Epstein-Barr virus geïnfecteerde maagdarmkanker uitdrukt latente en lytische virale transcripten en heeft een uitgesproken menselijk gen expressie profiel

Epstein-Barr virus geïnfecteerde maagdarmkanker uitdrukt latente en lytische virale transcripten en heeft een uitgesproken menselijk gen expressie profiel
Abstracte achtergrond
EBV DNA wordt gevonden binnen de kwaadaardige cellen van 10% van maagkanker. Moderne moleculaire technologie maakt identificatie van virusgerelateerde biochemische effecten die kunnen helpen bij vroege diagnose en disease management.
Werkwijzen
In deze studie, RNA expressie profilering werd uitgevoerd op 326 macrodissected paraffine ingebedde weefsels zoals 204 kankers en, indien beschikbare aangrenzende goedaardige mucosa. NanoString Ncounter probes gericht 96 RNA's (20 virale, 73 van de mens, en 3 spiked RNA).
Resultaten
In 182 weefsels met voldoende huishoudster RNA's, werden verschillende profielen gevonden in geïnfecteerde versus
geïnfecteerde kanker, en bij kwaadaardige versus
aangrenzende goedaardige slijmvlies. EBV geïnfecteerde maagkanker uitgedrukt bijna alle 18 latente en lytische EBV RNAs in de proefstrook. Niveaus van EBER1 Kopen en EBER2
RNA waren hoogst en waren evenredig met de hoeveelheid EBV genoom zoals gemeten door Q-PCR. Onder de eiwit-coderende RNA's EBV, EBNA1
van de Q-promotor en BRLF1
waren sterk uitgedrukt, terwijl EBNA2
niveaus laag waren positief in slechts 6/14 besmet kanker. Gelijktijdig opregulatie van cellulaire factoren impliceert dat virus is niet een onschuldige toeschouwer, maar is gekoppeld aan NFKB signalering (FCER2, TRAF1
) en de immuunrespons (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 en PLUNC)
, met PPARg
uitdrukking impliceert veranderd cellulair metabolisme. In vergelijking met naburige niet-maligne slijmvlies, maagkanker consequent uitgedrukt INHBA, SPP1, Thy1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, tyms
, drie collageen, de celproliferatie markers MYC Kopen en PCNA
en EBV BLLF1
terwijl ze misten CDH1 (E-cadherine), CLDN18
, PTEN, sdc1
(CD138), GAST
(gastrine) en haar downstream-effector CHGA
(chromogranine). Vergeleken met lymphoepithelioma-achtige carcinoom van de baarmoederhals, maag kanker uitgedrukt CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg
en CDH17
terwijl ze niveaus van IFITM1 Kopen en HIF1a
was afgenomen. De druggable targets ERBB2 (Her2), BMO, en het HIF route, evenals verschillende andere potentiële farmacogenetische indicators (inclusief EBV-infectie zelf, evenals SPARC, tyms, FCGR2B Kopen en REG4
) werden geïdentificeerd in sommige tumor specimens.
Conclusie
Deze studie toont aan hoe de moderne moleculaire technologie toegepast op archiefmateriaal gefixeerde weefsels levert nieuwe inzichten in virale oncogenese die nuttig zou kunnen zijn bij het beheer van getroffen patiënten.
Sleutelwoorden
Maagdarmkanker Epstein-Barr-virus RNA-expressie profiel Steunweefselcellen pharmacogenetische testen Achtergrond
Maagkanker is de tweede belangrijke oorzaak van de wereldwijde sterfte kanker met bijna een miljoen nieuwe gevallen per jaar [1, 2]. Ongeveer tien procent van de maag adenocarcinomen zijn Epstein-Barr virus (EBV) geïnfecteerd, en EBV wordt beschouwd als een klasse 1 oncogene ziekteverwekker door de World Health Organization [3-6]. Incidentie stijgt deze kankers in het proximale deel van de maag (cardia, corpus) wanneer EBV vaker betrokken [7-14].
