Ploche ONE: Atomic Vhľad do zmeneného O6-metylguanín-DNA metyltransferázy architektúry proteínov v rakoviny žalúdka

abstraktné

O ^{6-metylguanín-DNA metyltransferázy (MGMT) je jedným z hlavných opravy DNA proteín, ktorý pôsobí proti alkalyting agenta-indukovanej poškodenia DNA nahradením O 6-metylguanín ( mutagénne lézie) späť na guanín, prípadne potláčať chyby nezhody a dvouřetězcové priečnych väzieb. Exonic zmeny vo forme polymorfizmom môže mať za následok zmenené štruktúry proteínov, ktoré potom môžu viesť k strate funkcie. V tejto štúdii sme sa zamerali na populáciu obávanej pre vysokou expozíciou alkylačné činidlá vzhľadom na ich typické a špecializovaných stravovacích zvyklostí. Za týmto účelom, pacientov s rakovinou žalúdka zhromaždené z populácia bola vybraná pre mutačné skríning špecifické náchylné k chybám oblasti MGMT gén. Zistili sme, že takmer 40% skúmaných nádorových vzoriek kryl missense mutáciu v kodóne 151 Výsledná do serínu na izoleucín variácie. Táto zmena viedla k dosiahnutiu štruktúrne poruchy, následne vyplývajúce do hlavného stechiometrické odchýlky v odbore rozpoznávania, väzba substrátu a selektivita slučky aktívneho miesta na MGMT proteínu, ako bolo pozorované v rámci virtuálnej mikroskopom simulácií molekulárnej dynamiky (MDS). Atómový pohľad na MGMT proteín výpočtovej prístup ukázala významné zmeny v štruktúre vnútri molekulárnej vodíkové väzby, čo vedie k pozorovaným štrukturálnej anomálií. Ak chcete ďalej skúmať mutačné dopady na regulačných zástrčiek MGMT, ktorý drží proteínu v pozícii viažuci DNA, analýza MDS báze bola vykonaná na všetky známe fyzicky interakciu aminokyselín v podstate zoskupených do skupín na základe ich postavenia a funkcie. Výsledky generované fyzikálno-funkčné zhlukovaniu proteínu ukázala, že možno identifikovať mutácie blízko aktívneho miesta MGMT proteínu spôsobí, že lokálne a globálne destabilizácii proteínu buď elimináciou stabilizačný soľných mostíkov v klastri C3, C4 a C5, alebo lokálne destabilizuje "Hing proteínu stabilizujúci" mapovanie na klastra C3-C4, ktorý predchádza aktívne miesto}

Citácia :. Chikan nA, Buchar S, Shabir N, Amin A, S Shafi, Qadri RA, et al. (2015) Atomic Vhľad do zmeneného O ^{6-metylguanín-DNA metyltransferázy architektúry proteínov v rakoviny žalúdka. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10,1371 /journal.pone.0127741}

Akademický Editor: Reiner Albert Veitia, Inštitút Jacques Monod, Francúzsko

prijatá: 16.prosince 2014; Prijaté: 19.dubna 2015; Uverejnené: May 26, 2015

Copyright: © 2015 Chikan et al. Toto je článok o otvorenej distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Data Dostupnosť: Všetky relevantné údaje spadajú do papiera a jeho podporné informácie súbory

financovania :. výskum bol financovaný VIT univerzitnú výskumný pracovník dotácie a financovanie agentúry nemal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravku rukopisu

