Naša štúdia skúmala vzťah medzi myc Citácia :. De Souza CRT, Leal MF, Calcagno DQ, Costa Sozinho EK, Borges BDN, Čierna Hora RC, et al. (2013) MYC Editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japonsko Prijaté: 30. januára 2013; Prijaté: 12.04.2013; Publikované: 22.mája 2013 Copyright: © 2013 de Souza et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané Financovanie :. Autori ďakujeme Conselho Nacional de Desenvolvimento científica e Tecnológico (CNPq; CRTdS, AKCRdS, SEBdS, RRB a MdACS) a Fundação de Amparo à Pesquisa robiť Estado de Sao Paulo (FAPESP; DQC a MFL), ktoré podporujú túto štúdiu ako grantov a štipendií. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú Úvod karcinóm žalúdka je štvrtou najčastejšou typ rakoviny a zostáva druhou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu spojených s po celom svete [1]. Táto rakovina je zvyčajne diagnostikovaná v pokročilom štádiu a jeden následná liečba dostupná vyžaduje chirurgickú resekciu [2]. Tak, rakovina žalúdka je vážnym problémom verejného zdravia vo svete. Lepšie pochopenie biológie tohto nádoru je kritická a môžu byť užitočné pre vedenie liečbu pacienta, rovnako ako pre vývoj nových terapeutických možností. MYC MYC pochopenie MYC materiáloch a metódach Ethics Prehlásenie Všetky vzorky boli odvodené s písomný informovaný súhlas a schválenie z univerzitnej nemocnice (Bel, para, Brazília) etickými komisiami ( číslo protokolu :. 142004) klinických vzoriek 125 adenokarcinómu žalúdka a 67 zodpovedajúce nenádorových žalúdočných tkanivách (kontrolných vzoriek) boli získané chirurgicky od pacientov na João de Barros Barreto fakultnej nemocnice v Pará state, Brazil. Všetky predmety neboli vystavené buď chemoterapiu alebo rádioterapiu pred operáciou. Žalúdočné nádory boli klasifikované podľa Lauren [17] a nádory boli predstavené s použitím štandardných kritérií, podľa TNM predstavovať [18]. Tieto klinicko-patologické rysy sú uvedené v tabuľke 1 a 2. vyrezané vzorky nádorové a kontroly boli rýchlo zmrazený v kvapalnom dusíku až do purifikácie nukleových kyselín. Ďalší diel z rovnakých tkanív bol formalínu fixované a parafínu vložené. Pre fluorescenčné in situ hybridizácia (FISH Imunohistochemické analýzy pre MYC proteín boli vykonávané na 125 formalínom fixované, parafínových nádorových sekcií. Imunohistochemické farbenie bolo vykonané v súlade s Calcagno et al. genómovej DNA (gDNA), bola extrahovaná pomocou QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Nemecko) podľa inštrukcií výrobcu. Celková RNA sa extrahuje Tri-reagent® (Life Technologies, USA) podľa protokolu výrobcu. DNA a RNA koncentrácie a kvalita boli stanovené s použitím spektrofotometra Nanodrop (Kisker, Nemecko). Integrita RNA bola stanovená pomocou gélovej elektroforézy (1% agarózovom gélu). Všetky vzorky boli skladované pri -80 ° C až do použitia. Pre kvantifikáciu hladiny mRNA MYC Relatívna kvantifikácia (RQ) génovej expresie bola vypočítaná podľa Livak a Schmittgen [20]. Zodpovedajúce kontrolná vzorka bol označený ako kalibrátora z každého nádoru. FISH a qPCR boli použité na vyhodnotenie myc qPCR bola vykonaná za použitia kvantitatívnych TaqMan CNV testy (Life Technologies, USA) pre MYC MYC metylácie vzor a frekvencia MYC PCR reakcie boli vykonané s 0,1 umol /L z dNTP, 2 umol /l MgCl 2, 0,5 umol primérov, 1,25 U Taq DNA polymerázy a 100 ng bisulfitového modifikované DNA. Po počiatočnej denaturáciu 5 minút pri 94 ° C, 40 cyklov pri 9 4 ° C počas 45 s, 52,4 ° C počas 45 s a 72 ° C počas 30 sekúnd boli vykonané, nasleduje konečná extenzia po dobu 5 minút pri teplote 72 ° C. PCR produkty boli priamo nanesené na 