Ploche ONE: prognostický význam Tag SNP rs1045411 v HMGB1 agresívne rakoviny žalúdka v čínskej populácie

Abstract

Presvedčivé dôkazy naznačujú, že skupina vysoká mobilita box-1 (A HMGB1) gén zohráva kľúčovú úlohu v rozvoji a progresii rakoviny. Cieľom tejto štúdie bolo vyhodnotiť dopady jednonukleotidových polymorfizmy (Snps) vo HMGB1
gén na prežitie rakoviny žalúdka (GC) pacientov. Tri tag SNP od HMGB1
génu boli vybrané a genotyp pomocou Genotypizácia systému Sequenom veľtrhu IPEX v kohorte 1030 GC pacientov (704 vo výcviku sade, 326 Pri validačnej sade). Multivariačný Cox modelu úmerná ohrozenia a Kaplan-Meier krivky boli použité pre analýzu prognózy. AG /AA genotypy SNP rs1045411 vo HMGB1
gén boli významne spojené s lepšou celkové prežívanie (OS) v sade 704 pacientov GC v porovnaní s GG genotypom (HR = 0,77, 95% CI: 0.60-0.97 P
= 0,032). Táto prognostická účinok bol overený v nezávislom sade validácie a zlúči analýzy (HR = 0,80, 95% CI: 0,62 až 0,99, P
= 0,046; HR = 0,78, 95% CI: 0,55-0,98 P
= 0,043, v danom poradí). V stratifikovaná analýze, ochranný účinok rs1045411 AG /AA genotypov bolo výraznejšie u pacientov s nepriaznivým vrstvy, v porovnaní s pacientmi s priaznivým vrstiev. Okrem toho boli zaznamenané silné spoločné prognostické účinky na OS pacientov GC medzi rs1045411 genotypov a Lauren klasifikácie, diferenciácie, tribúna alebo adjuvantnej chemoterapie. Okrem toho, funkčný test ukázali významný vplyv rs1045411 na HMGB1
výrazu. Naše výsledky naznačujú, že rs1045411 v HMGB1
je významne spojená s klinickými výsledkami u čínskych pacientov GC po operácii, a to najmä u pacientov s agresívnym stavu, ktorý vyžaduje ďalšie overovanie v ďalších etnických skupinách

Citácia .: Bao G, Qu F, L on, Zhao H, Wang N, Ji G, et al. (2016) prognostický význam Tag SNP rs1045411 v HMGB1
agresívne rakoviny žalúdka v čínskej populácie. PLoS ONE 11 (4): e0154378. doi: 10,1371 /journal.pone.0154378

Editor: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute Spojené štáty

prijatá: 23. januára 2016; Prijaté: 12.04.2016; Uverejnené: 26.dubna 2016

Toto je otvorený článok prístupový bezplatne všetky autorské práva, a môže byť voľne reprodukovať, distribuovať, prenášať, úprave, postavený na, alebo inak používať ktokoľvek, pre akýkoľvek zákonný účel. Práca je sprístupnený v rámci public domain venovanie Creative Commons CC0

Data Dostupnosť: .. Všetky relevantné údaje sú v papiera a jeho podporné informácie súbory

Financovanie: Táto práca bola podporená granty z Národnej prírodnej Science Foundation Číny (No. 81272201 a č 81572916 GB; No. 81200330 až SZ)

protichodnými záujmami :. autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

. Úvod

rakovina žalúdka (GC) je štvrtou najčastejšou rakovinou na svete, čo predstavuje asi 8% nových karcinómov a 10% všetkých úmrtí na rakovinu [1]. Z týchto prípadov, 70% došlo v rozvojových krajinách, a polovica z celkovej svetovej produkcie došlo vo východnej Ázii, predovšetkým v Číne [2]. Počas niekoľkých posledných desaťročí, a to napriek značnému zvýšeniu investícií a pokroky v diagnostike a liečbe GC, celkové prežívanie (OS) pre pokročilých GC je stále skľučujúca, pričom miera prežitia 5 rokov menej, že 25% [3 ]. V súčasnej dobe, prežitie a prognózu pacientov stále GC závisí na štádiu nádoru v čase diagnózy. Avšak, vzhľadom k jasne značné rozdiely v rovnakej fáze, nádor fáze samo o sebe nestačí predvídať prognózu GC [4]. Preto, aby sa objavovať nové molekulárnej podpisy ako spoľahlivé prognostické markery pre GC je veľmi dôležité a náročné. V posledných rokoch, štúdie sa zamerali na skúmanie genetických variantov, ktoré môžu viesť k rozvoju a progresii GC [5].

