Plos ONE: Čezmerno E2F mRNA, povezanih s Rak želodca napredovanje s Transcription Factor in miRNA Co-predpisani omrežje Analysis

Povzetek

genske ekspresije v Opredeljena je urejen na ravni transkripcijo in prevajanja; Tako, tako transkripcijski faktorji (TFS) in microRNAs (Mirna) igrajo vlogo pri regulaciji genske ekspresije. Ta študija je profilirana različno izražene mRNK in miRNAs v želodčnih tkivih raka za gradnjo TF in Mirna co-regulativni okvir, da bi ugotovili spremenjenih genov želodčnega napredovanju raka. Skupno 70 primerov raka želodca in v parih sosednjih normalnih tkiv so bili izpostavljeni na cDNA in analize miRNA mikromrež. Dobili smo 887 reguliran in 93 navzdol regulirane geni in 41 navzdol regulirano in 4 up-regulirane miRNAs v želodcu tkivih rakom. Uporaba Database Transkripcijska regulatorni element, smo pridobili 105 genov, ki ureja E2F družine genov in uporabo Targetscan, Miranda, miRDB in miRWalk orodij, smo predvideli možne ciljanja genov teh 45 miRNAs. Nato smo zgradili, povezano z E2F TF in Mirna koregulativnim genov omrežja in prepoznavanje 9 pesta gene. Poleg tega smo ugotovili, da je stopnja E2F1, 2, 3, 4, 5 in 7 mRNA povezane z invazijo kapaciteto želodčni rak celic, in povezano z diferenciacijo tumorja. Ti podatki so pokazali, prekomerno E2F mRNA, povezanih z želodčno napredovanje raka

Navedba. Zhang X Ni Z Duan Z, Xin Z Wang H Tan J, et al. (2015) Čezmerno E2F mRNA, povezanih s Rak želodca napredovanja, ki jih je transkripcijski faktor in miRNA koregulativnih analizo omrežja, opredeljenega. PLoS ONE 10 (2): e0116979. doi: 10,1371 /journal.pone.0116979

Prejeto: September 30, 2014; Sprejeto: 17. december, 2014; Objavljeno: 3. februar 2015

Copyright: © 2015 Zhang et al. To je prost dostop članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Razpoložljivost podatkov: Vsi pomembni podatki so v papir in njene dodatne informacije datotek. Podatki so shranjeni v podatkovni bazi GEO, pod številko pristopne GSE63089

Financiranje:. To delo je bilo podprto delno nepovratnih sredstev iz državnega Natural Science Foundation Kitajske (̭20108025 in̮72662), Fundacija province Jilin znanost in tehnologijo Ministrstvo (É30522013JH inÉ40414048GH) in Bethune Program Norman Jilin University (É2219). Avtorji prav tako zahvalil Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kitajska), za urejanje in lektoriranje ta rokopis. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je še vedno ena izmed najbolj pomembnih zdravstvenih težav v državah v razvoju, kot na Kitajskem, čeprav je njegova pojavnost postopoma zmanjšuje v zahodnih državah. Na splošno je rak želodca je račune za četrtino pojavnosti in drugi stopenj umrljivosti med vsemi raka na svetu [1-3]. Želodčne dejavniki tveganja raka vključujejo okužbo s Helicobacter pylori, pogosto uživanje prekajenih živil, soljeno ribe in meso, in vložene zelenjave, tobačni dim, debelost, ali kronični gastritis. Ti dejavniki tveganja se lahko uskladijo manipulirati ekspresijo genov ali mutacijo ali epigenetski spremembe in sčasoma povzroči razvoj raka želodca. Do danes je obsežna znanja nabralo o molekularnih sprememb, povezanih z rakom na želodcu, kot ARID1A, TP53 [4], PTGER4, PRKAA1, ZBTB20 [5] in PLCE1 [6]. Vendar pa je treba opredeliti osnovni mehanizem za različne gene-posredovane želodca rakotvornost. Zato je ključnega pomena za nadaljnji preiskavi molekularno patogenezo raka želodca uporablja pristop sistematičnega biologija, kot je na primer gradnja različno izraženih genov-regulativni mrežo za identifikacijo pomembnih genov pot ali signalizacijo v času razvoja želodčnega raka ali napredovanje.