konkurenčné záujmy :. autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

Aj keď klesá, na chorobu rakoviny žalúdka, podľa GOLOBOCON 2012 je. ešte treťou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu na celom svete [1, 2]. V patogenéze tohto ochorenia, rôzne genetické a molekulárne zmeny prebiehajú vedie k malígnej transformácii žalúdočnej sliznice [3]. Táto transformácia je multi krokom procesu, ktorý so sebou nesie abnormality v dôležitých bunkových funkcií, ako je DNA, adhézie, prenosu signálu, diferenciácie buniek a iní [4,5]. Alkylačné karcinogénne látky, ako je N-metyl, nitrosodimethylamin nitrosomočovina (nemu), N-metyl-N'-nitro-N-Nitroguanidín apod viesť k vzniku O ^{6-metylguanín, DNA, adukt, ktorej prítomnosť vedie k indukciu mutácií ( G: C-a: T prechod) a vedie k rozvoju rakoviny [6-10]. MGMT
je enzým zodpovedný za opravu O 6-metylguanín adukty [11-13]. MGMT je samovražedný enzým, ktorý odstraňuje metylom skupinu od O 6-polohe na guanín a odovzdáva ho do svojej vlastnej cystínu zvyšku v kodóne 145 v proteínu, čím sa inaktivuje sa pri opravách guanín [14]. Pod expozíciu nemu, majú-MGMT chybnej myši boli pozorované vzniku rakoviny [15], pričom v transgénnej myši nesúci ďalšie kópie génu cudzieho MGMT bolo menej náchylné na ochorenia [16] .v, genetický polymorfizmus tohto enzýmu má ukázalo sa, že potenciálny rizikový faktor pre rakovinu [17-22]. Táto štúdia sa preto zameriava na mutačné profilovanie náchylné k chybám oblasti exónu 5 MGMT, ktorá kóduje aktívne miesto proteínu, pozri aktívne miesto obklopené domén zodpovedných za držal DNA [13]. Zástupca populácie pacientov s karcinómom žalúdka, ktorý bol vybraný pre túto štúdiu predstavuje jedinečnú skupinu zvierat v podstate je veľmi vystavený diétnych alkylačnými činidlami [6, 23-28].}

Použitie Insilico
techniky k pochopeniu účinku polymorfizmu v proteínovej štruktúry a dynamiky bol v praxi a množstvo práce sa urobilo v tomto smere [29-32]. Počítač pomáhal prediktívnu metódy využívajúce evolučnú a prediktívne štruktúru založenú dáva nahliadnuť do škodlivým schopnosťou polymorfizmus [33]. Molekulárna dynamika môžu byť použité pre sledovanie priebehu konformační zmeny polymorfizmus môže spôsobiť v proteínu. Tieto konformační zmeny v trojrozmernej štruktúre proteínu môže mať vplyv na fyziologické afinity a rôznych biochemických dráh interakcie. Skúmať účinok mutácie na evolučnej, rovnako ako atomárnej úrovni, Insilico predikcie s použitím rôznych serverov, rovnako ako MDS z divokého typu (WT) a mutantný (Mu) MGMT proteínu bola vykonaná. Pre bielkovinové trajektórií MDS a atómové analýzu interakcií, GROMACS boli použité vstavané nástroje. Analýza hlavných komponentov (PCA) bola vykonaná s cieľom odhadnúť pružnosti oboch štruktúr. Voľná ​​energia krajiny (FEL) z pôvodných a Mu MGMT boli tiež študoval pochopiť vplyv mutácie.

Výsledky a diskusia

Exon 5 segment MGMT génu, bol úspešne zosilnený zo všetkých vzoriek , Amplikóny po sekvenovania vykázala transversion mutáciu v kodóne 151AGC, ktorých sekvencie, ktoré boli predložené GeneBank ložiskové prístupové čísla KM000795 a KM000796. In silico nástroje na štúdium možný škodlivý vplyv mutácie boli vybrané starostlivo tak, aby každý faktor sa pozrel do a dvakrát kontroluje iný nástroj, ktorý používa iný algoritmus. Podrobnosti o serveroch, ktoré sú použité v našej štúdii sú popísané v tabuľke S1, kde algoritmus, pracovné a kritériá pre predikciu je daná. Vybraný server predpovedá mutácie byť škodlivé. Simulačné trajektórie MDS pre 30ns bežať wt a mutantný proteíny boli analyzované pomocou značne GROMACS vstavané nástroje. S1 obr znázorňuje nsSNP v kodóne 151, ktorý vedie k missense mutácie Ser Ile, inak vo svojej forme divokého typu pomáha pri interakciách proteín-DNA [34-36]. Ako je znázornené na obrázku 1, wtMGMT (PDBID: 1T39). SER 151, okrem pričom sa v bežnom elektrostatické interakcie s tymínom takisto vytvoreným dve vodíkové väzby s ním spojené amidovými dusíka

