Ploche ONE: Zvýšená expresia E2F mRNA spojená s rakovinou žalúdka Progression bol identifikovaný transkripčný faktor a miRNA koregulačných sieťovej analýzy

abstraktné

Génová expresia je regulovaná na úrovni transkripcie a prekladu; tak, ako transkripčné faktory (TFS), a microRNA (miRNA), hrajú úlohu pri regulácii génovej expresie. Táto štúdia profilované rozdielne exprimovaných mRNA a miRNA v žalúdočných rakovinových tkanív skonštruovať TF a miRNA spoločne regulačné sieť s cieľom identifikovať zmenené gény progresiu rakoviny žalúdka. Celkom 70 prípadov karcinómu žalúdka a spárované priľahlé normálneho tkaniva boli podrobené cDNA a miRNA microarray analýzy. Získali sme 887 up-regulované a 93 down-regulované gény a 41 down-regulované a 4 up-regulované miRNA v žalúdočnej rakovinové tkanive. Použitie databázy transkripčný regulačný prvok, sme získali 105 génov, ktoré sú regulované E2F rodiny génov a použitie nástrojov Targetscan, Miranda, miRDB a miRWalk, sme predpovedali potenciálny cielenie génov týchto 45 miRNA. Potom sme vybudovali E2F-súvisiace TF a miRNA ko-regulácia génovej siete a identifikovať 9 húb-gény. Ďalej sme zistili, že hladiny E2F1, 2, 3, 4, 5, a 7 mRNA súvisiacich s žalúdočnej kapacity nádorových buniek invázia, a je spojená s diferenciáciou nádoru. Tieto dáta ukázali, že nadmerná expresia E2F mRNA spojených s progresiou rakoviny žalúdka

Citácia :. Zhang X, Ni Z, Duan Z, Z Xin, Wang H, Tan J, et al. (2015) Nadmerná expresia E2F mRNA spojená s rakovinou žalúdka Progression bol identifikovaný transkripčný faktor a miRNA koregulačnými sieťovej analýzy. PLoS ONE 10 (2): e0116979. doi: 10,1371 /journal.pone.0116979

prijatá: 30. septembra 2014; Prijaté: 17.prosince 2014; Uverejnené: 03.02.2015

Copyright: © 2015 Zhang et al. Toto je článok o otvorenej distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Data Dostupnosť: Všetky relevantné údaje spadajú do papiera a jeho podporné informácie súbory. Údaje boli uložené do databázy GEO, pod prístupovým číslom GSE63089

Financovanie :. Táto práca bola čiastočne podporovaná granty od Národného Natural Science Foundation Číny (̭20108025 a̮72662), Nadácia provincii Jilin Science and Technology Department (É30522013JH aÉ40414048GH) a Norman Bethune Program Jilin univerzity (É2219). Autori tiež poďakoval Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Čína) pre editáciu a korektúry rukopisu. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

karcinóm žalúdka je stále jedným z najvýznamnejších zdravotných problémov v rozvojových krajinách, ako je Čína, aj keď jeho výskyt sa postupne znižuje v západných krajinách. Celkovo možno povedať, rakovina žalúdka je účty za štvrté vplyvu a druhý miery úmrtnosti všetkých prípadov rakoviny vo svete [1-3]. Žalúdočné rizikové faktory patrí rakovina infekcie Helicobacter pylori častá konzumácia údeniny, solené ryby a mäso, a nakladaná zelenina, tabakový dym, obezita, alebo chronickú gastritídu. Tieto rizikové faktory by mohli koordinovať k manipulácii génovej expresie alebo mutácie alebo epigenetické zmeny a nakoniec viesť k rozvoju rakoviny žalúdka. K dnešnému dňu, veľká skupina znalostí nahromadí pokiaľ ide o molekulárnu zmeny spojené s rakovinou žalúdka, ako sú napríklad ARID1A, TP53 [4], PTGER4, PRKAA1, ZBTB20 [5] a PLCE1 [6]. Avšak, základný mechanizmus pre rôznych génov sprostredkovaný žalúdočné karcinogenézy, je potrebné definovať. Tak, že je veľmi dôležité, aby ďalej skúmať molekulárne mechanizmy vzniku rakoviny žalúdka pomocou systematickej biológie prístup, ako je výstavba odlišne exprimovaných génov-regulačné siete pre identifikáciu dôležitý gén cesty alebo signalizačné počas vývoja karcinómu žalúdka alebo progresie.

