PLOS ONE: Föreningen mellan DNA kopietal Aberrations på kromosom 5q22 och ventrikelcancer

Abstrakt

Bakgrund

Gastric cancer är vanligt cancer. Upptäcka nya genetiska biomarkörer kan bidra till att identifiera högriskindivider. Kopietal variation (CNV) har nyligen visats påverka risken för flera cancerformer. Syftet med denna studie söktes för att testa associationen mellan kopietal på en variant region och GC.

Metoder

Totalt 110 gastric cancerpatienter och 325 friska försökspersoner inkluderades i detta läsa på. Vi sökte efter en CNV och hittade en CNV (Variation 7468) innehållande en del av APC
genen, SRP19
genen och REEP5
gen. Vi valde fyra sonder inriktning på APC-intron8
, APC-exon9
, SRP19 Mössor och REEP5
att förhöra denna CNV. Specifika TaqMan prober märkta med olika reporter fluoroforer användes i en realtids-PCR plattform för att erhålla antalet kopior. Både de ursprungliga icke-heltal data och transformerade heltal uppgifter om antal kopior användes för analys.

Resultat

Gastric caner patienter hade en lägre icke-heltal kopietal än kontroller för APC-exon9
sond (justerad p = 0,026) och SRP19
sond (justerad p = 0,002). Analysen av heltal antal kopior gav ett liknande mönster även mindre betydande (justerad p = 0,07 för APC-exon9
sond och justerad p = 0,02 för SRP19
sond).

Slutsatser

Förluster av en CNV vid 5q22, särskilt i DNA-regionen som omger APC-exon 9
, kan associeras med en högre risk för magcancer.

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) Föreningen mellan DNA kopietal Aberrations på kromosom 5q22 och magcancer. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10.1371 /journal.pone.0106624

Redaktör: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, USA

Mottagna: 29 april, 2014. Accepteras: 30 juli 2014; Publicerad: 11 September, 2014

Copyright: © 2014 Tsai et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit

datatillgänglighet. Det författarna bekräftar att all data som ligger till grund resultaten är helt utan begränsning. Alla relevanta uppgifter finns inom pappers- och dess stödjande information filer

Finansiering:. Detta arbete har finansierats med bidrag från Kaohsiung Medical University Hospital (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Excellence for Cancer Research Center Grant genom finansiering från Department of Health, Executive Yuan, Taiwan, Kina (MOHW103-TD-B-111-05) och National Science råd Kina (NSC 99-2320-B- 037-014-My3, NSC 94-2314B037-104). Grundarna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet

Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns

Introduktion

Gastric cancer (GC) är den fjärde vanligaste cancerformen och den tredje vanligaste orsaken till cancer dödsfall i världen hos män; den femte vanligaste cancerformen och den femte vanligaste orsaken till cancerdöd hos kvinnor [1]. Enligt International Agency for Research on Cancer (IARC), Japan, Kina och Korea har en högre incidens av GC [2]. I Taiwan, GC var den sjätte största orsaken till cancerrelaterad död 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; nås i juni 2011). Gastric cancer är mycket komplex och uppvisar heterogenitet i kliniska, biologiska och genetiska aspekter. Kända miljöfaktorer som påverkar GC inkluderar Helicobacter pylori (H. pylori) Review infektion, matvanor, rökning, hereditet, och kön (högre hane-till-hona förhållande) [3]. Som familjehistoria är en stor riskfaktor för GC, har nya studier fokuserat på de genetiska faktorer som spelar en roll i GC. Flera forskare har dokumenterat de genetiska förändringar som är involverade i utvecklingen av GC [4].

Gastric cancer uppvisar ofta sen klinisk presentation, och det är oftast diagnostiseras i framskridet stadium och bär en dålig prognos. Tidig upptäckt av GC är avgörande för att förbättra terapeutisk effekt, och minska dödligheten, därför identifiera relevanta genetiska biomarkörer kan bidra till tidig upptäckt av GC. Ett stort antal föreningar mellan strukturella iska förändringar och sjukdomar känslighet har avslöjad [5], [6]. Flera specifika genetiska förändringar, bland annat dubbelarbete och mutation har misstänkts eller visat sig ha samband med GC progression [7]. DNA kopieantal variationer (CNVs) är vanliga i flera cancerformer och andra effektmått sjukdomar. Variationer i DNA-kopieantal kan vara en indikator på hög risk för GC i individer. Använda jämförande genomisk hybridisering (CGH) /array-CGH (aCGH) analys har flera genomiska regioner återfunnits i GC-celler eller GC patienter att få vinsterna av DNA-regioner inklusive 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, och 20q11-13 och förluster av DNA-regioner, inklusive 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13 och 18q22 [8] - [13]. Dessa resultat tyder på att mönstret av kromosomala instabilitet kan korrelera med klinik patologiska egenskaper GC.