3% agarosovém gélu a elektroforeticky. Gél bol zafarbený SYBR núdzovom DNA gél Stain (Life Technolgies, USA) a priamo vizualizované pod UV osvetlením. Ako pozitívna kontrola všetkých reakcií MSP, vzorka gDNA bola úplne methylata CPG pomocou metyláza (SSSI, New England Biolabs, USA) podľa inštrukcií výrobcu. . Okrem toho, že priméry pre divokého typu sa použili na monitorovanie kompletnú konverziu DNA získanej v bisulfitová reakcie Vzorky boli rozdelené, ako sú: 1) hypomethylated vzoriek, kedy bol pozitívny amplifikačnej produkt detekovaný iba v PCR s primermi špecifickými pre nemethylovaných sekvencie; 2) hypermethylated vzoriek, kedy bol detekovaný iba Pozitívne amplifikácie v PCR so špecifickými primermi pre metylovaných sekvencie; 3) čiastočné denaturovaný vzorky, keď sa zistili Pozitívne amplifikácie v PCR s dvoma sadami primerov. Tri exónov MYC PCR reakcie boli vykonané s 0,1 umol /l dNTP, 2 umol /l MgCl 2, 0,5 umol /l primérov, 1 u Taq polymerázy a 100 ng DNA. Podmienky PCR boli 95 ° C počas 10 minút, nasleduje 35 cyklov 1 min denaturácie pri 95 ° C, 1 min z žíhacie teploty (v rozmedzí od 59 do 61 ° C), a 1 min predĺženia pri 72 ° C. Amplikóny boli oddelené na 2% agarosovém gélu farbeného SYBR núdzovom DNA Gel Stain (Life Technolgies, USA) a priamo vizualizujú pod UV osvetlením. amplikóny boli sekvenované metódou Sanger [27]. Priame sekvenovanie bolo vykonané za použitia Cycle Sequencing kit Big Dye® Terminatorv3.1 (Life Technologies, USA) a analyzované na prístroji ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer (Life Technologies, USA) za použitia POP 7 polyméru. In silico mutácie prehliadka bola vykonaná pomocou Chromas Pre 1.5 (Technelysium Pty Ltd, Austrália). Referenčná sekvencia bola Gene ID: 4609 (NCBI). boli hlásené varianty s menej ako 1% minoritné alely frekvenciu. Patogenita missense mutácie bola hodnotená v analýze silico s použitím PolyPhen (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/) a SIFT (http://sift.jcvi.org). MYC normalita rozdelenia množstevných premenných bola testovaná podľa Shapiro-Wilk testu. Údaje, ktoré sa za normálnych okolností distribuované boli transformované (premena z-skóre), do normálnej distribúcie pre analýzu. Analýza MYC korelácia medzi expresiou mRNA a počet kópií bola analyzovaná testom Pearson, v ktorom je hodnota jeho korelačného koeficientu (r) pod 0,30 bola stanovená ako slabá korelácia, 0.30-0.70 ako médium korelácie, a nad 0,70 ako silná korelácia. Vo všetkých analýzach, interval spoľahlivosti 95% a p Výsledky MYC myc jadrový proteín bol zistený pozitívny v 76,8% (96/125) žalúdočného nádoru (Obrázok 1). expresia MYC proteín bola častejšie pozorovaná u črevnej typu, ako sú nádory difúznou typu ( p Hotel < 0,001, OR = 7,856, 95% interval spoľahlivosti = 2,803 - 22,013) (tabuľka 1). MYC imunologické bol tiež spájaný s neskorým nástupom (p = 0,026, OR = 3.276; 95% interval spoľahlivosti = 1.152-9.315), hlbší rozšírenie nádoru ( p úroveň prejavenia MYC Zisk MYC FISH a qPCR analýzy ukázali, že zvýšená myc Všetky vzorky žalúdočné rakovina prezentované pozitívne amplifikácia s nemethylovaný sady primérov. Je zaujímavé, že boli hypomethylated 86,4% vzoriek s rakovinou. Na druhej strane, prítomnosť nemethylovaných sekvencií na myc S ohľadom na génovej sekvenovania, žiadne nové mutácie bola detekovaná u nádorov žalúdka. Vzorky trinásť (10,4%), nádorové zobrazená aspoň jednu známu mutáciu, s variantmi na menej ako 1% menšia frekvenciu allele. Celkovo bolo identifikovaných 18 mutácií, sa 4 vzorky vykazujúce čo-sa vyskytujúce mutácie. Exóne 1, päť s GG a štyri s CG na rs117856857; jedna s GG na