PLOS ONE: Hög genomströmning sekvensering och antalet exemplar Variation Detection Använda formalinfixerade inbäddade vävnads i magsäckscancer

Abstrakt

I en tid präglad av målsökande terapi är mutation profilering av cancer en viktig aspekt för att göra terapeutiska beslut. För att karakterisera cancer på molekylär nivå, är det viktigt att använda formalinfixerade paraffininbäddade vävnaden. Vi testade Ion AmpliSeq Cancer hotspot Panel v2 och Ncounter Copy Number Variation analys i 89 formalinfixerade paraffininbäddade magcancer prover för att fastställa om de är tillämpliga i arkiv kliniska prov för personligt riktade terapier. Vi validerade resultaten med Sanger-sekvensering, realtid kvantitativ PCR, fluorescens in situ hybridisering och immunhistokemi. Ofta upptäcks somatiska mutationer ingår TP53
(28,17%), APC
(10,1%), PIK3CA
(5,6%), KRAS
(4,5 %), SMO
(3,4%), STK11
(3,4%), CDKN2A
(3,4%) och Smad4
(3,4%) . Förstärkningar av HER2
, CCNE1
, MYC
, KRAS Mössor och EGFR
gener observerades hos 8 (8,9%) , 4 (4,5%), 2 (2,2%), en (1,1%) och 1 (1,1%) fall, respektive. I de fall med förstärkning, fluorescens in situ hybridisering för HER2
verifierad genförstärkning och immunohistokemi för HER2, EGFR och CCNE1 kontrollerat överuttryck av proteiner i tumörceller. Sammanfattningsvis, vi framgångsrikt utfört halvledarbaserad sekvensering och NCounter kopietal variation analyser formalinfixerade paraffininbäddade magcancer prover. High-throughput screening i arkiv kliniska prover möjliggör snabbare, mer exakt och kostnadseffektiv detektion av hotspot mutationer eller förstärkning i gener

Citation:. Kim S, Lee J, Hong mig, IG, Kang SY, Ha SY, et al. (2014) med hög genomströmning sekvensering och antalet exemplar Variation Detection Använda formalinfixerade inbäddade vävnads i magsäckscancer. PLoS ONE 9 (11): e111693. doi: 10.1371 /journal.pone.0111693

Redaktör: Hiromu Suzuki, Sapporo Medical University, Japan

Mottagna: 28 april, 2014. Accepteras: 29 september 2014. Publicerad: 5 november 2014

Copyright: © 2014 Kim et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit

datatillgänglighet. Det författarna bekräftar att all data som ligger till grund resultaten är helt utan begränsning. Alla relevanta uppgifter finns inom pappers- och dess stödjande information filer

Finansiering:. Denna studie stöddes av ett bidrag från Korea Healthcare Technology R &D Project, ministeriet för hälsa & Välfärd frågor, Republiken Korea (A101130) och en Samsung Biomedical Research Institute bidrag (# SBRI-SP1B20112). Denna studie stöddes också av en Samsung Medical Center intramural bidrag, 20 x 20 Project (# GFO1140111). Medförfattare Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, In-Gu göra, så Young Kang, Sang Yun Ha, Seung Tae Kim, Se Hoon Park, Won Ki Kang, Min-Gew Choi, juni Ho Lee, Tae Sung Sohn , Jae månen Bae, Sung Kim och Kyoung-Mee Kim är anställda av Samsung Medical Center. Medförfattare Duk-Hwan Kim är anställd av Samsung Biomedical Research Institute. Samsung Biomedical Research Institute och Samsung Medical Center gett stöd i form av löner för författare Seokhwi Kim, JL, meh, IgD Syk, SYH, STK, SHP, WKK, MGC, JHL, TSS, JMB, Sung Kim, KMK och DHK , men inte har någon ytterligare roll i studiedesign, insamling och analys data, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet. De specifika roller dessa författare är ledade i "Författare bidrag avsnittet

