Een roman diffuse maagkanker gevoeligheid variant in E-cadherine (CDH1) intron 2: een case-control studie in een Italiaanse population

Een roman diffuse maagkanker gevoeligheid variant in E-cadherine (CDH1
) intron 2: een case-control studie in een Italiaanse bevolking
Abstracte achtergrond
erfelijke genetische factoren, zoals de E-cadherine (CDH1
) promotor varianten worden verondersteld om de risico's te beïnvloeden in de richting van sporadische diffuse maagkanker (DGC). Onlangs is een nieuw regelgevend gebied van essentieel belang voor CDH1
transcriptie geïdentificeerd in CDH1
intron 2.
Methoden
We genotype alle bekende polymorfismen gelegen binnen geconserveerde sequenties van CDH1
intron 2 (rs10673765, rs9932686, rs1125557, rs9282650, rs9931853) in een Italiaanse bevolking bestaande uit 134 DGC gevallen en 100 gezonde controles (55 patiënt familieleden en 45 niet-verwante, afgestemd individuen). De invloed van individuele varianten op DGC risico werd beoordeeld met behulp van χ 2-tests en logistische regressie. De relatieve bijdrage van allelen werd geschat door haplotype analyse
Resultaten
We zagen een significant. (P < 0,0004) associatie van de CDH1
163 + 37235G > Een variant (rs1125557) met DGC risico. Odds ratio was 4,55 (95% BI = 2,09-9,93) en 1,38 (95% BI = 0,75-2,55) voor de AA en GA carriers, respectievelijk. Na correctie voor leeftijd, geslacht, rookgedrag, alcoholgebruik en H. pylori
infectie, de risico-inschattingen bleef grotendeels belangrijk voor AA dragers. Haplotypeanalyse stelde de 163 + 37235A-allel draagt ​​ziekte risico onafhankelijk van de andere onderzochte varianten
Conclusie Ondernemingen De CDH1
163 + 37235G >. Een polymorfisme kan een nieuwe gevoeligheid variant vormen voor sporadische DGC indien bevestigd andere populaties. Gezien de brede expressie van E-cadherine in epitheel deze verkenning stimuleert verdere evaluatie van de 163 + 37235A-allel als gevoeligheid variant andere carcinomen. Achtergrond
Maagkanker is een belangrijke oorzaak van kanker-gerelateerde sterfte en wordt gewoonlijk ingedeeld in twee histologische types, de darm en de verdunde vorm (Lauren classificatie [1]). De algemene incidentie van maagkanker in een gestage daling, grotendeels te wijten aan het verminderen van de tarieven van de darmkanker-type. Deze dalende frequentie wordt beschouwd als het gevolg van betere voeding en hygiënische omstandigheden. Daarentegen was de incidentie van diffuse maagkanker (DGC) alleen blijkt stabieler in de afgelopen decennia [1, 2]. Zo'n constante snelheid suggereert een grotere bijdrage van erfelijke genetische risicofactoren in plaats van omgevingsfactoren op de diffuse vorm van maagkanker.
Door zijn vroege ontwikkeling onder het maagslijmvlies oppervlak [3], wordt DGC meestal gediagnosticeerd in een vergevorderd stadium en dus geassocieerd met een slechtere prognose [1]. Derhalve kunnen genetische merkers DGC de opsporing van at risk personen en daardoor bijdragen tot een verbetering DGC diagnose en therapie.
Op moleculair niveau, DGC onderscheiden van de intestinale type op de basis van de abnormale expressie van de cel -cel adhesiemolecuul E-cadherine [4]. E-cadherine is de belangrijkste component van de epitheliale adherens knooppunt en als zodanig vereist voor functionele intercellulaire adhesie binnen epitheelvellen [5]. In tegenstelling tot veel andere epitheliale kankers, wordt E-cadherine zeer vroeg tijdens ontwikkeling DGC gedownreguleerd, suggereert een rol bij het ontstaan ​​van deze ziekte [3]. Mutatie en promotor hypermethylatie van de E-cadherine-gen (CDH1
) zijn de meest consistente genetische veranderingen waargenomen bij sporadische DGC [6, 7]. Bovendien CDH1
kiemlijn mutaties predisponeren tot erfelijke DGC [8] in overeenstemming met een initiërende functie van E-cadherine deficiëntie in DGC. CDH1
kiembaanmutaties meestal co-segregeren met een dominante patroon van de ziekte onder de getroffen families, en af ​​en toe kan worden gevonden in geïsoleerde DGC gevallen gediagnosticeerd op jonge leeftijd (< 45 y) [9]. Echter, ze zijn goed voor slechts 1% van alle DGC gevallen [9] en dus kan de genetische etiologie gepostuleerd bij te dragen aan schijnbaar sporadische DGC gevallen niet uit te leggen. anders dan CDH1
kiembaanmutaties genetische veranderingen zijn dus waarschijnlijk toe te voegen aan het risico op het ontwikkelen DGC in de afwezigheid van een duidelijke familiegeschiedenis of een jonge leeftijd bij diagnose.
Common allelvarianten met een milde functionele effect kan invloed hebben op de risico sporadische ziekte. Inderdaad, een enkele nucleotide polymorfisme (SNP) in het CDH1
promoter (-160C > A) is geassocieerd met een significant verhoogd risico van sporadische DGC bepaalde hoge incidentie populaties [10-13]. Van de onderzochte CDH1
