In silico analýzy karcinóm žalúdka Sériová analýza génovej expresie knižníc odhaľuje rôzne profily spojené s etnickou príslušnosť

In silico analýzy karcinóm žalúdka Sériová analýza génovej expresie knižníc odhaľuje rôzne profily spojené s etnicity
abstraktné
Worldwide karcinóm žalúdka označil geografickej variácie a horšie výsledky u pacientov zo Západu v porovnaní s Východom. Hoci tieto rozdiely bolo vysvetlené lepšími diagnostickými kritériami, vylepšené metódy zastávok a ďalšie radikálne operáciu, objavujúce sa dôkaz podporuje myšlienku, že rozdiely génovej expresie spojené s etniku by mohla prispieť k tejto nesúrodé výsledku. Tu sme zhromaždili súbory dát zo 4 normálne a 11 karcinóm žalúdka Sériová analýza génovej expresie (SAGE) knižníc z dvoch rôznych etník. Všetky normálne SAGE knižnice, rovnako ako 7 nádorové knižnice boli od západu a 4 nádorové knižnice boli z východu. Tieto súbory dát porovnáme podľa analýzy a špecifických rozdielov Korešpondencia Analysis and Support strom v prejave značky boli identifikované pomocou význam pre microarray. Štítky do úloh génov boli vykonané CGAP-SAGE Genie alebo TAGmapper. Analýza globálnej transkriptomů ukazuje jasné oddelenie medzi normálnymi a nádorovými knižníc s 90 značiek odlišne exprimovaných. Jasné oddelenie sa tiež zistilo, medzi Západom a knižníc východnej nádor s 54 značkami odlišne exprimovaných. Štítky na úlohách génových určili 15 génov, 5 z nich s významne vyššia expresiu v západných knižniciach v porovnaní s knižnicami východu. QRT-PCR v bunkových líniách zo západného a východného pôvodu potvrdili tieto rozdiely. Je zaujímavé, že dva z týchto génov boli spojené do agresivity (COL1A1 a KLK10). Na záver sme zistili, že in silico analýza SAGE knižníc z dvoch rôznych etnických skupín odhaliť rozdiely v profile génovej expresie. Tieto expresné rozdiely by mohli prispieť k vysvetleniu nesúrodú výsledok medzi Západom a Východom.
Úvod
karcinómu žalúdka je druhou najčastejšou príčinou úmrtí na nádorové ochorenie na celom svete a označil zemepisnej odchýlky [1-3]. Pozorovaná výhoda v 5-ročné prežitie u pacientov z Východu ako zo západu môže odrážať rozdiely v diagnostických kritérií, lepšie metódy zastávok a viac radikálne operácie [4]. Avšak stále evidentnejšie, podporuje myšlienku, že etnický pôvod by mohli prispieť k rozdielnemu výsledky karcinómu žalúdka medzi východom a západom [4, 5]. Sériová analýza génovej expresie (SAGE) je komplexná metóda profilovanie, ktoré umožňuje globálne, nezaujaté a kvantitatívne charakterizáciu transkriptomu [6]. Hlavnou výhodou je, že akonáhle SAGE normalizovaný je možné priamo porovnávať hladinu značiek generovaných jedného experimentu sa iné dostupné [7]. Ak chcete získať vhľad rozdielov medzi karcinómu žalúdka transkriptomu, ktoré by mohli vysvetliť rôznorodé výsledky medzi Východom a Západom tu vlastne porovnávame dátové súbory z pätnástich SAGE knižníc odvodených od normálnych a žalúdočných nádorového tkaniva od pacientov s japonskými a americkými rakovinou žalúdka by korešpondenčná analýza, Podpora strom a význam analýza microarray pre náznakovo tagy a výber génov. Zistili sme, špecifických génov rozdielne exprimovaných medzi normálnymi a nádor SAGE knižníc rovnako ako nádorových knižníc z východu a západu. Tieto rozdielne exprimovaných génov mohli vysvetliť horšie prežívania na západe v porovnaní s východom.