Konkurrerande intressen. Författarna har följande intressen: Denna studie har finansierats delvis av Samsung Biomedical Research Institute och Samsung Medical Center. Medförfattare Seokhwi Kim, Jeeyun Lee, Min Eui Hong, In-Gu göra, så Young Kang, Sang Yun Ha, Seung Tae Kim, Se Hoon Park, Won Ki Kang, Min-Gew Choi, juni Ho Lee, Tae Sung Sohn , Jae månen Bae, Sung Kim och Kyoung-Mee Kim är anställda av Samsung Medical Center. Medförfattare Duk-Hwan Kim är anställd av Samsung Biomedical Research Institute. Det finns inga patent, till produkter under utveckling eller marknadsförda produkter förklara. Detta ändrar inte författarnas anslutning till alla PLOS ONE politik för att dela data och material.

Introduktion

Även om magcancer är den fjärde vanligaste cancerformen i världen, är det den andra dödsorsaken. [1] Dess förekomst är betydligt högre i asiatiska länder, däribland Sydkorea, där det är den näst vanligaste cancerformen. [2] Nyligen har flera riktade läkemedel för magcancer upptäckts, som ger ytterligare alternativ för läkare och patienter [3] - [5]

I en tid präglad av målsökande terapi av mutation profilering av orsakande cancer. är avgörande för terapeutiska beslut. Försök att profilera mutationer har gjorts med hjälp av traditionella Sanger-sekvensering; det är emellertid inte en optimal metod i kliniska situationer på grund av kostnad, tid och arbetskraft krävs. Dessutom kräver Sanger-sekvensering stora mängder DNA; utvärdera små mängder av vätska kan användas för ett flertal gener samtidigt är inte möjligt. Införande av nästa generations sekvensering (NGS) metoder har löst detta problem genom att multiplex hög genomströmning sekvensering av många prover för flera gener samtidigt. [6], [7] En av NGS plattformar, Ion Torrent AmpliSeq Cancer Panel, förlitar sig på icke-optisk detektering av vätejoner i en halvledaranordning, är i stånd att detektera 2,855 onkogena mutationer i 50 vanligen muterade gener [8] och (tabell S1). Det är överlägsen andra masspektroskopi baserad sekvenseringsmetoder, som ger sekvenseresulterar snabbare och till lägre kostnad. [8] Det är tillämplig i formalinfixerade paraffininbäddade (FFPE) vävnadsprover med små mängder DNA. Eftersom det garanterar hög känslighet i screening kända onkogena mutationer, [9], [10] Ion Torrent AmpliSeq Cancer Panel är valet av 5 stora cancerkliniker i USA för molekylär diagnostik inom riktad terapi [11].

Förstärkning av onkogener är en viktig mekanism för gen uttryck och bidrar till tumörutveckling. [12] Som exempel kan nämnas förstärkning av HER2
, MET
, FGFR2 Mössor och KRAS
gener i gastric cancer. [13], [14] I detektion av kopieantal variationer (CNVs) i kliniska prover, fluorescens in situ hybridisering (FISH) och /eller immunohistokemi (IHC) har använts i stor utsträckning. Men höga kostnader och små provstorlekar av biopsimaterial begränsa tillämpningen av dessa metoder, och det finns fortfarande ett behov av ytterligare hög genomströmning teknik med lätt tillgänglighet, hög känslighet och låga kostnader. Ncounter CNV koduppsättningar (Nanostring teknik, Life Sciences, Seattle, WA) ger överlägsen noggrannhet och reproducerbarhet för studier av alla storlekar och ge bättre och snabbare resultat med betydligt mindre ansträngning än med realtid kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR) eller CNV arrayer [ ,,,0],15].

bättre anpassad cancerbehandling kan förbättra patient resultatet. Patienttumörprover kommer att krävas för att karakterisera cancer på molekylär nivå och identifiera de sjukdomsgrupper som bör få olika behandlingar. Användningen av FFPE vävnad är viktigt för att möjliggöra sådana studier. [16] Här har vi testat AmpliSeq och NCounter anpassade CNV paneler i FFPE magcancer prover för att avgöra om de är tillämpliga i arkiv kliniska prover för personligt riktade terapier.

