Plos ONE: Zveza med števila kopij DNA aberacije na kromosomu 5q22 in želodca Cancer

Povzetek

Ozadje

Rak želodca je pogost rak. Odkrivanje novih genskih biomarkerjev lahko pomagajo prepoznati posameznike z visokim tveganjem. Kopiraj številko variacije (CNV) je bil pred kratkim izkazalo, da vplivajo na tveganje za več vrst raka. Namen te študije je skušalo preveriti povezavo med številom kopij na varianto regije in GC.

Metode

skupaj 110 želodca bolnikov z rakom in 325 zdravih prostovoljcih so bili vključeni v to študija. Preiskali smo za CNV in našel CNV (variacija 7468), ki vsebuje del APC
gena, SRP19
gen in REEP5
gena. Izbrali smo štiri sonde usmerjene na APC-intron8
, APC-exon9
, SRP19
in REEP5
zasliševali to CNV. Posebne TaqMan sonde različnih novinar fluorofori označeni so bili uporabljeni v PCR v realnem času platforme za pridobitev število kopij. Oba originalni podatki ne-cela in preoblikovani podatki cela o številu kopij so bili uporabljeni za analize.

Rezultati

bolniki želodcu CANER imeli manjšo ni celo število kopij, kot pri kontroli za APC exon9
sonda (Prilagojena p = 0,026) in SRP19
sonda (Prilagojena p = 0,002). Analiza števila celo kopiranja prinesla podoben vzorec je sicer nižja (korigirani p = 0,07 za APC exon9
sondo in prilagojen p = 0,02 za SRP19
sonda).

sklepi

Izgube v CNV pri 5q22, še posebej v regiji DNA, ki obdaja APC-ekson 9
, lahko povezano z večjim tveganjem za raka želodca.

Navedba sklicevanja : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) Zveza med števila kopij DNA aberacije na kromosomu 5q22 in želodca raka. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10,1371 /journal.pone.0106624

Urednik: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Združene države Amerike

Prejeto: 29. april 2014; Sprejeto: 30. julij 2014; Objavljeno: 11. september 2014

Copyright: © 2014 Tsai et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Data Zaloga:. avtorji potrjujejo, da so v celoti na voljo brez omejitev vse podatke, na katerih temeljijo ugotovitve. Vsi pomembni podatki so v papirju in njene dodatne informacije datotek

Financiranje:. To delo je podprta s sredstvi iz University Hospital Kaohsiung Medical (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), odličnosti za raka Raziskovalni center Grant s pomočjo sredstev iz ministrstva za zdravje, izvršni Yuan, Tajvan, republika Kitajska (MOHW103-TD-B-111-05) in National Science svet Republike Kitajske (NSC 99-2320-B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Ustanovitelji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca (GC) je četrti najpogostejši rak in tretji najpogostejši vzrok smrti zaradi raka po svetu pri moških; peti najpogostejši rak in peti najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženskah [1]. Po podatkih Mednarodne agencije za raziskave raka (IARC), Japonska, Kitajska in Koreja imajo višjo stopnjo incidence GC [2]. V Tajvanu, je GC šesti glavni vzrok smrti zaradi raka v letu 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm, naložena v juniju 2011). Rak želodca je zelo zapleten in kaže heterogenost v kliničnih, bioloških in genetskih vidikov. Znani okoljski dejavniki, ki vplivajo na GC vključujejo Helicobacter pylori (H. pylori)
infekcije, prehrambene navade, kajenje cigaret, družinsko anamnezo in spolu (a višje razmerje moški-to-ženska) [3]. Ker je v družini pomemben dejavnik tveganja za GC, so nedavne študije osredotočene na genetskih dejavnikov, ki igrajo vlogo v GC. Več preiskovalci so dokumentirani genske spremembe, ki so vključeni v razvoj GC [4].

