Suurempi määrä Helicobacter pylori CagA EPIYA C fosforylaatiokohdat lisää mahalaukun syövän riski, mutta ei pohjukaissuolen ulcer

suurempi määrä Helicobacter pylori
CagA EPIYA C fosforylaatiokohdat lisää mahalaukun syövän riski, mutta ei pohjukaissuolihaava
Abstract
Taustaa
Helicobacter pylori
infektio on yksi yleisimmistä infektioita maailmanlaajuisesti ja liittyy mahasyövän ja mahahaava. Bakteerien virulenssitekijöitä, kuten CagA on osoitettu lisäävän sekä sairauksia. Tutkimukset ovat osoittaneet, syy rooli CagA EPIYA polymorfismien mahasyövän, ja sen on osoitettu olevan maantieteellisesti erilaisia. Tutkimme assosiaatioita helikobakteeri
CagA EPIYA kuvioita ja mahasyövän ja pohjukaissuolihaava, vuonna etnisesti seokseen sekoitettiin Länsi väestöstä Brasiliasta. CagA EPIYA määritettiin PCR: llä ja varmistettiin sekvensoimalla. Kaikkiaan 436 potilasta oli mukana, oli 188 mahalaukun syövän, 112 pohjukaissuolihaava ja 136 kanssa gastriitti.
Tulokset
määrä EPIYA C segmenttien oli merkitsevästi liittyy suurentunut mahakarsinooman (OR = 3,08 , 95% CI = 1,74-5,45, p < 10 -3), vaikka oikaisua iän ja sukupuolen. Korkeampi määrä EPIYA C segmenttien liittyi myös mahalaukun surkastuminen (p = 0,04) ja suoliston metaplasiaa (p = 0,007). Lisäksi potilaat tartunnan CAG
kantojen jolla useampi kuin yksi EPIYA C-segmentin osoitti vähentynyt seerumin pepsinogeeni I verrattuna niihin tartunnan kannat sisältävät yhtä tai vähemmän EPIYA C toista. Muutoin määrä EPIYA C segmenttien ei liittävät pohjukaissuolihaava.
Johtopäätökset
Tuloksemme osoittavat, että infektio helikobakteeri
kannoissa useampia CagA EPIYA C motiivi oli selvästi liittyy mahasyöpä, mutta ei pohjukaissuolihaava.
Korkeampi määrä EPIYA C segmenttien liittyi myös mahalaukun syövän esiaste osoituksena histologinen mahalaukun atrofisen ja metaplastiset muutokset ja laski seerumin pepsinogeeni I
Taustaa
Helicobacter pylori
colonizes vatsaan yli puolet maailman väestöstä ja liittyy kehittämiseen komplikaatioiden, kuten ulkustauti, mahasyöpä, ja mahan limakalvoa liittyvä imukudokseen lymfooman [1-4]. Tekijöitä, jotka johtavat harvat yksilöt kehittää liittyvien sairauksien, kun taas suurin osa tartunnan saaneet ihmiset jäävät oireettomia, ovat tuntemattomia, mutta ne ovat olleet intensiivisen tutkimuksen aihe. Niistä isäntä tekijät, sytokiinien geenipolymorfismien osoitettiin lisäävän riskiä mahalaukun syövän, erityisesti IL1B
-31, IL1RN
, ja TNFA
-307 yhden emäksen monimuotoisuus Euroopan väestö ja IL1RN
in Brasilian väestöstä [5-9]. Taudinaiheuttaja kanta-tekijät ovat voimakkaasti tutkittu. Niistä CagA proteiini hyväksytään riskitekijä molempien mahahaavan ja mahasyövän [5, 10-12]. Eräässä tutkimuksessa ryhmämme infektio helikobakteeri CAG
A-positiivisia kantoja oli kerroinsuhde (OR) 11,9 mahasyövän, säätämisen jälkeen isäntä polymorfismien ja muista muuttujista, kun taas vahvin isäntä tekijä oli IL1RN
2 alleeli, jossa OR = 1,9 [5].