Material och metoder

Samples

Tumörcell cell~~POS=TRUNC procent med mer än 75% dissekerades i mikroskop från 4 mm ofärgade sektioner genom jämförelse med en H & E färgade bilden, och genomiskt DNA extraherades med användning av en Qiagen DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Tyskland) enligt tillverkarens instruktioner från 96 patienter med avancerad magsäckscancer. Efter extraktion mätte vi koncentration liksom 260/280 och 260/230 nm förhållandet spektrofotometer (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Varje prov kvantifierades sedan med Qubit fluorometer (Life Technologies, Carlsbad, Kalifornien). Genomiskt DNA med > 10 ng mätt med Qubit fluorometer utsattes för biblioteks förberedelse och sju prover misslyckades med att konstruera bibliotek och uteslöts från denna studie. Slutligen har 89 fall slutligen analyseras och ingår 31 kvinnliga och 58 manliga patienter. Tabell 1 visar en lista över de kliniska och patologiska egenskaperna hos de patienter i denna studie. Återkommande eller metastaser utvecklades hos 11 patienter med median uppföljningsperiod på 76 månader (intervall 5,5 till 149,3). Studien godkändes av Institutional Review Board (IRB) på Samsung Medical Center. Alla kliniska undersökningen genomfördes i enlighet med de principer som uttrycks i Helsingforsdeklarationen. Den skriftligt informerat samtycke har avstått från IRB grund av retrospektiv analys och anonyma uppgifter. Prover samlades in som en del av en rutinmässig medicinsk procedur och uppsamlades genom författarna för denna studie. Prover från avlidna patienter eller levande patienter var alla avidentifieras, inklusive borttagning av all demografisk information före analys och informerat samtycke formen avstått från IRB.

Ion AmpliSeq cancer panel v2

Vi använde Ion AmpliSeq Cancer Panel v2 (Ion Torrent) för att upptäcka ofta somatiska mutationer som valdes baserat på litteraturgenomgång. Det undersöker 2855 mutationer i 50 vanligen muterade onkogener och tumörsuppressorgener (tabell S1). Först 10 ng av DNA från var och en av 89 FFPE tumörprover genomgick enda rör, multiplex PCR-amplifiering med hjälp av Ion AmpliSeqCancer Primer Pool och Ion AmpliSeqKit reagens (Life Technologies). Behandling av de resulterande amplikoner med FUPA Reagent partiellt digererade primers och fosforyleras de amplikoner. De fosforylerade amplikoner ligerades till Ion adaptrar och renas. För streckkods bibliotek beredning, substituerad vi streckkodade adaptrar från Ion Xpress Streckkods Adapters 1-96 Kit för den icke-streckkods adapter blandning tillföres i Ion AmpliSeq Library Kit. Det ligerade DNA genomgick nick-translation och förstärkning för att slutföra kopplingen mellan adaptrar och amplikoner och generera tillräckligt material för nedströms mall förberedelse. Två omgångar av Agencourt AMPure XP Reagent bindande på 0.6 och 1.2 vulst-till-prov volymförhållanden avlägsnas input DNA och ej inkorporerade primrar från de amplikoner. De slutliga biblioteksmolekyler var 125~300 bp i storlek. Vi överförs sedan biblioteken till Ion OneTouch System för automatiserad mall förberedelse. Sekvensering utfördes på Ion PGM sequencer enligt tillverkarens instruktioner. Vi använde IonTorrent programvara för automatisk dataanalys.

För att mäta känsligheten och specificiteten av Ion AmpliSeq cancer panel, hela exome sekvense resultat från 4 magcancer prover med känd mutationsstatus användes [17].