skupina na vysokej mobility box-1 (A HMGB1), významný člen skupiny high-mobility proteín nadčeľade, obsahuje dve 80-aminokyseliny DNA-väzbové domény (a-box a B-box) a kyslú karboxylovú tail [6]. Funguje ako chromatínu štrukturálne proteín v jadre a prezápalového cytokínu extracelulárne. Ako jadrového proteínu HMGB1 sa viaže nešpecificky na vedľajšiu žliabku DNA a uľahčuje montáž cieľov DNA site-specific [7]. Na rozdiel od toho extracelulárnej HMGB1 pôsobí ako cytokín, ktorý sa šíri Infekcia alebo zranenia-vyvolal zápalových reakcií [8]. Konštanta uvoľňovanie HMGB1 z nekrotických nádorových buniek môže vytvoriť mikroprostredie pripomínajúci chronický zápal; Podmienkou známe, že prispievajú k rozvoju epiteliálnych malignít, najmä zápal súvisiace s rakovinou [9]. V skutočnosti, početné štúdie vopred preukázaná zvýšená expresia HMGB1 v mnohých typov rakoviny [10-13], vrátane GC [14]. Okrem toho, presvedčivé dôkazy ďalej potvrdili, že HMGB1 nadmerná expresia úzko súvisí s rozvojom nádoru tým sprostredkováva proliferáciu, inváziu a migráciu nádorových buniek [15, 16]. Z tohto dôvodu, HMGB1 môže byť zaujímavou kandidátom ako nový prognostický marker alebo terapeutické ciele pre GC.

Kumulatívne dôkazy naznačujú, že genetické pozadie môžu mať vplyv na riziko a prognózu GC [17]. Jedného nukleotidu polymorfizmus (SNP) je najbežnejší genetická variabilita, a môžu byť sľubné náhradné biomarkery genetické pozadie pacientov predpovedať liečebnú odpoveď a prognózu [18]. Genetické varianty boli identifikované v ľudskej HMGB1
gén [19], ale vzťah medzi HMGB1
polymorfizmu a výsledku GC prežitie nebola nikdy určená. Vzhľadom na kľúčovú úlohu HMGB1 v rozvoji a progresii rakoviny, je pravdepodobné, že polymorfizmy HMGB1
môže mať vplyv na klinické výsledky z GC. Na tomto mieste sme hodnotili účinky troch značiek SNP v HMGB1
na klinických výsledkoch 1030 čínsky GC pacientov (704 vo výcvikovom sete, 326 v nezávislom sade validácie), ktorí dostávali radikálne liečbu resekcia. Navyše účinok identifikovanej relevantné tag SNP na reguláciu génovej expresie bola ďalej skúmaná pomocou in vitro
funkčným testu. Podľa našich najlepších vedomostí, jedná sa o prvý šetrenie asociácie medzi polymorfizmy HMGB1 stroje a klinický výsledok GC.

materiáloch a metódach

etika

Táto štúdia bola schválená Etického výboru štvrtého Vojenskej lekárskej univerzity. Tieto postupy boli vykonávané v súlade so schválenými usmerneniami a Helsinskej deklarácie 1964 a jeho neskorších zmien alebo porovnateľných etických štandardov. Podpísaný informovaný súhlas bol získaný od každého účastníka obsiahnuté v štúdii.

Štúdium populácie

celkom 1030 čínskych pacientov Han s primárnym adenokarcinómom žalúdka boli zaradené z dvoch nezávislých lokalít, Tangdu nemocnice a Xijing nemocnice chorôb zažívacieho traktu, v Xi'an, Čína. Všetky prípady GC dostal chirurgickú resekciu a nemal v anamnéze rakoviny alebo akékoľvek predoperačné protinádorová liečba alebo krvnú transfúziu priebehu 3 mesiacov pred chirurgickým zákrokom. Neboli zistené žiadne vek, pohlavie, alebo obmedzenie štádiu pre prípad náboru. Medzi nimi 704 pacientov (Katedra všeobecnej chirurgie, Tangdu nemocnice v období od júla 2008 do júna 2013) boli použité ako tréning stanovené v tejto štúdii. Ďalšia skupina 326 pacientov (Xijing nemocnice chorôb zažívacieho traktu, v období od januára 2008 do decembra 2010) boli použité ako samostatná sada validácia. Cieľom bolo zistiť klinicky významnú prognostickú hodnotu SNP v rámci HMGB1
génu z tréningového sady a skúša to v nezávislom sade overení.