izražanje genov je urejeno na ravni prepisovanju in prevajanja. Na ravni transkripcije, gen transkripcijski faktorji (TFS) igrajo pomembno vlogo pri regulaciji genske ekspresije ljudi, medtem ko bi lahko miRNA na ravni post-transkripcijski regulacijo mRNA prevajanje in razpolovno dobo. Natančneje, TFS so proteini, ki se vežejo na specifične sekvence DNA in s tem nadzor gensko transkripcijo. Mirna je razred naravno majhne nekodirano RNA z 18 do 22 nukleotidov in funkcionalno, lahko miRNA objavili-transkripcijsko izraz molk beljakovin z vezavo na komplementarnih tarčnih genov transkriptov, tako ponižujoče te messenger RNA ali jih zaviranjem prevedli v proteinov. Tako lahko tako TFS in miRNAs regulacijo genov na različnih stopnjah genske ekspresije in lahko tvorita povratne zanke in zapleten regulativno mrežo za dobro kontrolo genske ekspresije. V zvezi s tem, bi študij tega gena regulatornega omrežja nam pomagajo razumeti celične homeostaze in fiziološki proces, biološko funkcijo, in mehanizem bolezni. Do danes so številne študije pokazale, regulacijo genov za TF in miRNA pri raku želodca, kot so jedrska faktor kappa B [7], FoxM1 [8], hipoksija-inducibilnih faktor 1 [9], in miR-7 [10] , miR-375 [11], miR-125b, miR-199a, miR-100 [12]. Dejansko je zmotna miRNA ali TF izraz prispeva k človeški rakotvornost [13]. Zato je v tej študiji, smo raziskovali vlogo kombiniranih miRNA in transkripcijskimi faktorji pri regulaciji genske ekspresije v raka želodca v povezavi z želodčno napredovanje raka. Najprej smo zaznali diferencialno izražanje genov in miRNAs v vzorcih želodčne rak tkiva in jih analizirali bioinformatically da tvorijo regulativni mrežo TF-Mirna povezati izražanje E2F družinskih mRNA pri raku želodca. Nato smo potrdili E2F izraz za združenje z želodčnim napredovanju raka.

Materiali in metode

Bolniki in vzorci tkiva

Ta študija je bila odobrena Odbor za etiko šole Osnovne Medical znanosti, Jilin University in vsak bolnik je privolil v pisno obveščena obrazec za privolitev. Po tem, smo med aprilom 2012 in oktobrom 2014. Vsi bolniki prejeli nobenega zdravljenja pred operacijo, kot kemo- ali radioterapije vključenih 70 bolnikov z rakom želodca iz Jilin University (Changchun, Kitajska). Oba tumor in daljni normalne tkiva so bili pridobljeni od prostora za delovanje in shranimo v tekočem dušiku v 10 min.

RNA izolacija in priprava miRNA

Skupaj celični RNA smo izolirali iz tkivnih vzorcev z uporabo TRIzola reagenta (Invitrogen, Carlsbad, CA, ZDA) in nato dalje očistimo z uporabo RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Nemčija). koncentracija RNA je bila nato določena z uporabo epohe Multi-glasnosti spektrofotometrom sistem (BioTek, Vermont, ZDA). Po tem se je miRNA izoliran od teh RNA vzorcev z uporabo mirVana Mirna izolacije Kit (Ambion, Austin, TX, ZDA).

