Consórcio liderado por GW recebe US $ 2,2 milhões da FDA para o Projeto de Especificação de Objeto Biocompute

Um consórcio liderado pela George Washington University (GW) foi reembolsado por seu Projeto de Especificação de Objeto BioCompute, graças a US $ 2,2 milhões, Subsídio de cinco anos da Food and Drug Administration (FDA) dos EUA. O Projeto de Especificação de Objeto BioCompute, que foi lançado no outono de 2017, fornece padrões muito necessários para a comunicação de cálculos de sequenciamento de alto rendimento (HTS) e análise de dados, conhecido como BioCompute Objects (BCOs).

p Este projeto voltado para a comunidade trabalha para agilizar a troca de dados e fluxo de trabalho entre o FDA, pesquisadores, companhias farmaceuticas, e desenvolvedores de tecnologia de bioinformática. Nos últimos anos, o consórcio organizou reuniões abertas regulares, incluindo um workshop anual para permitir que os participantes se expandam, refinar, e priorizar a necessidade de relatórios padrão, ao mesmo tempo que discute seus próprios requisitos específicos de partes interessadas para um padrão. Após esses workshops, o Documento de Especificação de Objetos BioCompute foi publicado - um em 2017 e outro documento atualizado em 2018 - para comunicar as melhores práticas. Incluídos no consórcio liderado pela GW estão especialistas da DNAnexus, Galaxy Project, Sete Pontes, e mais.

p Para ajudar a impulsionar a medicina personalizada, precisamos encontrar uma maneira melhor de comparar e construir dados genômicos que possam gerar insights sobre o câncer, ancestralidade, dinâmica do microbioma, metagenômica, e mais. É aqui que entra o Projeto de Especificação de Objeto BioCompute. "

Raja Mazumder, PhD, o principal investigador do projeto e professor de bioquímica e medicina molecular na Escola de Medicina e Ciências da Saúde GW

p O padrão está sendo avaliado pelo Instituto de Associação de Padrões de Engenheiros Elétricos e Eletrônicos para se tornar um padrão oficialmente reconhecido. Porque estabelecer e manter padrões HTS para validação de dados, computação e interoperabilidade são essenciais para a missão regulatória do FDA, o consórcio visa criar um banco de dados de acompanhamento (BioComputeDB). Isso incluirá o desenvolvimento de mecanismos para transferir BCOs, atualizações na documentação de especificações técnicas, e hospedar sessões informativas regulares para o pessoal da FDA sobre a criação e uso de BCOs.

p "Acho que nosso banco de dados e mecanismo proposto para transferir BCOs tem o potencial de agilizar o processo de envio, "disse Jonathon Keeney, PhD, um co-investigador do projeto e professor assistente de pesquisa de bioquímica e medicina molecular na Escola de Medicina e Ciências da Saúde GW. "Pretendemos trabalhar de perto com o pessoal da FDA para garantir que o projeto apóie sua missão, e que atende às necessidades de outros membros da comunidade também. "

p O projeto BioCompute também coordenou um Desafio "App-a-thon" na plataforma PrecisionFDA que envolveu a comunidade de bioinformática para construir BCOs e aplicativos relacionados a eles, e também lançou recentemente uma parceria público-privada que irá desenvolver ainda mais ferramentas e feedback, e estenderá o alcance do projeto para incluir mais grupos em diferentes áreas.

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