Demografické a klinické údaje

demografické a klinické údaje boli zhromaždené pomocou rozhovorov osobne na prvej návšteve alebo follow-up na klinikách, lekárskych záznamov, alebo konzultácie s ošetrujúcich lekárov, vrátane veku, pohlavia, etnického pôvodu, rezidenčnej oblasti, stanovenie diagnózy, čas operácie a /alebo adjuvantnej chemoterapie (ACT), doba relapsu a /alebo smrť, štádiom nádoru, Lauren klasifikácie, diferenciácia histologickom type a liečebného protokolu. Nadväzujúce informácie boli aktualizované v 6-mesačných intervaloch prostredníctvom on-site rozhovor, telefónne komunikácie, alebo preskúmanie zdravotnej dokumentácie vyškolenými výskumnými odborníkmi. Najnovšie follow-up termín bol stanovený 06. 2015 a medián follow-up doba bola 51 mesiacov (rozmedzie 6-89 mesiacov). Percento pacient stratil pri sledovaní bola 9,8%. OS bola definovaná ako čas od operácie do GC-špecifické smrti. RFS (recidíva-free survival) bola definovaná ako čas od operácie do dátumu prvej recidívy alebo vzdialených metastáz GC. Pacienti živý v tej poslednej kontroly boli cenzurované.

Zber, spracovanie a uchovanie vzoriek

Pred operáciou, 5 ml žilovú krv bola odobratá z každého GC pacientov k extrakcii DNA pomocou E.Z.N.A. Krv DNA Midi Kit (Omega Bio-Tek, Norcross, GA, USA). Šesťdesiat žalúdočné rakovinové tkanivá boli zhromaždené súčasne z množiny validácie pre real-time kvantitatívnej PCR reverznej transkripcie (RT-PCR) testy.

výber SNP a genotypizácia

Kandidát tag SNP výber A HMGB1
génu bol vykonaný ako je dvojfázový postup. Po prvé, sme použili sadu webových výberu SNP nástrojov (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm) pre vyhľadanie kandidátske SNP na HMGB1
[20]. Všetky potvrdené polymorfizmy v HMGB1
oblasť génu, vrátane 5 kb proti prúdu od prvého exónu a 5 kb po prúde od posledného exónu, boli považované za kandidát SNP. Tieto SNP s menšou frekvenciou alely ≥ 5% v HapMap CHB (Číňanov v Pekingu) populácie a pairwise väzbové nerovnováhe štvorcový korelačný koeficient (r ^{2) > 0,8 boli vybrané ako kandidátnych SNP. Po druhé, tag SNP boli vybrané z týchto kandidátnych SNP pomocou databázy Medzinárodnej HapMap Project Phase II čínskej populácie (http://www.hapmap.org/~~HEAD=pobj, pristupovať 18. novembra 2013) a HAPLOVIEW verzie 4.2. A konečne, tri značky SNP (priemer r 2 = 0,981) boli vybrané: rs1045411 (G > A), rs1412125 (T > C) a rs2249825 (C > G) .Genotyping sa vykonáva za použitia Genotypizácia systému Sequenom Iplex (Sequenom Inc., San Diego, CA, USA) podľa protokolu výrobcu. Laboratórne osoby, ktoré vykonával testy genotyping boli oslepení k informáciám pacientov. Boli použité vnútornej kontroly kvality a negatívne kontroly, aby bola zaistená presnosť Genotypizácia a 5 vzoriek bolo náhodne vybraných a genotyp v dvoch vyhotoveniach s 100% zhodou. Sadzba volania pre genotypizáciu pohybovala medzi 99,3% a 99,7%. Detailné informácie o SNP a výsledky genotypu boli uvedené v tabuľke S1.}