SNPs, de -160A promoter allel tot nu toe de enige variant betrokken bij DGC risico, maar schijnt te werken in combinatie met andere CDH1
polymorfismen [10, 13].
Onlangs, een nieuw CDH1
regulerende gebied is beschreven [14]. Dit gebied bevindt zich binnen CDH1
intron 2, de grootste niet-coderende CDH1
segment (66% van de totale sequentie) en is aangetoond dat vereist is voor zowel de initiatie en handhaving van transcriptionele activiteit CDH1
in gedifferentieerde epitheel. Belangrijker intron 2 sequenties zijn ook nodig voor normale CDH1
transcriptie op volwassen leeftijd, die de mogelijkheid dat varianten binnen dit gebied kan beïnvloeden diffuse maagkanker.
In deze studie hebben we gegenotypeerd alle bekende varianten gelegen in de geconserveerde sequenties van CDH1
intron 2 en vastberaden hun allel frequenties in groepen van Italiaanse sporadische DGC gevallen en gezonde individuen om mogelijke associaties te ontrafelen met de ziekte.
Methods
patiënten
DNA-monsters werden verkregen van 134 patiënten die waren DGC inwoners van het District van Pesaro-Urbino, Regio Marche, Midden-Italië. Na de operatie werd de DGC diagnose onafhankelijk bevestigd door twee pathologen. Patiënten werden klinisch geëvalueerd bij de lokale Medische Oncologie Unit (Hospital d'Urbino), waar ze ook een demografische vel met inbegrip van hun persoonlijke en familiale kanker geschiedenis afgerond. De gegevens werden gecontroleerd tijdens interviews met hun oncologie artsen en hun familiegeschiedenis was terug voor ≥3 generaties en zijwaarts tot 2 e en 3 rd graad getraceerd. Op basis van deze evaluatie, geen van de patiënten aan de klinische criteria voor bekende erfelijke kanker syndromen. De opname criteria voor in aanmerking komende patiënten waren: Kaukasische etniciteit, inwoner van de bestudeerde geografische gebied en gebrek aan familiegeschiedenis van kanker. Dezelfde criteria plus gebrek aan persoonlijke geschiedenis van kanker werden voor de controles vastgesteld. Control DNA monsters werden verkregen van 55 gezonde verwanten, die ofwel onaangetast ouders (n = 15), siblings (22) kinderen (18) van de bestudeerde DGC patiënten. Als gezonde familieleden waren niet beschikbaar voor elke DGC patiënt, werden DNA-monsters uit een groep van niet-verwante gezonde individuen (n = 45), geïdentificeerd door middel van het zwembad van de voormalige en de huidige bloeddonoren uit het ziekenhuis d'Urbino opgenomen waardoor in totaal 100 controles. Ongerelateerde controles werden willekeurig geselecteerd met frequenties die overeenkomen met de gevallen naar leeftijd en geslacht. De gemiddelde leeftijd van patiënten zonder DGC verwanten was 54,6 ± y 11.41SD, terwijl die van de controlepersonen was 52,2 ± y 10.21SD. Alle proefpersonen werden geïnterviewd over hun roken en drinkgewoonten. H. pylori
status werd bepaald door pathologisch onderzoek van maag-monsters voor de gevallen, en door bloed of ademtests voor de controles. De ethische eisen werden geverifieerd en door de interne Ethische Commissie (Hospital d'Urbino) en alle deelnemers aan de studie goedgekeurd gaven hun schriftelijke toestemming.
CDH1 intron 2 geconserveerde gebieden en polymorfismen
geconserveerde gebieden van CDH1
intron 2 (GenBank NC_000016) werden geïdentificeerd door het ophalen van overeenkomstige mens, chimpansee, rat en muis-sequenties van de NCBI database (NCBI, Entrez nucleotide), gevolgd door afstemming met de NCBI server (NCBI, Basic Local alignment Search Tool) en Invitrogen Vector NTI Advance ™ 9.0 software (Accelrys software Inc., San Diego, USA). Geconserveerde gebieden werden gedefinieerd als minder dan 5% sequentie verschillen tussen de verschillende soorten. De geconserveerde regio's werden PCR-geamplificeerd in overlappende fragmenten van ongeveer 200 bp groot. De overeenkomstige primers (zie Tabel 1 voor sequenties en omstandigheden) werden ontworpen met behulp van het GeneFisher online tool [15] en vervaardigd door Sigma-Proligo (Sigma-Aldrich Corporation, St. Louis, USA). FastStart Taq DNA polymerase (Roche, Basel, Zwitserland) en PTC-200 PCR machines (MJ Research, Waltham, USA) werden gebruikt. De volgende polymorfismen bevinden zich (Ensemble GenomeBrowser [16]) binnen de versterkte regio's: 163 + 14184ΔAGGG (rs10673765, gelegen in PCR-fragment C2F1), 163 + 14384C > T (rs9932686, C2F2), 163 + 37235G > A (rs1125557, C3F2 ), 163 + 37276T > A (rs9282650, C3F2), en 163 + 49526C > G (rs9931853, C4F1). De TESS online tool [17] werd gebruikt om te zoeken naar vermeende transcriptiefactor bindende factor sites die kan worden beïnvloed door de bovenstaande variants.Table 1 PCR-primers en voorwaarden

