perfis no número de cópias de DNA do precursor câncer gástrico lesions

cópia DNA perfis número de lesões precursoras do câncer gástrico da arte abstracta
Fundo
instabilidade cromossômica (CIN) é o tipo mais comum de instabilidade genômica em tumores gástricos, mas o seu papel na transformação maligna da mucosa gástrica é ainda obscura. No presente estudo, nós nos propusemos a estudar se duas categorias morfologicamente distintas de lesões precursoras do câncer gástrico, ou seja, do tipo intestinal e adenomas da glândula pilórica, levaria diferentes padrões de alterações no número de cópias de ADN, possivelmente refletindo vias genéticas distintas de carcinogênese gástrica nestes dois tipos de adenoma.
Resultado
Usando uma plataforma CGH matriz 5K BAC, mostramos que as aberrações mais comuns partilhados pelos 11 do tipo intestinal e 10 pilóricas adenomas da glândula foram ganhos de cromossomos 9 (29%), 11Q ( 29%) e 20 (33%), e perdas de cromossomas 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) e 10 (33%). As aberrações mais freqüentes em adenoma gástrico do tipo intestinal foram ganhos em 11q, 9Q e 8, e as perdas nos cromossomos 5q, 6, 10 e 13, enquanto que em adenomas gástrica glândula pilórica Estes foram ganhos no cromossomo 20 e perdas em 5q e 6. no entanto, não foram observadas diferenças significativas entre os dois tipos de adenoma.
Conclusão
os resultados sugerem que os ganhos nos cromossomos 8, 9Q, 11Q e 20, e as perdas de cromossomos 5q, 6, 10 e 13, provavelmente representam início eventos na carcinogênese gástrica. As entidades fenotípicas, do tipo intestinal e adenomas da glândula pilórica, no entanto, não diferem significativamente (P = 0,8) ao nível do ADN número de cópias mudanças.
Fundo
O câncer gástrico é a segunda neoplasia mais frequente no mundo eo prognóstico da malignidade permanece muito pobre [1]. as taxas de incidência e mortalidade por câncer gástrico diferem entre os diferentes países da União Europeia [2]. Nos Países Baixos, ocupa o quinto lugar como causa de morte por câncer, com cerca de 2.200 novos casos por ano [3]. Cirurgia com intenção curativa é o tratamento de escolha em casos avançados de câncer gástrico, enquanto mucosectomia endoscópica local pode ser curativa em câncer gástrico precoce. Detecção e remoção de neoplasias gástricas em um estado inicial ou até mesmo pré-malignas contribuirá para reduzir a mortalidade devido ao câncer gástrico. Para atingir este objectivo, são necessários melhores testes para a detecção precoce do câncer gástrico, e uma melhor compreensão da biologia da progressão do cancro gástrico é crucial neste domínio.
Acordo com o modelo Correa, patogênese do intestinal-tipo adenocarcinoma gástrico segue uma via de gastrite crónica activa, devido à infecção por Helicobacter pylori
, levando a mucosa atrofia, metaplasia intestinal seguida de neoplasia intra-epitelial e adenocarcinoma finalmente invasiva [4]. Caracterização genética de amostras de tecido em fase de neoplasia intra-epitelial contribuiriam substancialmente para o nosso entendimento da patogênese molecular do câncer gástrico. No entanto, estas lesões são raramente detectadas, possivelmente devido à rápida progressão através desta etapa para câncer, e estão normalmente presentes apenas em partes de amostras de biópsia, dificultando análise genômica destas lesões. Análise de lesões precursoras alternativas poderiam, por conseguinte, pelo menos em parte, ser um substituto. Desenvolvimento de câncer gástrico através de um estágio adenoma, embora menos comum, é como rota alternativa. Estes adenomas são ocasionalmente detectado durante gastroscopia e presente como grandes lesões que mostram histologicamente neoplasia intra-epitelial, o que os torna adequados para análise genômica. adenomas gástricas têm um potencial maligno direto e são responsáveis ​​por aproximadamente 20% de todos os pólipos epiteliais [5, 6]. adenomas gástricas pode ter um tubular clássico, tubuloviloso, ou morfologia das vilosidades com um epitélio intestinal do tipo predominantemente, mas também pode aparecer como adenomas da glândula pilórica [6]. adenomas da glândula pilórica surgir a partir de glândulas mucosas profundas no estômago e são fortemente positiva para mucina 6 [7, 8]. Um número substancial de adenomas gástricas já mostram a progressão para adenocarcinoma. Em primeiro diagnóstico em torno de 30-40% de todos os adenomas da glândula pilórica já mostram um foco de carcinoma [9, 10]. Para tipo intestinal adenomas este número é mais baixo e varia de 28,5% para os adenomas vilosos e 29,4% para os adenomas tipo tubuloviloso para apenas 5,4% nos adenomas tubulares [11]. Ambos os adenocarcinomas, do tipo intestinal adenomas ex e adenomas da glândula pilórica ex, mostrar estruturas glandulares, em contraste com câncer gástrico difuso tipo.
