Plos ONE: Klinični potencial DNA metilacije želodčnega raka: A Meta-Analysis

Abstract

Ozadje

Kopičijo dokazov kaže zmotno DNA metilacija je vključena v želodcu tumourigenesis, kar kaže, da je lahko uporabni klinični biomarkerjev za bolezen. Cilj te raziskave je bil utrditi in povzeti objavljene podatke o potencialu metilacije v raka želodca (GC) napovedovanje tveganja, prognosticiranje in napovedovanje odziva na zdravljenje.

Metode

bile ugotovljene Pomembne raziskave od PubMed s sistematičnim pristopom iskanja. Rezultati so bili povzeti po meta-analizo. Mantel-Haenszlov razmerja obetov smo izračunali za vsako metilacije ob predpostavki model naključnih učinkov.

Rezultati

Pregled 589 pridobljenih publikacij prepoznavanje 415 relevantne članke, vključno s 143 študij primerov in kontrol na genu metilacija 142 posameznih genov v kliničnih vzorcih GC. Skupno 77 genov, je bilo precej različno metilira med tumorja in normalnega želodčnega tkiva GC predmetov, od katerih so bili podatki o 62, ki izhajajo iz posameznih študij. Metilacija 15, 4 in 7 genov v normalnem želodčnega tkiva, plazme in seruma oziroma je bila bistveno drugačna v pogostosti med GC in nerakave predmetov. Napovedno pomen je poročalo 18 genov in predvidevanjem pomen so poročali pri p16
metilacija, čeprav je bilo opaziti tudi veliko nedosledne ugotovitve. analizirani bila odkrita nobena pristranskosti zaradi testom, uporabo fiksnega tkiva ali CpG strani pa so opazili rahle pristranskosti do objave pozitivnih ugotovitev.

Sklepi

DNA metilacija je obetaven biomarker za GC napovedovanje tveganja in prognosticiranje. Nadaljnje osredotočen potrditev kandidatke metilacijskih označevalcev v neodvisnih kohorte je potrebno razviti svojo klinično potencial

Navedba. Sapari NS, Loh M, Vaithilingam A, Soong R (2012) Klinični potencial DNA metilacije želodčnega raka: Meta-analiza. PLoS ONE 7 (4): e36275. doi: 10,1371 /journal.pone.0036275

Urednik: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu ', Italija

Prejeto: 29. september 2011; Sprejeto: 31. marec 2012; Objavljeno: 27. april 2012

Copyright: © 2012 Sapari et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. To delo je podprla z nepovratnimi sredstvi iz National Medical Research Council (NMRC /TCR /001/2007). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca (GC), je še vedno velik klinični izziv vsem svetu zaradi svoje velike razširjenosti, slabo prognozo in možnosti zdravljenja omejene [1]. Čeprav je pojavnost GC zmanjšala v preteklih letih, je še vedno drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka in četrti najpogostejši malignom po vsem svetu. Manj kot 25% primerov GC so bile ugotovljene v zgodnji fazi, in 5-letno preživetje je v ZDA le 24% in Evropi [2]. Vendar pa je stopnja preživetja GC izboljšuje na več kot 60%, če se odkrijejo v zgodnji fazi [2], poudarja pomen zgodnjega odkrivanja na to vrsto raka.

DNA metilacija je epigenetsko mehanizem transkripcijske regulacije, s vključenost v raka pripisati neustrezne utišanje zaviralnih genov, ali izguba onkogena represije [3]. Od prvega članka Fang et al.
Leta 1996 opisuje Hipometilacija DNA c-myc in C-Ha-ras v PK [4], je bilo več kot 550 objavljenih študij o vpletenosti odklonskega metilacije DNA pri razvoju GC. Kot rezultat, so poročali prisotnost in funkcionalne posledice odklonskega metilacije DNA več kot 100 genov v PK [5] - [17]. Dokazov o povezavah med odklonskega metilacije DNA na H. pylori
okužba [1], [18] - [22] in njeno vključevanje v predrakavih želodčne epitelijskih lezij in GC napredovanja [18], [19] [21] [23] - [25] so tudi vedno bolj dokumentirano. Če povzamemo, so ti rezultati kažejo zmotno DNA metilacija ima pomembno vlogo pri razvoju želodca in napredovanja raka.