Exon analize mikromrež

V tej raziskavi smo najprej profilirane izražanje genov med rakom 45 želodca in seznanjenih sosednjih normalnih vzorcev tkiv, ki uporabljajo Affymatrix Gene Chip eXON nizi 1.0 ST (Affymatrix, CA, ZDA). Natančneje, je bil 1 ug RNA vzorca obratno prevedejo v cDNA in te cDNA vzorce smo nato razgradili v cDNA fragmentov z endonukleazami in označena z reagentom za označevanje DNA s pomočjo DNA označevanje Kit (Affymatrix, CA, ZDA). So označeni cDNA predloge smo uporabili kot sonde za hibridiziranje na Affymatrix Gene čip ekson nize 1,0 ST v stanju 45 ° C inkubaciji in rotaciji pri 60 rpm 17 ur. Po tem so se nizi oprati in skenirane uporabo Gene Chip Scanner 3000 z Gene Chip operacijski programski opremi (GCOS).

Mirna analize mikromrež

profilirana tudi različno izražene miRNAs v 15 rakom želodca in parih sosednjih običajne vzorce tkiva, ki uporabljajo Affymatrix Gene Chip microRNA niz. Podobno mikromrež poskusih cDNA, so sonde Mirne uporabo RNA označevanju Kit (Affymatrix, CA, ZDA) hibridizirali Affymatrix Gene čip microRNA polja pri 45 ° C in vrti pri 60 rpm 17 ur. Po tem so se nizi skenirane uporabo gcos.

Mikromrežni analiza podatkov

surovi podatki mikromrež smo analizirali s Limma algoritem za identifikacijo diferencialno izraženih genov in miRNAs in nato analizirali z uporabo linearne modele in empirične metode Bayesove. A t
-test in popravek Bonferroni je bila uporabljena za oceno statistične značilnosti vsakega različno ekspresijo. Geni in miRNA so menili, da je treba bistveno različno izražena, če p
-values ​​< 0.05 in izražanje genov je pokazala vsaj 1,5-krat spremembe med rakom in njihovih normalnih tkivih. Program QUBIC (kvalitativne BI-Povezovanje) smo uporabili, da bi združil analizirati diferencialno izraženih genov. Osnovna ideja algoritma je, da bi našli vse podskupine genov, ki imajo podobne vzorcev izražanja med nekaterih delih rakavih tkiv in s tem tudi genov, ki sodelujejo v vsakem takem vzorcu se morebiti lahko uporabljajo kot podpisov za raka sub-tipkanja in uprizoritve. Za naše analize dvo-grozdov, smo uporabili naslednje parametre: r = 1, q = 0,06, c = 0,95, o = 100, f = 1 [14,15]. Baza podatkov za pripis, vizualizacijo in integriranih Discovery (David) in Kjotskega Enciklopediji genov in genomov (kegg) orodja so bila uporabljena za funkcionalno analizo in klasifikacijo poti, v teh različnih genov.

QRT-PCR

Skupaj celični RNA z rakavimi in normalnimi želodčnega tkiva so obratno prevedejo v cDNA z uporabo 1 ^{st sklopa cDNA sintezi Kit (Takara, Dalian, Kitajska), v skladu s priporočili proizvajalca. Izražanje E2F1, E2F2 in E2F4) mRNA smo analizirali v 10 rakom želodca in seznanjen sosednjih normalnih vzorcev tkiva s q-PCR z uporabo SYBR premiks Ex Taq (Takara) in beta-aktina je bila uporabljena kot notranji nadzor. Primerji so navedene v tabeli so 1. Podatki qPCR za količinsko s pomočjo 2 ΔΔCt metode.}

Gradnja TF-miRNA koregulacijskega omrežja

Po analizi podatkov mikromrež, smo pridobili TFS in latentne ciljnih genov, ki jih urejajo družine E2F z iskanjem Transkripcijska regulatorni element baze podatkov (tred). Poleg tega je bilo v miRNAs ciljajo E2F družino določi poizvedovanje baz podatkov za napovedovanje štirih ciljnih, to se pravi, Targetscan, Miranda, miRDB in miRWalk podatkovno bazo [16-18]. Nato smo združili te diferencialne izražene gene in miRNAs za gradnjo tega koregulativnim TF-Mirna mrežo, povezano z E2F družino uporabo Cytoscape programske opreme. V TF-miRNA co-regulativni mrežo, smo definirali vozlišče kot pesta gena ali miRNA, ko je neposredno povezana z več kot dvema vseh vozlišč v omrežju.

