em coreano [21], e de 21% no Turk [20] de GC pacientes tinham mutações genéticas em 5q14-22. Perdas de número de cópias no cromossomo 5q22 foi encontrado para ser significativamente associada com o tipo histológico [13], [18], [19], o estado do linfonodo [12] e metástase [12] em pacientes GC. Em adição à relação com o cancro gástrico, perda 5q foi também frequentemente envolvidos na fase pré-maligna [17], [22]. Estes estudos indicaram que o APC
gene pode desempenhar um papel significativo no GC. Portanto, neste estudo, foi testada a associação de número de cópias em 5q22 com GC na população de Taiwan.

Métodos

População do estudo

Um total de 110 pacientes GC e 325 controles saudáveis ​​foram inscritos de Hospital Universitário Kaohsiung Medical em Taiwan. Todos os pacientes eram ou de Taiwan ou da China continental. A presença de GC também foi confirmado patologicamente. O grau histológico foi classificada de acordo com os critérios de Lauren [23]. O estadiamento do tumor estava de acordo com American Joint Committee on sistema de Câncer (AJCC) estadiamento [24]. Indivíduos com quaisquer outras doenças malignas foram excluídos do estudo. Os indivíduos do grupo controle foram voluntários saudáveis ​​que participaram de exames de saúde regulares no mesmo hospital. Nenhum dos controles tinha história pessoal de câncer ou quaisquer outros distúrbios gástricos significativas diagnosticadas no momento da inscrição. Os protocolos e métodos de estudo foram aprovados pelo Institutional Review Board do Hospital Universitário Kaohsiung Medical. Todos os participantes forneceram consentimento informado por escrito antes do início do estudo.

Select candidato CNV dos relacionados com o GC

O candidato CNVs englobando o APC
gene no cromossomo 5q22 foram recuperados a partir de um banco de dados público (banco de dados de variantes genômicas, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~number=plural). Até novembro de 2010, o banco de dados listados posições físicas para 66,741 CNVs localizadas em regiões 15,963 comuns CNV. Entre eles estava a CNV (Variação 7468) em 5q22 que abrangem 127,5 kb (localização cromossomo: 112.138.707 para 112.266.194, com base no NCBI construir 36 /versão hg18), cobrindo uma parte do APC
gene e SRP19
gene na cadeia de DNA para a frente e o REEP5
gene na cadeia de DNA reverso. Com base na matriz de dados CGH de 50 homens saudáveis ​​franceses, a frequência de ganho e perda de cópias na região foram de 2% e 2%, respectivamente [25]. A literatura mostra seis mutações na região alternativamente-splicing do exão 9 do APC
gene a ser associado com FAP [26] e o cancro do cólon [27], mas nenhuma tem sido relatada em relação a GC.

Nós escolhemos duas sondas vizinhas interrogar intron8 e exon9 do APC
gene, respectivamente, uma sonda para o gene SRP19
, e uma sonda para o REEP5
gene para detectar o número de cópias do presente CNV enquanto RPPH1
foi usado como um gene de referência. Estas sondas estão comercialmente disponíveis a partir de TaqMan (Applied Biosystems Inc. (ABI), CA, EUA) e suas informações detalhadas sobre genomas (construir 36 /hg18) é mostrada na Tabela S2 no ficheiro S1 e S1 S1 Figura Ficheiro.

