Plos ONE: Transcription Dejavniki in microRNA-Co-reguliranih genov želodčnega raka invazijo v ex vivo

Povzetek

Aberrant miRNA izraz nenormalno uravnava izražanje genov v celicah in lahko prispeva k tumorigeneze pri ljudeh. Ta študija je opredeljena funkcionalno ustrezne diferencialno izraženih genov z uporabo transkripcijske faktorje in miRNA-co-urejeno analizo omrežja za rakom želodca. TF-miRNA koregulacijski mreža je bila izdelana na podlagi podatkov, pridobljenih iz cDNA mikromrež in miRNA izražanja profiliranje želodčnega tkiva raka. Mreža skupaj s svojimi sočasno reguliranih genov smo analizirali z uporabo baze podatkov za pripis, vizualizacijo in integriranih Discovery (DAVID) in Transkripcijska regulatorni element baze podatkov (tred). Našli smo osemnajst (17 do regulirane in 1 dol regulirano) različno izraženih genov, ki so bili sočasno ureja transkripcijski faktorji in miRNAs. Kegg analiza pot je pokazala, da so bili ti geni del interakcije zunajcelični matriks-receptorja in kontaktnimi oprijema signalnih poteh. Poleg tega qRT- PCR in zahodni podatki blot pokazala povečanje COL1A1 in zmanjšanje v NCAM1 mRNA in raven beljakovin v želodcu tkivih raka. Tako se ti podatki, če prvi dokaz, ki ponazarja, da je bil spremenjen gen omrežja povezana z želodčno invazijo raka. je potrebna nadaljnja študija z velikim velikosti vzorca in bolj funkcionalnih preizkusih za potrditev teh podatkov in prispevati k diagnostike in zdravljenja strategij za rakom želodca

Navedba. Shi Y, Wang J, Xin Z, Duan Z, Wang G Li F (2015) transkripcijskih faktorjev in microRNA-Co-reguliranih genov želodčnega raka invazijo v Ex Vivo
. PLoS ONE 10 (4): e0122882. doi: 10,1371 /journal.pone.0122882

Akademska Urednik: Jian-Jun Zhao, Dana-Farber Cancer Institute, UNITED STATES

Prejeto: 8. november 2014; Sprejeto: 24. februar 2015; Objavljeno: 10 april 2015

Copyright: © 2015 Shi et al. To je prost dostop članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Razpoložljivost podatkov: Vsi pomembni podatki so v papir in njene dodatne informacije datotek

Financiranje:. To delo je podprta s sredstvi iz državnega Natural Science Foundation Kitajske (̭20108025 in̮72662). Podpira tudi delno National Natural Science Foundation Kitajske (̬71897 in̮01712), Jilin Key Laboratorij za biomedicinske materialov, Fundacije za Jilin provinci znanost in tehnologijo Ministrstvo (É30522013JH inÉ40414048GH) in Norman Bethune programa Jilin University (É2219)

konkurenčni interesi:.. avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je eden izmed najbolj pogosta oblika malignih obolenj v svet, ki prispevajo k tretjino smrti zaradi raka pri moških in petina žensk [1]. Približno pojavijo dve tretjini primerov raka želodca v državah v razvoju. Na Kitajskem se je incidenca in umrljivost povezana z rakom želodca, na tretjem mestu med drugimi oblikami rakavih bolezni [2], in so poročali, da se pojavi rak želodca pogosteje na podeželju in s trendom mladih, ki jih ji je prizadela v zadnjih letih [3 ]. Okolja (na primer Helicobacter pylori
okužbe ali uživanje prekajene hrane) in genetski dejavniki ( E-kadherina
mutacija) poveča dovzetnost za raka želodca, tako da spodbujajo spremembe v onkogeni /zaviralnih genov in /ali epigenetsko profil [4]. Sprememba v teh kritičnih dejavnikov za posledico nenormalno regulacijo rasti celic, apoptoza in diferenciacijo tako spodbujanje rakotvornost. Multiple genskih mrež, ki urejajo usklajuje prehod od normalne celice na tumorske celice in voziti napredovanje tumorja. Vendar pa do danes, podrobno razumevanje osnovnih multiple genskih regulatornih omrežij v patogenezi raka želodca je treba še opredeliti. Določitvi podrobnih molekularno sistematično mrežo, povezano z razvojem želodčnega raka in napredovanje lahko boljše razumevanje rakotvornosti pri želodčnih tkivih, s čimer utira pot za nove in učinkovite strategije za preprečevanje, diagnosticiranje in zdravljenje raka želodca.