Metódy
Serial Analýzy dát génovej expresie z China Pätnásť SAGE knižníc žalúdočných (4 normálnych a nádorových 11) z Cancer Genome Anatomy projekt (CGAP) [7], boli spojené na analýzu. Iba knižnice s 10 bp značiek a rovnakých rezných enzýmov (BsmFI a NlaIII) boli zahrnuté v tejto štúdii. Normálne knižnice sa skladajú z tkaniva bazéna (GSM784 a GSM14780) alebo microdissected vzoriek (CGAP_MD_13S a CGAP_MD_14S) a boli vyrobené El-Rifai et al [8], vo Virgínia, USA. Nádor žalúdka knižnice skladá z piatich knižníc, tri microdissected (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329), dvoch primárnych nádorov (GSM757 a GSM2385) a dvoch xenoimplantátů (GSM758 a GSM14760) všetci zo západných pacientov a produkoval El-Rifai et al [8] Tiež vo Virgínii, USA ( "West nádorové knižnice") a 4 knižníc (GSM7800, GSM8505, GSM8867 a GSM9103) všetko od japonských pacientov produkovaných Oue et al [9] v Hirošime, Japonsko ( "východná knižniciach nádorových"). Databáza obsahujúca 121,409 rôzne značky bola generovaná z knižníc, ktoré majú medzi 9.000 a 34.000 unikátnych značiek. Preto len knižnica GSM9103 bolo odstránené, pretože jeho jedinečná počet značka bola príliš nízka (okolo 6000 jedinečných značiek). Frekvencia každú značku bol normalizované delením s celkovým počtom tagu príslušného knižnice a vynásobením 200.000 tagov (CGAP formátu normalizácie). Výber postup na zníženie hluku z ohromného množstva značiek zhromaždených bola vykonaná. To kritériom výberu bola aj) "tagy nájdenej pri všetkých normálnych knižníc
" versus "značiek nájsť vo všetkých nádorových knižníc
" a ii) "značiek nájdete vo všetkých West nádorov knižníc
" vs. príveskov "nájdených vo všetkých nádorov východnej knižnice
". Ústav pre softvér Genomic Research MultiExperiment Viewer [10] bola použitá na vykonanie nasledujúce analýzu: i) Korešpondenčná analýza (COA), aby preskúmala vzťahy medzi vzorkami, ktoré majú tendenciu mať podobné profily ii) Podpora Tree sa ukazuje štatistickú podporu po opakovaním najmenej 1000 krát analýza prevzorkovaním s náhradným spôsobom (Bootstrap) pre vzorky s podobnými profilmi a iii) analýzy význam pre microarray (SAM) pre výber značiek, ktorých expresia sa významne líšila medzi vzorkami. Združenie značiek na gény bolo vykonať pomocou SAGE Genie [11] alebo TAGmapper [12], kedy nebol zistený žiadny vzťah nájdený SAGE Genie. Predpovedať funkčnej triedy anotovaných génov je nástroj Fatig + of Babelomics [13, 14] bola použitá. Neupravená hodnota p daná Babelomics bol použitý preto, že malý počet génov analyzovaných robil to vhodnejšie než je hodnota upravená nepravda Discovery Rate (FDR).
Kvantitatívne real-time Reverse transkripcie PCR
Kvantitatívne reálnom doba reverznej transkripcie PCR (QRT-PCR) bola vykonaná na dvoch západných bunkových líniách (AGS, N87) a jedna východnej bunkové línie (MKN45). Celková RNA bola extrahovaná za použitia TRIzolu (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA) podľa odporúčaní výrobcu. Koncentrácia RNA bola stanovená meraním absorbancie pri 260 nm, a kvalita bola overená integritu 28S a 18S rRNA po zafarbení etidiumbromidom z celkového počtu vzoriek RNA podrobených 0,8% agarózovom géle. Celková cDNA bola syntetizovaná s MMLV (Moloney vírusu myší leukémie) reverznej transkriptázy (RT Thermoscript Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Reverzný transkripcie-PCR bola vykonaná za použitia 1 ug celkovej bunkovej RNA pre vytvorenie cDNA. QRT-PCR bola vykonaná za použitia LightCycler FastStart DNA-majster SYBR Green I kit (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Nemecko). Navrhli sme génovo špecifických primerov pre ľudský PDFGR (5 'AGCTGATCCGTGCTAAGGAA 3' a 5 'CGACCAAGTCCAGAATGGAT 3') a RPL13 (5 'GAGGAGGCGGAACAAGTCC 3' a 5 'TCAGCAGAACTGTCTCCCTTC 3') a podmienky amplifikácie sú k dispozícii na vyžiadanie. Krivka vrchol jedného tavenina bola pozorovaná pre každý výrobok, čo potvrdzuje čistotu všetkých amplifikovaných cDNA produktov. Výsledky QRT-PCR boli normalizované na GADPH (5 'CGGGAAGCTTGTCATCAATGG 3' a 5 'CATGGTTCACACCCATGACG 3'), ktorá mala minimálna zmena vo všetkých testovaných bunkových líniách. Analýza bola vykonávajúcich LightCycler softvéru 3.0. Hraničných priechodoch (začiatok exponenciálnej fáze PCR) boli hodnotené v druhom odvodených maximálnym spôsobom a vynesené proti koncentráciám štandardov.