vzorec metilacije tumor DNA je lahko koristno za napovedovanje presejalni tveganje za nastanek raka, prognosticiranje in zdravljenja [3], [ ,,,0],26] - [30]. V primerjavi s somatsko mutacijo, DNA metilacija ima večje število odklonska sprememb na rakastih celic [31]. Poleg tega odstopajoča DNA metilacija pojavi zgodaj v tumourigenesis mnogih vrstah raka [28], kar je še posebej koristno za napovedovanje tveganja. Tehnično privlačnost metilacije DNA je, da je kemično stabilna in lahko zazna z visoko občutljivostjo do 1:1000 molekule [19]. Več poročil so prav tako pokazali, da se rak, specifični, metiliran DNK najdemo v bioloških tekočinah, kar kaže, da bi bilo koristno marker za neinvazivno diagnostiko [28] [32] [33].

pomembnost zgodnjega odkrivanja do izboljšanja rezultatov preživetja GC in obetavno dokaze metilacije DNA kot biomarkerjev je motivacija za to študijo. Kljub vedno več dokazov o klinični potenciala metilacije DNA, lahko veliko razhajanje v rezultatih je treba upoštevati v različnih študijah. Zato je bila ta študija izvaja utrditi podatke o klinični potencial metilacije v PK z meta-analize, ter predlagajo, kateri kandidat metilacije dogodki zaslužijo nadaljnje ocenjevanje, kot je klinično pomembnih bioloških označevalcev za bolezen.

Materiali in metode

Identifikacija in upravičenost študij

sistematično iskanje literature v PubMed za izdelke objavljen do 27. oktobra 2011 je bila izvedena s pomočjo ' "raka na želodcu" iN "metilacije'" kot iskanje izrazi. Ni omejitev so bili uporabljeni med iskanjem v PubMed in posledične študije so bile ročno kurator glede na njihov pomen za metilacije GC DNA. Te so vključevale študije GC na področjih hypermethylation in hipometilacije /demetilacijo globalnih in ciljno usmerjenih regij. Naslov in povzetek dokumentih, opredeljenih v začetnem iskanju so ocenili ustreznost s cilji tega prispevka. Vse potencialno pomembni členi so nato ocenili natančno in dodatne, ustrezne študije, so bile ugotovljene navedb v teh izdelkih. Ker je bil poudarek tega dokumenta na človeški genski metilacije, študij, ki analizirajo metiliranje H. pylori
in Epstein-Barr
virus (EBV) genomi v napredovanju GC niso bili upoštevani.

Izbira študija in podatki napisano

Meta-analize, ki povzemajo frekvence v tumor in normalno želodca tkiva so bile omejene na podatke iz študije primerov in kontrol, ki so poročali o pogostosti metilacije posameznih genov v posameznih skupinah. Podatki iz pregledov in meta-analiz iste študije niso bile upoštevane. Informacije o prvi avtor, leto izdaje, gen (e) analizirajo, velikost študija prebivalstva, pogostost metilni primerov in kontrol, metod za analizo DNA metilacije in vrsto vzorca so bile zabeležene za vsako študijo (tabela S1, S2). Drugi pomembni podatki, kot so vrste lezije, H. pylori
stanje, klasifikacija Lauren in status CpG otok methylator fenotip (CIMP) so bile zabeležene kjer je na voljo tudi. Klinični primeri so bili združeni v osmih kategorijah, in sicer (1) normalni sluznici od nerakave predmetov (2), ki ustrezajo običajni sluznico od primerov s tumorjem (3) kronični gastritis, (4) intestinalno metaplazijo (5) displastičnega adenom, ( 6) adenokarcinom, (7) zgodnje GC in (8) napredna GC. Zaradi majhnega števila razpoložljivih študij, klinični primeri niso bile nadalje razvrščajo v H. pylori
pozitivni /negativni primeri ali črevesno /difuzni tip GC in ne-rakave predmeti niso bile nadalje razvrščajo v izravnanih /neprimerljivo kontrol. Iz istega razloga, analiza podskupin, ki temelji na različnih stopnjah predrakave do rakavih poškodb ni bila izvedena. Zaradi doslednosti je bil en sam gen imena, ki temelji na HUGO nomenklature dodeljena genov z več oznakami.