Ncounter Copy Number Variation koduppsättningar

för detektion av CNV, Ncounter Copy Number Variation koduppsättningar användes med 300 ng renat genomiskt DNA extraherat från 2-3 delar av 4-um tjocka FFPE representant tumörvävnad med hjälp av QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Tyskland). DNA fragment via Alul matsmältning och denatureras vid 95 ° C. Fragmenterat DNA hybridiserades med kodning av 86 gener i Ncounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) under 18 timmar vid 65 ° C och bearbetades i enlighet med tillverkarens instruktioner. Den Ncounter Digital Analyzer räknas och i tabellen signaler av reportersonder och genomsnittligt antal antal > 3 kallades och bekräftades av IHC, fisk eller realtids-PCR

IHC för HER2, EGFR (HER1) och CCNE1.

för validering av CNV resultaten från NCounter utförde vi IHC för HER2 i alla fall, och EGFR och CCNE1 i utvalda fall. Efter avparaffinering och rehydrering, var 4 mm sektioner på silanbelagda objektglas immun för HER2. Den HercepTest (Dako, Glostrup, Danmark) användes enligt tillverkarens anvisningar som tidigare beskrivits. [18] För EGFR använde vi anti-NCL-L-EGFR-384 mus monoklonal primär antikropp (1:100 utspädning; Novocastra /Vision Biosystems, Newcastle, UK) och CCNE1 vi använde anti-CCNE1 /cyklin E1 antikropp (klon HE12 , 1:200 utspädning, Thermo Fisher Scientific, MA). Ventana BenchMark XT automatiserad slide-behandlingssystemet användes i enlighet med tillverkarens protokoll. En expert patolog (KMK) utvärderat resultaten

FISH för HER2

FISH utfördes med hjälp av dubbla färg DNA-specifika prober från PathVision ™ (Abbott /Vysis. LSI HER2 SpectrumOrange ™ och CEP 17 SpectrumGreen ™) såsom tidigare beskrivits i fall med tvetydiga HER2-överuttryck. [19] Vi räknade hybridiseringssignaler i 20 kärnor per prov under ett fluorescensmikroskop (Zeiss Axioskop) med hjälp av filteruppsättningar som rekommenderas av Vysis (DAPI /Spectrum Orange dubbel bandpass, DAPI /Spectrum Grön dubbel bandpass). Alla överlappande kärnor uteslöts, och endast kärnor med en tydlig nukleär gräns utvärderades. HER2
genen ansågs amplifieras när FISH signalförhållande av HER2 /CEP17
var större än eller lika med 2,0 [20].

Realtids-PCR för KRAS och MET förstärkning

Vi använde DNA som erhållits från FFPE gastric carcinoma tumörvävnad. Reaktionsblandningen innehöll 2 uL genomisk DNA-mall, 10 uL av Taqman Universal PCR Master-blandning (Applied Biosystems Inc, Foster City, CA) och 0,2 uM av varje primer. För noggrann detektion av KN ändringar, analyserade vi tre olika regioner i KRAS
gen: en region inom intron 1 (TaqMan Copy Number Assay Hs06943812_cn), en region inom intron 2 (Hs002534878_cn), och en region inom exon 6 (Hs02739788_cn). . För MET
genen använde vi primers såsom tidigare beskrivits [21]

Vi mätte kopietal förstärkningen med användning av följande profil: 2 min vid 50 ° C, denaturering vid 95 ° C under 10 min, följt av 40 cykler av 95 ° C under 15 sek och 60 ° C under 1 min. Vi bestämde relativ kvantifiering med hjälp av 7900 HT snabb realtids-PCR-system i fyra exemplar. En RNaseP analyssats (Applied Biosystems) användes som en kontroll. Efter amplifiering, importerade vi experimentets resultat innehållande tröskel-cykelvärden för kopietalet och referens-analysen in i CopyCaller Software (Applied Biosystems) för post-PCR-analys av data som tidigare beskrivits. [22] Vi tilldelats KN vinst status och antalet KRAS
kopior baserade på överensstämmelse av resultaten i åtminstone två av de tre sonderna.