rs73707292; a štyri CT u rs4645949. V exóne 2, týkajúce sa missense mutácie, dva nádory kryl mutáciu v kodóne 47 majúce za následok zmenu z tyrozínu na histidín (rs114570780; preosiať predikcie = zdraviu škodlivý; PolyPhen predikcie = pravdepodobne škodlivá) a dve v kodóne 72 majúce za následok zmenu z prolínu k serínu (rs28933407; preosiať predikcie = tolerovať; PolyPhen predikcie = pravdepodobne poškodenie). Všetky nádor s mutáciou v exóne 2 predstavil jeden alebo dva známu mutáciu v exóne 1. Exon 2 Mutácia bola detekovaná iba u nádorov difúznej typu v pokročilom štádiu. Žiadna mutácie bola identifikovaná v exóne 3. Prítomnosť známych MYC Diskusia myc proteínu má vplyv na asi 15% génov v ľudskom genóme [30]. Tak, MYC deregulácia môže mať za následok zmeny v rôznych biologických dráhach v iniciácii a progresii rakoviny [5]. Avšak, až do dnešného dňa, je vzťah medzi myc chromozomálnych translokácií v MYC MYC nadmerná expresia je opísaná ako v rozmedzí od 15,6% do 100% primárnych karcinómov žalúdka [9]. In vitro štúdie s V tejto štúdii, 76,8% z nádorov žalúdka ukázal MYC imunoreaktivitu a všetky nádory, črevné a difúzny typ predstavil zvýšenú expresiu mRNA v porovnaní s ich párových kontrol. Ďalej sme pozorovali, že MYC imunoreaktivitu a zvýšená expresia mRNA boli spojené s hlbšie rozšírenie nádoru a prítomnosť metastáz. Tieto zistenia naznačujú, že MYC má úlohu v nádorovej metastázy šíri rýchlejšie, a tým aj agresivita, potvrdzujúce predchádzajúce štúdie [37]. Hoci niektoré analýzy predstavil malú veľkosť účinku, tieto zistenia sú tiež v súlade s predchádzajúcou štúdiu našej skupiny v primátov, v ktorých sme preukázali plynulé zvyšovanie MYC i keď, amplifikácia génu nemusí byť nutne spojená alebo potrebný na jeho nadmerné expresiu, naša štúdia ukazuje, že MYC imunoreaktivita, MYC DNA metylácie je účinný mechanizmus transkripčný represie. Správne genómovej metylácie-schémy sú hlboko zmenilo v rakovinových bunkách: boli pozorované ako zisky (hypermetylace) a straty (hypometylácii) metylovaného miest [52], [53]. Hypomethylace na špecifické promótory môžu aktivovať aberantne expresiu onkogénov a straty vtlačení v niektorých lokusov [44]. Zatiaľ málo štúdií diskutovali o vzťah medzi metylácie vzoru MYC stroje a jeho vplyv na génovú expresiu a na karcinogénne procesy. MYC Suzuki et al. Podľa nášho najlepšieho vedomia, MYC Podľa klasifikácie Laurena, adenokarcinóme žalúdka je zaradený hlavne do črevných a difúznych typov [17]. Črevné typu rakoviny žalúdka postupuje prostredníctvom série postupných krokov, počnúc atrofickú gastritídu s následnou črevnej metaplázia, intraepitelial neoplázie, a karcinómu [66]. Na druhej strane, difúzny typ zvyčajne nevyvíja z prekancerózne lézie [67], [68]. V tejto štúdii sme pozorovali, že črevná typu prezentované častejšie MYC imunoreaktivitu, rovnako ako väčší počet myc Naše výsledky naznačujú, že MYC
zmeny a klinicko-funkcií v karcinómov žalúdku. Hodnotili sme efekt MYC
expresie mRNA a jeho bielkovín imunoreaktivity, rovnako ako variácie počtu kópií, promotér metylácie DNA a bodové mutácie, v 125 adenokarcinómom žalúdka a 67 paried normálnom tkanive. Pozorovali sme, že 77% nádorov prezentované MYC imunoreaktivitu, ktorá bola významne spojené so zvýšenou expresiou mRNA ( p
menšie ako 0,05). Tieto pripomienky boli spojené s hlbším rozšírením nádoru a prítomnosť metastáz ( p Hotel < 0,05). expresia MYC proteín bol tiež častejšie pozorované v zažívacom typu ako v nádoroch difúznej typu ( p Hotel <0,001). Okrem toho myc
mRNA a expresie proteínu boli významne spojené s počtom kópií ( p Hotel < 0,05). Zisk myc