preparação de ADN genómico e PCR em tempo real para a cópia de detecção número

o isolamento de ADN foi realizada utilizando kits disponíveis comercialmente de isolamento de DNA (QIAamp DNA Mini kit, Qiagen, Hamburgo, Alemanha). RNase A (Qiagen) foi utilizada para digerir o ARN de cadeia simples para o isolamento de ADN livre de ARN. O ADN genómico foi extraído de leucócitos de sangue periférico. O ADN foi quantificado pela primeira vez pela absorção de UV (Beckman DU 640 Espectrofotómetro; Beckman Coulter, Brea, CA, EUA) e, em seguida, amplificado por PCR em tempo real. As concentrações de DNA foram ajustadas para 10 ng /mL antes de genotipagem. PCR em tempo real foi realizado utilizando as sondas Taqman num instrumento ABI 7900HT PCR em Tempo Real (ABI). Comercialmente sondas marcadas com corante disponíveis FAM foram concebidos para amplificar o APC
, SRP19
e REEP5
. VIC dye-rotulados ribonuclease P RNA componente H1 (RPPH1)
foi utilizado como controle endógeno porque RPPH1
tem exatamente duas cópias por genoma diplóide humano, que está localizado em 14q11.2 cromossomo [ ,,,0],28]. Primers e sondas foram concebidos a partir da sequência genómica (build 36 /hg18) usando o software proprietário ABI. O ensaio número de cópias TaqMan continha 1 ml APC, SRP19 ou REEP5
sonda (20x, FAM marcado), 1 ul RPPH1
mistura de sondas (20x, VIC rotulada), 10 ul TaqMan Universal PCR mistura de PCR (2x), 1,5 ul de ADN genómico e 6.5 ul de água. O protocolo de amplificação utilizados para a reacção é de 95 ° C durante 10 min, seguido de 95 ° C durante 15 seg e 60 ° C durante 1 min durante 40 ciclos. Um limiar de ciclo manual do limiar (Ct) de 0,2 e uma linha de base automática foram usadas para detectar a quantidade de molde de genes alvo e RPPH1
gene por um software de sistema de detecção de sequência ABI (versão 2.4). Para cada amostra, quatro sondas ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
e REEP5
) foram realizadas juntamente com um controle interno. As sondas e alvo de controlo interno foram carregados no mesmo poço e cada uma das reacções foi realizada em quadruplicado. software CopyCaller (ABI, versão 1.0) foi usada para calcular o número de cópias número inteiro de cada sonda com base nos dados de PCR em tempo real. Calculou-se a média eo desvio padrão (SD) de quadruplicados de ΔCt para cada assunto. Para controlar a qualidade dos dados, os dados foram filtrados utilizando três passos. Apenas os indivíduos que passaram todas as três etapas de controle de qualidade dos dados foram utilizados nas análises subsequentes.

cópia de qualidade de controlo do número

Para o controle de qualidade dos dados, o número de cópias de cada sonda de reais -tempo de PCR foi filtrada por três etapas. No primeiro passo, foram examinados os dados de PCR em tempo real corridas individuais. Os critérios a seguir foi aplicado para excluir para análise: 1) VIC Ct > 32, possivelmente devido a uma falha para amplificar o sinal interno RPPH1
, 2) qualquer sonda com ΔCt > 4,0 ou 3) FAM Ct > 40 . Os dados que se reuniu com os dois últimos critérios sugeriu que o fracasso de amplificação de sondas alvo e, portanto, os dados foram considerados como não confiável. Após o primeiro passo, foi calculado o ΔCt médio para cada objeto de estudo.

O segundo passo foi a excluir a outlier da média ΔCt usando ± 3 SDs como cortes. Após o primeiro e segundo passos, o número de cópias de cada sonda para cada indivíduo foi calculada pela fórmula 2 ^{-ΔΔCt × 2. Por conseguinte, o número de cópias pode não ser um inteiro. Dado que o número de cópias é, teoricamente, um número inteiro, seguimos ainda mais as orientações de software CopyCaller para estimar o número inteiro de cada número de cópias usando o método de análise de probabilidade máxima automático, com base na distribuição de densidade de probabilidade em todas as amostras.}

Finalmente , de acordo com a distribuição do número de cópias inteiro, uma pontuação z padronizado e o valor de confiança foram calculados. Um valor mais alto absoluto para o escore padronizado z e um valor de confiança inferior implícita maior variação. Como sugerido pelas diretrizes do usuário do software CopyCaller (ABI, versão 1.0), o terceiro passo para o controle de qualidade dos dados é de excluir quaisquer amostras que se reuniu com ambas as seguintes critérios: 1) o valor absoluto do escore z > 2,65 e 2) o valor de confiança < 0,9. Apenas os participantes que passaram todas as três etapas do controle de qualidade dos dados foram utilizados nas análises subsequentes.