Tidigare studier har dokumenterat avvikelser i adenomatös polypos coli ( APC
) genen på kromosom 5q22 till resulterar i familjär adenomatös polypos (FAP), ärftlig icke-polypos tjocktarmscancer och andra cancerformer [14] - [16]. Mest frekvent förluster av antalet kopior på 5q22 i GC patienter skillnad ras sammanfattas i tabell S1 i File S1 [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Studier rapporterade att 15,4% av japanska [10], 35% i koreanska [21], och 21% i Turk [20] av GC patienter hade genmutationer på 5q14-22. Förluster av antal kopior på kromosom 5q22 har visat sig vara signifikant associerade med histologiska typen [13], [18], [19], lymfkörtel status [12] och metastaser [12] i GC patienter. Förutom relationen med magcancer, var 5q förlust också ofta inblandade i premaligna stadiet [17], [22]. Dessa studier har visat att APC
gen kan spela en viktig roll i GC. Därför, i denna studie, testade vi en sammanslutning av kopietalet vid 5q22 med GC i den taiwanesiska befolkningen.

Metoder

Studiepopulation

Totalt 110 GC patienter och 325 friska kontrollpersoner rekryterades från Kaohsiung Medical University Hospital i Taiwan. Alla patienter var antingen taiwanesiska eller kinesiska fastlandet. Närvaron av GC också patologiskt bekräftad. Den histologiska grad klassificerades enligt kriterierna för Lauren [23]. Tumör staging var i enlighet med den amerikanska kommittén för cancer (AJCC) stadieindelning systemet [24]. Patienter med andra maligniteter uteslöts från studien. Kontrollpersonerna var friska frivilliga försökspersoner som deltog i regelbundna hälsokontroller på samma sjukhus. Ingen av kontrollerna hade personlig historia av cancer eller andra diagnostiserade betydande magsjukdomar i samband med inskrivningen. Studieprotokoll och metoder har godkänts av Institutional Review Board i Kaohsiung Medical University Hospital. Alla deltagare förutsatt skriftligt informerat samtycke före påbörjandet av studien.

Välj kandidat CNV GC relaterade

Kandidaten CNVs omfattar APC
genen på kromosom 5q22 hämtades från en offentlig databas (databas av genomiska varianter, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~number=plural). Fram till november 2010 databasen listas fysiska positioner för 66,741 CNVs ligger i 15,963 vanliga CNV regioner. Bland dem var en CNV (Variation 7468) vid 5q22 som spänner 127,5 kb (kromosomen plats: 112.138.707 till 112.266.194, baserat på NCBI bygga 36 /hg18 version) som täcker en del av APC
genen och SRP19
gen vid den främre DNA-strängen och REEP5
genen på den omvända DNA-strängen. Baserat på array CGH data från 50 friska franska män, frekvensen av vinst och förlust av kopior på detta område var 2% och 2%, respektive [25]. Litteraturen visar sex mutationer i alternativt-splitsade regionen av exon 9 i APC
genen för att vara associerade med FAP [26] och koloncancer [27], men ingen har rapporterats i samband med GC.

Vi valde två angränsande prober förhör intron8 och exon9 av APC
gen, respektive, en sond för SRP19
gen, och en sond för REEP5
gen för att detektera antalet kopior av denna CNV medan ades RPPH1
används som referens-gen. Dessa sönder är kommersiellt tillgängliga från TaqMan (Applied Biosystems Inc (ABI), CA, USA) och deras detaljerad information om genomen (bygga 36 /hg18) visas i tabell S2 i File S1 och figur S1 i File S1.

Genomisk DNA-beredning och realtids-PCR för antal kopior upptäckt

DNA-isolering utfördes med användning av kommersiellt tillgängliga DNA-isolering kit (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Hamburg, Tyskland). RNas A (Qiagen) användes för att smälta enkelsträngat RNA för isolering av RNA-fritt DNA. Genomiskt DNA extraherades från perifera blodleukocyter. DNA kvantifierades först genom UV-absorption (Beckman DU 640 spektrofotometer, Beckman Coulter, Brea, CA, USA) och sedan förstärks av realtids-PCR. DNA-koncentrationer justerades till 10 ng /l före genotypning. Real-Time PCR utfördes med användning av de TaqMan-prober i en ABI 7900HT realtids-PCR-instrument (ABI). Kommersiellt tillgänglig FAM färgämnesmärkta prober utformades för att förstärka APC
, SRP19 Köpa och REEP5
. VIC färgämnesmärkt ribonukleas P RNA-komponenten H1 (RPPH1) Review användes som den endogena kontroll eftersom RPPH1
har exakt två kopior per diploid mänskliga genomet, som är belägen på kromosom 14q11.2 [ ,,,0],28]. Primers och prober utformades från genomsekvensen (bygga 36 /hg18) med hjälp av ABI proprietär programvara. Den TaqMan antalet kopior analys innehöll 1 pl APC, SRP19 eller REEP5
sond (20x, märkt FAM), 1 pl RPPH1
sondblandning (20x, märkt VIC), 10 pl TaqMan Universal PCR Master Mix (2x), 1,5

• PLOS ONE. Kirurgiska utfall och prognostiska faktorer T4 magcancer Patienter utan Distant Metastasis
• PLOS ONE: Heat Shock Protein 60 Uttryck är associerad med progressionen och prognosen i Gastric Cancer