rak želodca pogosto kaže pozno klinični predstavitev, in je običajno diagnosticirana v zaključni fazi in opravlja slabo prognozo. Zgodnje odkrivanje GC je ključnega pomena za izboljšanje terapevtsko učinkovitost in zmanjšanje umrljivosti, torej opredelijo ustrezni genetskih biomarkerjev lahko pomaga pri zgodnjem odkrivanju GC. Veliko število povezav med strukturnimi genomskih sprememb in bolezni dovzetnosti so razkrili [5], [6]. Več posebnih genetskih sprememb, vključno s podvajanjem in mutacije so se sumi ali je dokazano, da so povezani z GC napredovanja [7]. DNA kopirati razlike številka (CNVs) so pogoste v različnih rakavih obolenj in drugih končnih točkah bolezni. Razlike v številu kopij DNA je lahko pokazatelj velikim tveganjem GC v posameznikih. Uporaba primerjalne genomske hibridizacije (CGH) /analiza niz-CGH (aCGH), je bilo več genomske regije najdemo v GC celicah ali bolnikov GC imeti koristi regij DNK vključno 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12 in 20q11-13 in izgube regij DNK, vključno 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13 in 18q22 [8] - [13]. Ti rezultati kažejo, da so vzorci kromosomske nestabilnosti v korelaciji s kliniko-patološke značilnosti GC.

Prejšnje študije so zabeležili nepravilnosti v adenomatozne polipoze coli ( APC
) gena na kromosomu 5q22 do rezultat v družinsko adenomatozne polipoze (FAP), dedno non-polipoze raka debelega črevesa in druge oblike raka [14] - [16]. Najpogostejše izgube številu kopij na 5q22 pri bolnikih GC razlik rasne so povzete v Tabeli S1 v datoteko S1 [8] - [10] [12] [13] [17] - [22]. Študije so poročali, da [20] GK bolniki so imeli 15,4% v japonski [10], 35% v korejščini [21], in 21% v Turk genskih mutacij na 5q14-22. je bilo ugotovljeno, izgube številu kopij na kromosomu 5q22 se bistveno povezana z histološki tip [13] [18] [19], stanje bezgavko [12] in metastaze [12] pri bolnikih GC. Poleg odnosa z rakom želodca, izguba 5q je pogosto vpletena v predrakave spremembe na stopnji [17], [22]. Te študije so pokazale, da lahko APC
gen igrajo pomembno vlogo v GC. Zato se v tej študiji smo testirali združenje številu kopij na 5q22 z GC na tajvanskem prebivalstva.

Metode

Študija prebivalstva

Skupno 110 bolnikov GC in 325 zdravih kontrol je bilo vključenih od Medical University Hospital Kaohsiung na Tajvanu. Vsi bolniki so bili bodisi tajvanski ali celinski Kitajski. Prisotnost GC je tudi patološko potrjena. Histološko razred je bil razvrščen v skladu z merili iz Lauren [23]. Uprizoritev tumor je bil v skladu s skupnim odborom ameriškega o sistemu Rak (AJCC) počivališču [24]. Osebe z drugih malignih bolezni so bili izključeni iz študije. Za nadzor oseb je bilo zdravih prostovoljcev, ki so sodelovali v rednih zdravstvenih zdravniškimi pregledi v bolnišnici. Nobeden od kontrole je imelo osebno zgodovino raka ali katerekoli druge diagnosticiranih pomembnih želodčnih motenj ob vpisu. Študijskih Protokoli in metode je odobril revizijski odbor institucionalne Medical University Hospital Kaohsiung. Vsi udeleženci so se o tem pisno privolitev pred začetkom študija.