kópií bolo spojené s neskorým nástupom, črevné typu, pokročilom štádiu nádoru a prítomnosť vzdialených metastáz (p Hotel &0,05). Hypomethylated myc
promótorom bola zistená u 86,4% vzoriek nádoru. MYC
hypometylácii bolo spojené s difúznou typu, pokročilom štádiu nádoru, hlbšie rozšírenie nádoru a prítomnosť metastáz do lymfatických uzlín (p Hotel &0,05). Okrem toho osemnásť vzorky nádorov prezentované aspoň jednu známu mutáciu. Prítomnosť myc
mutácií bola spojená s difúznou typu nádoru ( p Hotel &0,001). Naše výsledky ukázali, že MYC
deregulácia bol spojený predovšetkým s chudobnými prognostických funkciou a tiež posilnila prítomnosť rôznych ciest zapojených do črevného typu a difúzna typu žalúdočné rakoviny. Tak, naše zistenia naznačujú, že myc
môže byť užitočným markerom pre klinickú stratifikácia a prognózu
Deregulácia v žalúdočnej rakoviny a jej klinicko dôsledky. PLoS ONE 8 (5): e64420. doi: 10,1371 /journal.pone.0064420
je jedným z najviac študovaných onkogénov vyplývajúcich od jeho spojenie s veľkým počtom ochorení [3]. MYC hrá úlohu v niekoľkých základných funkcií bunkovej biológie, vrátane regulácie bunkového rastu a proliferácie, metabolizmu, diferenciácie, apoptózy a angiogenézy (pre prehľad pozri [4], [5]). Z tohto dôvodu, MYC je integrátorom extracelulárnej a intracelulárnej signály, a jeho bunková fenotyp je závislá na mieste tkaniva [6], [7]. Nie je prekvapením, že deregulácia MYC funkcií prispieva k nádorovej fenotypu.
deregulácii v dôsledku amplifikácie génu [8], [9], chromozomálne translokácie alebo vloženie [10], [11] , mutácie [12], a epigenetické modifikácie [13], [14], bola hlásená u rôznych typov rakoviny, predovšetkým rakoviny žalúdka. MYC výraz je často zvýšená alebo deregulované u ľudských novotvarov [4], a zdá sa byť na križovatke niekoľkých dôležitých ciest a procesov zapojených do karcinogenézy [15], ktorý je kľúčovou udalosťou v žalúdočnej karcinogenéze [9]. Skôr, naša skupina preukázala, že MYC
mRNA expresie a kopírovať zvýšenie číselných počas postupných krokoch črevnej typu žalúdočnej karcinogenéze v ostatných primátov modelu [16], čo naznačuje, že MYC
máj byť zapojené do žalúdka iniciácii nádoru a progresie.
biológia je nesmierne dôležité objasniť svoju úlohu pri vzniku rakoviny žalúdka. Až do dnešného dňa neexistuje žiadna štúdia korelácii MYC
mutácie, zosilnenie, bielkovín /mRNA a metylácie v tomto neoplázie. Tu sme vyhodnotili vzťah medzi myc
zmeny a klinicko-funkcií v rakoviny žalúdka. Okrem toho, MYC
expresie mRNA a proteínu imunoreaktivity, rovnako ako niekoľko molekulárnych mechanizmov už skôr v súvislosti s jej deregulácii ako variácie počtu kópií (CNV), mutácie, a metylácie DNA, boli analyzované v rovnakej sade karcinómu žalúdka vzorky.
) testu, zostávajúce vzorka bol nádor členené ako bolo opísané skôr [19].
MYC imunoreaktivita
[10]. Nádorové tkanivá časti (3 alebo 4 mm hrubý) boli zbavené parafínu v xyléne a rehydratované v odstupňované rade etanolu. Po tepelnom vyvolané vyhľadanie epitopu, tkanivové rezy boli inkubované s primárnou myšou monoklonálnou protilátkou proti MYC (riedenie 1:50, sc-40, Santa Cruz Biotechnology, USA a Zymed®, USA). Sada Univerzálny peroxidáze konjugovanou sekundárnou protilátkou (LSAB System, DakoCytomation, USA) bol použitý pre detekčného systému. Použili sme 3,30-diamino-benzidín /H 2O 2 (DakoCytomation, Dánsko) ako chromogénu a hematoxylínom ako kontrastným farbivom. Akýkoľvek nukleárne škvrna s alebo bez cytoplazmatickej farbenie bol považovaný za pozitívny výsledok, a to bez ohľadu na intenzitu. Myc-pozitívny prípad bol definovaný ako ten, ktorý má 10% alebo viac nádorových buniek, pozitívne na tento proteín.