CAG
kuuluu CAG
PAI (patogeenisyyssaarekkeen), joka koodaa tyypin IV eritystä järjestelmä (T4SS) liittyy lisääntynyt eritys IL -8, erittäin vahva proinflammatoristen kemokiinin, joka osallistuu gastriitti aiheuttama helikobakteeri
infektio. T4SS vastaa myös sisäänkäynnin CagA proteiinin mahalaukun epiteelisoluihin, joissa CagA on fosforyloitiin tyrosiini- tähteen fosforylaation motiiveja carboxi-terminaalin vaihtelevan alueen proteiinin. Nämä kuviot on määritelty EPIYA (Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala) A, B, C ja D mukaan eri reunustavien aminohappojen. CagA proteiini lähes aina hallussaan EPIYA A ja B segmentit, joita seuraa yhtään, yksi, kaksi tai kolme C segmenttiä, kannoissa kiertävä länsimaissa, tai D-segmentin, Itä-Aasian maissa. EPIYA C ja D ovat tärkeimmät sivustoja fosforylaatiota CagA. Fosforyloitua CagA muodostaa fyysinen kompleksin SHP-2 fosfataasi ja laukaisee epänormaali solujen signaalien johtavat vapauttamisen solujen kasvua, solusta soluun kontakti ja solujen vaeltaminen, venymään epiteelisolujen ja kasvu epiteelisolujen liikevaihdon, jotka parantavat riski vaurioituneiden solujen hankkia precancerous geneettisiä muutoksia. Kirjanpitoarvo tyyppi D EPIYA tai useampia C-toistojen liittyy lisääntynyt SHP-2 fosfataasiaktiivisuus aiheuttama CagA [13, 14], joka nostaa esiin mahdollisuuden, että infektiota CagA kannat jolla suurempi määrä EPIYA C segmenttejä altistaa syövän esiasteita ja mahasyövän.
Itse asiassa tämä hypoteesi on testattu Itä-Euroopan maissa, mutta tutkimustulokset ovat ristiriitaisia. Azuma et ai
. [15] löydetty osuuden kasvu EPIYA D kantojen keskuudessa potilailla, joilla on atrofinen gastriitti ja mahasyöpä, mutta muut kirjoittajat eivät ole pystyneet toistamaan nämä tulokset [16, 17]. Samoin Länsi populaatiot, merkitsevästi yhteydessä mahasyövän ja lisääntynyt määrä EPIYA C motiivien voitiin osoittaa kahdessa tutkimuksessa [18, 19], ehkä joko pieni määrä mukana potilaita muissa tutkimuksissa [20-22], tai alue- /ethnics eroja jo osoitettu muille helikobakteeri
virulenssi markkereita [23, 24]. Lisäksi eroavuudet ovat myös osoittaneet tutkimuksissa arvioidaan määrä EPIYA C motiiveja ja pohjukaissuolihaava [19, 25], joka ansaitsee syvän tutkimustyötä pohjukaissuolihaavan ja mahasyövän ovat toisensa poissulkevia helikobakteeri
-associated sairauksia.
Siksi arvioimme, onko lisääntynyt määrä CagA EPIYA C fosforylaatiota motiiveja liittyy mahasyöpä ja /tai pohjukaissuolihaava myös suuri joukko potilaita puolueellisuuden välttämiseksi ja jotta säätö iän ja sukupuolen mukaan länsimainen väestö Brasiliasta. Koska pohjukaissuolihaavan ja mahalaukun karsinooma ovat toisensa poissulkevia sairauksia, ja CAG
A on riskitekijä molemmat ehdot, myös arvioida, onko määrä EPIYA C segmenttien eristettyjen kantojen pohjukaissuolihaavapotilaat poikkesi kannoista eristettiin mahalaukun syöpäpotilailla. Koska mahan atrofinen ja metaplastiset muutokset - syövän esiasteita - johtaa heikentyvän tuotantoa pepsinogeeni I (PGI) mukaan päällikkö ja limakalvojen kaula solujen corpus ja fundic rauhaset, arvioimme, onko suurempi määrä EPIYA C motiivien liittyi seerumin pepsinogeeni tasoja.