Funkčný test

Funkčné účinky tag SNP rs1045411 nachádza v 3 'UTR HMGB1 génu
boli skúmané pomocou použitím luciferázového reporterového testu. V stručnosti, 49 bp dvojité vlákno DNA nesúci buď divokého genotypu alebo variant genotyp rs1045411 bol syntetizovaný a klonovaný do pMIR-REPORT vektora (Ambion, Austin, Texas, USA) za použitia reštrikčných enzýmov Spe I a Hind III (Takara, Dalian, Čína). Všetky konštrukty boli potvrdené DNA sekvenovaním. Ľudské GC bunkové línie SGC-7901 a ľudské embryonálne obličkové bunkové línie HEK-293T, v ktorom má-MIR-505 sa identifikované byť pozitívne vyjadrené pomocou TaqMan microRNA Reverse Transcription Kit (Applied Biosystem, Foster City, CA, USA), ako bolo predtým opísal [21], boli kotransfekovány buď pMIR-rs1045411-a alebo pMIR-rs1045411-G (200 ng /jamku) s alebo bez anti-MIR-505 (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) a vnútornej kontroly reportérovým plazmidom pRLTK (Promega, Madison, WI, USA) (20 ng /jamku) za použitia Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) na 24-jamkové doštičky s 2 x 10 ^{5 buniek na jamku. SGC-7901 a bunkové línie HEK293 boli zakúpené od Type Culture Collection čínskej akadémie vied (CAS) (Shanghai, Čína), kde boli overené detekciu Mycoplasma, DNA-Fingerprinting, detekcia isozymů a detekcia bunkovej vitality. Mrazená fľaštička z každého 147 bunkovej línie, ktorá bola okamžite rozšírené a mrazené, keď je dostal od dodávateľa, bol oživený a použitý pre túto štúdiu. Po 48 hodinách boli bunky odobraté stanovenia aktivity luciferázy pomocou reportérového testovacieho systému kit dual-luciferázy (Promega, Madison, WI, USA) s luminometra (Tecan, Mannedorf, Švajčiarsko). Všetky transfekcia boli vykonávané v triplikátech a všetky experimenty boli nezávisle opakuje trikrát.}

Pre ďalšie zhodnotenie účinku tag SNP genotypy rs1045411 na expresiu HMGB1
mRNA, celková RNA bola izolovaná z 60 vzoriek tkaniva GC (30 s genotypom AA a 30 s AG /GG genotypov rs1045411) v súlade s pokynmi výrobcu. Potom, cDNA boli syntetizované za použitia PrimeScript RT reagentné súpravy (Takara, Dalian, Čína). RT-PCR bola vykonaná s použitím nasledujúcich HMGB1
primérov: vpred, 5'-TAAGAAGCCGAGAGGCAAAA-3 '; reverznej, 5'-AGGCCAGGATGTTCTCCTTT- 3 ', a β-aktínu bol použitý ako vnútorná kontrola (primery: vpred, 5'-AAGACGTACTCAGGCCATGTCC-3', reverzné, 5'-GACCCAAATGTCGCAGTCAG-3 ') [13]. Relatívna expresia HMGB1
mRNA bola stanovená s použitím metódy relatívnej kvantifikácie a 2 ^{-ΔΔCt analýzu.}

Štatistická analýza

Štatistika analýzy boli vykonávané s použitím IBM software SPSS Statistics 19.0 (IBM). Normálne distribuované kontinuálne premenné boli vyjadrené ako priemer ± SD, zatiaľ čo abnormálne distribuované kontinuálne premenné boli vyjadrené ako stredná hodnota a rozsah. Pearsonovho χ ^{2-test bol použitý pre testovanie rozdielov kategorických premenných. Rozdiel normálne distribuované kontinuálne premenné medzi dvoma skupinami bola analyzovaná za použitia Študent je t
-test, zatiaľ čo Mann-Whitney U test bol použitý pre porovnanie abnormálne distribuovaných kontinuálne premenné. Multivariačný Cox proporcionálny nebezpečenstvo regresný model bol použitý na zhodnotenie vplyvu jednotlivých SNP a charakteristiky pacientov na OS alebo RFS. pomery rizík (h) a 95% intervaly spoľahlivosti (CIS) sa odhadli s úpravou pre vek, pohlavie, Lauren klasifikácie, diferenciácie, TNM štádiu a ACT. Kaplan-Meierove krivky a log-rank testy boli taktiež použité pre vyhodnotenie účinku jednotlivých SNP na dobu prežitia. Štatistiky významnosť bola stanovená na úrovni 0,05 a všetko P
hodnoty uvedené v tejto štúdii boli obojstranný.}

