Ny programvare hjelper til med å vurdere interoperabilitet og gjenbruk av biomedisinske digitale forskningsobjekter

Mount Sinai -etterforskerne, sammen med et internasjonalt konsortium av kolleger, har utviklet en ny verktøykasse som lar forskere vurdere hvor enkelt de digitale objektene de genererer som et resultat av sine forskningsprosjekter kan brukes av andre forskningsteam.

Funnene, rapporterte i dag i Cell Systems, gjelder for digitale objekter, inkludert datasett, programvare, kildekode, og andre produkter som forskere utvikler som kan være nyttige for forskningsmiljøet.

Målet er å oppgradere måten vi håndterer data innen biomedisinsk forskning på; dele og gjenbruke data fra disse prosjektene for å maksimere verdi maksimalt. Mens finansiere, forskere, og andre interessenter erkjente at vi må gjøre en bedre jobb med datahåndtering i biomedisinsk forskning, veien mot å gjøre det var ikke klar. "

Avi Ma'ayan, PhD

Ma'ayan er direktør for Mount Sinai Center for Bioinformatics, og seniorforsker på studien.

Teamet håper at som biomedisinske forskere bruker verktøykassen for å evaluere arbeidet sitt, de blir mer bevisste på enkle trinn de kan ta for å forbedre brukervennligheten til sine digitale objekter.

I 2017 og 2018 finansierte National Institutes of Health (NIH) NIH Data Commons Pilot Phase Consortium, som jobbet for å finne måter å forbedre delingen av digitale forskningsobjekter gjennom et skybasert miljø.

For å implementere et slikt virtuelt miljø, forskere trengte å utvikle standarder og en plattform for å hjelpe forskere til å følge FAIR (finner, tilgjengelig, interoperabel, og gjenbrukbare) retningslinjer som tidligere ble fastsatt av medlemmer av konsortiet.

Først, teamet utviklet beregninger og rubrikker for å vurdere rettferdighet, men erkjente at disse beregningene og tabellene kanskje ikke gjelder likt for alle forskningsområder. Så de opprettet verktøykassen, kalt FAIRshake, som gjør det mulig for de som lager digitale objekter ikke bare å vurdere deres RETTVARIGHET, men også å utvikle nye standarder for å definere og evaluere RETTVÆRELIGHET.

Og dermed, forskerne uttalte at "FAIRshake tillater sameksistens av flere beregninger og rubrikker, slik at samfunnet kan utvikle standarder mer demokratisk. "

Dr. Ma'ayan understreker at forskning ikke trenger å være åpen for å være rettferdig. "Det krever bare at folk gir en klar lisens for hvordan andre skal bruke dataene sine, " han sa.

FAIRshake -verktøykassen inneholder både manuelle og automatiserte verktøy for å vurdere FAIRness, som stiller spørsmål som, "Har det digitale objektet maskinlesbare metadata?" Verktøykassen har blitt testet det siste året på tusenvis av digitale objekter, og teamet har lagt ut veiledninger på Youtube om hvordan du bruker FAIRshake.

Mens Dr. Ma'ayan sier at det har vært en "naturlig forbedring av tilgjengeligheten og vedtakelsen av disse standardene, selv uten noe press fra oss eller fra NIH, "Han forklarer også at teamet ble overrasket over noen av trendene de la merke til når de utførte vurderinger med verktøykassen.

Han sa at få forskere implementerte applikasjonsprogrammeringsgrensesnitt (APIer)-; programvare som lar forskjellige dataprogrammer kommunisere-som er "kritiske for å bringe data sammen." Forskere unnlot ofte å gi lisenser for å fortelle andre forskere hvordan de kan få tillatelse til å bruke dataene.

Etter hvert som forskningsprodukter blir mer rettferdige, forskere vil kunne lage forbindelser og bygge ting som ikke var mulig før de brukte verktøy som maskinlæring for å "transformere måten vi bruker data på nytt, "sier Dr. Ma'ayan.

• Mount Sinai er vertskap for den fjerde årlige galla for prostatakreftforskning
• NTU -studie:Mikroorganismer viser en presis daglig rytme i tropisk luft