tulokset
potilaiden ominaisuuksiin on esitetty taulukossa 1. läsnäolo helikobakteeri
erityisiä ure
A ja 16S rRNA
onnistuneesti vahvistettiin PCR: llä kaikissa tutkituissa kannat ja cag
PCR olivat positiivisia, ainakin yksi menetelmä, kaikissa strains.Table 1 Potilaan ominaisuuksista ja jakelu CagA EPIYA genotyyppien mukaan H. pylori
-associated sairauksien

gastriitti 136 (%)
Mahasyöpää 188 (%)
Pohjukaissuolihaava 112 (%)

Mean Ikä (SD)
52,5 (16,9) B 62,3 (13,9) B 43,5 (15,1) B Mies sukupuoli
48 (35,3) B 114 (60,6)
53 (47,3) B EPIYA-AB
3 (2,2) B-3 (1,6)
4 (3,6) B EPIYA-ABC
108 (79,4) B 107 (56.9)
93 (83,0) B EPIYA-Abcc
21 (15,4)
65 (34,6)
15 (13,4) B EPIYA-ABCCC
4 (3,0)
13 (6,9) B-0 (0,0) B-SD, keskihajonta
määrittäminen CagA EPIYA kuvio
PCR: llä kaikkialta CAG
A-positiivisia kantoja osoitti selvästi kuvioita 3 'muuttuvan alueen cag
A. sähköforeesigeeliin edustavat eri CagA EPIYA tyyppejä on esitetty kuvassa 1. PCR-tulokset vahvistettiin sekvensoimalla on seitsemänkymmentäviisi satunnaisesti valittuja PCR-tuotteiden potilaille kussakin ryhmässä. Kuvio 1 Elektroforeesilaitteet edustavia näytteitä kuhunkin CagA EPIYA tyyppejä potilailla esiintyi helikobakteeri -associated sairauksia. Sarake 1: 100 bp standardi; Sarake 2: EPIYA-AB; Sarakkeet 3, 8, 11, ja 12: EPIYA-ABC; Sarake 4: EPIYA-ABC + -ABCCC; Pylväät 5 ja 13: EPIYA-Abcc; Sarake 6: EPIYA ABCCC; Sarake 7: EPIYA-Abcc + -ABCCC; Sarake 9: EPIYA-ABC + -ABCC + -ABCCC; Sarake 10: EPIYA-ABC + -ABCC.
Ei EPIYA D havaittiin H. pylori
kannat tutkittu. Jakauma EPIYA genotyyppien on esitetty taulukossa 1.
välisen assosiaation määrän EPIYA C segmentteihin ja mahasyövän ja pohjukaissuolihaavan
Colonization H. pylori
CagA-positiivisia kantoja, joilla on kaksi tai kolme EPIYA C motiiveja havaittiin useammin (p < 10 -3) on mahasyövän (78/188, 41,5%) kuin gastriitti (25/136, 18,4%) potilaista. Yhdistys pysyi voimakkaasti merkittävä myös säätämisen jälkeen iän ja sukupuolen avulla logistinen regressio (taulukko 2). Hosmer-Lemeshowin testi osoitti hyvää kuntoa mallin (Chi-square = 3,98, 8 vapausasteita, p = 0,86, 10 askelta). Muutoin määrä EPIYA C segmenttien ei liittävät pohjukaissuolihaava (taulukko 2) .table 2 Association between määrä CagA EPIYA C motiiveja ja helikobakteeri
-associated sairauksien

Univariate analyysi

Monimuuttuja-analyysi

p
OR

95% CI
s
Mahasyöpää
- vanheneminen
< 10-3
1.04
1,03-1,06
< 10-3
- Female sex
< 10-3
0,29
0,18-0,48
< 10-3
- Riskialttiit EPIYA (Abcc tai ABCCC) B < 10-3
3,08
1,74-5,45
< 10-3
pohjukaissuolihaava
- vanheneminen
< 10-3
1,03
1,02-1,05
< 10-3
- Female sex
0,04
1.26
0,73-2,18
0,41
- Riskialttiit EPIYA (Abcc tai ABCCC) B 0,29
-
-
-
Hosmer-Lemeshowin testi osoitti hyvää kuntoa mallin mahasyövän (8 vapausasteita, p = 0,86, 10 askelta) ja pohjukaissuolihaava (8 vapausasteita, p = 0,25, 10 askelta).