Obrázok 2 ukazuje fotografie z oboch WT a Mu štruktúr v rôznych časových intervaloch, ktorou sa ustanovuje prehľad o vplyve mutácie na štrukturálne dynamiku MGMT. Z snap zábery, štruktúra Mu, než ktoré vypovedajú o rozšírený konformácii, takisto vytvorenú helikální konformácie na aminokyseliny číslo 87 až 90, čo predstavu, že mutácia neuprednostňuje štrukturálne kompaktnosť proteínu, ktorý inturn vedie k jeho ohrozeniu a aberrated konformácie ktoré majú značnú štrukturálne posun, ktorý je rozhodujúci v pôsobiť zaniknutej funkcie proteínov [37]. Po vizuálnej analýze g_rms nástroj bol použitý na výpočet RMSD pre atómy proteínu, s použitím počiatočnej štruktúru ako odkaz. Mutant štruktúra ukázala prudký elevácie v RMSD u asi 17 ns. Na dodržiavanie anomálie na úrovni štruktúry, sme zistili, že čelné a slučky obsah mutantný štruktúry líši (obr 3A). RMSD od priemeru v priebehu času sa označuje ako RMSF, g_rmsf bola použitá na výpočet atómovej štandardná odchýlka a na pozorovanie, štruktúra Mu ukázali vyššiu flexibilitu. RMSF oboch štruktúr došlo k miernemu zmenu na zvyšku 151, ale so značne mení v slučkové oblasti proteínu 27 až 53 (obr 3B), čo môže byť výsledný z intermolekulární dlhé vzdialenosti terciárne interakcie variácie. V r_rmsf nástroji bola voľba-OQ slúži k prevodu hodnoty RMSF do hodnoty B faktorom a implicitné je na priemernej štruktúry (modrá predstavujúce najstabilnejší a najviac červené výkyvy). Porovnávací B faktor projekcie (S2A obr) o hmotnosti a Mu MGMT označuje predovšetkým fluktuačného variácie v priemere štruktúry, čo nám dáva nahliadnuť do zmeny nesúvislej vzoru medzi dvoma štruktúrami. Sfarbenie vzor je predvolená v rozmedzí modrej na červenú. Významná zmena kolísanie pozorované v Mu štruktúre vedľa ktorého je priemerná usporiadanie sekundárna štruktúra (obr S2B) sa značne líšia, čo opäť znamená, že Mu môže byť nevýhodné pre opravy DNA.

Na analýzu tvar proteínu v každom vzhľadom na čas, G_ krúžiť nástroj bol použitý, ktorá vypočíta polomer zotrvačnosti skupiny atómov pozdĺž osí X, Y a osi z, ako funkcia času. Naše výsledky ukazujú významnú odchýlku v polomerom otáčania v Mu štruktúre, prešiel po 17 ns spustení (S3 obr). Aj keď, ako je známe, že MGMT štruktúra nemení do značnej miery v porovnaní so štruktúrou MGMT viazaný-DNA, svedčiace o stabilný viazanej štruktúry prostredníctvom úzkej spolupráci zvyškov rozpoznávania (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 a Gly132), a Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 a Ser151, interakciu s fosfátovú chrbticou DNA [36] však, pretože radi zotrvačnosti bol zaznamenaný byť zvýšená v dôsledku mutácie, a preto naznačuje, rozbalený prevrátené proteínovú štruktúru pravdepodobne nepríjemnú posúva arginínovej prst (intrahelical umiestnený Arg128) z jeho pozície, ktorá je zodpovedná za presadzovanie preklopeniu nukleotidu do MGMT aktívnom mieste, čo by mohlo narušiť úsilie potrebné na odstránenie o ^{6-metylguanín adukt z DNA}