izražanje genov v celicah se regulira tako na transkripcijo in post-transkripcijskih ravni. Transkripcijski faktorji (TFS) usklajuje prepisovanje genov, medtem ko miRNAs uravnava izražanje genov s posredovanjem post-transkripcijske dogodke, kot razgradnje mRNA in proteinov prevajanje [5]. Zato se lahko vse spremembe v delovanju miRNA povzroči razvoj raka pri ljudeh [6,7]. Transkripcijski faktorji so proteini, ki se vežejo na specifične sekvence DNA uravnavati hitrost prepisovanja genetskih informacij iz DNK na mRNA, [8,9], medtem miRNAs skupina majhnega nekodirajoče RNA v celicah in funkcijo v RNA utišanje in objave -transcriptional regulacija genske ekspresije [10,11]. TF-miRNA gen regulativni omrežje določa skupno izražanja genov profil v celicah do neke mere. Zato bi analiza TF-miRNA co-regulacijskih mrež v želodcu tkivih rakom nam pomagajo k nadaljnjemu naše razumevanje o tem, kako TFS in miRNAs usklajuje ureditev izražanja genov, ki prispevajo k želodca rakotvornost [12]. V prejšnji raziskavi, profilirane smo različno izražena gene v osemdesetih parih želodcu karcinomom, ki meji normalnih tkivih, ki uporabljajo cDNA mikromrež [13] in ugotovilo več genov s spremenjeno izražanja, vključno s TF. Na podlagi informacij iz Transkripcijska regulatorni element baze podatkov (tred) [14], smo zgradili in utrdilo TF-gen regulativni mrežo. V tej študiji, profilirane smo različno izražena miRNAs v petih parov želodcu karcinomom, ki meji normalnih tkiv in zgradili miRNA ciljno regulativni mrežo za rakom želodca, z vključevanjem ciljajo miRNA genskih baz, vključno Targetscan Miranda, miRDB in miRWalk [15] . Nato smo gradili TF-miRNA co-regulativni mrežo s pomočjo naše dosedanje podatke in nato izvedli GO in kegg poti analizira in izvedli PCR v realnem času in Western Blot analizo za preverjanje teh podatkov. Tako bi lahko tudi o metodah in analiz zagotavljajo pomembne namige za prihodnje študije o miRNA in TFS funkcij pri bolnikih z rakom želodca.

Materiali in metode

tkivnega vzorca

Skupaj 25 bolnikov želodca karcinom so bili zaposleni za to študijo od prvega bolnišnici Jilin University, Changchun, China. Želodčni rak tkiva in ujemanje daljni niso rakave tkiva so kirurško resekcija in shranimo v tekočem dušiku v 10 minutah po resekciji. Pisnih obvestil soglasja so bili pridobljeni iz vseh predmetov in podatki so bili analizirani anonimno. TNM in histološka klasifikacija je bilo v skladu s Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) merilih. Ta študija je odobril Odbor za etiko College osnovnih medicinskih znanosti, Jilin University.

profiliranje različno izražena mRNA in microRNA v želodčnih tkivih raka

različno izražene podatki mRNA med rakom želodca in normalne tkiva je potekalo od 80 bolnikov, prej [13] poročajo. Uporabili smo ≥ 2-kratno spremembo na profil različno izražene gene za to študijo.