Koska voidaan arveltu, että määrä EPIYA C motiiveja kasvaa iän myötä, myös rakennettu malli, jossa määrä EPIYA C on riippuva muuttuja ja ikä, sukupuoli ja helikobakteeri
-associated sairauksia itsenäisinä covariables. Lisääntynyt EPIYA C segmenttejä ei liittynyt iän (p = 0,13), sukupuoli (p = 0,66) ja pohjukaissuolihaava (p = 0,29), mutta pysyi liittyy mahasyövän (p < 10 -3, OR = 2,81; 95% CI = 1,64-4,82).
Association between sekoitettu rasitusta kolonisaation ja sairauksien
Mixed kannan infektio havaittiin 57 (13,08%) potilaista ja se oli merkittävästi useammin potilailla, joilla on mahasyövän (38/188, 20,2%) kuin ne, joilla gastriitti (14/136, 10,3%), jossa on tai mahakarsinoo- 2,21 (95% CI = 1,10-4,50). Muutoin sekainfektointi oli harvemmin havaittiin pohjukaissuolihaava potilailla (5/112, 4,5%), jossa suuntaus on negatiivinen yhdistyksen (p = 0,09).
Association lukumäärän välillä EPIYA C segmenttien ja seerumin PGI tasot
pepsinogeeni I seerumin tasot olivat merkittävästi korkeammat (p = 0,01) pohjukaissuolihaava (keskiarvo 161,67 ± 102,36 g /l) kuin gastriitti (100,37 ± 70,85 mikrog /l).
saaneiden potilaiden CagA kannat jolla kaksi tai kolme EPIYA C segmenttiä osoitti alentuneesta SMM verrattuna ne infektioon CagA kannat jolla ≤ 1 EPIYA C-segmentin (pohjukaissuolihaava: 179,67 ± 83,30 vastaan ​​67,01 ± 34,30, vastaavasti, p = 0,02 ja gastriitti: 109,26 ± 85,61 vs. 57.55 ± 34.61, vastaavasti, p = 0,01).
Association lukumäärän välillä EPIYA C toistoja ja mahalaukun histologiset muutokset ja kasvaimen luokittelu
määrä lisääntyi EPIYA C segmenttien liittyi läsnäolo syövän esiasteita joko surkastuminen ( p = 0,04) tai suoliston metaplasiaa (p = 0,007), mutta ei muiden histologinen parametrit. Myös infektiota kantavien kantojen lisääntynyt EPIYA C motiiveja ei liittävät suoliston tai moniin kasvaimen tyyppi (p = 0,34).
Keskustelu
Tässä tutkimuksessa arvioimalla suuri joukko potilaan, osoitimme, että tartunnan saaneiden by CagA-positiivisten helikobakteeri
kantojen hallussaan useampia EPIYA C motiivin ovat kolmasti kertaisesti suuressa riskissä sairastua mahalaukun syöpään. Vahvuuksia Tutkimusmenetelminä riittävä otoskoko, tunnistaminen kantojen PCR: n avulla vahvistuksen sekvensoimalla ja säätö häiritsevien tekijöiden mukaan regressioanalyysimme.
CagA pidetään tärkeänä bakteerien virulenssitekijäksi liittyvät sekä mahalaukun adenokarsinooman ja pohjukaissuolihaava tauti [2, 5, 11, 12, 26]. Lukumäärä ja kuvio fosforylaation motiivien näyttävät edelleen osittaa riskejä yksittäisten kantojen [18, 27].