Génová expresia je regulovaná na úrovni transkripcie a prekladu. Na úrovni transkripcie, transkripčné faktory hrajú gén (TFS), dôležitú úlohu pri regulácii expresie génu ľudského, zatiaľ čo miRNA by mohla na úrovni post-transkripčný reguláciu translácie mRNA a polčas. Konkrétne, TFS sú proteíny, ktoré sa viažu na špecifické sekvencie DNA a tým kontrolujú génovú transkripciu. Mierny je trieda prirodzene sa vyskytujúce malé nekódujúca RNA s 18 až 22 nukleotidov a funkčne, miRNA môže písať-transkripčný expresiu proteínu mlčanie naviazaním na komplementárny cieľovej génovej transkripty, a tým degradáciu týchto messenger RNA alebo inhibíciu ich z prevodov do proteínov. Tak, ako TFS a miRNA môžu regulovať gény v rôznych fázach génovej expresie, a môžu tvoriť slučku spätnej väzby a zložitý regulačný sieť na presnom riadenie génovej expresie. V tomto ohľade, štúdium tohto regulačné siete génu by nám pomáhajú pochopiť bunkovej homeostázy a fyziologický proces, biologické funkcie, a mechanizmu ochorenia. K dnešnému dňu, viaceré štúdie ukázali génovej regulácie TFS a miRNA v karcinómu žalúdka, ako je nukleárna faktor kappa B [7], FoxM1 [8], hypoxiou indukovatelný faktor 1 [9], a mier-7 [10] MIR-375 [11], MIR-125b, MIR-199a, MIR-100 [12]. V skutočnosti, aberantne expresie miRNA alebo TF prispieva k ľudskému karcinogenéze [13]. Preto sa v tejto štúdii sme skúmali úlohu kombinovaných miRNA a transkripčných faktorov v regulácii génovej expresie u karcinómu žalúdka pre spojenie s progresiou rakoviny žalúdka. Prvý sme zistili diferenciálnej expresie génov a miRNA vo vzorkách žalúdočné rakovinu tkanív a analyzovali ich bioinformatically tvoriť regulačné siete TF-miRNA sa týkajú expresia E2F rodinných mRNA u karcinómu žalúdka. Potom sme potvrdili E2F výraz pre asociáciu s výhradou progresie rakoviny žalúdka.

Materiály a metódy

Pacienti a vzorky tkaniva

Táto štúdia bola schválená etickou komisiou školy základné lekárske Sciences, Jilin University a každý pacient súhlasil v písomný informovaný súhlas formu. Za to, že v období od apríla 2012 do októbra 2014. Všetci pacienti robil prijímať žiadne pre-chirurgia ošetrenie, ako chemo- alebo rádioterapiou máme zapísané 70 pacientov s karcinómom žalúdka od Ťi-lin University (Changchun, Čína). Ako nádorové i vzdialených normálnych tkanív boli získané z prevádzky miestnosti a skladované v kvapalnom dusíku počas 10 minút.

Izolácia RNA a príprava miRNA

Celková bunková RNA bola izolovaná z tkanivových vzoriek za použitia reakčného činidla TRIzolu (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) a potom ďalej čistí pomocou RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Nemecko). Koncentrácia RNA bola potom stanovená použitím Epoch Multi-hlasitosti spektrofotometra systém (Biotek, Vermont, USA). Po tom, miRNA bola izolovaná z týchto vzoriek RNA za použitia Mirvana miRNA Isolation Kit (Ambion, Austin, TX, USA).

Exon analýza microarray

V tejto štúdii sme prvú profilované génovej expresie medzi 45 karcinómom žalúdka a priľahlých párových vzoriek normálnych tkanív pomocou Affymatrix Gene Chip exon Arrays 1.0 ST (Affymatrix, CA, USA). Konkrétne, 1 ug RNA vzorka bol spätne transkribovaných do cDNA a tieto vzorky cDNA boli potom štiepené do fragmentov cDNA s endonukleázy a označené činidlom značenie DNA pomocou DNA Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA). Značené cDNA matrice boli použité ako sondy pre hybridizáciu na Affymatrix Gene Chip exónu Arrays 1.0 ST v stave 45 ° C inkubácie a rotácie pri 60 otáčkach za minútu po dobu 17 hodín. Po tom, polia boli umyté a kontrolované pomocou Gene Chip Scanner 3000 Gene Chip obslužným softvérom (GCOS).