Meta-analiza

Meta-analize so bile izvedene s pomočjo mnenje Manager 5 (Cochrane Collaboration, Kopenhagen, Danska). Mantel-Haenszlov razmerja obetov (OR) so bile izračunane za vsak gen z uporabo modela naključnih učinkov. Homogenost med študijami za istega gena je bila ocenjena na osnovi χ 2 preizkusa ^{uporabo Cochran Q statistiko. I 2 statistika, ki meri obseg neskladnosti med študijami, je bila ocenjena tudi. 95% interval zaupanja razmerja obetov je bil uporabljen za ovrednotenje razlik med skupinami. Če intervali zaupanja ne prekrivajo, sta bila razmerja obetov bistveno drugačna v višini 10% (od 1- (0,95 * 0,95) ≈0.9). Lijak parcele kot tudi testi Begg so bili uporabljeni za preverjanje objave pristranskosti [34]. Objava pristranskosti je zdelo pomembno, ko je bila vrednost p. ≪ 0,1 [35]}

Rezultati

značilnosti študijskega

Postopek izbire članku uporabljena v tej študiji je povzeta v Slika 1. skupno 559 študij, so bile ugotovljene PubMed, in dodatnih 30 študije so nadalje opredeljene s citati iz začetnih pridobljenih publikacij. Na podlagi ustreznosti naslova in povzetek na cilje študije, je bilo izbranih 415 dokumentov za nadaljnjo podrobno oceno. Od tega je bilo 190 študije ki niso sodne kontrole, 22 pregledi, 4 komentarji in 1 meta-analize izključeni iz primera nadzora meta-analiz. Druge študije primerov in kontrol so prav tako izključeni, saj so študije, ki niso proteinskih kodirajo geni (npr metilacija mikro RNA genov), predstavitev podatkov, ki niso bili primerni (na primer podatki o posameznih lokacijah CPG, in demetilacija ali Hipometilacija samo) ali pogostost podatkov je manjkalo. Skupno je bilo šteje 143 sodna kontrolne študije poročanje pogostost metilacijski 142 posameznih genov za meta-analiz. Podatki iz nekaterih študijah je bila uporabljena v več kot eni meta-analize, saj vsebuje podatke o več primerjav tipa vzorec obravnavanih v tej študiji.

Geni različno metiliranih med tumorja in normalnega želodčnega tkiva želodčne osebah z rakom

skupno 106 primerov in kontrol študije, ki poročajo o pogostosti metilacije v 122 genov v tumor in normalnih vzorcev tkiv GC predmetov so določeni za meta-analize (tabela S1). Metilacija od 77 122 genov pomembno razlikovala med vzorci (tabela 1), od katerih so bili podatki za 62 izhajajo iz samo eno študijo. Metilacija je bila bistveno višja tumorja v 70 genov, in v normalnem tkivu 7 genov.

geni različno metiliramo v normalnem želodčnega tkiva iz GC in nerakave predmetov

Dvajset študije primerov in kontrol primerjavo pogostost metilacije v 34 genov med običajnimi vzorcev tkiv GC in nerakave predmetov so določeni za meta-analize (tabela S2). Med njimi je metilacije v 15 genov bistveno razlikujejo, od katerih so bili podatki iz 11 genov izvirajo iz študije enkratnega le (tabela 2). Za vseh 15 genov, je metilacija višja v normalnem tkivu GC v primerjavi z ne-rakavih predmetov. Glede metilacije dogodkov preučene v več kot eni študiji, 4 ( p16
, CDH1
, DAPK
, CHFR
) je bilo ugotovljeno, da je bistveno drugačna .