On osoitettu, että H. pylori
CagA EPIYA kuviot on merkittävä maantieteellinen vaihtelevuus ja seurata tiiviisti malleja ihmisiä koskevat muuttoliikkeitä. EPIYA D on ominaisuus Aasian EPIYA kuvio, joka käytännöllisesti katsoen ei esiinny Länsi H. pylori
kantoja [28]. Brasilialaiset muodostavat ainutlaatuisen Western väestö koska huolimatta useista alkuperää ja sen seurauksena monenlaisten fenotyyppisten ulkonäkö, on ollut huomattavaa etnisten ryhmien jalostus ja siten useimmat ihmiset eivät johdu mihinkään perustajajäsenistä ryhmien perusteella geneettinen tausta, vaan ne kuljettaa noin 33% geenien kustakin suurten rotujen että historiallisesti koostuu maa (valkoihoiset, afrikkalaiset ja Amerindians) [29]. Tätä taustaa vasten voisi olettaa löytää CagA EPIYA D meidän Helikobakteeri
kantoja, koska se on havaittu keskuudessa Amerindians (sopusoinnussa teorian että aluksi ihmiset Aasiasta asutuilla Amerikassa siirtyessä East Asia ), mutta emme havaitse mitään EPIYA D väestömme.
Valitettavasti on olemassa muutamia tutkimuksia nähden yhdistyksen välillä EPIYA Ilmanvaihtolaitteet ja helikobakteeri
liittyvien sairauksien Länsi populaatioiden kanssa ristiriitainen tulosten joukossa. Basso et al
. [19] osoitti, että suurempi määrä EPIYA C segmenttien liittyi mahakarsinoo- on valkoihoinen väestö Italiasta, samoin tulokset Yamaoka et al
. [18] arvioidaan American potilaiden Texas. Muutoin ei havaittu yhteyttä, kun Kolumbian potilasta arvioitiin Yamaoka tutkimuksessa [18] mukaisesti saatujen tulosten Acosta et al
. [22], kun taas Sicinschi ym
. [21] havaittu assosiaatioita lisääntynyt EPIYA C segmentteihin ja syövän esiasteita. Myös ei-ratkaisevia tuloksia julkaisema Argent et al
. [20], jossa arvioidaan 44 kannat Afrikkalainen potilaista laatijat osoittivat taipumusta yhdistyksen välillä CagA kahden tai useamman EPIYA C segmentteihin ja mahasyövän.
Nämä erot voidaan selittää eri tutkimusasetelma, otoskoko, väestö ja maantieteellinen laajuus H . pylori
markkereita patogeenisuuden, vuonna suhteessa CagA EPIYA kuvio, mikä korostaa tarvetta tutkia eri maantieteellisillä alueilla.
tämän tutkimuksen tulokset osoittivat, että suurempi määrä EPIYA C segmenttien liittyy mahasyövän ja ennalta -malignant vaurioita, surkastumista ja suoliston metaplasiaa corpus limakalvon ryhmässä potilaita, joilla gastriitti. Suostumuksella Näiden havaintojen olemme myös osoittaneet, että seerumin PGI oli kaksinkertainen laski saaneiden potilaiden CAG
A-positiivisia kantoja kaksi tai kolme EPIYA C motiiveja. Koska SMM erittyy pääsoluissa ja limakalvojen kaula solujen corpus ja fundic rauhaset, seerumin PGI tasot heijastavat toiminnalliset ja morfologisia tilan oxyntic mahalaukun limakalvon; Näin, mahalaukun atrofisen /metaplastiset muutokset johtavat alentuneeseen SMM seerumin [30, 31]. Vaikka corpus limakalvon sairastavien potilaiden helikobakteeri
liittyvä pohjukaissuolihaava on joko lievästi tai ei tulehtunut, SMM seerumissa oli myös vähentynyt pohjukaissuolihaavan saaneiden potilaiden kantojen, joissa suurempi määrä EPIYA C segmentteihin.