Uma característica fundamental na patogênese da maioria dos cancros gástricos, como em muitos outros cancros sólidos, é a instabilidade cromossômica , resultando em ganhos e perdas de partes ou cromossomas inteiros [12]. Estas alterações cromossómicas pode ser analisada por hibridação genómica comparativa (CGH). Vários estudos anteriores detectaram alterações genéticas em adenomas gástricas usando esta técnica, sendo os ganhos sobre cromossomo 7q, 8q, 13q, 20q, e as perdas no cromossomo 4p, 5q, 9p 17p e 18q [13-16]. Embora incomum e só observado em adenomas com neoplasia intraepitelial de alto grau, amplificações de alto nível foram detectadas nos cromossomos 7q, 8p, 13q, 17q e 20q [13-16]. Em adenocarcinomas gástricos, aberrações cromossómicas consistentemente descritos são ganhos em cromossomo 3q, 7P, 7q, 8q, 13q, 17q e 20q e perdas em cromossoma 4q, 5q, 6q, 9p, 17p e 18q. amplificações de alto nível têm sido repetidamente detectado em 7q, 8p, 8q, 17q, 19q e 20q [14, 17-23]. No entanto, aberrações cromossômicas, ou número de cópias do DNA muda, não são uniformes no câncer gástrico [24]. Subgrupos com diferentes padrões de alterações no número de cópias de DNA pode ser reconhecido, que foram mostrados para ser associado com o resultado clínico bem [25].
No presente estudo, nós nos propusemos a estudar se duas categorias morfologicamente distintas de câncer gástrico lesões precursoras, ou seja, do tipo intestinal e adenomas da glândula pilórica, levaria diferentes padrões de alterações no número de cópias de ADN, possivelmente refletindo vias genéticas distintas de carcinogênese gástrica nos dois tipos de adenoma.
foram observados resultados
cópia DNA mudanças de números em 10 de 11 do tipo intestinal adenomas e 9 em cada 10 adenomas da glândula pilórica. O número médio de eventos cromossômicas, definida como ganhos e perdas, por tumor foi de 6,0 (intervalo 0-18), incluindo 2,9 (0-14 alcance) ganhos e 3.0 (0-7 intervalo) perdas. Em adenomas do tipo intestinal, o número médio de eventos cromossômicas por tumor foi de 6,5 (intervalo 0-18), dos quais 3,4 (intervalo 0-14) ganhos e 3.1 (0-7 intervalo) perdas, e na glândula pilórica adenomas da média números foram 5,4 (intervalo 0-9), 2,4 (intervalo 0-7) e 3,0 (intervalo 0-7), respectivamente.
nos adenomas gástricos do tipo intestinal, as aberrações mais comuns observados foram ganhos nos cromossomos 8, 9q e 11Q, e as perdas de cromossomos 5q, 6, 10 e 13. Em quatro adenomas (36,4%), ganho de 11q23.3 cromossomo foi observado com uma região comum de sobreposição de 2,6 Mb. Ganho de 9Q cromossomo foi observado em quatro adenomas (36,4%) com 12,6 Mb região comum de sobreposição localizado no cromossomo 9q33.1-q34.13. Ganho do cromossoma 8 foi observada em três adenomas (31%), dois dos quais adenomas ganho mostrou do cromossomo inteiro 8, eo terceiro adenoma mostrou um ganho de cromossomo 8p-q22.3 com um ganho adicional de 28,7 Mb no cromossomo 8q24.11 -qter. Além disso, foram observados ganhos nos cromossomos 1, 3, 6p, 7, 11p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 e 22q. Sem amplificações foram observadas nos adenomas do tipo intestinal.