Análise Estatística

Porque apenas alguns dos participantes tinha um número de cópias maior do que 3 ou inferior a um, o número de cópias foi categorizado em três grupos (≤1, = 2, ou ≥3). Para testar a associação entre a categoria de número de cópias para cada estado da detecção e da doença, usamos regressão logística com os ajustes para idade e sexo. odds ratio (OR) e seus intervalos de confiança de 95% (IC) foram calculados. Também calculamos a taxa de concordância de categoria do número de cópias nos quatro sondas. O teste de tendência de Cochran-Armitage foi utilizado para encontrar a relação linear entre o número de cópias de sondas alvo e risco GC. t de Student e Mann-Whitney U (se não normalmente distribuídos) foram usados ​​para comparar o número de cópias de cada sonda entre pacientes GC e controlos saudáveis. Um valor de p bicaudal < 0,05 foi considerado estatisticamente significativo. As análises estatísticas foram realizadas por JMP versão do software 9.0 (SAS Institute Inc., NC, EUA).

Resultados

Os sujeitos do estudo

Todos os 110 pacientes do GC e 325 indivíduos do grupo controle tiveram copiar informação de número de pelo menos uma das quatro sondas em 5q22. A distribuição dos valores do número de cópia para cada sonda é mostrado na Figura 1. Os pacientes do GC foram significativamente mais velhos do que os controles saudáveis ​​(idade; média ± SD: pacientes GC = 66,5 ± 13,8, Controles = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Os homens representavam uma maior proporção (61,8%) dos pacientes do GC, mas eles composto apenas 46,4% dos controles saudáveis ​​(p = 0,005). Entre os pacientes do GC, 55 tiveram H. pylori
, 28 não foram infectados pelo H. pylori,
e 27 não tinha essa informação. 37 dos pacientes do GC teve classificação histológica de Lauren (19 difusa, 16 intestinal, e 2 subtipos mistas); 34 tinha grau de diferenciação (3 bem diferenciado, 9 moderadamente diferenciado e 22 mal diferenciada); 45 teve AJCC estágio do tumor (12 fase I, 7 fase II, 13 estágio III, e 13 em estágio IV).

Associação entre CNV e câncer gástrico

Como esperado, a maioria dos participantes no o estudo teve 2 cópias do segmento CNV nas proximidades: variando 78,2-92,6% entre as 4 sondas nos controles e 87,3-93,6% nos pacientes do GC. A taxa concordantes para o número de cópias entre os 4 sondas variou 80,5-93,1% (Tabela S3 no ficheiro S1). Este número de cópias era com frequência variável em uma região maior do conhecido funcional APC
e SRP19
. Portanto, as variações podem ser responsáveis ​​para o comprimento distância e variações funcionais (Tabela S3 no arquivo S1). Para a sonda de APC-exon9
, 9,1% dos pacientes do GC pertencia a copiar categoria de número 3, ao passo que 17,5% dos controles foram na categoria 3 (OR = 0,48, 95% CI: 0,22-0,93; em bruto P = 0,04, idade /sexo ajustado-p = 0,07, Tabela 1). Da mesma forma, menos pacientes do GC foram na categoria 3, em comparação com os indivíduos de controle para as outras três sondas, mas as diferenças não foram significativas (Tabela 1). Além disso, observou-se uma relação dependente da dose entre o GC e o número de cópias da sonda de APC-exon9
(Tabela 1). Isto implica que os controles tendem a ter uma maior proporção de ganho do número de cópias do que os casos com um valor de tendência p de 0,026 (idade /sexo, ajustadas p = 0,067 para o teste de tendência).