nukleovej kyseliny extrakcie
MYC
mRNA expresie
, celková RNA bola izolovaná od 49 spárovaných normálnych a nádorových tkanivách s využitím TRIzolu (Life Technologies, USA). RNA bola reverzne transkribovaných za použitia High-Capacity cDNA Archive Kit podľa protokolu výrobcu (Life Technologies, USA). Komplementárna DNA potom bola amplifikovaná pomocou real-time PCR s použitím TaqMan sond zakúpené ako testy-on-demand Výrobky pre génovú expresiu (Life Technologies, USA) v 7500 Fast real time PCR (Life Technologies, USA). GAPDH
gén bol vybraný ako vnútorná kontrola pre vstup RNA a reverznej transkripcii efektivitu. Všetkých real-time kvantitatívnej PCR reverznej transkripcie (RT-qPCR) bola vykonávaná v trojitom opakovaní pre cieľový gén ( MYC
: Hs00153408_m1) a vnútorná kontrola ( GAPDH
: NM_002046.3).
myc
počtom kópií
počtu kópií v podskupine 49 nádorov, ktorý bol použitý v štúdii výraze. FISH bola vykonaná podľa protokolu Pinkel et al.
[21] s Úpravy, ktoré Calcagno et al.
[22]. Bunky boli hybridizovány s Spectrum Orange
Probe (LSI Vysis /Abbott, Inc., IL) pre MYC
oblasť génu (8q24.12-q24.13) a jadra boli kontrastne 4 ', 6-diamidínov-2-fenylindolu antifade. Fluorescencie bola detekovaná s použitím Olympus BX41 fluorescenčného mikroskopu (Olympus, Japonsko) s excitáciou filtrov pre 4 ', 6-diamidínov-2-fenylindol (260 nm) a rhodamin (570 míľ). Pre každý prípad, 200 medzifázové jadra boli analyzované za použitia systému pre analýzu obrazu ASI (Applied Imaging Spectral, Israel). Pozitívne MYC
génovej signály sa objavil ako červené škvrny v jadrách a bola hodnotená s použitím kritérií Hopman et al.
[23]. Aby nedošlo k chybnej interpretácii v dôsledku technickej chyby, normálnych lymfocytov jadrami a normálne žalúdočnej tkanive boli použité ako kontrola. Výsledky FISH boli prezentované ako percento MYC
amplifikácie bunkou, v ktorej vypočítava percento buniek ukazuje 3 alebo viac signálov na myc
sonda po bunke.
génu (Hs01764918_cn) a pre vnútornú kontrolu RNázy P
(Ƹ3326). Multiplex qPCR reakcie boli vykonané v štyroch s gDNA v súlade s protokolom a cyklistické podmienok výrobcu v 7500 Fast real-time PCR (Life Technologies, USA). Relatívny počet kópií bola odhadnutá pre každú vzorku pomocou kopírovania volajúceho Software V1.0 (Life Technologies, USA). Komerčné ľudskej gDNAs (G1521 a G1471, Promega, USA) boli použité pre kalibráciu
metylácie
promótor boli nasledovné: F5'-TAGAATTGGATTGGGGTAAA-3 'a R5'-CCAACCAAAAATCAACATGAAT-3 "pre nemethylovaných reakcie (predpokladaná veľkosť 291 bp produkt); F5'-TAGAATTGGATCGGGGTAAA-3 'a R5'-CGACCGAAAATCAACGCGAAT-3 "pre metylesterov reakcií (očakávaná veľkosť produkt 290 bp), ako je popísané predchádzajúca [26].
MYC
genotypu
gén boli vybrané pre analýzu mutácií vo všetkých 125 vzorkách s rakovinou žalúdka. Tieto boli navrhnuté priméry pre PCR amplifikáciu a sekvenovanie: exón 1 F5'-TTTATAATGCGAGGGTCTGGA-3 'a R5'-GCATTCGACTCATCTCAGCA-3' (očakávaná veľkosť produkt 654 bp); exón 2 F5'-CTGCCTCCCGCTTTGTGT-3 'a R5'-TTTGATGAAGGTCTCGTCGT-3' (očakávaná veľkosť produktu 423 bp), F5'-TGGGAGGAGACATGGTGAA-3 'a R5'-TGCCAATGAAAATGGGAAAG-3' (očakávaná veľkosť produkt 507 bp); exón 3 F5'-TGTCCAGAGACCTTTCTAACGTAT-3 'a 5'-CCGTAGCTGTTCAAGTTTGTG-3' (očakávaná veľkosť produkt 663 bp), 5'-TGTCCGTCCAAGCAGAGG-3 'a 5'-TGATGAAAACAAACAGGGATG-3' (očakávaná veľkosť produkt 639 bp).