Forward primer
Reverse primer
Ta *
Mg ++ †
DMSO ‡
C1F1
ccgccttaaagaaactcttg
accggtggcaaatactag
65 ° C
1.5
- C1F2
tagaagggttgaacctgttc
tcttagtccacgagaagaag
65 ° C
1.5
-
C1F3
taggagagcttgtaacaagc
cactcggttctaccgaag
65 ° C
1.5
- C2F1
tgtattagccacagagaag
ctaaaactagaccacgaag
65 ° C
1.5
-
C2F2
gtcacaaaacagcttg
ccttccttgagcaaggc
65 ° C
1.5
- C3F1
ttgcctaaggccccctttttgttc
gaatctgcgaagtctacatc
65 ° C
1,5
-
C3F2
acactagccacacatgggactcaag
tgctggtgtggattcaaatgtg
65 ° C
1.5
- C4F1
acctccgcctcctgggttcaagc
ttcctcccgcttagtg
60 ° C
1.5
- C4F2
tggccaggcctgtcttaaactc
ttcttaggtccgtgggtttttacg
65 ° C
1.5
- C4F3
aaagtgctgggattacaggtgtgag
tcgataatcccgagaactc
55 ° C
1.0
+
C4F4
gaaccataggactttgactgatgg
actgatggttatccgggttcccttg
65 ° C
1.5
- C4F5
agctgttgagctgtcatcacaatcc
gaatttcctacccgtctatggtagg
65 ° C
1.5
- C5F1
tagtggggagtggggtcttagcttc
tcgttcaccctcctttcttcttacc
58 ° C
1.5
- C5F2
gggcatgttgaaatatacccagtc
tctgagtaatagaggggtacgttgg
65 ° C
1.5
- C5F3
cttgccagcgtgacagtg
cgaaaccccgtggagtag
65 ° C
1.5
- C5F4
caggttggggctcctcgtcatactg
cttccgacgtgacttaaggaaagag
65 ° C
1.5
- C5F5
gcttgtctcaactttcactgtc
gaatttcctacccgtctatggtagg
65 ° C
1.5
- C6F1
tggtattcaggaggatgcag
acctacgatcgtaaaaagt
65 ° C
1.5
- C6F2
cccatcaatgcttatttgttctt
gcctgggagacggagact
65 ° C
1.5
- C6F3
tgggctgtttgagttttgttc
cggtgtaaaaggttcgtgac
65 ° C
1.5
- * Ta gloeien temperatuur; † Mg ++ - concentratie wordt gegeven in mm; ‡ DMSO werd toegevoegd in 5% fc
enkelstrengs conformatie polymorfisme
enkelstrengs conformatie polymorfisme (SSCP) werd gebruikt om de geconserveerde regio intron 2 scannen 19 Italiaanse DGC patiënten op de aanwezigheid van bijkomende gewone maar populatie- specifieke polymorfismen. SSCP werd uitgevoerd zoals beschreven [18], behalve dat ULS ™ 495 fluorofoor (Kreatech Biotechnology, Amsterdam, Nederland) werd gebruikt in plaats van de radioactiviteit om de fragmenten te labelen. In het kort werd 1 pi PCR-product geïncubeerd met 0,2 pi kleurstof in een 20 pi reactie. . Gels werden gescand met een FX moleculaire imager (BioRad, Hercules, USA) bij 488 nm
Genotypering Ondernemingen De volgende restrictie-enzymen werden gebruikt voor de genotypering van DNA-varianten: 0,06 U /pl BsaXI voor 163 + 14184ΔAGGG, 1 U /gl BanII
voor 163 + 14384C > T, 0,2 U /gl MaeIII
voor 163 + 37276T > A en 0,4 U /gl HpaII
voor 163 + 49526C > G. Alle enzymen kwamen van New England Biolabs (Ipswich, USA) met uitzondering van MaeIII
van Roche (Bazel, Zwitserland). Reacties werden overnacht geïncubeerd en de fragmenten werden gescheiden op 4% (w /v) agarosegels
Polymorfismen 163 + 37235G >. A 163 + 37276T > A werden gegenotypeerd op een ABI Prism 7900 (Applied Biosystems, Foster City, USA) met de real-time PCR-gebaseerde allelische discriminatie assays van Applied Biosystems volgens de instructies.
sequencing
gedetecteerde varianten werden geverifieerd door directe sequentiebepaling via de USB thermosequencing kit (USB, Cleveland, USA) en een licor 4000L DNA-sequencer (licor, Lincoln, Nebraska USA).
Statistische analyse
Differential distributies tussen patiënten en controles werden door de χ 2-testen (met df = 2 voor genotypes en df = 1 voor allelen) . Risico werd geschat door univariate analyse en door meerdere logistische regressie (STATA software, StataCorp LP, College Station, USA). De χ 2 test (df = 2) werd ook gebruikt om afwijkingen van Hardy-Weinberg-evenwicht te onderzoeken. Leeftijd verschillen tussen patiënten die verschillen vertonen genotypes werden berekend met behulp van een 2-tailed t-test.