Izberite kandidat CNV, povezanih z GC

Kandidat CNVs zajema APC
bila najdena gena na kromosomu 5q22 iz javne baze podatkov (baza genomskih različic, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~HEAD=pobj~~number=plural). Do novembra 2010 je zbirka podatkov na seznamu fizičnega stališča za 66,741 CNVs, ki se nahajajo v 15,963 skupnih regijah CNV. Med njimi je bil CNV (Različica 7468), na 5q22 da steče 127,5 kb (kromosomska lokacija: 112138707 na 112,266,194, ki temelji na NCBI zgraditi 36 /hg18 različice), ki zajema del APC
gena in SRP19
gen na sprednji verigo DNK in REEP5
gena v verigi obratnem DNK. Na podlagi podatkov, array CGH iz 50 zdravih francoskih moških, je bila pogostost dobička in izgube kopij na tem območju 2% in 2%, soodvetno [25]. Literatura kaže šest mutacije v alternativno-zvito regiji eksonu 9 v APC
gena, ki je povezana s FAP [26] in raka na debelem črevesu [27], vendar nobena so poročali v zvezi z GC.

smo izbrali dve sosednji sondi zaslišuje intron8 in exon9 od APC
gen, oziroma ena sonda za SRP19
gena, in ena sonda za REEP5
gen za odkrivanje števila kopij tega CNV ker em <> RPPH1
je bil uporabljen kot referenčni gen. Te sonde so na voljo na tržišču od TaqMan (Applied Biosystems Inc (ABI), CA, ZDA) in njihove podrobne informacije o genomov (graditi 36 /hg18) je prikazano v tabeli S2 v datoteke S1 in sliki S1 v S1 datotek.

Genomska priprava DNA in PCR v realnem času za copy odkrivanje število

izolacije DNA smo izvedli z uporabo komercialno dostopnih izolacijo DNA kompleti (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Hamburg, Nemčija). RNazo A (Qiagen), je bila uporabljena za prebavo enojno verižni RNA za izolacijo RNA brez DNK. Genomsko DNA smo ekstrahirali iz periferne krvi levkocitov. DNA je bila prvič količinsko UV absorpcije (Beckman DU 640 spektrofotometer; Beckman Coulter, Brea, CA, ZDA) in nato pomnožili s PCR v realnem času. Koncentracije DNA so bile prilagojene na 10 ng /ul pred genotipizacije. Real-Time PCR smo izvedli z uporabo TaqMan sond v instrument ABI 7900HT Real-Time PCR (ABI). Komercialno so na voljo FAM sonde-dye označeni zasnovan za razširitev APC
, SRP19
in REEP5
. VIC barvila z oznako ribonukleazo P RNA komponente H1 (RPPH1)
je bila uporabljena kot endogeno kontrolo, ker RPPH1
ima natanko dve kopiji na diploidno človeškega genoma, ki se nahaja na kromosomu 14q11.2 [ ,,,0],28]. Temeljni premazi in sonde so bile oblikovane iz genomske sekvence (graditi 36 /hg18) z uporabo lastniške programske opreme ABI. Število TaqMan copy test v zaprtem 1 p APC, SRP19 ali REEP5
sonda (20x, FAM označeni), 1 p RPPH1
mix sonda (20x, VIC označeni), 10 ml TaqMan Universal PCR master Mix (2x), 1,5 ul genomsko DNA in 6,5 ul vode. Protokol ojačanje uporabljena za reakcijo je 95 ° C za 10 minut, čemur sledi 95 ° C 15 sekund in 60 ° C, 1 minuto pri 40 ciklih. Prag za uporabo prag cikel (CT), 0.2 in avtomatski izhodišče so bili uporabljeni za ugotavljanje količine predlogo ciljnih genov in RPPH1
gen s strani sistemske programske opreme za odkrivanje zaporedje (ABI, različica 2.4). Za vsak vzorec, štiri sonde ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
in REEP5
) smo izvedli skupaj z notranjo kontrolo. Ciljne sonde in notranjega nadzora so bili naloženi v istem vodnjaku in vsaka reakcija je bila izvedena v quadruplicates. CopyCaller programske opreme (ABI, različica 1.0) je bila uporabljena za izračun števila število kopij vsake sonde, ki temelji na podatkih za PCR v realnem času. Izračunali smo povprečje in standardni odklon (SD) za quadruplicates za ΔCt za vsak predmet. Za nadzor za kakovost podatkov, so bili podatki filtrirana s tri korake. Samo subjekti, ki so opravili vse tri korake za nadzor kakovosti podatkov so bili uporabljeni v nadaljnjih analizah.