Recente gegevens van de National Cancer Institute kanker controleprogramma toont een zorgwekkende stijging van maagkanker incidentie onder jonge volwassenen in de VS [7, 8, 15]. Opkomende doelgerichte therapie maakt het des te belangrijker om besmette kanker te identificeren en biochemische defecten zoals overexpressie van ErbB2 die kans reactie stijgt tot trastuzumab bij uitgezaaide maagkanker patiënten [16-18] karakteriseren. EBV geïnfecteerde vergelijking met niet-geïnfecteerde maagkanker een gunstige prognose [19], en klinische trials beginnen-virus gerichte therapie staand zoals 1) geïnfuseerd EBV-specifieke cytotoxische T-cellen of NK-cellen [20-23], 2) omkeren de EBV-gerelateerde methylator fenotype [24], 3) triggering lytische virale replicatie die vervolgens kunnen aanzetten tot het lichaam aangeboren en adaptieve immuunreacties op geïnfecteerde tumorcellen [25-33] doden, en 4) lytische inductie therapie toegediend met antivirale nucleoside analoog zoals gancyclovir dat is gefosforyleerd en dus geactiveerd door virale kinases bevorderen cytotoxiciteit [34-41].
Klinische studies onderzoek naar de effectiviteit van gerichte therapie zouden profiteren van het laboratorium testen die helpen bij het identificeren kandidaten kans om te reageren, en kunnen profiteren van het laboratorium assays die het effect van interventie in de beoogde biochemische pathways betekenen. De moderne moleculaire technologie maakt nu klinisch-grade analyse van veelvoudige relevante analyten via RNA expressie profilering [42]. Device fabrikanten gevoelig, specifiek en aanpasbare probes geproduceerd voor het gelijktijdig meten van meerdere RNA's, waaronder niet-coderende RNA's zoals EBV gecodeerd RNA 1 of 2 die overvloedig tot expressie worden gebracht in geïnfecteerde tumoren. Recente vooruitgang in de kwaliteitsborging strategieën hebben gerijpt tot het punt dat RNA-expressie profielen in klinisch laboratorium instellingen [42] ten uitvoer worden gelegd. Belgique Om praktische in klinische settings te zijn, moet een test van toepassing zijn om routinematig verzamelde exemplaren, zoals archivering, paraffine Ingebedde weefsel [42]. In de huidige studie, maten we virale en humane genexpressie in archivering maagkanker en in aangrenzende mucosa en controles om een ​​testsystemen die gebruikt kunnen worden om betrouwbaar te karakteriseren handtekeningen voorspellen respons op doelgerichte therapie ontwikkelen. Een 96-RNA matrix testsysteem dat we kopiëren de Gastrogenus v1 ™ paneel is aangepast om relevante latente en lytische virale RNA gemeten langs klinisch relevante menselijke mRNA's die voorheen werden gerapporteerd 1) maagkanker bepaald, 2) een indicatie van ontsteking te zijn, en /of 3) voorspellend antwoord op specifieke medicatie. Deze testen, evenals spiked en endogene controle RNA's werden gemeten macrodissected paraffine af met de NanoString Ncounter testsysteem [43-45]. Correlatieve histologische en moleculaire studies werden uitgevoerd om aan te tonen dat het testsysteem uitgevoerd zoals verwacht. Onze bevindingen tonen aan dat EBV-gerelateerde kanker uiten meer latente en lytische transcripten dan waren eerder erkend, en dat besmet kankers unieke biologische kenmerken in vergelijking met niet-geïnfecteerde kankers. Twee belangrijke subtypen van kanker gevonden, wat impliceert dat maagkanker vroege detectie strategieën of controletests kan worden aangepast aan de desbetreffende handtekeningen karakteriseren MMR subtypes detecteren. Tenslotte pilootdata toont expressie van geselecteerde virale en kanker-gerelateerde genen in naburige niet-maligne slijmvlies, hetgeen een veldeffect die belangrijk in de ontwikkeling en onderhoud van kanker kunnen zijn.