geni različno metiliramo v vzorcih niso tkiv GC in nerakave predmetov

skupno 26 študij poročanja o metilacije v 29 genov, razen želodca tkiva, vključno polne krvi kliničnih vzorcih , plazma, serum, želodčne opere, so bile ugotovljene peritonealni tekočini in vzorce fecesa GC predmetov. Od teh jih je 13 študij, ki obravnava metilacije od skupno 14 genov v obeh serumu so fekalne ali plazme oblikovanja primerov in kontrol in s tem primerna za meta-analize (tabela S2). v 4 genov v vzorcih plazme, 7 genov v vzorcih seruma in 0 v blatu (tabela 2), precej so opazili različne metilacije frekvence. P15
bil skupni gen ugotovljene v študijah plazmi in serumu, zaradi česar je 10 unikatnih genov skupaj precej različne pogostnosti metilacije v krvnih vzorcih. Metilacije samo v dveh genov ( CDH1, p16
) je bilo pregledanih v več kot eni študiji, in tako so se občutno razlikujejo po pogostnosti v vzorcih iz GC in nerakave predmetov v meta-analizi.

metilacije kot prognostični in napovedni marker za GC

je bilo ugotovljenih skupno 28 študij, ki preiskuje genov metilacije v 40 genov glede na izid preživetja GC predmetov (tabela 3). Od 40 genov, ki so študirali, 5 so bili pregledani le v več študijah. Meta-analize ni bilo mogoče izvesti v tej seriji študij zaradi nepravilnega poročanja razmerij nevarnosti. Pomembna povezava s preživetjem so poročali za metilacije v 18 od 40 (45%) genov, čeprav je bilo opaziti nedoslednosti pri ugotovitvi pomembnih razlik za vse gen obravnavano v več študijah.

Pet študij so poročali o društvih med preživetje v GC, ki so dobivali posebno kemoterapije in metilacije 10 genov, vključno s TMS1
, DAPK
, LOX
, MGMT
in CHFR
[36] - [40]. V vseh 5 študijah so imeli bolniki z metilacije slabše preživetje kot tisti brez metilacije. Ena študija je preučila razlike preživetju bolnikov, zdravljenih z in brez kemoterapije po Stanje p16
metilacije [41]. V tej študiji so imeli preiskovanci brez P16
metilacije, ki so prejeli kemoterapijo boljše preživetje kot tisti, ki ni, ker so pri bolnikih z p16
metilacija, ni bilo pomembne razlike glede na status zdravljenja.

Vpliv analitičnega variabilnosti in objava pristranskosti

Med označevanje študij, je bila velika raznolikost opazili v številnih parametrih študij, vključno s testi, ki se uporabljajo, CpG strani zasliševali, faze bolezni preučil, in vrste vzorcev, ki se uporabljajo (npr sveže, zamrznjene ali parafin vgrajeni tkiva). Dvanajst različne teste smo uporabili za oceno metilacije, s metilacije specifične PCR (PPN) pa je najpogostejša. Da bi preučili vpliv metilacije testa na rezultate študij, podatkov iz metilacije specifične PCR in kvantitativno analizo metilacije specifične PCR (npr Methylight) primerjali za gen najpogosteje preučiti raziskav primerjave metilacije med tumorja želodca in normalnega tkiva ( MLH1
, 13 študije primerov in kontrol). Ni bilo statistično značilne razlike ( P
< 0,05) in 95% intervali zaupanja za metilacijskih frekvenc poročali z uporabo dveh testov (Slika S1). Ni pomembnih razlik glede na tip vzorca (zamrznjene vs.-parafin vgrajeni tkiva), faza bolezni ali območij CpG zaslišan so opazili tudi v teh študijah (rezultati niso prikazani).