Kopiraj kakovostne število kontrolnih

Za nadzor kakovosti podatkov, po številu kopij vsakega sonde iz realnega -time PCR smo filtrirali treh korakih. V prvem koraku so bili proučeni podatki iz posameznih realnem času PCR teče. je bila uporabljena naslednja merila za izključitev za analizo: 1) VIC Ct > 32, verjetno zaradi okvare za razširitev notranjega RPPH1
signala, 2) vsaka sonda z ΔCt > 4,0 ali 3) FAM Ct > 40 . Podatki, ki so dosegle z zadnjih dveh meril predlagala neuspeh ojačanje ciljnih sonde, zato so bili podatki štejejo za nezanesljive. Po prvem koraku smo izračunali povprečno ΔCt za vsak študijski predmet.

Drugi korak je bil, da se izključi izločena iz povprečne ΔCt uporabo ± 3 SDS kot cutoffs. Po prvi in ​​drugi koraki, je število izvod vsake sonde za vsakega posameznika izračuna po formuli 2 ^{-ΔΔCt x 2. Ustrezno število kopija ne sme biti število. Glede na to, da je število kopija teoretično celo, bomo še naprej sledili smernicam programske opreme CopyCaller oceniti celo vsakega številu kopij z uporabo avtomatskega maksimalno metodo analize verjetnosti, ki temelji na razdelitvi verjetnostne gostote v vseh vzorcih.}

Na koncu v skladu s porazdelitvijo števila celo kopiranja, so bili izračunani standardiziran z oceno in vrednost zaupanja. Višja absolutna vrednost za standardiziran rezultat Z in nižja vrednost zaupanja pomenilo večje razlike. Kot smernice uporabnika za CopyCaller programske opreme (ABI, različica 1.0) je predlagal, tretji korak za nadzor kakovosti podatkov je, da se izključi vse vzorce, ki so izpolnjevale z obema od naslednjih meril: 1) absolutna vrednost Z rezultatom > 2,65 in 2) vrednost zaupanja < 0.9. Samo udeleženci, ki so opravili vse tri korake nadzora kakovosti podatkov so bili uporabljeni v nadaljnjih analizah.

Statistična analiza

Ker je le nekaj udeležencev je imelo število kopij, ki je večja od 3 ali manj kot ena, se je število kopij razvrščeni v tri skupine (≤ 1, = 2, ali ≥ 3). Za testiranje povezave med kategorijo številu kopij za vsak položaj sonde in bolezni, smo uporabili logistično regresijo s prilagoditvami za starost in spol. smo izračunali razmerja obetov (OR) in njihove 95% intervali zaupanja (CIS). Prav tako smo izračunali stopnjo konkordančno kategorije števila kopij v vseh štirih sond. Test Trend Cochran-Armitage je bil uporabljen, da bi našli linearno razmerje med številom kopij ciljnih sond in GC tveganja. Študentska t in Mann-Whitney U (če se običajno ne prodajajo), so bili uporabljeni za primerjavo števila kopij vsakega sonde med GC bolnikov in zdravih kontrol. Dve zimsko p vrednost < 0.05 smo imeli statistično značilne. Statistične analize so bile izvedene po različicah JMP programske opreme 9.0 (SAS Institute Inc., NC, ZDA).