Výsledky
Značky s dôsledným expresie v normálnych a nádorových SAGE knižníc
výberového konania nájsť SAGE značky, ktoré boli dôsledne vyjadrené v "všetkých normálnych knižničný
" versus "všetky nádorové knižnice
" za následok 2,437 značiek. Ako je znázornené na Obr. 1, COA ukazuje jasné oddelenie medzi normálnymi knižníc a knižníc nádorových východ a západ. Rovnaký COA v trojrozmernom pozemku (čo predstavuje 56% z celkovej zotrvačnej hmoty) ukazuje viac detailov v pozícii každej knižnice (pozri ďalší súbor 1). Tieto výsledky boli potvrdené podpory stromu pomocou korelácie Pearson a priemernej tiahla (pozri ďalší súbor 2). Ďalej pre identifikáciu SAGE značky rozdielne exprimovaných medzi normálnymi a nádorových vzoriek, sme vykonali SAM, s hodnotou delta 1,38 vypočítané pre udržanie FDR v blízkosti 0 (pravdepodobnosť nájsť významné značky iba náhodou), 1001 jedinečných permutácií a násobné zmeny = 10. Tento prístup ukázal, 90 štítky rozdielne exprimované medzi normálnymi a nádorovými knižníc s podobným správaním pre obe skupiny nádorov (obr. 2). Medzi týmito 90 tagy, 78 boli down-regulované a 12 značky boli up-regulované. Obrázok 1 korešpondenčná analýza normálnych a nádorových SAGE knižníc žalúdka. Dvoj-dimenzionální dej je znázornený kde zelené bodky predstavujú všetky bežné knižnice, modré bodky sú knižnice východ nádorové a červenej, oranžovej a žltej bodky sú West nádorové knižnice, microdissected, xenografe a hromadne resp.
Obrázok 2 Sériový Analýza pre mikroskopické sústavy normálnych a nádorových SAGE knižníc žalúdka. Doľava a zobrazí sa v zelenej farbe, významné značky s vyššou expresiou v normálnej knižniciach; doprava a zobrazené v červenej farbe, významných značiek s vyššou expresiu v nádorových knižníc.