Analiza E2F družinskih mRNA za povezovanje s klinike patološkimi lastnostmi od bolnikov z rakom želodca

sprejemnik deluje značilne (ROC) krivulje, smo analizirali različno izražena gene, ki ureja E2F mRNA med rakom želodca in seznanjenih sosednjih zdravih genov tkiv. Nato smo izbrali in odlikuje najboljše izravnane gene za povezovanje s klinike patološkimi lastnostmi z binarno logistično regresijsko analizo.

Statistična analiza

ROC krivulja in binarna logistična regresijska analiza je bilo uporabljenih za različno izraženih genov ki ureja E2F mRNA med rakom želodca in seznanjenih sosednjih normalnih tkivih. Enosmerna analiza variance je bila uporabljena za povezavo med E2F družino in stopnjo invazije tumorskih celic. GraphPad Prism 6 programska oprema je bila izvedena za pridobitev ROC krivulje in izračun občutljivosti, specifičnosti in območje pod krivuljo (AUC). SPSS 18.0 programska oprema je bila uporabljena za enosmerni ANOVA in binarno logistično regresijsko analizo. Vrednost p < 0,05 štelo, da je statistično značilno

Rezultati

Odkrivanje različno izraženih genov in miRNAs med rakom želodca in njihovih ustreznih normalnih tkiv

Najprej smo izvedli. analiza Affymatrix Exon Arrays zaznati različno izraženih genov med rakom želodca in seznanjenih sosednjih zdravih tkivih pri 45 bolnikih (podatki bolnikov so prikazane v S1 tabeli). GEO nizi podatkov NCBI število pristop te študije je bil GSE63089. Uporaba > 1,5 krat spremembe kot presečni vrednosti, smo identificirali 887 reguliran in 93 navzdol reguliranih genov (S2 tabela). Funkcionalna analiza je pokazala, da so ti diferencialne geni v glavnem oblikovana genskih poti, kot kontrolo celičnega cikla, p53 signalne poti, raka poti, interakcijo zunajcelični matriks-receptorja, celično adhezijo, glikolize /glukoneogenezo in interakcijo receptorjev citokinov (sl. 1). E2F družinske člane igrajo pomembno vlogo pri G1 celičnega cikla /S prehod v celicah in izražanje genov za E2F1, 2, 3, 4, 5 in 7 so bili vsi ugotovljeno, da je prekomerno (p < 0,01), raka želodca v tem študija.

Nato smo izvedli tudi analizo Affymatrix Gene Chip microRNA niz v 15 primerov raka želodca in seznanjenih sosednjih normalnih tkivih (podatki bolnikov so prikazane v S1 tabeli). GEO nizi podatkov NCBI število pristop te študije je bil GSE63121. Našli smo 41 navzdol regulirano in 4 up-urejena miRNAs (S3 tabelo). Fig. 2 je prikazano analizo bi-grozdov gruče teh 45 diferencialnih miRNAs pri raku želodca vs normalnih tkivih. Funkcionalno, bi ti različno izražena miRNAs urejanje različnih genskih poti, kot so prepis aktivator dejavnosti, vezave DNA, prepisovanje faktorja dejavnosti, po transkripcijske regulacije izražanja genov in G1 /S prehoda mitotićne celičnega cikla.

Building up in analizo E2F družinskih TF-miRNA sodelovanja regulatornega omrežja

da bi prikazali, povezano z družino E2F TF-Mirna co-regulativni mrežo, smo uporabili tred, da se pozanima TF in latentno ciljnih genov reguliranih s E2F družini in nato izbrali različno izražena TFS in latentne ciljnih genov v želodčnih tkivih raka. Našli smo skupno 105 TF in latentne ciljnih genov, ki bi lahko potencialno urejena s E2F družini v raka želodca (5 navzdol regulirano in 100 up-regulirane geni, glej S4 tabelo), ki lahko tvorijo 105 genov mrežo po dvo- analiza skupin grozda (sl. 3) analiza DAVID pokazala ti 105 geni so najbolj povezane cikla genov celic (sl. 4).