Výsledky

Distribúcia charakteristík pacientov a prognóza analýza

vlastnosti GC pacientov boli zhrnuté v tabuľke S2. Vzhľadom na neskorší dátum ukončenia zápisu pacienta pre tréningové súpravy, priemerné sledovanie v kratšia v tréningovom sete (46 mesiacov, v rozmedzí od 6 do 80 mesiacov) než v samostatnej sade validačný (72 mesiacov, počnúc 6 do 89 mesiacov). Teda v porovnaní s pacientmi v nezávislom sade overovania, tí v tréningovom sete mali nižší výskyt relapsu (58,4% vs.
. 66,8%, P
= 0,005) a úmrtia (41,4% vs
. 55,8%, P
= 0,001). Neboli zistené žiadne rozdiely medzi trénovacej množiny a overovanie stanovené z hľadiska veku, tumor miesto, Lauren klasifikácie TNM štádium, diferenciácie a ACT ( P
hodnota v rozmedzí od 0,082 do 0,898). Na poslednej kontrole, 641 pacientov (423 a 218 do odbornej prípravy a validácie set, v uvedenom poradí) vyvinula relapsu a 482 zomrelo (300 a 182 do odbornej prípravy a validácie set, v tomto poradí). Multivariačný Cox regresná analýza ukázala, že tam boli významne vyššie smrti a recidívy rizík u pacientov s difúznym typu, zlá diferenciácie a nádorové štádia III a IV v porovnaní s tými pacientmi s črevným typu, ako /mierne diferenciácie a nádorové štádium I a II medzi trénovacej množiny, validácia set a združená analýza. Okrem toho, na báze platiny ACT po operácii ukázala významný ochranný účinok ako na OS a RFS pacientov GC (S3 tabuľka).

Združenie HMGB1
SNP sa klinický výsledok u pacientov s GC

Hodnotili sme asociáciu HMGB1
SNP genotypy GC klinického výsledku pomocou multivariačný Coxovho regresná analýza s úpravou pre vek, pohlavie, nádoru mieste, Lauren klasifikácie, diferenciácie, TNM štádiu a ACT (as je uvedené v tabuľke 1). Výsledky ukázali, že tag SNP rs1045411 bol v tréningovom sete výrazne spojený s OS pacientov GC. V porovnaní s pacientmi s genotypom GG, tie s variantných alel (AG a AA genotypov) mala výrazne nižšie riziko smrti (HR = 0,77, 95% CI: 0.60-0.97, P
= 0,032). Tento významný nález bol potvrdený v nezávislom sade validácii a sumárnej analýze s hodinách 0,80 (95% CI: 0.62-0.99; P
= 0,046) a 0,78 (95% CI: 0,55 - 0,98; P
= 0,043), v danom poradí. Kaplan-Meierove analýzy krivky tiež silný vzťah s OS. Pacienti nesúci AG /GG genotypov rs1045411 mal lepší OS, než tie s genotypom GG do tréningového sady ( P
= 0,024, obr 1A), validácia set ( P
= 0,017, 1b ) a súhrnná analýza ( P
= 0,001, obr 1C).

Stratifikovaný analýza o združovaní rs1045411 s OS od hostiteľskej premennej

vykonali sme rozvrstvené analýzy pre vyhodnotenie združenia medzi genotypy rs1045411 a OS pacientov GC podľa veku, Lauren klasifikácie, diferenciácie, TNM štádiu a ACT. Medzi významné ochranné účinky vyplývajúce zo rs1045411 bol viac prominentné v nepriaznivých podskupín s HR rozmedzí od 0,39 do 0,69 (obr 2A). Podrobnosti k významnému zníženiu rizika úmrtia v súvislosti s genotypom varianty obsahujúce (AG /aa) rs1045411 bolo pozorované u starších pacientov (HR = 0,69, 95% CI: 0,48 až 0,99), difúzna typ (HR = 0,67, 95% CI: 0,47-0,95), zlá diferenciácie (HR = 0,66, 95% CI: 0,45 - 0,95), klinické štádium III a IV (HR = 0,58, 95% CI: 0,37-0,93) a bez zákona (HR = 0,39, 95 % CI: 0,20 - 0,76). Ďalej sa tento stratifikovaný analýza ukázala podobný trend pre RFS s radom HR od 0,44 do 0,79 (Obr 2B). Výsledky ukázali, že AG /AA genotypy rs1045411 udelila priaznivejšie prognózu nežiaducich skupín.