As deleções no cromossoma 13, foi observada em sete adenomas do tipo intestinal (64%). Destes, cinco apresentaram 11,9 Mb eliminação do cromossomo 13q21.2-21.33 com um 7.7 Mb supressão adicional no cromossomo 13q31.1-31.3. Os outros dois adenomas mostraram uma supressão 16,6 Mb de 13q14.3-31. Uma deleção no cromossoma 6 foi observado em seis adenomas (55%), com uma região de sobreposição de 68,9 Mb localizados em 6cen-q22.1. A supressão do cromossoma 5q foi observado em quatro adenomas (36%) com uma região comum de sobreposição localizado no cromossomo 5q22.1-q23.2. Além disso, observou-se uma deleção do cromossoma 10 em todo quatro adenomas (36%). Outros perdas observadas nos adenomas do tipo intestinal estavam localizados nos cromossomas 8q, 9p, 10, 12q, 20Q e 21. Uma visão geral de todas as aberrações no número de cópias de ADN dos adenomas do tipo intestinal é mostrado na Tabela 1 Visão geral 1.Table do ADN número de cópias muda em 11 de tipo intestinal adenomas

aberrações cromossômicas

Ladeando clones


tumor ID
ganhos
Perdas
tamanho
Segmento (Mb)

Comece
End
1 | 1p-p36.11
26,68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-q23 .2
55,26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13,78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52,05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17,32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4,80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39.63
RP11-200F15
RP11-62D23 Página 2
1p -1p33
46,90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14,12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54,91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28,65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13,63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31,69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-Q14 .1
10,57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18,24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12,49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-q21
57,26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 .1
5,97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22,46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81,24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61,01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5,09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19,60
RP1-138B7
CTB81F12 Sims 3
- - página 4
6p21.1
3,32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76,38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9,69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-q34 .13
12,58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3,04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17.05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11,68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-q24 .3
8,92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53.40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8,06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33,72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11.75
RP11-322N7
RP11-1K22
6 Sims 3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88.49
RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11,86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9,62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1,41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80,52
CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8,76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13,28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74,37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-pter
31,18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39,71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77,65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63,31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60,87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31.25
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33,06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8,44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88,89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145.95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13,60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3,16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58,59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12,93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18,03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8,99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11 Restaurant -
- A aberração mais frequente observada em adenomas da glândula pilórica foram ganhos no cromossomo 20 e perdas nos cromossomos 5q e 6. Os ganhos no cromossomo 20 foram observados em quatro adenomas (40 %). Três adenomas mostrou um ganho de 9,8 Mb de cromossoma 20q13.12-q13.33, e observou-se o ganho do cromossoma 20 em todo o outro adenoma. Além disso, os ganhos foram vistos nos cromossomos 1, 3T, 5q, 7, 9Q, 11Q, 12Q, 13q, 15q, 17 e 22q. Um adenoma da glândula pilórica mostrou amplificações, localizado no 12q13.2-q21.1 e 20q13.3-q13.33.