V tej študiji, so bili različno izražene miRNAs v 5 parov želodcu raka, ki meji normalnih tkivih (glej podatke o pacientih v S2 tabeli) profilirana uporabo Affymetrix Mirna mikromrež žetonov po protokolih proizvajalca. Na kratko smo celotno RNA iz vzorcev tkiva izoliramo z TRIzola (Invitrogen, Carlsbad, CA, ZDA) in miRNK smo izolirali in očistili z mirVana Mirna Izolacija Kit (Ambion, Austin, TX, ZDA) in nato podvržemo Gene čip microRNA matrike analiza. Podatki so bili skenirani s pomočjo GeneChip Scanner3000 z GeneChip operacijski programski opremi (GCOS) in analizirali.

Gradnja TF-gena, miRNA ciljanja genov in TF-Mirna koregulativnimi omrežja

Na podlagi GeneChip Human Exon 1.0 ST mikromrež podatkov (Affymetrix, CA, ZDA) so, smo gradili TF-gen omrežje z vključevanjem profilov izražanja genov in transkripcijski bazo podatkov regulatorni element (tred). Regulativni interakcije med microRNA in njihovih ciljnih genov, so bile določene na podlagi informacij iz Targetscan Miranda, miRDB in baze podatkov miRWalk. Na TF-Mirna co-mrež, so bili zgrajeni s prekrivanjem teh dveh delov. so bile ugotovljene tudi hub-geni, ki so sočasno ureja TF in miRNAs. Mreže so bili zgrajeni z uporabo Cytoscape programske opreme (Inštitut za sistemsko biologijo, ZDA, http://www.cytoscape.org).

Funkcionalne komentarji izbranih genov

Spletna analitična orodja, kot so Database za Komentar, Vizualizacija in Integrated Discovery (DAVID) in Kjotskega Encyclopedia of genov in genomov (kegg) so bili uporabljeni za raziskovanje funkcionalno pot, povezano z različno izraženih genov. Znatno obogaten kegg poti s p < 0.01 so bili ugotovljeni in dodatno analizirati.

Kvantitativne RT-PCR (QRT-PCR)

Za odkrivanje raven mRNA smo uporabili 5 mikrogramov celotne RNA vzorcev vsakega vzorca za obratno prepisovanje v cDNA s prvi sklop cDNA Synthesis Kit (Takara, Dalian, Kitajska) in nato pomnožili s pomočjo qPCR za izražanje COL1A1 in NCAM1 mRNA z SYBR premiks Ex Taq (Takara) v Applied Biosystems 7300 Fast Real-Time PCR sistem v skladu z navodili proizvajalca. Relativno izražanje mRNA je normalizirana na beta-aktina mRNA s primerjalno metodo Ct (2 ^{-ΔΔCt, ΔCt = Ct _{ciljno Ct β-aktin, ΔΔCt = ΔCt tumor-ΔCt normalno). Vse primerji so bili oblikovani z Primer Premier 6 programske opreme, so primerji zaporedja za ojačanje navedene v tabeli 1. Podatki iz QRT-PCR smo analizirali z GraphPad Prism različice 5.0, so bile razlike med skupinami statistično ovrednotiti vzorec enostranske t-test s p vrednost. < 0,05 šteje za znatno}}