Resultaten
Genexpressie werd uitgevoerd op totaal van 326 weefsels waaronder 187 maagkanker, 17 lymphoepithelioma-achtige baarmoederhalskanker, en 118 geëvenaard non-maligne slijmvlies van dezelfde chirurgische ingreep (indien beschikbaar). Na data normalisatie, een warmte-kaart van de 182 weefsels hebben van de beste kwaliteit RNA, zoals beoordeeld door de hoogste gemiddelde niveau van vier huishouding RNA's, onthulde patronen van genexpressie die verschilden in de maag versus
cervicale controle weefsels. Bovendien zowel de maag- en cervicale clusters, maligne en niet-maligne weefsels de neiging om samen te bundelen, ondersteunt het vermogen van het Ncounter testsysteem klinisch belangrijke biologische functies te meten. (Zie Figuur 1). Figuur 1 Expressie profielen van 182 weefsels voor 20 virale genen en 73 menselijke genen. Warmte map geeft ongecontroleerde hiërarchische clustering van elk weefsel in een aparte kolom, en elk RNA in een aparte rij. De gegevens zijn mediaan-centered met rode aangeeft relatieve overexpressie en groene aangeeft relatieve onder-expressie voor elk gen. Correlatieve gegevens boven de kaart geeft aan histopathologische indeling met verdere onderverdeling van de maagkanker cohort in 14 EBV geïnfecteerde en 104 EBV negatieve vormen van kanker op basis van EBV-DNA niveaus. Onder de kaart, wordt elke maagkanker gecategoriseerd door het aandeel van de kwaadaardige cellen, en geografische herkomst van elk weefsel wordt getoond.
Eén groep maagcarcinomen vrijwel overexpressie alle EBV RNA's. Om te bepalen welke maagkanker moeten worden aangewezen als EBV-infectie, de 71 weefsels met de hoogste gecombineerde niveaus van EBER1 Kopen en EBER2
RNA door NanoString Ncounter reeks werden verder onderzocht op EBV genoom niveaus binnen hetzelfde weefsel door Q- PCR. Er een lineair verband tussen de hoeveelheid EBER1 Kopen en EBER2
RNA en de hoeveelheid EBV genoom. (Zie Figuur 2). De eerder vastgestelde cutoff [46] voor het niveau van EBV genoom gevonden volgens lokalisatie van virus aan kwaadaardige cellen resulteerde in 14 kankers in EBV geïnfecteerde categorie geplaatst. De resterende maag kankers werden EBV-negatief genoemd, en onder hen de hoogste geregistreerde RNA spiegels waren 174.016 voor EBER1 Kopen en 27.972 voor EBER2
. In tegenstelling tot de EBV-geïnfecteerde maagkanker de laagste EBER1
niveau was 263.589 en de laagste EBER2
niveau was 140.081. Voorgestelde cutoffs voor het identificeren van een tissue als EBV-infectie worden getoond in Figuur 2. Figuur 2-EBV gecodeerd RNA-spiegels zijn hoog in geïnfecteerde maagkanker en zijn verhouding tot EBV genoom niveau. A. Box percelen van EBER1 Kopen en EBER2
in goedaardige en kwaadaardige weefsel blijkt dat EBV-geïnfecteerde maagkanker heeft aanzienlijk hogere niveaus van EBER1 Kopen en EBER2
niet-coderende RNA's doen dan niet-geïnfecteerde kankers en controle weefsels. Voorgestelde drempels voor EBER1 golfreizen of EBER2
getoond waarna een maagkanker kan op betrouwbare wijze worden aangewezen als EBV-infectie. Elke stip vertegenwoordigt een individueel analytisch resultaat op een log2 genormaliseerde eenheid (NU) schaal. B. Paarsgewijze vergelijking van EBER1 Kopen en EBER2
RNA niveau door NanoString Ncounter array en EBV DNA virale belasting door Q-PCR onthult een lineair verband tussen de niveaus van elk van deze analyten. Pearson correlatie coëfficiënten (P > 0,86) getoond. De eerder gevalideerd niveau van EBV DNA viral load weergegeven waarboven EBER werd
steeds gelokaliseerd op kwaadaardige cellen door in situ EBER
hybridisatie (drempel van 10.558 EBV genoom per 100.000 cellen, wat overeenkomt met 13,37 op deze schaal log2 ) [46]. Voorgestelde cutoffs voor RNA-niveau zijn geïndiceerd voor beide EBER1
(200.000 NU, of 17,61 op dit log 2 schaal) en EBER2
(100.000 NU, of 16,61 op deze log2 schaal). De ene uitbijter is een niet-maligne maagslijmvlies die grenzen is gelegen aan een met EBV geïnfecteerde maagkanker en dit mucosa hadden een EBV DNA load equivalent aan die van geïnfecteerde kanker, maar het zou juist zijn van de EBV-geïnfecteerde kanker uitgesloten groep als een van beide EBER1 golfreizen of EBER2
RNA spiegels werden gebruikt, of als histologie werden gebruikt voor het screenen op EBV-gerelateerde maligniteit.