Spoločný účinok medzi rs1045411 a Lauren klasifikácie, diferenciácie, javisko alebo ACT na OS

Predchádzajúce štúdie preukázali, že oba genetické variácie a klinické charakteristiky interakciu hrať kľúčovú úlohu v progresii GC [17]; a že tam, kde existujú interakcie, účinky klinických prvkov na progresiu nádoru sa upraví genotypy. Preto spoločná analýza bola vykonaná za účelom posúdenia potenciálneho modulačné účinok rs1045411 v týchto klinických charakteristík (Lauren klasifikácie, diferenciácie, javiskové a ACT) stav progresie nádoru predstavujúce na OS pacientov GC. Ako je uvedené v tabuľke 2, došlo k výraznej interakcie medzi genotypov rs1045411 a Lauren klasifikácie, diferenciácie, javisko alebo ACT (všetci P
_{interakcie < 0,001). V porovnaní s jedincami nesúci AG /AA genotypov a typ črevné, tie s genotypom GG a difúzneho typu mali významne vyššie riziko úmrtia (HR = 2,09, 95% CI: 1.42-3.08, P Hotel <0,001). Podobné výsledky boli tiež nájdené u pacientov nesúcich genotyp GG sa zlým diferenciáciu (HR = 2,48, 95% CI: 1.70-3.62, P Hotel <0,001), u pacientov s genotypom GG štádia III /IV ( HR = 2,99, 95% CI: 2,04 - 4,38, P Hotel <0,001) a u pacientov nesúcich genotyp GG s ACT (HR = 4,49, 95% CI: 2.70-7.45, P
. < 0,001) v porovnaní s príslušným referenčným skupiny}

Funkčné účinky rs1045411 na génovej expresie

Bioinformatics analýza (http://www.microrna.org/microrna/home. robiť) odhalila blízkosť tag SNP rs1045411 k predikované mikroRNA väzbové miesta (HSA-MIR-505) v 3'-nepřekládané oblasti (3'UTR) zo HMGB1
génu [22] (Obr 3A ). Prvý sme potvrdili expresie Mir-505 v SGC-7901 a bunkové línie HEK-293T, a zistili, že mier-505 má relatívne vyššiu hladinu expresie (obrázok 3B). Pre zistenie, či genotypy tag SNP rs1045411 v 3 'UTR HMGB1
gén mohol meniť génovú expresiu, dve bunkové línie boli transfekovány luciferázy reportérových plazmidov, ktoré obsahujú buď divoký (GG) alebo variant (AA) genotyp SNP rs1045411 (obr 3C). Výsledky preukázali, že SNP rs1045411 významne ukázal vplyv na normalizovanej aktivity luciferázy v oboch transfekciou buniek. V porovnaní s bunkami transfekovanými konštrukty nesúce divoký genotyp (GG) a SNP rs1045411, transfekciu konštrukty nesúci variantný genotyp (AA) vykazovala signifikantný pokles aktivity luciferázy. Účinok anti-MIR-505 na aktivitu luciferázy reportérových plazmidov bol tiež hodnotený v štúdii. Výsledky ukázali, že aktivita luciferázy z dvoch UTR konštruktov (p-MIR-G a p-MIR-A) bola významne zvýšená anti-MIR-505 v oboch bunkových líniách s eliminované rozdiely v luciferázové aktivity medzi dvoma reportérových plazmidov. Navyše sme použili kvantitatívne RT-PCR pre zistenie účinku SNP rs1045411 genotypov na expresiu mRNA HMGB1 v 60 GC tkanív (30 s genotypom GG a 30 sa AG /AA genotypov) overenie sady. Ako je znázornené na obr 3D, sme zistili, že expresia mRNA úroveň HMGB1 bol významne vyšší v nosiči s divokým (GG) genotypu rs1056560 než tí, ktorí vykonávajú variantu (AG /AA) genotypy (1,04 ± 0,50 vs
. 0,79 ± 0,37, P
= 0,004).