Voľba diskriminačných značiek medzi východom a západom SAGE knižnice
Vzhľadom k tomu strane nádoru COA ukazuje 2 skupín, z ktorých jedna obsahuje všetko knižníc východ a ďalšie, ktoré obsahujú všetky West knižnice, hľadali sme diskriminačných prvkov medzi oboma nádory knižníc. Tak, nový proces výberu nájsť značky, ktoré boli dôsledne vyjadrené v "všetci východe nádorov
" versus "všetky západné nádorov
" vyústil v 3,952 značiek. Ďalšia podpora Tree pomocou Pearson korelačný a priemernej Väzba bola vykonaná. Ako je znázornené na Obr. 3, strom ukazuje organizovanú štruktúru s vysokou mierou dôvery v ich pobočkách (90% -100% podpory) daná veľkým počtom diskriminačných prvkov (tagy) s výraznými rodiny a subfamilies (dodatkového súboru 3 ukazuje úplné dendrogram ). Existujú dva hlavné klastre, jeden obsahuje všetky West knižnice a druhá obsahuje všetky knižnice na východ. Cluster West obsahuje dva výrazné subclusters, prvý obsahuje 3 microdissected knižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29 a CGAP_MD_G329) a druhý zahŕňa primárne nádory (GSM757 a GSM2385) a xenoimplantáty (GSM758 a GSM14760). Klaster východ obsahuje centrálnej dvojicu (GSM8505 a GSM8867 knižnice), ktorá pochádza z histologických dobre diferencovaných nádorov a tretí knižnice (GSM7800), ktorá pochádza z histologických zle diferencované nádoru. Ďalej identifikovať SAGE tagy rozdielne exprimovaných medzi Západom a knižníc východnej nádoru, Vykonali sme SAM pomocou rovnakých vyššie uvedené kritériá. Tento prístup sa ukázal, 54 značky rozdielne exprimovaných (viď obr. 4). Medzi nimi, 8 tagy boli up-regulované v Západnej nádorov a 46 tagy sú up-regulované v nádoroch východu. Obrázok 3 Podpora Strom normálnych a nádorových SAGE knižníc žalúdka. Prechádzaní medzi jazdnými pruhmi 1-4 normálne knižnice (CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780), pruhy 5-11 West nádorové knižnice (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) a jazdné pruhy 12-14 východnej nádorové knižnice (GSM7800, GSM8505 a GSM8867). Iba je tu zobrazený v hornej časti dendrogramu. Úplné Dendrogram objaví v ďalšej súbor 3.
Obrázok 4 Serial analýza pre microarray z východu a západu karcinóm žalúdka SAGE knižníc. Doľava a zobrazí sa v oranžovej farbe, významné značky s vyššou expresiu v nádorových knižniciach západnej; na pravej strane, a je uvedené v modrej farbe, významných značiek s vyššou expresie v knižniciach východnej nádoru.
mapovanie SAGE značiek na gény
pre mapovanie rozdielne exprimované SAGE značiek na génov sme použili CGAP-SAGE Genie a /alebo TAGmapper zdroje. Medzi 90 značkami odlišne exprimovaných medzi normálnymi a nádorovými knižníc, len 53 tagy boli úspešne priradenie špecifických génov (tabuľka S1 a S2 tabuľke [Ďalšie súbory 4 & 5]). Gény, ako je GIF, CPA2, DRD5, CLIC6, ATP4A, LIPF, GKN1 a PGA5 objavujú medzi najviac potlačených génov, zatiaľ čo TRAPPC5, KRT7, MTHFD1, TMBIM1, PDIA3 a PPGB gény objavujú medzi nadmerne vystavený génov. Na druhej strane, medzi 54 značiek odlišne exprimované medzi západom a knižnice východnej nádorových iba 15 tagov, kde úspešne spojené s špecifických génov (tabuľka 1). Fatig + analýza ukázala, že nádorové knižnice mal výrazne vyjadrené génov súvisiacich s "bunka organizácie a biogeneze" (GO: 0016043), KRT7, PDIA3, PPGB a TRAPPC5 (p = 0,005); a "ligázu činnosť" (GO: 0016874), UBE2S a MTHFD1 (p = 0,028), ako je obvyklé knižníc,. Rovnaké porovnaní vyplynulo podstatne menej vyjadrené gény súvisiace s "integrálne membránové" (GO: 0016021), ADORA1, UGT2B15, DRD5, SYNE2, ATP5J2, KCNE2, ATP4A, KDR, PTGER3 a PPAP2B (p = 0,016). Na druhej strane, porovnanie génov rozdielne exprimovaných medzi západom a knižnice východnej nádorov ukázalo, že West nádory signifikantne viac exprimovaných génov súvisiacich s "vývoj ectoderm" (GO: 0007398). (COL1A1 je znázornené na obr 5, tiež KLK10, KRT17, EMP1 a CCDC12) (p = 0,018). Avšak, východná nádory mali v blízkosti významnej viac vyjadrené génov súvisiacich s "bunkový metabolizmus" (GO: 0044237) PDGFRA, MAPK13, MECR, AKR1C2, RPL13, HLX1 ​​a ADH4 (p = 0,066). Vzhľadom k tomu, aspoň dvoch z týchto "rozvojových ectoderm" génov (COL1A1 a KLK10), bolo zistené, že up-regulované u pokročilého karcinómu žalúdka [9, 15] Naše zistenia by sa mohlo zdať väčšie agresivitu západnej nádorov. Obrázok 5 Hladiny expresie COL1A1 spojené značky (TGGAAATGAC) v nádorových knižníc. Bary 1-7 zodpovedajú všetkým West nádorových knižníc (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 a bary 8-10 zodpovedajú všetkým knižniciam východu tumor (GSM7800, GSM8505, GSM8867). Tag normalizovaná hladina expresie sa objaví formát hodnoty CGAP (štítky na 200.000), vynesené v logaritmickom meradle.
