Studien beskriver den initiala baslinjen friska tarmmikrobiomdatabasen och överflödsprofilen

En initial baslinje för hälsosam tarmmikrobiomdatabas och överflödsprofil beskrivs i en studie publicerad 11 september, 2019 i open access Journal PLOS ONE av Charles Hadley King från George Washington University Medical Center, USA, och kollegor.

Staplad stapeldiagram över fylogenetisk sammansättning av alla mikrobiometaxor i denna studie kollapsade på phyla -nivå i fekala prover. Gröna staplar representerar Firmicutes och de blå representerar Bacteroidetes, de två vanligaste bakteriefamiljerna. För estetiska ändamål är proverna (n =98, botten) sorterades efter deras sammansättning av Bacteroidetes och Firmicutes för att demonstrera hur baslinjens tarmmikrobiomresultat från denna studie kunde användas i samband med resultat från tidigare studier. Upphovsman:King et al, 2019

Även om forskningsintresset för människans tarmmikrobioms betydelse för den allmänna hälsan fortsätter att växa, det finns för närvarande ingen omfattande tarmmikrobiomreferenslista tillgänglig för forskare och patienter. I den här studien, King och kollegor börjar katalogisera den organismala sammansättningen av friska mänskliga tarmmikrobiomer, och utvecklat en prototyprapporteringsmall för kliniker för att vidarebefordra resultat till patienter.

För att sammanställa deras databas, författarna genetiskt sekvenserade 48 avföringsprover från sexton friska deltagare som rekryterades från George Washington University campus i Washington, D.C., förutom att använda 50 fekala metagenomiska prover som laddats ner från Human Microbiome Project från individer som screenades som ”friska”.

Efter att ha analyserat alla provs genomiska och metagenomiska sekvenser med ett nytt mjukvarubaserat arbetsflöde, King och kollegor sammanställde en första databas med bekräftade mikrober och deras relativa överflöd i alla prover, GutFeelingKB, med hjälp av NCBI:s omfattande och allmänt tillgängliga genetiska information för att tillhandahålla metadata om de beskrivna organismerna.

GutFeelingKB beskriver 157 organismer (155 bakterier och två arkaeala organismer) över 60 olika släkten. Det största antalet bakterier som representerades var Firmicutes (40 procent av alla organismer på listan), som i sin tur bestod av 20 procent Clostridia, 19 procent Bakterioidia, 17 procent Bifidobacteriales, 14 procent Enterobacterales, och 14 procent Lactobacillales -bakterier - bakterieklasser som också finns i yoghurt och andra probiotiska livsmedel. Författarna noterar också att 84 organismer var gemensamma för alla prover, vilket kan indikera att dessa kan vara kärnarter för människans tarm.

Denna studie rekryterade bara sexton deltagare, ett litet urval. Men medan ytterligare studier kan fortsätta att identifiera ytterligare organismer som finns i friska tarmar från hela världen, GutFeelingKB är ett viktigt första steg. Databasen kan fungera som en utgångspunkt för jämförande analys av prover och utveckling av framtida patientmikrobiombehandlingar.

Författarna lägger till:

Vårt mål är att kartlägga det friska tarmmikrobiomet så att vi och andra forskare kan använda våra data för att utveckla sjukdomsspecifika förutsägelsemodeller. "

• West Nile Virus -prover som hittades 10 mil från varandra kom från olika platser,
• Onormala tarmbakterier kopplade till dålig kognitiv prestanda hos veterinärer med PTSD och cirros