Mirna analýza microarray

Ďalej boli predstavené rozdielne exprimovaných miRNA v 15 karcinómom žalúdka a párové susedné vzorky normálneho tkaniva pomocou Affymatrix Gene Chip microRNA poľa. Podobne ako u experimentov cDNA microarray, miRNA sondy pomocou RNA Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA) boli hybridizovány na Affymatrix Gene Chip mikroRNA poľa pri 45 ° C a otáča sa pri 60 otáčkach za minútu po dobu 17 hodín. Po tom, pole boli kontrolované pomocou GCOS.

Microarray analýza dát

Dáta surovej microarray bola analyzovaná s použitím algoritmu Limmat pre identifikáciu odlišne exprimovaných génov a miRNA a potom analyzované pomocou lineárnych modelov a empirické metódy Bayesova. A t-test
a Bonferroniho korekcia bola použitá pre posúdenie štatistickej významnosti jednotlivých diferenciálnej expresie. Gény a miRNA boli považované za značne rozdielne exprimované v prípade p
-hodnoty < 0,05 a expresia génu ukázala, aspoň 1,5-krát zmeny medzi rakovinou a ich normálneho tkaniva. Program Qubic (Kvalitatívne BI-Clustering) bol využitý k skupine-analyzovať rozdielne exprimovaných génov. Základnou myšlienkou algoritmu je nájsť všetky podskupiny génov s podobnými expresných vzorov medzi niektorých podskupín rakovinových tkanív, a teda génov zapojených v každom takom vzore môžu byť prípadne použité ako podpisy pre rakovinu sub-písanie alebo stagingu. Pre analýzu bi-klastra, sme použili nasledujúce parametre: r = 1, q = 0,06, c = 0,95, o = 100, f = 1 [14,15]. Databáza pre anotáciu, vizualizácie a integrované Discovery (David) a Kyoto Encyclopedia of génov a genómov nástrojov (KEGG) boli použité pre funkčnú analýzu a klasifikáciu dráhy týchto rôznych génov.

QRT-PCR

celková bunková RNA z rakovinové a normálne žalúdočnej tkanive boli spätne prepísaná do cDNA za použitia 1 ^{st Strand cDNA Synthsis Kit (Takara, Dalian, Čína) podľa odporúčania výrobcu. Expresia E2F1, E2F2, E2F4 a) mRNA bola analyzovaná v 10 karcinómu žalúdka a škárovanie susedné vzorky normálneho tkaniva q-PCR za použitia SYBR Premix Ex Taq (Takara) a p-aktínu bol použitý ako vnútorná kontrola. Primery sú uvedené v tabuľke 1. Údaje qPCR boli pre kvantifikované za použitia 2 ΔΔCt metód.}

Konštrukcia TF-miRNA spoločnej regulácie siete

Potom, čo analýza microarray dát, sme získali TFS a latentné cieľových génov, ktoré sú regulované rodiny E2F cez prehľadávanie transkripčný regulačný Element Database (TRED). Okrem toho miRNA cielenie E2F rodiny bola stanovená v databázach štyri cieľovej predikcie, tj Targetscan, Miranda, miRDB a miRWalk databázu [16-18]. Potom sme spojili tieto rozdielne vyjadrené gény a miRNA postaviť tento TF-miRNA spolupráca regulačné siete vzťahujúce sa k E2F rodiny pomocou softvéru Cytoscape. V súčasnej regulačnej siete TF-miRNA sme definovali uzol ako rozbočovač génu alebo miRNA keď to priamo súvisí s viac ako dvoma celkových uzlov v sieti.