Ďalej as vieme, že každá aminokyselina má svoju vlastnú hodnotu hydrofobicity, pôvodné divokého typu a zvyšok novo zavedený mutantný zvyšok sa líšia v tejto vlastnosti. Za týmto účelom vyhodnotenia, sme použili g_sas nástroj, ktorý vypočíta hydrofóbne, hydrofilné a celkovú Sasa proteínu v priebehu času. Mutant štruktúra má väčšiu Saša, ktorý koreluje s našou skoršie zistenia zvýšenej Rg v zmutovaného štruktúre (S4 Obr). Ak chcete zistiť vplyv Mu na štruktúru MGMT spojil s DNA PDB ID: 1T39 [38], použili sme Discovery štúdio na farbu a vypočítať hydrofóbne vlastnosti podľa Kyte-Doolittle meradle (S5 Obr). WT hydrofobicita a päť zvyšok kĺzavého priemeru hydrofóbnosť bola -0.8 a 0,94 v tomto poradí, zatiaľ čo zodpovedajúce hodnoty pre Mu zvyšku boli podstatne vyššie pri 4,5 a 2, čo ukazuje, že Mu zvyšok je viac hydrofóbna, než je zvyšok hm. Indexovaný odchýlky v hodnotách mutantný proteín hydrofobicita, vztiahnuté na wt proteínu by mohla mať vplyv na hlboko stiochiochemistry tvorby vodíkových väzieb medzi enzýmom a DNA, ako je zrejmé z obr S5. Následne nepriaznivý enzým-DNA môže viesť k dokovacej nereagovanie enzýmu vzhľadom na jeho funkčnosť kooperatívne.

Pre ďalšie porozumenie mutácie na dynamiky proteínov, sme rozdelili dôležitých aminokyselín zapojených do fyzickej interakcie s DNA a Mg ^{+ ion do klastrov (obr.4) v závislosti na ich postavenie a príspevkov v DNA dokovacej stanice, základne obracející a opravy DNA [36]. Cluster1 obsahoval päť aminokyseliny zahŕňajúce v DNA dokovacej viď. SER93, PHE94, THR95, ASN123 a LYS125. Cluster 2 obsahoval jediné aminokyseliny ARG 135 tiež zapojený do DNA dokovania. Cluster 3 obsahoval tri aminokyseliny TYR114, GLN115 a SER151 kde TYR 114 sa podieľa na základnom obracející potrebné k oprave DNA a ďalšie dva majú role v DNA dokovania. Skupina 4, okrem toho obsahuje klastre 3 aminokyseliny, obsiahnuté CYS145, ktorá je aktívna miesto MGMT, zodpovedný za opravy DNA. Cluster 5 sú tvorené tromi aminokyselín (CYS24, HIS29 a HIS85), všetky, ktoré interagujú s Mg + iónu. Nástroj g_rama bol použitý pre generovanie phi /psi dihedrální kombinácia vybraných klastrov a bola použitá na výpočet uhlov ako funkciu času. Ich obrysy plot bol generovaný pomocou energie minima pochopiť ich príslušné mobilitu (S6 Obr). Všetky vybrané klastre boli ovplyvnené mutáciou z SER151 do ILE151. Pochopiť vplyv, najmä pokiaľ ide o klastra 3 a 4, PSI /Phi distribúcia vzťahujúce sa ku značené energetického minima boli vynesené (obr.5). Rozdiel v hlavnej oblasti energetického minima možno pozorovať v zodpovedajúcich WT a Mu klastrov, čo výrazný dojem možného nestejnost opravy DNA.}

Pre hlbšie porozumenie štrukturálne variácie pozorované doposiaľ sme sa pozreli do vznik vodíkové väzby vnútri vybraných klastrov s využitím g_hband nástroj, ktorého výsledky boli uvedené v obr 6. Všetky klastre vybrané pre túto analýzu ukazujú pokles priemerného počtu vodíkových väzieb na snímku v štruktúre zmutovaného očakávať Cluster 1. zvýšenie v počte priemerných vodíkových väzieb na snímku vo zväzku 1 je štíhla v porovnaní s variantmi, ktoré pozorujeme. Celkový pokles priemernej tvorby vodíkových väzieb na ráme je v súčinnosti súvislosti so zvýšenou RMSF a Rg v mutantný štruktúre. Výsledkom generované tejto analýzy je nezvratne neprimerane anomálie pozorované doposiaľ sa zmenou vodíkové väzby vnútri vzoru.