Haplotype frequenties werden gereconstrueerd uit unphased genotypen en linkage onevenwichtigheid (LD) tussen SNPs werd geschat met behulp van de SHEsis software platform [19, 20]. Alleen haplotypen met een relatieve frequentie > 0,03 in beide gevallen of controles werden in de analyse opgenomen. Global associatie van haplotypes met de ziekte werd berekend door een χ 2-toets (df = 7). De 163 + 14184ΔAGGG en 163 + 14384C > T-varianten werden niet opgenomen in de uiteindelijke analyse als ze waren niet informatief. De associatie van individuele haplotypes met ziekte is gebaseerd op 2 x 2 contingentietabellen ten opzichte van de A-A-C haplotype. LD werd uitgedrukt als r 2, met r 2 = 1 wijst op een volledige LD, r 2 = 0 afwezigheid van LD, en r 2 < 0.33 suggereert minimale LD.
Resultaten
Zes geconserveerde gebieden met een totale omvang van 3,2 kbp werden geïdentificeerd binnen CDH1
intron 2. Naast de vijf bekende polymorfismen (CDH1
163 + 14184ΔAGGG (rs10673765), 163 + 14384C > T (rs9932686), 163 + 37235G > A (rs1125557), 163 + 37276T > A (rs9282650), en 163 + 49526C > G (rs9931853)), geen bijkomende gemeenschappelijke polymorfismen die specifiek zijn voor de Italiaanse bevolking onder studie waren ontdekt door SSCP in zes regio.
gebruiken restrictiefragmentlengtepolymorfisme en allelische discriminatie assays, werden de relatieve frequenties van de genotypen verkregen uit de vijf varianten bepaald DGC de gevallen en de controles. Sequencing van steekproeven bevestigden de respectievelijke genotypes. Alle polymorfismen waren in Hardy-Weinberg-evenwicht voor zowel patiënten en controles (p > 0,19). Tabel 2 geeft een overzicht van het genotype uitkeringen en hun verschillen tussen de gevallen en controls.Table 2 CDH1
intron 2 genotype distributies bij DGC patiënten en controles
+ 14184ΔAGGG gevallen (n = 134)
+ 14184ΔAGGG controles (n = 100)
χ2 test
OR (95% CI) *, †
OR (95% CI) *, †
+ /+
+ /Δ
Δ /Δ
+ /+
+ /Δ
Δ /Δ
p
Δ /Δ vs + /+
+ /Δ vs + /+
128 verhuur 4 2
96
3 1
0,947
1,50 (0,13-16,78)
1,00 (0,21-4,57)
95,5%
3%
1,5%
97%
1,5%
1,5%
14,2%
2,5%
+ 14384C > T gevallen (n = 134)
+ 14384C > T controles (n = 100)
χ 2 -test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
CC
CT
TT
CC
CT
TT
p
TT vs CC
CT vs CC
130 Pagina 2 2
98
1 1
0,895
1,51 (0,13-16,87)
1,51 (0,13-16,87)
97,0%
1,5%
1,5%
98,0%
1,0%
1,0%
12,3%
12,3%
+ 37235G > A gevallen (n = 134)
+ 37235G > een controlegroep (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
GG
GA
AA
GG
GA
AA
p
AA vs GG
GA vs GG
30
56
48
37
50
13
0,0003
4,55 (2,09-9,93)
1,38 (0,75-2,55)
22,4%
41,8%
35,8%
37,0%
50,0%
13,0%
100%
40,6%
+ 37276T > A gevallen (n = 134)
+ 37276T > een controlegroep (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
TT
TA
AA
TT
TA
AA
p
AA vs TT
TA vs TT
65
65 verhuur 4
46
51
3
0,929
0,94 (0,20-4,42 )
0,90 (0,53-1,53)
48,5%
48,5%
3,0%
46,0%
51,0%
3,0%
1,9%
1,6%
49526C > G gevallen (n = 134)
+ 49526C > G controles (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
CC
CG
GG
CC
CG
GG
p
GG vs CC
CG vs GG
34
82
18
30
58
12
0,727
1,32 (0,55-3,19)
1,25 (0,69-2,26)
25,4%
61,2%
13.4
% 30,0% 58,0%