Nato smo izkoriščen spletnih orodij Targetscan, Miranda, miRDB in podatkovne baze miRWalk napovedati potencialni ciljanja genov teh 45 miRNA in nato združila te ciljanja genov s temi 105 diferencialno izraženih genov. Našli smo 7 navzdol regulirano in 2 up-urejena miRNAs (S3 tabelo). Po tem, smo zgradili, povezano z E2F TF-Mirna regulativni mrežo (sl. 5).

Po tem, smo analizirali to povezano z E2F TF-Mirna regulativni mrežo in ugotovili, da E2F1, E2F2 in E2F4 v E2F družine igrajo pomembno vlogo pri tem TF in miRNA co-regulativni mrežo. Tri preveč regulirane mRNA (E2F1, E2F2 in E2F4) iz različno izraženih mRNA bili validirani s PCR v realnem času (RT-PCR). Rezultati so pokazali, da so bili E2F1, E2F2 in E2F4 pretirano reguliran v želodcu vzorcih raka v primerjavi z običajnimi vzorci. Rezultati RT-PCR in podatki mikromrež so skladni (p 0.05, slika 6).. Poleg tega smo ugotovili 9 pesta gene, povezane-E2F TF-miRNA regulatornega omrežja, ki se lahko sofinancirajo ureja TF (sl. 7). Pri analizi DAVID teh 9 pesta genov in funkcij je prikazan v tabeli 2.

Združenje E2F ravni družine mRNA s klinike patološkimi lastnostmi iz bolnikov z želodčnim rakom

smo nadalje analizirane izražanje E2F mRNA in jih nato povežejo s klinike patološkimi lastnostmi od bolnikov z rakom želodca. ROC krivulje analiza pokazala, da E2F1, 2, 3, 4, 5 in 7 se lahko latentne tarče razlikovati želodca tkiva raka in normalne tiste (sl. 8). Kombinacija več E2F družinskih mRNA lahko še izboljša specifičnost in občutljivost njihovega razlikovati med rakom želodca in normalnih tkiv po regresije binarne logistične analize (sl. 8). Poleg tega smo ugotovili stopnjo E2F1, 2, 3, 4, 5 in 7 mRNA povezano z globino želodčnega raka invazije (sl. 9). Prav Ugotovili smo, da je E2F izraz povezan z diferenciacijo tumorja (sl. 10).

Diskusija

V tej študiji, smo uporabili za mejno vrednost 1,5-kratno spremembah profiliranih diferencialno izraženih mRNA in miRNAs v želodčnih tkivih z rakom, ki je v skladu z večino prejšnje študije cDNA ali miRNA mikromrež [19]. Te diferencialno izražene mRNA in miRNAs v želodcu tkivih rakom so bili večinoma povezani z napredovanju celičnega ciklusa, predvsem E2F družino. Do sedaj so člani E2F proteinov vključujejo E2F1- E2F8 in med njih, E2F1, 2, 3, 4, 5 in 7 proteini so bili vsi močno izraženi pri raka želodca v tekočem študiji. Tako smo napovedali, da ima E2F družina pomembne regulativne funkcije v raka želodca. Tako smo zgradili to povezano z E2F TF-Mirna co-regulativni mrežo za raka želodca, ki temelji na naših mikromrež profiliranja podatkov. Ta mreža vsebuje 105 TFS in njihove regulirane latentne ciljnih genov (5 down-urejena in 100 up-reguliranih genov), ki so povezane z E2F družino in 9 diferencialnih miRNAs (7 navzdol regulirano in 2 reguliran miRNAs) (sl. 5) . Z drugimi besedami, lahko E2F družina genov delujejo na teh 105 genov in 9 miRNAs urediti potek celičnega ciklusa raka želodca. Dejansko smo ugotovili, da ciljne geni, ki jih E2F1 in E2F4 regulirane pojavil količine različnega izražanja raka želodca, kar kaže, da so E2F1 in E2F4 zelo verjetno, da se zavzemajo pomemben delež v rasti raka želodca. Poleg tega miRNAs različno izražena v raka želodca so lahko regulira ekspresijo E2F1, E2F2, E2F5 in E2F7, kar kaže, da je miRNAs-spremenjeni izraz E2Fs proteinov pomembni dejavniki pri razvoju želodčnega raka ali napredovanje.