tabuľka 1 významné štítky s vyššou expresiou významnými analýzu pre microarray medzi západom a východom knižnice nádoru SAGE. Iba značky, ktoré boli úspešne spojené s špecifický gén sú zobrazené. značky sú radené v zostupnom poradí významnosti, prvý značky vysoko vyjadrené na východe a potom tie vysoko vyjadrený na západe.
Tags
Gene Symbol
Protein Meno
N ° západných knižníc, ak je prítomný
nádoru priemere West (Štítky na 200,000)
N ° východoeurópskych knižníc, ak je prítomný
východnej nádoru priemer (Štítky na 200.000)
TGATTGGTGG
PDGFRA
doštičiek odvodený rastový faktor receptor, alfa polypeptid Sims 3
1,88 Sims 3
115,05
GGCTGGGTTT
HLX1 ​​
H2.0-like home box 1 (Drosophila)
2
1,04 Sims 3
59,13
TCCGTCCGGA
RPL13
ribozomálnu proteín L13 Sims 3
1,36 Sims 3
39,56
ATCTGGAGCA
ADH1C
alkoholdehydrogenázou 1C (trieda I), gamma polypeptid Sims 3
5,99 Sims 3
294,91
TGCTCCTACC
FCGBP
Fc fragment IgG viažuci proteín
4
4,91 Sims 3
111,10
TACCCTGGAA
ADH4
alkoholdehydrogenázou 4 (trieda II), pi polypeptid Sims 3
3,35 Sims 3
56,30
AGGTCTGCCA
AKR1C2
Aldo-keto reduktázy rodina 1, člen C2 (dihydrodiol dehydrogenázu 2; žlčové kyseliny viažuci proteín; 3-alfa hydroxysteroiddehydrogenázou dehydrogenáza, typ III) Sims 3
1,53 Sims 3
38,50
GCACCACCGG
MAPK13
MAP kináza 13
0
0 Sims 3
10,62
GGAGGGGAGG
MECR
Mitochondriálna trans-2-enoyl-CoA
1
0,55 Sims 3
15,72
CTTCCTTGCC
KRT17
Keratin 17
7
220,64
0
0
TAATTTGCAT
EMP1
epitelu membránový proteín 1
7
43,26
0 NETHRY.cz 0
TAAGGCTTAA
KLK10
kalikreín 10
7
20,35
0
0
TGGAAATGAC
COL1A1
kolagén typu I, alfa 1
7
294,99
2
14,36
TGGATGTACA
CCDC12
domény zvinul-coil obsahujúci 12
7
21,69
0
0
Overenie génov rozdielne exprimovaných medzi východom a západom knižníc nádor SAGE
k potvrdenému našu analýzu dát SAGE dva gény podstatne viac vyjadrené v nádoroch východu (PDGFRA a RPL13) boli ďalej skúmal v troch bunkových líniách, dvaja zo západu (AGS a N87) a jeden z východného (MKN45). QRT-PCR ukazuje pomer 825 pre PDFGR (MKN45 /N87) a 4,68 pre RPL13 (MKN45 /AGS) (viď obr. 6). Tak, tieto údaje potvrdzujú pozorované rozdiely v génovej expresii v nádorových knižníc SAGE. Je zaujímavé, že sú veľkosti génovej expresie rozdielov v bunkovej línie boli podobné ako v nádorových knižníc SAGE. Obrázok 6 Amplifikácia PDGFRA (A) a (B) RPL13 mRNA QRT-PCR. V (A), modrá čiara je bunková línia východ (MKN45) a červená čiara je bunková línia West (N87). V (B) modrú čiaru je bunková línia východ (MKN45) a červená čiara je bunková línia West (AGS). Oba gény sú nadmerne exprimované vo východnom (MKN45) bunkové línie.