Štatistická analýza
metylácie, imunoreaktivita pomer šancí mutácie alebo jeho výrobkov z kože (OR) pre clinicophatological funkcií bola odhadnutá pomocou logistickej regresie. Vek pri odbere vzoriek žalúdočnej tkaniva bola definovaná ako kovarianciou v regresie modelu.
expresie mRNA a čísla kópie boli vykonané valné lineárnych modelov (GLM) s úpravou pre vek, ktorý poskytuje veľkosť účinku a pozoroval výkon (OP) každej analýzy. Veľkosť účinku pre GLM analýzy bola založená na Eta druhú (η 2), v ktorom 0,15 a ďalej bola stanovená ako malé veľkosti účinku, 0.16-0.40 ako strednej veľkosti účinku, a nad 0,40 ako veľké veľkosti účinku.
hodnoty menšie ako 0,05 boli považované za významné.
zosilnenie je známe, že súvisí s vysokým obsahom bielkovín /mRNA expresie v žalúdočnej karcinogenéze [28], však, na nášho najlepšieho vedomia, len málo štúdií boli vykonané opísať úlohu metylácie a MYC
mutácie v tomto procese. Na dosiahnutie tohto cieľa sme analyzovali 125 prípadov, v ktorých 68% boli muži a 32% boli ženy. Priemerný vek našej vzorkovej sady bol 62 rokov (rozmedzie 26-89 rokov). Mierne vyšší výskyt črevnej typu (56,8%) a non-cardic (58,4%) nádorov boli pozorované (pozri tabuľku 1 a 2).
= 0,045, OR = 2,975, 95% interval spoľahlivosti = 1,027 -8,623), a prítomnosť vzdialených metastáz ( p Hotel &0,001, OR = 17,682, 95% interval spoľahlivosti = 3,914 - 79,882) (tabuľka 1). Futhermore, MYC imunoreaktivita bola spojená so zvýšenou expresiou mRNA ( p
= 0,003, η 2 = 0,178, OP = 0,870) a myc
počet kópií FISH ( p
= 0,009, η 2 = 0,139, OP = 0,759) a qPCR ( p
= 0,003, η 2 = 0,177, OP = 0,869) (tabuľka 1).
mRNA bola vyššia vo všetkých vzorkách nádorov než ich párových kontrol (RQ = 3,39 ± 0,14, rozsah 1.57-5.18). Zvýšená MYC
mRNA expresia bola spojená s hlbším rozsahu tumoru ( p = 0,006
, η 2 = 0,152, OP = 0,801), prítomnosť lymfatických uzlín ( p = 0,023
, η 2 = 0,107, OP = 0,632) a vzdialené metastázy ( p Hotel < 0,001, η 2 = 0,788, OP = 1) (tabuľka 2 ). Naviac hladina mRNA bola priamo koreluje s myc
počet kópií ( p Hotel &0,01; r = 0,716).
kópia bola nájdená vo všetkých vzorkách, adenokarcinómu žalúdka ryby a qPCR testy. FISH, stredné percento buniek prezentujúca MYC
amplifikácia bola 72,1% (rozsah 50 až 83,5% buniek s zosilnenie) (Obrázok 2 A a B). Stredná hodnota myc
kópie podľa qPCR bol 4,5 (rozmedzie 3 až 9 kópií) (Obrázok 2 C).
počtu kópií bolo spojené s neskorým nástupom ( p Hotel < 0,001; η 2 = 0,257, OP = 0,976; p
= 0,025; η 2 = 0,103, OP = 0,662, príslušne), rakovina čriev typu ( p
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,557; p
= 0,009; η 2 = 0,139, OP = 0,762, príslušne), a prítomnosť vzdialených metastáz ( p
= 0,001; η 2 = 0,221, OP = 0,942; p Hotel < 0,001; η 2 = 0,356, OP = 0,999, v danom poradí). Okrem toho, MYC
amplifikácie metódou FISH bolo spojené s pokročilým nádorovým stupňoch ( p
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,558), ale iba dva skoré nádory analyzované v tejto podmnožiny vzoriek (tabuľka 2).
promótorom bola zistená u 28,4% z kontrolných vzoriek (čiastkové methylata vzoriek), čo naznačuje, že strata metylácie v týchto vzorkách (obrázok 3). Primery ľudovej špecifickosť a MSP výsledky boli potvrdené pomocou PCR prístupu hydrogensiričitan radenia (BSP) [29], v ktorej náhodne vybraných päť hypomethylated vzoriek; päť hypermethylated vzoriek a päť čiastkových vzoriek methylata (dáta nie sú uvedené). MYC
hypometylácii bola častejšie pozorovaná v difúznym typu v porovnaní s rakovinou žalúdka intestinálneho typu ( p
= 0,007; OR = 8,554; 95% CI = 01,798 - 40,695, s použitím difúzny typu ako referenčná skupina). Okrem toho MYC
hypometylácii bolo spojené s pokročilým nádorovým stupňoch ( p
= 0,033; OR = 6,602; 95% CI = 1,162 - 37,501), hlbší rozšírenie tumor ( p
= 0,022; OR = 4,752; 95% CI = 1,257 - 17,965), a prítomnosť lymfatických uzlín ( p
= 0,032; OR = 5,12, 95% CI = 1,149 - 22,814) (tabuľka 1).