Ak chcete pochopiť dopad tejto mutácie na svetových korelovaných pohybov v atómových simulácií, PCA, matematická metóda, ktorá je účinný pri charakterizácii všeobecne skladanie a non-skladací funkcie proteínu bol použitý. Technika identifikuje dominantné pohyby v proteínu extrakciou základné režimy sa podieľajú na pohybe podieľajú na molekule. Hlavné zložky pohybu proteínov boli vypočítané ako vektorov (EV) na hmotnostný vážený kovariančnú matice atómov proteínov. Výpočet týchto hodnôt sa vykonáva pomocou metódy základnej dynamiky (ED) podľa štandardného protokolu [39] je v rámci softvérového balíka GROMACS. Dve z prvých ôsmich Ev je, že účet viac ako 85% pohybu celého systému boli vybrané na analýzu, projekcia v priebehu času a RMSF kolísanie, ktoré je zobrazené na obr 7. Ako EV boli spojené do jednej jedinej trajektórie; kombinácia vytvorila spoločný súbor hlavných komponentov (PC) vektorov pre hmôt a Mu MGMT, takže je to možné priame porovnanie medzi rôznymi systémami. Trajektórie boli získané za použitia G-COVAR a G-anaeig z GROMACS inžinierskych sietí. Na obr 8 (a) projekcia, PC 1 verzus počítača 2, z oboch štruktúr sa predpokladá, (čierna hm /červená Mu), klastra získaná z hmôt konštrukcia je stabilná, kde ako projekcia prvé dva PC z mutantného pokrýva veľký priestor. K ďalšej analýze výstupky PC, ich voľnej energie povrchu boli vynesené do grafu (obr 8b), pričom bolo zistené, že stabilita hmôt v priebehu behu je jednotná v priebehu času v porovnaní s Mu na základe energie minima panviciach vytvorených obom. Štruktúry s minimálnym energiou boli získané z voľnej energie Krajina v rôznych časových bodoch. Štruktúry na pravej strane každého výstupku na obrázku 8 (C) PC sú od začiatku simulácie na ľavej strane jednej z blízkosti konca simulácie. Táto analýza bola zásadná objasnenie ohrozená voľnú energiu krajinu štruktúry Mu, čo je zistenie, že okrem podporný s našimi predchádzajúcimi výsledkami, presvedčivo znamenala drastické konformační zmenu v štruktúre Mu.

Záver

nesúladov opráv DNA a rakoviny etiológie sú synonymá, a to spôsobom, že je výskyt mutácií, ktorá bola široko prijímaný ako základ rakoviny. Mutácie v DNA opravy proteínu, ktoré by mohli narušiť jeho funkciu (S7) Obr môžu vytvárať pretumorigenic prostredie a môžu pomôcť pri progresii rakoviny v akejkoľvek fáze. MGMT je jedným z dôležitých opráv DNA proteín zohráva zásadnú úlohu pri udržiavaní stability genómu tým, že odstráni O ^{6Methyleguanine adukty. Tak, významný genetický polymorfizmus v tomto proteínu bude mať vplyv na rozvoj rakoviny a jej progresie. Keďže žiadna z týchto štúdií až do dátumu oznámilo mutačné analýzu MGMT používať službu MDS, to v prvom rade nás výzva, aby sa zaoberala možnosťou MGMT je zmutovaný v utajovaných populácie, kde je spotreba potravín obsahujúcich vyššie úrovne N-Nitrozozlúčeniny je bežné a žalúdka rakovina je prevládajúci.}

využitia molekulárnej dynamiky pre štúdium vplyvu nových mutácií v kodóne ^{151 dal nám nahliadnuť do architektúry oboch štruktúr na úrovni atómov cez beh 30 ns obdobie , Vplyv mutácie sa neobmedzuje len na jeho okolie, ale tiež zasahovali na celkovej štruktúre, vrátane sekundárnych prvkov na rôznych miestach proteínu. Štrukturálne prechodov pozorované v sekundárnych prvkov, podporuje zrútenie štrukturálne architektúry Mu MGMT proteínu. FEL získaný quasiharmonic analýzy (PCA), tiež k záveru, že mutácie značne ovplyvňuje stabilitu MGMT v priebehu času, čo je faktor, ktorý môže narušiť normálne stechiometrického módu opravy DNA podľa MGMT.}

skúmané v exóne 5 sa zdá byť spájaný s mutáciou vodiča, ktorý sa zdá mať vplyv na interakciu DNA /proteínu, čo je dôležitý faktor, ktorý by mohol mať vplyv na DNA dokovania základné obracející a nakoniec opraviť mechanizmus, ktorý v prípade narušená, by tiež mohla vyústiť v genóme širokom nárastu o ^{6 metyl guanínu adukty vedúce k zvýšenej genomické nestability.}

materiáloch a metódach

etické oznámení

protokolov /experimenty využívajúce ľudských vzorkách bola riadne preskúmaná a schválená univerzitou Výbor pre ľudské etiky (UHEC), VIT University, Vellore (UHEC-VIT /2011).

