Tyrime aprašoma pradinė sveikų žarnyno mikrobiomų duomenų bazė ir gausos profilis

Pradinė sveikų žarnyno mikrobiomų duomenų bazė ir gausos profilis aprašytas rugsėjo 11 d. 2019 m. Atviros prieigos žurnale PLOS ONE, kurį pateikė Charlesas Hadley Kingas iš Džordžo Vašingtono universiteto medicinos centro, JAV, ir kolegos.

Šiame tyrime sukrauta visų mikrobiomų taksonų filogenetinės sudėties juostos schema išmatų mėginiuose sugriuvo filos lygiu. Žalios juostos žymi „Firmicutes“, o mėlynos - „Bacteroidetes“, dvi gausiausios bakterijų šeimos. Estetiniais tikslais mėginiai (n =98, apačioje) buvo surūšiuoti pagal jų bakterijų ir firmų sudėtį, siekiant parodyti, kaip šio tyrimo pradiniai žarnyno mikrobiomų rezultatai galėtų būti naudojami kartu su ankstesnių tyrimų rezultatais. Kreditas:King ir kt., 2019 m

Nors mokslinių tyrimų susidomėjimas žmogaus žarnyno mikrobiomo svarba bendrajai sveikatai ir toliau auga, šiuo metu nėra išsamaus žarnyno mikrobiomų nuorodų sąrašo, skirto tyrėjams ir pacientams. Šiame tyrime, Kingas ir jo kolegos pradeda katalogizuoti sveikų žmogaus žarnyno mikrobiomų organizminę sudėtį, ir sukūrė prototipo ataskaitų šabloną, skirtą gydytojams perduoti rezultatus pacientams.

Norėdami sudaryti jų duomenų bazę, autoriai genetiškai nustatė 48 išmatų mėginius iš šešiolikos sveikų dalyvių, įdarbintų iš Džordžo Vašingtono universiteto miestelio Vašingtone, D.C., be to, naudojant 50 išmatų metagenominių mėginių, atsisiųstų iš žmogaus mikrobiomų projekto iš asmenų, patikrintų kaip „sveiki“.

Išanalizavus visų mėginių genomines ir metagenomines sekas, naudojant naują programine įranga pagrįstą darbo eigą, Kingas ir jo kolegos sudarė pradinę patvirtintų mikrobų duomenų bazę ir jų santykinį gausumą visuose mėginiuose, „GutFeelingKB“, naudojant išsamią ir viešai prieinamą NCBI genetinę informaciją, kad būtų pateikti metaduomenys apie aprašytus organizmus.

„GutFeelingKB“ apibūdina 157 organizmus (155 bakterinius ir du archeologinius organizmus) 60 skirtingų genčių. Didžiausia atstovaujamų bakterijų grupė buvo „Firmicutes“ (40 proc. Visų sąraše esančių organizmų), kurią savo ruožtu sudarė 20 procentų klostridijų, 19 procentų bakterioidijų, 17 procentų bifidobakterijų, 14 procentų enterobakterijų, ir 14 procentų Lactobacillales bakterijų - bakterijų klasės taip pat randamos jogurte ir kituose probiotiniuose maisto produktuose. Autoriai taip pat pažymi, kad 84 organizmai buvo bendri visiems mėginiams, gali rodyti, kad tai gali būti pagrindinės žmogaus žarnyno rūšys.

Šiame tyrime dalyvavo tik šešiolika dalyvių, nedidelis pavyzdys. Tačiau nors tolesni tyrimai gali ir toliau nustatyti papildomus organizmus, esančius sveikose žarnose iš viso pasaulio, „GutFeelingKB“ yra svarbus pirmas žingsnis. Duomenų bazė galėtų būti pradinis taškas lyginamajai mėginių analizei ir būsimų pacientų mikrobiomų gydymo plėtrai.

Autoriai priduria:

Mūsų tikslas yra suplanuoti sveiką žarnyno mikrobiomą, kad mes ir kiti tyrėjai galėtų naudoti savo duomenis, kad sukurtume specifinius ligos prognozavimo modelius. "

• Vakarų Nilo viruso mėginiai, rasti 10 mylių atstumu, buvo iš skirtingų vietų,
• Nenormalios žarnyno bakterijos, susijusios su prasta pažinimo funkcija veterinarijos gydytojams, sergantiems PTSD ir ciroze