mutácií bola spojená s nádormi difúznou typ ( p
= 0,004, OR = 21,717, 95% CI = 2,678 - 176,111; použitím difúzny typ ako referenčnej skupine) a prítomnosť vzdialených metastáz ( p
= 0,032, OR = 4,492, 95% interval spoľahlivosti = 1,141 - 17,679).
zmeny a klinicko-parametroch nebol dobre pochopený. Naše vzorky predstavoval pomer medzi mužom a ženou z 2: 1 a väčšina pacientov boli starší ako päťdesiat päť. Okrem toho, črevné typu rakoviny žalúdka bola častejšia než difúzneho typu a nádory boli častejšie u non-kardio. Tieto epidemiologické údaje sú v súlade s predchádzajúcimi štúdiami [28], [31] - [33].
oku je veľmi commun v krvotvorných nádorov. Avšak, v pevných ľudských nádorov, ako je rakovina žalúdka, myc
zmeny sú zvyčajne v dôsledku amplifikácie génu [34]. Okrem toho MYC
je považovaná za najčastejšie zosilnený gén kódujúci proteín naprieč všetkými typmi rakoviny [35]. V tejto štúdii sme pozorovali tri alebo viac MYC
kópie génu u všetkých nádorov žalúdka študovali, potvrdzujúci s predchádzajúcimi štúdiami v primárnych nádorov žalúdka jednotlivcov z našej populácie [10], [28], [36] - [39], ako aj z východnej Ázie, Európy a [40] - [42]. Aj, MYC
amplifikácie bola pozorovaná v plazme [43] a v žalúdočných nádorových bunkových línií so sídlom v našej skupine [44] - [47]. Navyše, naša skupina pozoroval, že klonálnej vysoká zosilnenie MYC
je v difúznym typu menej časté ako v primárnej rakoviny žalúdka intestinálneho typu [10], [22], [28], a to bol posilnený táto štúdia.
zrazil dole myc expresie v žalúdku rakovinových bunkových líniách preukázali kľúčovú úlohu MYC prejavu v žalúdku rastu nádorových buniek, prežitie a udržanie parametrov nádorových buniek, ktoré môžu prispieť k malígnym potenciálom [48 ]. Okrem toho, Mehndiratta et al.
, [49] vykazovala významný pokles (40%) v MYC expresie oboch mRNA a proteínu a jeho následné cieľa s použitím siRNA.
mRNA expresie a počtu kópií počas postupné kroky črevnej typu žalúdočnej karcinogenézy v N-metyl-nitrosomočovina (MNU) -treated primátov [16]. Na druhej strane, akékoľvek spojenie medzi MYC a histologického stupňa, umiestnenie nádoru, lymfatických uzlín, alebo patologického fáza bola detekovaná v žalúdku štúdie rakoviny vyvinutého v čínskej populácie [50], posilňovanie, že etnický pôvod postihnutého populácie môže viesť k biologicky a klinicky rakovinou žalúdka podmnožiny [51].
mRNA, a počet kópií bolo v priamej korelácii.
hypometylácii bol predtým spájaný s onkogénne progresie a metastáz indukcie na potkaním modelu rakoviny pečene [54] a vo vzorkách ľudských kolorektálnym karcinómom, [55]. Okrem toho MYC
hypometylácii bol tiež spájaný s myc
expresie v žalúdočných nádorov [26], [56] - [58] a bunkových línií [48]. Avšak sme neboli schopní pozorovať významný vzťah medzi MYC
hypometylácii a jeho vyjadrenia v našich vzoriek. Medzi inými faktormi, tento nedostatok asociácie môže byť spôsobená prítomnosťou MYC
amplifikáciu vo všetkých nádorov hypomethylated organizácií (86,4% vzoriek), a tým, maskovanie možný účinok tohto epigenetické zmeny na MYC
regulácia transkripcie.