12,0%
32,2%
22,5%
* OR waarden zijn niet gecorrigeerd.
† het percentage onder de OR waarden schat de kracht van de vereniging voor elke variant op de overeenkomstige OR niveau en uitgaande van een significantieniveau van 5%
van de onderzochte varianten, alleen de 163 + 37235G >. een SNP significant geassocieerd met ziekte door een oververtegenwoordiging van het a-allel van de DGC gevallen (56,7% vs. 38% in de controlegroep, χ 2 = 16,1, p < 0,0001; zie tabel 2). De 163 + 37235AA genotype was 2,8 keer vaker voor in gevallen in vergelijking met controles. De overeenkomstige odds ratio (OR) suggereerde een significant verhoogd risico op DGC AA dragers ten opzichte GG dragers (OR = 4,55, 95% CI = 2,09-9,93, p = 0,0002, kracht van vereniging 100%; Tabel 2). Geen significante toename van het risico bleek uit die de GA-genotype (OR = 1,38, 95% CI = 0,75-2,55, p = 0,3, kracht van vereniging 41%; Tabel 2). De DGC risico voor AA carriers bleef significant, toen OR's werden gecorrigeerd voor leeftijd, geslacht, alcoholgebruik en H. pylori
infectie (tabel 3). Bij rokers, maar het bijbehorende risico slechts van significantie (p = 0,089, Tabel 3). De risico's van de andere varianten onderzocht bleven niet significant na correctie (gegevens niet getoond). Er werd geen verband waargenomen tussen de 163 + 37235G > A SNP en leeftijd bij diagnose (p > 0,16) .table 3 Gecorrigeerd ultraperifere regio's in verband met de CDH1
intron 2 163 + 37235G > Een variant
Variable