Cinco adenomas pilóricas glândula (50%) apresentaram perda de cromossomo 5q, dois dos quais tinham perdido um cromossomo inteiro braço, enquanto dois adenomas mostrou uma 22.4 Mb exclusão de 5q11.2-q13.3 e um adenoma uma deleção 40,3 Mb de 5q21.1-q31.2. Perda do cromossomo 6 foi observada em quatro adenomas pilóricas glândula (40%), três das quais apresentaram uma completa perda de 6q e um adenoma mostraram uma 51.2 Mb exclusão de 6p21.1-q16.3. Outros perdas cromossómicas foram observadas nos cromossomas 1p, 2q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20q, e 21. Uma visão geral das aberrações no número de cópias de ADN dos adenomas da glândula pilórica é mostrado na Tabela 2.Table 2 Visão geral do número de cópias de DNA muda em 10 adenomas pilóricas glândula

aberrações cromossômicas

clones acompanhamento devem


tumor ID
Ganhos
Perdas
tamanho
Segmento (Mb )
Comece
End
12
1q21.3-q23.3
9,95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-Q43
14,07
RP11-375H24
RP11-80B9
3T
111,59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-q35 .3
9,11
RP11-20O22
RP11-451H23
6q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77,48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63,47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 Restaurant -
- 14 4
191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10,84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16,81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16,04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-q15
2,58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6,86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32,53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13,57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110.28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17,72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10,84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-pter
35,59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203,62
RP4-739H11
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2q31.1-qter
66,00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40,27
CTD-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39,06
CTD-2323H12
RP11-451H23
6q
113,61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
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13q31.1-qter
36.14
RP11-388E20
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11,24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-q21 .2
51,24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51,24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-q13
66,82
GS1-41L13
RP11-265B8
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133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12,45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
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1p32.3-p21.1
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RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-q13 .3
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RP4-592P18
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31,58
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RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-q23
31,31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10,02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9p-q13
66,57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-q21 0,1 (amplificação)
19,50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55,56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-q23
23,28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (amplificação)
14,62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43,15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130,26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62,57
CTB-62I11
RP11-506N21
6q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
As aberrações mais comuns compartilhados por ambos do tipo intestinal e pilóricas adenomas da glândula eram ganho de 9Q cromossoma (29%), 11q (29%), e 20q (33%) e a perda do cromossoma 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) e 13q (48%). Ao comparar-tipo intestinal e adenomas da glândula pilórica, CGH multiarray revelou oito clones a ser significativamente diferente, seis dos quais foram localizados no cromossoma 6q14-q21 (p = 0,02 a 0,05) e dois clones no cromossoma 9p22-p23 (p = 0,02 e 0,04, respectivamente) (Figura 1). Não há genes localizados nas regiões abrangidas por esses clones foram conhecidos por estarem envolvidos em processos biológicos relacionados com o cancro. No entanto, CGH multiarray Região, após correcção para a multiplicidade, produziu uma taxa de falsos descoberta (FDR) de 1 para todas essas regiões, indicando que não há diferenças significativas entre os dois tipos diferentes de adenomas no nível cromossômico. análise de agrupamento hierárquico não supervisionado rendeu 2 clusters. Não foram encontradas associações significativas aqui (p = 0,8). Figura 1 Comparação de DNA copiar alterações numéricas em adenomas gástricas tipo glândula intestinal e pilórica. Um valor de p (eixo Y) foi calculada para cada clone, com base em um teste de Wilcoxon com laços, e representada graficamente em ordem cromossómico do cromossoma 1 a 22 (eixo-X). Oito clones atingiu o nível de significância (p < 0,05)., Mas não conseguiu manter uma taxa de descoberta de falsas significativamente baixa após correção para comparações múltiplas
Discussão
Dado o fenótipo heterogêneo de câncer gástrico, o presente estudo destina-se principalmente comparar as alterações no número de cópias entre adenomas do tipo intestinal e adenomas da glândula pilórica, a fim de encontrar leva para caminhos genéticos envolvidos na patogênese do câncer gástrico. Adenoma-carcinoma para-progressão é observado em 30-40% dos adenomas da glândula pilórica e em cerca de 5-30% dos adenomas do tipo intestinal (variando de cerca de 5% em adenomas tubulares para quase 30% de adenomas e tubuloviloso viloso) [9-11], indicando o potencial maligno directa destes dois tipos de adenoma e fazendo gástrica adenomas um modelo adequado para a detecção de eventos iniciais na carcinogênese gástrica.