Uma vez que o número de cópias foi calculado a partir dos dados de PCR em tempo real, o número de cópia original não foi um número inteiro e não normalmente distribuídos. Portanto, nós também testar a associação não paramétrica entre os dados não inteiros sobre o número de cópias e o estado da doença. As medianas e intervalos interquartis (IQRs) do número de cópias de cada sonda ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
e REEP5
) foram comparados entre os pacientes do GC e controles saudáveis ​​( Tabela 1). Similar aos resultados do número de cópia inteiro, os pacientes GC teve um número de cópias significativamente menor em comparação com os controles para o APC-exon9
(bruto p para o teste t = 0,006, p bruto de Mann-Whitney test = 0,013, sexo /idade-ajustada p = 0,026) e SRP19
(bruto p para o teste t = 0,0004, p bruto de Mann-Whitney U = 0,017, sexo /idade-ajustada p = 0,002) sondas (Figura 1B e Figura 1C). Não houve diferença significativa para as outras duas sondas CNV ( APC-intron8
e REEP5
) (Figura 1A e Figura 1D). Uma análise mais aprofundada das correlações entre número de cópias e GC classificações patológicas clínicas, os resultados mostraram que nenhuma cópia diferença número significativo no exon-9 da APC
gene independentemente do histológico, graus de diferenciação ou estágio TNM, que poderiam devido a pequenas amostras (Tabela 2).

Discussão

Este estudo utilizou 4 sondas para investigar a associação entre cópia número variação no cromossomo 5q22 e GC. Esta região abrange três genes: 'fim do APC
gene, toda a SRP19
gene, e 3' 3 do REEP5
gene. Para a sonda de APC-exon9
, o controle apresentaram valores do número de cópia mais elevados do que os pacientes do GC em todas as três análises (ou seja, copiar categoria de número, teste de tendência, e número de cópias não-inteiro). A sonda de SRP19
também teve um número de cópias significativamente maior (com base na cópia categoria de número e não inteiro análises) nos controles do que em pacientes do GC. Para o APC-intron8
e REEP5
sondas, os valores de número de cópias não foram significativamente diferentes entre os pacientes do GC e do grupo de controlo em qualquer uma das três análises. Os resultados deste estudo indicam que um número de cópias reduzido na região da CNV pode estar associada com um risco mais elevado de cancro gástrico.

O APC
gene que contém 15 exões está localizado no cromossoma 5q21-22. A maioria das mutações do gene da APC
foram observados no exão 15 em doentes com polipose adenomatosa familiar [26] e GC pacientes [29]. Seis mutações na região alternativamente-splicing do exão 9 foram documentadas para ser associado com FAP [26] e o cancro do cólon [27], mas estas mutações não têm sido relatados para ser associado com GC. Este estudo é o primeiro a relatar a associação entre o número de cópias a APC-exon9 Comprar e GC. Uma possível Wnt β catenina /via de transdução /Tcf sinalização associada com o APC foi reportado para GC [30]. Uma função principal de APC é pensado para regular β catenina livre e assim a perda da função APC pode resultar em instabilidade do complexo catenina β e a acumulação celular de β catenina. Após a translocação para o núcleo, catenina β serve como um activador de t transcrição dependente de factor de células, conduzindo a um aumento da expressão de vários genes-alvo específicos que podem estar envolvidos na ocorrência de lesões gástricas que variam de gastrite crónica, atrofia gástrica, metaplasia intestinal , displasia para finalmente adenocarcinoma gástrico [31].