Dejansko E2F družinski člani igrajo pomembno vlogo v celični cikel G1 /s prehoda v celicah in njihovo spremenjeno izražanje prispevale številne bolezni ljudi, vključno z rakom [20]. Na primer med želodčni rast in napredovanje raka, bodo celice raka pospeševanje proliferacije tumorskih celic, temveč inhibira apoptozo. Na ravni genov, transkripcijski faktor E2F družina genov igra pomembno vlogo pri uravnavanju proces celičnega cikla s spodbujanjem pravočasno izražanje genov, ki so potrebne za sintezo DNA v G1 /S faznega prehoda. E2F dejavnost sama nadzoruje retinoblastom beljakovin (RB) in žepni proteini p107 in P130. Do sedaj so člani v E2F proteine ​​E2F1-E2F8, vključno z transkripcija aktivira dejavniki E2F1-3a, ki v glavnem uredila prehod celičnega ciklusa od G0 v S fazi, in prepis zaviral dejavnike E2F3b-E2F8, ki so izražene v mirnih ali diferenciranih celic in prepreči napredovanje celičnega ciklusa [21]. Prejšnje študije so pokazale, da je bilo spremenjeno izražanje E2F genske družine tesno povezana z rastjo raka dojke [22], rak jajčnikov [23], raka na mehurju [24], kolorektalnega raka in raka trebušne slinavke [25]. Pri raku želodca, prejšnje študije so pokazale, da je E2F nenormalno izražena in E2F izraz, ki ga miRNAs urejena je bila povezana z napredovanju celičnega ciklusa in apoptozo represije v želodcu rakavih celic zatreti TGFβ zaviralnih poti [26]. E2F genske mutacije in je tudi eden od vzrokov za zgodnje želodca nastanka raka [27]. Naši trenutni podatki so podprli to ugotovitev.

Vendar, poleg E2F družine, TP53, BRCA1 in stat3 prav tako igrajo pomembno vlogo pri tem TF in miRNA koregulacijskega omrežja (sl. 5). Na primer, TP53is eno najbolj razširjenih študiral genov in igra pomembno vlogo pri regulaciji apoptoze genomske stabilnosti in angiogenezo [28]. Prejšnja študija je pokazala, da je p53
mutacija neposredno povezani z razvojem raka želodca [4] in druga študija je pokazala, da obnova p53 aktivnost povzroča občutljivost raka želodca na kemoterapijo [29]. BRCA1 je dovzetnost gen za raka na dojki in uravnava celično apoptozo in popravila DNA poškodbe. BRCA1 igra pomembno vlogo pri dejavnosti popravila ureditev DNA in BRCA1
mutacije prispevali k razvoju raka dojke, raka jajčnikov [30], raka trebušne slinavke [31], in rakom želodca [32]. Izgubljeno izraz BRCA1 beljakovin je bila povezana s slabim stopnjo preživetja bolnikov želodca raka [33]. Naš sedanji študija je pokazala, da je bila BRCA1 mRNA povezana z želodčno diferenciacijo raka. Poleg tega stat3 je transkripcijski faktor, ki se aktivira pri odzivu na rastnih faktorjev in citokina, in prispeva k regulaciji celične proliferacije, apoptoza in gibljivosti v celicah. Prejšnje študije so pokazale, da je stat3 ključni regulatorni element [34] za razvoj raka želodca ter da aktiviranje stat3 spodbuja preživetje tumorskih celic in migracije [35]. Predhodna študija v uporabi inhibitor stat3 za zdravljenje raka želodca in pokazala učinkovitost [36].