piloro adenomas da glândula constituem uma entidade recentemente reconhecida [8, 26]. Para o melhor de nosso conhecimento, este tipo de adenomas nunca foi analisada através de array CGH antes. O número significativo de eventos neste tipo de adenoma foi de 5,4 (0-9), com 2,4 (0-7) e os ganhos de 3 (0-7) perdas. Isto é comparável com a média do número de aberrações em adenomas do tipo intestinal (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) e 3,1 (0-7), respectivamente). Em adenomas da glândula pilórica, eventos freqüentes foram o ganho no cromossomo 20 e perdas nos cromossomos 5q e 6, enquanto do tipo intestinal adenomas mostrou principalmente o ganho nos cromossomos 8, 9Q e 11q, e as perdas nos cromossomos 5q, 6, 10 e 13. Em no presente estudo, o ganho do cromossomo 7 era menos comum do que a encontrada anteriormente [16]. Embora estas regiões frequentemente alterados diferem entre os dois tipos de adenomas, agrupamento hierárquico analisa não separar os grupos. Além disso, CGH multiarray Região não revelou quaisquer diferenças significativas após a correção para comparações múltiplas. Esta falta de diferenças estatisticamente significativas pode ser devido à dimensão limitada da amostra combinada com o facto de, em geral, os adenomas mostrar pequenos aberrações cromossómicas. Por outro lado, ele poderia simplesmente ser que estes morfologicamente diferentes entidades não diferem em termos de ganhos e perdas cromossômicas. Encontrando não há diferenças significativas ao nível cromossómico não exclui outras diferenças genéticas e biológicos, tais como a mutação ou metilação do promotor de status de genes específicos.
Aberrações já detectados nos adenomas podem ser eventos precoces no processo passo a passo de alterações que se acumulam o que pode causar a progressão de adenoma para carcinoma. Como esperado, o número significativo de eventos cromossómicas foi inferior em comparação com os adenomas carcinomas [13, 14, 27]. Além disso, amplificações de alto nível são incomuns em adenomas, enquanto carcinomas freqüentemente mostram amplificações de alto nível [13, 16].
As aberrações encontradas tanto do tipo intestinal e adenomas da glândula pilórica, tais como perdas no cromossomo 5q, também são frequentemente detectados em carcinomas gástricos [15, 19, 28]. Resultados anteriores CGH mostrou um número significativamente maior de perdas cromossomo 5q em tipo intestinal carcinoma em comparação a difundir tipo carcinoma [29]. Cromossoma 6, também perdido em ambos os tipos de adenomas, frequentemente é suprimida nos carcinomas gástricos, como determinado por estudos LOH [30, 31]. Além disso, a eliminação do cromossomo 6q tem sido referida como estando envolvida em uma fase precoce da carcinogénese gástrica, uma vez que as supressões cromossoma 6q são frequentemente detectada em cancro gástrico precoce e também em metaplasia intestinal [31, 32]. Perdas de cromossomos 10 e 13 tinham sido anteriormente observados em adenomas em frequências mais baixas. Em carcinomas gástricos, ambos os ganhos e perdas do cromossomo 10 e 13 foram observados por estudos CGH anteriores [15, 19, 21, 33]. Cromossomo 10 portos do oncogene FGFR2
(10q26) e supressores de tumor genes PTEN /MMAC1
(10q23) e DMBT1
(10q25-q26), ambos envolvidos na carcinogênese, o que poderia explicar a observação de ambos os ganhos e perdas de cromossomos 10 em carcinomas gástricos [34-36]. Na verdade cromossomo 13 portos genes supressores de tumor, tais como BRCA2
(13q12.3) e do gene retinoblastoma (RB1
) (13q14). Em contraste, o ganho de 13q cromossoma tem sido correlacionada com a progressão do adenoma colorrectal-a-carcinoma, e amplificação do cromossoma 13 foi observada em adenomas gástricas com neoplasia intra-epitelial graves [14, 37]. continua a ser o papel exacto do cromossomo 13 aberração no câncer gástrico, portanto, ser resolvido.
número de cópias mais frequentes ganhos foram observados nos cromossomos 8, 9Q, 11Q e 20. Especialmente ganhos de cromossomos 8 e 20 são consistentes com anterior (matriz) estudos CGH em ambos os adenomas gástricas e carcinomas gástricos [13-16, 19, 25], implicando isso como primeiros eventos na tumorigénese. Embora o ganho de cromossomo 11q não tem sido descrito como um evento frequente em adenomas, no ganho de carcinomas ou amplificação de 11q cromossomo é comum [13-16]. No presente ganho de estudo do cromossomo 11q foi frequentemente observado nos adenomas, o que implica o potencial maligno destes adenomas.