Za testiranje objave pristranskosti, podatkov iz istih 13 študij o je preučilo tudi MLH1
metilacija zgoraj. Trend v smeri pozitivnega poročanja je bilo opaziti v lijak ploskvi (slika S2) in Begg testni analizi. Vendar je treba te rezultate razlagati previdno, saj je bila večina študij majhne velikosti vzorca, in najmanj 20 študij je običajno priporočljivo za zanesljivo analizo objave pristranskosti [42].

Pogovor

številne študije so vpleteni odklonske DNA metilacije na številnih genov v različnih vzorcev in modelov želodčnega tumourigenesis [1], [5] - [10], [12] - [14], [16], [18] - [22] [24] [43]. To posledice je nato povod za idejo, da bi lahko metilacija koristen biomarkerjev za izboljšanje kliničnega upravljanja GC [11] [15] [32] [44] [45]. Do danes pa se je ta možnost ni bila realizirana, verjetno zaradi pomanjkanja ustreznih dokazov za podporo testiranja metilacije v kliniki.

V tej študiji, celovit pregled vseh publikacij na frekvencah in združenj od metilacije v kliničnih vzorcih z rakom želodca je bila izvedena za utrditev informacije na tem področju. so bile izvedene meta-analize, kjer je mogoče pridobiti objektivno soglasje iz večkrat preiskovanih dogodkov. Iz analize so seznami ustvarila genov precej različno metilirani med tumorjem in normalni vzorec tkiva iz GC predmetov (tabela 1), in normalno tkivo in /ali krvi iz GC in nerakave predmetov (tabela 2), vsaka s metilacijskih dogodki označeni za njihovo moč združevanja in pogostost analize. Ugotovitve študij o prognostično in napovedni pomen metilacijskih dogodki so bili pregledani tudi (tabela 3). Te liste in še dodatne podatke (Tabele S1, S2), zagotoviti koristne informacije za boljše ocenjevanje klinične potencial posameznih dogodkov in prednost nadaljnje delo.

Vsebuje 77% (101/132) v primeru Kontrolna analize (Slika 1), so bili največja skupina študije pregledali tistih primerjavo pogostosti metilacije v tumorja in normalnega želodčnega tkiva GC predmetov. Pregled opredeljen v 77. pomembne gene metilacije dogodke, ki potrjuje z meta analizo hkrati z bistveno drugačno metilacije številnih genov pogosto vpletena v tumourigenesis, vključno s MLH1
, p16
, in CHFR
in RUNX3
(tabela 1). Ti dogodki pomenijo uporabnih orodij za boljše razumevanje želodca tumourigenesis in potencialno iskanje novih terapevtskih strategij [3], [28]. Z vidika označevalcev tveganja pa lahko ti dogodki šteje le prvi bazen kandidatov za nadaljnje testiranje v več klinično pomembnih analiz, kot dogajanje na lastno ugotavljanju tumorja želodca vzorce, ki so že histološko diagnosticirati.

iz raziskav primerjave ravni metilacije v normalnem tkiv, plazme in seruma GC in nerakave predmetov, 15, 4 in 7 (tabela 2) bistveno oziroma so bile ugotovljene različne gene metilacije dogodkov. Geni z obema določene funkcije (na primer p16
, CDH1
, DAPK
, RUNX3
, P15
) in manj -known vloge (na primer, SULF1
, BX161496
RPRM
) so bile ugotovljene v tumourigenesis. Številni dogodki so bili v skupni med študijami o normalnem tkivu in krvi, kot metilacije na p16
, CDH1
, DAPK
. Ti dogodki so klinično obetavni, saj kažejo, diskriminatornih sposobnosti za oceno GC tveganje od vzorcev, ki jih je mogoče dobiti v tekočem rutinsko, kot je na endoskopsko pregleda (tkivo), ali prebivalstvo ali kliničnega pregleda (krvi).