Genen overexpressie in EBV-geïnfecteerde versus EBV-negatieve maagkanker
Twintig acht genen waren significant differentieel tot expressie in EBV geïnfecteerde kanker vergeleken met EBV negatieve maagkanker (p < 0,05). Interessant alle 28 werden opgereguleerd in plaats van neerwaarts gereguleerd in de geïnfecteerde kankers en deze bias wordt toegelicht althans gedeeltelijk door onze selectie van positieve en niet negatieve markers van infecties bij de keuze van RNA worden geprofileerd voor deze studie. Als niet alle genen neerwaarts gereguleerd was toch verrassend gezien berichten dat EBV is geassocieerd met een CpG eiland methylator fenotype en bovendien het virus kan cellulaire mRNA destabiliseren wereldwijd [47].
Onder de genen aanzienlijk opgereguleerd in geïnfecteerde kankers waren 18 van de EBV RNA's getest, evenals cytomegalovirus pp65 (UL83). De cytomegalovirus pp65 (UL83) daardoor zou vals positief (verdacht probe kruishybridisatie zijn), zoals blijkt uit afwezigheid van andere lytische RNA, cytomegalovirus pol (UL54), in de EBV geïnfecteerde kankers. Bovendien werd UL83 UL54 maar niet tot expressie gebracht in EBV geïnfecteerde maar niet in EBV-negatieve cellijn controles (gegevens niet getoond). Een andere mogelijke verklaring voor vals-positieve virale RNA-expressie is probe kruisreactiviteit met virale DNA. Negen menselijke RNA's werden aanzienlijk opgereguleerd in EBV-geïnfecteerde in vergelijking met EBV negatieve maagkanker: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg
en FCRL3
. (Zie figuur 3). Figuur 3 Meerdere menselijke RNA's tot overexpressie gebracht in EBV geïnfecteerde maagkanker vergelijking met EBV-negatieve kanker. Box plots tonen de menselijke RNA niveaus in geïnfecteerde in vergelijking met niet-geïnfecteerde maagkanker en controles die lymphoepithelioma-achtige baarmoederhalskanker, cervicale slijmvlies, en goedaardige gastro-intestinale slijmvlies bevatten. Elke stip vertegenwoordigt een individuele testresultaat op een genormaliseerde log2 schaalverdeling.
Genen differentieel tot expressie bij maagkanker in vergelijking met niet-maligne maagslijmvlies
Zesentwintig genen aanzienlijk maagkanker werden ontregeld vergelijking met niet-maligne maagslijmvlies ( p < 0,05). De menselijke RNA's opgereguleerd bij maagkanker waren INHBA, SPP1, Thy1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA en tyms
, terwijl het neerwaarts gereguleerd RNA's waren CDH1 (E-cadherine), CLDN18
, CHGA
(chromogranine), PTEN, sdc1
(CD138) en GAST
(gastrine). De enige virale factor die differentieel tot expressie werd gebracht was BLLF1
kanker die significant hoger dan bij niet-maligne maagslijmvlies (p = 0,004) was. BLLF1
codeert de late virale manteleiwit gp350 /220, wat suggereert dat virions significant vaker voor bij kankerpatiënten dan bij niet-maligne maagweefsel. BLLF1
was niet specifiek voor maagkanker, echter, zoals ook werd uitgedrukt in een aantal goedaardige en maligne cervicale weefsels, ook.
Genen geassocieerd met maagkanker opzichte lymphoepithelioma-achtige baarmoederhalskanker
negen genen waren significant dysregulated bij maagkanker in vergelijking met lymphoepithelioma-achtige baarmoederhalskanker (p < 0,05). De zeven RNA's opgereguleerd bij maagkanker waren CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg
en CDH17
, terwijl de twee genen neerwaarts gereguleerd waren IFITM1 Kopen en HIF1a
.