Tulokset tämän tutkimuksen vahvistamiseksi mahdollista roolia CagA polymorfismin kehittämisessä mahasyövän kanssa tulosten aikaisempien tutkimusten [18, 19]. Emme kuitenkaan voi sulkea pois sitä mahdollisuutta, että geneettinen perustuslaki isännän, enemmän kuin bakteerikanta, saattaa altistaa atrofinen gastriitti ja helikobakteeri
-kantoja yhä useammat EPIYA C toistoja olisi etua muihin kantojen kolonisoida uudessa mahan ympäristössä tai vaihtoehtoisesti monimutkaisempi vuorovaikutus molempien mekanismien.
sen suhteen pohjukaissuolihaava, myös tutkimusten tulokset ovat ristiriitainen [19, 25]. Tuloksemme ovat yhtäpitäviä raportoineet Basso et al
. [19], joka myös ei löytänyt yhdistyksen välillä taudin ja määrä EPIYA C segmenttien Italian väestöstä. Erityisesti mikään potilaalle pohjukaissuolihaava meidän kohortti asuttaneet CagA jolla kolme EPIYA C segmenttiä. Ehdottivat Yamaoka et al
. [18], on mahdollista, että kannat, joilla on korkeampi määrä EPIYA C segmentit voivat olla vähemmän kestävä happo [18].
Myös arvioida, onko kolonisaatiota eri kannat (sekainfektio) voisi liittyä tautiin tuloksia. Huomasimme, että mahasyövän potilaat olivat merkittävästi useammin asuttaneet sekoitettu kannat, kun taas pohjukaissuolihaavapotilaat oli suuntaus kohti vähemmän sekoitettu rasitusta kolonisaation. Yksi mahdollisuus on, että potilailla, joilla on mahalaukun syövän olisi alueilla mahan limakalvon osoittaa syövän muutos, vuorottelevat alueet surkastumista, suoliston metaplasia, dysplasia, ja normaali limakalvo, jokainen niistä edustaa mikroympäristöihin, joka olisi selektiivisesti edullista sekoittaa infektioita [32, 33 ].
Johtopäätökset
Johtopäätöksenä huomasimme, että infektio helikobakteeri
CagA-positiivisten kannoissa useita EPIYA C-toistojen liittyy mahalaukun syövän esiaste ja mahasyövän, mutta ei pohjukaissuolihaava in etnisesti monipuolinen, sekoitetaan, Länsi väestöstä.
Vaikka infektio helikobakteeri CAG
A-positiivisia kantoja on riskitekijä toisensa poissulkevia sairauksia, mahasyövän ja pohjukaissuolihaava, CagA kannat jolla suurempi määrä EPIYA C segmenttien olivat liittyy mahasyöpä, mutta ei pohjukaissuolihaava.
Korkeampi määrä EPIYA C segmenttien liittyi myös mahalaukun syövän esiaste osoituksena histologinen mahalaukun atrofisen ja metaplastiset muutokset ja laski seerumin pepsinogeeni I Tool menetelmät
potilaat
Olemme mukana 436 potilasta tartunnan CAG
A-positiivisia kantoja H. pylori
(188 mahalaukun syövän, 112 pohjukaissuolihaava ja 136 gastriitti), keskuudessa, jotka toimitettiin endoskopia jotta alkuperän selvittämisen kannalta liittyvät oireet ruuansulatuskanavan yläosassa tai joille tehtiin mahalaukun leikkaus poistaa mahakarsinoo- yliopistollisessa sairaalassa /UFMG, Luxemburgo, ja Mário Penna sairaalat, Belo Horizonte, Brasilia. Suurin osa mukana yksilöiden (> 80%) oli alhainen sosioekonominen taso samanlaisia ​​kulttuuriset tavat, ja kaikki olivat kotoisin Minas Geraisin valtion kanssa samaa etnistä taustaa, noin 33% Portugali 33% Amerindian 33% Afrikkalainen syntyperä, homogeenisesti läsnä jokaisessa aiheesta [29].
tutkimuksen hyväksyi institutionaalisten eettisten toimikuntien ja tietoinen suostumus saatiin kaikilta potilailta. Kuljetusta, kulttuuri, ja mikrobiologiset tunnistaminen bakteeri-isolaatit suoritettiin kuten aikaisemmin on kuvattu [34, 35].