Rezultati

Študijski predmeti

Vsi 110 GC bolnikov in 325 kontrolnih preiskovancev imelo kopiranje podatkov številko za vsaj enega od štirih sond na 5q22. Porazdelitev vrednosti, število kopij za vsako sondo je prikazano na sliki 1. bolnikih GC so precej starejši od zdravih kontrol (starosti; povprečje ± SD: bolniki GC = 66,5 ± 13,8, Controls = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Men predstavljali večji delež (61,8%) bolnikov, GC, vendar pa sestavljajo le 46,4% od zdravih kontrol (p = 0,005). Med bolniki GC, 55 je bilo H. pylori
okužba, 28 niso bile okužene s H. pylori,
in 27 ni imela take informacije. 37 bolnikov GC imela uvrstitev histološke Lauren (19 razpršeno, 16 v črevesju, in 2 mešane podtipe); 34 je bilo diferenciacije oceno (3 dobro diferencirani-, 9 zmerno diferenciran in 22 slabo diferenciran); 45 je bilo AJCC stopnjo tumorja (12 fazi I, 7 fazi II, 13 fazi III in 13 faza IV).

zveza med CNV in rakom želodca

Kot je bilo pričakovati, je večina udeležencev v študija je imela 2 kopije bližnjega CNV segmenta: v razponu od 78,2 do 92,6% med 4 sonde v kontrolah in od 87,3 do 93,6% pri bolnikih, GC. Ustrezne privolitve tečaj za številu kopij čez 4 sond v razponu od 80,5 do 93,1% (Tabela S3 v Datoteka S1). To število kopij je bilo pogosto razlikujejo glede na večjem območju znano funkcionalno APC
in SRP19
. Zato se lahko odstopanja predstavljajo dolžino razdalje in funkcionalnih sprememb (tabela S3 v Datoteka S1). Za sondo APC-exon9
, 9,1% bolnikov GC pripadal številko kopije kategorijo 3, medtem ko je bilo 17,5% kontrol v kategoriji 3 (OR = 0,48, 95% IZ: 0.22-0.93; Surovi p = 0,04, starost /spola prilagojen p = 0,07, tabela 1). Prav tako je bilo manj bolnikov GC v kategorijo 3 v primerjavi s kontrolnimi predmetih za druge tri sond, vendar razlike niso bile statistično značilne (tabela 1). Poleg tega so opazili odnos odvisno od odmerka med GC in številom kopij sonde za APC-exon9
(tabela 1). To pomeni, da je nadzor, so imela večji delež dobička števila kopij kot primere s trend p vrednost 0,026 (starost /spol prilagojen p = 0,067 za preskus trend).

Ker je bilo število kopija oceniti iz podatkov PCR v realnem času, prvotno število kopij ni bila celo število in običajno ne razdeli. Zato smo preizkusili tudi neparametricnim povezavo med podatki niso celih o številu kopij in stanja bolezni. Mediane in interkvartilnimi razponi (IQRs) o številu kopij vsake sonde ( APC-intron8, APC-exon9, SRP19,
in REEP5
) smo primerjali med GC bolnikov in zdravih kontrolah ( tabela 1). Podobno kot izhaja iz števila celo kopiranja so imeli bolniki GC bistveno manjše število kopij v primerjavi s kontrolami za APC-exon9
(surova p za testom t = 0,006, surove p za Mann-Whitney U Test = 0,013, spol /starost prilagojen p = 0,026) in SRP19
(surova p za testom t = 0,0004, surove p za Mann-Whitney U test = 0,017, spol /starost prilagojen p = 0,002) sonde (slika 1B in slika 1C). Ni bilo bistvene razlike, za druga dva CNV sond ( APC-intron8
in REEP5
) (Slika 1A in slika 1D). Nadaljnja analiza korelacije med številom kopij in GC kliničnih patoloških razvrstitev, so rezultati pokazali, da ni bistvene kopija število razlika v eksonu-9 APC
gena glede na histoloških, diferenciacije razrede ali stopnje TNM, ki bi nihala zaradi majhne velikosti vzorcev (tabela 2).