Patterns of latente en lytische virale genexpressie in EBV geïnfecteerde maagkanker Ondernemingen de 14-EBV geïnfecteerde maagkanker in deze studie steeds vrijwel samen tot expressie alle EBV latente en lytische genen, die enigszins verrassend omdat eerdere literatuur beschrijft een enigszins beperkte latency patroon [48-51]. Het is denkbaar dat de NanoString Ncounter analytische technologie is gevoeliger dan traditionele methoden van detectie. Ondernemingen De hoogst uitgedrukt viraal RNA werd EBER1
met een gemiddelde van meer dan 1 miljoen genormaliseerde eenheden per-EBV geïnfecteerde kankerweefsel, gevolgd door EBER2
, BRLF1 Kopen en EBNA1
van de Q-promotor. EBNA2
het minst expressie viraal RNA met een gemiddelde expressie van slechts 10 genormaliseerde eenheden per geïnfecteerde weefsel en EBNA2
was volledig afwezig in 8 van de 14 geïnfecteerde maagkanker. Patronen van virale genexpressie worden afgebeeld in Afbeelding 4. Figuur 4 latente en lytische EBV genen worden mede tot expressie gebracht bij maagkanker. Een deel van de warmte kaart van Figuur 1 wordt getoond in hoog contrast relatieve expressieniveaus van genen EBV ontcijferen de 14-EBV geïnfecteerde maagkanker en omliggende monsters. Alle weefsels maagkanker uitzondering van een enkele niet-maligne maagslijmvlies, in het grijs, ontleed uit hetzelfde paraffineblok een met EBV geïnfecteerde maagkanker. De gemiddelde expressie van elk RNA in het EBV-geïnfecteerde maagkanker cohort wordt getoond aan de rechterkant van elk gen symbool.
Geografische herkomst en tumorcel aandeel worden niet preferentieel geassocieerd met EBV status van maagkanker
Onder de hitte kaart in Figuur 1 is de verdeling van maagkanker gevallen door geografische oorsprong uit Honduras (n = 86), Japan (n = 5), of de Verenigde Staten (n = 17). Er was geen significant verband tussen de geografische oorsprong en de EBV-positieve versus
negatieve clustering van maagkanker (Fisher's exact test p = 0,9), wat suggereert dat de geografische herkomst is niet de belangrijkste bestuurder van de hiërarchische clustering. Ondernemingen De onderkant van Figuur 1 toont de distributie van EBV geïnfecteerde versus
EBV-negatieve maagkanker ondergebracht in het percentage kwaadaardige cellen ingevoerd in de expressie typeringstest. Er was geen significant verband tussen het percentage van maligne cellen en de EBV-geïnfecteerde versus
EBV-negatieve groepen van maagkanker. Verrassend is dat de kanker weefsels die weinig kwaadaardige cel niet preferentieel cluster met de niet-kwaadaardige weefsels maag. Kankers met een laag celinhoud kwaadaardige (1 tot 25% kwaadaardige cellen) werden verspreid over verschillende segmenten van de warmte-kaart, samen met kanker met een gemiddelde (26 tot 50%) of hoge (> 50%) kwaadaardige cel inhoud (Fisher's exact test p = 0,5), wat suggereert dat de totale transcriptoom- functies opwegen tegen tumorcel verhouding als de bestuurder van de hiërarchische clustering.
Met in het achterhoofd dat de lymphoepithelioma-achtige baarmoederhalskanker in deze studie waren rijk in lymfoïde stroma, evenals vele EBV-geïnfecteerde maagkanker het is opmerkelijk dat deze twee klassen van kanker afzonderlijk geclusterde van elkaar en ook bereikt redelijk goede scheiding van aangrenzende goedaardige mucosa. Voor de meeste genen in het paneel er een aanzienlijke overlap niveaus in soorten ziekten. Terwijl de profielen zijn informatiever en overtuigender dan zijn individuele transcript resultaten, is er enige overlap in profielen ook, wat aangeeft dat het profileren van testresultaten moeten worden gecorreleerd met de histologische functies om nauwkeurig te classificeren een tissue als goedaardig of kwaadaardig.
Pharmacogenetische voorspellers en druggable doelen
EBV infectie zelf wordt beschouwd als een bruikbare doel, althans voor de 14/108 (13%) geïnfecteerde maagkanker we geïdentificeerd. Deze studie toont een nieuwe manier om met virus geïnfecteerde kankers identificeren van RNA profilering van paraffine secties zodat prognostische en voorspellende informatie van patienten wordt mogelijk geacht. Cellulaire factoren van farmacogenetische potentieel zijn de HIF route, SPARC, tyms, FCGR2B, BMO, Kopen en ERBB2 (Her2)
. (Zie Figure5). Vergeleken met gastrische kanker, cervicale kanker meestal meer van HIF1a
aangeeft hypoxieresponselement, hoewel even hoge niveaus in niet-maligne cervicale slijmvlies opmerkingen de mogelijkheid van ex vivo stimulatie van deze
zuurstof sensor factor. Nader onderzoek is nodig om technische factoren van in vivo
opregulatie dat bij onderzoek van angiogeneseremmers zou rechtvaardigen onderscheiden. Figuur 5 Sommige maagkanker significante ontregeling van factoren die belofte als farmacogenetische voorspellers tonen. Staafdiagrammen tonen expressie van geselecteerde farmacogenetische doelen in geïnfecteerde versus niet-geïnfecteerde maagkanker als niet-maligne maagslijmvlies en cervicale histopathologies. Elke stip vertegenwoordigt een individueel analytisch resultaat op een log2 genormaliseerde schaalverdeling.