Analysmetoder

Vi uteslutit all synonyma förändringar efter en automatiserad mutations ringer algoritm användes för att upptäcka förmodade mutationer. Återkommande samtal i mer än 10 av 89 prover betraktades som falskt positiva och uteslöts. Vi använde cutoff värden av mer än 6% variant frekvens och mer än X100 täckning för att upptäcka verkliga mutationsförändringar i enlighet med tidigare studier och vår egen erfarenhet. [9], [10] Vi filtreras bort enda nucleotide polymorphisms efter manuell granskning av varje polymorfism i katalogen av somatiska mutationer i cancer (COSMIC, http://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic) ( Figur 1). För väl kända gener muterade i gastriska karcinom ( TP53
, APC
, PIK3CA
, STK11
, CDKN2A
, KRAS
, HRAs
, BRAF Mössor och CTNNB1
), var en manuell granskning av automatiska uppringnings resultat utförs för att fånga skadliga mutationer med något låg- variant frekvens.

Resultat

Resultat av Ion AmpliSeq cancer panel

koncentrationerna av DNA, deras koncentration gånger, genomsnittlig täckning av proverna, totalt antal baser, > Q20 baser, läser, menar läsa längd, kartlagt läser, på målsatsen (%), medeldjup och likformighet av resultaten beskrivs i tabell S2. Totalt fick vi 8178 variant samtal från 89 prover, bland dem 3554 samtal var icke-synonyma förändringar. Efter att filtrera bort återkommande samtal, < 6% av variant-allelen frekvens, < 100X täckning och de i intron regionen var 65 variant samtal vald. Dessutom gick vi igenom de automatiserade samtal i välkända mutationer som BRAF
, KRAS Mössor och PIK3CA Mössor och kan spara två varianter samtal, som uteslöts under filtrerings processer. Trettionio av de 89 prover (43,8%) hyste åtminstone en mutation (Figur 1). Två fall visade 22 och 5 mutationer, respektive. Det senare fallet hyste MLH1
somatisk mutation [missense-mutation i exon 20: c.1147A > G (p.M383 V)] och MLH1
promotor hypermethylation med MLH1 proteinförluster från IHC hjälp av tidigare beskrivna metoder, [23] tyder på hypermutated tumör. Även om mutationerna som finns i det förra fallet passerade variant frekvens och täckning skär offs dessa mutationer inte bekräftats av Sanger-sekvensering, vilket tyder på falska positiva i detta fall på grund av dålig kvalitet på DNA. Så är fallet, var detta fall utesluts från slutliga analyserna av resultaten. Ofta upptäcks somatiska mutationer ingår TP53
(24 fall, 27,0%), APC
(9 fall, 10,1%), PIK3CA
(5 fall, 5,6%), %), KRAS
(3 fall, 3,4%), SMO
(4 fall, 4,5%), STK11
(3 fall, 3,4%), CDKN2A
(3 fall, 3,4%), och Smad4
(3 fall 3,4%) som visas i tabell 2. Tabell 2 också sammanfattade aminosyraförändringar i ofta muterade gener. Vi identifierade 19 patienter (21,3%) med två eller flera unika och åtföljande somatiska mutationer.

I fyra magcancer prover med kända mutationsfrekvenser bestäms av hela exome sekvensering och bekräftats av Sanger-sekvensering identifierade vi somatiska mutationer i TP53
, ErbB4 Mössor och CTNNB1 hotell med några falskt positiva samtal i andra gener (Tabell S3).

Förstärkning av NCounter och validering av IHC, FISH eller realtids-PCR

amplifieringar av HER2
, CCNE1
, MYC
, KRAS Mössor och EGFR
gener observerades i 8 (8,9%), 4 (4,5%), 2 (2,2%), 1 (1,1%) och 1 (1,1%) fall, respektive (tabell 3). Vi har inte observera förstärkning av MET
, FGFR2
, CDK4 Mössor och CDK6 i något av fallen. I fall med amplifiering, IHC för HER2, EGFR och CCNE1 uppvisade överexpression av proteiner i tumörcellerna (Figur 2A, B och C). I ett fall med HER2 2+ av HercepTest, FISH visade heterogena förstärkning av HER2
gener (figur 2D).