ekstrakcijo beljakovin in Western blot

vzorci tkiva z 1 mm ^{3 velikosti smo zmleli v tekočem dušiku in homogenizirali v celično lizo buffer (Beyotime Peking, Kitajska), pri 4 ° C za 20 minut. Koncentracija proteina v vzorcih smo določili s pomočjo BCA Protein testu Kit (Bio-Rad, Hercules, CA, USA) in beljakovine vzorcev ločimo z natrijevim dodecil sulfata-poliakrilamid gelno elektroforezo (SDS-PAGE) z uporabo 10% gel in nato prenese na PVDF membrano (0,45 um; Bio-Rad, Hercules, CA, USA) 2 h. Membrane smo nato inkubirali z protitelesa kunčjega anti-kolagen I (Novus Biologicals, Littleton, CO, ZDA) v razredčenju 1: 1000, miška anti-NCAM1 /CD56 protitelo (Novus Biologicals) v razredčenju 1: 400 ali kunčjega anti-β-aktina protitelesa (Proteintech, Chicago IL, USA) v razredčenju 1: 2000 pri 4 ° C čez noč in nato po pranju s sedežem Tris slanica-Tween 20 (TBST), inkubiramo membrane z kozji anti-kunčjega IgG s (Beyotime) ali kozjega proti-miš IgG (Proteintech) pri razredčenju 1: 2000 za 2 uri. Beljakovinsko signali so odkrili z avtoradiografijo, s pomočjo okrepljenega kemiluminescenco reagenta (Beyotime, Peking, Kitajska), ki ji sledi izpostavljenosti rentgenskih posnetkov. Gostota beljakovin pasu je količinsko, z uporabo sistema Gel Image (Tanon, Šanghaj, Kitajska) in smo normalizirali na beta-aktinske ravni, ki je bila uporabljena kot kontrola nakladanja.}

Statistična analiza

LIMMA ( linearni modeli za podatke mikromrež) analize, ki temelji je bila izvedena za ugotavljanje različno izražene miRNAs z cut-off vrednosti vsaj 2-krat spremembe (FC) s p < 0,05 in FDR < 0,05. SPSS 21.0 programske opreme (SPSS, Chicago, IL, ZDA) je bila uporabljena za izvedbo sprejemnik Operacijski Značilen (ROC) krivulja in logistično regresijsko analizo. Občutljivost, specifičnost in površina pod krivuljo (AUC) smo izračunali s pomočjo statistične programske opreme Med-Calc in p vrednost < 0.05 je štelo, da je statistično značilna. Zahodni podatki blot smo analizirali z GraphPad Prism Version 5.0 (San Diego, CA, ZDA) in razlika med tumorjem in normalnih tkivih so ocenil enostranske t-test in p vrednost < 0.05 je štelo, da je statistično značilna.

Rezultati

TF-gen regulativni mrežo in diferencialne ekspresije miRNAs pri bolnikih z rakom želodca

TF-gen regulativni omrežja, kot je prikazano na sliki 1 je bila zgrajena na podlagi podatkov, pridobljenih od prejšnje študije [13] na različno izraženih genov (≥ 2-krat) od 80 parov želodčnega tkiva raka. Natančneje, pet transkripcijske faktorje myb, MYBL2, ETV4, LEF1 in TFAP2A so se regulirane in se oblikujejo TF-genskih regulatornih omrežij z 41 genov, od katerih je bilo 38 do reguliranih in 3 so navzdol urejene v želodčnih tkivih raka (S1 tabelo). Poleg tega smo profilirane Mirna izraz uporablja Affymetrix microRNA nize v petih parov želodcu normalnih tkiv raku ustreza (Clinicopathological značilnosti bolnikov, kot je prikazano v S2 tabeli). Skupno 93 miRNAs bili različno izražena v želodčnih tkivih rakom (p &0.05), od katerih je bilo 27 miRNAs navzgor reguliranih, medtem ko so 66 navzdol regulirano (slika 2 in S3 tabelo). Med temi različno izraženih miRNAs, več so poročali v prejšnjih študijah, kot so miRlet-7, miR409, MIR-28-5p, MIR-625, itd [16-19]. Nato so Targetscan, Miranda, miRDB in miRWalk baz izkopati predvideti ciljne gene teh različno izraženih miRNAs.

TF-miRNA omrežje ureja različno izraženih genov v raka želodca

, ki temelji na podatkovnih nizov iz cDNA in miRNA mikromrež, kot je bilo že omenjeno, smo zgradili tudi odklonske omrežje TF-Mirna, ki regulirano ekspresijo genov pri raku želodca (slika 3 in S4 tabela). Še posebej, te neobičajne TF-Mirna omrežja urejeno izražanje 18 genov ( COL1A1
, COL1A2
, COL5A2
, COL11A1
, DSG3
, AChE
, SERPINE1
, SERPINB2
, CXCL5
, MMP1
, plau
, SPP1
, GJB2
, CLDN2
, CDKN2A
, CENPF
, MAD2L1
, in NCAM1
), od katerih je večina (17 od 18) so se regulirane v želodčnih rakavih tkivih (slika 4).