We bevestigd dat SPARC
wordt opgereguleerd bij maagkanker in vergelijking met goedaardige maagslijmvlies. Reactie op docetaxel, een taxaan is medicijn dat mitotische spileenheid remt verluidt beïnvloed door de hoeveelheid SPARC eiwitexpressie in maagkanker [52]. Maag- en baarmoederhalskanker had zowel een hogere thymydylate synthase (tyms)
dan deden hun respectieve goedaardige mucosale tegenhangers. Hoge tyms
niveaus verluidt draagt ​​bij tot verworven resistentie tegen 5FU combinatietherapie [53].
Een paar maagkanker had zeer hoge niveaus van de Fc-receptor, FCGR2B
, die van invloed kunnen drug internalisatie en farmacodynamiek van therapeutische antilichamen zoals cetuximab in vivo.
Vier maagkanker sterk uitgedrukt BMO,
en een extra acht gevallen sterk overexpressie uitgedrukt ERBB2 (Her2)
, het verhogen van de mogelijkheid dat deze test respons op kinase-remmers tyrosine kunnen voorspellen.
Discussion
Deze studie gebruikte moderne moleculaire methoden om een ​​groot paneel mens en virale RNA's bij maagkanker te onderzoeken. Voor zover wij weten, is dit het grootste panel van virale genproducten in overleg van onderzoek met menselijke RNAs in archivering, paraffine ingebedde weefsels. De EBV-geïnfecteerde subtype van maagkanker is dramatisch duidelijk in de overeenkomstige heat map aangemaakt door onbewaakte clustering, en EBV-infectie werd bevestigd door een hoge EBV DNA virale lading in deze weefsels. Expressie van geselecteerde virale en menselijke genen in de kankers bevestigde verscheidene bekende virus- en kanker-gerelateerde effecten en bleek ook nieuwe bevindingen die licht op pathogenese en mogelijke disease management strategieën te werpen.
Verrassend is dat de besmette maagkanker overexpressie alle 18 van de latente en lytische EBV genen die werden getest. We ontdekten een hoog niveau van BRLF1
RNA (dat codeert voor het directe vroege virale eiwit triggering lytische replicatie in overleg met BZLF1) en matig hoge niveaus van BXLF1
(het virale thymidinekinase om te bouwen penicyclovir een giftige vorm, wat suggereert een mechanisme voor therapie) [54]. BLLF1
(die coderen voor de late virale manteleiwit gp350 /220) uitgedrukt op een gematigd niveau dat desalniettemin significant hoger dan bij niet-maligne slijmvlies waren, suggereert dat EBV lytische infectie niet mislukt maar is in staat de late virale envelop eiwit gp350 /220. Onder de latente genen, EBNA1
van de Q-promotor, EBNA-LP, en EBNA3C
transcripties waren het meest voorkomende. EBNA2
werd focaal ontdekt op een laag niveau, maar was nog steeds significant hoger in geïnfecteerde dan in niet-geïnfecteerde maagkanker. Voorafgaand histochemische werk is over het algemeen niet gebleken eiwit-niveau expressie van het EBNAs of lytische virale genproducten, dus verdere werkzaamheden zijn nodig om te leren of deze viraal coderend RNA's worden gelokaliseerd op kwaadaardige cellen, lymfocyten, of misschien zelfs exosomes of virions in de extracellulaire milieu.
