Pilotstudie zal gegevens opleveren voor verder testen van darmmicrobioomanalyse

De darmflora, samengesteld door de micro-organismen die in onze darmen leven, kan ons informatie geven over onze gezondheid, aangezien de samenstelling ervan kan afhangen van factoren zoals het dieet, de levensstijl of onze pathologieën. Bovendien, weten welke specifieke bacteriën zich in onze darmen bevinden, kan helpen om ziekten zoals darmkanker te voorspellen. Nieuwe ontwikkelingen in methoden voor genoomsequencing, en bioinformatica-tools waarmee we de gegevens kunnen analyseren, hebben ons geholpen om duizenden nieuwe micro-organismen in onze darmen te identificeren door de analyse van hun genoom.

Een team van onderzoekers van het Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) en het Catalan Institute of Oncology (ICO) heeft een piloottest uitgevoerd bij de analyse van het genoom van de darmmicrobiota. In dit onderzoek, zij analyseerden, door twee verschillende sequentiemethoden, colonbiopten en fecale monsters van negen patiënten. Het doel was om sequencing-technieken en bioinformatica-analysetools te implementeren.

Het is de eerste studie van een project dat veel omvangrijker wil worden. De gegevens die in deze pilottest worden verkregen, zullen als basis dienen voor het ontwerp van de analysemethode voor het Colonbiome-project. Dit brede project heeft tot doel microbiota-markers te vinden die kunnen worden gebruikt voor de vroege detectie van darmkanker. Om dit te doen, colonbiopten en fecale monsters zullen worden verzameld bij gezonde patiënten en patiënten in verschillende stadia van colorectale kanker. Vervolgens zal het genoom van de microbiota worden gesequenced om verschillen tussen groepen te identificeren.

Gegevens voor iedereen beschikbaar

Alle gegevens die in deze pilotstudie zijn verkregen, zijn ingevoerd in het European Nucleotide Archive, een openbare en collaboratieve database, waar alle soorten genomische sequenties worden gedeeld ten behoeve van de hele wetenschappelijke gemeenschap. In aanvulling, alle resultaten van deze eerste piloottest zijn gepubliceerd in de Wetenschappelijke gegevens logboek, ook een openbaar tijdschrift, waar zowel de sequenties als de gebruikte bioinformatica-analysemethoden worden beschreven.

Deze studie wil niet alleen nuttig zijn voor het toekomstige werk van de groep, maar het is ook bedoeld om nuttig te zijn voor alle onderzoeksgroepen die soortgelijke analyses uitvoeren of nieuwe bioinformatica-tools uitproberen, die open toegang hebben tot alle resultaten die in dit onderzoek zijn verkregen. In aanvulling, de onderzoekers verzekeren dat ze ook alle details van de volgende studies openbaar zullen maken, blijven bijdragen aan samenwerking en vooruitgang in het veld.

De twee sequentiemethoden

In het onderzoek werden twee sequencing-methoden vergeleken:de 16s en de Shotgun. De eerste is gericht op de sequentie van een enkel gen van de micro-organismen, terwijl de tweede ons de volledige sequentie van het hele genoom geeft. Hoewel de sequencing van een enkel gen minder gevoeligheid impliceert, het kan goedkoper. Verder, Door een gen te sequencen dat alleen in de microbiota aanwezig is, kunnen we biopsiemonsters analyseren zonder tussenkomst van het menselijk genoom. Aanvullend, de pilottest heeft aangetoond dat beide technieken consistent zijn. Hoewel volledige sequencing gevoeliger is en meer soorten micro-organismen kan onderscheiden, de resultaten zijn niet in tegenspraak met single-gen sequencing.

• TGen voert tests voor COVID-19 op om de wereldwijde gezondheidsbedreiging te bestrijden
• Redactie daagt het Amerikaanse gezondheidszorgsysteem uit om conventionele zorg voor diverticulitis te heroverwegen