I realtids-PCR för KRAS
, ett fall med amplifiering visade ökade kopietal (36, 37 och 49); i fall som var negativa för KRAS
förstärkning fanns ingen ökning av antalet kopior (0,9 till 2,4, menar 1,4).

För MET
gen, finner vi ingen positiva fall på grund av deras sällsynthet [21]. Därför använde vi ytterligare tio (fem vardera förstärkt och icke-förstärkta) gastric cancerprov och MET
förstärkt gastric cancercellinjer (MKN45 och SNU5) med kända kopietal och mRNA belopp. CNVs detekteras genom NCounter korrelerade väl med antalet kopior som detekteras av realtids-PCR (Tabell S4) och mRNA-nivåer av MET
gen (Pearsons korrelationstest, r = 0,874, p = 0,001). (Figur S2)

Diskussion

Genom att använda Ion AmpliSeq v2 fann vi att 39 av 89 avancerade magsäcks proverna innehöll somatiska mutationer, vilket visar att denna plattform är lätt tillämplig i arkiv FFPE vävnadsprover. TP53
var oftast hittas mutation, följt av APC
, PIK3CA Mössor och KRAS
. Dessutom vår egen CNV panel framgångsrikt upptäckt KN ökningar av HER2
, CCNE1
, MYC
, EGFR Mössor och KRAS
gener, som vi bekräftade med IHC och realtids-PCR

Mutations frekvenser i det kosmiska databasen avslöjar betydande likheter med de uppgifter vi fått från denna studie. TP53
(32%), PIK3CA
(10%), KRAS
(6%), APC
(6%), CTNNB1
(5%), CDKN2A
(5%), FBXW7
(5%), SMO
(4%), erbB2
(2%) och STK11
(2%). Senaste hela exome sekvense studier på magcancer uppvisade något högre frekvenser av TP53
(36% och 73%) och PIK3CA
(14% och 20%) mutationer jämfört med våra resultat. [24], [25] Även om våra mutationsfrekvenser var lägre vid jämförelse med exome sekvenseringsresultat, fanns det en signifikant ökning jämfört med våra tidigare data om masspektrometri baserade OncoMap v4. [26] Både AmpliSeq och OncoMap detektera mutationer i hotspot områden, som förklarar resultaten av mindre frekvent mutation i vissa onkogener och tumörsuppressorgener. Figur S1 jämför AmpliSeq v2 och OncoMap v4 i detekterbara mutations profilerna. Tidigare OncoMap tester i 237 gastric adenokarcinom avslöjade att PIK3CA
mutationer var ofta i avancerade stadier av sjukdomen (5,1% i etapp IV, 6,4% i steg II /III; 2,4% i steg IB). [26] I denna studie har vi observerat tre PIK3CA
mutationer hos patienter med stadium III och två i steg II sjukdom, som stöder deras biologiska roll i tumörprogression. Vi observerade även HER2
( erbB2
) c.2524G > A (V842I) mutation i ett fall av magcancer. I prekliniska studier, cellinjer som härbärgerar V842I mutationen var resistenta mot trastuzumab, men var känsliga för irreversibel HER2-hämmare, neratinib [27].

Semiconductor baserad sekvensering har grundläggande skillnader i avkänning och signalomvandling jämfört med masspektrometri -baserad sekvensering. Istället för att använda optiska metoder för att upptäcka nukleotidförändringar, känner halvledarbaserade teknik pH-förändringar genom frisättning av protoner (H ^{+) när nukleotider integreras i den växande DNA-strängen. [8] Det finns därför en betydande minskning av kostnaden och den tid som krävs för databearbetning jämfört med andra NGS plattformar. Ger snabb och korrekt information om mutationer till låg kostnad är avgörande för patienter med mycket aggressiva cancerformer, inklusive magcancer.}

I denna studie ses vi manuellt automatiserade samtal i välkända mutationer efter applicering Gränsvärdena frekvens och täckning, därefter tillsätta två samtal med låg variant täckning. Även om deras täckningsvärden inte nådde våra ursprungliga kriterier, deras frekvenser överskred vår första inställning (6%) och kvaliteten på uppgifterna var bra. Detta understryker vikten av manuell granskning efter automatiserad screening. Nyligen publicerade resultat med hjälp AmpliSeq som analysplattform betonar också ersättning av screeningdata med manuell granskning [9], [10].