163+37235

Cases

Controls

OR (95% CI)



n
%
n
%

Age
≤ Median
GG
17
20
20
34 1
GA
37
45
30
52
1,45 (0,65-3,25)
AA
29
35
8
14
4,26 (1,55-11,77 ) Restaurant > Median
GG
13
25 | 17
40 1
GA
19
37
20
48
1,24 ( 0,48-3,24)
AA
19
37
5
12
4,97 (1,47-16,86)
Sex
Female
GG
13
20
20
34 1
GA
28
44
30
51
1,44 (0,60-3,42)
AA
23
36
9
15
3,93 (1,39-11,12)
Man
GG
17
24
17
41
1
GA
28
40
20
49
1,40 (0,58-3,39)
AA
25 | 36 verhuur 4
10
6,25 (1,79-21,84)
roken nooit
GG
17
24
25 | 42 1
GA
30
42
30
50
1,47 (0,66-3,26)
AA
25 | 35
5
8
7,35 (2,34-23,01)
ooit
GG
13
21
12
30 1
GA
26
42
20
50
1,20 (0,45-3,19)
AA
23
37
8
20
2,65 (0,86-8,16))
Alcohol
≤ 20 g /dag
GG
24
26
26
40 1
GA
35
38
31
48
1,22 (0,59-2,55 )
AA
34
37
8
12
4,60 (1,78-11,90) Restaurant > 20 g /dag
GG
6
15
11
31 1
GA
21
51
19
54
2,01 (0,63-6,55)
AA
14
34
5
15
5,13 (1,23-21,36)
H. pylori
Negatief
GG 2
11
16
37 1
GA
22
48
22
51
3.2 (1,00-10,26)
AA
19
41
5
12
12.16 (2,98-49,64)
Positieve
GG
25 | 28
21
37 1
GA
34
39
28
49
1,02 (0,472 -. 19)
AA
29
33
8
14
3,045 (1,15-8,07) Belgique Om te bepalen of de CDH1
163 + 37235A-allel verleent DGC risico zelfstandig of in combinatie met de andere intron 2 varianten, haplotypes als gevolg van de vijf polymorfismen werden gereconstrueerd en hun frequenties werden geschat in de gevallen en controles. De twee 5'-varianten niet informatief en zijn dus uitgesloten. De intron 2 haplotypes toonde een wereldwijde associatie met de ziekte (df = 7, χ 2 = 24.09, p < 0,002). In het algemeen haplotypes die de 163 + 37235A-allel waren frequenter in gevallen in vergelijking met controles, terwijl drie van de vier haplotypen met de G-allel vaker voor bij de controles (Tabel 4) waren. De sterkste associatie met ziekte werd waargenomen voor de AAG en de ATC haplotypen (met 163 + 37235A op positie 1). Omgekeerd, het GAG en de GTC haplotypes toonde de beste bescherming. Verbindingsevenwichtsafwijking analyse gaf grotendeels afwezig LD tussen de onderzochte varianten (r 2 < 0,03; tabel 5), wat suggereert dat de CDH1
163 + 37235G > kan een SNP een verhoogde gevoeligheid onafhankelijk verlenen aan DGC andere varianten investigated.Table 4 CDH1
intron 2 haplotype frequenties tussen de DGA patiënten en controles