Pacienti a zhromažďovania tkaniva

celkovo 30 pacientov s diagnózou karcinómu žalúdka prijatý do Sheri-Kašmír Institute lekárskych vied (stery), Srinagar boli považované za štúdium. Pacienti, ktorí podstúpili chirurgický zákrok v primárnej liečbe v rôznych štádiách ochorenia bolo zaradených do štúdie s ich súhlasom. Charakteristiky študovaných pacientov sú uvedené v tabuľke S2.

nádorových vzoriek 5 mm ^{3 boli vyrezané z chirurgicky resekovaných vzoriek vnútri hmoty nádoru, s výnimkou okraja. Priľahlé non-neoplastické vzorky podobné dimenzie boli odobraté z resekčné okraja, približne 10 mm od makroskopického nádoru hrany a následne potvrdené ako benígna rutinným histopatologicky na stery. Celkom 30 nádoru a 30 vzoriek normálneho tkaniva boli zhromaždené, a skladované pri -80 ° C až do analýzy.}

extrakcie DNA a polymerázová reťazová reakcia

DNA bola extrahovaná z 2 mm ^{3 vzorky tkaniva pomocou extrakcie DNA kit (Hi Pura cicavčie genómovej DNA Isolation Kit-HIMEDIA). Koncentrácia a kvalita DNA bola meraná rutinné spectrophotometeric analýzou. Amplifikácia regiónov Exon 5 na MGMT exónu, sa vykonáva v gradientu minicycler (Eppendorf) v 25 ul reakčnej zmesi obsahujúce 1 ul (400ng /ul) genómovej DNA, DNA polymerázy {1 x PCR pufra (200 mM Tris HCl, 200 mM KCI, 50 mM, (NH 4) 2 sO 4) s prívodom 25 mM MgCl 2, Fermentas}, Nuclease voľnej vody a 1 ul dopredu (5'-GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ') a vzad (5'-AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3'), priméry každý. Žíhacie teplota bola optimalizovaná na 65,5 ° C. Aby sa uľahčilo polymerázová reťazová reakcia (PCR analýzu produktu) pre mutáciu, PCR produkt sekvenovania bolo vykonané.}

SNP poškodenie predpovede.

Predikcia poškodenie polymorphisim sa vykonáva za použitia [40] SIFT , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNP & Go [45] a popmusic [46].