Personlig riktad terapi för avancerad cancer bygger främst på begreppet "onkogen missbruk" i vilken multipla genetiska avvikelser är beroende av en eller några få gener för tumörcellunderhåll och överlevnad. [28] En öppen, internationell, fas 3, randomiserad kontrollerad ToGA (Trastuzumab för Gastric Cancer) studie indikerade att trastuzumab i kombination med kemoterapi är en ny standard för patienter med HER2-positiv avancerad magsäcks eller mag-esofagus korsning cancer. [29] En preklinisk studie visade att en delmängd av magcancer med EGFR
eller MET
förstärkning och överuttryck svarar på cetuximab eller MET receptortyrosinkinas-hämmare. [30] Dessutom amplifieringar av cellcykel medlare CCNE1
tyder på potential för terapeutisk hämning av cyklinberoende kinaser i gastric cancer. [31] Screening förstärkta gener för målinriktad behandling med hög kapacitet teknik är mycket viktigt. Traditionella metoder såsom fisk och array jämförande genomisk hybridisering lider av låg upplösning av genomiska regioner, höga kostnader och är labor- och tidskrävande. [32] I denna första studie på Ncounter CNV analyser, fann vi att denna teknik är tillämplig i FFPE kliniska prover och vi validerade resultaten av IHC, FISH och realtids-PCR. Även om vi inte validera alla gener som används i anpassade primers, valideringsresultat i flera utvalda gener var anmärkningsvärt.

Sammanfattningsvis vi framgångsrikt utfört halvledarbaserad sekvensering och Ncounter CNV analyser i FFPE vävnadsprover från 89 gastric adenokarcinom. Hög genomströmning sekvensering och CNV screening i arkiv kliniska prover möjliggör snabbare, mer exakt och kostnadseffektiv detektion av hotspot mutationer och CNV i gener. I en tid präglad av personlig genomisk medicin, planerar vi att använda dessa verktyg för att screena för magcancer patienter som kan dra nytta av riktade terapier.

Bakgrundsinformation
figur S1.
Jämförelse av täckning av Ion AmpliSeq v2 cancer panel kontra Oncomap v4
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s001
(TIF) Review figur S2.
Tomter av korrelation mellan MET
CNVs upptäckts av NCounter och mRNA-nivåer av MET
genen genom realtids-
doi PCR: 10,1371 /journal.pone.0111693.s002.
(TIF) Review tabell S1.
Gene List för Ion Torrent AmpliSeq Cancer Panel
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s003
(XLS) Review tabell S2.
Koncentrationerna av DNA, deras koncentration gånger, genomsnittlig täckning av proverna, totalt antal baser, > Q20 baser, läser, menar läsa längd, kartlagt läser, på målsatsen (%), medeldjup och likformighet.
doi: 10.1371 /journal.pone.0111693.s004
(XLS) Review tabell S3.
Somatiska mutationer i TP53
, ErbB4 Mössor och CTNNB1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s005
(XLS)
Tabell S4.
CNVs detekteras genom NCounter korrelerade väl med antalet kopior som detekteras av realtids-PCR
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111693.s006
(XLSX) Review

• PLOS ONE: är tidig utfodring efter Gastric Cancer kirurgi genomförbart? En systematisk genomgång och metaanalys av randomiserade kontrollerade studier
• PLOS ONE: Jämförelse av Operativa Resultat och lärande kurvor mellan Laparoscopic och Robotic Gastrectomy för Gastric Cancer