Funkcionalna analiza teh 18 vozlišč gene igrali David (v Baza podatkov za pripis, vizualizacijo in integriranih Discovery) [20] je pokazala, da sta bili dve zelo obogatene kegg poti, ECM-receptor interakcije pot žariščno oprijem pot. Pet genov ( COL1A1
, COL1A2
, COL5A2
, COL11A1
in SPP1
) so najbolj bistveno spremenila in je bila vsi vpleteni v interakcijo z ECM-receptorja in goriščno oprijema poti (tabela 2). Analiza koregulacijskega omrežja je pokazala, da je imel ta 18 hub-geni drugačno razporeditev vozlišče stopinj, medtem ko je COL1A1
in NCAM1
pokazala največjo distribucijo stopinj (slika 5).

združenje COL1A1
in NCAM1
izrazi z clinicopathological statusom

smo domnevati, da bi geni z višjo distribucij stopinj igrajo pomembno vlogo v regulativnem omrežju. Tako smo povezano izražanje teh genov s clinicopathological značilnosti bolnikov z rakom želodca. Sprejemnik deluje značilno (ROC) analizo krivulje je pokazala, da je izraz COL1A1
in NCAM1
bi lahko bilo discriminators med rakom in ustreznih normalnih tkivih z AUC (površina pod krivuljo) = 0,806 za COL1A1
in 0,677 za NCAM1
. Kombinacija COL1A1
in NCAM1
izraz zagotovil boljšo diferenciacijo stanja s AUC = 0.829, občutljivost = 70,7% in specifičnost = 84,0%, kot jo ima posameznik COL1A1
ali NCAM1
izraz (Slika 6 in tabela 3).

Poleg tega smo potrjene podatke mikromrež uporabo QRT-PCR in Western blot v drugih 20 parov raka želodca in sosednjih normalnih tkivih (bolniki " podatki, navedeni v S2 tabeli). COL1A1 in NCAM1 mRNA izraz pokazala 3.10 ± 1,08 krat up-ureditev in 0,37 ± 0,02 krat navzdol ureditev v tumorskih tkivih, v primerjavi z običajnimi tiste (p < 0,01), medtem ko je zahodni podatki blot pokazala jasno razliko med relativno gostoto beljakovin COL1A1 v tumorskih tkivih (0,92 ± 0,02) v primerjavi s sosednjima normalno tkiva (0,29 ± 0,01; p < 0,01), medtem ko je izražanje NCAM1 v tumorskih tkivih (0,11 ± 0,002) v primerjavi z normalno da tiste (0,85 ± 0,05) (p < 0,01 , slika 7). Tako je navzgor regulacija COL1A1 in dol regulaciji NCAM1 izražanja ne bi le razlikovati med rakom in normalnih tkivih, ampak tudi razdeli bolnikov z rakom na različnih stopnjah tumorjev. Stopnja COL1A1 izražanja je bila višja v mišične in korena napadel tumorjev, medtem ko NCAM1 izraz večinoma negativno povezana s tumorsko invazijo (slika 8).

Pogovor

V sedanji študiji, podatki iz cDNA in miRNA mikromrež je bila uporabljena za gradnjo transkripcijski faktorji-Mirna koregulativnim omrežje raka želodca in identificirati 18 pesta gene, ki so urejena s tako transkripcijski faktorji in miRNAs. Ti geni pripadajo interakcijo zunajcelični matriks-receptorja in kontaktnimi oprijemljivosti signalnih poteh. Poleg tega je izraz COL1A1
in NCAM1
je bila potrjena v želodčnih tkivih raka in so bile povezane z želodčno invazijo raka; Vendar pa je še vedno neznan, ki miRNA (i) uravnavajo njihovo izražanje pri raku želodca.