Pogovor

Ta študija uporablja 4 sonde raziskati povezavo med kopiranjem variacije števil na kromosomu 5q22 in GC. To območje zajema tri gene: 'konec APC
gena, celotno SRP19
gena, in 3 "na 3 REEP5
gena. Za sondo APC-exon9
imela nadzor višje vrednosti števila kopij, kot bolnikov GC v vseh treh analiz (tj kopiranje kategorijo številko, test trend, in ne-celo število število kopij). Sondo SRP19
imeli tudi bistveno večje število kopij (na podlagi kopiranja kategoriji številk in ne-celo število analiz) v kontrolah, kot pri bolnikih GC. Za APC-intron8
in REEP5
sonde, vrednosti števila kopij niso bistveno razlikovali med GC bolnikov in kontrolno skupino v katerem koli od treh analiz. Rezultati te študije kažejo, da se zmanjša število kopij na območju te CNV lahko povezano z večjim tveganjem za raka želodca.

APC
gen, ki vsebuje 15 eksonov se nahaja na kromosomu 5q21-22. Pri bolnikih, ki FAP [26] in bolnikov GC [29] so bile v eksonu 15 opazili Večina mutacije gena APC
. Šest mutacije v alternativno-zvito regiji eksonu 9 je bilo dokumentirano, da so povezani s FAP [26] in raka na debelem črevesu [27], vendar niso poročali te mutacije, ki se povezujejo z GC. Ta študija je prva poročala o pridružitvi med številom kopij na APC-exon9
in GC. Možna NT /β catenin /TCF signalizacijo transdukcija pot povezana z APC so poročali za GC [30]. Eden glavnih funkcija APC je mislil, da urediti prost beta catenin in tako izgubo funkcije APC lahko povzroči nestabilnost beta catenin kompleksa in mobilnim kopičenje p catenin. Ob translokacijo v jedro, β catenin služi kot aktivator T-celičnega faktorja odvisni prepisovanju, kar vodi do povečane ekspresije številnih specifičnih ciljnih genov, ki so lahko vključene v nastanku želodčnih lezij od kronični gastritis, želodčni atrofija, intestinalna metaplazija , displazija, da končno želodca adenokarcinom [31].

platforma CGH je bil široko uporablja za študije raka, in sonde te platforme pogosto pokrivajo regijo DNA več kot 1 kb DNA regije. Zato je pristop CGH omejena na določitev točnega CNV segmente, ko so spremembe manj kot 1 kb. V tej študiji smo uporabili specifične TaqMan sond z različnimi reporterskih fluorofori (VIC in FAM) v eni sami reakciji označeni. Ta pristop nam je omogočilo, da se odkrijejo bolj subtilno spremembo DNK. PCR za vsakega testiranega sonde na osnovi ABI TaqMan so ocenili, da so skoraj 100% učinkovitost [32]. Nedavno je ta metoda se pogosto uporablja za druge bolezni, kot na primer, starostno degeneracijo makule in alergijske astme [33], [34]. Pred števila kopij genotipizacijo so naši genomske koncentracije DNA strogo količinsko in nadzorovano uporabo dveh neodvisnih metod: UV absorbanca (racionalno razmerje paleto OD 260/280: 1,8 ± 0,2) in PCR pomnoževanja RPPH1
(racionalno območju Ct Vič: 25-27). Pomnoževanje RPPH1
je bila izvedena na istem tudi sonde za zaščito pred umetnih nihanj (kot razlike v nakladanje DNK ali napačnega odkrivanja ničelne genotipa). Zato se lahko naša metoda, ki se štejejo za zanesljive za kvantitativno karakterizacijo fragmentalni CNV. Na podlagi predhodnih CGH poskusih, so poročali študije, ki 2% izgube kopij in 2% dobiček kopij na 5q22 pri zdravih francoskih moških [25]. Uporabili smo TaqMan sonde, ki imajo višjo resolucijo za odkrivanje manjše območje variacije števila kopij, in ugotovili, da je odstotek izgube izvodih v 4 sond v razponu od 0 do 2,7% pri zdravih tajvanski. Vendar pa večji delež dobiček izvodov v razponu od 2,7% ( REEP5
) na 14,1% ( APC-exon9
), so v zdravih moških opazili. Podobno kot pri podatkih za moške udeležence, APC-exon9
bila visoka za ženske udeležencev (20,2% na dobiček izvodov), tudi pogostost dobiček kopij. Vendar pa je druga študija o japonsko prebivalstvo poročali tudi večji delež (20,6%) od dobička številu kopij na 5q, kjer se nahaja naša preiskava CNV [9].