Histologia
ryhmässä gastriitti ja pohjukaissuolihaava potilaita, endoskooppinen biopsianäyttei- antral ja oxyntic mahalaukun limakalvon saatiin histologista ja mikrobiologisten tutkimus. Antral ja oxyntic koepalanäytteistä kiinnitettiin 10% formaliinilla ja upotettiin parafiiniin vaha, ja 4-pm paksu histologiset leikkeet värjättiin carbolfuchsin H. pylori
tutkimuksen [35] ja hematoxycilin ja eosiinilla histologista arviointia mukaan päivitetty Sydney System [36]. Ryhmässä mahasyöpäpotilaista, fragmentit saatiin mahassa poistettiin gastrectomy avaamisen jälkeen sen suurempaa kaarta pitkin tunnin kuluessa resektio. Kasvain oli luokiteltu Lauren [37].
Uuttaminen bakteeri-DNA:
bakteeri-DNA on saatu 60 mm: n petrimaljaan, kasvua uutettiin käyttäen QIAmp (QIAGEN, Hilden, Saksa) mukainen pakkaus valmistajan suositusten pienin muutoksin . Tislattua vettä käytettiin reaktion ohjaus. DNA: n konsentraatio määritettiin spektrofotometrisesti käyttäen NanoDrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, NC), ja varastoitiin -20 ° C: ssa käyttöön asti.
Monistaminen H. pylori
erityisiä ure
A ja 16S rRNA
geenit
onko erityisiä ure
A ja 16S rRNA
geenien arvioitu Clayton et ai.
[38] ja Fox et al
. [39] vastaavasti. Standardi Tx30a H. pylori
kantaa käytettiin positiivisena kontrollina, ja Escherichia coli
rasitusta ja tislattua vettä sekä käytettiin negatiivisina kontrolleina.
Thermocycler GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems, Foster City , CA) käytettiin kaikkia reaktioita. Monistetut tuotteet ajettiin elektroforeesilla 2% agaroosigeelissä, värjättiin etidiumbromidilla, ja analysoitiin ultraviolettivaloa transilluminaattori.
Monistaminen cag
geenin
cag
Geeni monistettiin käyttämällä kahden edellä kuvatun alukepareja [40, 41]. Helikobakteeri
kanta meidän kokoelma (1010-95), tiedetään CAG
A-positiivinen, käytettiin positiivisena kontrollina, ja Tx30a helikobakteeri
kanta, josta puuttuu CAG
ja tislattua vettä sekä käytettiin negatiivisina kontrolleina. H. pylori
kantoja katsottiin CAG
A-positiivisia, kun vähintään yksi kahdesta reaktiosta oli positiivinen.
Monistaminen 3 'muuttuvan alueen cag

For PCR-monistus 3 'muuttuvan alueen cag
-geenin (joka sisältää EPIYA sekvenssit), 20-100 ng DNA: ta lisättiin 1%: Taq DNA-polymeraasia puskuriliuosta (KCl 50 mM ja Tris-HCI 10 mmol), 1,5 mM MgCl 2, 100 uM kutakin deoksinukleotidi, 1,0 U Platinum Taq DNA-polymeraasia (Invitrogen, São Paulo, Brasilia), ja 10 pmol kutakin aluketta, yhteensä liuosta tilavuus 20 ui. Käytetyt alukkeet olivat aiemmin kuvanneet Yamaoka et al
. [27]. Reaktio-olosuhteet olivat: 95 ° C 5 minuutin ajan, mitä seurasi 35 sykliä 95 ° C 1 minuutti, 50 ° C: ssa 1 minuutti ja 72 ° C: ssa 1 minuutin ajan, ja se päättyy 72 ° C: ssa 7 minuutin ajan. Monistetut tuotteet ajettiin elektroforeesilla 1,5% agaroosigeelissä, joka oli värjätty etidiumbromidilla, ja analysoitiin ultraviolettivaloa transilluminaattori. Reaktio tuotti tuotteet 500-850 bp mukaan määrä EPIYA C. Tämä menetelmä mahdollistaa myös havaita sekainfektio.