Analýza E2F rodinných mRNA pre spojenie s kliniky patologickými vlastnosťami od pacientov s rakovinou žalúdka

Používanie prijímača prevádzkové charakteristiky (ROC) krivky, sme analyzovali odlišne exprimovaných génov, ktoré sú regulované E2F mRNA medzi rakovinou žalúdka a spárované priľahlé normálneho tkaniva génu. Potom sme si vybrali a odlíšiť tie najlepšie uzavreté gény pre spojenie s kliniky patologickými charakteristikami pomocou binárneho logistickej regresnej analýzy.

Štatistická analýza

ROC krivky a binárne logistickej regresnej analýzy boli využité pre odlišne exprimovaných génov ktoré sú upravené medzi rakovinou žalúdka a priľahlých spárovaných normálnych tkanivách, ktoré E2F mRNA. Jednosmerné ANOVA bol použitý pre priradenie medzi E2F rodiny a stupňom invázie nádorových buniek. software GraphPad Prism 6 bol vykonaný s cieľom získať ROC krivky a výpočet citlivosti, špecifickosti a plochy pod krivkou (AUC). SPSS 18.0 softvér bol použitý pre One-way ANOVA a binárne logistickej regresnej analýzy. Hodnota p menšie ako 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú

Výsledky

Detekcia odlišne exprimovaných génov a miRNA medzi rakovinou žalúdka a ich zodpovedajúce normálne tkanivá

sme prvýkrát vykonaná. analýza Affymatrix Exon Pole pre detekciu rozdielne exprimovaných génov medzi rakovinou žalúdka a spárované priľahlé normálneho tkaniva u 45 pacientov (dáta pacientov sú uvedené v tabuľke S1). Geo DataSets z NCBI prístupové číslo tejto štúdie bolo GSE63089. Použitie > 1,5 krát zmien ako cut-off hodnoty, sme identifikovali 887 up-regulované a 93 down-regulované gény (S2 tabuľka). Funkčná analýza ukázala, že tieto gény diferenciálnej tvorené predovšetkým génové dráhy, ako je napríklad riadenie bunkového cyklu, p53 signálne dráhy, rakoviny dráhy, interakcie extracelulárnej matrice-receptor, adhézie buniek, glykolýza /glukoneogenéza a interakcie receptora cytokínov (obr. 1). členmi rodiny E2F hrajú hlavnú úlohu pri bunkového cyklu G1 /S prechod v bunkách a expresia génu z E2F1, 2, 3, 4, 5, a 7 boli všetky nezistil nadmerná expresia (p 0,01) u karcinómu žalúdka v tomto študovať.

Ďalej sme aj analýza Affymatrix Gene Chip microRNA array v 15 prípadoch rakovinou žalúdka a priľahlých spárovaných normálnych tkanív (dáta pacientov sú uvedené v tabuľke S1). Geo DataSets z NCBI prístupové číslo tejto štúdie bolo GSE63121. Zistili sme 41 down-regulované a 4 up-regulované miRNA (S3 tabuľka). Obr. 2 ilustroval bi-klastre analýzu klastru tých 45 diferenciálnych miRNA v rakovinou žalúdka verzus normálneho tkaniva. Funkčne tieto rozdielne exprimované miRNA by mohla upravovať rôzne génové dráhy, ako je napríklad transkripčný aktivačný aktivitu, DNA väzobnú, transkripčný faktor aktivity, po transkripčný regulácia génovej expresie, a G1 /S prechod mitotického bunkového cyklu.

staveb- up a analýzy E2F rodiny v súvislosti s TF-miRNA koregulačnými siete

Ak chcete zobraziť E2F z rodinných dôvodov TF-miRNA ko-regulačné sieť, sme použili TRED skúmať TF a latentné cieľových génov regulovaných podľa E2F rodiny a následne zvolený rozdielne vyjadrené TFS a latentnom cieľových génov v žalúdočných rakovinových tkanív. Sme našli celkom 105 TFS a latentné cieľových génov, ktoré by mohli byť potenciálne regulovaná E2F rodiny v rakoviny žalúdka (5 down-regulované a 100 up-regulovaných génov, pozri tabuľku S4), ktoré by mohli tvoriť 105 génu sieť po bi- analýza klastre klastra (obr. 3) analýza ukázala, DAVID sú tieto gény sú 105 väčšina génov bunkového cyklu v súvislosti s (obr. 4).