hipoteza, da lahko gen za dušenje zvoka, ki ga metilacije določi tudi resnost bolezni [27] je spodbudila tudi številne preiskave gen metilacijskih združenj s preživetjem v PK. V tem pregledu so bile ugotovljene tudi 28 študij poročanja o pridružitvi preživetje GC predmetov in metilacije na 40 genov. V podporo hipotezi, so zabeležili številne pomembne vezi med metilacije in slabe preživetje, predvsem zaviralnih genov (tabela 3). so poročali tudi združenja med metilacije in boljše preživetje štirih genov ( PTGS2
, MINT31
, MLH1
, MAL
), verjetno odražajo to zatiranje od onkogenih dejavnosti s gena metilacije se lahko pojavi tudi. Vendar pa je večje pomanjkanje neodvisne študije in replikacijo združenja za večino genov preučevanih (tabela 3) poudarja potrebo po nadaljnji preiskavi v tem vidiku metilacije v PK.

Podatki iz petih študij na bolnikih, ki prejemajo kemoterapijo prav tako je predlagal, da DNA metilacija na CHFR
, DAPK
, TMS1
so lahko koristni napovedujejo odziv na kemoterapijo [36] - [40]. Vendar pa je iz zasnove teh analiz, je težko ugotoviti, ali so bile razlike preživetje zaradi inherentnih prognostični razlik ali sta odvisna od interakcije za obdelavo, ali oboje. V študiji drugačne oblike, Mitsuno et al.
Poročali, da bolniki s P16 metilacije pridobil korist preživetja s kemoterapijo, medtem ko tisti brez metilacije ne [41] storil. Ta rezultat kaže, da je lahko p16 metilacija uporaben marker za napovedovanje odziva na kemoterapijo, in predloži dokaze interakcije zdravljenja. Vendar pa ta študija je preučila le 56 predmetov v retrospektivni analizi, in da je potrebno še veliko dodatno delo za potrditev te ugotovitve.

Ugotovitve te študije poudarjajo obetaven potencial za metilacije DNA v napoved GC tveganje, prognosticiranje in napoved od odziva na zdravljenje. Vendar pa je veliko vprašanj, ki so pomembni za klinično izvajanju ostajajo nenaslovljene s študijami. Metodološko študije neustrezno določiti optimalne pristope za analizo, zaradi svoje velike variabilnosti v testih, PCR primerje in sonde, pogoji PCR, in se uporabljajo mejne vrednosti za pozitivnost. Večina študij (102/143, 71%) so bili na podlagi metilacije specifične PCR, za katero predstavlja ne-kvantitativne narave analize težav za nadzor kakovosti in standardizacije. Z metilacija dinamični dogodek, protokoli za vzorčenje so prav tako je treba pojasniti, tako v zvezi z regijo ali mestu vzorčenja in čas vzorčenja. Razdalja normalnega tkiva tumorja [46], in čas vzorčenja [21] [22], ki so bili v celoti dokumentirani bistveno vplivajo na raven metilacije.

Velika variabilnost v genih in genskih plošč preučila med študijami v kombinaciji s pomanjkanjem validacije neodvisne serije in karakterizacijo lastnosti preizkus učinkovitosti, prav tako je težko določiti klinično pomemben preizkus. Spremembe pri zaslišanju pogosto funkcionalno različnih mestih CpG [47] - [49] med študijami istega gena nudi dodatne zaplete. Poleg tega vse gen metilacije dogodkov se pregledajo v več študijah in pomembno povezana z GC (vključno s p16
, DAPK
, CHFR
, MLH1
, RUNX3
) so bili vpleteni kot označevalce tveganja številnih drugih vrst raka [26] [27] [50], se pojavljajo vprašanja glede razlage njihovega odkrivanja v asimptomatskih posameznikov.