simuláciu molekulárnej dynamiky

MDS štúdie boli vykonané GROMACS 4.5.3 balíka [47]. Pre hmotnostnej MGMT, PNR štruktúra 1QNT [48] bol použitý ako predvolený štruktúry MDS. Accelrys Discovery Studio [49] bola použitá, aby sa jednobodovou mutáciu na štruktúru divokého typu. Obaja, hmôt a Mu MGMT boli aplikované s GROMOS96 43a1 silového poľa a potom sa umiestni do modelu pre-ekvilibrovanou vodnom kúpeli a protiiontů boli pridané, aby sa dosiahlo neutrálne poľa pomocou "genion" nástroj, ktorý je dodávaný spolu s GROMACS balenia. Molekúl rozpúšťadla bol obmedzený do pôvodnej polohy sa sily obmedziť o 100 kcal /mol na 5000 krokov, predtým, než je podrobený minimalizáciu energie na 5000 iteráciu. Pre reguláciu teploty vo vnútri boxu, bol použitý Berendsen teplota spojky metóda [50]. Elektrostatické interakcie boli vypočítané metódou Particle Mesh Ewald [51]. Ionizujúcim stav zvyškov, tlak a ďalšie parametre boli nastavené na štandardný rozsah. Non-viazaný zoznam pair bol aktualizovaný po každých 10 krokov a konformácie boli uložené každé 2 sekundy Pico (PS). Pozícia zadržiavací systém simulácie pre 500 ps bol zavedený, aby molekuly rozpúšťadla na zadanie regiónu dutiny štruktúry. Napokon, systém bol podrobený MDS počas 30 sekúnd, nano (NS). Priemerná efektívna hodnota (RMSD), Root Mean Square Fluktuácia (RMSF), Solvent Accessible povrchová plocha (SASA), polomer otáčania (RG) a PCA boli vykonané pomocou vstavanej GROMACS nástrojov. g_hbond bola použitá pre výpočet množstva zreteľných vodíkových väzieb tvorených špecifickými zvyšky na iné aminokyseliny v proteínu, v priebehu simulácie (NH väzieb). g_sham bol používaný značne získať voľnú energiu krajinu. Grafy boli vynesené za použitia Milosť GUI toolkit 5.1.22 verzii, zatiaľ čo ako voľnej energie krajiny boli vynesené za použitia gnuplot 4.6.0 verzie. Všetky vizualizácie boli vykonané za použitia Pymol, Ligplus, VMD [52] a grafy boli vynesené do grafu pomocou programu s Grace [53] a gnuplot. Trajektórie boli analyzované pomocou vstavaného nástroja v distribúcii GROMACS.

Podporné informácie
S1 Obr. a) Reprezentatívny chromatogram MGMT exóne 5 ukazuje jeden pár báz G >. T v polohe 151, ako je naznačené šípkou v neoplastické chromatograme
b) prispôsobenie exón 5, sekvencie, ktorá bola amplifikovaná z neoplastické a nenádorových tkanivo (susediace normálne) s tým divokého typu (referencie sekvencie získané z NCBI) bola preložená a SNP mapované bolo preukázané, že zmenu serínu do Isoleucínu
doi :. 10,1371 /journal.pone.0127741.s001
(TIF)
S2 obr. (A) Priemerné terciárne štruktúry farbené v súlade s hodnotami Bfactor (b) Priemerná reprezentácia Sekundárny štruktúra oboch štruktúr
doi :. 10,1371 /journal.pone.0127741.s002
(TIF)
S3 Obr. (A) Polomery zotrvačnosti hmôt a Mu MGMT uvedené samostatne.

(b) Rg všetkých atómov hmôt a Mu MGMT v závislosti na čase pri 300K.
Hmot je represted spoločnosťou Black a Mu podľa Greena.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003
(TIF)
S4 obr. Solvent povrch prístupný Oblasť hmôt (čierne) a Mu (zelená) MGMT v priebehu času pri 300
doi :. 10,1371 /journal.pone.0127741.s004
(TIF)
S5 Obr. Zmena vo farbe (Surface proteínu podľa Kyte-Doolittle meradle) v mutované oblasti a grafické znázornenie variácie v Kyte-Doolittle meradle v jednej aminokyseliny a päť priemernej bežiaci hydrofóbnosti oboch hmôt a Mu MGMT
doi :. 10,1371 /journal.pone.0127741.s005
(TIF)
S6 obr. Časovo závislá Ramachandran Obrys sprisahania všetkých vybraných klastrov v priebehu času, každý riadok ukazuje prechod 1.
DOI: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006
(TIF)
S7 Obr. Vyobrazenie GC: AT transformácie poruchou MGMT
doi :. 10,1371 /journal.pone.0127741.s007
(TIF)
S1 Tab. Polymorfizmus Predikcia pomocou rôznych serverov
doi :. 10,1371 /journal.pone.0127741.s008
(DOCX)
S2 Tab. Charakteristika študijných predmetov
doi: 10,1371. /Journal.pone.0127741.s009
(DOCX)

Poďakovanie

Autori by radi poďakovali Dr. Daniele Granata pre jeho druhu vstupov na voľnej energie krajiny.

• Ploche ONE: Riziko rakoviny žalúdka vodou Zdroj: Evidencia z Golestan Case-Control Study
• Ploche ONE: Reverzný korelácia medzi mikroRNA-145 a FSCN1 Týka sa rakovina žalúdka Migrácia a Invasion