Ďalej sme použili on-line nástroje Targetscan, Miranda, miRDB a databázy miRWalk predvídať potenciálny zamerané na gény z týchto 45 miRNA a potom sa spojil tieto cielenie génov s týmito 105 odlišne exprimovaných génov. Zistili sme, 7 down-regulované a 2 up-regulované miRNA (S3 tabuľka). Za to, že sme vybudovali E2F-súvisiace regulačné siete TF-miRNA (obr. 5).

Za to, že sme analyzovali tento E2F-súvisiace regulačné siete TF-miRNA a zistil, že E2F1, E2F2 a E2F4 v E2F rodiny zohrávajú dôležitú úlohu v tomto TF a miRNA čo-regulačné siete. Tri nadmerne regulované mRNA (E2F1, E2F2 a E2F4) z rozdielne vyjadrené mRNA boli overené pomocou real-time PCR (RT-PCR). Výsledky ukázali, že E2F1, E2F2 a E2F4 boli nadmerne regulovaný vo vzorkách s karcinómom žalúdka v porovnaní s normálnymi vzorkami. Výsledky RT-PCR a dáta sú v súlade microarray (p menšie ako 0,05, obr. 6). Okrem toho sme zistili 9 húb-gény z E2F-súvisiace regulačné siete TF-miRNA, ktoré možno súčasne upravená TFS (obr. 7). David Analýza týchto 9 náboja génov a funkcií je uvedený v tabuľke 2.

Združenie E2F hladiny mRNA pre rodiny s kliniky patologickými charakteristikami od pacientov s nádorovým ochorením žalúdočných

sme ďalej analyzovaný expresie E2F mRNA a potom si ich s kliniky patologickými vlastnosťami od pacientov s rakovinou žalúdka. Analýza ROC krivky ukazuje, že E2F1, 2, 3, 4, 5, a 7 môže byť latentná ciele rozlišovať žalúdočné tkaniva rakoviny a tie normálne (obr. 8). Kombinácia niekoľkých E2F rodinných mRNA môže ďalej zvýšiť špecifickosť a citlivosť ich rozlišujú medzi rakovinou žalúdka a normálnych tkanivách po regresii binárne logistickej analýzy (Obr. 8). Navyše sme zistili, že úroveň E2F1, 2, 3, 4, 5, a 7 mRNA spojené s hĺbkou žalúdočné rakoviny invázie (obr. 9). Tiež sme zistili, že E2F expresie spojené s diferenciáciou tumoru (obr. 10).

Diskusia

V tejto štúdii sme použili hodnotu cut-off 1,5 násobné zmeny na profilovaných odlišne exprimovaných mRNA a miRNA v žalúdočných rakovinových tkanív, čo je v súlade s väčšinou predchádzajúcim štúdiom cDNA alebo miRNA microarrays [19]. Tieto rozdielne vyjadrené mRNA a miRNA v žalúdočnej rakovinové tkanive boli väčšinou spojené s progresiou bunkového cyklu, najmä E2F rodiny. K dnešnému dňu, členmi E2F proteínov zahŕňajú E2F1- E2F8 a medzi z nich, E2F1, 2, 3, 4, 5, 7 a proteíny boli všetky výrazne nadmerne vystavený u karcinómu žalúdka v štúdii. Preto sme predpovedali, že E2F rodina má dôležité regulačné funkcie rakoviny žalúdka. Preto sme vybudovali tento E2F-súvisiace TF-miRNA ko-regulačné siete pre rakovinu žalúdka na základe našich microarray profilovania dát. Táto sieť obsahuje 105 TFS a ich regulované latentné cieľových génov (5 down-regulované a 100 up-regulované gény), ktoré sú spojené s E2F rodiny a 9 diferenciálnych miRNA (7 down-regulované a 2 up-regulované miRNA) (obr. 5) , Inými slovami, E2F rodiny génov by mohli pôsobiť na týchto 105 génov a 9 miRNA regulovať progresiu bunkového cyklu rakoviny žalúdka. V skutočnosti sme zistili, že cieľové gény regulované E2F1 a E2F4 objavil množstvo rozdielna expresia v karcinómu žalúdka, čo naznačuje, že E2F1 a E2F4 je veľmi pravdepodobné, že zaujímajú významný podiel na raste rakoviny žalúdka. Okrem toho, miRNA rozdielne vyjadrené v karcinómu žalúdka boli schopné regulovať expresiu E2F1, E2F2, E2F5 a E2F7, čo naznačuje, že miRNA-pozmenenej expresie E2Fs proteínov je dôležité faktory v rozvoji rakoviny žalúdka alebo progresie.