nadaljnjo obravnavo so co-različna glede na analize, ki bi jih analizirali z metilacije. Metilacija je bila povezana s številnimi demografske, klinične in molekularne značilnosti, vključno s starostjo, spolom, kajenje, intestinalno metaplazijo, gostiteljske genetike in H. pylori
in Epstein Barr stanje virus [1], [24]. Poleg neposrednih združenja, so številne študije poročajo tudi spreminjanje interakcije med mnoge od teh funkcij in metilacije na GC tveganja [51]. Metilacije dogodki sami tudi lahko povezani in vplivajo drug na drugega [50], ki predstavljajo izziv za določanje optimalne ploščo metilacijskih označevalcev, kot tudi. CpG otok methylator fenotip (CIMP), ki sestoji iz različnih podtipov GC z usklajenih vzorcev metilacije, je bila opisana [52] - [55], čeprav so dokazi za CIMP v PK ni tako prepričljiv kot kolorektalnega raka [56 ], [57].

na koncu so rezultati te študije povzemajo obetavno vrednost metilacije DNA za napovedovanje tveganja, prognosticiranje in napovedovanje odziva na kemoterapijo GC. Vendar pa precejšnje metodološke in potrjevanja vprašanja je treba rešiti, da zagotovijo podatke, ki bodo omogočili te informacije, ki se štejejo za kliniko. To vključuje analizo serije večja neodvisna vzorca, uporabo standardiziranih metod, prilagoditev za sofinanciranje različna glede na multivariatne analize, večjo opredelitev izida končnih točk in prilagoditve za učinke intervencije zdravljenja. Uresničevanje potenciala metilacije DNA od GC klinično upravljanje pričakuje njihovo reševanje.

Podpora Informacije
Slika S1.
Forest-graf metiliranih študij primerjavo MLH1
metilacija med tumorja in normalnega tkiva iz GC predmetov po uporabi metilacije specifične PCR in kvantitativno metilacije specifične PCR.
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s001
(IOD)
Slika S2.
Lijak parcelo vseh 13 študij MLH1
metilacije v tumor in normalno želodčnega tkiva GC predmetov oceniti objave pristranskosti. Navpična črta označuje zbirni oceno celotne ALI in nagnjena črte predstavljajo 95% interval zaupanja
doi:. 10,1371 /journal.pone.0036275.s002
(IOD)
Tabela S1.
Seznam metiliranih genov in njihovi sestavni študije za primerjavo razlike med tumorja in normalnega želodčnega tkiva iz želodca osebah z rakom. Meta-analiza ak razmerja (OR) in 95% interval zaupanja smo izračunali za vse metilni genov analiziranih. Red in drzne pisave so bili uporabljeni za označevanje pomembnih razlik med skupinami. BS-SSCP: bisulfit enoverižni mesnatost polimorfizem; Bseq: bisulfit zaporedja; COBRA: kombinirana bisulfita analizo omejitev; DPHLC: denaturacijskih tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti; FFPE: formalinu fiksno parafin vgrajeni; HRM: visoka tališča ločljivost; MSP: metilacije specifične verižne reakcije s polimerazo; PCR: verižna reakcija s polimerazo; QMSP. Kvantitativno metilacije specifične verižne reakcije s polimerazo
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s003
(XLS)
tabeli S2.
Seznam metiliranih genov in njihovi sestavni študije za primerjavo razlike v normalnem tkiv, plazme in seruma med rakom želodca in nerakave predmetov. Meta-analiza ak razmerja (OR) in 95% interval zaupanja smo izračunali za vse metilni genov analiziranih. Red in drzne pisave so bili uporabljeni za označevanje pomembnih razlik med skupinami. COBRA: kombinirana bisulfita analizo omejitev; MSP: metilacije specifične verižne reakcije s polimerazo; QMSP. Kvantitativno metilacije specifične verižne reakcije s polimerazo
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s004
(XLS)

Priznanja

Zahvaljujemo Barry Iacopetta in Chee- Seng Ku za njihov prispevek k sestavljanju rokopisa.

• Plos ONE: Identifikacija HSA-pokoj-335 kot prognostičnih Podpis želodčnega raka
• Plos ONE: znižane ravni aktivnega SMAD2 korelaciji s slabo prognozo želodčnega raka