Conclusão
Estes dados indicam que os ganhos nos cromossomos 8, 9Q, 11Q e 20 e as perdas de cromossomos 5q, 6, 10 e 13 são os primeiros eventos na carcinogênese gástrica. Apesar das diferenças fenotípicas, do tipo intestinal e do adenoma da glândula pilórica não diferem significativamente no nível de DNA alterações no número de cópias.
Métodos Materiais

Vinte e um adenomas gástricas embebidos em parafina, 11-intestinal e tipo 10 adenomas da glândula pilórica, foram incluídos neste estudo (Figura 2A e 2B). dados de tumor e do paciente são apresentados na Tabela 3. Para cada caso, numa área do tumor que consiste por pelo menos 70% de células tumorais foi demarcada sobre um hematoxilina e eosina 4 um corte de tecido manchado. Adjacentes 10-15 secções de tecido de série de 10 mm foram corados com hematoxilina e a área do tumor correspondente foi microdissectados usando uma lâmina cirúrgica. Uma secção final 4μm "sanduíche" foi feita e coradas com hemotoxilina e eosina, para comparar com a primeira corrediça como um controlo. Após desparafinização, o DNA foi extraído por um método baseado em coluna (QIAamp DNA Mini Kit; Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table 3 tumor e informações do paciente
tumor ID
tipo adenoma
grau de displasia
Sexo

Age
tumor ID
tipo adenoma
Grau de dysplasie
Sexo
Idade
1
intestinal
Moderado
Masculino
75
12
glândula Pyloric
Moderado
Masculino
78 Página 2
intestinal
Moderado
Homem
45
13
Pyloric glândula
Mild
Masculino
50 Sims 3
intestinal
Moderado
Masculino
80
14 glândula
Pyloric
grave
Feminino
76 4
intestinal
Moderado
Masculino
79
15
glândula Pyloric
Moderado
Feminino
85
5
intestinal
Moderado
Masculino
76
16
Pyloric glândula
Moderado
Masculino
63
6
intestinal
Moderado
Masculino
75
17
glândula Pyloric
Mild
Feminino
86
7
intestinal
leve
Masculino
57
18
glândula Pyloric
Moderado
Feminino
59
8
intestinal
Moderado
Masculino
64
19
glândula Pyloric
Moderado
Masculino
69
9
intestinal
Mild
Masculino
63
20
Pyloric glândula
Moderado
Feminino
78
10
intestinal
Mild
Masculino
75
21
glândula Pyloric
Moderado
Masculino

11
intestinal
Moderado
Feminino
45
Figura 2 hematoxilina e eosina (ampliação original × 400) de tipo intestinal (A) e da glândula pilórica ( B) adenomas gástricas. A. Intestinal do tipo adenoma do estômago composto de glândulas irregular arranjadas compostas de tipo intestinal epitélio com citoplasma eosinofílico e núcleos aumentados. B. Pyloric adenoma da glândula do estômago composto por densamente volta para trás glândulas embalados composto de células com citoplasma pálido e pequenos núcleos hipercromáticos redondos.
DNA genômico obtido a partir do sangue periférico de dez indivíduos normais foi reunido (quer dez fêmeas ou dez homens , dependendo do sexo do paciente a partir do qual foi obtido o adenoma) e utilizado como ADN de referência de regulação.