[59], už skôr ukázali, že vysoká úroveň hypometylácii bola indikátorom zlej prognózy ako v žalúdku a hrubého čreva, a epigenetické zmeny boli závisí od veku, vyskytujúce sa pred genetickými zmenami. V tejto štúdii, niektoré ovládacie prvky už predstavila nemetylované sekvencie vo myc
promótor. Navyše sme preukázali, že MYC
hypometylácii bola spojená s agresívnejším fenotypom (nádoru agresivita, prítomnosť metastáz lymfatické uzliny a histologických typov rakoviny). Tieto zistenia naznačujú, že MYC
demetylácia môže byť nahromadené v priebehu progresie nádoru, a to by mohlo byť bežná udalosť v žalúdočnej carinogenesis [60], [61], pretože tento mechanizmus bol pozorovaný u iných génov v niekoľkých typov nádorov [ ,,,0],62], [63]. Ako už bolo navrhnuté pre DNA hypermetylace [64], môže byť promótor hypometylácii používaný ako nová generácia biomarkerov a drží diagnostickú a prognostickú prísľubom pre klinické pracovníkov.
génu exóny neboli nikdy kompletne sekvenovania v ľudských nádorov žalúdka. Tu sme sekvenované tri exóny MYC
: 1 exón je nekódujúcej proteín, exóny 2 a 3 sú proteín-kódujúce [pre prehľad pozri (Pelengaris & Khan, 2003)]. Nenašli sme žiadnu novú mutáciu, však sme pozorovali, že 4 nádory prezentované missense mutácie (rs114570780 a rs28933407) na exónu 2. Tieto mutácie boli v evolučnom konzervatívnej sekvencie MYC
: transaktivační doménu [4] , [65]. Okrem toho, ako možno identifikovať mutácie boli považované za pravdepodobne poškodenie v závislosti od softvéru PolyPhen. Zmena prolínu za serín v kodóne 72 bola tiež už skôr označená ako patogénne variant v databáze NCBI (dbSNP http://omim.org/~~HEAD=pobj). Takto sa obe mutácie v exóne 2 môže mať vplyv na aktivitu MYC nádorov žalúdka. Okrem toho, prítomnosť MYC
mutácií bola spojená s vzdialených metastáz. Avšak, ďalšie šetrenie sú potrebné na objasnenie, ak myc
mutácie hrajú úlohu v metastatického procesu.
kópií, ako sú nádory difúzneho typu, čo potvrdzuje s predchádzajúcimi štúdiami našej skupiny [10] , [22], [28], [38]. Okrem toho, MYC
hypometylácii a bodové mutácie boli častejšie pozorované v difúznym typu v porovnaní s nádormi črevnej typu. Tak, naše výsledky dokazujú, že tieto dve histologické podtypy sledujú rôzne genetické dráhy a môžu sa vytvoria dve oddelené entity [67].
nadmernej expresie a promótor hypomethylace môžu mať role v žalúdočnej procese karcinogenézy. MYC
deregulácia bol spojený predovšetkým chudobným prognostických funkcií. Naše výsledky tiež posilniť prítomnosť rôznych ciest zapojených do črevného typu a difúzna typu žalúdočné rakoviny. Tak, naše výsledky naznačujú, že MYC môže byť užitočný marker pre klinické stratifikácia a prognózou.
Strata črevnej epiteliálnej bariéry zodpovedná za MIS-C súvisiacu s COVID-19 u detí,
Výskum sa zameriava na aerobiómy,
Nové interakcie hostiteľ-vírusový-mikrobióm počas COVID-19 môžu určiť výsledok
Zloženie a štruktúra nazofaryngeálneho mikrobiómu súvisí so závažnosťou ochorenia COVID-19
Hydrogen Breath nepochádza z atola Bikini
PENTAX Medical zvyšuje 125 dolárov,
Strava a výživa ovplyvňujú mikrobiómy v sliznici hrubého čreva
Strava je dôležitá pre udržanie zdravia ľudí, ale jeho základný mechanizmus ešte nie je úplne pochopený. Teraz, tím vedcov osvetľuje spojenie stravy a zdravia, a má to niečo spoločné s mikrobiómovým z
Za zistenie zmien metabolizmu môžu zodpovedať črevné imunitné bunky
Nová štúdia ukázala, že imunitné bunky v čreve môžu súvisieť s rýchlosťou metabolizmu. Výsledky novej štúdie s názvom Črevné intraepiteliálne T bunky kalibrujú metabolizmus a urýchľujú kardiovaskulárn
Nový nástroj na dešifrovanie črevného mikrobiómu
Milióny baktérií žijúcich v čreve zohrávajú veľmi dôležitú úlohu v zdraví a chorobách. Avšak, neustálym problémom je nepochopenie skutočného zloženia zdravého črevného mikrobiómu. Teraz, skupina ved