Diskusia
našich výsledkov, vychádza z dvoch non-kontrolovaných analýz, COA a podpory Tree, sú veľmi sugestívne iného expresného profilu nádorových SAGE knižníc , spolu s rozdielmi medzi normálnymi a nádorových vzoriek. Tieto rozdiely v úrovni expresie môže mať vplyv na uznávanej lepšie prežitie pacientov východných v porovnaní so Západom. Oboje, COA a podpora Tree ukazujú dva zhluky (microdissected a non-microdissected vzoriek) zmiešané neurčito, čo naznačuje, že heterogenita normálneho vzorky nie je znížený o mikrodisekcii. To by mohlo byť vysvetlené niekoľkými bunkových aktivít normálnych buniek v porovnaní s nádorovými bunkami [16]. Avšak u nádorových knižníc, bola nájdená tesné zoskupenia microdissected nádorov. Tieto zistenia naznačujú, že zvýšenie čistoty vzorky zlepšuje homogenitu výsledkov. Okolie xenoimplantátů tiež poukazuje na zvýšenie homogénnosti, ale líši sa od microdissected nádorových vzoriek, pretože skupiny v rôznych subclusters. Tento rozdiel je pravdepodobne v dôsledku malých zmien v transkriptomu daných iným genetickým životného prostredia, ako je napríklad mikroprostredie danej okolité živočíšneho tkaniva [17]. Na druhej strane, non-microdissected knižnice boli nájdené viac rozptýlené v analýze COA, pravdepodobne z dôvodu kontaminácie vzorky a heterogénnosti.
Fatig + Výsledky ukazujú, že nádorové bunky sú charakterizované tým, up-regulácia génov súvisiacich s organizáciou buniek , biogeneze a proliferácie buniek, a down-regulácia génov spojených s komunikáciou z bunky do bunky. Po vyhľadaní konkrétnych rozdielov medzi západom a knižníc východnej nádoru, sme zistili, že väčšina výrazne odlišné značky majú vyššie expresiu na východe v porovnaní so Západom nádorov. Zdá sa teda, že priemerná úroveň expresie vzoriek západu padá viac ako vzorky východ, pravdepodobne preto, že širšie génovej represie.
Z 5 génov identifikovaných s významne vyššia expresiu v západných knižniciach najmenej dvoch (COL1A1 a KLK10) boli spojené s invazívnosti a progresii ochorenia [9, 15]. COL1A1 bol hlásený spojená s pokročilejšom štádiu nádoru u 46 prípadov karcinómu žalúdka [9]. KLK10 bola označená up-regulované v žalúdku, rovnako ako kolorektálne karcinómy a spojené s inváziou a pokročilejšie fáze klinického pre oba typy nádorov [15]. Okrem KRT17 bolo zistené, up-regulované v pažeráku karcinóm skvamóznych buniek (ľudská ESCC) a spojená s invazivitě [18]. Ďalšie gén, EMP1 bolo spojené s veľmi proliferatívnych typy buniek v myšiach nádorov mozgu [19]. Iba CCDC12 gén nemá k dispozícii klinické dáta, a tiež chýba GO anotácií. Analýza QRT-PCR na bunkových líniách potvrdili výsledky šalvie a overená nadmernej expresie PDFGR a RPL13 v knižniciach východnej nádoru.
V súhrne sme sa tu uvádza, že prevládajúca up-regulácia invazívne a metastatické génov na západe nádorové knižnice by mohlo mať za následok väčšiu malígneho ochorenia s horšou prežitie. Dohromady tieto výsledky môžu naznačovať, že že rozdielne exprimované gény by mohli prispieť k vysvetlenie pozorovaných rozdielov zistených vo výsledku karcinómu žalúdka medzi Východom a Západom. A konečne, naša analýza je príkladom toho, ako výpočtovej biológie môžu účinne prispieť biomedicínske výskumných pracovníkov pri identifikácii molekulárnych mechanizmov ochorení [6].