Sekvensointi 3 'muuttuvan alueen cag

Merkittävä osajoukko näytteet (noin 75 potilasta kussakin ryhmässä) valittiin satunnaisesti sekvensointia, jotta voidaan vahvistaa PCR tuloksia. PCR-tuotteet puhdistettiin Wizard SV Gel ja PCR Clean-Up System (Promega, Madison, MI) mukaan valmistajan suositusten. Puhdistetut tuotteet sekvensoitiin käyttämällä BigDye ® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit ABI 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA). Saadut sekvenssit rinnastettiin käyttämällä CAP3 Sequence Assembly Program (saatavana: http: //pbil. Univ-lyon1. Fr /CAP3. Php). Sen jälkeen kohdistus, nukleotidisekvenssejä transformoitiin aminohapon sekvenssit käyttäen BLASTX ohjelmaa (saatavissa: http: //blast. NCBI. NLM. NIH. Gov /Blast. CGI) ja verrata sekvensseihin talletetaan GenBank (http: //www. NCBI. NLM. NIH. gov /Genbank /).
määrittäminen seerumin PGI tasot
seerumissa SMM määritettiin potilaiden gastriitti ja pohjukaissuolihaavan tietyllä ELISA (Biohit, Helsinki, Suomi) valmistajan suositusten mukaisesti.
tilastollinen
näyte koko on vähintään 112 aiheita kussakin ryhmässä, jotta voidaan osoittaa 15%: n ero ryhmien välillä joiden teho on 80%, alfa 5%, ja luottamusväli 95% laskettiin Epi Info ohjelmaversio 3.5.1 (Centres for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA).
Association määrän välillä EPIYA C motiiveja ja mahasyövän alun perin arvioitiin yhden muuttujan analyysiin, ja muuttujat, joiden p-arvo on alle 0,2 sisällytettiin lopulliseen malliin logistisen regression, kontrolloi vaikutteet iän ja sukupuolen. Olemme myös arvioitiin vaikutuksen sukupuolen ja iän määrän EPIYA C segmenttien malli, jossa määrä EPIYA C on riippuva muuttuja ja ikä, sukupuoli ja helikobakteeri
-associated sairauksia itsenäisinä covariables. Logistinen malli kunto arvioitiin kanssa Hosmer-Lemeshowin testi. Koska SMM tasot eivät normaalisti jakautunut lokiin muunnetaan ja tuli normaali. Yhdistykset olivat siis arvioitiin Studentin t-testiä (keskiarvo ± keskihajonta). Association joukossa määrä EPIYA C segmentteihin ja aste mahalaukun tulehdus, surkastuminen ja suoliston metaplasiaa tehtiin kahden tailed Mann-Whitney testi. Merkitsevyystasoksi asetettiin ap arvoon ≤ 0,05.
Julistukset
Kiitokset
Tätä työtä tukivat avustuksin on CNPq, FAPEMIG ja INCT, Brasiliassa.
DMM, Queiroz rahoitetaan kuudennesta puiteohjelma Euroopan unionin, Projektin sisältö (INCO-CT-2006-032136).
kirjoittajien alkuperäinen toimitti asiakirjat kuville
Alla linkkejä kirjoittajien alkuperäiset toimitti asiakirjat kuville. 12866_2010_1347_MOESM1_ESM.pdf Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 1 12866_2010_1347_MOESM2_ESM.pdf Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 2 12866_2010_1347_MOESM3_ESM.pdf Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 3

• Eivät ole päässeet sopimukseen tonometrinen ja mahanesteen osittainen hiilidioksidi jännitys
• Downregulation sidekudoksen kasvutekijä estää niiden kasvun ja invaasion mahasyövän solujen ja vaimentaa vatsakalvon levitys