Vedci vyvíjajú nástroj, ktorý urýchľuje analýzu a publikovanie biomedicínskych údajov

Vedci z Icahnovej lekárskej fakulty na Mount Sinai vyvinuli nástroj, ktorý urýchľuje analýzu a publikovanie biomedicínskych údajov z mnohých mesiacov alebo rokov na púhe minúty, transformácia spôsobu, akým vedci oznamujú výsledky svojich štúdií. Do teraz, primárnou metódou dostupnou na zdieľanie údajov biomedicínskeho výskumu je tlačená publikácia vo vedeckých časopisoch. Nový nástroj, BioJupies, sa pri analýze a vizualizácii veľkého množstva údajov spolieha na cloudové technológie, ako je ten, ktorý sa získal sekvenovaním genómu, ako je popísané v čísle z novembra 2018 z Bunkové systémy .

Sekvenovanie RNA je najbežnejšou experimentálnou metódou používanou na profilovanie buniek v biomedicínskom výskume. V posledných rokoch, sekvenačná technológia priniesla revolúciu v spôsobe, akým vedci skúmajú genetické údaje, a tento pokrok hrá rozhodujúcu úlohu pri objavovaní a vývoji liekov. Tradične Analýza sekvenovania RNA vyžaduje rozsiahle znalosti počítačového programovania a prístup k miestnym vysoko výkonným počítačovým zariadeniam, spomalenie rýchlosti, ktorou sa dajú biomedicínske údaje analyzovať, zdieľané, a publikované.

Vytvorením BioJupies, používatelia môžu teraz nahrávať a analyzovať svoje údaje o sekvenovaní RNA za zlomok času, ako sa to robilo predtým. Platforma využíva cloudový počítačový kanál, ktorý znižuje náklady na spracovanie údajov sekvenovania RNA na menej ako jeden cent na vzorku. BioJupies tiež vyrába kompletné, otvorený zdroj, interaktívna správa zo spracovaných údajov, ktorá umožňuje 300, Vyberie sa 000 verejne dostupných súborov údajov o sekvenovaní RNA, znovu analyzované, a opätovne použité na posilnenie biomedicínskeho výskumu.

„Keďže množstvo generovaných biomedicínskych údajov stále exponenciálne stúpa, rovnako by mali používať nástroje používané na ich analýzu a zdieľanie, "povedal Avi Ma'ayan, PhD., Riaditeľ Centra pre bioinformatiku Mount Sinai, Profesor, Katedra farmakologických vied, fakulta Icahnovho inštitútu pre dátovú vedu, a hlavný autor publikácie. „BioJupies nielenže urýchľuje spôsob, akým analyzujeme a interpretujeme údaje, ale poskytuje aj úplne nový spôsob zdieľania výsledkov s globálnou výskumnou komunitou. “

Pretože nové genómové technológie umožnili zber obrovského množstva biomedicínskych informácií, ktoré je možné využiť na snahy o presnú medicínu, prístupnosť, interoperabilita, a opätovné použitie týchto údajov sa stalo kľúčovým pre vedecký výskum. BioJupies otvára cestu pre výskumníkov bez výpočtového zázemia, aby mohli vykonávať analýzu sekvenovania RNA bez toho, aby museli spolupracovať s bioinformatikmi, umožňuje v našom svete bohatom na dáta prekvitať viac lekárskych a vedeckých pokrokov.

• Vedci skúmajú, či možno diétu s nízkym obsahom lepku odporučiť ľuďom bez alergií
• Štúdia poskytuje nový pohľad na ohniská norovírusu,