Naozaj, E2F členovia rodiny hrajú významnú úlohu počas bunkového cyklu G1 /s prechod do buniek a ich zmenená expresia prispel rad ľudských ochorení, vrátane rakoviny [20]. Napríklad pri žalúdočnej rastu a progresii karcinómu, nádorové bunky budú podporovať proliferáciu nádorových buniek, ale inhibuje apoptózu. Na úrovni génu, transkripčný faktor E2F rodiny génov hrá významnú úlohu v regulácii bunkového cyklu procesu podporovaním včasné expresie génov potrebných pre syntézu DNA v G1 /S fázového prechodu. E2F činnosť sám je riadený proteín retinoblastomem (RB) a vrecká proteínov P107 a P130. K dnešnému dňu, členovia v E2F proteínov sú E2F1-E2F8, vrátane transkripčných faktorov aktivovaných E2F1-3a, ktoré najmä regulácia bunkového cyklu prechodu z G0 do S fázy, a transkripcie inhibovaná faktormi E2F3b-E2F8, ktoré sú vyjadrené v kľudových alebo diferencované bunky a zabrániť progresii bunkového cyklu [21]. Predchádzajúce štúdie ukázali, že zmenená expresia génové rodiny E2F je úzko spojená s rastom rakoviny prsníka [22], rakoviny vaječníkov [23], rakoviny močového mechúra [24], rakoviny hrubého čreva a rakoviny pankreasu [25]. V karcinómu žalúdka, predchádzajúce štúdie ukázali, že E2F bol neštandardne exprimovaný a E2F expresie regulovaná miRNA bola spojená s progresiou bunkového cyklu a apoptózy v nádorových bunkách represia žalúdka k potlačeniu TGF tumor supresorové dráhy [26]. E2F génová mutácia je tiež jednou z príčin výskytu včasnej rakoviny žalúdka [27]. Naša súčasná dáta podporujú tento záver.

Avšak okrem E2F rodiny, TP53, BRCA1 a STAT3 tiež hrať dôležitú úlohu v tomto TF a miRNA spoločnej regulácie siete (obr. 5). Napríklad TP53is jeden z najviac široko študovaný génov a hrá úlohu v regulácii apoptózy, stability genómu, a angiogenézy [28]. Predchádzajúce štúdie ukázali, že p53
mutácie priamo súvisí s vývojom rakoviny žalúdka [4] a ďalšie štúdie ukázali, že obnovenie p53 aktivity indukovanej citlivosť karcinómu žalúdka na chemoterapiu [29]. BRCA1 je náchylnosť génom rakoviny prsníka a reguluje bunkovej apoptózy a opravy DNA škodu. BRCA1 hrá úlohu v aktivite opravy DNA a regulácia BRCA1
mutácie prispeli k rozvoju rakoviny prsníka, rakoviny vaječníkov [30], rakoviny pankreasu [31], a karcinómu žalúdka [32]. Stratil expresie BRCA1 proteínu bola spojená s nízka miera prežitia pacientov s rakovinou žalúdka [33]. Naša súčasná štúdia ukázala, že BRCA1 mRNA bola spojená s diferenciáciou žalúdočnej rakoviny. Okrem toho, STAT3 je transkripčný faktor, ktorý je aktivovaný v reakcii na rastové faktory a cytokíny, a podieľa sa na regulácii bunkovej proliferácie, apoptózy a motility v bunkách. Predchádzajúce štúdie ukázali, že STAT3 bol kľúčový regulačný faktor [34], vo vývoji rakoviny žalúdka, a že aktivácia STAT3 podporoval prežitie nádorových buniek a migrácii [35]. Predchádzajúce štúdie využité inhibítor STAT3 na liečbu rakoviny žalúdka a ukázal účinnosť [36].