Transcription faktorjev myb, MYBL2, ETV4, LEF1, TFAP2A so up-urejena v želodcu tkivih raka. Dejansko so myb družinske proteini široko razširjeni v evkariontskih organizmov in expresison od myb-transkripcijski faktor je ključnega pomena za rast tumorja in mlečne rakotvornost [21] [22], medtem ko MYBL2 (B-myb) je onkogeni transkripcijski faktor, vključenih v celični cikel , G2 /M napredovanja [23]. Kot član onkogenih ETS
genov, so poročali ETV4 protien spodbujanje rakavih metastaz pri modelih z miško [24], in je povezana s slabo prognozo v adenokarcinomom želodca [25]. Družina TCF /LEF je majhen družinski dejavniki DNK veže in LEF1 deluje predvsem kot aktivator z vlogo v inhibicijo celične apoptoze [26]. TFAP2A je transkripcijski faktor, ki je v glavnem uravnava celične rasti in diferenciacije. V nazofaringealnega karcinoma, TFAP2A urejeno rast tumorskih celic in preživetje skozi HIF-1α posredovano VEGF /PEDF signalne poti, kar kaže, da TFAP2A bi lahko potencialni biološki marker nazofaringealnega zdravljenje karcinoma [27]. Poleg tega so v miRNA-TF koregulacijskega omrežje, smo identificirali 18 pesta gene, ki so urejena tako TF in miRNAs. Funkcionalna analiza teh 18 genov izpostavila dve pomembni poti kegg, zunajceličnega matriksa (ECM) receptorja interakcija potjo žariščno adhezijo poti. Nedavne študije so pokazale, da so ECM-receptorji (integrinov) posreduje signalizacijo glavna skupina signalov, ki prispevajo k celično preživetje in zagotavlja prednost preživetje različnih vrst rakavih celic [28]. ECM lahko tudi uravnavajo celično proliferacijo, diferenciacijo, smrt in rakotvornost [29]. Kot strukturnih povezav med ECM in aktina skeleta, kontaktne adhezije služi kot lokacije za prenos signalov iz ECM v intracelularni oddelek [30]. Naši trenutni podatki so pokazali, da je pet geni ( COL1A1
, COL1A2
, COL5A2
, COL11A1
in SPP1
) co-urejeno tako TF in miRNAs sodelovali v interakciji ECM-receptorja in kontaktne oprijemljivosti poti. Prejšnja študija je pokazala čezmerno SPP1
(izloča fosfoprotein 1) v želodcu raka in njegova povezava z napredovanjem raka [31]. Geni COL1A1
, COL1A2
, COL5A2
in COL11A1
spadajo v družino kolagena beljakovin, bistvene strukturne komponente ECM. Up-regulacijo kolagena je ključnega pomena za spodbujanje rasti tumorja, kot je kolagen kataboliziranih s metaloproteinaz matriksa (MMP) odkriva skrito veznih mest, ki še dodatno spodbuja angiogenezo in tumorja invazijo. Prejšnja študija je pokazala, da je bil izraz COL1A1 in COL1A2 povišano malignih debelega endotelija celic [32], kar kaže, da ti dve proteini igrajo vlogo pri angiogenezo in nastanek desmoplasia med kolorektalnega razvoj raka [33]. Poleg tega je izraz COL5A2
in COL11A1
je bila povezana s kolorektalnim nastanek raka [34], ki kažejo, da je COL5A2
je co-izražena s COL11A1
in danke vzorci tumor, vendar ne v normalnem kolona epitelij; Vendar pa je še vedno neznan, ki miRNA (i) uravnavajo njihovo izražanje pri raku želodca. Globina raka invaziji je pomemben dejavnik pri napovedovanju načrtovanja preživetja in zdravljenja. Kolagen je eden od pomembnih komponent v mikrookolju tumorja, eksperimentalni rezultati odštevalni hibridizacije in mikromrežnem navedla različne kolagenskih genov, ki so bili neobičajno, izraženih v tumorskih tkivih, kot COL1A1 kodiranje tipa 1 kolagen [35]. COL1A1
je bilo ugotovljeno, da povezati z želodčno invazijo raka in metastaz [33]. Naši trenutni podatki so potrdili, da je bila ekspresija COL1A1 znatno povišano želodčnih tkivih raka in je povezana z napredovanje tumorja. Poleg tega je naš sedanji Študija je tudi pokazala, da je bil izraz NCAM1 beljakovin negativno povezana z želodčno invazijo raka. NCAM je večnamenski membranski protein sodeluje pri diferenciaciji celične migracije, nevronske rasti sinapse in posebnih vzorcev sinaptičnih povezav. Prejšnja študija je poročala, da je bil NCAM1 izraz povezan z invazivno rast glioma [36]. Po inokulacija transfektiranih zvezdastih glioma celice v možganih podgan, Edvardsen et al.
, Poročali, da je invazivnost tumorskih celic zmanjša, kar kaže, da je raven NCAM1 izražanja je bila negativno povezana z tumorja invazivnosti [37]. Čeprav je izguba NCAM1 izražanja v raka želodca niso poročali prej, naš sedanji podatki o obratnem povezavi z želodčno invaziji raka je v skladu s prejšnjimi študijami gliomov [37]. Nadaljnje raziskave so potrebne za potrditev statusa ekspresije COL1A1 in NCAM1 beljakovin kot potencialnih bioloških označevalcev za zgodnje diagnosticiranje in napovedovanje želodca napredovanja raka.