Vyhlásenie
Poďakovanie
Ďakujeme David S. Holmesa a Gonzalo Riad z Centra pre bioinformatiky a Genome Biology, Life Science Foundation - Andres Bello University, Santiago, Čile a Wael El-Rifai z chirurgickej onkológie Branch Vanderbilt Ingram Cancer Center, Vanderbilt University, Nashville, TN, USA, za užitočnú diskusiu o rukopisu. Táto práca bola podporená čílska vláda výskumných grantov FONDECYT 1030130 a FONIS SA06I20019 k AHC
elektronický doplnkový materiál
12943_2007_313_MOESM1_ESM.png ďalší súbor. 1: Korešpondencia Analýza normálnych a nádorových SAGE knižníc žalúdka do 3 rozmeroch. Poskytnuté údaje predstavujú trojrozmerný graf, kde zelené bodky predstavujú všetky bežné knižnice, modré bodky sú knižnice východ nádor, a červenej, oranžovej a žltej bodky sú West nádorové knižnice, microdissected, xenografe a hromadne resp. Os X je šedá, os Y je modrá, a os je ružová. Na obrázku je mierne otáča doprava a dole, aby bolo lepšie vidieť pozíciu nádorové Knižnice pozemku 3-D priestore. (PNG 25 KB) 12943_2007_313_MOESM2_ESM.png Ďalšie Súbor 2: Kompletné pomerom strán podporujúcich Clustering analýzy normálnych a nádorových SAGE knižníc žalúdka. Údaj za predpokladu, predstavujú normálne knižnice CGAP_MD_13S, GSM784, CGAP_MD_14S, GSM14780 (riadky 1-4), West nádorové knižnice CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385 (riadky 5-11) a východnej nádorové knižnice GSM7800, GSM8505, a GSM8867 (dráhy 12-14). (PNG 124 KB) 12943_2007_313_MOESM3_ESM.png Ďalšie Súbor 3: Kompletné pomerom strán podporujúcich Clustering analýzy západnej a východnej nádor SAGE knižníc žalúdka. Údaj za predpokladu, predstavujú West nádorových knižníc (CGAP_MD_HG7, CGAP_MD_HS29, CGAP_MD_G329, GSM757, GSM758, GSM14760, GSM2385) (pruhy 1-7) a knižnice východ nádorové (GSM7800, GSM8505 a GSM8867) (pruhy 8-10). (PNG 209 KB) 12943_2007_313_MOESM4_ESM.doc Ďalšie Súbor 4: Tabuľka S1. Významné štítky s vyššou expresiou v normálnej významnými analýza pre Microarray medzi normálnou a nádorové SAGE knižníc. sú zobrazené iba značky, ktoré boli úspešne spojené s konkrétnym génom. Tagy sú radené v zostupnom poradí významnosti. (DOC 65 KB) 12943_2007_313_MOESM5_ESM.doc Ďalšie súboru 5: Tabuľka S2. Významné štítky s vyššou expresiou v nádorových významnými analýza pre Microarray medzi normálnou a nádorové SAGE knižníc. sú zobrazené iba značky, ktoré boli úspešne spojené s konkrétnym génom. Tagy sú radené v zostupnom poradí významnosti. (DOC 31 KB) autorov pôvodné predloženej súbory obrazov
Nižšie sú uvedené odkazy na autorov pôvodnej predložených súborov pre obrázky. "Pôvodný súbor pre Obrázok 1 12943_2007_313_MOESM7_ESM.png autorského 12943_2007_313_MOESM6_ESM.png autorov pôvodného súboru na obrázku 2 12943_2007_313_MOESM8_ESM.png autorského pôvodného súboru pre Obrázok 3 12943_2007_313_MOESM9_ESM.png autorského pôvodného súboru originálneho súboru Obrázok 4 12943_2007_313_MOESM10_ESM.png autorského na obrázku 5 12943_2007_313_MOESM11_ESM.png pôvodný súbor autorov k obrázku 6

• EBNA1 viazanie a epigenetické regulácia gastrokine nádorových supresorových génov u karcinómu žalúdka cells
• Identifikácia platných referenčných génov pre štúdium génovej expresie ľudskej rakoviny žalúdka reverznej transkripcie-qPCR