In vergelijking met niet-geïnfecteerde kanker, de besmette kanker had aanzienlijke opwaartse regulatie van negen cellulaire factoren (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg
en FCRL3
), impliceert dat EBV geen onschuldige toeschouwer met betrekking tot biochemische effect. Het virus geassocieerde veranderingen vonden we waren in trajecten bekend virale oncologen, namelijk NFKB en NOTCH signalering (FCER2, TRAF1, PPARg
) en mucosale immuunrespons (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) is B-cel specifiek, ons herinneren dat sommige factoren opgereguleerd in EBV geïnfecteerde vergelijking met niet-geïnfecteerde maagkanker zou kunnen voortvloeien uit stromale elementen in plaats van maligne epitheelcellen. PLUNC
werd eerder beschreven als een tumor marker voor maag- en nasofaryngeale carcinomen, en dat codeert voor een uitgescheiden eiwit betrokken bij aangeboren immuunrespons [55-57]. TNFSF9, een cytokine van de tumor necrosis factor familie, stimuleert de T-cel activatie en triggers IFNG productie, die op zijn beurt leidt tot de pro-inflammatoire chemokine CXCL11 en de aangeboren antivirale factor IFITM1. PPARg is als nucleaire receptor beheersen glucosemetabolisme en microtubule netwerken, en het is een veelbelovend doelwit voor de remmende drugs [58]. De FCRL3
immuunrespons gen gemuteerd is in auto-immuunziekten zoals reumatoïde artritis, lupus, en de ziekte van Grave.
Onze bevindingen ondersteunen het werk van Lee et al
die verschillende menselijke expressie patronen in geïnfecteerde gevonden versus
geïnfecteerde gastrische kanker [10]. Hoewel hun studie gericht eiwit en de onze gerichte RNA, onze bevindingen overeen met die van hen voor 4 van de 5 factoren met elkaar gemeen tussen de twee studies (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Er was een mogelijke discrepantie ErbB2
die aanzienlijk minder vaak werd uitgedrukt in geïnfecteerde ten opzichte van ongeïnfecteerde maagkanker bij beproeving op eiwitniveau [10], terwijl de huidige studie toonde geen significant verschil in het RNA-transcript niveau. Verstorende factoren 1) het percentage tumorcellen aanwezig in de monsters geëvalueerd 2) verschillende criteria voor het categoriseren expressie status, en 3) RNA versus eiwit targets.
Algemeen de array technologie die werd gebruikt in deze studie gewerkt opmerkelijk goed in het genereren van RNA-profielen die geloofwaardig op grond van het onderscheiden van bekende goedaardige versus
maligne en maag versus
cervicale histopathologies waren. Bovendien co-expressie van analyten in dezelfde route of door dezelfde ziekteverwekker zinvol een pathobiology en virologie perspectief. Interessant alle cervicale weefsels geclusterd en benigne en maligne cervicale lesies grotendeels gescheiden hoewel de Gastrogenus v1 ™ proefstrook was niet specifiek ontworpen om deze eindpunten bereiken. Gebrek aan meerdere co uitgedrukt EBV mRNA in cervicale weefsels versterkt wat we wisten over hun EBV-negativiteit van de gouden standaard EBER in situ
hybridisatietest.
Onder de zeven genen die significant meer werden uitgedrukt in maagkanker (ongeacht van de infectie status) in vergelijking met lymphoepithelioma-achtige baarmoederhalskanker werden vier eerder gemeld als maagkanker markers (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. Twee anderen (EpCAM epitheelcel specifieke transmembraan glycoproteïne en PPARg chemokine), alsmede REG4, worden verkend voor gerichte kankertherapie [64-66]. De laatste van de zeven, BBC3 (ook wel p53 up-gereguleerd modulator van apoptose, of PUMA) is naar verluidt opgereguleerd door EBV LMP2A en geregeerd door EBV miR-BART5 in cellijn modellen [67, 68], wat suggereert dat dit BCL2 familie lid wordt strak gereguleerd door het virus.
één van beide RNA's die significant hoger in vergelijking met cervicale maagkanker was was IFITM1
die u herinneren bleek eveneens overexpressie in geïnfecteerde ten opzichte van ongeïnfecteerde maagkanker. Verder onderzoek is nodig om te onderzoeken of baarmoederhalskanker (vermoedelijk humaan papillomavirus-geïnfecteerde) en EBV-geïnfecteerde maagkanker delen een gemeenschappelijke-virus gerelateerd mechanisme voor de overexpressie van deze aangeboren immuunrespons factor. De andere gen aanzienlijk overexpressie in cervicale vergelijking met maagkanker was HIF1a
waarvan de expressie werd in verband gebracht met die van vier downstream angiogenese mediators in ons panel (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3 Kopen en EPAS1
), zoals blijkt uit de positieve Pearson's correlatiecoëfficiënten (gegevens niet getoond). Indien bevestigd werkzaam te zijn in vivo
, HIF traject stimulatie impliceert dat angiogeneseremmers zijn de moeite waard.