a plataforma CGH tem sido amplamente utilizada para os estudos de cancro, e as sondas da presente plataforma muitas vezes cobrem uma região de DNA da região de DNA mais do que 1 kb. Portanto, a abordagem CGH é limitado em identificar segmentos CNV quando as alterações são menos do que 1 kb. Neste estudo, utilizamos sondas TaqMan específicas marcadas por diferentes fluoróforos Repórter (Vic e FAM) em uma única reação. Esta abordagem permitiu-nos detectar uma mudança DNA mais sutil. A amplificação por PCR para cada uma das sondas testada com base em TaqMan ABI foram avaliadas para ser quase 100% eficaz [32]. Recentemente, este método tem sido amplamente utilizado para outras doenças, tais como a degeneração macular relacionada com a idade e a asma alérgica [33], [34]. Antes de número de cópias genotipagem, os nossos concentrações de ADN genómico foram rigorosamente quantificados e controlados usando dois métodos independentes: absorção UV (gama racional relação de OD 260/280: 1,8 ± 0,2) e amplificação por PCR de RPPH1
(intervalo Ct racional de VIC: 25-27). A amplificação de RPPH1
foi realizada ao mesmo assim como a sonda para proteger contra variações artificiais (tais como diferenças na carga de ADN ou de detecção errada do genótipo nulo). Por isso, o nosso método pode ser considerada fiável para a caracterização quantitativa da CNV fragmentária. Com base nas experiências anteriores CGH, estudos relataram que 2% de perda de cópias e 2% de cópias de ganho em 5q22 em homens franceses saudáveis ​​[25]. Utilizou-se as sondas TaqMan, que têm uma maior resolução para detectar uma região mais pequena da variação do número de cópias, e descobriram que a percentagem de perda de cópias nas 4 sondas variou de 0 a 2,7% no Taiwan saudáveis. No entanto, uma proporção maior de cópias de ganho varia de 2,7% ( REEP5
) a 14,1% ( APC-exon9
), foram observados nos homens saudáveis. Semelhante aos dados para participantes do sexo masculino, a freqüência de cópias de ganho de APC-exon9
também foi elevada para os participantes do sexo feminino (20,2% de cópias de ganho). No entanto, outro estudo investigando a população japonesa também relataram uma maior proporção (20,6%) do número de cópias de ganho em 5q onde o nosso CNV investigados está localizado [9].

Como esperado, a maioria dos participantes tinha 2 cópias da CNV segmento entre os quatro sondas em todas as disciplinas. foi observada apenas uma taxa de concordância de 80% entre os números de cópia medidos pelo APC-exon9
sonda e o SRP19
sonda (Tabela S3 em S1 Arquivo). Esta é realmente a taxa de concordância menor de todas as taxas de pares entre as sondas, no entanto, ambas as sondas foram significativamente associados com GC. É possível que a variação 7468 não é uma CNV contínua, mas é considerada assim porque foi identificado usando arrayCGH, uma técnica com uma resolução mais baixa do que os actualmente disponíveis (isto é, que pode consistir em várias regiões mais curtas com números de cópias variáveis) . Portanto, o limite variável do gene pode ser reduzida de APC-exon9 para SRP19
. Quanto à frente de APC-exon9
está em causa, se outras regiões variáveis ​​associadas à GC existir requer uma maior exploração. Neste estudo, não houve diferenças significativas no número de cópias entre os pacientes do GC e controles em APC-intron8
e até mesmo
APC-intron7 (dados não mostrados).

como é o caso com a maioria dos esforços de investigação, o nosso estudo tinham limitações. O tamanho da amostra utilizada neste estudo pode não ter sido suficiente para detectar uma CNV com um efeito pequeno. Informações Além disso, temos limitado sobre as características patológicas clínicas (como H. pylori
, grau histológico, grau de diferenciação e estágio do tumor tornando-se difícil para o teste de interação de CNV e estes parâmetros. Foram necessários mais assuntos para confirmar este resultado no futuro. em conclusão, as perdas de uma CNV em 5q22 (Variation 7468), especialmente na região do ADN que rodeiam a APC-exão 9, pode ser associado com um maior risco de cancro gástrico. a perda desta CNV pode servir um romance biomarcador para identificar indivíduos de alto risco. no entanto, uma grande associação-estudo está garantido para confirmar a utilidade deste biomarcador eo mecanismo detalhado ainda precisa ser esclarecida.

Informações de Apoio
arquivo S1.
combinados em apoio do arquivo de informações. Tabela S1 S1 arquivo. anormalidade genética no cromossomo 5q22 em estudos GC. Tabela S2 em S1 arquivo. Informação de quatro sondas no cromossomo 5q22 e sonda interna no cromossomo 14q11. Tabela S3 em S1 arquivo. A concordância de copiar número entre cada sonda adjacente (110 pacientes do GC e 325 controles saudáveis). Figura S1 S1 Arquivo. Os locais das quatro sondas no CNV, contendo APC /SRP19 /REEP5
genes
doi:. 10.1371 /journal.pone.0106624.s001
(DOCX)

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