Kot je bilo pričakovati, je večina udeležencev imela 2 kopije CNV odsek med štiri sonde pri vseh predmetih. Le 80% skladnih stopnja opazili med številom kopij, merjena s APC exon9
sondo in SRP19
sonda (tabela S3 v S1 datotek). To je pravzaprav najnižja stopnja skladnost vseh parih mer med sondami za, kljub temu sta bili obe sondi značilno povezana z GC. Možno je, da sprememba 7468 ni zvezna CNV, vendar pa velja zato, ker je bil identificirati s pomočjo niza CGH, tehniko z nižjo resolucijo od tistih, ki so danes (to je, bi lahko sestavljeni iz več krajših regij s spremenljivo število kopij) . Zato bi variabilni meja gena zožiti iz APC-exon9 za SRP19
. Kar se tiče sprednji APC-exon9
je na vprašanje, ali obstajajo druge variabilne regije povezane z GC zahteva nadaljnje raziskovanje. V tej študiji, ni bilo bistvenih razlik v številu kopij med GC bolnikov in kontrol v APC-intron8
in celo APC-intron7
(podatki niso prikazani).

kot pri večini raziskovalnih prizadevanj, so imeli naši raziskavi omejitve. Velikost vzorca je uporabljen v tej študiji, morda ne bi bilo dovolj, da zazna CNV z majhnim učinkom. Poleg tega smo omejeni podatki o kliničnih patoloških značilnosti (na primer H. Pylori
okužba, histološko razred, diferenciacija razred in stopnjo tumor zaradi česar je težko za interakcijo testne CNV in teh parametrov. Je bilo potrebnih več predmeti za potrditev ta rezultat v prihodnosti. na koncu izgube v CNV pri 5q22 (Gibljivo 7468), še posebej v regiji DNA okoliških APC-eksonu 9, lahko povezano z večjim tveganjem za raka na želodcu. izguba tega CNV lahko služijo kot nov biomarker za identifikacijo posameznikov z visokim tveganjem. Kljub temu pa je velik združenje študija upravičeno potrditi uporabnost te biomarker in podroben mehanizem je treba še pojasniti.

Podpora Informacije
Datoteka S1.
Kombinirani dodatne informacije datoteko. Tabela S1 v S1 datotek. genetske anomalije na kromosomu 5q22 v študijah GC. tabelo S2 v S1 datotek. Informacije iz štirih sond na kromosomu 5q22 in notranjo sondo na kromosomu 14q11. Tabela S3 v S1 datotek. mora biti skladnost izvoda število med posamezne sosednje sonde (110 GC bolnikov in 325 zdravih kontrol). Slika S1 v S1 datotek. Lokacije štirih sond na CNV, ki vsebujejo APC /SRP19 /REEP5
gene
doi:. 10,1371 /journal.pone.0106624.s001
(DOCX)

• Plos ONE: Kirurške Rezultati in napovedni dejavniki za T4 Rak želodca bolnikov brez daljnih metastaze
• Plos ONE: Heat Shock Protein 60 Čezmerno je povezana s napredovanje in prognozo želodčnega raka