Goedaardige versus
kwaadaardige maag weefsels hebben de neiging om apart cluster op de warmte-kaart, met enkele uitzonderingen. Field-effect [69] of exosomaal overdracht van factoren naar aangrenzende regio's van de lokale omgeving [70, 71] zou kunnen verklaren waarom sommige vormen van kanker en de aangrenzende reactieve weefsels had soortgelijke profielen. Terwijl macrodissection werd zorgvuldig scheiden benigne en maligne laesies, kunnen we occulte maligniteit niet uit als een bijdrage aan afwijkende clustering.
Onder de 19 genen aanzienlijk opgereguleerd in maagkanker opzichte van naburige niet-maligne maagslijmvlies meeste werden als eerder gemeld maagkanker specifieke merkers [72-76], en we nu bevestigen dat hun opregulatie detecteerbaar is in archivering paraffine ingebedde weefsel. Lagere niveaus van GAST
(gastrine) RNA in kanker weefsels kan helpen verklaren de daarmee gepaard gaande verlies van de gastrine signaalsysteem factor CHGA
(chromogranine). De meest consistent downregulated factor bij maagkanker versus
aangrenzende goedaardige mucosa was het tumorsuppressorgen CDH1 (E-cadherine)
suggereert ofwel 1) CDH1
promoter hypermethylering [77], 2) zeldzame kiemlijn mutatie van CDH1
geassocieerd met erfelijke aanleg voor maagkanker [78], of 3) neerwaartse regulatie van CDH1
door EBV LMP1 zoals beschreven in modellen cellijn [79].
LMP1 is eerder gerapporteerd afwezig in geïnfecteerde maagkanker te behalve in uitzonderlijke gevallen [50, 51, 80, 81]. Het was derhalve verrassend dat NanoString Ncounter matrix profilering toonden consistente zij lage expressie van LMP1
RNA samen met vrijwel alle andere EBV RNA's die werden getest in de geïnfecteerde maagkanker. Gecoördineerd co-expressie van meerdere virale genen stelt dat de expressie waar is positief. Onze microarray resultaten verhogen de mogelijkheid dat het virale RNA's detecteerden we niet coderen voor eiwitten of die de eiwitten 1) slechts tijdelijk tot expressie, 2) snel afgebroken, 3) gelokaliseerd zeldzame cellen die direct worden herkend en vernietigd door het immuunsysteem, of 4) op zo laag dat het traditionele testen zijn te ongevoelig hen [82] te detecteren. De fabrikant Ncounter testsysteem stelt analytische gevoeligheid gelijk aan die van RTPCR [43].
De meeste virale genen vrijwel uitsluitend werden tot expressie gebracht in de geïnfecteerde maagkanker cohort EBER1 Kopen en EBER2
werden vaak uitgedrukt in elk van goedaardige en kwaadaardige maag- en cervicale cohorten, zij het op veel lagere niveaus dan werd waargenomen in elk van de EBV-geïnfecteerde maagkanker. Sterker nog, onze studie bleek een nieuwe manier om EBV-geïnfecteerde maagkanker te identificeren door het meten van EBER1 Kopen en /of EBER2
RNA in archivering weefsel, en we hebben voorgesteld drempels die met succes onderscheid gemaakt wordt tussen besmette van niet-geïnfecteerde maagkanker.
ondersteuning van actieve virale infectie in geïnfecteerde maagkanker patiënten komt uit serologisch bewijs van hogere titers tegen virale capside antigeen in vergelijking met EBV-negatieve maagkanker patiënten en goedaardige controles [83]. Laag niveau lytische infectie werd eerder beschreven in mucosale lymfoïde cellen [31, 82, 84] en in de besmette maag epitheliale cellijnen [85]. BARF1 bekend worden uitgedrukt in maagkanker waarin wordt voorgesteld om als latent plaats van een lytische factor [50, 51]. Gebruik gevoelige RTPCR techniek werden meervoudige EBV lytische transcripten gedetecteerd door Luo c.s. in maagkanker weefsels [50].

• Kenmerken van Epstein Barr-virus-varianten geassocieerd met maagkanker in Zuid Tunisia
• Genetische lineages van ongedifferentieerde-type maagcarcinomen door onbewaakte clustering van genoom DNA microarray geanalyseerd data