arrayCGH
arrayCGH foi realizado essencialmente como descrito anteriormente [39]. Resumidamente, 300 ng de tumor e de referência ADN, sexo-incompatibilidade como controle experimental, foram marcados por iniciação aleatória (Bioprime ADN Rotulagem Sistema, Invitrogen, Breda, Países Baixos), cada uma num volume de 50 uL. nucleótidos não incorporados foram removidos utilizando ProbeQuant G-50 microcolunas (Amersham Biosciences). Cy3 marcado ADN genómico de teste e Cy5 marcado ADN de referência foram combinadas e co-precipitado com 100 ug de ADN Cot-1 humano (Invitrogen, Breda, NL) por adição de 0,1 volume de acetato de sódio 3 M (pH 5,2) e 2,5 volumes de gelo frio 100% de etanol. O precipitado foi recolhido por centrifugação a 14.000 rpm durante 30 minutos a 4 ° C, e dissolveu-se em mistura de hibridização de 130 ul contendo formamida a 50%, 2 × SCC e SDS a 4%. A solução de hibridação foi aquecida durante 10 minutos a 73 ° C para desnaturar o ADN, seguida por 60-120 minutos de incubação a 37 ° C para permitir que o ADN Cot-1 para bloquear as sequências repetitivas. A mistura foi hibridizado em um array contendo aproximadamente 5000 clones manchado em triplicado e espalhados ao longo de todo o genoma com uma resolução média de 1,0 Mb. Os clones são compostos do clone Sanger BAC definido com uma resolução média ao longo de todo o genoma de 1,0 Mb [40], o OncoBac ajuste [41], e clones de interesse, obtidos a partir Hospital Research Institute Oakland das Crianças (CHORI) selecionada. Os clones seleccionados compreendem um conjunto de clones BAC no cromossoma 6 preenchimento das lacunas maiores do que 1 Mb, e contigs de cobertura total em regiões específicas nos cromossomas 8, 13 e 20. A hibridação foi realizada em um de uma estação de hibridação (Hybstation12 - Perkin Elmer life Sciences, Zaventem, BE) e incubou-se durante 38 h a 37 ° C. Após a hibridação, as lâminas foram lavadas numa solução contendo formamida a 50%, 2 × SCC, pH 7 durante 3 minutos a 45 ° C, seguida por passos de lavagem 1 hora à temperatura ambiente com tampão PN (PN: 0,1 M fosfato de sódio, 0,1% de Nonidet P40, pH 8), 0,2 × SSC, 0,1 × SCC e 0,01 × SCC. aquisição imagem Editorial e análise de dados
Imagens das matrizes foram adquiridos por varrimento (tecnologias de Agilent Agilent DNA Microarray varredor, Palo Alto, EUA ) e quantificação de intensidades de sinal e de fundo para cada mancha para os dois canais Cy3 e Cy5 foi realizada por Imagene 5.6 software (Biodiscovery Ltd, Marina del Rey, CA, EUA). local fundo foi subtraído a partir do sinal intensidades medianas e tumores de referência proporções foram calculadas. As proporções foram normalizados contra o modo de as proporções de todos os autossomas. Os clones com pobre qualidade de um dos triplicados e hibridação com um desvio-padrão (DP) ≤ 0,22 e os clones com > 50% os valores em todos os adenomas faltando foram excluídos, deixando 4648 clones para análise posterior. Todas as análises subsequentes foram feitas considerando a posição clone do congelamento UCSC Maio 2004 do Caminho Dourado Humano.
Disposição CGH suavizar [42, 43], foi utilizado para a detecção automática de pontos de interrupção para determinar cópia ganhos e perdas numéricas. Uma vez que a variação na qualidade é observado em DNA obtido a partir de tecidos gástricos embebidas em parafina fixadas com formalina, foram aplicados os parâmetros de alisamento diferentes, dependendo da qualidade da hibridação. Para disposição CGH perfis com um desvio padrão menor ou igual a 0,15, entre 0,15 e 0,20 ou entre 0,20 e 0,22, a aplicada suavização parâmetros para determinar os ganhos e as perdas foram de 0,10, 0,15 e 0,20, respectivamente. Log 2 tumor para fazer referência a proporção acima de 1 foi considerado como amplificação. Análise
Estatística
análise de agrupamento hierárquico não supervisionado foi realizada para analisar as distribuições dos perfis genômicos de todos os adenomas usando software TMEV 3.0.3 [44] . Com base em log alisou normalizada 2 tumor para os rácios normais de intensidade de fluorescência, uma árvore hierárquica foi construído utilizando os parâmetros de ligação completa e distância euclidiana. Pearson teste do qui-quadrado foi utilizado para a análise de correlações entre membros do cluster e tipo adenoma (SPSS 11.5.0 para Windows, SPSS Inc, Chicago, IL, EUA).

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