Okrem toho, miRNA (MIR-125a-5p, MIR-331-3p, MIR-17, MIR-150, MIR-155 MIR-27b, MIR-31, bolo zistené, že mier-92a a mier-509-5p), ktorý odlišne exprimované v karcinómu žalúdka pre reguláciu expresie E2F1, E2F2, E2F5 a E2F7 v tejto štúdii (S3 tabuľka). Predchádzajúce štúdie ukázali, že mier-125a-5p expresie bola spojená s žalúdočné karcinogenéze zacielením na E2F3 [37]. Mirna-331-3p priamo zameriava E2F1 a indukované zastavenie rastu ľudských buniek karcinómu žalúdka [38]. Okrem toho, expresia MIR-155 bol schopný blokovať TGF-β1-sprostredkovanú aktiváciu Rb a následne k zníženiu hojnosť inhibičného PRB-E2F1 zložité a výťah G0 /G1 zástavy [39]. Mir-17 rodiny klastre sa objavujú ako kľúčové modulátory TGF-βtumor supresor signalizácia v karcinómu žalúdka, a to prostredníctvom regulácie p21, E2F1-3 a E2F5 cieľovej génovej expresie [40-42]. Okrem toho, mier-150, mier-31 a mier-92a boli tiež preukázané, úzko súvisí s karcinómom žalúdka [43-46]. I keď tam boli hlásené žiadne informácie o MIR-509-5p týkajúce sa rakoviny žalúdka, MIR-509-5p pripojil k Mdm2 /p53 spätnoväzbové slučku a reguluje rast rakovinových buniek [47]. Tieto štúdie boli v súlade s našimi súčasnými výsledkami.

Okrem toho regulačné vzťah medzi TF-gény a miRNA-TF môže mať za synergické efekty. Na našej novozriadenej E2F-súvisiace TF-miRNA ko-regulačné siete založenej sme identifikovali 9 húb-gény, ktoré sa týkajú hlavne v bunkového cyklu a organizáciu chromozómov (obr. 7). Prijaté všetky dáta dohromady, naša súčasná štúdie naznačujú, že žalúdočné vývoj a progresie rakoviny je zapojených viac génov a ďalšie štúdie sa zameria na týchto génov ako nových cieľov pre kontrolu rakoviny žalúdka.

Avšak, naša súčasná štúdia len poskytnutý predbežná dáta a ďalšie potvrdenie o štúdiu je potrebné overiť, naše dáta v ex vivo a in vitro. Tento systematický prístup nám môže pomôcť preskúmať rakoviny patogenézy a poskytnúť teoretický základ pre vyhľadávanie novú stratégiu pre liečbu rakoviny žalúdka v budúcnosti.

Podporné informácie
S1 tabuľku. Charakteristiky pacientov
doi: 10,1371. /Journal.pone.0116979.s001
(DOC)
Tabuľka S2. . Súhrn 980 odlišne exprimovaných génov v žalúdku rakovinové tkanive v porovnaní s normálnou tkanive vzdialených
hladiny génovej expresie v karcinómu žalúdka tkanivách vs. vzdialených normálnych tkanivách bolo aspoň 1,5-násobne líši s p-hodnoty. ≪ 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s002
(XLSX)
S3 Tab. . Súhrn 45 odlišne exprimovaných miRNA v žalúdočnej rakovinové tkanive v porovnaní s normálnou tkanive vzdialených
Hladiny expresie miRNA v žalúdočných rakovinových tkanivách vs. vzdialených normálnych tkanivách bolo aspoň 1,5-násobne líši s p-hodnoty menšie ako 0,05.
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s003
(XLSX)
S4 Tab. Súhrn 105 rozdielne exprimovaných génov v TFS-regulačné sieť v žalúdočných rakovinových tkanív
doi :. 10,1371 /journal.pone.0116979.s004
(DOCX)

Poďakovanie

ďakujeme Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Čína) pre editáciu a korektúry rukopisu.

• Ploche ONE: močových Úrovne N-Nitrozozlúčeniny vo vzťahu k riziku rakoviny žalúdka: Poznatky z Shanghai kohorty Study
• Ploche ONE: Chirurgické Výstupy 2041 Konsekutívne laparoskopických gastrektómia postupy pre rakoviny žalúdka: vo veľkom meradle Case Control Study