Gradnja TF-miRNA koregulacijskega omrežja je koristno orodje pri identifikaciji od kritične regulatorji in njihove ciljne gene v človeški raka. Vendar pa je naš sedanji študija je le napor dokazovanja načela in prihodnje študije z večjo velikost vzorca so potrebni za potrditev trenutne ugotovitve. Upoštevati je treba, da ga raziskavah mehanizma za nadaljnje razumevanje vloge ključnih molekul in genskih poti raka želodca.

Podpora Informacije
S1 tabelo. Povzetek regulativnih interakcij TF-genske mreže
doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s001
(XLSX)
S2 tabeli. Značilnosti bolnikov (25 parov raka želodca in sosednje normalne tkiva za miRNA mikromrež (n = 5) in Western blot (n = 20), analiza in RT-qPCR (n = 20) analiza)
doi:. 10,1371 /dnevnik .pone.0122882.s002
(DOC)
S3 tabeli. . Povzetek 93 različno izraženih miRNAs v želodcu tkivih rakom v primerjavi z oddaljenih normalnih tkivih
ravni izražanja genov v želodcu tkivih rakom v primerjavi z oddaljenih normalnih tkivih bili vsaj 2-krat drugačna z vrednostjo p. ≪ 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s003
(XLS)
S4 tabeli. . interakcije miRNAs in njihovih reguliranih genov v TF-gena regulativni mrežo
Vse ureditev izvira iz transkripcijske regulatorni element baze podatkov (tred)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s004
(XLSX )

Priznanja

To delo je bilo podprto delno z donacijami National Natural Science Foundation Kitajske (̭20108025 in̮72662), National Natural Science Foundation Kitajske (̬71897 in̮01712) , Jilin Key Laboratorij za biomedicinsko materialov, fundacija za Jilin Province znanost in tehnologijo Ministrstvo (É30522013JH inÉ40414048GH), in Bethune programa Norman Jilin University (É2219). Prav tako se zahvaljujem Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kitajska) za urejanje in lektoriranje ta rokopis.

• Plos ONE: prognostični vlogo MMP-7 želodčnega raka preživetje: metaanalizi
• Plos ONE: NMe2 zmanjša proliferacijo, migracijo in invazijo želodčnega raka celic za Limit Metastasis