Diskusia

v tejto štúdii sme skúmali súvislosť genetických polymorfizmov v HMGB1
génu s prognóza pacientov GC analýzou dvojstupňovou výcviku a overovacích sád. Preukázali sme, že AG /AA genotypy značiek SNP rs1045411 v HMGB1
3'-UTR sú významne spojené s lepšou OS v sade 704 pacientov GC v porovnaní s GG genotypmi. Táto významná asociácia bol potvrdený v nezávislej validačný súbor 326 pacientov, GC, rovnako ako súhrnnej analýze všetkých pacientov 1030 GC. Funkčný test je uvedené, že SNP genotypy rs1045411 mal významný vplyv na mRNA expresiu HMGB1
v GC tkanivách, ako aj dve nádorové bunkové línie. Okrem toho je priaznivý prognostický efekt rs1045411 bol výraznejší v nepriaznivých podskupín pacientov GC. Okrem toho spoločná analýza našiel významnú interakciu génovo klinickej prvkov. Podľa nášho najlepšieho vedomia táto štúdia prvýkrát hlásená spojitosť medzi HMGB1
génových polymorfizmov a GC prognózu. Po overení, HMGB1
SNP rs1045411 môžu byť použité ako prognostický marker v kombinácii s tradičnými klinickej prognózy faktorov pre rozhodovanie GC individuálne ošetrenie.

Zvyšujúce sa dôkazy naznačujú, že zvýšená HMGB1 je spojené s nádorových metastáz a zlou prognózou [16, 23-26], čo HMGB1 atraktívne nádoru biomarker. Bolo navrhnuté, že HMGB1 pôsobí ako potenciálne onkogénne proteín, aby podporovali vývoj nádoru [15, 27, 28] a jeho nadmerná expresie v nádorových bunkách ovplyvňuje protirakovinové odpoveď T-buniek prostredníctvom aktivácie intracelulárnej signalizácie [15, 29]. V skutočnosti, zvýšená expresia HMGB1 bola zistená u pacientov s GC a ďalších typov rakoviny [30-32], a jej expresia je úzko spojená s tumorigenezí [33], nádorové invázie a metastázy [29]. Okrem toho, Chung et al [34] preukázali, že sérové ​​hladiny HMGB1 boli významne spojené s invázie nádoru, metastázy, rast, ako aj zlou prognózou. Súhrnne, tieto nálezy svedčia o dôležité úlohu HMGB1 v transformácii rakoviny, nádorového rastu a invázie.

Aj napriek rozsiahlej skúmanie expresie HMGB1 v tkanivách a jeho zodpovedajúce sérologické pôsobenie na vývoj rakoviny, existuje niekoľko štúdií zameraných na účinok SNP v HMGB1
gén na prognostiku rakoviny alebo liečebnej odpovede tak ďaleko. V skupine čínskych pacientov s rakovinou pľúc, dva SNP, rs141215 a rs2249825, boli spojené s odpoveďou chemoterapiou na báze platiny [35]. Rovnako tak u pacientov s orálny spinocelulárneho karcinómu, ďalšie HMGB1
polymorfizmus u rs3742305 SNP bolo spojené s progresiou nádoru a prežitie bez recidívy, [36]. Avšak sme vylúčil rs3742305 SNP z tejto štúdie, pretože je v silnom väzbové nerovnováhe s rs1045411 SNP. V tejto štúdii sme zistili, že variant s obsahom (AG /AA) genotypy značiek SNP rs1045411 boli významne spojené s lepšou OS u pacientov s GC, podporujúce dôležitú úlohu HMGB1 v evolúcii GC.

Vzhľadom k tomu, SNP rs1045411 sa nachádza v regióne 3 'UTR HMGB1
gén, to môže ovplyvniť expresiu HMGB1
génu u pacientov s GC. K dnešnému dňu však neexistujú žiadne štúdie na vyhodnotenie funkcie v rs1045411 SNP. Zistili sme, že rs1045411 je v tesnej blízkosti predpokladaného miesta mikroRNA viazanie (má-MIR-505) [22], čo naznačuje, že takáto zmena v tejto polohe môže mať vplyv na stabilitu mRNA a väzbovú aktivitu k microRNA, a tým moduláciu génovej expresie [ ,,,0],37]. V skutočnosti, naše testy luciferázové reportéri potvrdili významný vplyv na rs1045411 na post-transkripčný regulácia HMGB1
génu v Mir-505-závislým spôsobom. Okrem toho, tým, že skúma HMGB1 mRNA hladiny v 60 GC tkanivových vzoriek s genotypom dát SNP rs1045411, sme zistili, že tkanivá nesúci variantný obsahujúce (AG /AA) genotypom významne znížila hladiny expresie HMGB1 mRNA v porovnaní s tými, s homozygotnou divoký (GG ) genotyp. Celkovo vzaté, naše experimentálne dáta ukazujú, že priaznivý prognostický efekt vyplývajúci zo variante obsahujúci (AG /AA) genotypy rs1045411 bola úzko spojená s odlišnou expresiou HMGB1
.