Poleg tega miRNAs (miR-125a-5p, miR-331-3p, miR-17, miR-150, miR-155 , miR-27b, miR-31, miR-92a in miR-509-5p), ki je različno izražena v raka želodca, je bilo ugotovljeno, da regulira ekspresijo E2F1, E2F2, E2F5 in E2F7 v tej študiji (S3 tabeli). Prejšnje študije so pokazale, da je bila miR-125a-5P izraz povezan z želodčno kancerogenosti z osredotočanjem na E2F3 [37]. Mirna-331-3p neposredno namenjen E2F1 in inducirane rasti aretacijo človeških želodčnih rakavih celic [38]. Poleg tega je bila ekspresija miR-155 sposoben blokirati TGF-β1 posredovano aktivacijo Rb in posledično za zmanjšanje številčnosti zaviralnega PRB-E2F1 kompleksna in dvig G0 /G1 prijetje [39]. MIR-17 družinskih skupin se pojavljajo kot ključni modulatorji TGF-βtumor supresor signalizacijo pri bolnikih z rakom želodca, z regulacijo p21, E2F1-3 in E2F5 ciljno genske ekspresije [40-42]. Poleg tega so tudi pokazale miR-150, miR-31, in miR-92a tesno povezana z rakom želodca [43-46]. Čeprav je bilo poročali o pokoj-509-5p povezano z rakom želodca, miR-509-5p pridružil Mdm2 /p53 povratne zanke in uravnava rast rakavih celic [47]. Te študije so bile v skladu s trenutnimi rezultati.

Poleg tega lahko regulatorni razmerje med TF-genov in miRNA-TF so se sinergijski učinki. Na podlagi naših novoustanovljeni povezani-E2F TF-miRNA co-regulativni mrežo, smo ugotovili 9 pesta gene, ki v glavnem vključujejo v celični cikel in kromosomov organizacije (sl. 7). Sprejmejo vsi podatki skupaj, naš sedanji študija kaže, da so za razvoj želodčnega raka in napredovanje vključeni več geni in nadaljnje raziskave bodo osredotočene na teh genov kot novimi cilji za nadzor raka želodca.

Vendar naš sedanji študija le predvideti je potreben predhodni podatki in nadaljnje študije za potrditev, da se preveri naše podatke v ex vivo ter in vitro. Ta sistematična pristop nam lahko pomaga, da razišče raka patogenezo in zagotavlja teoretično podlago za iskanje novo strategijo za zdravljenje raka želodca v prihodnosti.

Podpora Informacije
S1 tabelo. Značilnosti bolnikov
doi:. 10,1371 /journal.pone.0116979.s001
(DOC)
S2 tabeli. . Povzetek 980 različno izraženih genov v želodcu tkivih rakom v primerjavi z oddaljenih normalnih tkivih
ravni izražanja genov v želodcu tkivih rakom v primerjavi z oddaljenih normalnih tkivih bili vsaj 1,5-krat drugačna z vrednostjo p. ≪ 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s002
(XLSX)
S3 tabeli. . Povzetek 45 različno izraženih miRNAs v želodcu tkivih rakom v primerjavi z oddaljenih normalnih tkivih
Ravni miRNA izražanja v želodčnih tkivih raka v primerjavi z oddaljenih normalnih tkivih bili vsaj 1,5-krat drugačna z vrednostjo p < 0,05.
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s003
(XLSX)
S4 tabeli. Povzetek 105 različno izraženih genov v TF-regulativni omrežje v želodčnih tkivih raka
doi:. 10,1371 /journal.pone.0116979.s004
(DOCX)

Priznanja

zahvaljujemo se Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kitajska) za urejanje in lektoriranje ta rokopis.

• Plos ONE: sečil Ravni N-nitrozo spojin v odnosu do tveganja želodčnega raka: Ugotovitve iz kohorte študije Shanghai
• Plos ONE: Kirurški Izidi 2041 zaporednih laparoskopsko želodca postopkih za želodca raku: v velikem obsegu, študija Control Case