Case (freq) †

control (freq) †
Fisher p
Pearson p
OR (95% CI)
AAC *
16.04 (0,060)
5,31 (0,027)
0,088
0,088
2,33 (0,86-6,34)
AAG
17,49 (0,065)
5,34 (0,027 )
0,056
0,056
2,55 (0,95-6,83)
ATC
73,09 (0,273)
35,43 (0,177)
0.015
0.015
1,74 (1,11 -2,74)
ATG
45.38 (0,169)
29,91 (0,150)
0.565
0,565
1,16 (0,70-1,92)
GAC
21,73 (0,081)
24,18 (0,121)
0.152
0,152
0,64 (0,35-1,18)
GAG
17,75 (0,066)
22,17 (0,111)
0.087
0.087
0,57 (0,30-1,09)
GTC
39,15 (0,146)
53,07 (0,265)
0.001
0.001
0,47 (0,30-0,75)
GTG
37,37 (0,139)
24,85 (0,123)
0,602
0,602
1,16 (0,67-1,99)
* Haplotype volgorde: 163 + 37235G > A, 163 + 37276T > A, 163 + 49526C > G. De twee 5'-varianten werden niet opgenomen, omdat ze niet verder opgesplitst de haplotypen.
† nummers verwijzen naar gereconstrueerde haplotype nummers onder de gevallen (257) en controles (192), met elk individu met twee chromosomen. Relatieve frequenties worden weergegeven in procenten. Niet alle genotype gegevens werden opgenomen in de analyse, zoals lage frequentie haplotypes werden gedropt.
Tabel 5 Linkage onevenwicht tussen CDH1
intron 2 polymorfismen
r2 verbindingsevenwichtsafwijking

163 + 14384C > T
163 + 37235G > A
163 + 37276T > A
163 + 49526C > G
163 + 14184ΔAGGG
0.001
0.000
0.001
0.001
163 + 14384C > T
- 0.002
0.000
0.000
163 + 37235G > A
-
- 0.028
0.000
163 + 37276T > A -
-
- 0,003 <

• De verhouding van vasculaire endotheliale groeifactor gen polymorfismen en klinische resultaten bij gevorderde maagkanker patiënten behandeld met FOLFOX: VEGF polymorfisme bij maagkanker
• Preoperatieve chemoradiotherapie voor lokaal gevorderde maagkanker