Forskare utvecklar verktyg som påskyndar analys och publicering av biomedicinsk data

Forskare vid Icahn School of Medicine vid Mount Sinai har utvecklat ett verktyg som påskyndar analys och publicering av biomedicinsk data från många månader eller år till bara minuter, förändra hur forskare kommunicerar resultaten av sina studier. Tills nu, den primära metoden som är tillgänglig för att dela biomedicinsk forskningsdata har varit genom tryckt publicering i vetenskapliga tidskrifter. Det nya verktyget, BioJupies, förlitar sig på molneteknik för att analysera och visualisera stora mängder data, såsom den som förvärvats genom genom -sekvensering, som beskrivs i november 2018 -numret av Cellsystem .

RNA -sekvensering är den vanligaste experimentella metoden som används för att profilera celler i biomedicinsk forskning. Under de senaste åren har sekvenseringsteknik har revolutionerat hur forskare undersöker genetiska data, och detta framsteg spelar en avgörande roll för upptäckt och utveckling av läkemedel. Traditionellt, RNA -sekvensanalys kräver omfattande datorprogrammeringskunskaper och tillgång till lokala högpresterande datoranläggningar, sakta ner hastigheten med vilken biomedicinsk data kan analyseras, delad, och publicerade.

Genom skapandet av BioJupies, användare kan nu ladda upp och analysera sina RNA -sekvenseringsdata på en bråkdel av tiden som tidigare. Plattformen använder en molnbaserad pipeline som minskar kostnaden för RNA-sekvensering av databehandling till mindre än en cent per prov. BioJupies producerar också en komplett, öppen källa, interaktiv rapport från de bearbetade data som möjliggör 300, 000 offentligt tillgängliga RNA -sekvenseringsdatauppsättningar som ska hämtas, omanalyseras, och återanvändas för att stärka biomedicinsk forskning.

"Eftersom mängden biomedicinsk data som genereras fortsätter att stiga exponentiellt, så bör verktygen som används för att analysera och dela dem, "sa Avi Ma'ayan, Doktorsexamen, Direktör för Mount Sinai Center for Bioinformatics, Professor, Institutionen för farmakologiska vetenskaper, fakulteten vid Icahn Institute for Data Science, och senior författare till publikationen. "BioJupies påskyndar inte bara hur vi analyserar och tolkar data, men det ger också ett helt nytt sätt att dela resultat med det globala forskarsamhället. "

Eftersom ny genomisk teknik har möjliggjort insamling av massiva mängder biomedicinsk information som kan utnyttjas för precisionsmedicinska insatser, tillgänglighet, driftskompatibilitet, och återanvändning av dessa data har blivit avgörande för vetenskaplig forskning. BioJupies banar väg för forskare utan beräkningsmässig bakgrund att utföra RNA -sekvensanalys utan att behöva samarbeta med bioinformatiker, möjliggör fler medicinska och vetenskapliga framsteg att blomstra i vår datarika värld.

• Forskare undersöker om dieter med låg gluten kan rekommenderas för personer utan allergi
• Studie ger ny inblick i norovirusutbrott,