Naša súčasná štúdia preukázala že významné alebo hraničné ochranné účinky variante obsahujúce (AG /AA) genotypy SNP rs1045411 na OS a RFS pacientov GC boli nájdené takmer kompletne v nepriaznivej (ale nie v priaznivých) strat pacientov. To súhlasí s predchádzajúcimi štúdiami ukazujúcimi, že SNP vplyv na prežitie rakoviny viac prominentné v konkrétnych pacientov podskupiny. Napríklad, Wang et al
[38] uvádzajú, že PSCA
rs2294008 je významne spojená s prežitím výsledky medzi difúznym typom rakoviny žalúdka, ale nie črevnej typu rakoviny žalúdka. Pu et al
[39] taktiež navrhli, že microRNA súvisiace s genetickými variantmi je viac pozoruhodne spájaný s nie malou prežitia rakoviny pľúc u pacientov s počiatočnom štádiu. Tiež sme pozorovali signifikantné interakciu efektov medzi rs1045411 genotypov a klinických prvkov, ako Lauren klasifikácie, diferenciácie, klinickom štádiu a adjuvantnej chemoterapie pri modulácii prognózu GC. Tieto významné korelácie naznačujú, že SNP rs1045411 môže mať potenciálny modulačné úlohu v týchto klinických charakteristík, ktoré predstavujú progresiu nádoru. Avšak základné mechanizmy, je potrebné ešte ďalej posúdiť v budúcnosti.

Táto štúdia má niekoľko rôznych funkcií. Po prvé, boli zaradení pacienti pochádzajú hlavne z Shaanxi a priľahlých oblastiach, ktorý je vhodný pre vykonávanie výskumu populačnej kvôli zemepisnej stability s nízkou mierou mobility. Po druhé, relatívna veľké veľkosti populácie zaradení do tejto štúdie nám možná analýza javiskové-rozdelených do odbornej prípravy a schvaľovania súpravy, ktorá obmedzila zmätočných faktorov nádoru a rôznorodosti liečby. Jedným z hlavných obmedzení tejto štúdie je, že relatívne malé populácie v sade validácie môže mať za následok falošne negatívnych výsledkov. Navyše, pretože naša štúdia bola obmedzená na Číňanov, nemôžeme vylúčiť problém generalizability. Budúce štúdie vo väčších skupín obyvateľstva a iné etník sú oprávnené.

Celkovo možno povedať, ako prvý štúdie pozorujúci účinok HMGB1
génovej polymorfizmy na GC prognózou v čínskej populácie, naše dáta silne naznačujú, že tag SNP rs1045411 v HMGB1
gén má významný vplyv na klinické výsledky u pacientov GC, a to najmä u pacientov s pokročilou fáze alebo iné agresívne klinickopatologické stave. Táto štúdia má potenciálny klinický význam pri poskytovaní pomoci spresniť terapeutickej rozhodovanie v liečbe GC.

Podporné informácie
S1 tabuľku. Informačné a genotypizácia výsledky HMGB1 SNP
doi: 10,1371. /Journal.pone.0154378.s001
(DOC)
S2 Tab. Vybrané demografické a klinické charakteristiky rakovinou žalúdka populáciu pacientov
doi :. 10,1371 /journal.pone.0154378.s002
(DOC)
S3 Tab. Distribúcia charakteristík pacientov a analýza prognóza v Training set a set Validation
doi :. 10,1371 /journal.pone.0154378.s003
(DOC)

• Ploche ONE: Tumor Obsah Graf-Assisted HER2 /CEP17 Digitálna PCR analýza rakovina žalúdka biopsia Specimens
• Ploche ONE: prognostický význam molekulárnej analýza peritoneálnej tekutiny u pacientov s rakoviny žalúdka: Meta-Analysis